Name: A workflow for the quantitative assessment of the endophytic and epiphytic bacterial microbiomes of the Bark of Populus trichocarpa(Populus trichocarpa 껍질의 내생식물 및 착생식물 세균 마이크로바이옴의 정량적 평가를 위한 워크플로우) (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-27T14:20:00.000+00:00
Duration: 12 min 5 s
Description: 배우세요 Populus trichocarpa 껍질의 내생 및 착생 세균 마이크로바이옴을 정량 평가하는 방법을 차세대 시퀀싱 기술을 활용하여 분석하는 전체 워크플로우입니다. 이 프로토콜은 산림 종의 미생물 연구에 활용됩니다.

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<ol><li>Aguirre-Von-Wobeser, E., Alonso-Sanchez, A., Mendez-Bravo, A., Villanueva Espino, L. A., Reverchon, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Barks+from+avocado+trees+of+different+geographic+locations+have+consistent+microbial+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Archs+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Barks from avocado trees of different geographic locations have consistent microbial communities.</a> Archs Microbiol. 203 (7), 4593-4607 (2021).</li>
<li>Konopka, B., Pajtik, J., Seben, V., Merganicova, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+bark+thickness+and+bark+biomass+on+stems+of+four+broadleaved+tree+species%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Modeling bark thickness and bark biomass on stems of four broadleaved tree species.</a> Plants (Basel). 11 (9), 1148(2022).</li>
<li>Rosell, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark+in+woody+plants%3A+Understanding+the+diversity+of+a+multifunctional+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Integr+Comp+Biol%22%5BJournal%5D)">Bark in woody plants: Understanding the diversity of a multifunctional structure.</a> Integr Comp Biol. 59 (3), 535-547 (2019).</li>
<li>Kobayashi, K., Aoyagi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+community+structure+analysis+inacer+palmatumbark+and+isolation+of+novel+bacteria+IAD-21+of+the+candidate+division+FBP%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Microbial community structure analysis inacer palmatumbark and isolation of novel bacteria IAD-21 of the candidate division FBP.</a> PeerJ. 7, e7876(2019).</li>
<li>Pellitier, P. T., Zak, D. R., Salley, S. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+filtering+structures+fungal+endophyte+communities+in+tree+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Environmental filtering structures fungal endophyte communities in tree bark.</a> Mol Ecol. 28 (23), 5188-5198 (2019).</li>
<li>Dreyling, L., Schmitt, I., Dal Grande, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tree+size+drives+diversity+and+community+structure+of+microbial+communities+on+the+bark+of+beech+%28fagus+sylvatica%29%5BTitle%5D)+AND+%22Front+For+Glob+Change%22%5BJournal%5D)">Tree size drives diversity and community structure of microbial communities on the bark of beech (fagus sylvatica).</a> Front For Glob Change. 5, 858382(2022).</li>
<li>Jo, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+microbial+community+structure+in+response+to+gummosis+in+peach+tree+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Changes in microbial community structure in response to gummosis in peach tree bark.</a> Plants (Basel). 11 (21), 2834(2022).</li>
<li>Dong, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((core+microbiota%2C+and+function+of+the+rhizosphere+soil+and+bark+microbiota+in+Eucommia+ulmoides%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">core microbiota, and function of the rhizosphere soil and bark microbiota in Eucommia ulmoides.</a> Front Microbiol. 13, 855317(2022).</li>
<li>Bodenhausen, N., Bortfeld-Miller, M., Ackermann, M., Vorholt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+synthetic+community+approach+reveals+plant+genotypes+affecting+the+phyllosphere+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">A synthetic community approach reveals plant genotypes affecting the phyllosphere microbiota.</a> PLoS Genet. 10 (4), e1004283(2014).</li>
<li>Bodenhausen, N., Horton, M. W., Bergelson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+communities+associated+with+the+leaves+and+the+roots+of+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Bacterial communities associated with the leaves and the roots of Arabidopsis thaliana.</a> PLoS One. 8 (2), e52369(2013).</li>
<li>Stone, B. W. G., Weingarten, E. A., Jackson, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Role+of+the+phyllosphere+microbiome+in+plant+health+and+function%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+plant+reviews%22%5BJournal%5D)">The Role of the phyllosphere microbiome in plant health and function.</a> Annual plant reviews. 1, 1-24 (2018).</li>
