Name: 脂質結合タンパク質およびアレルゲンからの内因性リガンドの除去と置換 (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-02-24T13:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 9 s
Description: 学ぶ アレルゲンからの内因性脂質リガンドの除去と置換法。逆相HPLCと熱アニーリングを用いて、リガンドが構造と免疫原性に与える影響を系統的に研究できます。

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トム・カービー博士、スコット・ガベル博士、ロバート・ロンドン博士の助けと支援に感謝し、ボブ・ペトロヴィッチ博士とロリ・エドワーズ博士が、この研究で採用されているBla g 1コンストラクトの生成に役立ててくれたボブ・ペトロヴィッチ博士とロリ・エドワーズ博士と共に支援を受けました。アンドレア・アダムスの質量分析の支援、NMR計装の支援にユージン・デローズ博士に感謝します。この研究は、NIHの壁内研究プログラム、環境衛生科学研究所、Z01-ES102906(GAM)によって支援されました。コンテンツは著者の責任であり、必ずしも国立環境衛生科学研究所の公式見解を表すものではありません。

1. ブラ g 1 クローニング
<ol><li>ゴキブリアレルゲンブラg1.0101(残基34-216)に対する遺伝子を得て、MAドメインの単一反復を表す。簡単にするために、Bla g 1は、Bla g 1.0101トランスクリプト全体ではなく、この単一の繰り返しを表すために、作業全体で使用されます。</li>
	<li>目的のベクターにBla g1遺伝子をサブクローニングする。本研究では、タバコエッチウイルス(TEV)プロテアーゼ切断部位に結合したN末端グルタチオンS-トランスビターゼ(GST)タグを含む遺伝子を、前述の11の発現のためにpGEXベクターに挿入した。</li>
	<li>Bla g 1 pGEX ベクターを BL21 DE3 大腸菌 細胞に変換します。<ol>
<li>目的のベクトルの10 ng/μLストックを準備します。</li>
		<li>メーカーが提供するBL21 DE3細胞の50 μLと10 ng/μL DNAストックの1 μLを組み合わせます。</li>
		<li>BL21 DE3-DNA混合物を氷上で30分間インキュベートします。42°Cの水浴に1分間移し、すぐに氷の上に戻して1分間のインキュベーションを行います。</li>
		<li>200 μL の LB 培地を細胞に加え、37 °C でさらに 1 時間インキュベートします。</li>
		<li>100 mg/L アンピシリンを含む LB-寒天プレートに形質転換した細胞をプレートし、一晩で 37 °C で成長します。</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. 初期表現と精製
<ol><li>1.3に記載されているようにBl21 DE3細胞の単一コロニーを有する100mg/Lアンピシリンを含むLB培地の1Lを接種する。一晩で37°Cで成長します。</li>
	<li>翌日、100mg/Lアンピシリンを含む2X YT培地の2Lで6,000xgの遠心分離を介して細胞(OD600〜1.5)を収穫する。 細胞が37°Cで1時間成長し、OD600>0.6に成長させます。</li>
	<li>0.5 mM IPTGを添加してタンパク質発現を誘導する。細胞を18°Cに移し、一晩インキュベートする。</li>
	<li>翌日、2.2に記載されたように細胞を収穫する。得られた細胞ペレットを、-20°Cで凍結保存することができる。</li>
	<li>1 Lの培養液から得られたペレットを50 mLのリシスバッファー(50 mM Tris-HCl pH 8.5, 100 mM NaCl)に1個のプロテアーゼ阻害剤錠剤(または同等)と1 μLのベンゾナーゼヌクレアーゼを含む。</li>
	<li>プローブソニケーター(500 W、20 kHz)を使用したLyseセルは、50%のデューティサイクルで4分間30〜50%のパワーに設定されています。超音波処理中に氷浴中にライセートを保管してください</li>
	<li>遠心分離機は45,000 x g で20分間にリセートする。不溶性分画(ペレット)を捨てる。<ol>
<li>可溶性タンパク質28μLを除去します。5x SDS-PAGEバッファの7 μLと組み合わせて、SDS-PAGE分析用に保存します。TEVでインキュベーションの前後に、GSTカラムのフロースルー、洗浄、溶出分分についてこの手順を繰り返します。</li>
	</ol>
</li>
	<li>PBS pH 7.4で平衡化したグルタチオン樹脂カラム(約10mL総床容積)に可溶性タンパク質(上清)を適用します。</li>
	<li>50 mLのPBSを使用して、非結合タンパク質を洗い流します。</li>
	<li>10 mM減少グルタチオンを含有するPBSの50 mLを用いたエルテグGST-ブラg 1.</li>
	<li>溶出したタンパク質を4°Cで一晩0.2kU TEVプロテアーゼ、または6時間室温でインキュベートしてGSTタグを除去する。</li>
</ol>3. 逆相HPLCによる内因性脂質除去
<ol><li>切断されたブラg1を回収し、<10kDa分子量カットオフを有する遠心フィルターユニットを用いて〜2mLに濃縮する。<ol>
