Name: 항체 기반 치료 분자의 질량 계산을 위한 오픈 소스 프레임워크 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-06-16T13:20:00.000+00:00
Duration: 4 min 24 s
Description: 학습하세요 mAbScale 소프트웨어를 사용하여 항체 기반 치료제의 정확한 질량을 계산하는 방법을. 단클론 항체, 바이스페시픽 항체, 항체-약물 접합체의 질량 결함 문제를 해결하고 생물의약품 개발의 효율성을 높입니다.

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저자는 데이터 검증에 도움을 준 Robert Schuster에게 감사를 표합니다.

mAbScale의 개략적인 워크플로우는 그림 2에 나와 있습니다. 각 단계에는 더 정교한 내부 의사 결정 분기, 루프 및 조합이 있습니다. 계산 프로세스를 설명하는 자세한 알고리즘 워크플로는 보충 그림 1에 나와 있습니다. 응용 프로그램 출력은 사용자가 선택한 폴더에 스프레드시트 형식으로 저장됩니다. 출력 파일은 사용자 입력, 분자량 계산 및 평균 동위원소 질량 유도에 대한 참조로 분류할 수 있는 여러 개의 개별 워크시트로 구성됩니다(예제 출력은 보충 표에 제공됨). 사용자 입력 워크시트에는 단백질 아미노산 서열 및 사용자가 입력한 기타 정보, 평균 원소 질량 및 글리칸 질량이 포함되며, 이는 원소 조성 및 다양한 분자량을 계산하는 데 사용됩니다. 분자량 계산 시트에는 다양한 형태의 화학 조성, 당화 및 화학적 변형이 있거나 없는 감소된 질량, 당화 및 화학적 변형이 있거나 없는 온전한 질량이 포함됩니다. 반항체는 원하는 이형이량체에 대해 식별 및 정량화해야 하는 1차 불순물이기 때문에 사용자가 사용자 입력 페이지에 두 개의 다른 HC 및/또는 두 개의 다른 LC를 입력하면 반항체 질량을 포함하는 시트가 자동으로 생성됩니다. mAbScale의 소스 코드는 https://github.com/kkhatri99/mAbScale 리포지토리를 통해 액세스할 수 있습니다.
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65298/65298fig02.jpg"> 그림 2: 응용 프로그램을 사용한 원소 조성 및 질량 계산과 관련된 단계의 개요. 색상 코딩은 보충 그림 1에 설명된 프로세스 흐름에 연결하는 데 사용할 수 있습니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65298/65298fig02large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
1. mAbscale 응용 프로그램 열기
<ol><li>실행 파일 아이콘을 두 번 클릭하여 소프트웨어 응용 프로그램을 엽니다.</li>
</ol>2. 시퀀스 입력
<ol><li>중쇄 및 경쇄 시퀀스를 공백 없이 1 로 표시된 각 텍스트 상자에 입력합니다.<ol><li>bsAbs의 경우 2로 표시된 두 번째 텍스트 상자 집합에 무거운 체인 또는 가벼운 체인을 추가합니다. 동일한 중쇄 및 경쇄를 가진 mAb의 경우 2 개를 비워 둡니다.</li>
		<li>이러한 무거운 사슬 터미널 변형을 적용할 수 있는 경우 N-Terminal Cyclization 및/또는 C-Terminal Clipping 확인란을 선택합니다.</li>
		<li>ADC 분자에 대한 링커 및 페이로드를 포함한 화학적 변형을 Heavy Chain Chem Mod 및/또는 Light Chain Chem Mod 텍스트 상자에 추가합니다.<ol><li>수정을 CaCl2와 같은 원소 조성으로 지정합니다. 수정은 각각의 단백질 소단위체 또는 사슬에 추가될 것입니다. 알림: 화학 성분은 원소 조성에 - 기호를 접두사로 붙여서 소단위 또는 사슬에서 뺄 수도 있습니다. 예를 들어, -H2O는 소단위 구성과 질량에서 물 분자를 뺍니다.</li>
		</ol></li>
	</ol></li>
</ol>3. 이황화 결합의 수 지정
<ol><li>Total Number of Disulfides(이황화 총 수)라고 표시된 텍스트 상자에 단백질 분자의 이황화물 결합 수를 지정합니다.</li>
	<li>환원 정도(전체 및 부분)에 따라 환원되지 않은 HC 이황화물 수를 [환원되지 않은 HC 이황화물] 텍스트 상자에 입력하고 환원되지 않은 LC 이황화물 수를 [환원되지 않은 LC 이황화물] 텍스트 상자에 입력합니다. 참고: mAb 소단위체의 환원 질량 분석에는 이황화물 결합 중쇄 및 경쇄의 환원/분리가 포함됩니다.</li>
	<li>mAb 경쇄에 당화(glycosylation)가 있는 경우 Light Chain is Glycosylated 확인란을 선택합니다.</li>
</ol>4. 출력 폴더 설정 및 응용 프로그램 실행
<ol><li>찾아보기 버튼을 클릭하여 출력 폴더 텍스트 상자의 출력 폴더를 선택합니다.</li>
	<li>파일 확장자 없이 출력 파일 이름(.xlsx 이름으로 자동 저장됨)을 Excel 파일(내선 없음) 텍스트 상자에 입력합니다.</li>
	<li>제출 버튼을 클릭하여 응용 프로그램을 시작합니다. 출력 파일은 지정된 폴더에서 찾을 수 있습니다. 참고: 원소 질량과 글라이칸 목록은 구분된 텍스트 파일을 편집하여 사용자 정의할 수 있습니다 file Element_Mass.csv(보충 코딩 파일 1) 및 글라이칸.csv(보충 코딩 파일 2)을 각각 사용합니다. 이러한 파일은 응용 프로그램을 실행하기 위해 mAbScale.exe(Supplementary Coding File 3) 실행 파일과 동일한 폴더에 있어야 합니다. 응용 프로그램은 한 번 실행 후 자동으로 닫힙니다. 사용자는 두 번째 계산이 필요한 경우 앱을 다시 시작해야 합니다.</li>
</ol>

