Name: 2D-TAU 젤 전기영동을 이용한 히스톤 프로테오폼 공개 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-10-18T14:30:00.000+00:00
Duration: 7 min 20 s
Description: 배우세요 2D-TAU 젤 전기영동을 이용한 히스톤 프로테오폼 분석 방법으로, 에피게네틱 변화와 대사 재구성의 상관관계를 규명하고 새로운 암 치료 표적을 발견할 수 있습니다.

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<meta charset="utf8"></head><body>히스톤 동형 농축 및 PTM 특성화를 위한 2D 겔 분리

<ol><li>Strahl, B. D., Allis, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+language+of+covalent+histone+modifications%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The language of covalent histone modifications.</a> Nature. 403 (6765), 41-45 (2000).</li>
<li>Cutter, A. R., Hayes, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+brief+review+of+nucleosome+structure%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Lett%22%5BJournal%5D)">A brief review of nucleosome structure.</a> FEBS Lett. 589 (20 Pt A), 2914-2922 (2015).</li>
<li>Millán-Zambrano, G., Burton, A., Bannister, A. J., Schneider, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+post-translational+modifications+-+cause+and+consequence+of+genome+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone post-translational modifications - cause and consequence of genome function.</a> Nat Rev Genet. 23 (9), 563-580 (2022).</li>
<li>Sun, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+reprogramming+and+epigenetic+modifications+on+the+path+to+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Cell%22%5BJournal%5D)">Metabolic reprogramming and epigenetic modifications on the path to cancer.</a> Protein Cell. 13 (12), 877-919 (2022).</li>
<li>Kinnaird, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+control+of+epigenetics+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Cancer%22%5BJournal%5D)">Metabolic control of epigenetics in cancer.</a> Nat Rev Cancer. 16 (11), 694-707 (2016).</li>
<li>Díaz-Hirashi, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+reprogramming+and+signaling+to+chromatin+modifications+in+tumorigenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Exp+Med+Biol%22%5BJournal%5D)">Metabolic reprogramming and signaling to chromatin modifications in tumorigenesis.</a> Adv Exp Med Biol. 1219, 225-241 (2020).</li>
<li>Panatta, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+regulation+by+p53+prevents+R-loop-associated+genomic+instability%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Metabolic regulation by p53 prevents R-loop-associated genomic instability.</a> Cell Rep. 41 (5), 111568(2022).</li>
<li>Scumaci, D., Zheng, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+meets+metabolism%3A+novel+vulnerabilities+to+fight+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Commun+Signal%22%5BJournal%5D)">Epigenetic meets metabolism: novel vulnerabilities to fight cancer.</a> Cell Commun Signal. 21 (1), 249(2023).</li>
<li>Chiaradonna, F., Scumaci, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+metabolism+as+a+new+real+target+in+tumor+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Cells%22%5BJournal%5D)">Cancer metabolism as a new real target in tumor therapy.</a> Cells. 10 (6), 1393(2021).</li>
<li>Scumaci, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DJ-1+proteoforms+in+breast+cancer+cells%3A+The+escape+of+metabolic+epigenetic+misregulation%5BTitle%5D)+AND+%22Cells%22%5BJournal%5D)">DJ-1 proteoforms in breast cancer cells: The escape of metabolic epigenetic misregulation.</a> Cells. 9 (9), 1968(2020).</li>
<li>Olivo, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Moving+beyond+the+tip+of+the+iceberg%3A+DJ-1+implications+in+cancer+metabolism%5BTitle%5D)+AND+%22Cells%22%5BJournal%5D)">Moving beyond the tip of the iceberg: DJ-1 implications in cancer metabolism.</a> Cells. 11 (9), 1432(2022).</li>