<li><12 mL サンプルをコンセントレータの上部に加え、スイングバケットローターで10~15分間5,000 x g でスピンします。 注: サンプルの体積とスピン速度は、特定のフィルタと使用するロータの種類によって異なります。使用前に製造元のマニュアルを参照してください。</li>
	</ol>
</li>
	<li>濃縮液を、97%バッファーA(水、0.1%トリフルオロ酢酸)と3%バッファーB(アセトニトリル、0.1%トリフルオロ酢酸)と平衡したC18逆相クロマトグラフィーカラムを搭載した250 x 10 mm HPLCシステムに積み込みます。 注:より小さなカラムを使用することもできますが、タンパク質は、結合容量の低下に対応するために複数のサイクルを使用してロードおよび溶出する必要があります。カラムを選択する際、樹脂ビーズの粒子径が5μm<、孔径>200Åの孔径を持ち、タンパク質サイズの分子を効果的に分離できるようにしてください。 注意:トリフルオロ酢酸は腐食性が高く、適切なPPE(すなわち、ニトリル手袋、ラボコートおよびゴーグル)を使用して、ヒュームフード内に分配されるべきである。アセトニトリルは、適度に有毒で揮発性で、非常に可燃性が高く、適切なPPE(すなわち、ニトリル手袋、ラボコートおよびゴーグル)を使用してヒュームフード内で使用および分配されるべきである。</li>
	<li>Elute Bla g 1 は 、流 速 1.5 ~ 4.0 mL/min で表 1 に示すプロトコルを使用します。280nmで蛍光吸光度を用いて溶出プロセスを監視します。<ol>
<li>収集し、プールブラg 1分数。通常、Bla g 1 は >74% バッファー B、または~34 ~ 40 分で溶出します。 注: 溶出時間は流量や列のサイズによって若干異なります。最良の結果を得るには、A280 に基づいて分数を収集します。</li>
	</ol>
</li>
</ol><table border="1" fo:keep-together.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>時間(分)</td>
			<td>バッファ A (%)</td>
			<td>バッファB (%)</td>
		</tr>
<tr>
<td>0</td>
			<td>97</td>
			<td>3</td>
		</tr>
<tr>
<td>10</td>
			<td>97</td>
			<td>3</td>
		</tr>
<tr>
<td>25</td>
			<td>35</td>
			<td>65</td>
		</tr>
<tr>
<td>55</td>
			<td>5</td>
			<td>95</td>
		</tr>
<tr>
<td>65</td>
			<td>5</td>
			<td>95</td>
		</tr>
<tr>
<td>70</td>
			<td>97</td>
			<td>3</td>
		</tr>
</tbody></table>表1: Bla g 1 の溶出プロトコル.C18 HPLCカラムを用いたBla g1の分離に採用された溶出勾配を示す表。
<ol start="4"><li>アリコートは試料をガラス試験管に、試験管を半分以上充填しない(〜4mL)。パラフィンフィルムでチューブをカバーし、通気を可能にするために2つの穴でカバーを穿孔します。<ol>
<li>別の1 mLアリコート(テストアリコート)を準備します。これは、予想利回りを決定するために使用されます。</li>
	</ol>
</li>
	<li>サンプルを凍結し、1時間、または液体窒素に浸漬して-80°Cの冷凍庫に入れて、アリコートをテストします。後述の場合、凍結時の液相の膨張による試験管の破損を避けるために、チューブを連続的に回転させる必要があります。</li>
	<li>得られた脱脂タンパク質サンプルを凍結乾燥剤を使用して乾燥する。乾燥したタンパク質は、密閉容器内に数ヶ月間4°Cで保存することができる。</li>
</ol>4. アポと貨物積載のブラg 1の再構成
<ol><li>予想されるBla g 1の収率を決定します。<ol>
<li>再懸濁乾燥し、脱脂(ポストHPLC)リフォールディングバッファーの5 mLでの試験アリコート(50 mM HEPES pH 7.4、100 mM NaCl、2%DMSO)。</li>
		<li>水浴(250 mL水で500 mLビーカー、ホットプレート上でバーをかき混ぜる)で混合物を95°Cに加熱します。渦液は断続的に、95°Cで0.5~1時間インキュベートします。</li>
		<li>熱を取り除き、ゆっくりと水浴を室温(〜1時間)に平衡させます。アニールタンパク質は、必要に応じて4°Cでこの形態で一晩保存することができます。</li>
		<li>0.22 μMのシリンジフィルターを通してアニールされたBla g 1-脂質混合物を通して粒子状物質を除去する。</li>
		<li>バッファーは、残留遊離脂肪酸および有機溶媒を除去するために3.1で説明したように、10 kDaカットオフを有する遠心フィルターを使用して、濾過されたタンパク質3xをPBS pH 7.4に交換する。</li>
		<li>BCAアッセイまたはUV吸光度などの他の好ましい方法を用いてタンパク質濃度を評価する。これを使用して、残りの Bla g 1 アリコートの予想利回りを決定します。</li>
	</ol>
</li>
	<li>アポまたは貨物積載のブラg 1を再構成する<ol>
<li>4.1.1 で説明されているように、再折りたたみバッファー内の Bla g 1 アリコートを再中断します。</li>
		<li>Apo-Bla g 1 を生成するには、ステップ 4.1.2 ~ 4.1.6 を繰り返して、希望する歩留まりを得る。</li>
