Name: 트립토판-ANS FRET 연구를 위한 재조합 Ca2+-ATPase N-도메인에서 트립토판 잔류물의 화학적 수정 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-10-09T13:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 7 s
Description: 탐색하세요 재조합 Ca²⁺-ATPase N-도메인에서 트립토판 잔류물의 화학적 수정을 통한 ANS 결합 연구 방법입니다. 형광 분광법으로 FRET 패턴을 분석하여 단백짐 상호작용을 규명합니다.

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이 작품은 부분적으로 FAI-UASLP 보조금 번호 C19-FAI-05-89.89 및 CONACYT 교부금 번호 316463 (아포요스 라 시엔시아 드 프론테라: 포르탈레시미엔토 y 만테니미엔토 드 인프라에스트루쿠라스 드 Investigación de Usocomún y Capacicn. 저자는 비디오 에디션에서 줄리안 E. 마타 모랄레스의 기술 적 지원에 감사드립니다.

1. ANS 및 SERCA N 도메인 상호 작용의 결정(실리코)
<ol><li>바람직한 단백질 모델링소프트웨어(50)를이용하여 분자 모델링을 통해 단백질(SERCA N-domain)의 3차원(3D) 구조를 생성한다.</li>
	<li>바람직한 분자 구조소프트웨어(51)를이용하여 뉴클레오티드 결합 부위를 형성하는 아미노산 잔류물을 확인하고, 아르그와 리스잔류물(35)의존재를 결정한다. 이들은 ANS 결합을 위해 요구되고 형광 강도 (양자 수율)를 증가시다.</li>
	<li>분자 도킹(바람직한 도킹 소프트웨어 사용)52,53,54(FITC)의 상호작용을 결정하기 위해 분자 도킹(1)을 수행하여(이는 뉴클레오티드 결합 부위를 표시하는 Lys515와 공유 결합을 형성함), 및 뉴클레오티드-결합 부위에 아미노산 잔류물을 가진 ANS(도킹1)를실시한다.</li>
	<li>선호하는 소프트웨어에서 측정 도구를 사용하여 Trp 잔류물과 바운드 ANS 사이의 분자 거리(Å)를 계산합니다.</li>
	<li>ANS-N-도메인 복합체의 분자 역학 시뮬레이션을 수행하여 상호 작용52,54의안정성을 결정한다. 이어서, 복합체의 안정성이 확인되었을 때 시험관내 실험을 수행한다.</li>
</ol>2. 재조합 N-도메인의 표현 및 정제
<ol><li>N도메인(40)에대한 유전자 코딩을 합성한다.</li>
	<li>N-도메인(40)에대한 코딩합성 유전자를 포함하는 플라스미드를 설계 및 시공한다.</li>
	<li>호화색소 (Ni-NTA), 엔지니어링 재조합 N 도메인에 의해 익스프레스 및 정화. 순도를 결정하기 위해 정제된 단백질의 SDS-PAGE를 수행한다(도2)40.</li>
	<li>N-도메인 소멸 계수(ε=11,960 M-1·cm-1)40으로 280nm의λ에서 흡광도를 연구하여 단백질 농도를 결정한다.</li>
</ol>3. ANS 및 N 도메인 형광 강도 변화에 따라 ANS-N 도메인 복합체의 형성을 모니터링합니다.
<ol><li>N,N-디메틸포르마미드에서 ANS 재고 솔루션을 준비합니다.<ol>
<li>소량(1-5 mg)의 ANS의 무게를 측정하고, N,N-디메틸포르마미드, 예를 들어, 3.2 mg(10.69mMM 최종 농도)의 최종 부피의 1mL에 용해한다.</li>
		<li>N,N-디메틸포르마미드, 예를 들어, 10.69mM ANS 용액의 9.4 μL을 pH 8.0의 최종 부피를 얻기 위해 100 μM ANS 수성 스톡 솔루션을 준비한다.</li>
