Name: 범암 바이오마커로서의 TMEM200A 의 멀티오믹스 분석 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-09-15T14:10:00.000+00:00
Duration: 7 min 47 s
Description: 학습하세요 TMEM200A의 생물학적 기능을 생물정보학 데이터베이스와 실험적 검증을 결합하여 위암에서 분석하는 방법을. 이 연구는 새로운 치료 표적을 식별하는 데 기여합니다.

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이 연구는 중국 국립 자연 과학 재단 (82160550)의 지원을 받았습니다.

TMEM200A: 위암에서 EMT 및 PI3K/AKT를 조절하는 새로운 종양유전자

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<li>Fu, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Overexpression+of+transmembrane+protein+168+in+the+mouse+nucleus+accumbens+induces+anxiety+and+sensorimotor+gating+deficit%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Overexpression of transmembrane protein 168 in the mouse nucleus accumbens induces anxiety and sensorimotor gating deficit.</a> PLoS One. 12 (12), e0189006(2017).</li>
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<li>Zhang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TMEM116+is+required+for+lung+cancer+cell+motility+and+metastasis+through+PDK1+signaling+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Dis%22%5BJournal%5D)">TMEM116 is required for lung cancer cell motility and metastasis through PDK1 signaling pathway.</a> Cell Death Dis. 12 (12), 1086(2021).</li>
<li>Zhang, N., Pan, H., Liang, X., Xie, J., Han, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+roles+of+transmembrane+family+proteins+in+the+regulation+of+store-operated+Ca%282%2B%29+entry%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">The roles of transmembrane family proteins in the regulation of store-operated Ca(2+) entry.</a> Cell Mol Life Sci. 79 (2), 118(2022).</li>
<li>Zhang, X., Zheng, P., Li, Z., Gao, S., Liu, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+somatic+mutation+landscape+and+RNA+prognostic+markers+in+stomach+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Onco+Targets+Ther%22%5BJournal%5D)">The somatic mutation landscape and RNA prognostic markers in stomach adenocarcinoma.</a> Onco Targets Ther. 13, 7735-7746 (2020).</li>
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<li>Wang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UCSCXenaShiny%3A+an+R%2FCRAN+package+for+interactive+analysis+of+UCSC+Xena+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">UCSCXenaShiny: an R/CRAN package for interactive analysis of UCSC Xena data.</a> Bioinformatics. 38 (2), 527-529 (2022).</li>
<li>Li, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TIMER2.0+for+analysis+of+tumor-infiltrating+immune+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">TIMER2.0 for analysis of tumor-infiltrating immune cells.</a> Nucleic Acids Res. 48 (W1), W509-W514 (2020).</li>
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<li>Li, Y., Ge, D., Lu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+SMART+App%3A+an+interactive+web+application+for+comprehensive+DNA+methylation+analysis+and+visualization%5BTitle%5D)+AND+%22Epigenetics+Chromatin%22%5BJournal%5D)">The SMART App: an interactive web application for comprehensive DNA methylation analysis and visualization.</a> Epigenetics Chromatin. 12 (1), 71(2019).</li>
<li>Chandrashekar, D. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UALCAN%3A+An+update+to+the+integrated+cancer+data+analysis+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Neoplasia%22%5BJournal%5D)">UALCAN: An update to the integrated cancer data analysis platform.</a> Neoplasia. 25, 18-27 (2022).</li>
<li>Tate, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((COSMIC%3A+the+Catalogue+Of+Somatic+Mutations+In+Cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">COSMIC: the Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer.</a> Nucleic Acids Res. 47 (D1), D941-D947 (2019).</li>