		<li>脂肪酸とのBla g 1をロードするには、メタノールまたはDMSOで所望の脂肪酸貨物の20 mMストック溶液を調製する。 次に、ステップ 4.2.5 に進みます。</li>
		<li>リン脂質を含むBla g 1をロードするには、ガラス試験管内のクロロホルムに所望の貨物の10mg/mLストックを調製します。<ol>
<li>クロロホルムを蒸発させて、脂質膜を作製する。PBSを試験管に加えるし、20 mMの最終的なリン脂質濃度を作り出す。 注意:クロロホルムは吸入または飲み込むと有害です。化学発煙フードで使用するか、不十分な換気が利用可能な場合は、呼吸器を採用.ニトリル手袋、ラボコート、ゴーグルを取り扱う際に使用してください。使用前にMSDSを参照してください。</li>
			<li>脂質の温度を上の温度で加熱し、溶液が白濁するまで渦を加熱して、脂質膜を水分補給します。超音波処理は、完全に再中断し、いくつかの貨物を水分補給する必要があることに注意してください。</li>
			<li>超音波処理が必要な場合は、浴超音波装置(100 W、42 kHz)に試験管を置き、貨物が再中断されるまで最大電力で超音波処理します。あるいは、プローブ超音波処理器(2.6に記載)は、50%のデューティサイクルで10〜20%のパワーを使用することができます。 注意:超音波処理は、聴覚を損傷する可能性のある高周波音波を採用しています。ノイズ抑制PPE(耳栓またはマフラー)を採用。可能であれば、音減衰キャビネットまたはチャンバー内に超音波処理器を配置します。</li>
		</ol>
</li>
		<li>所望の脂肪酸またはリン脂質貨物を加えて、4.1で決定された予想収率に基づいて、Bla g 1に対して20倍のモル過剰のリガンドを生成します。この工程で添加した有機溶媒の総容積は2%を超えてはなりません。混ぜる渦。 注:Bl 21 DE3細胞の1 Lは、通常、チューブあたり〜400 μMリガンドに対応する、〜0.25〜0.4 nmolタンパク質を生成します。</li>
		<li>4.1に記載したタンパク質をアニールする。</li>
	</ol>
</li>
</ol>5. リン脂質貨物の取り外し/積載 を確認する 31P-NMR
<ol><li>3.1に記載されている遠心フィルタユニットを使用して、Apoまたは貨物積載のBla g 1~>100 μMのサンプルを濃縮します。</li>
	<li>参照リン脂質をPBSバッファーに2、1.5、1、0.5、0.5、0.25 mMの最終濃度にリハイドレートします。</li>
	<li>サンプル1:1を、約600μLの総容量に、100 mM Tris pH 8.0、100 mM NaCl、10%w/vのチョレートを用いた希釈液。 注:Cholateは、このステップで、Bla g 1疎水性キャビティから脂質を完全に抽出し、可溶化するために使用されます。これにより、リン脂質ヘッドグループを取り巻く化学環境が異なるサンプル間で一貫していることを保証し 、31P-NMRを使用した定量的評価が可能になります。前述の15に記載したクロロホルム/メタノールの代用が可能な状態で、この使用はクロロホルム/メタノールに代用できる。</li>
	<li>広帯域プローブを用いて 、1D31P-NMRスペクトルを取得し、1サンプルの軟化ブラg1サンプルと参照リン脂質標準を取得します。 注:この研究で提示された 31P-NMRスペクトルは、600MHzの分光計を使用して得られました。しかし、同様の技術を採用した以前の研究では、150〜200 MHzの低いフィールド強度で許容感度を達成できることを示唆しています。</li>
	<li>適切なソフトウェア16を使用して、結果のデータを処理します。</li>
	<li>好ましいNMR表示ソフトウェア17を用いてピーク強度を得る。</li>
	<li>Bla g 1 31P-NMR スペクトルをリン脂質参照サンプル用に得られたスペクトルと比較して、可視ピークの化学シフト(またはそれらの欠如)に基づいて、内因性に結合したリガンドおよび/または所望のリガンドの結合を確認します。<ol>
<li>Bla g 1スペクトルのピーク強度をリン脂質基準規格のピーク強度と比較して、完全結合量測定を確認する。</li>
	</ol>
</li>
</ol>6. ブラg 1折りたたみの確認
<ol><li>0.5 μM のサンプルの Bla g 1 を CD バッファ (100 mM KH2PO4、バッファ pH 7.5) に用意します。サンプル2 mLを磁気攪拌棒で10mmのCDキュベットに積み込みます。</li>
	<li>2次構造の再構成を確認するために、Bla g 1のCDスペクトルを測定する。フォトマルチプライヤ(PMT)電圧がメーカーの推奨値(一般的に1 kV)を超えないようにしてください。<ol>
<li>25 °Cで260~200 nmのCD信号を測定し、データピッチは0.2 nm、スキャンレートは20 nm/sで、データ統合時間は1sです。</li>
	</ol>
</li>
	<li>CD セル内の温度を 25 °C から 95 °C まで 0.5 °C/分の速度で上げます。磁気攪拌棒を有効にして、サンプル全体で温度が均一であることを確認します。</li>
	<li>222 nmでCDを監視し、2°Cごとに測定値を取ります。</li>
	<li>結果のデータを 2 状態のボルツマン曲線に合わせて、融解温度を決定します。Bla g 1の安定性が高いため、溶融温度(MT25)は、タンパク質が222nmで最初のCDの25%を失った温度と定義されました。</li>
</ol>