		<li>15s용 3-5회 를 소용돌이시켜 솔루션을 섞는다. 참고: 다음 실험에서는 ANS 수성 재고 솔루션만 사용하십시오. 실험을 시작하기 전에 ANS 수성 재고 솔루션을 신선하게 준비합니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>N,N-디메틸포르마미드에서 NBS 재고 솔루션을 준비합니다.<ol>
<li>소량(1-5 mg)의 NBS의 무게를 측정하고, N,N-디메틸포르마미드, 예를 들어, 5.3 mg의 1mL(29.78 mM 최종 농도)에 용해한다.</li>
		<li>N,N-디메틸포르마미드, 예를 들어, 최종 부피0.1mm의 50mM 인산염 버퍼의 96.64 μL에 29.78 mM NBS 용액의 3.36 μL을 추가하여 NBS 용액을 사용하여 1mM NBS 수성 스톡 솔루션을 준비한다.</li>
		<li>15s용 3-5회 를 소용돌이시켜 솔루션을 섞는다. 참고: 실험을 시작하기 전에 NBS 수성 재고 솔루션을 새로 준비합니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>ANS로 N-도메인을 적시하고, 25°C에서 λ=295 nm에서 자궁 내분에 의해 형광 스펙트럼을 기록한다.<ol>
<li>형광 스펙트럼 기준선을 가져옵니다.<ol>
<li>1 mL 형광 석영 큐벳에 pH 8.0과 50 mM 인산염 버퍼의 1 mL을 배치합니다.</li>
			<li>분광성계의 열-명시된 세포 챔버(25°C)에 세포를 배치하고 295nm로 발산 λ를 설정한다.</li>
			<li>형광 스펙트럼 (305 - 550 nm)을 기록합니다. 참고: 빈 시료역할을 하는 pH 8.0을 가진 50mM 인산염 버퍼의 형광 스펙트럼은 모든 얻어진 형광 스펙트럼에서 빼진다.</li>
		</ol>
</li>
		<li>N 도메인의 본질적인 형광 스펙트럼을 가져옵니다.<ol>
<li>형광 석영 큐벳에 pH 8.0과 50 mM 인산염 버퍼의 900 μL을 배치합니다.</li>
			<li>N 도메인(10 μM) 서스펜션의 100 μL을 추가하여 1mL 최종 부피에서 1 μM N-도메인 최종 농도를 얻습니다.</li>
			<li>마이크로파이프를 사용하여 20번 부드럽게 균질화하여 용액의 균질성을 보장합니다. 참고: 단백질은 고품질 내성 형광 스펙트럼을 얻기 위해 신선하게 정제되어야 하며, 예를 들어, 정제된 재조합 N-도메인은 정제 후 1주일 동안만 사용할 수 있다.</li>
			<li>분광성계의 열-명시된 세포 챔버(25°C)에 세포를 배치하고 295nm로 발산 λ를 설정한다.</li>
			<li>N-도메인 본질형 형광 스펙트럼(305-550 nm)을 기록합니다.</li>
		</ol>
</li>
		<li>ANS를 추가하고 λ=295 nm에서 흥분하여 형광 스펙트럼을 얻습니다.<ol>
<li>정지된 N도메인(1 μM)에 100 μM ANS 수성 스톡 용액의 2μL 알리쿼트(1μM aliquot)를 추가하여 0.2 μM ANS 최종 농도를 얻습니다.</li>
			<li>마이크로파이프를 사용하여 20번 부드럽게 균질화하여 용액의 균질성을 보장합니다.</li>
			<li>분광성계의 열안정 세포챔버(25°C)에 셀을 배치하고 295nm로 발산 λ를 설정한다.</li>
			<li>형광 스펙트럼(305-550 nm)을 기록합니다.</li>
			<li>ANS 추가 및 형광 스펙트럼 기록을 1:1 어금니 관계 ANS:N 도메인 위에 반복합니다.</li>
