Name: iChip 기술을 사용한 토양 미생물 분리 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-10T13:20:00.000+00:00
Duration: 5 min 33 s
Description: 배우세요 iChip 기술을 사용하여 토양에서 배양 불가능한 미생물을 분리하는 방법을. 이 기법은 새로운 생물농약 후보 물질을 발견하고 지속 가능한 농업을 위한 합성 살균제 대안을 개발하는 데 활용됩니다.

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<meta charset="utf8"></head><body>새로운 미생물 배양을 위한 iChip 방법의 발전

<ol><li>Newman, D. J., Cragg, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+products+as+sources+of+new+drugs+over+the+nearly+four+decades+from+01%2F1981+to+09%2F2019%5BTitle%5D)+AND+%22J+Nat+Prod%22%5BJournal%5D)">Natural products as sources of new drugs over the nearly four decades from 01/1981 to 09/2019.</a> J Nat Prod. 83 (3), 770-803 (2020).</li>
<li>Fouillaud, M., Dufosse, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+secondary+metabolism+and+biotechnology%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Microbial secondary metabolism and biotechnology.</a> Microorganisms. 10 (1), 123(2022).</li>
<li>Rizzetto, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+daptomycin+in+cutaneous+wound+healing%3A+A+narrative+review%5BTitle%5D)+AND+%22Antibiotics%22%5BJournal%5D)">Role of daptomycin in cutaneous wound healing: A narrative review.</a> Antibiotics. 11 (7), 944(2022).</li>
<li>Miethke, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+the+sustainable+discovery+and+development+of+new+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Chem%22%5BJournal%5D)">Towards the sustainable discovery and development of new antibiotics.</a> Nat Rev Chem. 5 (10), 726-749 (2021).</li>
<li>Gunjal, V., Thakare, R., Chopra, S., Reddy, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Teixobactin%3A+A+paving+stone+toward+a+new+class+of+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22J+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">Teixobactin: A paving stone toward a new class of antibiotics.</a> J Med Chem. 63, 12171-12195 (2020).</li>
<li>Atanasov, A. G., Zotchev, S. B., Dirsch, V. M., Supuran, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+products+in+drug+discovery%3A+Advances+and+opportunities%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Natural products in drug discovery: Advances and opportunities.</a> Nat Rev Drug Discov. 20 (3), 200-216 (2021).</li>
<li>Epstein, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phenomenon+of+microbial+uncultivability%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The phenomenon of microbial uncultivability.</a> Curr Opin Microbiol. 16 (5), 636-642 (2013).</li>
<li>Wright, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+irresistible+newcomer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An irresistible newcomer.</a> Nature. 517, 422-444 (2015).</li>
<li>Berdy, B., Spoering, A., Ling, L., Epstein, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+cultivation+of+previously+uncultivable+microorganisms+using+the+ichip%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">In situ cultivation of previously uncultivable microorganisms using the ichip.</a> Nat Protoc. 12 (10), 2232-2242 (2017).</li>
<li>Jung, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triggering+growth+via+growth+initiation+factors+in+nature%3A+A+putative+mechanism+for+in+situ+cultivation+of+previously+uncultivated+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Triggering growth via growth initiation factors in nature: A putative mechanism for in situ cultivation of previously uncultivated microorganisms.</a> Front Microbiol. 12, 537194(2021).</li>
<li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+ichip+for+high-throughput+in+situ+cultivation+of+%26%2334%3Buncultivable%26%2334%3B+microbial+species%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of ichip for high-throughput in situ cultivation of &#34;uncultivable&#34; microbial species.</a> Appl Environ Microbiol. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li>
