Name: Tile/SED/Array 인터페이스를 사용하여 Multiplexed Ion Beam Imaging Microscope에서 조직 마이크로어레이 및 Tiled Area Imaging의 신속한 설정 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-09-15T14:10:00.000+00:00
Duration: 6 min 15 s
Description: 학습하세요 다중 이온 빔 이미징(MIBI)에서 조직 마이크로어레이 및 연속 조직 영역의 시야 설정을 위한 타일 SED 어레이 인터페이스(TSAI) 사용법. 직관적인 그래픽 도구로 이미징 효율성을 높이세요.

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<meta charset="utf8"></head><body>조직 마이크로어레이 이미징을 위한 TSAI를 사용한 MIBI 실행 설정 가속화

<ol><li>Liu, C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+Ion+Beam+Imaging%3A+Insights+into+Pathobiology%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Pathol%22%5BJournal%5D)">Multiplexed Ion Beam Imaging: Insights into Pathobiology.</a> Annu Rev Pathol. 17, 403-423 (2022).</li>
<li>Keren, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MIBI-TOF%3A+A+multiplexed+imaging+platform+relates+cellular+phenotypes+and+tissue+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">MIBI-TOF: A multiplexed imaging platform relates cellular phenotypes and tissue structure.</a> Sci Adv. 5 (10), 1-16 (2019).</li>
<li>Elhanani, O., Keren, L., Angelo, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-Dimensional+Tissue+Profiling+by+Multiplexed+Ion+Beam+Imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">High-Dimensional Tissue Profiling by Multiplexed Ion Beam Imaging.</a> Methods Mol Biol. 2386, 147-156 (2022).</li>
<li>Greenwald, N. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-cell+segmentation+of+tissue+images+with+human-level+performance+using+large-scale+data+annotation+and+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Whole-cell segmentation of tissue images with human-level performance using large-scale data annotation and deep learning.</a> Nat Biotechnol. 40 (4), 555-565 (2022).</li>
<li>Risom, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transition+to+invasive+breast+cancer+is+associated+with+progressive+changes+in+the+structure+and+composition+of+tumor+stroma%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Transition to invasive breast cancer is associated with progressive changes in the structure and composition of tumor stroma.</a> Cell. 185 (2), 299.e18-310.e18 (2022).</li>
<li>McCaffrey, E. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+immunoregulatory+landscape+of+human+tuberculosis+granulomas%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Immunol%22%5BJournal%5D)">The immunoregulatory landscape of human tuberculosis granulomas.</a> Nat. Immunol. 23 (2), 318-329 (2022).</li>
<li>Greenbaum, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+spatially+resolved+timeline+of+the+human+maternal%E2%80%93fetal+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A spatially resolved timeline of the human maternal–fetal interface.</a> Nature. 619 (7970), 595-605 (2023).</li>
<li>Hartmann, F. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+metabolic+profiling+of+human+cytotoxic+T+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Single-cell metabolic profiling of human cytotoxic T cells.</a> Nat Biotechnol. 39 (2), 186-197 (2021).</li>
<li>Patwa, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+imaging+analysis+of+the+tumor-immune+microenvironment+reveals+predictors+of+outcome+in+triple-negative+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Multiplexed imaging analysis of the tumor-immune microenvironment reveals predictors of outcome in triple-negative breast cancer.</a> Commun Biol. 4 (1), 852(2021).</li>
<li>Keren, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Structured+Tumor-Immune+Microenvironment+in+Triple+Negative+Breast+Cancer+Revealed+by+Multiplexed+Ion+Beam+Imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A Structured Tumor-Immune Microenvironment in Triple Negative Breast Cancer Revealed by Multiplexed Ion Beam Imaging.</a> Cell. 174 (6), 1373.e19-1387.e19 (2018).</li>
<li>Vijayaragavan, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+spatial+proteomic+imaging+for+human+neuropathology%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Neuropathol.+Commun%22%5BJournal%5D)">Single-cell spatial proteomic imaging for human neuropathology.</a> Acta Neuropathol. Commun. 10 (1), 158(2022).</li>
<li>GitHub - angelolab/toffy: Scripts for interacting with and generating data from the commercial MIBIScope. (n.d.). , https://github.com/angelolab/toffy (2023).</li>
<li>Web Hypertext Application Technology Working Group (WHATWG). (n.d.). HTML Living Standard. , from https://html.spec.whatwg.org/multipage (2023).</li>
<li>ECMA International. (n.d.). ECMAScript 2022 Language Specification. , https://www.ecma-international.org/publications-and-standards/standards/ecma-262 (2023).</li>
<li>World Wide Web Consortium (W3C). (n.d.). Cascading Style Sheets (CSS). , from https://www.w3.org/Style/CSS/Overview.en.html (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>MIBI 컴퓨터</td><td>Ionpath</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MIBIcontrol(소프트웨어)</td><td>Ionpath</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MIBIscope</td><td>, Ionpath</td><td></td><td>MIBI(Multiplexed Ion Beam Imaging), 현미경</td></tr><tr><td>MIBIslide</td>, <td>Ionpath</td><td>567001</td> MIBI <td></td></tr><tr><td>타일/SED/어레이 인터페이스(TSAI)(소프트웨어)</td><td></td>용 전도성 슬라이드 <td>https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/</td><td></td></tr></tbody></table>

