Name: 선충의 집단 행동을 연구하기 위한 대규모 재배 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-08-25T14:00:00.000+00:00
Duration: 3 min 32 s
Description: 배우세요 선충의 집단 행동 메커니즘을 대규모 재배 시스템을 통해 연구하는 방법을. Caenorhabditis elegans를 사용하여 신경 과학 및 분자 유전학 기법으로 생물학적 행동 역학을 분석합니다.

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이 연구에 사용된 균주를 제공한 Caenorhabditis Genetics Center에 감사드립니다. 이 간행물은 JSPS KAKENHI Grant-in-Aid for Scientific Research (B) (보조금 번호 JP21H02532), JSPS KAKENHI Grant-in-Aid on the Innovative Areas "Science of Soft Robot" 프로젝트(보조금 번호 JP18H05474), JSPS KAKENHI Grant-in-Aid for Transformative Research Areas B(보조금 번호 JP23H03845), 일본 의료연구개발기구의 PRIME(보조금 번호 JP22gm6110022h9904), JST-Mirai 프로그램(보조금 번호 JPMJMI22G3)의 지원을 받았습니다. 및 JST-FOREST 프로그램(보조금 번호 JPMJFR214R).

1. 웜의 준비
참고: 집단 행동 및 광유전학 실험의 관찰을 위해 야생형 N2 브리스톨 균주12 및 ZX899 균주(lite-1(ce314); ljIs123[mec-4p::ChR2, unc-122p::RFP])13 을 각각 준비합니다. 어두운 조건에서 ZX899 변형을 유지하십시오.
<ol><li>14mL의 선충 성장 배지(NGM)가 포함된 60mm 플레이트에 잘 먹은 성충 4마리를 한천과 함께 넣고 대장균 OP5012를 뿌립니다.</li>
	<li>F1 웜을 23°C의 NGM 플레이트에서 7일 동안 굶어 죽입니다. 이 시점에서 F1 웜의 수율은 약 100개의 웜/플레이트입니다. 벌레의 단계는 다우어와 굶주린 L1 유충의 혼합 개체군으로 구성됩니다.</li>
</ol>2. 개 사료 한천(DFA) 미디엄 플레이트 준비
<ol><li>분말 개 사료 2g과 1% 한천 배지 5mL가 들어 있는 유리병을 고압멸균하고 실온으로 냉각합니다(그림 1A). 알림: 이 실험에는 다른 제조업체의 다른 개 사료를 사용할 수 있습니다.</li>
</ol>3. DFA 중간 판에 벌레 접종