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<li>Shen, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sangerbox%3A+A+comprehensive%2C+interaction-friendly+clinical+bioinformatics+analysis+platform%5BTitle%5D)+AND+%22iMeta%22%5BJournal%5D)">Sangerbox: A comprehensive, interaction-friendly clinical bioinformatics analysis platform.</a> iMeta. 1 (3), e36(2022).</li>
<li>Ru, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TISIDB%3A+an+integrated+repository+portal+for+tumor-immune+system+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">TISIDB: an integrated repository portal for tumor-immune system interactions.</a> Bioinformatics. 35 (20), 4200-4202 (2019).</li>
<li>Yuan, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CancerSEA%3A+a+cancer+single-cell+state+atlas%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">CancerSEA: a cancer single-cell state atlas.</a> Nucleic Acids Res. 47 (D1), D900-D908 (2019).</li>
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<li>Poulogiannis, G., Frayling, I. M., Arends, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+mismatch+repair+deficiency+in+sporadic+colorectal+cancer+and+Lynch+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Histopathology%22%5BJournal%5D)">DNA mismatch repair deficiency in sporadic colorectal cancer and Lynch syndrome.</a> Histopathology. 56 (2), 167-179 (2010).</li>
<li>Chintamani, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+expression+of+mismatched+repair+genes+and+their+correlation+with+clinicopathological+parameters+and+response+to+neo-adjuvant+chemotherapy+in+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Int+Semin+Surg+Oncol%22%5BJournal%5D)">The expression of mismatched repair genes and their correlation with clinicopathological parameters and response to neo-adjuvant chemotherapy in breast cancer.</a> Int Semin Surg Oncol. 4, 5(2007).</li>
<li>Deng, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+expression+of+TMEM200A+is+associated+with+a+poor+prognosis+and+immune+infiltration+in+gastric+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Pathol+Oncol+Res%22%5BJournal%5D)">High expression of TMEM200A is associated with a poor prognosis and immune infiltration in gastric cancer.</a> Pathol Oncol Res. 29, 1610893(2023).</li>
<li>Stemmler, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cadherins+in+development+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biosyst%22%5BJournal%5D)">Cadherins in development and cancer.</a> Mol Biosyst. 4 (8), 835-850 (2008).</li>
<li>Bill, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ANO1%2FTMEM16A+interacts+with+EGFR+and+correlates+with+sensitivity+to+EGFR-targeting+therapy+in+head+and+neck+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Oncotarget%22%5BJournal%5D)">ANO1/TMEM16A interacts with EGFR and correlates with sensitivity to EGFR-targeting therapy in head and neck cancer.</a> Oncotarget. 6 (11), 9173-9188 (2015).</li>
<li>De Las Rivas, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+drug+resistance+induced+by+EMT%3A+novel+therapeutic+strategies%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Toxicol%22%5BJournal%5D)">Cancer drug resistance induced by EMT: novel therapeutic strategies.</a> Arch Toxicol. 95 (7), 2279-2297 (2021).</li>
<li>Tian, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SERPINH1+regulates+EMT+and+gastric+cancer+metastasis+via+the+Wnt%2F%CE%B2-catenin+signaling+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+%28Albany+NY%29%22%5BJournal%5D)">SERPINH1 regulates EMT and gastric cancer metastasis via the Wnt/β-catenin signaling pathway.</a> Aging (Albany NY). 12 (4), 3574-3593 (2020).</li>
</ol>