tile/sed/array 인터페이스를 사용하여 multiplexed ion beam imaging microscope에서 조직 마이크로어레이 및 tiled area imaging의 신속한 설정 

Rapid Setup of Tissue Microarray and Tiled Area Imaging on the Multiplexed Ion Beam Imaging Microscope Using the Tile/SED/Array Interface

TSAI는 FOV를 설정하는 두 가지 방법을 제공합니다(그림 2). 하나는 기존의 다른 방법과 유사하게 광학 이미지(그림 2, TSAI, 왼쪽 분기)만 사용합니다. 두 번째 방법인 바둑판식 SED 이미지 생성은 TSAI에 고유한 방법입니다(그림 2, TSAI, 오른쪽 분기). TSAI는 이 이미지에 FOV를 정확하게 그리므로 제조업체 인터페이스 SED 모드에서 FOV를 제자리에 밀어 넣는 데 몇 시간을 할애할 필요가 없습니다. 그러나 SED 타일링에 대한 보정 계수를 올바르게 설정해야 하며, 그렇지 않으면 결과 FOV 위치가 정확하지 않을 수 있습니다.
SED 타일링 계수는 크기가 1.5cm 이상인 큰 조직 절편의 타일 SED 스캔을 검사하여 평가할 수 있습니다(단계 4.1 - 4.11). 적절한 설정의 예상 결과는 인접...

Tile/SED/Array 인터페이스를 사용하여 Multiplexed Ion Beam Imaging Microscope에서 조직 마이크로어레이 및 Tiled Area Imaging의 신속한 설정 

Multiplexed ion beam imaging (MIBI) is a next-generation mass spectrometry-based microscopy technique&#160;that generates 40+ plex images of protein ...

rapid-setup-tissue-microarray-tiled-area-imaging-on-multiplexed-ion

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

자세한 프로토콜 6-마커 멀티플렉스 면역 형광 패널 최적화 수행 위한 더 일관 된 결과를 짧은 절차 시간 자동된 염색기를 사용. 이 방법은 종양 면역 연구에 대 한 모든 실험실에 의해 직접 적응 될 수 있다.

포 르 말린 고정 암 조직 표본에 면역-종양학 연구를 위한 자동화 된 다중 면역 형광 패널

상세한 지시는 타일 (HIST) 현미경 및 단일 분자 이미징에 대 한 용법을 휩 쓸 높은 경사를 구축 하는 방법에 설명 되어 있습니다.

높은 경사 구축 가이드 확장 된 시야의 단일 분자 이미징 타일 현미경을 휩 쓸

우리는 스캐닝 전자 현미경의 자동화 된 이미징 절차와 함께 배열 단층 촬영 샘플로 사용하기 위해 대형 전송 지원에 직렬 섹션의 리본과 컬렉션의 준비를 설명합니다. 이 프로토콜을 통해 로컬, 희귀 한 이벤트의 스크리닝, 검색 및 표적 이미징및 대량 데이터 볼륨을 수집 할 수 있습니다.

스캐닝 전자 현미경 을 사용하여 대량 정보의 표적 수집을위한 배열 단층 학워크

다중화 바코드 이미지 분석은 최근 종양 미세 환경의 특성을 개선하여 세포 구성, 기능 상태 및 세포-세포 상호 작용에 대한 포괄적인 연구를 가능하게 했습니다. 본 명세서에서는 올리고뉴클레오티드 접합 항체의 바코딩을 사용하는 염색 및 이미징 프로토콜과 고차원 이미지 분석 기술을 사용할 수 있는 사이클 이미징을 설명합니다.