<li>Lambais, M. R., Lucheta, A. R., Crowley, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+community+assemblages+associated+with+the+phyllosphere%2C+dermosphere%2C+and+rhizosphere+of+tree+species+of+the+atlantic+forest+are+host+taxon+dependent%5BTitle%5D)+AND+%22Microb.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Bacterial community assemblages associated with the phyllosphere, dermosphere, and rhizosphere of tree species of the atlantic forest are host taxon dependent.</a> Microb. Ecol. 68 (3), 567-574 (2014).</li>
<li>Arrigoni, E., Antonielli, L., Pindo, M., Pertot, I., Perazzolli, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue+age+and+plant+genotype+affect+the+microbiota+of+apple+and+pear+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Res%22%5BJournal%5D)">Tissue age and plant genotype affect the microbiota of apple and pear bark.</a> Microbiol Res. 211, 57-68 (2018).</li>
<li>Germain, H., Séguin, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innate+immunity%3A+Has+poplar+made+its+bed%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Innate immunity: Has poplar made its bed.</a> New Phytol. 189 (3), 678-687 (2011).</li>
<li>Varnagirytė-Kabašinskienė, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+shoot+collection+timing+and+hormonal+treatment+on+seedling+rooting+and+growth+in+four+poplar+genomic+groups%5BTitle%5D)+AND+%22Forests%22%5BJournal%5D)">Evaluation of shoot collection timing and hormonal treatment on seedling rooting and growth in four poplar genomic groups.</a> Forests. 15 (9), (2024).</li>
<li>Lu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ptr-mir397a+is+a+negative+regulator+of+laccase+genes+affecting+lignin+content+in+Populus+trichocarpa%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Ptr-mir397a is a negative regulator of laccase genes affecting lignin content in Populus trichocarpa.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 110 (26), 10848-10853 (2013).</li>
<li>Krabel, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early+root+and+aboveground+biomass+development+of+hybrid+poplars+%28populus+spp.%29+under+drought+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22Can+J+For+Res%22%5BJournal%5D)">Early root and aboveground biomass development of hybrid poplars (populus spp.) under drought conditions.</a> Can J For Res. 45 (10), 1289-1298 (2015).</li>
<li>Vitulo, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark+and+grape+microbiome+of+vitis+vinifera%3A+Influence+of+geographic+patterns+and+agronomic+management+on+bacterial+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bark and grape microbiome of vitis vinifera: Influence of geographic patterns and agronomic management on bacterial diversity.</a> Front Microbiol. 9, 3203(2018).</li>
<li>Aschenbrenner, I. A., Cernava, T., Erlacher, A., Berg, G., Grube, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+sharing+and+distinct+co-occurrence+networks+among+spatially+close+bacterial+microbiota+of+bark%2C+mosses+and+lichens%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Differential sharing and distinct co-occurrence networks among spatially close bacterial microbiota of bark, mosses and lichens.</a> Mol Ecol. 26 (10), 2826-2838 (2017).</li>
<li>Liang, X., Wan, D., Tan, L., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+changes+of+endophytic+bacteria+in+the+bark+and+leaves+of+medicinal+plant+eucommia+ulmoides+in+different+seasons%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Res%22%5BJournal%5D)">Dynamic changes of endophytic bacteria in the bark and leaves of medicinal plant eucommia ulmoides in different seasons.</a> Microbiol Res. 280, 127567(2024).</li>
<li>De Muinck, E. J., Trosvik, P., Gilfillan, G. D., Hov, J. R., Sundaram, A. Y. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+ultra+high-throughput+16s+rRNA+gene+amplicon+sequencing+library+preparation+method+for+the+illumina+Hiseq+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">A novel ultra high-throughput 16s rRNA gene amplicon sequencing library preparation method for the illumina Hiseq platform.</a> Microbiome. 5 (1), 68(2017).</li>
<li>Anguita-Maeso, M., Haro, C., Navas-Cortes, J. A., Landa, B. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Primer+choice+and+xylem-microbiome-extraction+method+are+important+determinants+in+assessing+xylem+bacterial+community+in+olive+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Primer choice and xylem-microbiome-extraction method are important determinants in assessing xylem bacterial community in olive trees.</a> Plants (Basel). 11 (10), 1320(2022).</li>
<li>Wang, C., Liu, D. W., Bai, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decreasing+soil+microbial+diversity+is+associated+with+decreasing+microbial+biomass+under+nitrogen+addition%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Decreasing soil microbial diversity is associated with decreasing microbial biomass under nitrogen addition.</a> Soil Biol Biochem. 120, 126-133 (2018).</li>