<li>Zheng, Q., Maksimovic, I., Upad, A., David, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Non-enzymatic+covalent+modifications%3A+a+new+link+between+metabolism+and+epigenetics%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Cell%22%5BJournal%5D)">Non-enzymatic covalent modifications: a new link between metabolism and epigenetics.</a> Protein Cell. 11 (6), 401-416 (2020).</li>
<li>Maksimovic, I., David, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Non-enzymatic+covalent+modifications+as+a+new+chapter+in+the+histone+code%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">Non-enzymatic covalent modifications as a new chapter in the histone code.</a> Trends Biochem Sci. 46 (9), 718-730 (2021).</li>
<li>Lowe, B. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+H3+mutations%3A+an+updated+view+of+their+role+in+chromatin+deregulation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">Histone H3 mutations: an updated view of their role in chromatin deregulation and cancer.</a> Cancers. 11 (5), 660(2019).</li>
<li>Karsli-Ceppioglu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+epigenetic+landscape+of+promoter+genome-wide+analysis+in+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">The epigenetic landscape of promoter genome-wide analysis in breast cancer.</a> Sci Rep. 7 (1), 6597(2017).</li>
<li>Yang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+methyltransferase+and+drug+resistance+in+cancers%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Histone methyltransferase and drug resistance in cancers.</a> J Exp Clin Cancer Res. 39 (1), 173(2020).</li>
<li>Vardabasso, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+variants%3A+emerging+players+in+cancer+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Histone variants: emerging players in cancer biology.</a> Cell Mol Life Sci. 71 (3), 379-404 (2014).</li>
<li>Ilango, S., Paital, B., Jayachandran, P., Padma, P. R., Nirmaladevi, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+alterations+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Biosci%22%5BJournal%5D)">Epigenetic alterations in cancer.</a> Front Biosci. 25 (6), 1058-1109 (2020).</li>
<li>Liu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+H2AX+promotes+metastatic+progression+by+preserving+glycolysis+via+hexokinase-2%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Histone H2AX promotes metastatic progression by preserving glycolysis via hexokinase-2.</a> Sci Rep. 12 (1), 3758(2022).</li>
<li>Nowsheen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ZNF506-dependent+positive+feedback+loop+regulates+H2AX+signaling+after+DNA+damage%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">ZNF506-dependent positive feedback loop regulates H2AX signaling after DNA damage.</a> Nat Commun. 9 (1), 2736(2018).</li>
<li>Ribeiro-Silva, C., Vermeulen, W., Lans, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SWI%2FSNF%3A+Complex+complexes+in+genome+stability+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22DNA+Repair%22%5BJournal%5D)">SWI/SNF: Complex complexes in genome stability and cancer.</a> DNA Repair. 77, 87-95 (2019).</li>
<li>Yang, Y., Wang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+epigenetic+regulation+in+plasticity+of+tumor+immune+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Immunol%22%5BJournal%5D)">Role of epigenetic regulation in plasticity of tumor immune microenvironment.</a> Front Immunol. 12, 640369(2021).</li>
