Name: 종양 거대 해부를 통한 종양 내용 향상 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-02-12T14:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 4 s
Description: 배우세요 FFPE 조직 샘플에서 거대 해부를 이용한 종양 조직 분리 방법입니다. 이 기술은 H&E 염색 후 병리학적 검토를 통해 종양 함량을 높여 유전체 분석의 정확성을 향상시킵니다.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

이 연구는 NIH가 후원하는 AIDS 및 암 표본 자원 (<a href="https://www.acsr1.com/">ACSR</a>, UM1 CA181255-2)이 생물 표본 과학 프로그램에 따라 지원합니다. 비디오는 촬영되었고 포스트 프로덕션 편집은 Mayo Clinic Media Services에서 수행했습니다.

모든 샘플을 수집하여 승인된 메이요클리닉 IRB 프로토콜(PR16-000507 및 PR2207-02)에 따라 사용하였다.
1. 시료 준비
<ol><li>조직 부유 수조를 켭니다. 온도를 39 °C로 설정하고 물이 온도에 도달하도록하십시오. 나무 컬렉션 스틱을 수조에 담그십시오.</li>
	<li>절편화될 FFPE 조직 블록을 식별하고 검색한다.</li>
	<li>용매 세척을 견딜 수 있는 조직학 등급 영구 마커를 사용하여 현미경 슬라이드를 사전 라벨링합니다.</li>
	<li>마이크로톰을 사용하여 FFPE 블록을 단면화하십시오. 각 블록에 대해 단면당 4-5μm의 두께로 최소 2개의 전체 얼굴 섹션을 절단합니다(그림 1A).</li>
	<li>조직 절편의 갓 자른 리본을 슬라이드 장착을 위해 미리 예열된 조직 부유조로 옮깁니다(그림 1B, C). 참고: 따뜻한 물은 부분의 주름을 "다림질"하는 데 도움이 됩니다(그림 1C).</li>
	<li>각 섹션을 순차적으로 처리할 때 포셉을 사용하여 리본에서 단일 섹션을 분리합니다(그림 1D).</li>
	<li>미리 레이블이 지정된 현미경 슬라이드에서 단일 섹션을 수집합니다.<ol>
<li>현미경 슬라이드를 단면 아래의 비스듬히 잠기고 조직 섹션의 가장자리가 슬라이드에 닿도록 슬라이드를 배치합니다(그림 1E).</li>
		<li>조직 섹션과 접촉한 후 슬라이드를 부유식 욕조에서 천천히 당겨 조직 섹션이 물에서 나올 때 슬라이드에 대해 플러시를 곧게 펴도록 합니다(그림 1F).</li>
	</ol>
</li>
	<li>슬라이드 당 1 개의 조직 섹션을 마운트하고 모든 섹션이 수집 될 때까지 반복하십시오.</li>
	<li>슬라이드 장착형 조직 절편을 실온(RT)에서 완전히 건조시키십시오.</li>
</ol>2. 병리학 적 검토
<ol><li>각 블록9에 대해 하나의 대표적인 조직 절편에 대해 H&E 염색을 수행한다.</li>
	<li>갓 염색 된 H & Es를 제출하여 보드 인증 병리학 자의 병리학 적 검토를 받으십시오. 참고: 검토 중에 병리학자는 각 조직의 종양 함량 비율을 결정 및 기록하고 각 H&E 슬라이드의 종양 영역을 원으로 표시합니다( 그림 2 및 그림 3, 행 1 참조). 표 1은 도 3, 행 1에 도시된 샘플 A-E에 대한 H&E의 병리학적 검토 동안 결정된 세포성에 의한 종양 함량 백분율을 개략적으로 설명한다. 종양 함량이 <60%인 절편은 매크로 해부7이 필요합니다. 핵산 추출에 필요한 절편의 수는 원형의 종양 영역의 크기에 따라 달라진다. 프로토콜의 섹션 1에서 섹션이 충분하지 않고 추가 절단이 가능한 경우 추가 섹션을 잘라야 할 수도 있습니다.</li>
</ol>3. 탈파라핀화
<ol><li>흄 후드에서 희석되지 않은 조직학 등급 d-Limonene 또는 d-Limonene 기반 용매로 유리 스테인딩 접시 2 개를 미리 채우고 희석되지 않은 200 증거 분자 등급 에탄올로 1 잔 스테인딩 접시를 미리 채 웁니다. 주의: d-리모넨이 피부와 눈에 닿지 않도록 하고, 증기나 안개의 흡입을 피하며, 발화원을 멀리하십시오. 에탄올을 열, 불꽃 및 화염으로부터 멀리하고, 피부나 눈과의 유출 및 접촉을 피하고, 환기를 잘하고, 증기를 호흡하지 마십시오. 주: 랙된 슬라이드를 잠길 수 있도록 접시를 충분히 채우십시오(그림 4A). 표시된 20-슬라이드 염색 접시를 채우기 위해 250 mL가 필요합니다. 40 슬라이드마다 d-리모넨 및 에탄올 세척을 교체하십시오. D-리모넨(C10H16)은 조직학적 방법론에서 더욱 보편화되고 있는 자일렌에 대한 대안이고, 유사하게 효과적이며, 독성이 적고, 추출 후 양질의 핵산10,11,12,13,14를 산출한다. 비록 이 프로토콜이 더 많은 생체친화성 대안들(15)을 사용하여 수행될 수 있지만, 추출된 핵산 품질에 대한 그들의 효과는, 만약 있다면, 결정되어야 한다.</li>
	<li>스테인팅되지 않은 FFPE 조직 장착 슬라이드를 유리 코플린 슬라이드 랙에 랙합니다(그림 4A, 삽입).</li>
	<li>랙된 슬라이드를 d-리모넨에 담그고 1 분 동안 2 분 동안 세척하십시오. 처음 20 초 동안 부드럽게 동요하십시오. 주: 세척 사이의 이월을 최소화하기 위해 세척에서 슬라이드 랙을 분리할 때 랙이 잠깐 방전되도록 한 후 티슈 페이퍼의 랙 바닥을 부드럽게 닦아 과도한 세척을 제거하십시오.</li>
	<li>랙된 슬라이드를 희석되지 않은 D-리모넨에 담그고 2분 동안 2 분 동안 세척하십시오. 처음 20 초 동안 부드럽게 동요하십시오. 랙을 분리, 드레인 후 다시 닦으십시오.</li>
	<li>랙된 슬라이드를 에탄올 세척에 2분 동안 잠수시키고; 처음 20 초 동안 부드럽게 동요하십시오. 랙을 분리하고 흡수 조직에 올려 놓아 배수하십시오. 슬라이드를 적어도 10 분 동안 공기 건조시키되 2 시간을 넘지 않도록하십시오.</li>
</ol>3. 매크로 해부
<ol><li>벤치에서 코플린 유리 병에 DNase / RNase 유리 물에 50 mL의 3 % 글리세롤을 미리 채 웁니다. 참고: 매 40 슬라이드 후에 글리세롤 세척을 교체하십시오.</li>
	<li>마이크로튜브 당 160 μL의 조직 소화 완충액으로 1.5 mL 마이크로튜브를 사전 라벨링하고 프리필한다. 참고: 마크로해독 후 수행된 핵산 추출은 DNA/RNA FFPE 추출 키트(표 자료)를 사용했습니다. 따라서, 이 프로토콜에 사용된 조직 소화 완충액은 10 μL의 프로테이나제 K와 150 μL의 PKD 완충액으로 구성되었다.</li>
	<li>H&E의 병리학적 표시를 탈파라핀화된 조직 슬라이드의 뒤쪽으로 추적합니다. 참고: 탈파라핀화되지 않은 조직(그림 3, 행 2 및 그림 4B)과 비교했을 때, 탈파라핀화된 조직은 흰색이며 매우 잘 보입니다(그림 3, 행 3 및 그림 4C). 이러한 가시성과 탈파라핀화된 조직 특징의 식별성이 높아져 거대 해부를 가능하게 합니다. H&E를 벤치에 내려놓고 H&E가 검토한 일치하는 병리학자의 뒷면에 탈파라핀화된 슬라이드의 앞쪽을 놓습니다(그림 4D). 탈파라핀화된 조직을 H&E 조직과 정렬합니다(그림 4E). 병리학자의 표식을 추적하는 것은 거시 해부 과정에서 중요한 단계이며, 가능한 한 정확하게 이러한 표시를 재현하기 위해주의를 기울여야합니다. 이는 샘플 B, D 및 E와 같은 작고 단절된 조직에 특히 어려울 수 있습니다(그림 3, 그림 4E 및 그림 4E 인셋 i). 추적을 돕기 위해, 병리학자가 그린 표시를 추적하기 위해 잉크가 많은 미세 또는 초미세 니브 마커 (그림 4E, inset ii)를 사용해야합니다. 에탄올 와이프는 오류를 제거하고 필요한 경우 재추적을 허용하는 데 유용 할 수 있습니다.</li>
	<li>이제 표시된 탈파라핀화된 슬라이드 조직을 위로 향하게 하고 깨끗한 면도날의 모서리로 마커의 선을 추적하여 종양 영역의 가장자리를 미리 자릅니다.</li>
	<li>각 슬라이드를 순차적으로 처리하고, 탈파라핀화된 슬라이드를 3% 글리세롤 용액에 담그십시오. 슬라이드를 천천히 제거하기 전에 조직이 완전히 잠겨 있는지 확인합니다(그림 4F). 참고 : 글리세롤 딥의 목적은 조직 수집을 돕기 위해 조직을 약화시키는 것뿐만 아니라 수집 된 조직을 배치해야하는 조직과 플라스틱 마이크로 튜브 사이에 반발을 일으킬 수있는 정전기의 축적을 줄이는 것입니다.</li>
	<li>과도한 글리세롤 용액을 제거하기 위해 조직으로 슬라이드 뒷면을 부드럽게 닦고, 슬라이드를 벤치에 눕히고, 측면을 아래로 향하게 닦아냅니다. 조직을 1-2 분 동안 잠깐 공기 건조시킵니다. 참고 : 과도한 글리세롤을 추출 과정으로 옮기면 핵산 추출의 수율과 품질에 부정적인 영향을 줄 수 있습니다. Tissues는 약간 습기가 있어야하지만 수집 할 때 눈에 띄게 젖지 않아야합니다.</li>
	<li>관심 있는 종양 영역이 슬라이드에 있는 위치에 따라 면도날의 평평한 가장자리를 사용하여 (a) 면도기를 사용하여 슬라이드에서 관심 있는 조직을 긁어내거나 수집하거나 (b) 관심 있는 종양 조직을 수집하기 전에 먼저 비종양 조직을 제거하고 폐기합니다(그림 3). 참고: 수집된 조직은 블레이드 바닥에서 수집되거나 굴러가는 경향이 있습니다(그림 4G).</li>
	<li>나무 스틱을 사용하여 수집된 조직을 블레이드(그림 4H 및 인셋)에서 제거하고 적절한 사전 라벨이 부착되고 미리 채워진 마이크로튜브(그림 4I)로 옮깁니다. 참고 : 소화 완충액은 나무 따기에서 조직을 액체로 "당기는"역할을합니다.</li>
	<li>핵산 추출을 진행한다. 참고: 핵산 추출은 제조업체의 지침에 따라 DNA/RNA FFPE 추출 키트를 사용하여 완료되었으며, 생성된 핵산은 UV-vis 분광광도계를 사용하여 정량화되었습니다. 생성된 RNA를 디지털 유전자 발현 프로파일링 기반 DLBCL90 검정16 상에서 실행하였다.</li>
</ol>