<li>Megaw, J., Kelly, S. A., Thompson, T. P., Skvortsov, T., Gilmore, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+the+microbial+community+of+a+triassic+halite+deposit+in+Northern+Ireland%3A+An+environment+with+significant+potential+for+biodiscovery%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Lett%22%5BJournal%5D)">Profiling the microbial community of a triassic halite deposit in Northern Ireland: An environment with significant potential for biodiscovery.</a> FEMS Microbiol Lett. 366 (22), fnz242(2019).</li>
<li>Vitorino, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+and+conventional+isolation+techniques+to+obtain+planctomycetes+from+marine+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Novel and conventional isolation techniques to obtain planctomycetes from marine environments.</a> Microorganisms. 9 (10), 2078(2021).</li>
<li>Moote, P., Polo, R. O., Uwiera, R. R. E., Inglis, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+strategies+for+isolation+anaerobic+bacteria+from+the+porcine+intestine%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of strategies for isolation anaerobic bacteria from the porcine intestine.</a> Appl Environ Microbiol. 87 (9), e00088-e00121 (2021).</li>
<li>Vitorino, I. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rhodopirellula+aestuarii+sp.+Nov.%2C+a+novel+member+of+the+genus+rhodopirellula+isolated+from+brackish+sediments+collected+in+the+tagus+river+estuary%2C+Portugal%5BTitle%5D)+AND+%22Syst+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Rhodopirellula aestuarii sp. Nov., a novel member of the genus rhodopirellula isolated from brackish sediments collected in the tagus river estuary, Portugal.</a> Syst Appl Microbiol. 45 (6), 126360(2022).</li>
<li>Ding, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hanstruepera+marina+sp.+Nov.+and+Hanstruepera+flava+sp.+Nov.%2C+two+novel+species+in+the+family+flavobacteriaceae+isolated+by+a+modified+in+situ+cultivation+technique+from+marine+sediment%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Hanstruepera marina sp. Nov. and Hanstruepera flava sp. Nov., two novel species in the family flavobacteriaceae isolated by a modified in situ cultivation technique from marine sediment.</a> Front Microbiol. 13, 957397(2022).</li>
<li>Ling, L. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+antibiotic+kills+pathogens+without+detectable+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A new antibiotic kills pathogens without detectable resistance.</a> Nature. 517 (7535), 455-459 (2015).</li>
<li>Qi, Y. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery%2C+synthesis%2C+and+optimization+of+teixobactin%2C+a+novel+antibiotic+without+detectable+bacterial+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pept+Sci%22%5BJournal%5D)">Discovery, synthesis, and optimization of teixobactin, a novel antibiotic without detectable bacterial resistance.</a> J Pept Sci. 28 (11), e3428(2022).</li>
<li>Piddock, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Teixobactin%2C+the+first+of+a+new+class+of+antibiotics+discovered+by+ichip+technology%5BTitle%5D)+AND+%22J+of+Antimicrob+Chemother%22%5BJournal%5D)">Teixobactin, the first of a new class of antibiotics discovered by ichip technology.</a> J of Antimicrob Chemother. 70 (10), 2679-2680 (2015).</li>
<li>Gong, L., Wong, C. H., Idol, J., Ngan, C. Y., Wei, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultra-long+read+sequencing+for+whole+genomic+DNA+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Ultra-long read sequencing for whole genomic DNA analysis.</a> J Vis Exp. (145), e58954(2019).</li>