<li>Miranda Furtado, C. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epidrugs%3A+targeting+epigenetic+marks+in+cancer+treatment%5BTitle%5D)+AND+%22Epigenetics%22%5BJournal%5D)">Epidrugs: targeting epigenetic marks in cancer treatment.</a> Epigenetics. 14 (12), 1164-1176 (2019).</li>
<li>Thomas, S. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+guide+for+analysis+of+histone+post-translational+modifications+by+mass+spectrometry%3A+best+practices+and+pitfalls%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">A practical guide for analysis of histone post-translational modifications by mass spectrometry: best practices and pitfalls.</a> Methods. 184, 53-60 (2020).</li>
<li>Noberini, R., Robusti, G., Bonaldi, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometry-based+characterization+of+histones+in+clinical+samples%3A+applications%2C+progress%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+J%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometry-based characterization of histones in clinical samples: applications, progress, and challenges.</a> FEBS J. 289 (5), 1191-1213 (2022).</li>
<li>Kwak, H. G., Dohmae, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+characterization+of+histone+variants+in+the+mouse+testis+by+mass+spectrometry-based+top-down+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Biosci+Trends%22%5BJournal%5D)">Proteomic characterization of histone variants in the mouse testis by mass spectrometry-based top-down analysis.</a> Biosci Trends. 10, 357-364 (2016).</li>
<li>Sidoli, S., Simithy, J., Karch, K. R., Kulej, K., Garcia, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Low+resolution+data-independent+acquisition+in+an+LTQ-Orbitrap+allows+for+simplified+and+fully+untargeted+analysis+of+histone+modifications%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Low resolution data-independent acquisition in an LTQ-Orbitrap allows for simplified and fully untargeted analysis of histone modifications.</a> Anal Chem. 87, 11448-11454 (2015).</li>
<li>Shechter, D., Dormann, H. L., Allis, C. D., Hake, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction%2C+purification+and+analysis+of+histones%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Extraction, purification and analysis of histones.</a> Nat Protoc. 2 (6), 1445-1457 (2007).</li>
<li>Basak, S. K., Ladisch, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Correlation+of+electrophoretic+mobilities+of+proteins+and+peptides+with+their+physicochemical+properties%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Correlation of electrophoretic mobilities of proteins and peptides with their physicochemical properties.</a> Anal Biochem. 226 (1), 51-58 (1995).</li>
<li>Nuccio, A. G., Bui, M., Dalal, Y., Nita-Lazar, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometry-based+methodology+for+identification+of+native+histone+variant+modifications+from+mammalian+tissues+and+solid+tumors%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometry-based methodology for identification of native histone variant modifications from mammalian tissues and solid tumors.</a> Methods Enzymol. 586, 275-290 (2017).</li>
<li>Zhang, S., Roche, K., Nasheuer, H. P., Lowndes, N. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modification+of+histones+by+sugar+%CE%B2-N-acetylglucosamine+%28GlcNAc%29+occurs+on+multiple+residues%2C+including+histone+H3+serine+10%2C+and+is+cell+cycle-regulated%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Modification of histones by sugar β-N-acetylglucosamine (GlcNAc) occurs on multiple residues, including histone H3 serine 10, and is cell cycle-regulated.</a> J Biol Chem. 286 (43), 37483-37495 (2011).</li>
