Name: Incorporating Target Protein Structure, Flexibility and Dynamics in Computational Drug Discovery Using Ensemble-Based Docking Analysis (앙상블 기반 도킹 분석을 사용한 컴퓨팅 약물 발견에 표적 단백질 구조, 유연성 및 역학 통합) (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-20T13:10:00.000+00:00
Duration: 8 min 49 s
Description: 배우세요 앙상블 기반 도킹 분석을 활용한 컴퓨팅 약물 발견 방법으로, 단백질 구조와 유연성 및 역학을 통합하여 보다 정확한 약물 설계를 가능하게 합니다. 이 기술은 향후 개인 맞춤형 의료에 활용될 수 있습니다.

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<table><tbody><tr><td>AutoDock</td><td>스크립스 연구소, 미국</td><td>버전 4.2.6</td><td></td></tr><tr><td>AutoDock 도구</td><td>스크립스 연구소, 미국</td><td>버전 1.5.6</td><td></td></tr><tr><td>Avogadro</td><td>Geoffrey R Hutchison, 피츠버그 대학교 화학과, 피츠버그, 미국</td><td>버전 1.95</td><td></td></tr><tr><td>디스커버리 스튜디오</td><td>다쏘 시스템; mes, 매사추세츠, 미국</td><td>버전 2021</td><td></td></tr><tr><td>GROMAC 흐</td><td>로닝언 대학교 왕립 공과대학 스웨덴 웁살라 대학교</td><td>버전 2023</td><td></td></tr><tr><td>바이오컴퓨팅, 시각화 및 정보학을 위한 UCSF 키메라 리소스 캘리포니아 대학교</td><td>버전 1.16</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

incorporating target protein structure, flexibility and dynamics in computational drug discovery using ensemble-based docking analysis (앙상블 기반 도킹 분석을 사용한 컴퓨팅 약물 발견에 표적 단백질 구조, 유연성 및 역학 통합)

Incorporating Target Protein Structure Flexibility and Dynamics in Computational Drug Discovery Using Ensemble-Based Docking Analysis

최적화 후 FB의 화학 구조와 3D 구조 표현은 그림 8A에 나와 있습니다. 그림 8B는 MD 시뮬레이션 이전 초기 상태에서 pdb 코드 1LYZ를 사용하는 라이소자임의 3D 구조를 보여줍니다. 라이소자임 3D 구조의 역학과 유연성을 연구하기 위해 100ns에 대한 MD 시뮬레이션을 수행했습니다. 단백질 구조의 총 에너지는 그림 9A에서 볼 수 있듯이 시뮬레이션 중에 안정적이었습니다. MD 시뮬레이션의 처음 20ns에서는 RMSD 값이 증가한 것으로 나타났고, 그 후 RMSD 값이 안정화되었습니다(그림 9B). RMSF 분석 결과, MD 시뮬레이션 기간 동안 큰 변동을 겪은 잔기는 단백질 말단까지의 잔기수가 40-50, 60-80, 100인 것으로 나타났습니다...

Incorporating Target Protein Structure, Flexibility and Dynamics in Computational Drug Discovery Using Ensemble-Based Docking Analysis (앙상블 기반 도킹 분석을 사용한 컴퓨팅 약물 발견에 표적 단백질 구조, 유연성 및 역학 통합)

The drug discovery process is a rigorous, time-consuming, and expensive operation. The computational approach in drug discovery allows researchers to ...

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Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

우리는 단백질 설계의 몇 가지 중요한 영역을 다룰 수 있는 computational de novo 단백질 설계 방법을 개발했습니다. 이러한 방법을 보급하기 위해 단백질 설계를 위한 온라인 도구인 Protein WISDOM을 제시합니다(http://www.proteinwisdom.org). 구조적 주형에서 시작하여 안정성 향상을 위한 단량체 단백질과 결합 친화도 향상을 위한 복합체의 설계를 수행할 수 있습니다.

단백질 지혜 : 용 워크 벤치<em&gt; 실리코에</em&gt;<em&gt; 드 노보</em생체 분자의&gt; 디자인

단백질-단백질 상호작용을 표적으로 하기 위한 REPLACE 전략의 구현을 설명합니다. REPLACE는 최적화된 펩티드 억제제를 약물과 같은 분자로 전환하기 위한 합성 및 컴퓨터 접근 방식을 포함하는 반복 전략입니다.

를 통해 교체 단백질 - 단백질 상호 작용의 억제제의 개발 : 설계 및 개발 비 ATP 경쟁 CDK 억제제에 응용

질량 분석 (MS)는 구조 조사와 고분자 어셈블리의 역학에 대 한 중요 한 도구로 떠오르고 있다. 여기, 우리는 단백질 복잡 한 형성과 ligand 바인딩이 MS 기반 접근을 통합 합니다.