<ol><li>Mathieson, W., Thomas, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Why+formalin-fixed%2C+paraffin-embedded+biospecimens+must+be+used+in+genomic+medicine%3A+An+evidence-based+review+and+conclusion%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Histochemistry+and+Cytochemistry%22%5BJournal%5D)">Why formalin-fixed, paraffin-embedded biospecimens must be used in genomic medicine: An evidence-based review and conclusion.</a> Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 68 (8), 543-552 (2020).</li>
<li>Robetorye, R. S., Maguire, A., Rosenthal, A. C., Rimsza, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+of+lymphoma+from+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Seminars+in+Hematology%22%5BJournal%5D)">Profiling of lymphoma from formalin-fixed paraffin-embedded tissue.</a> Seminars in Hematology. 56 (1), 46-51 (2019).</li>
<li>Moorcraft, S. Y., Gonzalez, D., Walker, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Understanding+next+generation+sequencing+in+oncology%3A+A+guide+for+oncologists%5BTitle%5D)+AND+%22Critical+Reviews+in+Oncology%2FHematology%22%5BJournal%5D)">Understanding next generation sequencing in oncology: A guide for oncologists.</a> Critical Reviews in Oncology/Hematology. 96 (3), 463-474 (2015).</li>
<li>Haile, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+high+throughput+nucleic+acid+purification+from+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissue+samples+for+next+generation+sequence+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Automated high throughput nucleic acid purification from formalin-fixed paraffin-embedded tissue samples for next generation sequence analysis.</a> PLoS One. 12 (6), 0178706(2017).</li>
<li>Oh, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+accuracy+of+whole-exome+sequencing+with+formalin-fixed+paraffin-embedded+and+fresh+frozen+tissue+samples%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Comparison of accuracy of whole-exome sequencing with formalin-fixed paraffin-embedded and fresh frozen tissue samples.</a> PLoS One. 10 (12), 0144162(2015).</li>
<li>Holley, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deep+clonal+profiling+of+formalin+fixed+paraffin+embedded+clinical+samples%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Deep clonal profiling of formalin fixed paraffin embedded clinical samples.</a> PLoS One. 7 (11), 50586(2012).</li>
<li>Network T.C.G.A.R. TCGA Tissue sample requirements: High quality requirements yield high quality data. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/structural-genomics/tcga/studied-cancers">https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/structural-genomics/tcga/studied-cancers</a> (2021).</li>
<li>Javey, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innovative+tumor+tissue+dissection+tool+for+molecular+oncology+diagnostics%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Molecular+Diagnostics%3A+JMD%22%5BJournal%5D)">Innovative tumor tissue dissection tool for molecular oncology diagnostics.</a> The Journal of Molecular Diagnostics: JMD. 23 (4), 399-406 (2021).</li>
<li>Feldman, A. T., Wolfe, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue+processing+and+hematoxylin+and+eosin+staining%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Tissue processing and hematoxylin and eosin staining.</a> Methods in Molecular Biology. 1180, 31-43 (2014).</li>
<li>Duan, Q., Zhang, H., Zheng, J., Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Turning+cold+into+hot%3A+Firing+up+the+tumor+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Cancer%22%5BJournal%5D)">Turning cold into hot: Firing up the tumor microenvironment.</a> Trends in Cancer. 6 (7), 605-618 (2020).</li>
<li>Kim, Y. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Safety+evaluation+and+risk+assessment+of+d-Limonene%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Toxicology+and+Environmental+Health+Part+B%3A+Critical+Reviews%22%5BJournal%5D)">Safety evaluation and risk assessment of d-Limonene.</a> Journal of Toxicology and Environmental Health Part B: Critical Reviews. 16 (1), 17-38 (2013).</li>
<li>Foti, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Occupational+contact+dermatitis+to+a+limonene-based+solvent+in+a+histopathology+technician%5BTitle%5D)+AND+%22Contact+Dermatitis%22%5BJournal%5D)">Occupational contact dermatitis to a limonene-based solvent in a histopathology technician.</a> Contact Dermatitis. 56 (2), 109-112 (2007).</li>
<li>Meuse, C. W., Barker, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+infrared+spectroscopy+of+formalin-fixed%2C+paraffin-embedded+tissue+specimens%3A+paraffin+wax+removal+with+organic+solvents%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+Immunohistochemistry+and+Molecular+Morphology%22%5BJournal%5D)">Quantitative infrared spectroscopy of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue specimens: paraffin wax removal with organic solvents.</a> Applied Immunohistochemistry and Molecular Morphology. 17 (6), 547-552 (2009).</li>
<li>Schmeller, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Setting+out+the+frame+conditions+for+feasible+use+of+FFPE+derived+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Pathology+-+Research+and+Practice%22%5BJournal%5D)">Setting out the frame conditions for feasible use of FFPE derived RNA.</a> Pathology - Research and Practice. 215 (2), 381-386 (2019).</li>
<li>Prema, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biofriendly+substitutes+for+xylene+in+deparaffinization%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Pharmacy+and+Bioallied+Sciences%22%5BJournal%5D)">Biofriendly substitutes for xylene in deparaffinization.</a> Journal of Pharmacy and Bioallied Sciences. 12, Suppl 1 623-630 (2020).</li>
<li>Ennishi, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Double-hit+gene+expression+signature+defines+a+distinct+subgroup+of+germinal+center+B-cell-like+diffuse+large+B-cell+lymphoma%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Oncology%22%5BJournal%5D)">Double-hit gene expression signature defines a distinct subgroup of germinal center B-cell-like diffuse large B-cell lymphoma.</a> Journal of Clinical Oncology. 37 (3), 190-201 (2019).</li>
<li>Alizadeh, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distinct+types+of+diffuse+large+B-cell+lymphoma+identified+by+gene+expression+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Distinct types of diffuse large B-cell lymphoma identified by gene expression profiling.</a> Nature. 403 (6769), 503-511 (2000).</li>
<li>Rosenwald, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+molecular+profiling+to+predict+survival+after+chemotherapy+for+diffuse+large-B-cell+lymphoma%5BTitle%5D)+AND+%22The+New+England+Journal+of+Medicine%22%5BJournal%5D)">The use of molecular profiling to predict survival after chemotherapy for diffuse large-B-cell lymphoma.</a> The New England Journal of Medicine. 346 (25), 1937-1947 (2002).</li>
<li>Scott, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-grade+B-cell+lymphoma+with+MYC+and+BCL2+and%2For+BCL6+rearrangements+with+diffuse+large+B-cell+lymphoma+morphology%5BTitle%5D)+AND+%22Blood%22%5BJournal%5D)">High-grade B-cell lymphoma with MYC and BCL2 and/or BCL6 rearrangements with diffuse large B-cell lymphoma morphology.</a> Blood. 131 (18), 2060-2064 (2018).</li>
<li>Scott, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determining+cell-of-origin+subtypes+of+diffuse+large+B-cell+lymphoma+using+gene+expression+in+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Blood%22%5BJournal%5D)">Determining cell-of-origin subtypes of diffuse large B-cell lymphoma using gene expression in formalin-fixed paraffin-embedded tissue.</a> Blood. 123 (8), 1214-1217 (2014).</li>
<li>Heinrich, M. A., Mostafa, A., Morton, J. P., Hawinkels, L., Prakash, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Translating+complexity+and+heterogeneity+of+pancreatic+tumor%3A+3D+in+vitro+to+in+vivo+models%5BTitle%5D)+AND+%22Advanced+Drug+Delivery+Reviews%22%5BJournal%5D)">Translating complexity and heterogeneity of pancreatic tumor: 3D in vitro to in vivo models.</a> Advanced Drug Delivery Reviews. 174, 265-293 (2021).</li>
<li>Erickson, H. S., Gillespie, J. W., Emmert-Buck, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue+microdissection%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Tissue microdissection.</a> Methods in Molecular Biology. 424, 433-448 (2008).</li>
<li>Geiersbach, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Digitally+guided+microdissection+aids+somatic+mutation+detection+in+difficult+to+dissect+tumors%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Genetics%22%5BJournal%5D)">Digitally guided microdissection aids somatic mutation detection in difficult to dissect tumors.</a> Cancer Genetics. 209 (1-2), 42-49 (2016).</li>
<li>de Bruin, E. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Macrodissection+versus+microdissection+of+rectal+carcinoma%3A+minor+influence+of+stroma+cells+to+tumor+cell+gene+expression+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Macrodissection versus microdissection of rectal carcinoma: minor influence of stroma cells to tumor cell gene expression profiles.</a> BMC Genomics. 6, 142(2005).</li>
<li>Ramsower, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clinical+laboratory+validation+of+the+MCL35+assay+for+molecular+risk+stratification+of+mantle+cell+lymphoma%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Hematopathology%22%5BJournal%5D)">Clinical laboratory validation of the MCL35 assay for molecular risk stratification of mantle cell lymphoma.</a> Journal of Hematopathology. 13 (4), 231-238 (2020).</li>
<li>Maguire, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhanced+DNA+repair+and+genomic+stability+identify+a+novel+HIV-related+diffuse+large+B-cell+lymphoma+signature%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Cancer%22%5BJournal%5D)">Enhanced DNA repair and genomic stability identify a novel HIV-related diffuse large B-cell lymphoma signature.</a> International Journal of Cancer. 145 (11), 3078-3088 (2019).</li>
<li>Rosenwald, A., Staudt, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gene+expression+profiling+of+diffuse+large+B-cell+lymphoma%5BTitle%5D)+AND+%22Leukemia+%26+Lymphoma%22%5BJournal%5D)">Gene expression profiling of diffuse large B-cell lymphoma.</a> Leukemia & Lymphoma. 44, Suppl 3 41-47 (2003).</li>
<li>Wright, G. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+probabilistic+classification+tool+for+genetic+subtypes+of+diffuse+large+B+cell+lymphoma+with+therapeutic+implications%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">A probabilistic classification tool for genetic subtypes of diffuse large B cell lymphoma with therapeutic implications.</a> Cancer Cell. 37 (4), 551-568 (2020).</li>
<li>Hilton, L. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+double-hit+signature+identifies+double-hit+diffuse+large+B-cell+lymphoma+with+genetic+events+cryptic+to+FISH%5BTitle%5D)+AND+%22Blood%22%5BJournal%5D)">The double-hit signature identifies double-hit diffuse large B-cell lymphoma with genetic events cryptic to FISH.</a> Blood. 134 (18), 1528-1532 (2019).</li>
</ol>