<ol><li>소량(약 0.5g)의 DFA 배지를 대장균 OP50으로 파종한 NGM 플레이트의 중앙으로 옮깁니다(그림 1B). 광유전학 실험의 경우 웜을 접종하기 전에 채널 로돕신 2의 보조 인자인 50μM all-trans-retinal 40μL를 DFA에 붓습니다.</li>
	<li>고압멸균수를 사용하여 4개의 NGM 플레이트에서 굶주린 벌레를 수집합니다.</li>
	<li>접시 뚜껑에서 약 0.5mm 떨어진 DFA 매체에 작은 개 사료 조각(약 2g)을 놓습니다.</li>
	<li>오염을 방지하기 위해 깨끗한 벤치 내부에서 15분 동안 자외선으로 NGM 플레이트를 비춥니다.</li>
	<li>수집된 웜(약 400마리)을 NGM 플레이트의 DFA 배지에 접종합니다. 페트리 플레이트 내부의 습도가 증가하고 뚜껑에 벌레를 가두는 물방울이 생성되는 것을 방지하기 위해 파라필름으로 플레이트를 밀봉하지 마십시오.</li>
	<li>23 °C에서 웜을 번식시키고 약 10-14 일 동안 접시 뚜껑까지 올라갈 수 있도록합니다. 알림: 뚜껑에 있는 벌레의 수는 10-14일 후에도 거의 증가하지 않았기 때문에 벌레의 먹이가 떨어졌을 가능성이 있는 것으로 추정되었습니다.</li>
</ol>4. 집단 행동의 관찰
<ol><li>실험 당일, 대장균 과 개 사료 한천 배지를 포함하지 않은 새 NGM 플레이트를 매크로 줌 현미경 스테이지의 알루미늄 플레이트에 놓습니다(그림 2A). Peltier 온도 조절기 장치를 사용하여 이 새로운 NGM 플레이트의 바닥을 23°C에서 최소 5분 동안 유지합니다(그림 2B). 그런 다음 이 새 NGM 플레이트의 뚜껑을 웜이 올라간 플레이트의 뚜껑으로 교체합니다. 대물 렌즈(x2, NA = 0.5)를 저배율 대물렌즈로 사용합니다(그림 2A).</li>
	<li>Petri 플레이트 바닥의 온도를 23°C에서 26°C로 높여 플레이트 내부의 습도를 변경합니다(그림 2).</li>
	<li>카메라를 사용하여 20 프레임 s−1 (보충 비디오 S1)에서 플레이트 덮개 내부 표면의 이미지를 획득합니다.</li>
	<li>획득한 이미지를 태그가 지정된 이미지 파일 형식으로 저장합니다.</li>
</ol>5. 광유전학 실험
<ol><li>100W 수은 램프를 사용하여 필터 세트로 필터링된 청색광을 전달합니다. 전자기 셔터 시스템을 사용하여 조명 시간을 정밀하게 제어합니다(그림 2B).</li>
	<li>청색광 조명 전에 이러한 조건에서 ZX899를 DFA에서 5분 동안 유지하십시오.</li>
	<li>현미경 s에서 페트리 플레이트의 뚜껑에 부착된 ZX899 웜을 비춥니다.tage 23°C로 유지됩니다.</li>
	<li>20 프레임 s−1 에서 카메라로 플레이트 뚜껑 내부 표면의 이미지를 획득합니다(보충 비디오 S2).</li>
</ol>