<li>Almeida, A., Mitchell, A. L., Tarkowska, A., Finn, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+taxonomic+assignments+based+on+16s+rRNA+gene+profiling+of+the+microbiota+from+commonly+sampled+environments%5BTitle%5D)+AND+%22GigaScience%22%5BJournal%5D)">Benchmarking taxonomic assignments based on 16s rRNA gene profiling of the microbiota from commonly sampled environments.</a> GigaScience. 7 (5), giy54(2018).</li>
<li>Liland, K. H., Vinje, H., Snipen, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microclass%3A+An+R-package+for+16s+taxonomy+classification%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinform%22%5BJournal%5D)">Microclass: An R-package for 16s taxonomy classification.</a> BMC Bioinform. 18 (1), 172(2017).</li>
<li>Li, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+AREb1+transcription+factor+influences+histone+acetylation+to+regulate+drought+responses+and+tolerance+in+Populus+trichocarpa%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The AREb1 transcription factor influences histone acetylation to regulate drought responses and tolerance in Populus trichocarpa.</a> Plant Cell. 31 (3), 663-686 (2019).</li>
<li>Cregger, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Populus+holobiont%3A+Dissecting+the+effects+of+plant+niches+and+genotype+on+the+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The Populus holobiont: Dissecting the effects of plant niches and genotype on the microbiome.</a> Microbiome. 6 (1), 31(2018).</li>
<li>Maria Rodríguez, J. O., Ziani, K., Maté, J. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combined+effect+of+plasticizers+and+surfactants+on+the+physical+properties+of+starch+based+edible+films%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Res+Int%22%5BJournal%5D)">Combined effect of plasticizers and surfactants on the physical properties of starch based edible films.</a> Food Res Int. 39 (8), 840-846 (2006).</li>
<li>Beckers, B., De Beeck, M. O., Weyens, N., Boerjan, W., Vangronsveld, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+variability+and+niche+differentiation+in+the+rhizosphere+and+endosphere+bacterial+microbiome+of+field-grown+poplar+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Structural variability and niche differentiation in the rhizosphere and endosphere bacterial microbiome of field-grown poplar trees.</a> Microbiome. 5 (1), 25(2017).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+patterns+of+16s+rrna+diversity+at+a+depth+of+millions+of+sequences+per+sample%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Global patterns of 16s rrna diversity at a depth of millions of sequences per sample.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 108, 4516-4522 (2011).</li>
<li>Mcpherson, M. R., Wang, P., Marsh, E. L., Mitchell, R. B., Schachtman, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+analysis+of+microbial+communities+in+soil%2C+rhizosphere%2C+and+roots+in+perennial+grass+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Isolation and analysis of microbial communities in soil, rhizosphere, and roots in perennial grass experiments.</a> J Vis Exp. 24 (137), e57932(2018).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QIIME+allows+analysis+of+high-throughput+community+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.</a> Nat Methods. 7 (5), 335-336 (2010).</li>
<li>Callahan, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dada2%3A+High-resolution+sample+inference+from+illumina+amplicon+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Dada2: High-resolution sample inference from illumina amplicon data.</a> Nat Methods. 13 (7), 581-583 (2016).</li>
<li>Pruesse, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comprehensive+online+resource+for+quality+checked+and+aligned+ribosomal+RNA+sequence+data+compatible+with+ARB%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">A comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB.</a> Nucleic Acids Res. 35 (21), 7188-7196 (2007).</li>
<li>Ginestet, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ggplot2%3A+Elegant+graphics+for+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+R+Stat+Soc+Ser+A+Stat+Soc%22%5BJournal%5D)">Ggplot2: Elegant graphics for data analysis.</a> J R Stat Soc Ser A Stat Soc. 174, 245-245 (2011).</li>
<li>Parks, D. H., Tyson, G. W., Hugenholtz, P., Beiko, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stamp%3A+Statistical+analysis+of+taxonomic+and+functional+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinform%22%5BJournal%5D)">Stamp: Statistical analysis of taxonomic and functional profiles.</a> Bioinform. 30 (21), 3123-3124 (2014).</li>
<li>Holmes, S. P., McMurdie, P. J., Callahan, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exact+sequence+variants+should+replace+operational+taxonomic+units+in+marker-gene+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Exact sequence variants should replace operational taxonomic units in marker-gene data analysis.</a> ISME J. 11, 2639-2643 (2017).</li>