			<li>적합한 소프트웨어를 사용하여 각 스펙트럼에서 빈 스펙트럼을 뺍니다.</li>
			<li>단일 그래프에서 모든 스펙트럼을 플롯합니다.</li>
			<li>스펙트럼이 FRET와 같은 패턴을 형성하는지 여부를 결정합니다. ANS-N-도메인 형광 스펙트럼은 FRET 와 같은패턴(그림 3A)을형성한다.</li>
		</ol>
</li>
	</ol>
</li>
</ol>4. N-도메인 본질형 형광 적정 NBS와 Trp 화학 수정에 의해.
<ol><li>3.3.1 및 3.3.2 단계를 반복합니다.</li>
	<li>1 μM NBS 수성 스톡 용액의 1 μL 알리쿼트를 일시 중단된 N-도메인(1 μM)에 추가하여 1μM NBS의 최종 농도를 얻습니다.</li>
	<li>마이크로파이프를 사용하여 20번 부드럽게 균질화하여 용액의 균질성을 보장합니다.</li>
	<li>분광성계의 열안정 세포챔버(25°C)에 셀을 배치하고 295nm로 발산 λ를 설정한다.</li>
	<li>형광 스펙트럼(305-550 nm)을 기록한다(도3B).</li>
	<li>최소한의 N-도메인 내성 형광 담금질이 관찰될 때까지 NBS 첨가 및 형광 스펙트럼 기록을 반복한다40. N 도메인에서 일반적으로 5-6 NBS/N 도메인40의어금니 비율로 발생합니다. 참고: NBS는 N-도메인의 본질적인 형광을 빠르게 담금질(<5s); 형광 강도의 감소가 관찰됩니다. NBS는 또한 다른 아미노산 잔기(47)와반응 할 수 있기 때문에, 다음 단계로 즉시 진행한다.</li>
	<li>적합한 소프트웨어를 사용하여 각 스펙트럼에서 빈 스펙트럼을 뺍니다.</li>
	<li>단일그래프(그림 3B)에서모든 스펙트럼을 플롯합니다.</li>
</ol>5. 25°C에서 형광 스펙트럼을 기록하여 NBS 변형 N-도메인을 ANS로 격자무성.
<ol><li>4단계에서 생성된 NBS 수정N 도메인을 사용하여 3.3.3 단계를 수행합니다.</li>
	<li>적합한 소프트웨어를 사용하여 각 스펙트럼에서 빈 스펙트럼을 뺍니다.</li>
	<li>단일그래프(그림 3C)에서모든 스펙트럼을 플롯합니다.</li>
	<li>생성된 형광스펙트럼(도 3C)은FRET의 발생을 지지하거나 반박하며, 즉 FRET가 발생하면 ANS 형광이 증가하지 않으며 그 반대의 경우도 마찬가지입니다.</li>
</ol>6. λ=370 nm에서 여기로 화학적으로 변형된 N-도메인에 결합하는 ANS의 증거.
<ol><li>4단계에서 생성되었지만 난회 λ를 370nm로 변경한 NBS 수정 N 도메인을 사용하여 3.3.3 단계를 수행합니다.</li>
	<li>적합한 소프트웨어를 사용하여 각 스펙트럼에서 빈 스펙트럼을 뺍니다.</li>
	<li>단일그래프(그림 3D)에서모든 스펙트럼을 플롯합니다.</li>
	<li>ANS 형광 강도의 증가를 관찰하여 N 도메인에 바인딩ANS 바인딩을 확인합니다. N-도메인에 결합하는 ANS는 λ=370 nm(도3D)에서흥분할 때 형광 증가를 나타낸다. 대조군으로서, pH 8.0을 가진 50mM 인산염 완충제에서 ANS(단독으로)의 형광 스펙트럼은 295 및 370 nm의 λ에서 흥미진진한 얻어졌다(도 4,비디오에 표시되지 않음). 참고: 화학적 수정에 필요한 NBS:Trp의 stoichiometric 관계는 연구 하에 단백질에 Trp 잔류물의 매장 정도에 따라 달라집니다46,47,55,56. 따라서 NBS:단백질/(Trp) 어어 비율을 미리 결정하는 것이 좋습니다.</li>
</ol>