<li>Covington, B. C., Xu, F., Seyedsayamdost, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+natural+product+chemist%27s+guide+to+unlocking+silent+biosynthetic+gene+clusters%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biochem%22%5BJournal%5D)">A natural product chemist's guide to unlocking silent biosynthetic gene clusters.</a> Annu Rev Biochem. 90, 763-788 (2021).</li>
<li>Lee, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mini+review%3A+Genome+mining+approaches+for+the+identification+of+secondary+metabolite+biosynthetic+gene+clusters+in+Streptomyces%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Mini review: Genome mining approaches for the identification of secondary metabolite biosynthetic gene clusters in Streptomyces.</a> Comput Mol Biol. 18, 1548-1556 (2020).</li>
<li>Kaeverlein, T., Lewis, K., Epstein, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolating+%26%2334%3Buncultivable%26%2334%3B+microorganisms+in+pure+culture+in+a+simulated+natural+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Isolating &#34;uncultivable&#34; microorganisms in pure culture in a simulated natural environment.</a> Science. 296 (5570), 1127-1129 (2002).</li>
<li>Trcek, J., Mira, N. P., Jarboe, L. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adaptation+and+tolerance+of+bacteria+against+acetic+acid%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Adaptation and tolerance of bacteria against acetic acid.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 99 (15), 6215-6229 (2015).</li>
<li>Kurm, V., Van Der Putten, W. H., Hol, W. H. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cultivation-success+of+rare+soil+bacteria+is+not+influenced+by+incubation+time+and+growth+medium%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+One%22%5BJournal%5D)">Cultivation-success of rare soil bacteria is not influenced by incubation time and growth medium.</a> PLOS One. 14 (1), e0210073(2019).</li>
<li>Buerger, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+scout+hypothesis+and+microbial+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial scout hypothesis and microbial discovery.</a> Appl Environ Microbiol. 78 (9), 3229-3233 (2012).</li>
<li>Lodhi, A. F., Zhang, Y., Adil, M., Deng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+discovery%3A+Combining+isolation+chip+%28ichip%29+technology+and+co-culture+technique%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Antibiotic discovery: Combining isolation chip (ichip) technology and co-culture technique.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 102 (17), 7333-7341 (2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0.1-20 & 마이크로; L 피펫 팁</td><td>VWR</td><td>76322-158</td><td>768</td></tr><tr><td>0.2 mL PCR 튜브</td> 팩 <td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0337</td><td>1000</td></tr><tr><td>0.5-5 mL 단일 채널 피펫</td> 케이스 <td>VWR</td><td>CA11020-004</td><td></td></tr><tr><td>1 L 유리병</td><td>Millipore Sigma</td><td>CLS13951L</td><td>반드시 오토클레이브가 가능해야 합니다.</td></tr><tr><td>100 x 15 mm 페트리 플레이트</td><td>VWR</td><td>25384-342</td><td>500개 케이스</td></tr><tr><td>100% 실리콘 실란트</td><td>Marineland</td><td>31003</td><td></td></tr><tr><td>1000 &micro; L 멀티채널 피펫 팁</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>9401113</td><td>Case of 960</td></tr><tr><td>100-1000 &micro; L 피펫 팁</td><td>VWR</td><td>76322-164</td><td>팩 768</td></tr><tr><td>100-1000 &마이크로; L 싱글채널 피펫</td><td>VWR</td><td>76169-240</td><td></td></tr><tr><td>100-1200 &마이크로; L 멀티채널 피펫</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>46300800</td><td>360 &micro가 있어야 합니다. L 볼륨 용량.