<li>Chernov, T. I., Tkhakakhova, A. K., Kutovaya, O. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+diversity+indices+for+the+characterization+of+the+soil+prokaryotic+community+by+metagenomic+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Eurasian+Soil+Sci%22%5BJournal%5D)">Assessment of diversity indices for the characterization of the soil prokaryotic community by metagenomic analysis.</a> Eurasian Soil Sci. 48 (4), 410-415 (2015).</li>
<li>Li Yu, X., Hu, X. Y., Wang, X. X., Zhang, X. Y., Du, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+protocol+specialized+for+microbial+DNA+extraction+from+living+poplar+wood%5BTitle%5D)+AND+%22Not+Bot+Horti+Agrobot+Cluj+Napoca%22%5BJournal%5D)">A protocol specialized for microbial DNA extraction from living poplar wood.</a> Not Bot Horti Agrobot Cluj Napoca. 50 (4), (2022).</li>
<li>Jeffrey, L. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark-dwelling+methanotrophic+bacteria+decrease+methane+emissions+from+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Bark-dwelling methanotrophic bacteria decrease methane emissions from trees.</a> Nat Commun. 12 (1), 2127(2021).</li>
<li>Chelius, M. K., Triplett, E. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+diversity+of+archaea+and+bacteria+in+association+with+the+roots+of+zea+mays+l%5BTitle%5D)+AND+%22Microb+Ecol%22%5BJournal%5D)">The diversity of archaea and bacteria in association with the roots of zea mays l.</a> Microb Ecol. 41 (3), 252-263 (2001).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>장비:</td><td></td><td></td><td></td></tr>비<tr><td>드 비터</td><td>DHS 생명 과학</td><td>401265</td><td></td></tr><tr><td>1.5mL 튜브용 원심분리기 PCR</td> 튜브용 <td>Thermo Scientific</td><td>75002440</td><td></td></tr> 원<tr><td>심분리기 마이크로</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>플레이트 리더</td><td>BioTek</td><td>8040528</td><td></td></tr><tr><td>Nanodrop</td><td>DHS 생명 과학 및 테크놀로지 주식회사</td><td>2010/2020&nbsp;</td><td>마이크로볼륨 분광 광도계</td></tr><tr><td>큐비트 3.0 형광계&nbsp;</td><td>invitrogen</td><td>Q33216</td><td>형광계&nbsp;</td></tr><tr><td>냉장고(-80)</td><td>Panasonic Healthcare Co., Ltd</td><td>17060107</td><td></td></tr><tr><td>T100 열 순환기</td><td>Bio-Rad</td><td>1861096</td><td>열 순환기</td></tr><tr><td>Tanon EPS-600&nbsp;</td><td>- Tanon</td><td>A-179047-2313</td><td>전기영동용</td></tr><tr><td>LabChip GX Touch HT</td><td>PerkinElmer</td><td>CLS138625</td><td>라이브러리 DNA 단편 분포 검출, 핵산 품질 관리 분석</td></tr><tr><td>Applied Biosystems QuantStudio 12K</td><td>Applied Biosystems</td><td>4485694</td><td>정량화 라이브러리</td></tr><tr><td>Illumina Novaseq6000</td><td>Illumina&nbsp;</td><td></td><td>라이브러리 시퀀싱</td></tr><tr><td>재료:</td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>장갑</td><td>모든</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>에어로졸 장벽 팁 10 & L</td><td>Axygen</td><td>TF-300-RS</td><td></td></tr><tr><td>에어로졸 배리어 팁 20&mu; L</td><td>Axygen</td><td>TF-20-RS</td><td></td></tr><tr><td>에어로졸 배리어 팁 200&mu; L</td><td>Axygen</td><td>TF-200-R-S</td><td></td></tr><tr><td>에어로졸 배리어 팁 1000&mu; L</td><td>Axygen</td><td>TF-1000-RS</td><td></td></tr><tr><td>원심분리기 튜브 1.5ml</td><td>Axygen</td><td>MCT-150-C</td><td></td></tr><tr><td>Corning 96-well Black/Clear Flat Bottom Microplate</td><td>Corning</td><td>3631</td><td></td></tr><tr><td>면봉</td><td>ZHENDE MEDICAL</td><td>76606</td><td></td></tr><tr><td>DNeasy PowerSoil 키트</td><td>QIAGEN&nbsp;</td><td>12888-100</td><td>DNA 추출</td></tr> 효<tr><td>소 프리 원심분리기 튜브 1.5ml</td><td>USA SCIENTIFIC</td><td>1415-2600</td><td></td></tr><tr><td>에탄올</td><td>Tianjin Yongda Chemical Reagent Company Limited</td><td>64-17-5</td><td></td></tr><tr><td>하드 튜브 (5 ml)</td> <td>DHS 생명 과학</td><td>0401261-17</td><td></td></tr><tr><td>핫 마스터 믹스 &nbsp;</td><td>Quanta Bio</td><td>2200400</td><td></td></tr><tr><td>미세 원심분리기 튜브 2.0ml</td><td>Axygen</td><td>MCT-200-CS</td><td></td></tr><tr><td>PCR 물</td><td>QIAGEN&nbsp;</td><td>17000-10</td><td></td></tr><tr><td>QIAquick 젤 추출 키트&nbsp;</td><td>QIAGEN</td><td>28704</td><td>겔 추출용</td></tr><tr><td>Quant-iT dsDNA 분석 키트, 광범위한</td><td>Invitrogen</td><td>Q33130</td><td>증폭된 제품 및 정제된 앰플리콘 라이브러리의 농도 측정용</td></tr> 사<tr><td>각 페트리 접시</td><td>Changde Bkman Biotechnology Co., Ltd</td><td>110301014</td><td></td></tr><tr><td>스틸 비드</td><td>Shangyu Yixin Ball Industry Co., Ltd.</td><td>YXB36985</td><td></td></tr><tr><td>차아염소산나트륨 용액</td><td>Tianjin Beilian Fine Chemicals Development Co., Ltd&nbsp;</td><td>7681-52-9</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Nachuan Biotechnology Studio</td><td>9005-64-5</td><td></td></tr><tr><td>이중 프로토콜 DNA High Sens 시약 키트</td><td>PerkinElmer</td><td>CLS760672</td><td>DNA 라이브러리 검출</td></tr><tr>Illumina <td>Vazyme Biotech Co., Ltd</td><td>용 VAHTS 라이브러리 정량 키트</td><td>NQ104</td><td>정량화 라이브러리</td></tr></tbody></table>