Investigating Collective Behaviors in Nematodes Using Dog Food Agar Medium(개 사료 한천 배지를 사용한 선충의 집단 행동 조사)

<ol><li>Vicsek, T., Czirók, A., Ben-Jacob, E., Cohen, I., Shochet, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+type+of+phase+transition+in+a+system+of+self-driven+particles%5BTitle%5D)+AND+%22Physical+Review+Letters%22%5BJournal%5D)">Novel type of phase transition in a system of self-driven particles.</a> Physical Review Letters. 75 (6), 1226-1229 (1995).</li>
<li>Nishiguchi, D., Nagai, K. H., Chaté, H., Sano, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-range+nematic+order+and+anomalous+fluctuations+in+suspensions+of+swimming+filamentous+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Physical+Review+E%22%5BJournal%5D)">Long-range nematic order and anomalous fluctuations in suspensions of swimming filamentous bacteria.</a> Physical Review E. 95 (2), 020601-020606 (2017).</li>
<li>Saw, T. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Topological+defects+in+epithelia+govern+cell+death+and+extrusion%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Topological defects in epithelia govern cell death and extrusion.</a> Nature. 544 (7649), 212-216 (2017).</li>
<li>Kawaguchi, K., Kageyama, R., Sano, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Topological+defects+control+collective+dynamics+in+neural+progenitor+cell+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Topological defects control collective dynamics in neural progenitor cell cultures.</a> Nature. 545 (7654), 327-331 (2017).</li>
<li>Chen, C., Liu, S., Shi, X., Chaté, H., Wu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Weak+synchronization+and+large-scale+collective+oscillation+in+dense+bacterial+suspensions%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Weak synchronization and large-scale collective oscillation in dense bacterial suspensions.</a> Nature. 542 (7640), 210-214 (2017).</li>
<li>Bricard, A., Caussin, J. -B., Desreumaux, N., Dauchot, O., Bartolo, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Emergence+of+macroscopic+directed+motion+in+populations+of+motile+colloids%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Emergence of macroscopic directed motion in populations of motile colloids.</a> Nature. 503 (7474), 95-98 (2013).</li>
<li>Sumino, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large-scale+vortex+lattice+emerging+from+collectively+moving+microtubules%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Large-scale vortex lattice emerging from collectively moving microtubules.</a> Nature. 483 (7390), 448-452 (2012).</li>
<li>Schaller, V., Weber, C., Semmrich, C., Frey, E., Bausch, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Polar+patterns+of+driven+filaments%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Polar patterns of driven filaments.</a> Nature. 467 (7311), 73-77 (2010).</li>
<li>Lin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+whole-brain+activity+to+understand+behaviour%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Physics%22%5BJournal%5D)">Imaging whole-brain activity to understand behaviour.</a> Nature Reviews Physics. 4 (5), 292-305 (2022).</li>
<li>Sugi, T., Ito, H., Nishimura, M., Nagai, K. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((C.+elegans+collectively+forms+dynamical+networks%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">C. elegans collectively forms dynamical networks.</a> Nature Communications. 10 (1), 1-9 (2019).</li>
<li>Corsi, A. K., Wightman, B., Chalfie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+transparent+window+into+biology%3A+a+primer+on+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">A transparent window into biology: a primer on Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 200 (2), 387-407 (2015).</li>
<li>Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genetics+of+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">The genetics of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 77 (1), 71-94 (1974).</li>
<li>Stirman, J. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+multimodal+optical+control+of+neurons+and+muscles+in+freely+behaving+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Real-time multimodal optical control of neurons and muscles in freely behaving Caenorhabditis elegans.</a> Nature Methods. 8 (2), 153-158 (2011).</li>
