Rapid Isolation of Wild Nematodes by Baermann Funnel

Sophia C. Tintori; Solomon A. Sloat; Matthew V. Rockman

doi:10.3791/63287

JoVE Journal
Genetics

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Rapid Isolation of Wild Nematodes by Baermann Funnel

베어만 퍼널에 의해 야생 선충의 신속한 격리

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January 31, 2022

DOI: 10.3791/63287-v

Sophia C. Tintori*¹, Solomon A. Sloat*¹, Matthew V. Rockman¹

¹Department of Biology and Center for Genomics & Systems Biology,New York University

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Overview

This protocol outlines a method for efficiently extracting live nematodes from natural substrates in the field, allowing researchers to study their genes and genomes in their natural context.

Key Study Components

Area of Science

Neuroscience
Ecology
Population Genetics

Background

Caenorhabditis nematodes are real animals that live in nature.
Collecting wild nematodes helps reveal gene functions obscured by lab conditions.
This technique captures a snapshot of nematode populations at the time of collection.
Wild strain cultures are valuable for quantitative genetic studies.

Purpose of Study

To develop a simple method for collecting nematodes from natural substrates.
To facilitate the study of nematodes in their ecological context.
To provide a protocol that is accessible even for novice field researchers.

Methods Used

Identify and collect bacteria-rich substrates in the field.
Use funnels and sterile water to extract nematodes from the substrate.
Incubate samples to allow nematodes to swim through a filter.
Transfer isolated nematodes to culture plates for further study.

Main Results

In a study on Barro Colorado Island, 99% of processed substrates yielded nematodes.
In the Chernobyl Exclusion Zone, 56% of substrates yielded nematodes, none of which were Caenorhabditis.
The method effectively separates nematodes from other substrate materials.
Samples collected allow for a wide array of population biology questions.

Conclusions

This protocol is effective for field collection of nematodes.
It allows researchers to study nematodes in their natural habitats.
Flexibility in the protocol enables adaptation to various field conditions.

Frequently Asked Questions

What types of substrates can be used for collecting nematodes?

Bacteria-rich substrates such as rotting fruit, flowers, fungi, and soil are ideal for collecting nematodes.

How do you ensure the nematodes are not contaminated?

Active insects and other animals should be removed from the sample to prevent cross-contamination.

What is the incubation process for the samples?

Samples should be incubated at room temperature overnight to allow nematodes to swim through the filter.

Can this method be used by novice researchers?

Yes, the technique is simple and easy to execute, even for those new to field research.

What are the benefits of studying wild nematodes?

Studying wild nematodes helps reveal gene functions in their natural context, which may differ from lab conditions.

How can the protocol be modified?

Many aspects of the protocol can be adjusted based on available resources in the field.

이 프로토콜은 필드의 천연 기판에서 살아있는 선충을 효율적으로 추출하는 방법을 간략하게 설명합니다.

케노르하비티스 선충은 자연에 사는 실제 동물입니다. 야생 선충을 수집하면 실험실의 인공 적 조건에 의해 가려질 수 있는 자연적인 맥락에서 유전자와 게놈을 연구할 수 있습니다. 이 기술은 현장에서 박테리아가 풍부한 유기 기판에서 벌레를 추출하고 페트리 접시에 깨끗한 문화를 생성하여 수집 당시 각 인구의 스냅 샷을 캡처합니다.

이 인구는 생태학, 인구 유전학, 또는 메타 유전학 질문에 잘 적합합니다. 야생 변형 배양, 또한 가치, 정량적 유전 연구에 대 한. 이 기술은 간단하고 실행하기 쉽습니다.

그러나 성공적인 수집 여행은 여행하기 전에 자료를 사려 깊게 준비해야합니다. 부패 과일, 꽃, 곰팡이, 초본 식물, 토양 또는 잎 쓰레기의 줄기와 같은 분야에서 박테리아가 풍부한 기판을 식별합니다. 소량의 기판을 라벨이 붙은 비닐 봉지에 넣습니다.

썩어가는 재료가 관심의 분야에서 드문 경우, 미끼로 몇 가지 과일을 배치합니다. 바위에 두고, 그것을 검색하고, 그것을 식민지화 한 모든 벌레. 샘플 ID, 위도, 경도, 기판날짜 및 설명을 기록합니다.