a workflow for the quantitative assessment of the endophytic and epiphytic bacterial microbiomes of the bark of populus trichocarpa(populus trichocarpa 껍질의 내생식물 및 착생식물 세균 마이크로바이옴의 정량적 평가를 위한 워크플로우)

A Workflow for the Quantitative Assessment of the Endophytic and Epiphytic Bacterial Microbiomes of the Bark of Populus trichocarpa

P의 껍질의 내생식물 및 착생식물 박테리아 마이크로바이옴의 고품질 게놈 DNA. 트리초카르파는 최적화된 프로토콜을 사용하여 얻었습니다(표 1). 12개 샘플 모두의 PCR 증폭은 올바른 크기의 단일 강한 밴드를 생성했습니다(그림 3). 두 프라이머 쌍 799F/1193R 및 515F/806R은 각각 약 400 및 430 bp에서 내생 식물 또는 착생 껍질 조직 샘플의 표적 산물을 성공적으로 증폭했습니다. 앰플리콘 라이브러리는 단일 피크, 적격한 DNA 단편 크기, 프라이머 이량체 없음, 농도 22.16nM, 부피 100μL로 추가로 구축되어 사전 염기서열분석 요구 사항을 충족했습니다(그림 4).
염기서열분석 프로파일링을 통해 P. 껍질...