저자는 경쟁적인 재정적 이익이 없다고 선언합니다.

ANS-N-도메인 복합체의 형광 스펙트럼은 295nm의 λ에서 흥분할 때 FRET 와 같은 패턴을 나타내며, Trp 잔류물과 ANS 사이의 분자 거리(20 Å)는 FRET(도1)의발생을 지지하는 것으로 보인다. NBS에 의한 Trp 화학 적 변형은 덜 형광 N 도메인(도 3B,스펙트럼 f);을 초래한다; 따라서 에너지 전송은 불가능합니다. ANS 형광 스펙트럼은 295 nm(도 3A 및 C)의λ에서 흥분 할 때 수정되지 않은 N 도메인의 것과 유사합니다.
따라서, 295nm의 λ에서 ANS의 직접 발동은 다른저자(28)가제안한 메커니즘과 합의되는 ATP 결합부위(도 3C)에바인딩될 때 ANS 형광...

Föster 공명 에너지 전달(FRET)은 단백질 구조 및 기능 연구에서 결합 또는 상호 작용 후 분자 구조 간의 거리를 결정하는 표준 기술이 되었다1,2,3,4. P형 ATPases에서 FRET는 사르코-내도 망상 Ca2+-ATPase(SERCA)2,5,6,7,8,예를 들어, 촉매 주기 동안의 구조적 변동을 FRET7에의해 전체 단백질로 분석하여 분석하는 데 사용되어 왔다.
FRET 기증자는 다양하며, 작은 형광 (외발) 분자에서 형광 단백질9,10에이르기까지 다양합니다. 트립토판(Trp) 잔류물(그들의 형광로 인한)은 단백질 아미노산서열(11,12)의구조적 변화를 식별하는 데 유용하다. Trp의 형광 강도는 주변 환경의 극성에 실질적으로의존한다(13,14). 리간드 결합은 일반적으로 단백질/효소15,16에서구조적 재배열을 생성한다. Trp가 단백질 결합 부위에 존재하거나 가까이 위치한 경우, 구조적 변동은 수성물질(13,14)에대한 Trp 노출 정도에 자주 영향을 미친다. 따라서, 극성의 변화는 Trp 형광 강도13,14의담금질귀귀착한다. 따라서 Trp의 형광 특성은 효소에 대한 리간드 결합 연구를 수행하는 데 유용합니다. 다른 물리적 현상은 또한 Trp 형광 이17,18,19,20,예를 들어, FRET 및 중간 극성 의 변화로 이어질 수 있다. Trp의 흥분 상태에서 불소호레로의 에너지 전송은 또한단백질(21)의작은 리간드의 친화성 결정과 같은 잠재적인 응용 분야가 있다. 실제로, Trp는 주로 단백질22,23,24,예를 들어, 테르비움(Tb3+)FRET 연구에서 FRET 연구에서 FRET 연구에서 형광 기증자로 주로 사용되어 왔으며, Trp 잔류물은 Tb3+25,26,27로에너지 전송을 위한 안테나로 자주 사용된다. Trp는 단백질 구조에 내재된 구성 특성으로 인해 다른 FRET 기증자에 비해 다양한 이점을 표시하여 연구된단백질(24)의기능/구조에 영향을 줄 수 있는 예비 공정의 필요성을 제거한다. 따라서, 방사성 붕괴의 식별(단백질 구조 재배열에 의해 유도되는 중간 극성의 에너지 전달 및 변화)은 단백질 구조 연구에서 리간드 결합에 관한 정확한 결론을 도출하는 데 중요하다13,14,19,28.
단백질 구조 연구에서, 외외형 불소호레, 즉 8-아닐리노-1-나프탈렌 설포네이트(ANS)는 주로 단백질 접기/전개28,29와관련된 실험에 사용되어 왔다. ANS는 일반적으로 기판31,32,33의결합 부위에서 네이티브 상태에서 단백질/효소에 결합한다. ANS 형광 양자 수율(ΦF)의 증가(즉, 형광 강도의 증가)는 광수 포켓에 있는 ANS와 그의 잔류물이34,35,36,37의적절한 상호작용이 발생할 때 λ=370 nm에서 단백질을 흥미진진하게 유도한다. 다양한 연구에서, Trp 잔류물 (기증자)와 ANS (수락자) 사이의 FRET (280-295 nm 내의 λ에서 흥미 진진한 경우)의 발생은 다음과 같은 것을 기반으로보고되었습니다 : 1) Trp의 형광 스펙트럼과 ANS의 흥분 스펙트럼의 중첩 및 ANS의 흥분 스펙트럼, 2) 보다 적합한 원거리 또는 TRpS (Trps) 식별 3) 단백질 포켓에 결합될 때 높은 ANS 양자 수율, 및 4) ANS3,17,27,37,38의존재에서 단백질의 형광 스펙트럼에서 특징적인 FRET 패턴.
최근에는 SERCA 및 기타 P형 ATPases에서 뉴클레오티드 결합 도메인(N-domain)에 결합하여 설계재조합 N-도메인40,41,42,43,44, 45,46을사용하여 조사되고있다. SERCA N-domain의 분자 공학은 유추형 결합 부위에 가까운 보다 역동적인 구조(Tyr587Trp)로 단독 Trp 잔류물(Trp552Leu)을 이동시키는 데 사용되어 왔으며, 여기서 형광 변이(cnching)는 리간드 결합34에따른 구조적 변화를 모니터링하는 데 사용될 수 있다. 실험 결과는 ANS가 정제된 재조합 SERCAN-도메인(34)에서뉴클레오티드 결합 부위에 결합(ATP로)을 결합한다는 것을 입증하였다. 흥미롭게도, ANS 형광은 295 nm의 λ에서 ecitation시 N-도메인에 결합할 때 증가하며, N-도메인의 본질적인 형광은34를감소시켜 Trp-ANS FRET 쌍의 형성을 암시하는 FRET 패턴을 생성한다.
NBS의 사용은 변형 된 단백질의 흡수성 분석에 의해 단백질(47)에서 Trp 잔류물의 함량을 결정하기 위해 제안되었다. NBS는 덜 흡수성 옥신돌47,48에Trp의 고흡수 인돌 그룹을 수정한다. 이로 인해 Trp 형광성질(40)의손실(담금질)이 발생한다. 따라서, Trp 잔류물의 NBS 매개 화학 적 변형은 FRET가 가설될 때 Trp (기증자로서)의 역할을 정의하는 분석으로 사용될 수 있다.
이 프로토콜은 SERCA의 엔지니어링 재조합 N-도메인에서 NBS에 의한 유일한 Trp 잔류물의 화학적 변형을 단백질 모델로 설명합니다. 실험 결과는 ANS 형광 강도가 여전히 화학적으로 NBS 변형 N-도메인34에서증가한다는 것을 보여 주며, 이는 본질적인 형광이 결여되어 있습니다. 따라서, 분석체는N-도메인(34,40,49)에바인딩될 때 Trp 잔류물과 ANS 사이에 FRET의 부재를 입증하는 데유용하다. 따라서, 이 분석 (Trp의 NBS 화학 수정) 단백질에 Trp-ANS FRET 쌍의 존재를 증명에 유용.