저자는 이해 상충이 없다고 선언합니다.

TMEM200A 암세포가 증식하는 데 필수적인 TMEM 계열에 속합니다38. 다양한 악성 종양에서 TMEM200A 의 다양한 발현은 주목을 덜 받았고 범암 조사에 대한 철저한 조사가 부족합니다. 그러나, TMEM 막관통 단백질군이 여러 단백질과의 상호작용을 통해 암세포를 악성으로 유지하는 데 중요할 수 있다는 증거가 계속 축적되고 있는데, 예를 들어, ROCK1/moesin에 의한 TMEM16A Ca2+-활성화된 Cl- 채널의 활성화는 BRCA 전이를 촉진한다39. 따라서 본 연구에서는 치료용 암 표적 및 종양 진단 마커로서 TMEM200A 의 타당성을 탐색하는 데 중점을 두었다. 특히, UCSC Xena 데이터베이스의 RNA-seq 데이터를 이용하여 33개의 악성종양에서 TMEM200A 의 발현량을 조사하였으며, TIMER2.0 데이터베이스...

암은 전 세계적으로 높은 이환율과 사망률로 인해 전세계적으로 인간의 건강을 위협하는 지속적인 공중 보건 문제로 부상하고 있으며1 사회에 막대한 재정적, 의료적 부담을 주고 있다2. 암 표지자(cancer marker)3의 발견 덕분에 최근 몇 년 동안 암 치료의 상당한 발전이 이루어졌으며, 연구자들은 암 치료를 위한 새로운 진단 방법과 신약을 개발했습니다. 그러나 일부 암 환자는 약물 내성, 약물 부작용, 화학적 민감성 등의 요인으로 인해 예후가 좋지 않다4. 따라서 초기 암의 스크리닝과 치료를 위한 새로운 바이오마커 식별이 시급하다5.
막 단백질은 세포와 세포소기관막에 결합하고 통합할 수 있는 단백질이다6. 이들은 막에 대한 결합 강도와 그 위치에 따라 지질 고정 단백질, 통합 단백질 및 말초 막 단백질의 세 가지 범주로 그룹화 할 수 있습니다 7,8. 막관통(TMEM) 단백질은 적어도 하나의 막관통 세그먼트(9)로 구성되는 일체형 막 단백질로서, 생체막을 완전히 또는 부분적으로 통과한다.
TMEM 계열에 속하는 단백질의 작용 기전은 잘 알려져 있지 않지만, 이러한 단백질은 여러 유형의 암에 관여하는 것으로 알려져 있다10. 몇몇 TMEM 단백질은 이동성, 증식성 및 침습성 표현형과 연관되어 있으며, 이들의 발현은 종종 환자의 예후와 관련이 있다11. 따라서 TMEM 가족 구성원이 연구 대상이 되었습니다. TMEM에 대한 기존 보고를 종합적으로 검토한 결과, TMEM은 대부분 세포간 및 세포내 신호전달12, 면역 관련 질환 및 종양형성10과 관련이 있는 것으로 나타났다. 많은 TMEM은 또한 중요한 생리학적 기능, 예를 들어 원형질막의 이온 채널, 신호 전달 경로의 활성화, 세포 화학주성의 중재, 접착, 세포자멸사 및 자가포식10을 가지고 있습니다. 따라서 TMEM 단백질이 종양의 발견 및 치료에 중요한 예후 표지자가 될 수 있다는 가설을 세웠습니다.
TMEM200A 발현은 위암(GC)에서 현저히 증가합니다. 6q23.1 염색체에 8개의 엑손이 있고 전체 길이가 77.536kb인 TMEM200A13의 더 높은 발현은 GC의 경우 전체 생존(OS)에 대한 나쁜 예후와 관련이 있습니다. 그러나 종양학 연구에서 발현의 변화는 거의 보고되지 않았습니다. 이 기사에서는 공개적으로 사용 가능한 다양한 데이터 세트를 사용하여 다양한 암 연구에서 치료 표적 및 종양 진단 마커로서의 TMEM200A 의 유용성을 비교하고 분석합니다. 우리는 UCSC Xena 및 TCGA 데이터베이스의 RNA-seq 데이터와 실시간 정량적 중합효소 연쇄 반응(qRT-PCR) 및 웨스턴 블로팅을 사용하여 다양한 인간 암 유형에서 발현 수준뿐만 아니라 범암 진단 및 예후 바이오마커로서의 TMEM200A 의 효과를 평가했습니다. 
TMEM200A 발현 수준이 돌연변이 비율, 조절 과정, 종양 진단 및 예후, 면역 침윤 및 면역 요법에 미치는 영향은 계산 도구와 데이터 세트 웹 사이트를 혼합하여 추가로 조사되었습니다. CBioPortal 및 COSMIC(Catalog of Somatic Mutations in Cancer Cells) 데이터베이스를 사용하여 TMEM200A의 돌연변이를 조사했습니다. Sangerbox와 TISIDB 웹사이트는 TMEM200A 면역 침윤에 어떤 영향을 미치는지 이해하기 위해 활용되었습니다. 종양 면역 단일 세포 센터(TISCH) 온라인 도구와 CancerSEA 데이터베이스를 사용하여 TMEM200A의 기능을 조사했습니다. 마지막으로, GC 세포의 악성 거동 및 종양 발달 기능에 대한 TMEM200A의 영향을 평가하기 위해 in vitro assay에서 기능 상실 실험을 수행했습니다. 또한 녹다운이 GC의 PI3K/AKT 신호 경로와 상피-중간엽 전이(EMT)에 어떤 영향을 미치는지 평가하기 위해 웨스턴 블로팅TMEM200A 수행했습니다.