<li>Tanaka, R., Okumura, E., Yoshiga, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+method+to+collect+phoretically+active+dauer+larvae+of+Caenorhabditis+japonica%5BTitle%5D)+AND+%22Nematological+Research%22%5BJournal%5D)">A simple method to collect phoretically active dauer larvae of Caenorhabditis japonica.</a> Nematological Research. 40 (1), 7-12 (2010).</li>
<li>Hara, A. H., Lindegren, J. E., Kaya, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Monoxenic+mass+production+of+the+entomogenous+nematode+Neoaplectana+carpocapsae%5BTitle%5D)+AND+%22Weiser+on+dog+food%2Fagar+medium%22%5BJournal%5D)">Monoxenic mass production of the entomogenous nematode Neoaplectana carpocapsae.</a> Weiser on dog food/agar medium. 16, 1-8 (1981).</li>
<li>de Bono, M., Bargmann, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+variation+in+a+neuropeptide+Y+receptor+homolog+modifies+social+behavior+and+food+response+in+C%5BTitle%5D)+AND+%22elegans.+Cell%22%5BJournal%5D)">Natural variation in a neuropeptide Y receptor homolog modifies social behavior and food response in C.</a> elegans. Cell. 94 (5), 679-689 (1998).</li>
<li>Artyukhin, A. B., Yim, J. J., Cheong, M. C., Avery, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Starvation-induced+collective+behavior+in+C%5BTitle%5D)+AND+%22elegans.+Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Starvation-induced collective behavior in C.</a> elegans. Scientific Reports. 5, 10647(2015).</li>
<li>Ding, S. S., Schumacher, L. J., Javer, A. E., Endres, R. G., Brown, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shared+behavioral+mechanisms+underlie+C.+elegans+aggregation+and+swarming%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">Shared behavioral mechanisms underlie C. elegans aggregation and swarming.</a> eLife. 8, 1181(2019).</li>
<li>Chen, Y., Ferrell, J. E. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((elegans+colony+formation+as+a+condensation+phenomenon%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">elegans colony formation as a condensation phenomenon.</a> Nature Communications. 12 (1), 4947(2021).</li>
<li>Chiba, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Caenorhabditis+elegans+transfers+across+a+gap+under+an+electric+field+as+dispersal+behavior%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Biology%22%5BJournal%5D)">Caenorhabditis elegans transfers across a gap under an electric field as dispersal behavior.</a> Current Biology. 33 (13), 2668-2677 (2023).</li>
<li>Ioannou, C. C., Guttal, V., Couzin, I. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Predatory+fish+select+for+coordinated+collective+motion+in+virtual+prey%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Predatory fish select for coordinated collective motion in virtual prey.</a> Science. 337 (6099), 1212-1215 (2012).</li>
<li>Couzin, I. D., Krause, J., Franks, N. R., Levin, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effective+leadership+and+decision-making+in+animal+groups+on+the+move%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Effective leadership and decision-making in animal groups on the move.</a> Nature. 433 (7025), 513-516 (2005).</li>
<li>Sumpter, D. J. T., Krause, J., James, R., Couzin, I. D., Ward, A. J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Consensus+decision+making+by+fish%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Biology%3A+CB%22%5BJournal%5D)">Consensus decision making by fish.</a> Current Biology: CB. 18 (22), 1773-1777 (2008).</li>
<li>Sugi, T., Nishida, Y., Mori, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+behavioral+plasticity+by+systemic+temperature+signaling+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Regulation of behavioral plasticity by systemic temperature signaling in Caenorhabditis elegans.</a> Nature Neuroscience. 14 (8), 984-992 (2011).</li>
<li>Russell, J., Vidal-Gadea, A. G., Makay, A., Lanam, C., Pierce-Shimomura, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Humidity+sensation+requires+both+mechanosensory+and+thermosensory+pathways+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Humidity sensation requires both mechanosensory and thermosensory pathways in Caenorhabditis elegans.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111 (22), 8269-8274 (2014).</li>
</ol>