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<li>Angelina, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+lipid+interaction+capacity+of+Sin+a+2+and+Ara+h+1%2C+major+mustard+and+peanut+allergens+of+the+cupin+superfamily%2C+endorses+allergenicity%5BTitle%5D)+AND+%22Allergy%3A+European+Journal+of+Allergy+and+Clinical+Immunology%22%5BJournal%5D)">The lipid interaction capacity of Sin a 2 and Ara h 1, major mustard and peanut allergens of the cupin superfamily, endorses allergenicity.</a> Allergy: European Journal of Allergy and Clinical Immunology. 71 (9), 1284-1294 (2016).</li>
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</ol>

著者らは開示するものは何もない。

本研究で説明したプロトコルは、ブラg1の脂質結合特性を体系的に研究するためにうまく応用されている。これにより、貨物結合性、サーモスク性、および内因性処理との間の相関が明らかになっており、後者は、免疫原性に対する潜在的な意味を有する既知のT細胞エピトープの生成の減少と相関していた。Bla g 1に加えて、Pru p 3およびBet v 1のような他のアレルゲンは、標準アフィニティーおよびサイズ排除クロマトグラフィー法13、19、20、21、22を用いて精製した場合に、それらの内因性結合貨物を保持することが示されている。これらの歓迎されないゲストは、これらのタンパク質の生物物理学的および免疫学的特性を同...

