Name: 부유식 연구실: 환경 DNA 분석을 위해 운영 중인 페리에서 해수 샘플을 수집하고 필터링하기 위한 표준 운영 절차 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-01T12:30:00.000+00:00
Duration: 6 min 22 s
Description: 배우세요 페리에서 해수 샘플을 수집하고 필터링하여 환경 DNA를 분석하는 방법입니다. 이 프로토콜은 고래류 보호를 위한 해양 생물 다양성 모니터링에 활용됩니다.

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<ol><li>Andruszkiewicz, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomonitoring+of+marine+vertebrates+in+Monterey+Bay+using+eDNA+metabarcoding%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Biomonitoring of marine vertebrates in Monterey Bay using eDNA metabarcoding.</a> PLoS One. 12 (4), e0176343(2017).</li>
<li>Djurhuus, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+reveals+seasonal+shifts+and+potential+interactions+in+a+marine+community%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA reveals seasonal shifts and potential interactions in a marine community.</a> Nat Commun. 11 (1), 254(2020).</li>
<li>DiBattista, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+can+act+as+a+biodiversity+barometer+of+anthropogenic+pressures+in+coastal+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA can act as a biodiversity barometer of anthropogenic pressures in coastal ecosystems.</a> Sci Rep. 10 (1), 8365(2018).</li>
<li>Beng, K. C., Corlett, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+environmental+DNA+%28eDNA%29+in+ecology+and+conservation%3A+Opportunities%2C+challenges%2C+and+prospects%5BTitle%5D)+AND+%22Biodivers+Conserv%22%5BJournal%5D)">Applications of environmental DNA (eDNA) in ecology and conservation: Opportunities, challenges, and prospects.</a> Biodivers Conserv. 29 (7), 2089-2121 (2020).</li>
<li>He, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((eDNA+metabarcoding+enriches+traditional+trawl+survey+data+for+monitoring+biodiversity+in+the+marine+environment%5BTitle%5D)+AND+%22ICES+J+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">eDNA metabarcoding enriches traditional trawl survey data for monitoring biodiversity in the marine environment.</a> ICES J Mar Sci. 80 (5), 1529-1538 (2023).</li>
<li>Pawlowski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+future+of+biotic+indices+in+the+ecogenomic+era%3A+Integrating+%28e%29DNA+metabarcoding+in+biological+assessment+of+aquatic+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Total+Environ%22%5BJournal%5D)">The future of biotic indices in the ecogenomic era: Integrating (e)DNA metabarcoding in biological assessment of aquatic ecosystems.</a> Sci Total Environ. 637 - 638, 1295-1310 (2018).</li>
<li>Arcangeli, A., Marini, L., Crosti, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+cetacean+presence%2C+relative+abundance+and+distribution+over+20+years+along+a+trans-regional+fixed+line+transect+in+the+central+Tyrrhenian+sea%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Ecol%22%5BJournal%5D)">Changes in cetacean presence, relative abundance and distribution over 20 years along a trans-regional fixed line transect in the central Tyrrhenian sea.</a> Mar Ecol. 34 (1), 112-121 (2013).</li>
<li>Matear, L., Robbins, J. R., Hale, M., Potts, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cetacean+Biodiversity+in+the+Bay+of+Biscay%3A+Suggestions+for+environmental+protection+derived+from+citizen+science+data%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Policy%22%5BJournal%5D)">Cetacean Biodiversity in the Bay of Biscay: Suggestions for environmental protection derived from citizen science data.</a> Mar Policy. 103672, 109(2019).</li>
<li>Valsecchi, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ferries+and+environmental+DNA%3A+Underway+sampling+from+commercial+vessels+provides+new+opportunities+for+systematic+genetic+surveys+of+marine+biodiversity%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">Ferries and environmental DNA: Underway sampling from commercial vessels provides new opportunities for systematic genetic surveys of marine biodiversity.</a> Front Mar Sci. 8, 704786(2021).</li>
<li>Boyse, E., Beger, M., Valsecchi, E., Goodman, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sampling+from+commercial+vessel+routes+can+capture+marine+biodiversity+distributions+effectively%5BTitle%5D)+AND+%22Ecol+Evol%22%5BJournal%5D)">Sampling from commercial vessel routes can capture marine biodiversity distributions effectively.</a> Ecol Evol. 13 (2), e9810(2023).</li>
<li>Arcangeli, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Testing+indicators+for+trend+assessment+of+range+and+habitat+of+low-density+cetacean+species+in+the+Mediterranean+Sea%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">Testing indicators for trend assessment of range and habitat of low-density cetacean species in the Mediterranean Sea.</a> Front Mar Sci. 10, 1116829(2023).</li>
<li>Valsecchi, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+universal+primers+for+metabarcoding+environmental+DNA+surveys+of+marine+mammals+and+other+marine+vertebrates%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+DNA%22%5BJournal%5D)">Novel universal primers for metabarcoding environmental DNA surveys of marine mammals and other marine vertebrates.</a> Environ DNA. 2 (4), 460-476 (2020).</li>
<li>Hunter, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improving+eDNA+yield+and+inhibitor+reduction+through+increased+water+volumes+and+multi-filter+isolation+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Improving eDNA yield and inhibitor reduction through increased water volumes and multi-filter isolation techniques.</a> Sci Rep. 9 (1), 5259(2019).</li>
<li>Capo, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+filtration+methods+and+water+volume+on+the+quantification+of+brown+trout+%28Salmo+trutta%29+and+Arctic+char+%28Salvelinus+alpinus%29+eDNA+concentrations+via+droplet+digital+PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+DNA%22%5BJournal%5D)">Effects of filtration methods and water volume on the quantification of brown trout (Salmo trutta) and Arctic char (Salvelinus alpinus) eDNA concentrations via droplet digital PCR.</a> Environ DNA. 2 (2), 152-160 (2020).</li>
<li>Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+filtration+method+on+the+efficiency+of+environmental+DNA+capture+and+quantification+via+metabarcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol+Resour%22%5BJournal%5D)">The effect of filtration method on the efficiency of environmental DNA capture and quantification via metabarcoding.</a> Mol Ecol Resour. 18 (5), 1102-1114 (2018).</li>
<li>Collins, R. A., Wangensteen, O. S., O'Gorman, E. J., Mariani, S., Sims, D. W., Genner, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Persistence+of+environmental+DNA+in+marine+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Persistence of environmental DNA in marine systems.</a> Commun Biol. 1, 185(2018).</li>
<li>Kelly, R. P., Gallego, R., Jacobs-Palmer, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+tides+on+nearshore+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">The effect of tides on nearshore environmental DNA.</a> PeerJ. 6, e4521(2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>직경 4.7cm 필터 멤브레인</td><td>Biosigma S.p.A.</td><td>https://www.biosigma.com/</td> <td>0.45 & mu의 필터 멤브레인; M 다공성, 개별 포장&NBSP;</td></tr><tr><td>4/5 L 진공 플라스크</td><td>Duran</td><td>https://www.duran-bottle-system.com/</td> <td>5 L 마개가 있는 유리 플라스크</td></tr><tr><td>흡수성 종이 패드</td><td>Advantec MFS, Inc.</td><td>https://www.advantecmfs.com/category/absorbent-pads-1</td><td>여과지 흡수 패드, 크기 47mm.</td></tr><tr><td>백인박스(BiB)</td><td>GMV Agricenter S.r.l.</td><td>https://www.gmvagricenter.it/</td> 수<td>도꼭지가 있는 10리터 백인 박스</td></tr> 필터링 <tr><td>실린더&nbsp;</td><td>Sartorius AG</td><td>https://shop.sartorius.com/in/industrial-microbiology-filtration-devices/biosart-100-monitors/p/M_Biosart_100_Monitors#</td><td>Biostart 100 모니터 실린더, 0.45 &mu; M 멤브레인 포함&NBSP;</td></tr><tr><td>씰링 필름</td><td>Merck</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/IN/en/product/sigma/hs234526a?utm_source=bing&utm_medium= cpc& utm_campaign=모두+product_ dsa_WW_%28bing+ebizpfs%29& utm_id=626946489& utm_content= 1166583023365595& msclkid= d2b55b82440b1aef56fc3ca803c 6486f& utm_term=%2Fproduct%2F</td><td>4인치 x 125피트 실험실 밀봉 필름 롤</td></tr><tr><td>진공 펌프</td><td>KNF 그룹</td><td>https://knf.com/en/us</td><td>Laboport 휴대용 진공 펌프 N. 96&nbsp;</td></tr></tbody></table>