<table><tbody><tr><td>아크릴 아미드</td><td>바이오 라드</td><td>1610107</td><td>SDS-PAGE</td></tr><tr><td>과황산 암모늄</td><td>바이오 라드</td><td>1610700</td><td>SDS-PAGE</td></tr><tr><td>8- 아닐리 노 -1- 나프탈렌 술폰산</td><td>시그마 -알드리치</td><td>A1028</td><td>형광 비스</td></tr><tr><td>- 아크릴 아미드</td><td>바이오 라드</td><td>1610125</td><td>SDS-PAGE</td></tr><tr><td>N- 브로 모 숙신이 미드</td><td>시그마 -알드리치</td><td>B81255</td><td>화학 물질 변형</td></tr><tr><td>: N, N- 디메틸 포름 아미드</td>, <td>J.T. 베이커</td><td>9213-12</td><td>원액 준비</td></tr><tr><td>: 플루오레세인 이소 티오 시아네이</td>트 <td>시그마 - 알드리치</td><td>F7250</td><td>화학 형광 라벨</td></tr><tr><td>형광 큐벳</td><td>Hellma</td><td>Z801291</td><td>형광 분석</td></tr><tr><td>형광 분석기</td><td>Shimadzu</td><td>RF 5301PC</td><td>형광 분석</td></tr><tr><td>히트랩&트레이드; FF</td><td>GE Healtcare</td><td>11-0004-59</td><td>단백질 정제</td></tr><tr><td>IPTG, 다이옥산 무료</td><td>미국 Bionalytical</td><td>AB00841-00010</td><td>단백질 발현</td></tr><tr><td>이미다졸</td><td>시그마-알드리치</td><td>I5513-25G</td><td>단백질 정제</td></tr><tr><td>LB 매체</td><td>Fisher Scientific</td><td></td><td>10000713 세포 배양</td></tr><tr><td>Pipetman L P10L</td><td>Gilson</td><td>FA10002M</td><td>형광 </td></tr><tr><td>분석 Pipetman L P100L</td><td>Gilson</td><td>FA10004M</td><td>형광 분석</td></tr><tr><td>Pipetman L P200L</td><td>Gilson</td><td>FA10005M</td><td>형광 분석</td></tr><tr><td>Pipetman L P1000L</td><td>Gilson</td><td>FA10006M</td><td>형광 분석</td></tr><tr><td>Pipetman L P5000L</td><td>Gilson</td><td>FA10007</td><td>형광 분석</td></tr><tr><td>Precision plus std</td><td>Bio-Rad</td><td>1610374</td><td>SDS-PAGE</td></tr><tr><td>나트륨 도데 실 황산염</td><td>바이오 라드</td><td>1610302</td><td>SDS-PAGE</td></tr> 인<tr><td>산 나트륨 이염 기성</td><td>J.T. 베이커</td><td>3828-19</td><td>완충제</td></tr> 인<tr><td>산 나트륨 일 염기성</td><td>J.T. 베이커</td><td>3818-01</td><td>완충 제</td></tr> 주<tr><td>사기 필터 0.2 um</td><td>Millipore</td><td>GVWP04700</td><td>용액 여과</td></tr><tr><td>Temed</td><td>Bio-Rad</td><td>1610801</td><td>SDS 페이지</td></tr><tr><td>트리스</td><td>바이오 라드</td><td>1610719</td><td>SDS-PAGE</td></tr></tbody></table>

