Nuclei Isolation from Mouse Cardiac Progenitor Cells for Epigenome and Gene Expression Profiling at Single-Cell Resolution

Stephanie Ibrahim; Catherine Robert; Camille Humbert; Clotilde Ferreira; Gwena&#235;lle Collod; Sonia Stefanovic

doi:10.3791/65328

단일 세포 분해능에서 후성유전체 및 유전자 발현 프로파일링을 위한 마우스 심장 전구 세포에서 핵 분리

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Developmental Biology

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Nuclei Isolation from Mouse Cardiac Progenitor Cells for Epigenome and Gene Expression Profiling at Single-Cell Resolution

단일 세포 분해능에서 후성유전체 및 유전자 발현 프로파일링을 위한 마우스 심장 전구 세포에서 핵 분리

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10:03 min

May 12, 2023

DOI: 10.3791/65328-v

Stephanie Ibrahim¹, Catherine Robert², Camille Humbert², Clotilde Ferreira¹, Gwenaëlle Collod², Sonia Stefanovic¹

¹Center for Cardiovascular Disease & Nutrition, U1263,Aix-Marseille University, ²Marseille Medical Genetics, U1251,Aix-Marseille University

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

여기에서 우리는 세포핵 준비를 설명하는 프로토콜을 제시합니다. 심장 조직을 단일 세포로 미세 해부 및 효소 해리한 후, 전구 세포를 동결한 다음, 순수 생존 세포를 분리하여 단일 핵 RNA 시퀀싱 및 고처리량 시퀀싱 분석을 통한 전이효소 접근 가능한 염색질에 대한 단일 핵 분석에 사용했습니다.

이 프로토콜의 주요 목적은 심장 발달의 맥락에서 유전적 요인과 환경적 요인의 상호 작용과 선천성 심장 결함에 대한 기여도를 연구하는 것입니다. 단일 핵 RNA-seq 및 단일 핵 운동 실조와 같은 단일 핵 접근법은 심장 발달 중 건강 및 질병의 세포 이질성을 연구하는 핵심 방법으로 부상하고 있습니다. 이러한 실험의 한 가지 제한 단계는 모든 샘플을 동시에 실행해야 한다는 것입니다.

모든 실험 조건으로 작업하는 동안 모든 조건에 대해 충분히 신선한 재료를 수집하는 것은 어려울 수 있습니다. 최근 몇 년 동안 단일 세포 분야에서 상당한 진전이 있었지만 주요 어려움은 무료 샘플을 처리하는 것입니다. 이러한 어려움을 피하는 것은 선천성 심장 질환 결함의 기저에 있는 분자 메커니즘을 식별하는 데 매우 유익합니다.

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