アレルゲンデータベースの調査では、アレルゲンは全ての既知のタンパク質ファミリーの2%にしか見つからないことが明らかになっており、一般的な機能的および生物的性質がアレルゲン性1に寄与することを示唆している。これらの特性のうち、脂質貨物を結合する能力はアレルゲンの間で強く過剰に表現されているように見えるが、これらの貨物が感作プロセス1に影響を与える可能性があることを示唆している。実際、ブラジルナッツアレルゲンBer e1は、その完全な感作電を実現するためにその内因性脂質との共投与を必要とすることが示されている2.これらの脂質は、MITアレルゲンDer p2およびDer p 7によって示されるように免疫系を直接刺激する可能性があり、どちらもLPS結合タンパク質3、4、5と強い構造相同性を共有する。この観察に基づいて、Derp2とDerp7は細菌脂質を結合し、TLR4媒介シグナル伝達を介して宿主免疫系を直接刺激し、感作プロセス5,6を促進することが提案された。また、内因性に結合した脂質が、アレルギー性タンパク質自体の生物物理学的性質を変化させる可能性もあります。例えば、Sina2(マスタード)およびArah1(ピーナッツ)とリン脂質小胞と相互作用する能力は胃および内皮分解7に対する耐性を有意に増強し、一方で主要な白樺花粉アレルゲンBet v 1へのリガンド結合は、内経処理の速度と得られるペプチドの多様性を両方とも変化させた。これは特に、安定性、T細胞エピトープ生成、およびBet v 1およびBla g 1などのタンパク質のアレルゲン性との間で観察された相関関係を考えると、アレルゲン性に関連する。後者は、この作品9、10の主題になります。
Bla g 1は、昆虫主アレルゲン(MA)タンパク質ファミリーの原型型的なメンバーを表し、異常に大きな疎水性キャビティ9,11を囲む12の両生媒性アルファヘリックスからなるユニークな構造を有する。Bla g 1の利用可能なX線結晶構造は、結合したリン脂質または脂肪酸リガンドと一致するこの空洞内の電子密度を示す。31P-NMRと質量分析によって確認された推測。これらの貨物は本質的に異種であり、その組成はアレルゲン源に大きく依存しており、大腸菌およびP.パストリスで発現する組換えブラg1について異なる脂質プロファイルが観察された。不思議なことに、天然のアレルゲン源(ゴキブリのフラス)から精製されたBla g 1は、その結合部位に主に脂肪酸を含み、パルミチン酸塩、オレエー酸酸、ステアレートの混合物がその「天然」リガンド9,11として同定された。複数の精製ステップに従って脂質および脂肪酸を保持するBla g 1の能力は、単離でタンパク質を研究する努力を妨げる。逆に、天然のパルミチン酸、ステアリン酸、および、Bla g 1のオレエー酸リガンド(それ以降はnMixと呼ばれる)がそのアレルゲン性およびネイティブ生物学的機能9の両方において重要な役割を果たすることが示唆されている。しかし、これらのリガンドは組換え源から得られたBla g 1には存在せず、この仮説を評価することは困難である。同様の問題は、ベットv 112,13のような他の脂質結合アレルゲンに対して観察されている。脂質とアレルゲン相互作用の体系的な研究を容易にするために、アレルゲンを内因的に結合した脂質を定量的に取り除き、アポ形態または特異的リガンドを装填するプロトコルを開発しました。
アレルゲンは、アフィニティークロマトグラフィーおよび/またはサイズ排除クロマトグラフィーを使用して、自然または組み換え源から最も一般的に精製されます。ここでは、アレルゲンが脂肪酸結合タンパク質14用に開発されたプロトコルと同様の有機溶媒に溶出される逆相C18カラムを採用した、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)の形で追加の精製工程を導入する。得られたタンパク質は、次いで、脂肪酸および/またはリン脂質の存在または存在下で熱アニーリングステップを行う。天然のBla g1を回収することに加えて、高温は脂質貨物の溶解性および入手可能性を高め、所望の疎水性リガンドを均一にアポ形態または均一に装填した状態でBla g1を得る。 31このように精製されたBla g 1のP-NMRスペクトルは、所望の化合物との内因的に結合したリガンドおよび均一な置換の完全な除去を確認し、環状二色は、ブラg1倍の正常な回収を確認した。この方法の有用性は、貨物結合がBla g 1のサーモスタ性およびタンパク質分解性を増強し、感作およびアレルギー性に潜在的な影響を及ぼすT細胞エピトープ生成の運動学を変化させることが判明した最近の研究で強調されている。

<table><tbody><tr><td>Bla g 1遺伝子&nbsp;</td><td>Genescript</td><td>N/a</td><td>カスタム遺伝子合成サービス。GenBank Accession no AF072219 Residues 34-216</td></tr><tr><td>Affinity purified natural Bla g 1 (nBla g 1)</td><td>Indoor biotechnologies</td><td>N/a</td><td>カスタムオーダー</td></tr><tr><td>Agilent 1100 Series HPLC System</td><td>Agilent</td><td>G1315B, G1311A, G1322A</td><td>UV Detector, Pump, and Degasser</td></tr><tr><td>Agilent DD2 600 MHz spectrometer</td><td>Agilent</td><td>N/a</td><td></td></tr><tr><td>Amicon Ultra-15 Centrifugal Filter Unit</td><td>Amicon</td><td>UFC-1008</td><td></td></tr><tr><td>Ampicillin</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP1760-5</td><td></td></tr><tr><td>Benzonase</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E1014-5KU</td><td></td></tr><tr><td>Broad- band 5 mm Z-gradient probe</td><td>Varian</td><td>N/a</td><td></td></tr><tr><td>ChemStation for LC (Software)</td><td>Agilent</td><td>N/a</td><td></td></tr><tr><td>cOmplete Mini Protease Inhibitor Cocktail</td><td>Roche</td><td>11836153001</td><td></td></tr><tr><td>ジステアロイルホスファチジルコリン (18:0 PC)</td><td>Avanti Polar Lipids</td><td>850365C</td><td></td></tr><tr><td>E. Coli BL21 DE3 Cells</td><td>New England Biolabs</td><td>C2530H</td><td></td></tr><tr><td>Freezone 4.5 Freeze Dry System</td><td>Labconco</td><td>7750000</td><td></td></tr><tr><td>Glutathione Resin Genescript</td><td></td><td>L00206</td><td></td></tr><tr><td>Glutathione, Reduced</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP25211</td><td></td></tr><tr><td>イソプロピル-&β;-D-チオガラクトピラノシド(IPTG)</td><td>Fisher Scientific</td><td>34060</td><td></td></tr><tr><td>Jasco&nbsp;CD分光偏光計</td><td>Jasco</td><td>J-815</td><td></td></tr><tr><td>Millex Syringe Filter Unit</td><td>EMD Millipore</td><td>SLGS033SS</td><td></td></tr><tr><td>NMRPipe (ソフトウェア)</td><td>Delaglio et al.&nbsp;</td><td>N/a</td><td>Delaglio, F. et al. Nmrpipe - Unix Pipesに基づく多次元スペクトル処理システム J. Biomol.NMR 6、277&ndash;293(1995年)。</td></tr><tr><td>NMRViewJ (ソフトウェア)</td><td>Johnson et al.&nbsp;</td><td>N / A</td><td>ジョンソン、BA&Blevins, R. A. NMR View: NMRデータの可視化と分析のためのコンピュータプログラム。J.バイオモル。NMR 4、603&ndash;614(1994年)。</td></tr><tr><td>オレイン酸</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>O1008</td><td></td></tr><tr><td>Pierce BCA Protein Assay</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>BCA1-1KT</td><td></td></tr><tr><td>Polaris 5 C18-A 250x10.0 mm HPLC カラム</td><td>Agilent</td><td>SKU: A2000250X100</td><td></td></tr><tr><td>SD-200 真空ポンプ</td><td>Varian</td><td>VP-195</td><td></td></tr><tr><td>チョル酸ナトリウム水和物</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C6445</td><td></td></tr><tr><td>パルミチン酸</td><td>ナトリウムSigma-Aldrich</td><td>P9767</td><td></td></tr><tr><td>ステアリン酸ナトリウム</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S3381</td><td></td></tr><tr><td>VnmrJ (ソフトウェア)</td><td>Varian</td><td>N/a</td><td></td></tr></tbody></table>