트립토판-ans fret 연구를 위한 재조합 ca2+-atpase n-도메인에서 트립토판 잔류물의 화학적 수정

Chemical Modification of the Tryptophan Residue in a Recombinant Ca2+-ATPase N-domain for Studying Tryptophan-ANS FRET

사르코/폐막성 레티쿨룸 Ca2+-ATPase (SERCA)는 다양한 적합성으로 결정화 된 P 형 ATPase입니다. 그럼에도 불구하고 자세한 기능 정보는 격리된 재조합 도메인으로부터 얻을 수 있습니다. 엔지니어링(Trp552Leu 및 Tyr587Trp) 재조합 뉴클레오티드 결합 도메인(N-domain)은 리간 드렌드 결합 시 형광 응고를 표시합니다. 외외형 불소, 즉 8-anilino-1-naphthalene 설포네이트(ANS)는 아르그, 그의, 알라, 루 및 페 잔류물과의 정전기 및 소수성 상호 작용을 통해 뉴클레오티드 결합 부위에 결합합니다. ANS 결합은 370 nm의 파장(λ)에서 흥분될 때 형광 강도의 증가에 의해 입증된다. 그러나, 295 nm의 λ에서 흥분할 때, 형광 강도의 증가는 N-도메인 본질적인 형광의 담금질에 결합되는 것처럼 보입니다. 형광 스펙트럼은 Föster 공명 에너지 전송 (FRET)과 같은 패턴을 표시하여 Trp-ANS FRET 쌍의 존재를 제안하며, 이는 Tyr587Trp와 ANS 사이의 짧은 거리 (~20 Å)에 의해 지원되는 것으로 보입니다. 이 연구는 N-bromosuccinimide (NBS)에 의해 매개되는 Trp 화학 적 변형 (및 형광 담금질)에 의해 Trp-ANS FRET 쌍의 분석을 설명합니다. 화학적으로 변형된 N-도메인에서 ANS 형광은 370 nm의 λ에서 흥분할 때와 유사한 295 nm의 λ에서 흥분할 때 증가했습니다. 따라서 Trp 잔류물의 NBS 매개 화학 적 변형은 Trp와 ANS 사이의 FRET부재를 조사하는 데 사용할 수 있습니다. Trp 형광이 없는 경우 ANS 형광의 증가를 관찰해서는 안됩니다. NBS에 의한 단백질에서 Trp 잔류물의 화학적 변형은 결합된 ANS에 가까운 Trp 잔류물 사이 FRET를 검사하는 데 유용할 수 있다. 이 분석은 다른 형광을 사용할 때 유용할 것입니다.

분자 도킹은 정전기뿐만 아니라 소수성 상호 작용을 통해 N-도메인의 뉴클레오티드 결합 부위에 ANS의 결합을나타낸다(도 1). Trp 잔류물과 ANS(뉴클레오티드 결합 부위에 바인딩)사이의 분자 거리(20 Å)는 FRET(도1)의발생을 지원합니다. 설계(engineered) 재조합 N-도메인은 친화성 크로마토그래피(그림2)에의해 고순도에서 얻어졌으며 형광 실험에 적합하였다. ANS-N-도메인 컴플렉스의 형광 스펙트럼은 λ=295 nm(그림3A)에서여기시 FRET와 같은 패턴을 나타냈다. NBS에 의한 Trp 잔류물의 화학적 변형은 N-도메인(도3B)의본질적인 형광을 담금질하도록 이끌었다. 화학적으로 NBS-변형 된 N-도메인에서, 실험 결과는 ANS 형광이 λ=29...

ANS는 Ca2+-ATPase 재조합 N-도메인에 바인딩합니다. 형광 스펙트럼은 295 nm의 파장에서 여기시 면에 FRET 와 같은 패턴을 표시합니다. Trp의 NBS 중재 화학 적 변형은 Trp 잔류물과 ANS 사이의 에너지 전송 (FRET)의 부재로 이어지는 N 도메인의 형광을 담금질합니다.

트립토판-ANS FRET 연구를 위한 재조합 Ca2+-ATPase N-도메인에서 트립토판 잔류물의 화학적 수정

The sarco/endoplasmic reticulum Ca2+-ATPase (SERCA) is a P-type ATPase that has been crystallized in various conformations. Detailed functional ...