A workflow for the quantitative assessment of the endophytic and epiphytic bacterial microbiomes of the Bark of Populus trichocarpa(Populus trichocarpa 껍질의 내생식물 및 착생식물 세균 마이크로바이옴의 정량적 평가를 위한 워크플로우)

Microorganisms colonizing plant surfaces and internal tissues may possess beneficial functions in promoting plant growth and health. However, information ...

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Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

우리는 온전한 나무 체관부를 보존하고 관찰을 위해 준비하는 기술을 제공합니다.  우리는 체관부 샌드위치(phloem sandwich)라는 장치를 만들어 절지동물, 미생물 및 체관부 조직에 서식하는 기타 유기체를 도입하고 관찰할 수 있도록 합니다.

나무 조직 내에서 절지 동물과 미생물 군집 유학을위한 기술

부르크 홀데 리아의 sartisoli RP037-mChe와 전 세포 bioreporter 분석은 물 불포화 모델 시스템에서 공기로 채워진 모공을 해소 균사체에 의한 능동 수송 후 세균 분해 가능한 유기 오염 물질 (즉, 플루 오렌)의 분수를 감지하기 위해 개발되었다.

전체 셀 Bioreporter 접근 물 불포화 시스템에서 유기 오염 물질의 운송과 생체 이용률을 평가하기 위해

여기, 우리는 토양, rhizosphere, 및 루트 endosphere microbiomes amplicon 시퀀스 데이터를 얻기 위해 프로토콜을 설명 합니다. 이 정보 구성 및 플랜트 관련 미생물 커뮤니티의 다양성을 조사 하는 데 사용할 수 있습니다 그리고 다양 한 종의 식물 사용에 적합.

루트 미생물 탐색: 토양, Rhizosphere, 및 루트 Endosphere에서 세균성 지역 사회 데이터 추출

필드에서 식물 뿌리의 발굴 뿐만 아니라 endosphere, rhizosphere, 및 토양 샘플의 처리는 DNA 추출 및 데이터 분석 방법 등 자세하게에서 설명 되어 있습니다. 이 문서는 토양, endosphere, rhizosphere microbiomes의 연구에 대 한 이러한 기법을 사용 하 여 다른 실험실을 사용 하도록 설계 되었습니다.

절연 및 토양, Rhizosphere, 및 다년생 잔디 실험에 뿌리에서 미생물 커뮤니티의 분석

여기에서 우리는 종의 존재를 정량화하고 식물 뿌리의 초기 식민지 동안 다른 성장 환경으로의 전송 후 박테리아의 공간 분포를 시각화하는 수경 식물 성장 분석방법을 설명합니다.