脂質結合タンパク質およびアレルゲンからの内因性リガンドの除去と置換

Removal and Replacement of Endogenous Ligands from Lipid-Bound Proteins and Allergens

多くの主要なアレルゲンは、Mus m、Bet v 1、Der p 2、およびFel d 1を含む疎水性脂質様分子に結合します。これらのリガンドは強く保持されており、免疫系を直接刺激するか、アレルギー性タンパク質の生物物理学的性質を変化させることによって感作プロセスに影響を与える可能性を有する。これらの変数を制御するためには、内因性結合リガンドの除去と、必要に応じて既知の組成物の脂質と置換する技術が必要である。ゴキブリアレルゲンブラg1は、従来の技術を使用して精製した場合に内因性脂質の異種混合物を結合する大きな疎水性空洞を囲む。ここでは、逆相HPLCを用いてこれらの脂質を除去し、続いて熱アニーリングを行い、そのアポ形態でBla g 1を得るか、または脂肪酸またはリン脂質カルゴのユーザ定義混合物でリロードする方法について述べた。このプロトコルと生化学的アッセイを結合すると、脂肪酸貨物はBla g 1のサーモスタ性とタンパク質分解性を有意に変化させ、T細胞エピトープ生成およびアレルゲン性の速度に下流の影響を及ぼすことが明らかになった。これらの結果は、組換え源と天然源の両方からアレルゲンを研究する際にここに記載されているような脂質除去/リロードプロトコルの重要性を強調している。このプロトコルは、リポカリン(Mus m 1)、PR-10(Bet v 1)、MD-2(Der p 2)、ウトログロビン(Fel d 1)を含む他のアレルゲンファミリーに一般化可能であり、アレルギー反応における脂質の役割を研究するための貴重なツールを提供する。

アフィニティクロマトグラフィーを用いて、組換えGST-Bla g 1は高い純度(図1A)に容易に単離され、細胞培養の収率は〜2〜4mg/Lを産生する。4°CでTEVプロテアーゼを用いた一晩のインキュベーションは、GSTタグを除去するのに十分であり、〜24kDaで最終生成物を得る。なお、この場合、フロースルーおよび洗浄画分にかなりの量のGST-Bla g 1があり、グルタチオン樹脂結合能力を超えたことを示唆している。より多くの樹脂またはサンプルの負荷と溶出の複数のサイクルを使用すると、この問題の改善を提供することができます。
逆相C18カラムにBla g 1を適用すると、特徴的な溶出プロファイル(図1B)が得られ、~50%バッファBで2つの大きなピークが生じ、得られた分数の2番目の大きなピークが~75%バッファB.SDS-PAGE分析は、前者が切断されたGSTタグに対応していることを示唆し、後者はBla g 1に対応することを示唆している。時には、残存、切断されていないGST-Bla g 1に対応する中間に、3番目に...

このプロトコルは、アレルゲンからの内在性脂質の除去と、熱アニーリングと結合された逆相HPLCによるユーザ指定リガンドとの置換を記述する。 31P-NMRおよび円形二色症はリガンドの除去/負荷の速い確認、およびネイティブアレルゲン構造の回復を可能にする。

Many major allergens bind to hydrophobic lipid-like molecules, including Mus m 1, Bet v 1, Der p 2, and Fel d 1. These ligands are strongly retained and ...