Biotherapeutic Entities의 정확한 질량 계산을 위한 Python 기반 도구

<ol><li>Reichert, J. M., Valge-Archer, V. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+trends+for+monoclonal+antibody+cancer+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Drug+Discovery%22%5BJournal%5D)">Development trends for monoclonal antibody cancer therapeutics.</a> Nature Reviews Drug Discovery. 6 (5), 349-356 (2007).</li>
<li>Kintzing, J. R., Filsinger Interrante, M. V., Cochran, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Emerging+strategies+for+developing+next-generation+protein+therapeutics+for+cancer+treatment%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Pharmacological+Sciences%22%5BJournal%5D)">Emerging strategies for developing next-generation protein therapeutics for cancer treatment.</a> Trends in Pharmacological Sciences. 37 (12), 993-1008 (2016).</li>
<li>Wang, M. -Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SARS-CoV-2%3A+Structure%2C+biology%2C+and+structure-based+therapeutics+development%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Cellular+and+Infection+Microbiology%22%5BJournal%5D)">SARS-CoV-2: Structure, biology, and structure-based therapeutics development.</a> Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 10, 587269(2020).</li>
<li>ICH Q8 (R2) Pharmaceutical Development - Scientific Guideline. European Medicines Agency. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.ema.europa.eu/en/ch-q8-r2-pharmaceutical-development-scientific-guideline">https://www.ema.europa.eu/en/ch-q8-r2-pharmaceutical-development-scientific-guideline</a> (2018).</li>
<li>Donnelly, D. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Best+practices+and+benchmarks+for+intact+protein+analysis+for+top-down+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Best practices and benchmarks for intact protein analysis for top-down mass spectrometry.</a> Nature Methods. 16 (7), 587-594 (2019).</li>
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<li>Jakes, C., Füssl, F., Zaborowska, I., Bones, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+analysis+of+biotherapeutics+using+protein+a+chromatography+coupled+to+orbitrap+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Rapid analysis of biotherapeutics using protein a chromatography coupled to orbitrap mass spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 93 (40), 13505-13512 (2021).</li>
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<li>Baker, P. R., Trinidad, J. C., Chalkley, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modification+site+localization+scoring+integrated+into+a+search+engine%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+%26+Cellular+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Modification site localization scoring integrated into a search engine.</a> Molecular & Cellular Proteomics. 10 (7), (2011).</li>
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</ol>