&nbsp;</td></tr><tr><td>1-10 &마이크로; L 단일 채널 피펫</td><td>VWR</td><td>76169-232</td><td></td></tr><tr><td>1-5 mL 피펫 팁</td><td>VWR</td><td>CA11020-008</td><td>500</td></tr><tr><td>팩 15 mL 멸균 원심분리 튜브</td><td>VWR</td><td>CA21008-918</td><td>500</td></tr><tr><td>16s rRNA-F 프라이머 케이스 (AGAGTTTGATCCTGGCTCAG) &ndash; 10mM</td><td>통합 DNA 기술</td><td>51-01-19-06</td><td>10 &마이크로; g</td></tr><tr><td>16s rRNA-R 프라이머 (ACGGCTACCTTGTTACGACTT) &ndash; 10mM</td><td>통합 DNA 기술</td><td>51-01-19-07</td><td>10 &마이크로; g</td></tr><tr><td>4mm 코르크 보어</td><td>VWR</td><td>470121-860</td><td></td></tr><tr><td>50mL 멸균 원심분리기 튜브</td><td>VWR</td><td>CA21008-940</td><td>500</td></tr><tr><td>95% 에탄올</td> 케이스 <td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A412-500</td><td>500mL</td></tr><tr><td>96웰 플레이트</td><td>VWR</td><td>10062-900</td><td>100</td></tr><tr><td>오토클레이브</td><td>Cole-Parmer</td><td>UZ-01850-34</td><td>8 L, 115 VAC</td></tr><tr><td>세균학 한천</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>443570010</td><td>1kg</td></tr><tr><td>빈</td><td>Thomas Scientific</td><td>1216H91</td><td>팩당 5</td></tr>개 <tr><td>카사미노산</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>223120</td><td>500g</td></tr><tr><td>카제인 다이제</td>스트 <td>ThermoFisher Scientific</td><td>211610</td><td>500g</td></tr><tr><td>전기형광분석 등급 아가로스</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>J66501.30</td><td>250g</td></tr><tr><td>iBright FL1500 이미징 시스템</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>A44115</td><td></td></tr><tr><td>층류 후드</td><td>CleanTech</td><td>1000-6-A</td><td></td></tr><tr><td>Minion Nanopore Sequencer&nbsp;</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>MinIon Mk1C</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop One/One Microvolume UV-Vis 분광 광도계</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>ND-ONE-W</td><td></td></tr><tr><td>핵분해효소 자유수</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM9937</td><td>10 x 50 mL</td></tr><tr><td>Nucleobond HMW DNA kit</td><td>Takara</td><td>740160.2</td><td></td></tr><tr><td>종이 타월</td><td>VWR</td><td>89402-824</td><td></td></tr><tr><td>Phusion Green Hot Start II High-Fidelity PCR Master Mix</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>F566L</td><td>500 반응</td></tr><tr><td>감자 전분</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>419690025</td><td>2.5kg</td></tr><tr><td>QIAGEN CLC Genomics Workbench 소프트웨어 또는 유사</td><td>Qiagen</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Rapid Barcoding 24 Kit</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>SQK-RBK114.24</td><td></td></tr><tr><td>SimpliAmp thermal cycler</td><td>Applied Biosystems</td><td>A24811</td><td></td></tr><tr><td>멸균 접종 루프 바늘</td><td>VVWR</td><td>76534-512</td><td>1000</td></tr><tr><td>케이스 멸균 수술용 칼날</td><td>VWR</td><td>76457-444</td><td></td></tr><tr><td>SYBR 안전, 또는 유사;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>S33101</td><td></td></tr><tr><td>울트라퓨어 아가로스&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>16500-500</td><td></td></tr><tr><td>Vortex</td><td>VWR</td><td>76549-928</td><td>15 및 50 mL 원심분리기 튜브</td></tr><tr><td>VWR 스테레오 줌 삼안 현미경</td><td>VWR</td><td>89404-476</td><td></td></tr><tr><td>Whatman&nbsp; 핵공&nbsp; 트랙 에칭 멤브레인</td><td>Millipore Sigma</td><td>WHA113502</td><td>L x W 8&nbsp; 안으로. 엑스 10&nbsp; in., 모공 크기 0.03&nbsp; &뮤; 중</td></tr></tbody></table>

ichip 기술을 사용한 토양 미생물 분리

Isolation of Soil Microorganisms Using iChip Technology

프로토콜의 시각적 개요는 그림 1에 나와 있습니다. 성공적인 변형 iChip 실험은 적어도 하나의 플레이트가 웰의 25% 미만에서 성장을 포함하며 제어 웰에서는 성장이 발생하지 않습니다. 성장이 있는 이 수의 우물은 일반적으로 단일 군체가 우물에서 격리되도록 합니다. 또한, 군체의 수 또는 군체를 포함하는 우물의 수는 일련의 희석액에서 준비된 각 후속 플레이트와 함께 10배로 감소해야 합니다. 대표적인 결과가 그림 2에 나와 있습니다. 여기서 플레이트 7과 8은 우물의 25% 미만에서 성장을 포함하기 때문에 성공적인 iChip이며, 콜로니를 포함하는 우물의 비율은 표 1 과 같이 각 플레이트마다 감소합니다. 임상시험의 모든 플레이트에 웰당 하나 이상의 콜로니가 포함되어 있거나 웰에 콜로니가 없는 경우 부정적인 결과를 구성합니다.