多くのアレルゲンは疎水性分子に結合する。このプロトコルは、これらのリガンドの完全な除去と置換を可能にし、体系的な方法で構造および免疫原性への影響を研究することを可能にする。逆相HPLCの使用は、熱アニーリングと相まって、2つの利点を有する。それは内因性リガンドを除去し、リガンドを可溶化して他の方法ではアクセスできない結合部位を開くのに役立ちます。アレルゲン性に寄与する要因を特定できれば、これらの要因を避ける治療法を設計できる可能性があります。多くのタンパク質は脂質リガンドに結合し、強固に保持され、構造と機能の両方に影響を与える可能性があります。我々の方法は、これらの相互作用の体系的な研究を可能にする。多くの脂質貨物の限られた溶解性およびアクセス性は、ローディングプロセスを阻害する可能性がある。これらのリガンドを準備する際には必ず注意を払い、システム特有の適応の必要性を考慮してください。疎水性および不溶性リガンドの作業は、一部のアレルギー物質や生化学者にとって調整であるため、サンプルが異なる段階でどのようなものであるかを確認するのに役立ちます。発現と精製をクローニングした後、全容が2ミリリットル未満になるまで、スイングバケットローターでの複数の遠心分離のための10キロダルトン分子量カットオフを有する遠心フィルターユニットに、切断されたブラg1の12ミリリットルを適用する。得られた濃縮物を、280ナノメートルの蛍光吸光度を使用して、280ナノメートルの蛍光吸光度を使用して、280ナノメートルの蛍光吸光度を使用して、97%バッファAと3%バッファB.Elute Bla g 1を毎分1.5〜4ミリリットルの流量で平衡にしたC18逆相クロマトグラフィーカラムを装備した250 x 10ミリメートルHPLCシステムに積み込みます。約34〜40分から始まり、74%を超える緩衝B濃度は、各ブラg1画分の4ミリリットル以下を収集する。アリコートは、ガラス試験管にプールされたBla g 1分数を。パラフィンフィルムでチューブを覆い、2つの穴でフィルムを穿孔します。次に、サンプルをマイナス80度で1時間凍結し、凍結乾燥機を使用して得られた脂質分解タンパク質サンプルを乾燥させます。予想されるBla g 1収率を決定するために、リフォールディングバッファーの5ミリリットルで凍結乾燥脱脂試験アリコートを再中断する。250ミリリットルの水を含む500ミリリットルのビーカーで混合物を熱し、攪拌と断続的な渦を巻き付けたホットプレートで摂氏95度にします。水浴を室温にゆっくりと平衡させる前に、溶液を95度に30〜60分間保持します。溶液が冷却されたら、0.22ミクロンのシリンジフィルターを通してアニールされたBla g 1脂質混合物を通過させて粒子状物質を除去し、10キロダルトンカットオフを備えた新しい遠心フィルターを使用して濾過されたタンパク質をPBSに3回バッファー交換し、残留フリー脂肪酸および有機溶媒を除去します。次に、標準的なタンパク質分析アッセイを用いてタンパク質濃度を評価し、残りのBla g 1アリコートの予想収量を決定する。Apo-Bla g 1を再構成するために、Bla g 1アリコートをアリコート当たり5ミリリットルのリフォールバッファーで再中断し、サンプルをアニールして示すようにする。リン脂質を含むブラg1をロードするには、ガラス試験管に所望の貨物の10ミリグラムを加え、クロロホルムに溶解し、クロロホルムを蒸発させて脂質膜を作製する。次いで、PBSをチューブに加え、20ミリモルの最終的なリン脂質濃度を生成する。脂質貨物の相転移温度を超えてリン脂質を加熱して脂質膜を水分補給し、溶液が白濁するまで渦を加熱する。次に、リン脂質貨物を加えて、予想される収率に基づいて、Bla g 1に対して20倍のモル過剰のリガンドを生成する。沈殿剤が形成される可能性があります。デモンストレーションしたようにタンパク質を焼鈍する前に混合する渦。リン-31 NMRによる貨物の取り外しまたは積載を確認するには、遠心フィルタを使用してサンプルを100マイクロモル以上に濃縮します。示されているようにPBSバッファー内の既知の濃度の参照リン脂質サンプルを調製し、約600マイクロリットルの総体積に対して、チョレートバッファーとの1:1の比率に対してBla g 1末端参照を希釈する。広帯域プローブを使用して、コルレート可溶化ブラg1サンプルの1次元、31リンNMRスペクトルおよびリン脂質標準を参照し、 そして、リン脂質参照サンプルに対して得られたものと、発端的に結合したリガンドの除去および/または可視ピークの化学シフトに基づく所望のリガンドの結合を確認するために得られたものと、Bla g 1スペクトルのピーク強度をリン脂質基準基準と比較して完全結合のシチトトリムを確認できるようにする。アフィニティークロマトグラフィーを使用して、組換えGST Bla g 1は、高い純度に容易に単離することができ、細胞培養の1リットル当たり2〜4ミリグラムの収率を生じる。摂氏4度のTEVプロテアーゼによる一晩のインキュベーションは、GSTタグを除去するのに十分であり、約24キロダルトンで最終製品を得る。逆相C18カラムにBla g 1を適用すると、50%バッファBで2つの大きなピークを有する独特の溶出プロファイルが得られ、Apo-Bla g 1の75%バッファB.リン-31 NMRスペクトルで2番目の大きなピークは検出可能なリン脂質を示さない。標準曲線は、既知のDSPC濃度の参照サンプルを使用してNMRから生成することができます。DSPC Bla g 1から得られたリン31シグナル強度をこの標準曲線と比較すると、脂質1タンパク質の結合ストイチオメトリーを得ることができる。アポおよび脂質負荷のBla g 1の円状二色性スペクトルは、主にアルファヘリカル構造を示す220および210ナノメートルのミニマを示す。円形二色性ベースの熱変性アッセイはまた、折り畳まれた球状ドメインを示すα-らせん二次構造の協同組合的損失を示す。さらに、得られた融解温度の分析は、nMixリガンド結合時に有意な増加を明らかにし、その天然アレルゲン源から得られたBla g 1と一致する。このプロトコルの成功は、疎水性リガンドの限られた溶解性と、Bla g 1結合キャビティのアクセス不能な性質の両方を克服する能力に依存しています。この手順は、T細胞増殖アッセイなどの免疫学的研究の基礎を築き、脂質リガンドが感作に及ぼす影響と、これが起こる分子メカニズムを評価する。この手順をさらなる生物物理学的アッセイと結合すると、疎水性リガンドの結合がBla g 1安定性を高め、エピトープ生成およびアレルゲン性に対する潜在的な下流の影響を有することを示した。