<li>Perri, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+proteomics+reveals+novel+post-translational+modifications+in+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Aging%22%5BJournal%5D)">Histone proteomics reveals novel post-translational modifications in breast cancer.</a> Aging. 11, 11722-11755 (2019).</li>
<li>Bradford, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+and+sensitive+method+for+the+quantitation+of+microgram+quantities+of+protein+utilizing+the+principle+of+protein-dye+binding%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding.</a> Anal Biochem. 72, 248-254 (1976).</li>
<li>Omenn, G. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Research+on+the+human+proteome+reaches+a+major+milestone%3A+%3E90%25+of+predicted+human+proteins+now+credibly+detected%2C+according+to+the+HUPO+human+proteome+project%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Research on the human proteome reaches a major milestone: >90% of predicted human proteins now credibly detected, according to the HUPO human proteome project.</a> J Proteome Res. 19 (12), 4735-4746 (2020).</li>
<li>Noberini, R., Robusti, G., Bonaldi, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometry-based+characterization+of+histones+in+clinical+samples%3A+applications%2C+progress%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+J%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometry-based characterization of histones in clinical samples: applications, progress, and challenges.</a> FEBS J. 289 (5), 1191-1213 (2022).</li>
<li>Starkova, T. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+profile+of+post-translational+modifications+of+histone+H1+in+chromatin+of+mouse+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Naturae%22%5BJournal%5D)">The profile of post-translational modifications of histone H1 in chromatin of mouse embryonic stem cells.</a> Acta Naturae. 11 (2), 82-91 (2019).</li>
<li>García-Giménez, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+carbonylation+occurs+in+proliferating+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Free+Radic+Biol+Med%22%5BJournal%5D)">Histone carbonylation occurs in proliferating cells.</a> Free Radic Biol Med. 52 (8), 1453-1464 (2012).</li>
<li>García-Saura, A. G., Schüler, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PARP10+multi-site+auto-+and+histone+MARylation+visualized+by+acid-urea+gel+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Cells%22%5BJournal%5D)">PARP10 multi-site auto- and histone MARylation visualized by acid-urea gel electrophoresis.</a> Cells. 10, 654(2021).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1,4-디티오에리스리톨</td><td>시그마- 알드리치</td><td>D8255&nbsp;</td><td>&마이너스 유지를 위한 시약; 감소된 상태의 SH 그룹; 이황화물을 정량적으로 환원시킵니다.</td></tr><tr><td>1,5 M Tris-HCL 버퍼, pH 8.8</td><td>BIO-RAD</td><td>161-0798</td><td>레졸루빙 젤 버퍼</td></tr><tr><td>10x Tris/Glycine/SDS&nbsp;</td><td>바이오 라드&nbsp;</td><td>1610772</td><td>이 사전 혼합된 10x Tris/glycine/SDS 러닝 버퍼를 사용하여 단백질 샘플을 SDS-PAGE별로 분리합니다.</td></tr><tr><td>2-프로판올</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>33539</td><td>2-프로판올(이소프로판올)은 2차 알코올입니다. 다양한 연료 전지에 사용되는 연료의 대체품으로 테스트되었습니다. 2- 프로판올에 용해 된 CuO 분말은 Cu 콜로이드의 레이저 절제 보조 합성에 사용되었다. Zn (NO3) 2를 가진 2 프로판올의 현탁액은 이산화 티타늄 입히는 스테인리스 (P25-TiO2/SS) 광양극의 제조를 위해 P25-TiO2.This photoanode의 획일하게 두꺼운 층으로 입히는 photoanode의 제조를 위해 전기화학 photocatalytic (ECPC) 강직 과정에 이용되었다.</td></tr><tr><td>30% 아크릴아미드/비스 솔루션&nbsp;</td><td>BIO-RAD</td><td></td><td>1610158 2.6% 교차결합제. 전기영동 순도 시약&nbsp;</td></tr><tr><td>아세트산 빙하</td><td>Carlo Erba Reagennts</td><td>401392</td><td>아세트산은 많은 산업 응용 프로그램을 가진 중요한 화학 시약입니다.</td></tr><tr><td>아세톤</td><td>Panreac Applichem</td><td>211007.1214</td><td>아세톤&nbsp; 다양한 실험실, 제조 및 세척 응용 분야에서 다재다능한 것으로 유명한 용매입니다.