이 소프트웨어는 Apache 2.0 라이선스에 따라 출시됩니다. Copyright (2022) of 글락소스미스클라인 리서치 & 디벨롭먼트 리미티드. 판권 소유. Apache License, Version 2.0 (이하 "라이선스")에 따라 라이센스가 부여되었습니다. 사용권을 준수하는 경우를 제외하고는 이 파일을 사용할 수 없습니다. 라이선스 사본은 http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 에서 얻을 수 있습니다. 관련 법률에서 요구하거나 서면으로 동의하지 않는 한, 라이선스에 따라 배포되는 소프트웨어는 명시적이든 묵시적이든 어떠한 종류의 보증이나 조건 없이 "있는 그대로" 배포됩니다. License(라이선스)에 따른 권한 및 제한 사항을 관리하는 특정 언어에 대한 License(라이선스)를 참조하십시오. L.C.는 글락소스미스클라인(GSK)의 직원입니다. T.H.와 K.K.는 GSK의 직원으로서 이 소프트웨어를 개발했으며 현재 각각 Merck와 Moderna의 계열사입니다.

mAbScale은 질량 및 원소 계산을 위해 빌딩 블록을 변경할 수 있는 유연성과 함께 직관적인 사용자 인터페이스를 제공합니다. 사용자는 응용 프로그램을 사용하고 정확한 질량을 도출하며 결과를 해석하기 위해 표적 분자에 대한 기본적인 이해가 있어야 합니다. 예를 들어, 디폴트 글라이칸 데이터베이스는 치료용 항체의 Fc 부분에서 일반적으로 발견되는 88개의 N-결합 글라이칸을 포함하기 때문에, 온전한 또는 감소된 질량의 수많은 행으로 인해 온전한 또는 감소된 질량 출력 시트가 압도적일 수 있고, 애플리케이션은 데이터베이스(18)에 포함된 모든 가능한 글리코폼 질량을 계산하고, 19. 대부분의 치료용 mAb는 Fab 영역에서 당화(glycosylation)를 제거하도록 설계되었지만, 일부 mAb는 이 당화 부위를 유지할 수 있으며, 이로 인해 당화 단백질형의 총 수가 더욱 증가할 수 있습니다. 사용자는 주어진 분자에 가장 적합한...