<table><tbody><tr><td>Anti-AKT 항체</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>60203-2-IG</td><td></td></tr><tr><td>Anti-E-cadherin 항체</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>20874-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>항글리세르알데히드 3-인산 탈수소효소(GAPDH) 항체</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>10494-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>Anti-N-cadherin 항체</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>22018-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>Anti-P-AKT 항체</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>66444-1-IG</td><td></td></tr><tr><td>항달팽이 항체</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>13099-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>항 Vimentin 항체</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>10366-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>AxyPrepMultisourceTotalRNAMini- 준비 키트</td><td>Suzhou Youyi Landi Biotechnology Co., Ltd</td><td>UEL-UE-MN-MS-RNA-50G</td><td></td></tr><tr><td>BCA 단백질 분석 키트</td><td>Epizyme Biotech</td><td>ZJ101L</td><td></td></tr><tr><td>CCK-8 시약</td><td>MedChemExpress</td><td>HY-K0301-500T</td><td></td></tr><tr><td>소 태아 혈청(FBS)</td><td>CYAGEN BIOSCIENCES (GUANGZHOU) INC</td><td>FBSSR-01021</td><td></td></tr><tr><td>GAPDH primer</td><td>Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.</td><td></td><td>앞으로 뇌관 (5'-3'): TGACATCAAGAAGGTG GTGAAGCAG; 역 프라이머(5'-3'): GTGTCGCTGTTGAAG TCAGAGGAG</td></tr><tr><td>HighGene plus 형질주입 시약</td><td>ABclonal</td><td>RM09014P</td><td></td></tr><tr><td>HRP 결합 Affinipure 염소 안티 마우스 lgG(H+L)</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>SA00001-1</td><td></td></tr><tr><td>HRP 결합 Affinipure 염소 안티 토끼 lgG(H+L)</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>SA00001-2</td><td></td></tr><tr><td>인간 위 점막 상피 <강>GES-1 세포</강></td><td>Guangzhou Cellcook Biotech Co., Ltd.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>인간 STAD HGC-27 세포</td><td>프로셀 생명과학& Technology Co., Ltd</td><td></td><td></td></tr><tr><td>인간 STAD SGC-7901 세포</td><td>프로셀 생명 과학 & Technology Co.,Ltd</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MonAmp SYBR Green qPCR Mix (None ROX)</td><td>Mona (Suzhou) Biotechnology Co., Ltd</td><td>MQ10101S</td><td></td></tr><tr><td>MonScript RTIII All-in-One Mix with dsDNase&nbsp; &nbsp;</td><td>Mona (Suzhou) Biotechnology Co., Ltd</td><td>MR05101M</td><td></td></tr><tr><td>Omni-ECL Femto Light 화학발광 키트</td><td>Epizyme Biotech</td><td>SQ201</td><td></td></tr><tr><td>PAGE 젤 빠른 준비 키트&nbsp;</td><td>에피자임 생명공학</td><td>PG111</td><td></td></tr><tr><td>페니실린-스트렙토마이신(Pen-Strep)</td><td>베이징 솔라바이오 과학 & Technology Co., Ltd</td><td>P1400-100</td><td></td></tr><tr><td>폴리비닐리덴 디플루오라이드(PVDF) 멤브레인</td><td>Merck KGaA</td><td>IPVH00010-1</td><td></td></tr><tr><td>단백질 프리 고속 차단 버퍼</td><td>에피자임 Biotech</td><td>PS108P</td><td></td></tr><tr><td>RIPA 용해 솔루션</td><td>Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd</td><td>R0010</td><td></td></tr><tr><td>RPMI 1640 완전한 매체</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>C11875500BT</td><td></td></tr><tr><td>탈지유</td><td>Campina: Elk</td><td></td><td></td></tr><tr><td>TBST 완충 용액</td><td>Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd</td><td>T1082</td><td></td></tr><tr><td>단백질 로딩 버퍼</td><td>Epizyme Biotech</td><td>LT101S</td><td></td></tr><tr><td>TMEM200A 녹다운 플라스미드</td><td>MiaoLing Plasmid</td><td></td><td></td></tr><tr><td>TMEM200A primer</td><td>Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.</td><td></td><td>앞으로 뇌관 (5'-3'): AAGGCGGTGTGGTGGTTCG; 리버스 프라이머 (5'-3') : GATTTTGGTCTCTTTGTCACGGTT</td></tr><tr><td>TMEM200A SiRNA1</td><td>MiaoLing 플라스미드</td><td></td><td>포워드 프라이머 (5'-3') : ACAACTGATGATAAGACCAG; 리버스 프라이머 (5'-3') : TGTTGACTACTATTCTGGTC</td></tr><tr><td>TMEM200A SiRNA2</td><td>MiaoLing 플라스미드</td><td></td><td>포워드 프라이머 (5'-3') : CGTGTGAATGTCAATGACTG; 리버스 프라이머 (5'-3'): GCACACTTACAGTTACTGAC</td></tr><tr><td>TMEM200A SiRNA3</td><td>MiaoLing 플라스미드</td><td></td><td>포워드 프라이머 (5'-3'): ACAACCACAACATCTGCCCG; 역 프라이머 (5'-3') : TGTTGGTGTTGTAGACGGGC</td></tr><tr><td>막 횡단 단백질 200A 항체</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>48081-1</td><td></td></tr> <tr><td>< > 장비 </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CO 2 세포 배양 인큐베이터</td><td>Haier Group</td><td>PYXE-80IR</td><td></td></tr><tr><td>전기 영동 기기</td><td>Bio-RAD</td><td></td><td></td></tr><tr><td>형광 정량 PCR 기기</td><td>Bio-RAD</td><td></td><td></td></tr><tr><td>다기능 효소 라벨러</td><td>Berthold</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