이러한 분석안스 결합 연구를 수행할 때 단백질의 트립토판 잔류물의 역할을 명확히 하는 데 도움이 될 수 있습니다. ANS 형광은 단백질의 특정 구조 부위에 결합하면 증가합니다. 때로는 ANS 바인딩 사이트는 트립토판과 ANS 사이에 FRET의 존재를 암시하는 거리가있는 트립토판 잔류물 가까이를 찾습니다.NBS는 단백질의 트립토판 잔류물의 화학적 변형을 중재하여 형광을 담금질합니다. 따라서, 이러한 분석체는 트립토판 잔류물이 FRET에 의한 ANS 형광 강도의 증가에 기여하는지 여부를 결정할 수 있게 한다. 이 작품에서, 우리는 ANS가 또한 결합하는 뉴클레오티드 결합 부위에 가까운 트립토판을 찾는 것을 목표로, 돌연변이를 포함하는 SERCA에서 엔지니어링 된 재조합 뉴클레오티드 결합 도메인을 사용합니다.이 분석은 빠르고 수행하기 쉽기 때문에 주요 이점입니다. ANS 및 SERCA N-도메인 상호 작용의 실리코에서의 결정. 바람직한 단백질 모델링 소프트웨어를 사용하여 분자 모델링을 통해 단백질의 3차원 구조를 생성한다.바람직한 분자 구조 소프트웨어를 사용하여 뉴클레오티드 결합 부위를 형성하는 아미노산 잔류물을 식별하고 아르기닌 및 리신 잔류물의 존재를 결정한다. 이들은 ANS 결합을 위해 요구되고 형광 강도를 증가시다. SERCA의 뉴클레오티드 결합 부위에 아르기닌 및 리신 잔류물이 존재하기 때문에 ANS의 결합을 N-도메인에 가설화합니다.3D 모델에서 ATP 결합 부위를 형성하는 아미노산 잔기는 주황색으로 식별되고 강조표시됩니다. 마찬가지로, 티로신-트립토판 돌연변이는 파란색으로 위치하고 강조 표시됩니다. ATP, FITC 및 ANS로 분자 도킹을 수행합니다.도킹 결과는 ANS가 ATP 및 FITC와 유사하게 뉴클레오티드 결합 부위에 잘 맞는다는 것을 보여줍니다. FITC는 뉴클레오티드 결합 부위를 라벨. 트립토판 잔류물과 ANS 사이의 분자 거리를 계산합니다.20 개의 협질은 FRET에 적합한 거리인 것 같습니다. ANS N-도메인 컴플렉스의 분자 동적 시뮬레이션을 수행하여 상호 작용의 안정성을 결정합니다. 10나노초 시뮬레이션 시간은 복합체의 안정성을 보여줍니다.시험관 내 실험을 수행합니다. 재조합 N-도메인의 발현 및 정제. 호화질 크로마토그래피에 의해, 엔지니어링 재조합 N-도메인에 의해, 익스프레스 및 정화.순도를 결정하기 위해 정제된 단백질의 SDS-PAGE를 수행한다. N-도메인 소멸 계수로 280

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Research

연구

JoVE Journal

Biochemistry

생화학

막 임베디드 단백질 도메인 간 상호 작용의 Biophysical 및 생화학 연구는 적절한 학습 자료를 얻는 첫 번째있는 많은 기술적 도전을 직면하고 있습니다. 이 문서는 솔루션을 핵 자기 공명 (NMR) 및 기타 분석 응용 프로그램의 구조 분석에 적합 이황화 - 안정화의 transmembrane의 펩타이드 복합체를 생산하고 정화를위한 프로토콜을 설명합니다.

구조 연구 생산 이황화 - 안정화 Transmembrane의 펩타이드 단지

다운스트림 분석을 포함하여 비표준 아미노산 유사체를 단백질에 잔류물 특이적으로 통합하기 위한 사용하기 쉬운 무세포 발현 프로토콜이 의료, 제약, 구조 및 기능 연구를 위해 제시됩니다.

를 사용하여 모델 단백질로 비정규 아미노산의 잔류 특정 법인 설립<em&gt; 대장균</em&gt; 휴대없는 전사 번역 시스템

속됨 부정맥은 종종 하나 이상의 이온 채널의 표면에 전달 변경 돌연변이에 의해 야기된다. 여기서는 TSA-201 세포에서 발현 된 재조합 이온 채널의 상대적 총 세포 표면 단백질 발현의 정량 분석을 제공하기 위해 유세포 적응.