주변 및 기판 온도, 기판 상태, 수집 시간 및 기질 관련 매크로 무척추 동물의 존재와 같은 실험과 관련된 다른 지역 환경 측정값을 기록합니다. 가위를 사용하여 각 깔때기에서 고무 튜브의 3 센티미터 세그먼트를 잘라. 플라스틱 깔때기의 끝에 튜브를 맞춥시게 합니다.

튜브 클램프를 고무 튜브 위에 밀어 놓고 닫습니다. 깔때기 홀더를 만들려면, 전개 골판지 플라이 사악한 트레이의 중앙에 원형 구멍을 잘라. 판지 반전, 측면을 한 번 접어, 함께 테이프.

이렇게 하면 다리가 생성되어 벤치 위의 구멍을 높이게 됩니다. 튜브 클램프가 닫힌 위치에 있는지 확인하고 구멍에 깔때기를 배치합니다. 각 깔때기에 멸균 물을 붓고 림 아래 약 3센티미터를 채웁니다.

깔때기를 눌러 튜브에 갇힌 기포를 놓습니다. 보풀이 없는 닦기를 반으로 접어 사각형을 만들고 깔때기 위에 놓습니다. 그런 다음 닦아 물에 담그고 물에 담급하십시오.

자연 기판의 큰 단단한 조각을 수동으로 분해하십시오. 일부 샘플을 깔때기의 와이프에 부드럽게 놓습니다. 물티슈에 구멍을 뚫거나 테두리 위에 튀어나온 샘플을 남기지 않도록 하십시오.

물티슈의 모서리를 조심스럽게 접어서 시료 위에 접어서 물이 깔때기 의 가장자리를 통해 빠져나가는 것을 방지합니다. 현장 수집 노트에 해당하는 샘플 ID로 깔때기에 레이블을 지정합니다. 여행 및 교차 오염 샘플을 수 있습니다 활성 곤충, 또는 다른 동물을 선택합니다.

전체 시료를 담그기 위해 각 깔때기에 물을 더 넣습니다. 하룻밤 동안 실온에서 배양하는 동안 활성 선충은 조직을 통해 흔들리고 깔때기의 바닥으로 가라 앉습니다. OP50 E.coli 박테리아의 반점으로 앉은 6센티미터 NGM 웜 플레이트의 바닥에 깔때기의 샘플 ID를 작성합니다.

플레이트에서 뚜껑을 제거하고 깔때기 스탠드에서 샘플을 포함하는 깔때기를 제거하고 한 손으로 열린 웜 플레이트 위에 똑바로 고정하십시오. 다른 한편으로는 튜브 클램프에 압력을 방출하고, 물 한 두 방울을 허용하고, 튜브에서 떨어지고, 세균 잔디 밭 옆에 있는 벌레 접시에 놓습니다. 유입경로에서 물이 떨어지자마자 NGM 플레이트가 침수되는 것을 방지하기 위해 재빨리 닫습니다.

청소하려면 깔때기의 내용을 버리고 뜨거운 물로 씻어 서 후속 재사용을하십시오. 스테레오 현미경의 밑에 고립된 선충을 관찰하십시오. 선충 외에도 때때로 작은 올리고 키트 안넬리드, 타디그라드, 회전자 및 작은 갑각류가 있을 것입니다.

ISO hermaphrodite, 또는 ISO 여성 라인을 설정하려면, OP50에 앉아 별도의 3.5 센티미터 NGM 플레이트에 각 L4 헤르마로디테 또는 짝성인 여성을 전송합니다. 각 전송 전후에 웜 픽을 소독합니다. 마지막으로, 파라핀 필름으로 여행을 위해 플레이트를 철저히 감쌉니다.

바로 콜로라도 섬 파나마에서, 2018 년에, 131 기판이이 방법에 의해 처리되었다. 99%가 선충을 낳았습니다. 34%는 케노르하비티스 선충을 산출했다.

체르노빌 배제 구역 우크라이나에서, 에서 2019, 170 기판이이 방법에 의해 처리되었다. 그 중 56%는 선충을 낳았으며, 그 중 어느 것도 케노르하비티스가 아니었다. 이 방법은 선충이 닦아 수영하기 때문에 작동합니다.

그러나 기판과 다른 동물은 상단에 남아 있습니다. 프로토콜의 여러 측면을 수정하여 현장에서 사용할 수 있는 리소스를 사용할 수 있습니다. 이 방법을 사용하여 수집된 견본은, 연구원이 후속 실험실 연구 결과를 위한 확립된 문화에 인구 생물학 질문의 넓은 배열을 해결하는 것을 허용합니다.

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