부유식 연구실: 환경 dna 분석을 위해 운영 중인 페리에서 해수 샘플을 수집하고 필터링하기 위한 표준 운영 절차

The Floating Lab: Standard Operational Procedure for Collecting and Filtering Seawater Samples from Operating Ferries for Environmental DNA Analysis

설명된 대로 프로토콜을 실행하면 3개의 복제본에 대해 FSS 수를 곱한 수와 동일한 수의 필터가 운영자에 의해 수집됩니다. 각 필터는 양면 중 하나에 생물학적 흔적(환경 DNA)을 유지합니다. eDNA 추출 이후의 분석 단계는 연구 질문, 표적 및 목표에 따라 크게 달라집니다. 예를 들어, Valsecchi et al.9의 파일럿 연구에서 설명된 eDNA 수집 프로토콜은 복제 가능하고 체계적인 해양 거대 동물군 조사의 설계를 허용했습니다. 메타바코드 접근 방식을 사용하고 분석할 두 가지 척추동물 특이적 마커를 선택하여 여러 척추동물 종(경골 물고기, 엘라스모브랜치, 고래류)을 검출할 수 있었습니다. 이러한 결과를 통해 우리는 종의 상대적 풍부도(그림 13)와 공간적 분포를 추론할 수 있었고, 따라서 샘플링된 경로와 영양 구조를 따라 척추동물 군집 구성을 재구성할 수 있었습니다9. 이 접근 방...