저자는 공개 할 것이 없습니다.

FFPE 조직은 종종 종양 및 비종양 조직의 이질적인 혼화제이다. 고감도 게놈 검사는 임상 및 연구 환경 모두에서 점점 더 보편화되고 있지만 비 종양 조직을 오염시키는 존재로 인해 혼란 스러울 수 있습니다. 실제로, 게놈 연구에 60 %의 최소 종양 함량이 자주 권장됩니다. 종양 백분율은 종양 물질에 의해 점유된 조직의 면적 또는 조직 내 종양 세포의 비율에 의해 결정될 수 있다. 면적별 종양은 종양 순도에 대해 일반적으로 사용되는 메트릭이지만 항상 조직에 대한 정확한 설명을 묘사하는 것은 아닙니다. 1000 개의 세포가있는 두 개의 조직을 생각해보십시오.이 중 500 개가 종양 세포입니다. 조직 A에서, 500개의 비-종양 세포는 종양 세포의 그것과 유사한 부피를 갖는 기질 세포이다. 이 조직에서, 종양의 백분율은 세포성 및 면적 모두에 의해 50%로 간주될 수 있다. 조직 B에서, 500개의 비종양 세포는 종양 세포의 4배에 달하는 부피를 가진 지방 세포이다. 이 조직에서, 백분율 종양은 여전히 세포성에 의해 50 %이지만 면적에 의해 20 %이다. 세 번째 조직인 조직 C는 500개의 종양 세포와 400개의 지방 세포, 800개의 기질 세포로 구성되어 있으며, 부피는 각각 종양 세포의 4배와 0.5배입니다. 100 개의 지방 세포가 800 개의 기질 세포의 부피와 동일하다는 것을 감안할 때, 조직 C의 백분율 종양은 세포성 (500/1700)에 의해 29 %이지만 여전히 면적 기준으로 20 %입니다. 조직 D는 또한 1x, 4x 및 0.1x의 부피비를 갖는 종양, 지방 및 기질 세포로 구성된다. 그러나, 세포의 수는 각각 400, 10 및 720이다. 따라서, 조직 D의 백분율 종양은 세포성(400/1130)에 의해 35%이지만 면적에 의해 78%이다. 이러한 예는 지나치게 단순하며 실제 조직 조성을 반영하지는 않지만 조직 조성의 중요성과 면적 및 세포성별 종양 함량 차이를 명확하게 전달합니다. 중요하게는, 하류 핵산 추출을 위한 종양 함량을 풍부하게 할 때, 종양 세포성은 종양 세포보다 더 많은 비종양 세포로부터 게놈 물질을 추출하는 고조된 혼란 가능성으로 인해 더욱 중요한 특성이다. 이것은 백분율 세포성 측면에서 조직의 종양 함량을 평가할 필요성을 강조 할뿐만 아니라 비 종양 조직의 잠재적 인 부정적인 영향을 최소화하기 위해 원치 않는 조직을 절제해야 할 필요성을 강조합니다. 조직 농축에 사용할 수있는 몇 가지 방법이 있으며, 주요 방법은 매크로 해부와 미세 해부입니다.
이 프로토콜에 설명된 방법인 매크로 해부(Macrodissection)는 비교적 빠르고 간단하며 비용이 많이 들거나 특수 장비가 필요하지 않습니다. 매크로 해부는 종양 함량을 크게 향상시킬 수 있지만, 비 종양 물질을 완전히 제거하지는 않는다는 것을 이해하는 것이 중요합니다. 매크로 해부의 목적은 원치 않는 조직으로부터 유래하는 "소음"을 줄이기 위해 원치 않는 조직의 배제를 통해 관심있는 조직을 충분히 풍부하게하는 것이며, 이는 차례로 관심있는 조직으로부터의 관심 신호를 향상시킬 수 있습니다. 따라서, 마크로해독 매개 종양 농축은 관심있는 마커, 특히 낮은 풍부도 또는 불량한 발현을 갖는 종양 특이적 분자 마커를 더 잘 검출하기 위해 신호 대 잡음비를 향상시키는 방법이다. 그러나 매크로 해부는 면도날과 같은 거친 도구에서 제공하는 정밀도가 부족하기 때문에 한계가 있으며 병리학 자 마커의 선 두께와 병리학자 H & E 경계를 추적 할 때 발생할 수있는 잠재적 인 오류로 인한 정밀도 문제에 취약합니다. 상기 언급된 바와 같이, 종양 자체 내에 내포된 고유 및 종양 유도 기질 요소(즉, 결합 조직, 기질 섬유아세포, 혈관, 양성 반응성 림프구, 대식세포)의 존재로 인해 100% 종양 순도를 달성하는 것은 불가능하다. 실제로, 많은 침습적 또는 확산성 침윤성 악성종양은 강력한 desmoplastic 기질 반응을 유도하여, 기질 섬유아세포 및 다른 비-신생물성 세포 유형과 밀접하게 혼합되는 종양 세포의 클러스터를 초래한다; 여기서 췌장암 조직(21)과 같은 이러한 기질 반응 패턴과 관련된 종양은 수동 거시해부보다는 디지털 유도된 미세 해부로부터 더 많은 이익을 얻을 수 있다. 
수동 미세 해부는 바늘 또는 메스를 사용하여 조직 특정 세포 또는 집단의 식별, 해부 및 분리를 돕기 위해 현미경 하에서 수행되며 매크로 해부(22)에 비해 정밀도가 증가되는 장점이 있다. 그러나 수동 미세 해부술은 종양 함량이 낮거나 수동 해부와 양립 할 수없는 복잡한 기능을 가진 복잡한 조직에 필요한 기교가 부족한 힘든 과정입니다. 이러한 조직은 레이저 포획 미세 해부와 같은 고정밀 자동화 방법을 사용하여 해부 할 수 있습니다. 실제로, 디지털 유도된 미세 절제술은 췌장암 조직(23)에서의 수동 거대 해부(macrodissection)에 비해 더 높은 비율의 종양 내용물을 산출하는 것으로 나타났다. 그러나 전문화되고 값 비싼 장비 및 고도로 숙련 된 개인의 필요성과 같은 이러한 고정밀 자동화 방법의 단점은 워크 플로우로의 통합을 방해했습니다. de Bruin et al.의 연구는 유전자 발현 프로파일링에 대한 매크로 해부와 레이저 포획 미세 해부 (LCM)의 효과를 비교한 결과, LCM 샘플은 낮은 총 RNA 수율 (평균 30ng)을 가지며 cDNA 라이브러리 준비 입력 역치24를 충족시키기 위해 두 차례의 mRNA 증폭이 필요하다는 것을 발견했습니다. 저자들은 생성된 LCM 유전자 발현 프로필이 거대 해부된 프로파일이 비종양 기질 기여에 의해 영향을 받는 것보다 mRNA 증폭의 라운드에 의해 더 많은 영향을 받았다는 것을 발견하고, 거대 해부가 신뢰할 수 있는 유전자 발현 데이터를 생성하는데 적절하게 사용될 수 있다는 결론을 내렸다24. 
NanoString 디지털 유전자 발현 프로파일링의 중요한 이점은, 특히 고도로 분해된 FFPE 유래 RNA로 작업할 때, RNA 증폭 또는 cDNA 라이브러리의 준비와 같은 효소 의존적 과정이 필요하지 않다는 것이다. 그러나, 검정은 전형적으로 총 RNA 25,26의 50-300 ng 사이의 입력에 대해 최적화되며, 이는 de Bruin etal.24의 발견에 기초하여, 조직 투입을 증가시키지 않으면서 미세해부된 조직과 양립할 수 없을 수 있다; 조직 샘플이 외과 적 절제술보다는 작은 생검으로 점점 더 수집되는 시대에 불리한 요구. DLBCL90 분석에 사용된 RNA 입력량은 거대 해부 및 비해부 조직 모두에 대해 68.5-300 ng의 범위였다. 결과는 매크로 해부로 인해 검사 된 샘플의 60 %에서 콜 변화가 발생했으며 이러한 변화는 매크로 해부 된 샘플의 RNA 입력과 관계없이 관찰되었음을 보여줍니다. 그러나 낮은 RNA 입력에 대한 COO 확률은 COO GCB / UNC 확률 호출 임계 값을 침범했으며, 임계 값은 GCB의 경우 0 ~ <0.1, UNC의 경우 0.1-0.9, ABC 호출20의 경우 >0.9 ~ 1.0입니다. 주요 DLBCL COO 하위 유형은 GCB 및 ABC로, 모든 DLBCL 사례의 41 %와 44 %를 차지하며 UNC는 두 가지 중간 그룹을 대표하고 ABC는 가장 공격적인20,27입니다. 따라서, 샘플 C의 대량해독시 COO 콜 변화가 GCB에서 ABC로의 COO 서브타입의 솔직한 변화를 야기하지는 않았지만, GCB에서 UNC로의 변화는 보다 공격적인 질병으로의 전환을 시사할 수 있다. 더욱이, 최근의 연구들은 UNC 아류형이 단순히 중간 아류형이 아니며, 잠재적으로 아류형-특이적 치료적 이용가능한 속성(28)을 보유할 수 있다는 것을 나타낸다. 유사하게, 샘플 A 및 E의 대량분리는 DHITsig 호의에서 DH 음성에서 DH 양성으로의 솔직한 변화를 일으키지 않았고, 또는 그 반대의 경우도 마찬가지였다. 그러나, 거시해부 시 GCB 샘플(샘플 A)이 NEG에서 UNCLASS로, ABC 샘플(샘플 E)이 UNCLASS에서 NEG로 이동하는 것은 BCL2를 수반하는 이중 히트 전좌가 배타적으로 GCB 현상인 것으로 보고됨에 따라 생물학적으로 적절하다(19). 전좌는 임상 환경에서 FISH에 의해 전통적으로 그리고 유비쿼터스하게 검출되지만, 검출을 위해 덜 관여하고 시간이 많이 걸리는 대안을 식별하기위한 추진력이 커지고 있습니다. DLBCL90 분석은 이러한 요구를 해결하는 중요한 도구이며, 이 분석법이 임상 진단29에 사용되는 FISH 프로브에 대한 전좌를 검출할 수 있다는 발견에 의해 그 사용에 대한 근거가 강화된다.
위에서 설명한 매크로 해부 프로토콜은 연구자가 일반적으로 사용되는 연구 포함 기준 임계 값 아래로 떨어지는 조직 샘플의 종양 함량을 증가시킬 수있게 해주는 간단한 방법을 설명합니다. 연구 워크 플로우에 매크로 해부를 포함하면 연구자는 종양 함량을 증가시킴으로써 연구 배제에서 종양 밀도가 낮은 조직을 구출 할 수 있습니다. 차례로, 이것은 결과 RNA 및 DNA 용출물이 게놈 조사 하에서 종양을 나타낸다는 자신감을 증가시킨다. 조직 해부를 위한 다른 더 정확한 방법이 존재하지만, 보다 광범위하고, 비침윤적이며, 시트형이거나, 고체 방식으로 성장하는 종양의 경우, 거대 해부로 충분할 가능성이 높습니다. 여기에 제시된 결과는 게놈 분석 및 매크로 해부에서 종양 순도의 중요성을 강조하여 이를 달성하기위한 신뢰할 수있는 도구로서 강조합니다.