단백질 구조와 통합 구조 질량 분석, 단백질-리간드 단지 분석

이 연구는 약물 펩티드 상호 작용을 식별하기위한 전략을 제시하는 것을 목표로했다. 이 전략은 석영 결정 마이크로 밸런스 (QCM) 바이오 센서에 기초한 약물 인식 짧은 펩타이드의 바이오 패닝을 포함하고, 단백질에 대한 약물 인식 및 약물 결합 부위의 음장 에 대해 얻은 정보를 정량적으로 평가하기위한 생물 정보학 분석이 뒤따릅니다.

약물 단백질 상호 작용의 글로벌 검증을 위한 바이오센서 기반 고처리량 바이오패닝 및 생물정보학 분석 전략

여기에 사용된 실험은 소분자와 단백질 표적 간의 상호 작용을 예측하고 검증하기 위해 세포 열 이동 분석과 결합된 분자 도킹 방법을 보여줍니다.

Protein Target Prediction and Validation of Small Molecule Compound(단백질 표적 예측 및 저분자 화합물의 검증)

여기서는 신약 개발에 필수적인 Sanglifehrin A와 Cyclophilin A/Ganoderiol-F 간의 단백질-리간드 결합 상호작용을 구조 중심으로 설계하는 프로토콜을 제시합니다. 리간드-수용체 복합체의 안정성은 분자 역학 시뮬레이션을 통해 평가되었습니다.

새로운 사이클로필린 A 억제제 및 가노데리올-F 유도체의 구조 유도 설계 및 개발: 실리코 내 접근법

이 연구는 인실리코(in-silico ) 전략을 사용하여 Enumerated Etravirine이 HIV에 대한 유망한 치료제임을 확인했습니다. 분자 상호 작용 및 역학에 대한 우리의 발견은 가능한 HIV 치료 대안으로서 새로운 NNRTI의 합리적인 설계를 뒷받침합니다.

비뉴클레오티드 역전사효소 억제제의 정량적 구조-활성 관계, 활성 예측 및 분자 역학

이 이중 언어 프로토콜은 Polo-like Kinase 1부터 3(PLK1–3)과 데이터베이스 기반 자연 분자의 흡수, 분포, 대사, 배설, 독성, 안정성(ADMET-S) 특성의 단백질-리간드 상호작용을 평가하는 계산적 신약 개발 워크플로우를 제공합니다.

미국 수화와 영어에서 잠재적 PLK1 억제제를 식별하기 위한 이중언어 계산 워크플로우

단백질 설계에는 아미노산 염기서열의 구축과 기능적 변이체를 만들기 위한 특정 모티프의 통합이 포함됩니다. 이 접근 방식은 항생제 내성 병원체와 싸우기 위한 항균 펩타이드(AMP)의 개발에 매우 중요합니다. 본 논문은 다양한 생물정보학 도구를 이용한 단백질 구축 절차를 제시합니다.

De Novo 및 In Silico 단백질 설계를 위한 I TASSER, trRosetta, UCSF Chimera, HADDOCK 서버 및 HEX loria 적용

우리는 적용 레이블이없는 운동 특성을 통해 papain 여러 cystatin B로 돌연변이의 바인딩의 구조 - 기능 분석을위한 Biacore의 X100을 사용하여 단백질 상호 작용 분석. 보정이없는 농도 분석 (CFCA)는 표준 곡선을위한 필요없이 유지 바인딩 활동으로 단백질의 농도를 측정합니다. 우리는 CFCA의 운동 분석의 신뢰성을 증가하고 운동 상수가 안정적으로 재조합 단백질의 활동이 감소하더라도 확인할 수 있습니다 사용하는 농도의 확인을 보여줍니다.

동력학 및 구조 기능 분석의 선호도 결정에 대한 올바른 단백질 농도의 중요성

배우세요 앙상블 기반 도킹 분석을 활용한 컴퓨팅 약물 발견 방법으로, 단백질 구조와 유연성 및 역학을 통합하여 보다 정확한 약물 설계를 가능하게 합니다. 이 기술은 향후 개인 맞춤형 의료에 활용될 수 있습니다.

Incorporating Target Protein Structure, Flexibility and Dynamics in Computational Drug Discovery Using Ensemble-Based Docking Analysis (앙상블 기반 도킹 분석을 사용한 컴퓨팅 약물 발견에 표적 단백질 구조, 유연성 및 역학 통합) (동영상) | JoVE Journal

Incorporating Target Protein Structure, Flexibility and Dynamics in Computational Drug Discovery Using Ensemble-Based Docking Analysis (앙상블 기반 도킹 분석을 사용한 컴퓨팅 약물 발견에 표적 단백질 구조, 유연성 및 역학 통합)

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