파라핀 조직 샘플의 단일 세포 분석에서 면역 프로파일링 및 공간 매핑 특성 분석을 위한 멀티플렉스 바코드 이미지 분석

이 기사에서는 이미지 분석 및 공간 분석과 결합된 수동 티라마이드 신호 증폭(TSA) 다중 면역형광(mIF)을 위한 프로토콜에 대해 설명합니다. 이 프로토콜은 실험실에서 사용할 수 있는 슬라이드 스캐너에 따라 슬라이드당 2-6개의 항원을 염색하기 위해 포르말린 고정 파라핀 포매(FFPE) 섹션과 함께 사용할 수 있습니다.

종양 미세 환경의 임상 및 생물학적 평가를 위한 공간 이미지 분석과 결합된 Multiplex Immunofluorescence

이 프로토콜은 쥐 폐 정맥의 현미경 유도 분리 및 면역형광 염색을 보여줍니다. 좌심방, 폐정맥 및 해당 폐가 포함된 조직 샘플을 준비하고 심장 Troponin T 및 Connexin 43에 대해 염색합니다.

쥐 폐 정맥에서 심근 슬리브의 미세 해부 및 면역형광 염색

이 방법은 조직 수집에서 섬모 조직 분석에 이르기까지 광물화된 조직의 넓은 영역에 걸쳐 원발성 섬모를 3차원으로 제 자리에서 이미지화하기 위해 ARL13B-CENTRIN-2 형질전환 마우스 모델에서 내인성 신호를 활용하는 방법을 설명합니다. 이 프로토콜은 다른 유형의 조직에도 적용될 수 있습니다.

ARL13B-CENTRIN-2 마우스 모델을 사용한 근골격계 조직의 원발성 섬모의 체적 이미징 및 분석

이 논문에서는 복막 전이의 3차원 구조를 특성화하기 위해 최적화된 다중 면역형광 프로토콜에 대해 설명합니다.

Iterative Bleaching Extends Multiplexity 접근법을 사용한 종양 함유 조직의 3차원 이미징

수동 IBEX 방법을 사용하여 저비용의 다목적 광조사 기술을 구현하면 상당한 네이티브 자가형광으로 인체 조직을 최적으로 이미징할 수 있습니다. 이 프로토콜은 도립 현미경, 널리 사용 가능한 시약 및 이미지 정렬 및 처리를 위한 오픈 소스 소프트웨어를 사용하여 보관된 임상 샘플에서 다중화된 전체 슬라이드 이미지를 얻는 방법을 자세히 설명합니다.

반복적인 표백을 위해 최적화된 워크플로우는 고도의 자가형광 임상 샘플의 멀티플렉시티 이미징을 확장합니다.

이 프로토콜은 포르말린 고정 파라핀 포매 조직 절편에서 단백질 이미징 질량 세포 분석을 통한 다중 mRNA 검출 방법론을 자세히 설명합니다.

이중 양식 분자 지도 제작: 다중 mRNA 검출과 단백질 이미징 질량 세포 분석의 통합

IBEX(Spectral Iterative Bleaching Extends Multiplexity)는 헤파린 차단을 추가하여 비특이적 결합을 최소화하고 스펙트럼 검출과 전산 혼합 해제를 활용하여 자가형광을 억제함으로써 기본 IBEX 기술을 기반으로 합니다. 이 접근 방식은 배경 소스를 줄이면서 이미지 획득을 가속화하여 강력한 다라운드, 고파라미터 공간 단백질체 분석을 가능하게 합니다.

비특이적 조직 형광을 최소화하기 위해 스펙트럼 공초점 현미경을 사용한 하이플렉스 이미징

학습하세요 다중 이온 빔 이미징(MIBI)에서 조직 마이크로어레이 및 연속 조직 영역의 시야 설정을 위한 타일 SED 어레이 인터페이스(TSAI) 사용법. 직관적인 그래픽 도구로 이미징 효율성을 높이세요.

Tile/SED/Array 인터페이스를 사용하여 Multiplexed Ion Beam Imaging Microscope에서 조직 마이크로어레이 및 Tiled Area Imaging의 신속한 설정

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