저자는 선언할 이해 상충이 없습니다.

이 연구에서는 실험실에서 예쁜꼬마선충(C. elegans)의 대규모 집단 행동을 위한 시스템을 준비하기 위한 프로토콜을 보여줍니다. DFA 기반 방법은 원래 Caenorhabditis japonica14 및 Neoaplectana carpocapsae Weiser15로 확립되었으며, 둘 다 비모델 동물입니다. 그러나 이 방법은 집단 행동을 조사하는 데 적용되지 않았습니다. 예쁜꼬마선충(C. elegans)은 유전적으로 다루기 쉬운 모델 동물이다11,12. 예쁜꼬마선충(C. elegans)을 이용한 행동유전학 연구는 개인 수준의 행동연구 조사에 기여했다. 그러나, 예쁜꼬마선충(C. elegans) 연구의 오랜 역사에서, 단순한 뭉침 패턴이 관찰되었...

비과학자와 과학자 모두 새 떼와 물고기 떼와 같은 동물의 집단 행동에 매료되어 있습니다. 집단 행동은 물리학, 생물학, 수학 및 로봇 공학을 포함한 광범위한 분야에서 분석되었습니다. 특히, 활성물질 물리학은 조류 떼, 물고기 떼, 운동성 박테리아의 생물막, 활성 분자로 구성된 세포골격, 자체 추진 콜로이드 그룹과 같은 자체 추진 원소로 구성된 시스템, 즉 소산 시스템에 중점을 둔 연구 분야입니다. 활성 물질 물리학 이론은 개인의 행동이 아무리 복잡하더라도 엄청난 수의 생물의 집단 운동은 소수의 간단한 규칙에 의해 지배된다고 주장합니다. 예를 들어, 자체 추진 입자의 집단 운동에 대한 통일된 설명의 후보인 Vicsek 모델은 동물 무리에서와 같이 2D에서 편심 변동이 있는 장거리 정렬 위상을 형성하기 위해 움직이는 물체의 단거리 정렬 상호 작용이 필요하다고 예측합니다1. 활성 물질의 물리학과 관련된 하향식 실험적 접근 방식이 빠르게 발전하고 있습니다. 이전 실험에서는 대장균2에서 장거리 주문상의 형성을 확인했습니다. 최근의 다른 연구에서는 세포 3,4, 박테리아5, 운동성 콜로이드6 또는 움직이는 단백질 7,8을 사용했다. Vicsek 모델과 같은 간단한 최소 모델은 이러한 실제 현상을 성공적으로 설명했습니다. 이러한 단세포 실험 시스템과는 대조적으로, 동물의 집단 행동은 일반적으로 야생에서 관찰되는데, 아무도 10,000마리의 실제 새나 물고기를 대상으로 통제된 실험을 수행하기를 바랄 수 없기 때문입니다.
생물학자들은 물리학자들과 같은 관심사를 가지고 있습니다: 개인이 어떻게 서로 상호 작용하고 기능적으로 그룹으로서 행동하는지. 개인의 행동을 분석하기 위한 전통적인 연구 분야 중 하나는 신경 과학으로, 행동의 기저에 있는 메커니즘을 신경 및 분자 수준에서 조사했습니다. 지금까지 많은 신경과학적 상향식 접근법이 개발되었다. 물리학의 하향식 접근법과 생물학의 상향식 접근법은 초파리, 예 쁜꼬마선충(Caenorhabditis elegans) 및 생쥐(mouse)와 같은 모델 동물을 사용하여 촉진될 수 있다9. 그러나, 실험실에서 이들 모델 동물의 대규모 집단 행동에 대한 발견은 거의 없었다10; 실험실에서 유전적으로 다루기 쉬운 모델 동물을 대규모로 준비하는 것은 여전히 어렵습니다. 따라서 현재 생물학과 물리학의 집단행동에 대한 연구에서 일반적으로 실험실에서 연구를 수행하는 과학자들은 동물의 집단행동을 연구하는 것이 어려웠다.
이 연구에서는 선충의 집단 행동을 연구하기 위해 선충을 대규모로 배양하는 방법을 확립했습니다. 이 시스템을 통해 우리는 환경 조건을 변화시키고 돌연변이10을 사용하여 집단 행동에 대한 개인 수준의 운동이 미치는 영향을 조사할 수 있습니다. 활성 물질 물리학에서 수학적 모델의 매개변수는 실험과 시뮬레이션 모두에서 제어할 수 있으며, 이를 통해 통일된 설명을 식별하기 위해 해당 모델을 검증할 수 있습니다. 유전학은 집단 행동의 기저에 있는 신경 회로 메커니즘을 이해하는 데 사용된다11.