removal-replacement-endogenous-ligands-from-lipid-bound-proteins

Research

JoVE Journal

Biochemistry

生物化学

グラム陰性菌からのリポ多糖（LPS）のリピドAドメインの単離および特徴は、細胞表面の抗生物質耐性のベースのメ​​カニズム、細菌の生存やフィットネス、そしてどのように化学的に多様な脂質分子種が差ホスト自然免疫応答を調節への洞察を提供します。...

グラム陰性菌からの単離とリピドAの化学特性評価

ゼブラフィッシュの胚に存在する低存在量の内因性受容体を検出するための新しい技術が説明されています。免疫沈降に関連するリガンドによる受容体の親和性標識で構成されているため、AFLIPと名付けました。...

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私たちは、流体脂質二重層によって取り囲まれるナノメートルタンパク質のパッチでガラスを官能化するプロトコルを提示します。これらの基板は、高度な光学顕微鏡と互換性があり、細胞接着および遊走の研究のためのプラットフォームとして機能することが期待されます。...

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説明は、抗原のリポソーム化ナノ粒子と刺激的な B 細胞活性化の in vitroとin vivoでの使用の準備です。一貫性と堅牢な抗体は、ピーナッツ...

疾患特異的抗体の生成のための抗原性リポソーム

このプロトコルは、小麦無細胞系およびリポソームを用いた二重層透析法による高品質のプロテオリポソームの効率的な無細胞生産法を記載する。この方法は、膜タンパク質の機能解析、創薬標的のスクリーニング、および抗体開発に適した手段を提供します。...

膜タンパク質を標的とした機能解析と抗体開発のためのプロテオリポソームの無細胞生産

ここでは、メディエーター放出アッセイを提示し、ヒトIgE受容体にトランスフェクトしたラット好塩基性白血病細胞株を用いて、1型アレルギー反応において典型的に認められるエフェクター細胞の脱顆粒をシミュレートする。この方法は、高感度、再現性、およびカスタマイズ可能な方法でアレルゲンの生物学的活性を調査します。...

ヒト化メディケーターは、アレルゲン効力の読み取りとしてアッセイをリリース

この方法では、複数のマウス組織から中間体フィラメント（IF）タンパク質を迅速かつ効率的に単離するための生化学的手順を提示する。単離されたIFは、質量分析および他の生化学アッセイによる翻訳後修飾の変化を研究するために使用することができる。...

複数のマウス組織からの中間体フィラメントタンパク質の単離による老化に関連する翻訳後修飾の研究

ヒト僧帽弁のタンパク質組成は、未分化であり、その分析は細胞密度が低く、したがって低タンパク質生合成によって複雑であるため、まだ未知である。この研究は、僧帽弁プロテオームの分析のためにタンパク質を効率的に抽出するためのプロトコールを提供する。...

ヒト僧帽弁からのタンパク質抽出のための最適化プロトコル

学ぶ アレルゲンからの内因性脂質リガンドの除去と置換法。逆相HPLCと熱アニーリングを用いて、リガンドが構造と免疫原性に与える影響を系統的に研究できます。

脂質結合タンパク質およびアレルゲンからの内因性リガンドの除去と置換

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