포르말린-고정 파라핀-포매(FFPE) 조직은 정상적인 임상 진단 과정의 일부로서 수집되고 임상 조직 저장소에 보유되며, 암 연구1을 포함한 인간 연구를 위한 방대한 자원을 나타낸다. 인간 질병에 대한 우리의 이해가 깊어짐에 따라, 이전에 형태 학적 및 면역 표현형 특성에 기초한 단일 실체로 생각되었던 질병이 실제로 분자 서브 타이핑 분석이 필요한 별개의 분자 아형으로 구성되어 있다는 것이 점점 더 분명 해지고 있습니다. 결과적으로, 이들 아류형을 분별할 수 있는 고감도 게놈 분석이 점점 더 중요해지고 있다2. FFPE 조직은 고정 관련 문제로 인해 게놈 기술과 호환되지 않는 것으로 유명하지만 기술 및 프로토콜이 발전함에 따라 이러한 기술은 임상적으로 유 비쿼터스 조직 형식 3,4,5와 점점 더 호환되고 있습니다. 그러나, FFPE 조직은 종종 종양 및 비종양 조직 물질의 혼화제이며, 여기서 비종양 물질의 존재는 종종 원치 않으며, 높은 비율로 존재하는 경우, 게놈 분석의 결과를 상당히 훼손하고 영향을 미칠 수 있다6. 실제로, 60%의 최소 종양 함량이 그러한 분석에 자주 사용되며, 여기서 이 역치에 미치지 못하는 조직은 연구 기준(7)을 달리 충족함에도 불구하고 배제될 수 있다. 이것은 환자 조직이 소중하고 많은 수의 수집이 어려운 희귀 한 질병 환경에서 특히 문제가 될 수 있습니다.
마크로해부(macrodissection)는 정상 조직의 양을 줄임으로써 낮은 종양 함량의 영향을 최소화하는 방법이다3. 핵산 추출 전에 이러한 교란스러운 비종양 물질의 제거는 추출된 핵산의 종양 백분율 함량 및 따라서 종양 순도를 상당히 증강시킬 수 있다. 조직 절제술은 전문가 병리학 적 검토에 크게 의존하며, 여기서 종양 영역은 보드 인증 병리학 자8에 의해 갓 생성 된 헤마톡실린 및 에오신 (H & E) 염색 조직 섹션에서 확인되고 동그라미화됩니다. 그런 다음 동그라미로 표시된 H&E는 원치 않는 조직과 표적 조직의 제거 및 수집을 각각 안내하는 데 사용됩니다. 이 프로토콜은 Mayo Clinic의 AIDS 및 Cancer Specimen Resource (ACSR) Technical Core Laboratory에서 수행 된 조직 수확을 통한 병리학 적 검토에서 거시 해부의 단계를 설명합니다.