<table><tbody><tr><td>Escherichia coli 및 C. elegans 균주</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>E. 대장균 OP50</td><td>Caenorhabditis Genetics Center</td><td>OP50</td><td>식품 C. elegans. Uracil auxotroph. E. coli B.</td></tr><tr><td>lite-1(ce314); ljIs123[mec-4p::ChR2, unc-122p::RFP]</td><td>author</td><td>ZX899</td><td>lite-1(ce314) > <emmec-4 및 unc-122 promoter, 각각</td></tr><tr><td>N2 Bristrol</td><td>Caenorhabditis Genetics Center</td><td></td><td>Wild-type C. elegans strain</td></tr><tr><td>지렁이 배양</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Agar 정제, 분말</td><td>Nakarai tesque</td><td>01162-15</td><td>NGM 플레이트 제조용</td></tr><tr><td>All-trans retinal</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>R2500</td><td>광유전학용</td></tr><tr><td>Bacto pepton</td><td>Becton Dickinson 211677</td><td></td><td>NGM 플레이트 제조용</td></tr><tr><td>염화칼슘</td><td>Wako</td><td>036-00485</td><td>NGM 플레이트 제조용</td></tr><tr><td>콜레스테롤</td><td>Wako</td><td>034-03002</td><td>NGM 플레이트 제조용</td></tr><tr><td>di-Photassium hydrogenphosphate</td><td>Nakarai tesque</td><td>28727-95</td><td>NGM 플레이트 제조용</td></tr><tr><td>개밥</td><td>Nihon Pet Food</td><td>VITA-ONE</td><td>제조용 개밥 한천 배지</td></tr><tr><td>LB 육수, Lennox</td><td>Nakarai tesque</td><td>20066-95</td><td>E. coli OP50</td></tr><tr><td>마그네슘 황산염</td><td>무수 TGI</td><td>M1890</td><td>NGM 플레이트 제조용</td></tr><tr><td>페트리 접시(60mm)</td><td>Nunc</td><td>150270</td><td>NGM 플레이트 제조용</td></tr> 인<tr><td>산이수소칼</td>륨 <td>Nakarai tesque</td><td>28720-65</td><td>NGM 플레이트 제조용</td></tr><tr><td>염화나트륨</td><td>Nakarai tesque</td><td>31320-05</td><td>용 NGM 플레이트<</td></tr><tr><td>strong>Observation</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Computer</td><td>CT 솔루션</td><td>CS6229</td><td>Windows10 Pro와 Intel Xeon Gold 6238R CPU 및 768 GB RAM</td></tr><tr><td>CMOS 카메라</td><td>준비 Hamamatsu photonics&nbsp;</td><td>ORCA-Lightning C14120-20P</td><td>데이터 수집용</td></tr><tr><td>CMOS 카메라</td><td>Olympus</td><td>DP74</td><td>데이터 수집용</td></tr><tr><td>SZX-MGFP 세트가 있는 현미경</td><td>Olympus</td><td>MVX10</td><td>데이터 수집용</td></tr><tr><td>x2 대물 렌즈</td><td>Olympus</td><td>MV PLAPO 2XC</td><td>작동 거리 20mm 및 개구수 0.5</td></tr><tr><td>셔터 제어</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>셔터</td><td>OptoSigma</td><td>BSH2-RIX</td><td>빛 조명의 시간 패턴을 제어하기 위한</td></tr><tr><td>셔터 컨트롤러</td><td>OptoSigma</td><td>SSH-C2B-A</td><td>빛의 시간 패턴을 제어하기 위해</td></tr><tr><td><강한>온도 제어</강한></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>펠티에 온도 컨트롤러 유닛</td><td>VICS</td><td>WLVPU-30</td><td>페트리 플레이트 내부 습도 제어용</td></tr><tr><td>UNI-THEMO CONTROLLER</td><td>Ampere</td><td>UTC-100</td><td>페트리 플레이트 내부 습도 제어</td></tr><tr><td>용데이터 수집 소프트웨어</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>HCImage</td><td>Hamamatsu 포토닉스</td><td></td><td>데이터 수집용</td></tr></tbody></table>

선충의 집단 행동을 연구하기 위한 대규모 재배

The Large-Scale Cultivation of Nematodes to Study Their Collective Behaviors

동물은 새 떼, 물고기 떼, 인간 무리에서 관찰되는 것처럼 역동적인 집단 행동을 나타냅니다. 동물의 집단 행동은 생물학과 물리학 분야에서 조사되었습니다. 실험실에서 연구자들은 약 100년 동안 초파리와 제브라피시와 같은 다양한 모델 동물을 사용해 왔지만, 유전적으로 다루기 쉬운 모델 동물에 의해 조정된 대규모의 복잡한 집단 행동을 연구하는 것은 여전히 주요 과제로 남아 있습니다. 이 논문은 예쁜꼬마선충(Caenorhabditis elegans)의 집단 행동에 대한 실험적 시스템을 만들기 위한 프로토콜을 제시합니다. 번식된 벌레는 페트리 판의 뚜껑에 올라가 집단 떼 행동을 보입니다. 이 시스템은 또한 습도와 빛 자극을 변경하여 벌레의 상호 작용과 행동을 제어합니다. 이 시스템을 통해 우리는 환경 조건을 변화시키고 돌연변이를 사용하여 집단 행동에 대한 개인 수준의 운동이 집단 행동에 미치는 영향을 조사함으로써 집단 행동의 기저에 있는 메커니즘을 조사할 수 있습니다. 따라서 이 시스템은 물리학과 생물학 모두에서 향후 연구에 유용합니다.