부유식 연구실: 환경 DNA 분석을 위해 운영 중인 페리에서 해수 샘플을 수집하고 필터링하기 위한 표준 운영 절차

Genetic tools to retrieve information from environmental DNA traces are well-established for both targeted and taxonomically broad biodiversity ...

the-floating-lab-standard-operational-procedure-for-collecting

Research

연구

JoVE Journal

Environment

환경

이 동영상은 문서 해안 해양 물 샘플을 수집 및 바이오 매스 농도, 핵산 정화, 세포 풍부, 영양 및 추적 가스 분석 등 다양한 어플 리케이션을위한 스트림을 처리하는 방법을.

해수 샘플링 및 수집

물 칼럼에서 0.22μm와 직경 2.7μm 사이의 범위 미생물 바이오 매스의이 동영상은 문서 대형 볼륨 (≥ 20 L) 여과,.

대량 연안 해수 샘플 (20L +) 여과

이 동영상은 문서 소량 (~ 1 L) 물 기둥에서 미생물 바이오 매스의 여과.

연안 해수 샘플을 소량 (1 - 3L)은 여과

여기에서는 외딴 해양 환경에서 유기 및 무기 영양소 가용성과 미생물 및 바이러스 군집의 풍부함 및 구조를 평가하기 위한 포괄적인 프로토콜을 제시합니다.

물 화학 및 해양 미생물에 필드 가이드 - 바다에서 보이지 않는 선수를 해명

수중 환경에서 미량 금속 연구를 위해 물 샘플을 적절하게 수집하고 처리하기 위해서는 "깨끗한 기술"을 사용하는 특별한 주의가 필요합니다. 상세한 미량 금속 연구를 위해 신뢰할 수 있는 환경 모니터링 데이터와 높은 감도의 결과를 얻기 위한 샘플링, 처리 및 분석 절차를 위한 프로토콜이 제시됩니다.

클린 샘플링 및 추적 금속 연구 강 하구 바다의 분석

우리는 깨끗하고 정확한 물 샘플링을 위한 간단하고 비침습적이며 신뢰할 수 있는 방법인 VacuSIP를 소개합니다. 이 시스템은 미립자 및 용해된 화합물의 제거 및 배설을 깨끗하게 측정하기 위해 저서 현탁액 공급기가 현장에서 흡입 및 내쉬는 물을 동시에 수집하기 위해 개발 및 평가되었습니다.

VacuSIP, 개선 INEX 방법에 대한<em&gt; 현장에서</em&gt; 미립자의 측정 및 용존 화합물은 액티브 서스펜션 피더에 의해 처리

필터 카트리지로 물을 여과하고 필터를 제거하기 위해 하우징을 절단하지 않고도 환경 DNA(eDNA)를 추출하는 프로토콜을 설명합니다. 이 프로토콜은 어류의 eDNA를 메타바코딩하기 위해 개발되었지만 다른 유기체의 eDNA에도 적용할 수 있습니다.

여과 물 샘플 및 환경 DNA의 추출을위한 필터 카트리지의 사용

플랑크톤과 중단된 한 입자는 바다 생물 지구 화학적 순환에 중요 한 역할을 재생합니다. 여기, 우리 해 수의 큰 볼륨을 처리 하는 능력 입자와 바다에서 플랑크톤의 다양 한 크기의 컬렉션에 대 한 매우 깨끗 하 고 낮은 스트레스 방법을 제공 한다.

크기 분류 한 해양 플랑크톤과 중단된 한 입자를 수집 하기 위해 매우 깨끗 한 다층 기구

여기에서는 시아노파지(및 그 숙주)를 분리하기 위해 해양 및 담수 생태계의 유쾌한 영역에서 샘플링하는 방법과 단일 유전자형을 풍부하게 하고 바이러스-숙주 상호 작용 역학을 특성화하는 사후 샘플링 프로세스에 대해 설명합니다.

광합성 미생물 및 바이러스의 환경 샘플링: 현장에서 실험실까지

이 프로토콜은 고래 관찰 선박에서 고래류 환경 DNA(eDNA) 샘플을 수집하는 표준화된 작업 흐름을 설명합니다. 연구자와 훈련된 시민 과학자의 실현 가능성을 우선시하며, 환경 조건, 여과 시간, 탁도, 그리고 실내적 물류가 적용의 실질적 한계를 정의합니다.

고래류 모니터링을 위한 고래 관찰 선박에서 채취한 환경 DNA 샘플

배우세요 페리에서 해수 샘플을 수집하고 필터링하여 환경 DNA를 분석하는 방법입니다. 이 프로토콜은 고래류 보호를 위한 해양 생물 다양성 모니터링에 활용됩니다.

부유식 연구실: 환경 DNA 분석을 위해 운영 중인 페리에서 해수 샘플을 수집하고 필터링하기 위한 표준 운영 절차

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