<table><tbody><tr><td>200 proof 에탄올</td><td>Decon</td><td>2701</td><td></td></tr><tr><td>AllPrep DNA/RNA FFPE 키트</td><td>Qiagen</td><td>80234</td><td>DNA/RNA FFPE 추출 키트</td></tr><tr><td>Coplin pots</td><td>다양한</td><td>x</td><td></td></tr><tr><td>DLBCL90 프로브</td><td>NanoString</td><td>다양한</td><td>디지털 유전자 발현 프로파일링 기반 DLBCL90 분석</td></tr><tr><td>d-Limonene</td><td>VWR</td><td>89376-092</td><td></td></tr><tr><td>집게</td><td>다양한</td><td>x</td><td></td></tr><tr><td>유리 micrscope 슬라이드</td><td>FisherBrand</td><td>12-550-15</td><td></td></tr><tr><td>글리세롤</td><td>VWR</td><td>0854-1L</td><td></td></tr><tr><td>마스터 키트</td><td>NanoString</td><td>다양한</td><td></td></tr><tr><td>Microtome</td><td>Leica</td><td>RM2265</td><td></td></tr><tr><td>Microtubes</td><td>Ambion</td><td>AM12400</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop One</td><td>Thermo Scientific</td><td>DNA, RNA 및 단백질 정성 분석을 위한</td> <td>ND-ONE-W</td> 분광 광도계</tr><tr><td>DLBCL90</td><td>분석을 실행하는 데 사용되는 nCounter NanoString x 디지털 유전자 발현 프로파일링 플랫폼</td><td></td><td></td></tr><tr><td>영구 마커</td><td>Electrib Microscope Sciences</td><td>72109-12</td><td></td></tr><tr><td>면도날 디스펜서</td><td>Electrib Microscope Sciences</td><td>71985-10</td><td></td></tr><tr><td>면도날</td><td>Electrib 현미경 Sciences</td><td>71985-23</td><td></td></tr><tr><td>조직 소화 완충액</td><td>Qiagen</td><td>80234</td><td></td></tr><tr><td>초순수</td><td>VWR</td><td>SH30538.02</td><td></td></tr><tr><td>수조</td><td>삼각형 생물 의학</td><td>TFB-120</td><td></td></tr><tr><td>나무 막대</td><td>기 피셔브랜드</td><td>22363158</td><td></td></tr></tbody></table>

종양 거대 해부를 통한 종양 내용 향상

Enhancing Tumor Content through Tumor Macrodissection

포르말린 고정 파라핀 포매(FFPE) 조직에서 비종양 조직을 오염시키는 존재는 게놈 연구를 크게 훼손시킬 수 있습니다. 본원에서 우리는 하류 핵산 추출을 수행하기 전에 원치 않는 조직을 제거하고 제거함으로써 조직 표본의 종양 함량 백분율을 증가시키도록 설계된 방법인 매크로 해부를 기술한다. FFPE 조직 블록을 절편화하여 4-5 μm 슬라이드 장착형 조직 절편을 생성하였다. 헤마톡실린 및 에오신 (H & E) 염색을 위해 대표 섹션이 제출되었으며 이후 보드 인증 병리학 자에 의해 검토되었습니다. 검토 중에 병리학자는 H & E에서 종양 조직의 영역을 확인하고 표시했습니다. 일단 완료되면, 표시된 H&E를 사용하여 동일한 조직 블록으로부터 일련의 염색되지 않은 절편의 절제를 안내하였다. 마크로해독의 효과를 입증하기 위해, 매칭된 마크로해부 및 비해부된 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL)으로부터 추출된 RNA를 DLBCL 아류형 및 BCL2 전좌 상태를 결정할 수 있는 디지털 유전자 발현 검정 상에서 실행하였다. 결과는 매크로 해부가 검사 된 샘플의 60 %에서 하위 유형 또는 BCL2 전좌 상태 호출을 변경했음을 보여주었습니다. 결론적으로, 거대 해부는 핵산 추출 전에 종양 농축을 수행하는 간단하고 효과적인 방법이며, 그 산물은 하류 게놈 연구에 자신있게 사용될 수 있습니다.