여기에서 야생형 다우어 웜은 집단 행동 관찰에 사용되었습니다. 웜을 23°C에서 약 10-14일 동안 배양하고 DFA 배지 플레이트의 뚜껑 내부 표면까지 올라갔습니다. 실험 당일에는 뚜껑만 대장균 및 DFA 배지가 없는 새로운 NGM 플레이트로 옮겼습니다. 이 페트리 플레이트의 바닥은 처음에 펠티에 시스템을 사용하여 23°C로 유지한 다음 온도를 26°C로 높였습니다. 현미경으로 동영상을 찍었습니다. 그림 3 은 동영상의 스냅 샷을 보여 줍니다. 웜은 습도 변화 동안 네트워크 패턴을 동적으로 리모델링했습니다. 습도가 증가함에 따라 네트워크의 구획 크기도 커집니다. 마침내, 그물망이 붕괴되었고, 휴면 상태였던 벌레 무리가 뚜껑의 안쪽 표면에 남아 있었다.
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여기에서는 개 사료 한천 배지를 사용하여 선충을 대량으로 배양하여 선충의 집단 행동을 연구하는 시스템이보고되었습니다. 이 시스템을 통해 연구자들은 많은 수의 다우어 웜을 번식시킬 수 있으며 Caenorhabditis elegans 및 기타 관련 종에 적용할 수 있습니다.

Animals exhibit dynamic collective behaviors, as observed in flocks of birds, schools of fish, and crowds of humans. The collective behaviors of animals ...

우리는 능동적 형이상학과 신경 과학의 관점에서 집단 행동의 기저에 있는 메커니즘을 연구하고 있습니다. 집단행동학 연구분야에서는 무생물을 이용한 실험체계와 세포 단위의 실험체계가 확립되어 있다. 그러나 실험실에서 집단 행동을 연구하기 위해 동물 수준의 실험 시스템을 설계하는 것은 여전히 어려운 과제로 남아 있습니다.우리는 전통적으로 사용되던 모델 동물인 예쁜꼬마선충(nematode C.elegans)으로 집단 행동을 성공적으로 재구성했습니다. 이 시스템은 동물의 집단 행동에 대해 제안된 수학적 모델로 매개변수를 제어할 수 있도록 하고, 분자유전학을 이용하여 집단 행동의 기저에 있는 신경기전을 연구합니다.

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Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

이 비디오에서는 불임 성인 예쁜꼬마선충의 발달 동기화된 개체군을 생산하는 방법을 보여줍니다. 예제 프로토콜은 살아있는 동물의 산소 소비율을 연구하기 위해 벌레를 동기화합니다.

선충 동기화(Nematode Synchronization): 동일한 발달 단계에 있는 벌레 개체군을 얻는 방법

우리는 NGT-3D 및 NGB-3D라는 3D 선충 재배 시스템을 구축하는 간단한 방법을 제시한다. 이러한 표준 2D 실험실 C. elegans의 배양 플레이트보다 자연 예쁜 꼬마 선충 서식지에 더 유사 서식지에서 선충의 체력과 행동을 연구하는 데 사용할 수 있습니다.

의 재배<em&gt; 예쁜 꼬마 선충</em&gt; 실험실에서 세 가지 차원에서

우리는 인구 기반 분석에서 가용성 화합물에 대한 선충류 인 Caenorhabditis elegans 의 선호도를 자동 분석 할 수있는 행동 기록 설정 및 프로토콜을 제시합니다. 이 기사에서는 비헤이비어 챔버의 구성, 동작 분석 프로토콜 및 비디오 분석 소프트웨어 사용에 대해 설명합니다.

선충 집단에 기반한 화학 감응도 선호 분석의 자동화 된 분석

이 프로토콜에서는 고체 미디어 꼬마 선 충 의 대규모 재배 하는 방법을 설명합니다. 액체 문화 하는 대신,이 프로토콜 플레이트 기반 재배 아래 다른 비늘의 매개 변수를 얻기 수 있습니다. 액체와 고체 미디어 문화 형태학 및 대사 차이 생략 하 여 결과의 comparability를 늘어납니다.