범암 바이오마커로서의 tmem200a 의 멀티오믹스 분석

Multiomics Analysis of TMEM200A as a Pan-Cancer Biomarker

막관통 단백질인 TMEM200A는 인간의 암 및 면역 침윤과 관련이 있는 것으로 알려져 있습니다. 여기서는 멀티오믹스 분석을 통해 일반 암에서 TMEM200A 의 기능을 평가하고, 그 결과를 확인하기 위해 위세포의 시험관 내 세포 배양을 이용하였다. 여러 인간 암 유형에서 TMEM200A 의 발현은 UCSC Xena 데이터베이스의 RNA-seq 데이터를 사용하여 평가되었습니다. 생물정보학 분석은 진단 및 예후 바이오마커로서 TMEM200A 의 잠재적인 역할을 밝혀냈습니다. 
정상 위 및 암 세포주의 배양액을 배양하고 TMEM200A 녹다운했습니다. TMEM200A 의 발현 수준은 정량적 실시간 중합효소 연쇄 반응 및 웨스턴 블로팅을 사용하여 측정되었습니다. 그런 다음 체외 기능 상실 연구를 사용하여 위암(GC) 세포의 악성 행동 및 종양 형성에서 TMEM200A 의 역할을 결정했습니다. 웨스턴 블롯은 GC의 상피-중간엽 전이(EMT) 및 PI3K/AKT 신호 전달 경로에 대한 녹다운의 효과를 평가하는 데 사용되었습니다. 생물정보학 분석은 TMEM200A 가 GC에서 높은 수준으로 발현되었음을 보여주었습니다. 
GC 세포의 증식은 TMEM200A 녹다운(knockdown)에 의해 억제되었으며, 이는 또한 비멘틴, N-cadherin 및 Snai 단백질을 감소시키고 AKT 인산화를 억제했습니다. PI3K/AKT 신호전달 경로는 GC 발달의 TMEM200A 매개 조절에도 관여하는 것으로 나타났다. 여기에 제시된 결과는 TMEM200A 가 EMT에 영향을 미쳐 종양 미세환경을 조절한다는 것을 시사합니다. TMEM200A 는 또한 PI3K/AKT 신호전달을 통해 EMT에 영향을 미쳐 종양 미세환경에 영향을 미칠 수 있습니다. 따라서 범암, 특히 GC에서 TMEM200A 는 잠재적인 바이오마커 및 종양유전자가 될 수 있습니다.

다양한 암에서의 TMEM200A 발현 그림 1에서 볼 수 있듯이 먼저 다양한 데이터베이스를 통해 다양한 암에서 TMEM200A의 차등 발현 수준을 분석했습니다. 담관암(CHOL), 두경부 편평세포암(HNSC), 신투명세포암(KIRC), 신유두세포암(KIRP), 간세포암(LIHC), STAD, 갑상선암(THCA)에서 TMEM200A 발현이 인접 정상 조직과 비교하여 상승하였다. 그러나 방광 요로상피암(BLCA), 자궁경부 편평세포암 및 자궁경부 선암(CESC), 다형 교모세포종(GBM), 신장 염색체(KICH), 폐 편평 암종(LUSC), 갈색세포종 및 부신경절종(PCPG), 직장 선암(READ) 및 자궁 신체 자궁내막 암종(UCEC)에서는 TMEM200A 발현이 감소했습니다(그림 2A). T...