총 5개의 미만성 거대 B 세포 림프종(DLBCL) FFPE 조직 블록을 절개하였고, 생성된 절편은 핵산 추출 전에 대량해부되거나 또는 그렇지 않은 것으로 나타났다. 추출된 RNA를 DLBCL90 분석16에서 실행하였다. 마크로디스크션된 샘플은 한 번은 5 μL의 RNA 스톡 농도를 사용하되 총 RNA 투입량의 300 ng 이하를 사용하고 한 번은 5 μL의 RNA 스톡을 사용하여 각각의 비해부된 대응물의 RNA 입력과 일치하도록 희석하여 두 번 실행하였다. DLBCL90 결과는 표 2에 요약되어 있습니다.
DLBCL은 상이한 치료 반응성을 갖는 3개의 별개의 기원 세포(COO) 아류형, 즉 GCB, ABC 및 분류되지 않은 또는 UNC17,18로 알려진 중간 그룹으로 구성된다. MYC, BCL2 및 BCL6을 단독으로 또는 조합하여 포함하는 전좌(이중 또는 삼중 히트)는 또한 DLBCL에서, 특히 GCB 서브타입19에서 빈번하게 관찰된다. DLBCL90 분석은 전임자인 Lymph2Cx 임상 분석의 확장으로, 따라서 DLBCL COO 아형 결정이 가능하지만 형광 계내 혼성화(FISH)16,20의 대안으로 디지털 유전자 발현을 사용하여 BCL2와 관련된 이중 히트(DH) 전좌를 보유하는 샘플을 확인하기 위해 주로 개발되었습니다. 표 2의 결과는 매크로 해부가 COO 또는 DHITsig 상태 요구가 조사된 샘플의 60%(3/5)를 요구한다는 것을 보여준다.
샘플 A의 매크로 해부는 COO 콜에 아무런 영향을 미치지 않았지만 DHITsig 콜을 NEG에서 UNCLASS로 변경했으며, 이러한 변화는 매크로 해부 된 샘플 RNA 입력과 유사한 확률 점수 (0.224, 0.254)와 관계없이 관찰되었습니다. 대조적으로, 샘플 C의 매크로 해부는 DHITsig 콜에 아무런 영향을 미치지 않았지만 COO 콜을 GCB에서 UNC로 변경했다. 다시, 이러한 변화는 거대해부된 샘플 RNA 입력과 무관하게 관찰되었다. 그러나, 0.117에서, COO 콜 확률은 감소된 RNA 입력을 갖는 거대해부된 샘플에 대한 콜 임계값 0.1에 더 가까웠다. 샘플 A와 유사하게, 샘플 E의 매크로 해부는 COO 콜에 영향을 미치지 않았지만 DHITsig 콜을 변경하였다. 그러나, 샘플 E의 경우 호출은 UNCLASS에서 NEG로 변경되었고, 상당히 유사한 확률 호출(0.849, 0.833)을 갖는 매크로 해부된 샘플 RNA 입력과 무관하게 그렇게 되었다. 특히, DHITsig NEG에 대한 이러한 콜 변화는 샘플 E가 ABC-DLBCL로 발견되었고, BCL2를 수반하는 이중 히트 전좌가 GCB-DLBCL19에서 독점적으로 관찰되는 것으로 보고되었다는 점을 감안할 때 생물학적으로 의미가 있다.
<img alt="마이크로톰 절편 및 슬라이드 준비 프로세스, 실험실 설정에서 조직 처리를 강조합니다." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62961/62961fig01.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 1"> 도 1: 마이크로톰을 이용하여 슬라이드 장착형 조직 절편을 생성한다. (A) 마이크로톰 척에 의해 제자리에 유지된 FFPE 조직 블록을 절단하여 순차적 FFPE 조직 절편의 리본을 생성한다. (B) 미리 담근 나무 막대기를 사용하여 리본을 마이크로 톰에서 수집하여 따뜻한 수조로 옮깁니다. (C) 물의 따뜻함은 조직 리본의 주름을 다림질하는 데 도움이됩니다. (d) 개별 FFPE 조직 절편은 두 절편의 접합부에 닫힌 포셉을 배치하고 포셉을 부드럽게 열어 조직 리본으로부터 제거되며, 이는 서로 절편을 분리한다. (e) 섹션은 유리 슬라이드를 비스듬히 잠그고 단면의 가장자리가 유리 슬라이드에 닿을 때까지 조직 섹션 쪽으로 측면을 부드럽게 움직여 물에서 수집됩니다. (F) 슬라이드와 섹션이 닿으면 물에서 슬라이드를 천천히 제거하여 조직 섹션이 슬라이드에 대해 플러시되도록 합니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62961/62961fig01large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<img alt="현미경 과정; 조직 슬라이드 준비; 광학 검사; 실험 설정; 생물학적 분석." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62961/62961fig02.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 2"> 그림 2: 헤마톡실린 및 에오신(H&amp;E) 염색 절편의 병리학 및 조직학적 검토. (A,B) H&amp;E 조직 섹션은 보드 인증 병리학자에 의해 현미경 검토를 거칩니다. (C,D) 병리학자가 전체 조직을보고 100 % 종양 조직이 아니라는 것을 알게되면 병리학자는 마커를 사용하여 조직의 종양 영역을 둘러싸게됩니다. (E, F) 원래의 FFPE 조직 블록에 대해 표시된 H &amp; E를 보유하는 것은 모든 조직이 종양 물질이되는 것은 아니라는 것을 보여줍니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62961/62961fig02large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<img alt="샘플 전체의 색상 분리를 보여주는 크로마토그래피 결과; 다이어그램은 분석 방법을 표시합니다." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62961/62961fig03.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 3"> 그림 3: 조직 샘플. 이 이미지는 병리학적으로 검토되고 종양 마킹된 H&amp;Es (행 1), 처리되지 않은 슬라이드 장착형 FFPE 조직 절편 (행 2), 탈파라핀화 슬라이드 장착형 FFPE 조직 절편(행 3), 탈파라핀화 슬라이드 장착형 FFPE 조직 절편(행 4), 이 프로토콜을 입증하는 데 사용된 5개의 샘플(A-E)에 대한 탈파라핀화 및 마크로해부된 슬라이드 장착형 FFPE 조직 절편(행 5)을 보여줍니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62961/62961fig03large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<img alt="조직학적 분석을 위한 조직 샘플 준비 및 절편; 프로세스를 자세히 설명하는 일련의 이미지." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62961/62961fig04.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 4"> 그림 4: FFPE 조직 절편의 탈파라핀화 및 매크로-해부: (A) 흄 후드에서, 슬라이드 랙에 장착된 FFPE 조직은 두 개의 d-리모넨 세척 및 하나의 에탄올 세척으로 세척된다. (B,C) 세척 후, 모든 파라핀이 제거되었고, 조직 만 슬라이드에 남아 있으며, 이는 이제 미리 씻은 것에 비해 흰색이며 눈에 잘 띄게됩니다. (D) 탈파라핀화된 슬라이드-장착된 조직 섹션은 그의 일치하는 마크된 H&amp;E의 뒷면에 아래로 향하게 배치된다. (E) H&amp;E의 종양 영역 표시는 미세 또는 초미세 니브된 영구 마커를 사용하여 탈파라핀화된 슬라이드의 뒷면에서 추적된다 (F) 표시된 탈파라핀화된 슬라이드-장착된 조직 섹션은 글리세롤 세척에 담근 후 수집을 위해 조직 섹션을 감쇠시킨다. 슬라이드는 글리세롤로부터 천천히 제거되고, 슬라이드 조직을 벤치에 정면으로 올려 놓기 전에 과도한 글리세롤을 제거하기 위해 조직으로 닦아냅니다. (g) 깨끗한 면도날의 편평한 측면을 사용하여, 조직은 거대 해부되고, 병리학자 표식의 외부의 원치 않는 조직은 블레이드의 가장자리를 따라 수집되는 관심있는 조직을 수집하기 전에 폐기된다. (H) 나무 막대기는 칼날의 가장자리에서 수집 된 조직을 제거하는 데 사용됩니다. (I) 조직은 미리 표지된 마이크로튜브 미리 채워진 조직 소화 완충액으로 옮겨지고 핵산 추출을 위해 준비된다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62961/62961fig04large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<table border="1" fo:font-size="7px" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td rowspan="2" style="min-width: 80px;">샘플 ID</td>
			<td colspan="2" style="min-width: 80px;">전체 조직 (a)</td>
			<td colspan="2" style="min-width: 80px;">조직의 동그라미 영역 (b)</td>
			<td rowspan="2" style="min-width: 80px;">전체 조직의 전체 종양 함량 (c)</td>
			<td rowspan="2" style="min-width: 80px;">대형해부에 의한 종양 함량의 증가를 접는다 (d)</td>
			<td colspan="2" style="min-width: 80px;">매크로 해부되지 않음(e)</td>
			<td colspan="2" style="min-width: 80px;">매크로 해부 (f)</td>
		</tr>
<tr>
<td style="min-width: 80px;">% 생존 가능한 종양</td>
			<td style="min-width: 80px;">% 기타</td>
			<td style="min-width: 80px;">% 생존 가능한 종양</td>
			<td style="min-width: 80px;">% 기타</td>
			<td style="min-width: 80px;">추출된 5 μm 슬라이드 수</td>
			<td style="min-width: 80px;">RNA conc (ng/μL)</td>
			<td style="min-width: 80px;">추출된 5 μm 슬라이드 수</td>
			<td style="min-width: 80px;">RNA conc (ng/μL)</td>
		</tr>
<tr>
<td style="min-width: 80px;">샘플 A</td>
			<td style="min-width: 80px;">60</td>
			<td style="min-width: 80px;">40</td>
			<td style="min-width: 80px;">75</td>
			<td style="min-width: 80px;">25</td>
			<td style="min-width: 80px;">45</td>
			<td style="min-width: 80px;">1.7</td>
			<td style="min-width: 80px;">2</td>
			<td style="min-width: 80px;">19.0</td>
			<td style="min-width: 80px;">4</td>
			<td style="min-width: 80px;">58.3</td>
		</tr>
<tr>
<td style="min-width: 80px;">샘플 B</td>
			<td style="min-width: 80px;">60</td>
			<td style="min-width: 80px;">40</td>
			<td style="min-width: 80px;">65</td>
			<td style="min-width: 80px;">35</td>
			<td style="min-width: 80px;">39</td>
			<td style="min-width: 80px;">1.7</td>
			<td style="min-width: 80px;">1</td>
			<td style="min-width: 80px;">34.0</td>
			<td style="min-width: 80px;">2</td>
			<td style="min-width: 80px;">60.0</td>
		</tr>
<tr>
<td style="min-width: 80px;">샘플 C</td>
			<td style="min-width: 80px;">40</td>
			<td style="min-width: 80px;">60</td>
			<td style="min-width: 80px;">65</td>
			<td style="min-width: 80px;">35</td>
			<td style="min-width: 80px;">26</td>
			<td style="min-width: 80px;">2.5</td>
			<td style="min-width: 80px;">1</td>
			<td style="min-width: 80px;">13.7</td>
			<td style="min-width: 80px;">2</td>
			<td style="min-width: 80px;">46.2</td>
		</tr>
<tr>
<td style="min-width: 80px;">샘플 D</td>
			<td style="min-width: 80px;">35</td>
			<td style="min-width: 80px;">65</td>
			<td style="min-width: 80px;">90</td>
			<td style="min-width: 80px;">10</td>
			<td style="min-width: 80px;">32</td>
			<td style="min-width: 80px;">2.9</td>
			<td style="min-width: 80px;">1</td>
			<td style="min-width: 80px;">57.3</td>
			<td style="min-width: 80px;">2</td>
			<td style="min-width: 80px;">60.0</td>
		</tr>
<tr>
<td style="min-width: 80px;">샘플 E</td>
			<td style="min-width: 80px;">20</td>
			<td style="min-width: 80px;">80</td>
			<td style="min-width: 80px;">30</td>
			<td style="min-width: 80px;">70</td>
			<td style="min-width: 80px;">6</td>
			<td style="min-width: 80px;">5.0</td>
			<td style="min-width: 80px;">3</td>
			<td style="min-width: 80px;">25.2</td>
			<td style="min-width: 80px;">3</td>
			<td style="min-width: 80px;">44.6</td>
		</tr>
</tbody></table>표 1: 병리학 검토 데이터. 표는 (a) 전체 조직 단면에서 생존 가능한 종양의 백분율, (b) 세포성에 의한 검토 동안 병리학자가 원으로 표시/표시한 영역에서 생존 가능한 종양의 백분율, (c) 전체 조직의 추정된 전체 종양 세포성(a x b), (d) 거시해부로 달성된 종양 세포성의 추정된 배수 증가를 보여주며, (e 및 f) 5 μm의 수염색되지 않은 FFPE 슬라이드-장착된 조직 절편을 매칭된 마크로디스크해 및 마크로해부된 샘플에 대해 생성된 RNA 농도로 추출하였다. %기타는 종양 조직이 아닌 주어진 샘플에 존재하는 다른 모든 조직을 의미하며, 결합 조직, 기질 섬유아세포, 혈관 및 다른 고유 기질 요소를 포함할 수 있다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62961/Table%201-62961R3.xlsx" target="_blank">이 테이블을 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<table border="1" fo:font-size="8px" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td colspan="2">샘플 ID</td>
			<td>RNA 입력 (ng)</td>
			<td>DLBCL90 COO 통화</td>
			<td>DLBCL90 호출 확률</td>
			<td>DHITsig 통화</td>
			<td>DHITsig pos 확률</td>
			<td>DHITsig 부정 확률</td>
		</tr>
<tr>
<td rowspan="5">매크로 해부되지 않음</td>
			<td>샘플 A</td>
			<td>95.0</td>
			<td>증권 시세 표시기</td>
			<td>0.000</td>
			<td>네그</td>
			<td>0.135</td>
			<td>0.865</td>
		</tr>
<tr>
<td>샘플 B</td>
			<td>170.0</td>
			<td>증권 시세 표시기</td>
			<td>0.000</td>
			<td>네그</td>
			<td>0.032</td>
			<td>0.968</td>
		</tr>
<tr>
<td>샘플 C</td>
			<td>68.5</td>
			<td>증권 시세 표시기</td>
			<td>0.028</td>
			<td>네그</td>
			<td>0.033</td>
			<td>0.967</td>
		</tr>
<tr>
<td>샘플 D</td>
			<td>286.5</td>
			<td>증권 시세 표시기</td>
			<td>0.998</td>
			<td>네그</td>
			<td>0.002</td>
			<td>0.998</td>
		</tr>
<tr>
<td>샘플 E</td>
			<td>126.0</td>
			<td>증권 시세 표시기</td>
			<td>0.989</td>
			<td>언클래스</td>
			<td>0.212</td>
			<td>0.788</td>
		</tr>
<tr>
<td rowspan="5">매크로 해부</td>
			<td>샘플 A_M</td>
			<td>291.7</td>
			<td>증권 시세 표시기</td>
			<td>0.000</td>
			<td>언클래스</td>
			<td>0.224</td>
			<td>0.776</td>
		</tr>
<tr>
<td>샘플 B_M</td>
			<td>300.0</td>
			<td>증권 시세 표시기</td>
			<td>0.000</td>
			<td>네그</td>
			<td>0.016</td>
			<td>0.984</td>
		</tr>
<tr>
<td>샘플 C_M</td>
			<td>231.2</td>
			<td>언클래스</td>
			<td>0.210</td>
			<td>네그</td>
			<td>0.015</td>
			<td>0.985</td>
		</tr>
<tr>
<td>샘플 D_M</td>
			<td>300.0</td>
			<td>증권 시세 표시기</td>
			<td>0.999</td>
			<td>네그</td>
			<td>0.002</td>
			<td>0.998</td>
		</tr>
<tr>
<td>샘플 E_M</td>
			<td>223.2</td>
			<td>증권 시세 표시기</td>
			<td>0.987</td>
			<td>네그</td>
			<td>0.151</td>
			<td>0.849</td>
		</tr>
<tr>
<td rowspan="5">Macrodissected &amp; RNA 희석</td>
			<td>샘플 A_M</td>
			<td>95.0</td>
			<td>증권 시세 표시기</td>
			<td>0.000</td>
			<td>언클래스</td>
			<td>0.254</td>
			<td>0.746</td>
		</tr>
<tr>
<td>샘플 B_M</td>
			<td>170.0</td>
			<td>증권 시세 표시기</td>
			<td>0.000</td>
			<td>네그</td>
			<td>0.023</td>
			<td>0.977</td>
		</tr>
<tr>
<td>샘플 C_M</td>
			<td>68.5</td>
			<td>언클래스</td>
			<td>0.117</td>
			<td>네그</td>
			<td>0.027</td>
			<td>0.973</td>
		</tr>
<tr>
<td>샘플 D_M</td>
			<td>286.5</td>
			<td>증권 시세 표시기</td>
			<td>0.999</td>
			<td>네그</td>
			<td>0.002</td>
			<td>0.998</td>
		</tr>
<tr>
<td>샘플 E_M</td>
			<td>126.0</td>
			<td>증권 시세 표시기</td>
			<td>0.995</td>
			<td>네그</td>
			<td>0.167</td>
			<td>0.833</td>
		</tr>
</tbody></table>표 2: DLBCL90 디지털 유전자 발현 분석 결과. 다섯 개의 샘플(A-E)은 핵산 추출이 수행되기 전에 마크로해부되지 않았거나 마크로디스크해부되지 않았다. 생성된 RNA를 DLBCL90 검정 상에서 실행하였고, 이를 위해 최대 RNA 입력 부피는 5 μL이다. 비-거대-해부된 샘플은 5 μL의 스톡 RNA를 사용하여 실행되었다. 각 마크로해부된 샘플은 (a) 60ng/μL의 분취량이 가능하지 않은 한 5μL의 스톡 RNA를 사용하여 두 번 실행하였고, (b) 5μL의 스톡 RNA를 사용하여 그들의 비-거대해부된 대응물의 농도/투입량과 일치하도록 희석하였다. 접미사 _M는 해당 샘플이 매크로 해부되었음을 나타냅니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62961/Table%202-62961R3.xlsx" target="_blank">이 테이블을 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a>