지난 20년 동안 바이오 치료제는 현대 제약 산업의 중심이 되도록 발전했습니다. SARS-CoV2 팬데믹 및 기타 생명을 위협하는 조건으로 인해 바이오 제약 분자 1,2,3의 더 빠르고 광범위한 개발에 대한 필요성이 더욱 높아졌습니다.
바이오치료제 분자량은 다른 분석 분석법과 함께 분자를 식별하는 데 매우 중요합니다. 온전한 소단위 질량과 감소된 소단위 질량은 QTPP(Quality Target Product Profile)4에 설명된 대로 품질 유지를 목표로 하는 제어 전략의 일환으로 발견 및 개발 수명 주기 전반에 걸쳐 사용됩니다.
바이오 제약 산업의 분석 개발은 펩타이드 맵핑 또는 다중 속성 분석법(MAM) 모니터링을 사용한 원형(intact) 질량 분석 및 심층 특성 분석을 위한 질량 측정에 크게 의존합니다. 최신 질량분석법(MS) 플랫폼을 활용하는 이러한 기술의 핵심은 고분해능 정밀 질량(HR/AM) 측정을 제공하는 기능입니다. 대부분의 HR/AM 기기는 0.5-5ppm 범위의 질량 정확도를 제공하며, 이는 질량 범위에 따라 확장됩니다. 온전한 거대 분자에 대한 질량을 정확하게 측정할 수 있는 능력은 거대 분자 치료제를 빠르고 확실하게 식별할 수 있게 합니다. 큰 분자 (&gt;10 kDa)에 대한 일반적인 실험 조건을 사용하여 동위원소 분해능을 얻을 수 없기 때문에 비교 및 식별을 위해 평균 질량을 계산해야합니다 5,6.
일반적인 원형(intact) 또는 소단위(subunit) 단백질 질량 스펙트럼은 전사 후 변형(post-translational modification, PTM) 및 클립 또는 염기서열 변이체(sequence variant)와 같은 1차 구조 차이로 인한 다양한 분자 형태에 대한 복합 정보를 포함하는 전체 단백질형 프로파일을 나타냅니다. 이러한 측정은 상대적으로 쉽고 처리량이 많기 때문에 특성화 및 공정 중 모니터링 제어에 적합합니다 7,8. 이러한 실험에 대한 데이터 분석은 일반적으로 사용자가 분자 형태(PTM 범위 또는 기타 분자 형태)에 대한 검색 공간을 정의해야 합니다. 당화 단백질의 경우, 이 검색 공간은 주로 당형(glycoform) 이질성에 의해 주도됩니다. 여러 PTM, 이황화물 결합 구성 및 기본 구조에 따른 기타 변형의 조합으로 인해 가능한 모든 분자 형태를 계산하는 것은 지루한 작업입니다. 따라서 가능한 분자 형태의 수동 계산은 인적 오류가 발생할 가능성이 높은 시간과 자원 소모적인 프로세스입니다.
여기에서는 mAb, bsAbs, ADC 등과 같은 바이오 치료제 분자의 가장 중요한 특징을 고려하여 개발된 질량 계산 도구를 소개합니다. 이 도구를 사용하면 질량 및 원소 조성의 일관된 계산을 위해 검색 공간 변수를 쉽게 통합할 수 있습니다. 이 도구의 모듈식 특성으로 인해 추가 개발이 가능하여 다른 양식에 대한 질량 계산 및 질량 매칭에 적용할 수 있습니다.
GUI 모듈을 통해 사용자는 그림 1과 같이 질량 계산을 위한 입력을 지정할 수 있습니다. 특히, 사용자는 가벼운 항체 사슬과 무거운 항체 사슬에 대한 단일 문자 아미노산 서열을 입력합니다. 중쇄 N-말단 고리화 및 C-말단 라이신 클리핑에 대한 일반적인 수정이 확인란으로 포함되어 있습니다. 또한, 화학식/원소 조성은 각각의 Chem Mod 텍스트 상자를 통해 이러한 단백질 사슬에서 추가/뺄 수 있습니다. 이를 통해 사용자는 여러 번역 후 변형 또는 ADC의 경우 저분자 페이로드를 포함하는 원소 조성을 유연하게 추가할 수 있습니다. 대부분의 치료용 mAb는 경쇄의 당화 부위를 제거하도록 설계되었기 때문에 경쇄의 당화는 선택 사항이며 GUI의 확인란을 사용하여 지정할 수 있습니다.
항체에 대한 원형 질량 분석의 일반적인 변형은 사슬 간 이황화 결합을 감소시켜 경쇄가 중쇄에서 분리되는 감소된 소단위 질량 분석입니다. 사용된 환원제의 강도에 따라 사슬 내 이황화물 결합이 절단되거나 절단되지 않을 수 있습니다. 사용자는 IgG 아형에 따라 또는 시스테인 복합 ADC9의 경우 이황화 결합의 총 수를 입력할 수 있는 유연성을 갖습니다.
이 응용 프로그램은 상향식 방식으로 질량을 계산하며, 여기서 원소 조성은 개별 중쇄 및 경쇄에 대해 먼저 계산됩니다. 다음으로, 중쇄(HC) N-말단 고리화 Lys-클리핑은 계산된 원소 조성을 조정하여 설명됩니다. 그런 다음 지정된 화학적 변형이 중쇄 및/또는 경쇄에 적용됩니다. 분석 유형 및 사용자가 지정한 이황화 결합 패턴에 따라 수소 수는 두 개의 폴리펩티드 사슬에 대해 조정됩니다. 당화 HC 및 경쇄(LC)(선택 사항) 질량은 사용자의 입력에 따라 계산됩니다. 마지막으로, 여러 HC 및 LC 질량이 결합되고 온전한 질량 계산을 위해 이황화물 결합 번호가 자동으로 업데이트됩니다.
원형(intact) 단백질과 같은 더 큰 분자의 경우, 일반적인 분해능을 가진 질량 분석기를 사용할 때 첨가 질량 결함으로 인해 단일 동위원소 질량을 측정할 수 없습니다. 대신, 공칭 또는 평균 질량이 측정되거나 보고됩니다 5,10,11,12,13. 평균 원소 질량은 선별된 질량14,15에 사용된 소스에 따라 달라질 수 있습니다. 원소 질량의 차이는 작을 수 있지만 대분자 분자량 계산에서 중요한 값을 합산할 수 있습니다. 소프트웨어 응용 프로그램에서 기본적으로 사용되는 평균 원소 질량은 보충 표 1에 나와 있습니다. 바이오 제약 연구 및 개발(R&amp;D) 분야와 같은 규제 환경의 경우, 질량의 변화는 규제 서류 제출 중에 분자 실체의 변화를 의미할 수 있기 때문에 일관된 분자 질량을 유지하는 것이 중요합니다. 원소 질량 사용의 일관성을 유지하기 위해 원소 질량 사전이 소프트웨어 도구에 쉼표로 구분된 값(csv) 텍스트 파일인 Element_Mass.csv(보충 코딩 파일 1)로 포함되어 있습니다. 유사하게, mAb에서 일반적으로 볼 수 있는 글라이칸 조성물의 선별된 목록이 포함되어 있습니다: Glycan.csv(보충 코딩 파일 2). 두 파일 모두 실행 가능한 응용 프로그램과 동일한 폴더 위치에 저장되며 사용자가 특정 원소 질량 목록 또는 글라이칸 라이브러리를 사용하도록 수정할 수 있습니다.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65298/65298fig01.jpg"> 그림 1: mAbScale 응용 제품을 위한 GUI 인터페이스. GUI 모듈을 통해 사용자는 질량 계산을 위한 입력을 지정할 수 있습니다. 사용자는 가벼운 항체 사슬과 무거운 항체 사슬에 대한 단일 문자 아미노산 서열을 입력합니다. 중쇄 N-말단 순환화 및 C-말단 라이신 클리핑에 대한 일반적인 수정이 확인란으로 포함되어 있습니다. 화학식/원소 조성은 해당 Chem Mod 텍스트 상자를 통해 더하거나 뺄 수 있습니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65298/65298fig01large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>