여기에서는 암에서 TMEM200A 의 생물학적 기능을 연구하기 위해 여러 생물 정보학 도구를 결합한 프로토콜을 제시합니다. 또한 생물정보학 예측을 실험적으로 검증합니다.

범암 바이오마커로서의 TMEM200A 의 멀티오믹스 분석

The transmembrane protein, TMEM200A, is known to be associated with human cancers and immune infiltration. Here, we assessed the function of TMEM200A in ...

암 바이오마커 연구에서 상당한 진전이 이루어졌습니다. 그럼에도 불구하고, 막관통 단백질군과 관련된 종양 관련 물질의 추출물 기능은 아직 밝혀지지 않았습니다. 그 결과, 위암의 TMEM200A에 대한 연구는 관련 세포에 대한 새로운 연구 방향을 제시했습니다.본 연구에서는 온라인 데이터베이스 예측과 실험기법 검증을 병행하여 관련 분야의 연구단계와 줄기세포 실험비용을 단순화하였다. 앞으로 본 연구실은 위암에서 종양의 특이적 기전을 규명하고, 당화변형과 대사기록의 연관성을 규명하며, 위암 치료를 위한 새로운 표적을 발굴하는 데 주력할 것입니다.

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Research

연구

JoVE Journal

Cancer Research

암 연구

Colon-26 (C26) 암종을 가진 마우스는 암 악액질의 고전적인 모델을 나타냅니다. 진행성 근육 소모는 종양 성장, 근육 특이적 유비퀴틴 리가제의 과발현, 근육 단면적 감소와 관련하여 발생합니다. 지방 감소도 관찰됩니다. 악액질은 시간 의존적인 방식으로 연구되며 낭비의 심각성이 증가합니다.

콜론-26 암 종양 베어링 암 악액질의 연구를위한 모델로 마우스를

종양 조직에서 높은-품질 게놈 DNA를 얻는 유전 변경 다음 세대 시퀀싱을 사용 하 여 분석 하기 위한 필수적인 첫 번째 단계입니다. 이 문서에서는, 우리는 종양 세포를 풍부 하 게 하 고 그대로 DNA 터치에서 인쇄물 세포학 표본 하는 간단 하 고 빠른 방법을 제시.

터치 인쇄물 세포학을 사용 하 여 병 적인 임상 표본에서 높은-품질 종양 DNA를 간단 하 고 빠른 방법

기존 알고리즘 바이오 마커 검출 데이터 집합에 대 한 하나의 솔루션을 생성합니다. 이 프로토콜의 여러 마찬가지로 효과적인 솔루션의 존재 및 고 생물 의학 연구원 제안된 과제에 대 한 데이터 세트를 조사 수 있도록 사용자 친화적인 소프트웨어를 제공. 컴퓨터 과학자 들은 팬 들은이 기능에 그들의 바이오 마커 검출 알고리즘의 정보를 제공할 수도 있습니다.

마찬가지로 효과적인 이진 분류 공연으로 여러 바이오 마커 하위 집합 선택

여기, 세포 수준에서 단백질 인 산화 이벤트의 중간-높은 처리량 분석을 위한 프로토콜 제공 됩니다. 인 cytometry 신호 차 특성, 식별 바이오 마커, 유효성을 검사 하 고 pharmacodynamics를 평가 하는 강력한 접근 이다.

신호 분석 및 바이오 마커 발견 하는 단일 셀에 대 한 형광 셀 바코드와 인 Cytometry

여기에 제시된 효모 Saccharomyces 세레비시아에 종족을 건설하고 악용하는 네 가지 프로토콜은 인간 P53 의 일시 활성화 잠재력, 다양한 암 관련 돌연변이의 영향, 공동 발현 된 상호 작용 단백질, 및 특정 작은 분자의 효과.

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학습하세요 TMEM200A의 생물학적 기능을 생물정보학 데이터베이스와 실험적 검증을 결합하여 위암에서 분석하는 방법을. 이 연구는 새로운 치료 표적을 식별하는 데 기여합니다.

범암 바이오마커로서의 TMEM200A 의 멀티오믹스 분석

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