이 프로토콜은 포르말린-고정된 파라핀-포매된 조직 샘플의 퍼센트 종양 함량을 증가시키는 방법을 제시한다.

The presence of contaminating non-tumor tissues in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues can greatly undermine genomic studies. Herein we ...

포르말린-고정 파라핀-포매된 또는 FFPE 조직은 종종 종양 및 비-종양 물질의 혼화제이며, 여기서 비-종양 물질의 존재는 빈번하게 원치 않으며, 높은 비율로 존재하는 경우, 게놈 분석의 결과에 유의한 영향을 미칠 수 있고, 따라서 절제되지 않은 조직과 함께 작업하는 것에 비해 매크로-해부의 주요 이점은 결과적인 탈파라핀화된 절제된 조직 절편이 RNA 및 DNA 추출을 위해 수집될 수 있다는 것이다. 그런 다음 다운스트림 게놈 분석에 자신있게 사용할 수 있습니다. 추출된 물질이 비종양 조직을 오염시키는 것으로부터 최소한의 기여로 향상된 종양 함량을 갖는 조직으로부터 유래된다는 것을 아는 것. 이 과정의 다단계 워크 플로우는 Lee Wisner, Brandon Larsen 박사 및 나 자신에 의해 시연 될 것입니다 조직 절편에 대비하여 파라핀 블록을 얼음물에 10 ~ 15 분 동안 미리 담그십시오.블록을 식히면 왁스가 굳어지고 물은 조직을 축축하게하여 조직을 쉽게 절단 할 수 있습니다. 블록이 얼음 위에 있는 동안 현미경 슬라이드에 적절하게 레이블을 지정합니다. 수조를 섭씨 39도까지 채우고 가열하고 마이크로톰을 원하는 절단 두께로 설정하십시오.조심스럽게 칼날을 마이크로톰에 적재하십시오. 블레이드를 제자리에 고정하고 블록을 단면화할 준비가 될 때까지 안전 가드를 올려 놓습니다. 안전 가드가 제자리에 있는 동안 FFPE 블록을 마이크로톰 척에 삽입합니다.시작하려면 전체 얼굴 섹션이 얻어질 때까지 블록을 천천히 단면화합니다. 이를 블록에 직면하는 것으로 알려져 있습니다. 일단 이것이 달성되면, 블록은 섹션들의 리본을 얻기 위해 더 빨리 섹션될 수 있다.일단 자르면 조직 섹션의 리본을 따뜻한 수조로 옮깁니다. 포셉을 사용하여 리본에서 단일 조직 섹션을 분리합니다. 이렇게 하려면 닫힌 곡선 포셉의 뒷면을 두 섹션 사이의 조인트에 놓고 포셉이 부드럽게 열리도록 하여 단면을 분리합니다.분리된 조직 섹션을 현미경 슬라이드에 수집합니다. 거품이 잡히지 않도록 하려면 현미경 슬라이드를 비스듬히 물에 넣습니다. 랙에 올려 놓기 전에 슬라이드를 부드럽게 흔들어 과도한 물을 제거하여 공기 건조시킵니다.일단 건조되면, H와 E.Once 염색으로도 알려진 헤마톡실린 및 에오신 염색을 위해 갓 절단한 조직 절편 중 적어도 하나를 선택하여 병리학 검토를 위해 H 및 E 슬라이드를 제출하십시오. 병리학 검토 중에 전문 병리학자는 H 및 E 얼룩 슬라이드를 검토하여 관심있는 조직이 각 조직에 어디에 있는지 결정합니다. 병리학자는 먼저 전체 조직을 검토하여 관심있는 조직이 조직 내에 어디에 있는지 결정합니다.초기 조직학 및 형태학적 검토가 완료되면, 병리학자는 슬라이드 마킹 펜을 사용하여 각 H 및 E 염색된 슬라이드에 주석을 달습니다. 마커를 사용하여 병리학자는 관심이없는 조직을 제외하고 관심있는 조직 주위에 원을 그립니다. 이 검토 프로세스는 프로젝트의 모든 H 및 E 염색 슬라이드에 대해 반복됩니다.각 샘플을 순차적이고 효율적으로 처리할 수 있도록 매크로 해부 벤치 작업 영역을 설정합니다. 각 샘플에 대해, 병리학적으로 검토된 H 및 E, 상응하는 염색되지 않은 슬라이드 장착 조직 절편, 뿐만 아니라 조직 수집을 위한 소화 완충액을 함유하는 사전 표지된 마이크로튜브가 손에 있어야 한다. 얼룩지지 않은 슬라이드를 랙에 넣고 흄 후드로 진행하여 파라핀화를 제거하십시오.슬라이드를 희석되지 않은 D-리모넨 또는 CitriSolv의 두 번의 순차적 세척에 침지시킨 다음 세척 당 2 분 동안 100 % 에탄올로 최종 세척하여 슬라이드를 탈파라핀화하십시오. 각 세척이 시작될 때, 약 5 ~ 10 초 동안 세척을 부드럽게 교반하십시오. 세척 사이의 이월을 최소화하려면 슬라이드가 잠깐 배수되도록 하고 랙을 종이 타월에 대십시오.세 번 씻은 후, 조직은 이제 현미경 슬라이드에서 잘 보입니다. 슬라이드를 10분 동안 공기 건조시킵니다. 일단 건조되면, H와 E는 벤치에 아래로 향하게하고, 탈파라핀화 된 조직을 위에 놓고, 또한 H 및 E로 탈파라핀화 된 조직을 일렬로 세우고, 아래로 향하게하고, H와 E의 병리학자가 표시 한 종양 영역은 탈파라핀화 된 조직 섹션 슬라이드의 뒤쪽에서 추적됩니다.이제 염색되지 않은 슬라이드는 3 % 글리세롤 용액에 담그면 정전기를 최소화하고 조직 수집을 돕습니다. 담근 슬라이드를 천천히 제거하여 담근 슬라이드에 달라붙는 글리세롤 용액의 양을 최소화합니다. 제거한 후 슬라이드 뒷면과 슬라이드 앞쪽의 조직이없는 부분을 닦아 과도한 글리세롤을 제거하십시오.다음으로, 깨끗한 블레이드를 사용하여 블레이드로 병리학 표시를 추적하여 관심있는 조직과 나머지 조직 간의 연결을 끊습니다. 이 단계는 글리세롤 침지 전에 수행 될 수 있다는 점에 유의하고, 특히 병리학 적 표시가 복잡한 경우 건조한 조직을 절단하는 것이 더 쉬울 수 있고 또한 조직 끌림의 위험을 최소화 할 수 있습니다. 병리학 마커 외부의 조직은 관심이 없습니다.이들은 블레이드의 평평한 가장자리를 사용하여 제거되어 블레이드의 모서리가 병리학 표시의 바깥쪽을 후크하는지 확인합니다. 일단 원치 않는 조직이 제거되면 새로운 블레이드가 관심있는 조직을 수집하는 데 사용됩니다. 수집 된 조직은 나무 막대기의 평평한 끝을 사용하여 블레이드에서 제거 된 다음 소화 버퍼가있는 사전 표지 된 마이크로 튜브로 옮겨져 이제 핵산 추출 준비가되어있는 매크로 해부 매개 종양 조직 농축을 완료합니다.매크로-해부-해부(macro-dissection)가 하류 게놈 분석에 어떻게 영향을 미칠 수 있는지를 입증하기 위해, 상이한 종양 내용물을 갖는 다섯 개의 미만성 거대 B 세포 림프종, 또는 DLBCL로부터의 조직 절편을 매크로-해부되거나 매크로-해부되지 않았다. 핵산 추출은 DLBCL90 디지털 유전자 발현 프로파일링 분석을 사용하여 조사된 수집 조직 및 생성된 RNA에 대해 수행되었으며, 이는 이중 히트 시그니처 분석으로도 알려져 있다. DLBCL은 세 개의 별개의 분자 서브타입, 즉 GCB, ABC 및 이들의 중간 서브타입으로 구성되며, 이는 DLBCL90 검정을 사용하여 결정될 수 있다.이 분석은 또한 BCL2 유전자를 수반하는 이중 히트 전좌를 보유하는 DLBCL 종양을 동정할 수 있다. DLBCL 90 결과를 이 표에 나타내었다. 매크로-해부된 샘플은 두 번 실행되었다.일단 그들의 RNA 스톡 농도를 사용하고 일단 RNA 스톡을 사용하여 그들의 각각의 비-매크로-해부된 대응물의 농도와 일치하도록 희석하였다. 결과는 매크로 해부로 인해 다섯 개의 샘플 중 세 개에서 하위 유형 또는 이중 히트 호출 변경이 발생했음을 보여줍니다. 샘플 A의 매크로-해부술은 서브타입 콜에 아무런 영향을 미치지 않았지만, 이중 히트 콜을 음성에서 분류되지 않은 것으로 변경하였고, 이러한 변화는 매크로-해부된 샘플 RNA 입력과 무관하게 관찰되었다.대조적으로, 샘플 C의 매크로-해부는 이중 히트 콜에 아무런 영향을 미치지 않았지만, 서브타입 콜을 GCB에서 분류되지 않은 것으로 변경하였고, 이는 또한 매크로-해부된 샘플 RNA 입력과 무관하게 관찰되었다. 샘플 A와 유사하게, 샘플 E의 매크로-해부(macro-dissection)는 서브타입 콜에 영향을 미치지 않았지만, 이중 히트 콜을 변경하였다. 그러나, 샘플 E의 경우, 콜은 분류되지 않은 것에서 음성으로 변경되었고, 다시, 매크로 해부된 샘플 RNA 입력과 무관하게 그렇게 하였다.특히, 이중 히트 음성으로 변경된 이러한 호출은 샘플 E가 ABC인 것으로 밝혀졌고 BCL2를 수반하는 이중 히트 전좌가 GCB 종양에서 독점적으로 관찰되는 것으로 보고되었다는 점을 감안할 때 생물학적으로 의미가 있다. 함께, 이러한 결과는 종양 순도 및 게놈 분석 및 매크로 해부의 중요성을 강조하여 이를 달성하기위한 신뢰할 수있는 도구입니다. 이 비디오를 시청 한 후에는 매크로 해부가 무엇인지, 병리학 적 검토의 중요성 및 조직 처리 워크 플로우에 매크로 해부를 포함시킴으로써 얻은 연구 이점에 대해 더 잘 이해해야합니다.