</td></tr><tr>HPLC용 <td>아세토니타일</td><td>VWR</td><td>83640320</td><td>&nbsp; &nbsp; LC-MS 등급</td></tr><tr><td>아가로스</td><td>인비트로젠</td><td>15510-027</td><td>아가로스&nbsp; 입니다&nbsp; 이종다당류&nbsp; 분자 생물학에서 자주 사용됩니다.</td></tr><tr><td>암모늄 바이카보네이</td>트 <td>SIGMA-ALDRICH</td><td>A6141</td><td>최소 99,0%</td></tr><tr><td>과황산암모</td>늄 <td>SIGMA-ALDRICH</td><td>A3678</td><td>분자 생물학용, 전기영동용, &ge; 98%&nbsp;</td></tr><tr><td>Bioruptor plus</td><td>Diagenode</td><td>B01020001 - B01020002- B01020003</td><td>초음파 발생기</td></tr><tr><td>Dithiothreitol</td><td>SIGMA- ALDRICH</td><td>D9163-5G</td><td>단백질의 이황화 결합을 줄이는 데 사용되는 환원제.</td></tr><tr><td>Dodeca 실버 스테인 키트&nbsp;</td><td>BIO-RAD</td><td>161-0480</td><td>Dodeca 실버 염색 키트는 폴리아크릴아미드 겔에서 노나그램 수준의 단백질을 검출하는 데 사용하기 쉽습니다.</td></tr><tr><td>글리세롤</td><td>GE - 헬스케어 생명 과학</td><td>171325010L</td><td>글리세롤은 단순한 트리올 화합물로 구배 겔, 단백질 안정제 및 저장 버퍼 구성 요소를 캐스팅하는 데 도움이 됩니다.</td></tr><tr><td>Halt Phosphatase 억제제&nbsp;</td><td>Thermo SCIENTIFIC</td><td>78428</td><td>Thermo Scientific Halt Phosphatase Inhibitor Cocktail은 세포 용해 또는 조직 단백질 추출 중과 후에 단백질의 인산화 상태를 보존합니다. 일회용 칵테일 (100X).&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>프로테아제 억제제 중단&nbsp;</td><td>Thermo SCIENTIFIC</td><td>78430</td><td>Thermo Scientific Halt Protease Inhibitor Cocktail (100X)은 세포 용해 및 단백질 추출 중 단백질 분해 분해를 방지하기 위해 시료에 첨가할 수 있는 즉시 사용 가능한 단백질 분해 농축 원액입니다. 일회용 칵테일 (100X).&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>염산</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>H1758</td><td>BioReagent, 분자생물학용</td></tr><tr><td>요오도아세트아미드</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>I6125</td><td>&ge; 99% (NMR), 결정질</td></tr><tr><td>KCl</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>P9541</td><td>염화칼륨, KCl, is&nbsp; 일반적으로 실험실 루틴에 사용됩니다. pH 전극의 저장 버퍼로 사용하고 전도도 측정을 위한 참조 용액으로 사용하는 것은 잘 알려져 있습니다.</td></tr><tr><td>MCF10 세포주</td><td>atcc</td><td>CRL-10317&nbsp;</td><td>1984년 섬유낭포성 유방을 가진 36세 백인 여성의 유선에서 분리된 상피 세포주. 이 세포주는 Michigan Cancer Foundation에 의해 기탁되었습니다.</td></tr><tr><td>MgCl2</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>208337</td><td>염화마그네슘은 무색의 결정질 고체입니다.</td></tr><tr><td>N,N,N',N'-Tetramethylethylene-diamine</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>T9281</td><td>전기영동을 위해, 약 99%</td></tr><tr><td>인산염 식염수 완충제 1X</td><td>Corning</td><td>15373631</td><td>1 X PBS (인산염 완충 식염수)는&nbsp; 버퍼링&nbsp; 균형 잡힌 소금 용액&nbsp; 해리 전 세포 세척, 세포 또는 조직 운반, 계수를 위한 세포 희석 및 시약 준비와 같은 다양한 생물학적 및 세포 배양 응용 분야에 사용됩니다.</td></tr><tr><td>Potassium hexacyanoferrate</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>60299</td><td>전자 수용체, 전자 수송 관련 시스템에 사용,</td></tr> <tr><td>SDS 솔루션 20% (w/v)&nbsp;</td><td>BIO-RAD</td><td>161-0418</td><td>도데실황산나트륨. 전기영동 순도 시약&nbsp;</td></tr><tr><td>소듐 티오설페이트, ReagentPlus 99%</td><td>SIGMA- ALDRICH</td><td>21,726-3</td><td>소듐 티오설페이트, ReagentPlus 99%</td></tr><tr><td>황산</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>339741</td><td>황산, 시약, is&nbsp; 황색, 약간 점성이 있는 액체로 제공되는 매우 부식성이 강한 산입니다. 물에 용해되며 이양성자산입니다. 그것은 매우 강한 부식성, 탈수 및 산화 특성뿐만 아니라 흡습성을 가지고 있습니다.</td></tr><tr><td>트리클로로아세트산</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>T6399-5G</td><td>트리클로로아세트산 (TCA)은&nbsp; 단백질1,2 및 핵산의 침전을 위한 시약으로 사용3.&nbsp;</td></tr><tr><td>Trifluoroacetic 산</td><td>Riedel-de Ha&euml; n</td><td>34957</td><td>트리플루오로아세트산</td></tr><tr><td>트리톤 X-100</td><td>시그마-알드리치</td><td>T9284-1L</td><td>트리톤 X-100은 단백질을 추출하고 가용화하는 데 가장 자주 사용되는 비이온성 폴리옥시에틸렌 계면활성제입니다.</td></tr><tr><td>돼지 췌장에서 추출한 트립신</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>T6567</td><td>단백질체학 등급, 바이오시약, 디메틸화</td></tr><tr><td>우레아</td><td>SIGMA-ALDRICH</td><td>33247</td><td>우레아는 카오트로픽제이며 단백질 변성에 사용됩니다. 그것은 단백질의 2차, 3차 및 4차 구조에서 수소 결합을 방해합니다. 또한 DNA 2차 구조에 존재하는 수소 결합을 방해할 수 있습니다</td></tr></tbody></table>