<table><tbody><tr><td>Acquity UPLC 시스템&nbsp;</td><td>Waters Corp., Milford, MA</td><td>N/A</td><td>모듈러 시스템</td></tr><tr><td>항체-약물 접합체 (ADC)</td><td>GlaxoSmithKline</td><td>N/A</td><td>독점 분자</td></tr><tr><td>BEH 200 SEC 칼럼&nbsp;</td><td>Waters Corp., Milford, MA</td><td>176003904</td><td></td></tr><tr><td>이중특이성 mAb</td><td>GlaxoSmithKline</td><td>N/A</td><td>독점 분자</td></tr><tr><td>Byos</td><td>Protein Metrics, Cupertino, CA</td><td>https://proteinmetrics.com/byos/ 버전 4.5</td><td></td></tr><tr><td>GPMAW</td><td>GPMAW</td><td>http://www.gpmaw.com/</td><td></td></tr> <tr><td>LC-MS 등급 물&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA</td><td>W6-1</td><td></td></tr><tr><td>mAb 표준&nbsp;</td><td>Waters Corp., Milford, MA</td><td>186009125</td><td>Waters Humanized mAb Mass Check 표준</td></tr><tr><td>mAbScale</td><td>GlaxoSmithKline</td><td>Apache 라이선스, 버전 2.0&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Xevo G2 Q-TOF 질량분석기</td><td>Waters Corp., Milford, MA</td><td>N/A</td><td>모듈식 시스템</td></tr></tbody></table>

항체 기반 치료 분자의 질량 계산을 위한 오픈 소스 프레임워크

An Open-Source Framework for Mass Calculation of Antibody-Based Therapeutic Molecules

바이오 치료제 덩어리는 정체성과 구조적 무결성을 확인하는 수단입니다. 원형 단백질 또는 단백질 소단위체의 질량분석법(MS)은 바이오 의약품 개발의 여러 단계를 위한 간편한 분석 도구를 제공합니다. 단백질의 정체는 MS의 실험 질량이 이론적 질량의 사전 정의된 질량 오차 범위 내에 있을 때 확인됩니다. 단백질 및 펩타이드 분자량 계산을 위한 여러 계산 도구가 존재하지만, 바이오 치료제 개체에 직접 적용하도록 설계되지 않았거나, 유료 라이선스로 인해 액세스 제한이 있거나, 호스트 서버에 단백질 염기서열을 업로드해야 합니다. 
당사는 단클론 항체(mAb), 이중특이성 항체(bsAb) 및 항체-약물 접합체(ADC)를 포함한 치료용 당단백질의 평균 또는 단일 동위원소 질량 및 원소 조성을 쉽게 측정할 수 있는 모듈식 질량 계산 루틴을 개발했습니다. 이 Python 기반 계산 프레임워크의 모듈식 특성으로 인해 이 플랫폼은 향후 백신, 융합 단백질 및 올리고뉴클레오티드와 같은 다른 양식으로 확장될 수 있으며 이 프레임워크는 하향식 질량 분석 데이터 조사에도 유용할 수 있습니다. 그래픽 사용자 인터페이스(GUI)를 갖춘 오픈 소스 독립 실행형 데스크톱 애플리케이션을 만들어 독점 정보를 웹 기반 도구에 업로드할 수 없는 환경에서의 사용 제한을 극복하고자 합니다. 이 글에서는 이 도구인 mAbScale을 다양한 항체 기반 치료 양식에 적용하는 알고리즘과 응용 분야에 대해 설명합니다.