enhancing-tumor-content-through-tumor-macrodissection

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

이 비디오는 미크론 수준의 정밀도로 3D 유기형 공동 배양 모델의 레이저 해부를 설명합니다. 3D 유기형 모델에서는 섬유아세포와 같은 기질 성분이 암 상피 세포와 3차원으로 공동 배양됩니다. 3D 모델은 생리학적 조건에 가까운 조건에서 침입 및 암-기질 상호 작용을 연구할 수 있는 실험 도구 역할을 합니다.

레이저 미세해부: 3D 유기형 배양 모델에서 침입하는 대장암 세포를 분리하는 기술

이 비디오는 특정 암 조직을 얻기 위해 염색되지 않은 조직 표본에서 암 조직을 수동으로 거시해부하는 방법을 설명합니다. 조직 절편은 위장암에 대한 게놈 전체 연구를 위한 DNA를 얻기 위해 추가로 처리할 수 있습니다.

FFPE 종양 조직 거대해부: 염색되지 않은 표본에서 특정 종양 조직을 얻는 기술

이 비디오는 불완전하게 절제된 피하 종양이 있는 마우스 모델에서 보조 요법 또는 추가 요법을 테스트하는 방법을 보여줍니다. 부분적으로 종양이 절제된 마우스는 T 조절 세포의 항세포독성 단백질을 표적으로 하는 항체로 치료되어 잠재적으로 종양 재성장을 줄이고 효과적인 보조 요법을 제안합니다.

불완전하게 절제된 피하 종양이 있는 마우스 모델의 보조 요법

합성, 조직 공학 대장 암 모델에서 레이저 microdissected 세포 및 기질의 분자 프로파일은 침습적 전방 및 암 관련 기질 세포에서 종양 세포 간의 계면에서 독특한 생물학을 특성화하고 해부 소설과 같은 처리 방식을 나타낸다.

분자 대장 암 세포의 3 차원 모델의 침윤성 종양 미세 환경의 프로파일 및<em&gt; 예 생체 내</em&gt; 섬유 아세포

이 프로토콜은 단일 셀 해상도 생체 내에서 실시간으로 상호 작용 다세포 장시간 경과 이미징을 수행하는 다 광자 현미경의 사용을 설명한다.

종양 미세 환경에서 실시간 다세포 역학의 확장 시간 경과 생체 내에 영상

여기 우리가 설립된 피하 종양에서 종양 면역 및 비 면역 microenvironment의 구성 요소를 풍부 하 게 분리 하는 방법을 설명 합니다. 이 기술은 종양 면역 침투 및 비 면역 종양 분수는 종양 면역 microenvironment의 포괄적인 특성화를 허용할 수 있는 별도 분석에 대 한 수 있습니다.

농축 및 설립된 피하 Murine 종양에서 종양 면역 및 비 면역 Microenvironments의 특성

레이저 미세 해부 (LMD)는 신경교종 이질성과 침략을 중재하는 통로를 밝히기 위하여 이용될 수 있는 민감하고 높게 재현가능한 기술입니다. 여기에서, 우리는 전사성 분석에 선행된 레이저 LMD를 사용하여 신경교종 조직에서 이산 지역을 격리하기 위하여 최적화된 프로토콜을 기술합니다.

종양 내 이질성, 온코스트림 및 침략의 공간 및 분자 특성화를 위한 신경교종 소구역의 레이저 캡처 미세 분해

자동화된 조직 해부를 통한 디지털 주석은 낮은 종양 함량의 경우에 종양을 농축하는 혁신적인 접근 방식을 제공하며 파라핀 및 냉동 조직 유형 모두에 적응할 수 있습니다. 설명 된 워크 플로는 정확성, 재현성 및 처리량을 향상 시키며 연구 및 임상 설정 모두에 적용될 수 있습니다.

낮은 종양 함량 조직에서 종양 농축을 위한 자동화된 해부 프로토콜

이 프로토콜은 레이저 미세 해부를 사용하여 조직학적으로 해결된 세포 집단의 농축을 위해 염색된 얇은 조직 섹션 이미지로부터 병리학적으로 확인된 관심 영역의 인공 지능 기반 세분화를 위한 고처리량 워크플로우를 설명합니다. 이 전략에는 관심 있는 세포 집단을 나타내는 경계선을 레이저 현미경으로 직접 전송할 수 있는 새로운 알고리즘이 포함되어 있습니다.

종양 미세환경의 미세스케일 프로테오믹 분석을 위한 산업화된 인공 지능 유도 레이저 미세 해부

암 절제술의 3D 스캐닝 및 가상 매핑을 위한 새로운 방법은 다학제 암 치료 팀 간의 의사 소통을 개선하기 위해 제안되었습니다.

3D 스캐닝 및 매핑을 사용한 종양 가장자리의 통신 향상

배우세요 FFPE 조직 샘플에서 거대 해부를 이용한 종양 조직 분리 방법입니다. 이 기술은 H&E 염색 후 병리학적 검토를 통해 종양 함량을 높여 유전체 분석의 정확성을 향상시킵니다.

종양 거대 해부를 통한 종양 내용 향상

더 많은 동영상 탐색