An Integrated Workflow to Study the Promoter-Centric Spatio-Temporal Genome Architecture in Scarce Cell Populations

Lloren&#231; Rovirosa; Laureano Tom&#225;s-Daza; Blanca Urmeneta; Alfonso Valencia; Biola M. Javierre

doi:10.3791/65316

희소한 세포 집단에서 프로모터 중심의 시공간 게놈 구조를 연구하기 위한 통합 워크플로우An Integrate...

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Genetics

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JoVE Journal Genetics

An Integrated Workflow to Study the Promoter-Centric Spatio-Temporal Genome Architecture in Scarce Cell Populations

희소한 세포 집단에서 프로모터 중심의 시공간 게놈 구조를 연구하기 위한 통합 워크플로우An Integrated Workflow to Study the promoter-centic spatio-temporal genome architecture in Scarce Cell Populations

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11:36 min

April 21, 2023

DOI: 10.3791/65316-v

Llorenç Rovirosa*¹, Laureano Tomás-Daza*^1,2, Blanca Urmeneta¹, Alfonso Valencia^2,3, Biola M. Javierre^1,4

¹Josep Carreras Leukaemia Research Institute, ²Barcelona Supercomputing Center, ³Catalan Institution for Research and Advanced Studies (ICREA), ⁴Institute for Health Science Research Germans Trias i Pujol

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

유전자 발현은 유전자 프로모터와 원위 조절 요소의 상호작용에 의해 조절된다. 여기서는 낮은 입력 Capture Hi-C(liCHi-C)를 통해 이전에는 측정할 수 없었던 희귀 세포 유형에서 이러한 상호 작용을 식별할 수 있는 방법을 설명합니다.

liCHi-C를 사용하여 우리가 대답하려는 주요 질문은 염색질이 핵에서 어떻게 상호 작용하는지, 따라서 유전자 조절의 새로운 층을 이해하는 것입니다. 우리는 liCHi-C를 사용하여 주어진 샘플의 게놈 조직을 탐색하고, 질병과 관련된 비암호화 돌연변이를 영향을 받는 잠재적 유전자와 연결하고, 예를 들어 종양 샘플에서 전위와 같은 염색체 재배열을 감지할 수 있음을 입증했습니다. 이제 우리는 일차 줄기 세포 또는 관련 임상 샘플과 같은 반흔 세포 유형의 3D 염색질 조직을 탐색할 수 있습니다.

우리의 프로토콜은 제한 단편 분해능에서 게놈 조직을 탐색하기 위해 양질의 데이터를 얻는 데 필요한 입력 자료와 시간 및 비용을 줄입니다. liCHi-C는 3D 염색질 조직 분야의 범위를 확장하여 이전에는 분석이 불가능했던 새로운 세포 유형을 탐색할 수 있게 되었습니다. liCHi-C 덕분에 과학계는 유전자 발현의 특별한 조절을 탐구 할 수 있습니다.

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