부동 수경 시스템에서 애기장대 뿌리에 세균 식민지화 및 유지 보수 모니터링

우리는 잎과 가지의 끝을 가방에 밀봉하고, 포장 된 물질을 잘라 내고 동결하고, 이전에 냉동 된 물질을 물로 헹구어 기판에서 절지동물을 분리하여 정량화하여 잎 주거 절지동물을 정량화하는 방법을 설명합니다.

단풍 주거 절지동물을 정량화하는 방법

우리는 코르티콜러스 (껍질 주거) 절지 동물 공동체의 특성을 측정하는 반 정량적 접근 법을 설명합니다. 우리는 나무 종 간의 비교를 위해 풍부, 총 길이 (바이오 매스대리), 풍요로움 및 섀넌 다양성을 추정하기 위해 나무 볼에 상업적으로 제조 된 끈적 끈적한 트랩을 배치했습니다.

끈적 끈적한 함정을 사용하여 코르티몰러스 절지동물을 정량화

글리포세이트 기반 제품(GBP)은 전 세계적으로 가장 일반적인 광범위한 스펙트럼 제초제입니다. 이 기사에서는 현장 실험에서 생물 정보학 분석에 이르기까지 GBP가 미생물에 미치는 영향을 정량화하기위한 일반적인 지침을 소개합니다.

글리포세이트 기반 제품이 마이크로바이옴에 미치는 잠재적 영향의 정량화

여기의 프로토콜은 Zea mays 와 Festuca rubra의 두 종에 대한 뿌리의 arbuscular mycorrhizal 식민지화 패턴과 전략을 평가하는 방법을 설명합니다. MycoPatt 방법을 사용하면 매개 변수 계산, 균근 구조를 디지털 데이터로 변환하고 뿌리에서 실제 위치를 매핑 할 수 있습니다.

Festuca rubra와 Zea mays의 뿌리에서 식민지화 패턴과 곰팡이 전략을 탐구하는 도구로서의 균근 지도

우리는 미생물군 및 생물막과 함께 식물 및 곰팡이 바이오매스를 포함하는 매우 이질적이고 섬세한 샘플을 시각화하기 위한 최적화된 주사 전자 현미경 프로토콜을 제안합니다. 이 프로토콜을 사용하면 미생물군 조직의 공간적 차원을 설명할 수 있습니다.

Attine Ants' Gardens의 미생물군: 주사 전자 현미경을 통한 미생물 풍경 시각화

이 프로토콜은 결정-바이올렛 바이오매스 분석, 타임랩스 위상 차비 역학, 공초점 3D/매트릭스 매핑, SEM 초구조, 생체 내 햄스터 감염 모듈을 결합한 모듈형 BSL-2 워크플로우를 제공하여 렙토스피라 바이오필름의 기능적 역할을 배양, 정량, 특성화, 조사하여 실험실 간 돌연변이 및 반바이오필름 개입의 표준화된 평가를 가능하게 합니다.

렙토스피라 바이오필름의 정량적, 구조적, 기능적 분석을 위한 모듈식 워크플로우

배우세요 Populus trichocarpa 껍질의 내생 및 착생 세균 마이크로바이옴을 정량 평가하는 방법을 차세대 시퀀싱 기술을 활용하여 분석하는 전체 워크플로우입니다. 이 프로토콜은 산림 종의 미생물 연구에 활용됩니다.

A workflow for the quantitative assessment of the endophytic and epiphytic bacterial microbiomes of the Bark of Populus trichocarpa(Populus trichocarpa 껍질의 내생식물 및 착생식물 세균 마이크로바이옴의 정량적 평가를 위한 워크플로우) (동영상) | JoVE Journal

A workflow for the quantitative assessment of the endophytic and epiphytic bacterial microbiomes of the Bark of Populus trichocarpa(Populus trichocarpa 껍질의 내생식물 및 착생식물 세균 마이크로바이옴의 정량적 평가를 위한 워크플로우)

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