꼬마 선 충의 대규모 재배 플레이트 기반: 당뇨병에서 대사 변경의 연구에 대 한 샘플 준비

우리는 넓은 필드의 보기 선 충 추적 플랫폼 (WF-NTP), 꼬마 선 충의 큰 인구의 높은 처리량 phenotypic 특성을 가능 하 게를 사용 하 여 프로토콜을 설명 합니다. 이러한 프로토콜은 미묘한 행동 변화 돌연변이 체 긴장 또는 확장성 패션에서 약물 치료에 대 한 응답에서 특성을 사용할 수 있습니다.

자동화 된 행동 분석의 큰 C. 선 충 인구 넓은 시야의 사용 하 여 추적 플랫폼

야생 Caenorhabditis 선충은 많은 미생물과 연관됩니다, 종종 창 자 루멘에서 또는 창 자를 감염. 이 프로토콜은 도어 큐티클의 저항을 활용하여 내장을 식민지화하는 헤아릴 수없는 미생물을 풍부하게하는 방법을 자세히 설명합니다.

장내 미생물군유전체 박테리아를 위해 농축하는 야생 케노르하비티스 선충제의 선택적 세척

이 프로토콜은 필드의 천연 기판에서 살아있는 선충을 효율적으로 추출하는 방법을 간략하게 설명합니다.

베어만 퍼널에 의해 야생 선충의 신속한 격리

이 프로토콜은 자아 Caenorhabditis 선충류의 대규모 생태 조사를 수행하는 데 사용할 수 있습니다. 이 방법의 주요 장점은 자연에서 수집 된 선충류와 관련된 생태 및 분자 데이터의 효율적인 조직 및 분석입니다.

Selfing caenorhabditis 선충류의 생태 조사를 수행하기위한 고도로 확장 가능한 접근법

Caenorhabditis elegans 는 생물학의 주요 모델 종 중 하나이지만 거의 모든 연구는 자연적으로 관련된 미생물이없는 상태에서 수행됩니다. 여기에 설명 된 방법은 미래의 기능적 C. elegans 연구의 기초로서 관련 미생물의 다양성에 대한 이해를 향상시키는 데 도움이 될 것입니다.

모델 선충 Caenorhabditis elegans의 자연 미생물 총의 분리 및 특성화

퇴비 소우주는 자연에서 발견되는 미생물 다양성을 실험실로 가져와 Caenorhabditis elegans의 미생물 군집 연구를 용이하게합니다. 여기에는 소우주 실험을 설정하기위한 프로토콜이 제공되며, 실험은 환경 미생물 다양성과 벌레 장내 미생물 구성 간의 관계를 탐구하기 위해 환경 미생물 다양성을 조절하는 능력을 보여줍니다.

Caenorhabditis elegans의 마이크로바이옴 연구를 위한 미생물적으로 다양하고 자연과 유사한 환경으로서의 소우주를 퇴비화

여기에서 우리는 평생 생리학적 매개변수 추적 및 형광 정량화를 위해 고체 배지에서 분리된 개별 선충을 배양하는 프로토콜을 제시합니다. 이 배양 시스템에는 동물이 도망가는 것을 방지하기 위해 단일 벌레 우물 주위에 팔미트산 장벽이 포함되어 있어 병원성 박테리아 및 화학적 스트레스 요인을 포함한 혐오적인 개입을 사용할 수 있습니다.

Longitudinal Fluorescence Monitoring and Averseive Interventions를 위한 고체 배지에서 개별 Caenorhabditis elegans 의 장기 배양

배우세요 선충의 집단 행동 메커니즘을 대규모 재배 시스템을 통해 연구하는 방법을. Caenorhabditis elegans를 사용하여 신경 과학 및 분자 유전학 기법으로 생물학적 행동 역학을 분석합니다.

선충의 집단 행동을 연구하기 위한 대규모 재배

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