유동 세포 계측법을 사용하여 재조합 이온 채널의 상대 셀 표면 및 전체 식의 결정

당화 단백질의 생화학 및 구조 분석 균질 샘플 상대적으로 많은 양의 필요합니다. 여기, 우리는 효율적인 화학 반응 Cys thiols를 대상으로 박테리아에서 정화 하는 재조합 형 단백질의 사이트별 glycosylation 방법 제시.

재조합 형 단백질의 생체 외에서 사이트별 Glycosylation에 대 한 대상 시스테인 Thiols

합성 생물학 비정규 아미노산의 co-translational 삽입을 사용 하 여 전례 없는 속성으로 단백질의 엔지니어링을 수 있습니다. 여기, 우리는 어떻게 소설 형광 분 광 속성, "금" 형광 성 단백질 (GdFP), 불리는 GFP 형 fluorophore의 spectrally 레드 이동 변종 생산 대장균 에서 선택적 압력 관 (SPI)를 통해 제시.

정식이 아닌 아미노산의 선택적 압력 관에 의해 '황금' 형광 및 질량 분석 및 형광 단백질 분석 엔지니어링

이 문서에는 분 광 분석에 대 한 세제 solubilized TRPV1의 생 화 확 적인 수량을 얻기 위해 특정 방법을 설명 합니다. 결합 된 프로토콜 막 제어 환경에서 포유류 이온 채널에 대 한 구조 및 기능 연구를 촉진 하기 위하여 적응 시킬 수 있다 생 화 확 및 생물 도구를 제공 합니다.

정화 및 분 광 분석에 대 한 TRPV1의 재구성

이 문서는 살모넬라 타이피무륨 트립토판 synthase의 발현 및 정화를 위한 일련의 연속적인 방법을 제시하며, 이 프로토콜은 하루에 단백질 복합체를 정화하는 신속한 시스템이다. 커버되는 방법은 현장 지향 돌연변이 발생, 대장균의단백질 발현, 친화 성염색로그래피, 젤 여과 크로마토그래피 및 결정화입니다.

PCR 돌연변이 발생, 복제, 발현, 빠른 단백질 정화 프로토콜 및 트립토판 신타제의 야생 유형 및 돌연변이 형태의 결정화

고전적 부위-지시된 돌연변이유발의 한계를 극복하기 위해, 특이적 변형을 갖는 프롤린 유사체를 몇몇 형광 단백질에 혼입시켰다. 우리는 수소를 불소로 대체하거나 프롤린 잔기의 이중 결합에 의한 단일 ( "분자 수술")이 접힘 및 빛과의 상호 작용을 포함한 근본적인 단백질 특성에 어떻게 영향을 미치는지 보여줍니다.

형광 단백질에서 프롤린 유사체에 의한 프롤린의 잔기 특이적 교환 : 백본의 "분자 수술"이 폴딩 및 안정성에 미치는 영향

기능적 부위 지정 형광 측정법은 단백질 도메인 동작을 실시간으로 연구하는 방법입니다. 천연 세포에 적용하기 위해 이 기술을 수정하면 이제 쥐 격리 골격근 섬유의 전압 개폐 Ca2+ 채널에서 단일 전압 센서 동작을 감지하고 추적할 수 있습니다.

골격근 흥분성을 연구하기 위한 천연 세포의 기능적 부위 지정 형광 측정

다이나민 슈퍼패밀리 단백질의 기능은 GTP 가수분해와 결합된 구조적 변화에 의존합니다. 시스템은 다양한 뉴클레오티드 로딩 상태에서 dynamin-like GTPase atlastin의 구조적 역학을 모니터링하기 위해 smFRET(single-molecule FRET) 기술을 사용하여 설명됩니다.

Dynamin-like GTPase Atlastin의 구조적 역학을 관찰하기 위한 Single-molecule FRET 이미징

이 프로토콜은 최종 원심분리 단계에서 이당류 트레할로스를 포함하는 개선된 SERCA 정제 방법을 설명합니다. 이 탄수화물은 가혹한 조건에서 단백질을 안정화시킵니다. 정제된 SERCA는 촉매 활성을 보였고 순도가 높았기 때문에 구조 및 기능 연구에 적합했습니다.

토끼 근육에서 육-소포체 Ca2+-ATPase의 정제

탐색하세요 재조합 Ca²⁺-ATPase N-도메인에서 트립토판 잔류물의 화학적 수정을 통한 ANS 결합 연구 방법입니다. 형광 분광법으로 FRET 패턴을 분석하여 단백짐 상호작용을 규명합니다.

트립토판-ANS FRET 연구를 위한 재조합 Ca²⁺-ATPase N-도메인에서 트립토판 잔류물의 화학적 수정

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