다양한 유형의 mAb를 나타내기 위해 다양한 mAb를 선택했습니다. 상업적으로 이용 가능한 mAb 표준물질은 동일한 중쇄, 동일한 경쇄 및 Fc 영역에 하나의 N-결합 당화(glycosylation) 부위를 가진 기존 mAb를 나타내기 위해 선택되었습니다. 응용 분야 사용을 확대하기 위해 추가적인 경쇄 N 결합 당화(light chain N-linked glycosylation), 이중특이성 mAb 및 항체-약물 접합체(ADC) mAb가 있는 mAb도 선택되었습니다. 이러한 예제 mAb의 화학적 조성, 계산된 질량, 측정된 질량 및 질량 오류는 표 1에 요약되어 있습니다. mAbScale에 의해 보고된 단백질 화학 조성 및 계산된 질량은 단백질 및 펩타이드 1차 구조 분석 프로그램인 GPMAW16에 의해 확인되었습니다.
원형(intact) 질량 분석을 위해 LC-MS 등급의 물을 사용하여 mAb 샘플을 1m...

이 기사에서는 단클론 항체 기반 단백질 치료제의 질량 계산을 위한 소프트웨어 애플리케이션인 mAbScale의 사용에 대해 설명합니다.

Biotherapeutic masses are a means of verifying identity and structural integrity. Mass spectrometry (MS) of intact proteins or protein subunits provides ...

큰 단백질 분자에 대한 정확한 질량 계산의 과제는 측정과 관련된 질량 결함입니다. 결과적으로 평균 질량만 측정할 수 있습니다. 경미한 원소 질량 차이가 누적되어 단클론 항체와 같은 큰 치료 보조기구 분자에서 상당한 불일치를 일으킬 수 있습니다.당사의 도구는 MAP, 이중특이성 및 항체 약물 접합체와 같은 항체 기반 치료제에 대한 일관된 질량 계산의 문제를 명시적으로 해결합니다. 상업용 바이오 의약품 개발 분야의 연구원들은 독점 정보의 개입으로 인해 외부 서버와의 통신에 의존하지 않는 수동 계산 또는 도구에 의존해야 합니다. 기존 도구는 라이선스가 필요하거나 바이오 의약품 개발의 특정 요구 사항을 고려하여 제작되지 않았습니다.MapScale은 사용자와 개발자를 위한 사용자 친화적인 인터페이스와 적응형 오픈 소스 프레임워크를 제공합니다. 여러 버전의 원소 질량 및 수정 목록을 유지 관리할 수 있으며 목록 공유를 통해 계산의 일관성을 유지할 수 있습니다. 코드는 독점 정보를 보호하기 위해 제어된 액세스가 있는 내부 서버 또는 클라우드 기반 배포를 사용하여 엔터프라이즈 수준에서 공유할 수 있습니다.

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연구

JoVE Journal

Biochemistry

생화학

이 비디오에서는 유동 챔버에서 항원-항체 상호 작용을 연구하기 위해 질량 측광을 사용하는 방법을 보여줍니다. 집중된 빛은 분자의 질량에 따라 다르게 산란됩니다. 검출기는 산란된 빛을 수집하고 간섭 패턴을 분자 질량과 상관관계가 있는 다양한 강도의 스폿으로 생성합니다.

단일 분자 수준에서 항원-항체 상호 작용을 연구하기 위한 대량 측광

방법은 항원 동시에 수백 대해 파지 디스플레이 조합 항체 라이브러리의 합성 확장, 고 스루풋 선택을 수행하기위한 시각적 반주하여 설명한다. 이 병렬 접근 방식을 사용하여, 우리는 표준 면역의 기능적인 다양한 항원에 대한 높은 친화력과 특이성을 나타내는 항체 단편을 격리했다.