2d-tau 젤 전기영동을 이용한 히스톤 프로테오폼 공개

Unveiling Histone Proteoforms using 2D-TAU Gel Electrophoresis

그림 1A에서는 히스톤 단백질이 1D 겔에서 어떻게 이동하는지 관찰할 수 있습니다. 이것은 1차원의 실행 시간을 이해하기 위한 중요한 예비 단계입니다. 적절한 분리 시간이 결정되면 2차원을 실행합니다. 히스톤 원형의 2D 지도는 독특한 지형 패턴을 보여줍니다(그림 1B). 그림 1B의 각 반점은 특정 히스톤 유형을 나타냅니다. 각 히스톤 단백형이 발견될 수 있는 겔의 정확한 영역을 관찰합니다. 각 히스톤 단백질형에 대한 질량 분석법 식별은 [Perri et al.32]에 보고되어 있습니다. 따라서 이 조건의 각 지점은 특정 히스톤 유형과 연결됩니다. 표준 반점과 함께 추가 반점이 존재한다는 것은 새로운 수정이 존재함을 나타낼 수 있습니다. 겔 이미지는 밀도 측정을 사용하여 획득할 수 있으며, 결과 이미지는 이미지 분석 소프트웨어를 사용하여 분석할 수 있습니다.
2D TAU 맵의 신뢰성은 지점의 원형 정도에 따라 달라집니다. 실행이 올바르게 수행되면 스폿이 뚜렷한 신호로 나타나고 수평 및 수직 줄무늬가 표시되지 않습니다. 반대로, 샘플, 용액 및 아가로스 오버레이의 불순물은 겔에 줄무늬 및/또는 줄무늬를 유발할 수 있습니다. 겔의 품질은 이미지 디지털화와 다음의 정량적 및 정성적 분석에 영향을 미칩니다. 또한 웨스턴 블롯 분석 및 MS 조사의 성공에 영향을 미칠 수 있습니다. 이 방법의 신뢰성을 확인하기 위해 1차 항체 Acetylated-Lysine(Ac-K2-100) Rabbit mAb32 를 사용하여 분해된 히스톤 단백질형의 니트로셀룰로오스 멤브레인을 조사했습니다(그림 2). 히스톤 신호를 검출하기 위해 항토끼 HRP 2차 항체를 사용했습니다. 예상대로, 밀도계를 사용하면 블롯에 존재하는 각 히스톤 변이체에 대한 특이한 번역 후 변형을 정량화할 수 있습니다.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67321/67321fig01.jpg"> 
그림 1: 1D 및 2D TAUgel. (A) 1D TAUgel을 사용하여 얻은 히스톤 지형 패턴의 대표 이미지. (B) 2D TAUgel을 사용하여 얻은 히스톤 지형 패턴의 대표 이미지. 데이터 식별은 Perri et al. 32에 의해 보고됩니다. 예상대로 각 반점은 특정 히스톤 단백형을 나타냅니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67321/67321fig01large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67321/67321fig02.jpg"> 
그림 2: 대표적인 2DTAU 웨스턴 블롯. 이미지에서 각 히스톤 단백질형에서 라이신 아세틸화 수준을 관찰할 수 있습니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67321/67321fig02large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>시약</td>
			<td>농도 : 15 %</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>40% 아크릴아마이드/비스</td>
			<td>3.75</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.5M 트리스 pH 8.8</td>
			<td>2.5 밀리리터</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MilliQ 워터</td>
			<td>3.6 밀리리터</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10% SDS</td>
			<td>100 마이크로L</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10% APS</td>
			<td>50 마이크로L</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>테마드</td>
			<td>5 μL</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
표 1: 겔 용액 조성 분해.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>걸음</td>
			<td>시간</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50% 메탄올 / 5% 아세트산 고정</td>
			<td>1시간</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>세척 30% 에탄올</td>
			<td>2 x 20분</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>탈이온수 세척</td>
			<td>1 x 20분</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>감작제 Thiosulfate 시약</td>
			<td>1분</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>탈이온수 세척</td>
			<td>3 x 20 초</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>은 질산은</td>
			<td>30분</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>탈이온수 세척</td>
			<td>3 x 1분</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>개발 개발자</td>
			<td>25-30 분 참고 : 반점이 보일 때까지 젤을 현상합니다 (연한 갈색).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>중지 솔루션</td>
			<td>1 x 10분</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>탈이온수 세척</td>
			<td>2 x 5분</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>탈이온수 세척</td>
			<td>1시간</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
표 2: 은 염색 방법.

2D-TAU 젤 전기영동을 이용한 히스톤 프로테오폼 공개

Histones undergo various post-translational modifications (PTMs) such as methylation, acetylation, phosphorylation, acylation, and ubiquitination, which ...

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Research

연구

JoVE Journal

Biochemistry

생화학

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