파지 - 표시 합성 항체 라이브러리의 확장 성 높은 처리량 선택

이 프로토콜은 포유 동물 발현 시스템에서의 치료 용 항체의 생산을 설명한다. 설명하는 방법은 친 화성 크로마토 그래피를 사용하여 대규모 문화와 정화의 설정 벡터 DNA, 안정적인 형질 전환 및 인간 배아 신장 293 세포주의 무 혈청 적응의 준비를 포함한다.

실험실 규모의 생산과 치료 용 항체의 정제

바이러스 성 파생 된 펩 티 드 항 체 어원이 같은 말 (ACs)에 결합 된 증가 된 종양 세포 축적과 분자 페이로드를 제공의 가능성으로 인해 기세를 얻고입니다. 펩 티 드 활용, AC 및 페이로드 세포내 축적, 및 종양을 대상으로 평가 하는 일반적인 방법을 활용 하 고,이 프로토콜 연구원 주요 초기 개발 단계에서 도움이 됩니다.

세포 축적을 증가 하 고 종양을 대상으로 개선에 대 한 바이러스 성 파생 된 펩 티 드 항 체 어원이 같은 말의 초기 평가 수정

여기 우리 면역 phenotypic와 기능 (세포내 cytokine 유도)를 평가 하는 단일 셀 proteomic 접근 방식을 설명 주변 전체 혈액 샘플, 대량 cytometry 통해 분석으로 변경.

Immunophenotype 및 Cytokine 생산 대량 Cytometry 통해 주변 전 혈의 단일 세포 분석

항 체에 신의 cyclopropene 파생 통합 tetrazine 베어링 분자 생성 항 체 약물 어원이 같은 말의 사이트별, 신속 하 고 효율적인 결합 수 있습니다.

빠른 Bioorthogonal 반응을 통해 변화 항 체 의약품의 세대에 대 한 정식이 아닌 아미노산의 유전자 인코딩

여기, 우리는 프로토콜 분석 및 구조 시각화 및 전체 항 체 레파토리의 헌법에 대 한 설명. 이 다음-세대 시퀀싱을 사용 하 여 항 체 RNA의 광대 한 시퀀스의 수집을 포함 한다.

마우스와 차세대 시퀀싱에 의해 인간의 항 체 레파토리의 식별

이 연구는 약물 펩티드 상호 작용을 식별하기위한 전략을 제시하는 것을 목표로했다. 이 전략은 석영 결정 마이크로 밸런스 (QCM) 바이오 센서에 기초한 약물 인식 짧은 펩타이드의 바이오 패닝을 포함하고, 단백질에 대한 약물 인식 및 약물 결합 부위의 음장 에 대해 얻은 정보를 정량적으로 평가하기위한 생물 정보학 분석이 뒤따릅니다.

약물 단백질 상호 작용의 글로벌 검증을 위한 바이오센서 기반 고처리량 바이오패닝 및 생물정보학 분석 전략

여기에서는 항종양 항체의 중요한 암세포 사멸 기전인 ADCC 기전을 조절하는 화합물을 확인하는 방법을 제시합니다. NK 세포의 세포독성 효과는 트라스투주맙이 있는 유방암 세포 스페로이드에서 측정됩니다. 이미지 분석은 스페로이드에서 살아있는 킬러와 죽은 킬러와 표적 세포를 식별합니다.

종양 스페로이드 모델에서 항체 의존성 세포 독성 정량화: 약물 발견을 위한 응용

구조적 유연성은 단백질 기능에 중요한 역할을한다. 여기서, 우리는 주문과 무질서 단백질의 기능을 구동 급속한 구조적 변화를 프로빙 수소 - 중수소 교환 결합 시분 전기 분무 이온화 질량 분석법의 사용을 설명합니다.

시간 해결 전기 분무 이온화 수소 - 중수소 교환 질량 분석 단백질 구조와 역학 연구를위한

학습하세요 mAbScale 소프트웨어를 사용하여 항체 기반 치료제의 정확한 질량을 계산하는 방법을. 단클론 항체, 바이스페시픽 항체, 항체-약물 접합체의 질량 결함 문제를 해결하고 생물의약품 개발의 효율성을 높입니다.

항체 기반 치료 분자의 질량 계산을 위한 오픈 소스 프레임워크

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