<img alt="미생물 분리 워크플로; 실리콘 코팅 플레이트, 원심분리기 튜브, 피펫팅, 배양." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig01.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 1"> 
그림 1: 변형된 iChip을 사용하여 토양 미생물을 배양하기 위한 개략도. (A,B) 플레이트의 구성(2단계). (C) 접종물 준비(3단계). (D,E) iChip 설정(4단계). (F) iChip의 배양(5단계). (지아이) 분리물을 기존 매체로 옮깁니다(6단계). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig01large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>아이칩</td>
			<td>한천 현탁액의 토양 농도</td>
			<td>식민지가 있는 우물</td>
			<td>식민지 형성 단위</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E</td>
			<td>5.0 x 10-6 g / mL</td>
			<td>모두</td>
			<td>셀 수 없을 정도로 많습니다.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>F</td>
			<td>5.0 x 10-7g /mL</td>
			<td>모두</td>
			<td>셀 수 없을 정도로 많습니다.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>G</td>
			<td>5.0 x 10-8g /mL</td>
			<td>22</td>
			<td>22</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>H</td>
			<td>5.0 x 10-9g /mL</td>
			<td>6</td>
			<td>6</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
표 1: 성공적인 iChip 실험의 대표 데이터로, 콜로니를 포함하는 우물의 수가 직렬로 희석될 때마다 감소합니다.
<img alt="마이크로플레이트 분석 다이어그램; 멀티웰 플레이트를 사용한 생화학 분석을 위한 실험 레이아웃." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig02.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 2"> 
그림 2: 두 개의 성공적인 수정된 iChip의 예시적인 결과. iChips는 (A) 세포-한천 혼합물 G로 제조된 플레이트에는 22개의 콜로니가 포함되어 있고 (B) 세포-한천 혼합물 H로 제조된 플레이트에는 혼합물 간의 10배 희석 차이와 일치하는 6개의 콜로니가 포함되어 있는 동일한 실험에서 수행되었습니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig02large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
그림 3A-G와 같이 육안 또는 현미경으로 군체를 시각화할 수 있습니다. 군체는 그림 3B에서 볼 수 있듯이 한천의 표면에서 자라거나 그림 3F의 군체와 같이 한천에 내장될 수 있습니다. 도 3G와 같이 성공적으로 수정된 iChip의 동일한 웰에 두 개의 콜로니가 있는 경우가 있을 수 있습니다. 어떤 경우에는 군체가 충분히 멀리 떨어져 있어 따로 바늘로 뚫고 하반배양할 수 있습니다. 그러나 그림 3G의 물질이 축류 미생물로 쉽게 배양될 수 있을 것 같지는 않습니다. iChip에서 종래의 SMS 매체로 전송되는 콜로니의 예가 그림 4에 나타나 있다.
<img alt="배양에서 박테리아 성장을 분석하는 페트리 접시 실험; 콜로니를 강조하는 현미경 이미지." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig03.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 3"> 
그림 3: 배양 6주 후 iChip에서 자라는 콜로니의 대표적인 현미경 이미지. (A-F) 단일 콜로니가 관찰되며, 이는 하반배양되어야 하며, (G)에서는 두 개의 콜로니가 근접하게 관찰되는데, 이는 축배양으로 얻기 어렵습니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig03large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<img alt="한천 플레이트의 박테리아 콜로니 성장, 미생물학 실험, 페트리 접시 분석." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig04.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 4"> 
그림 4: SMS 한천 플레이트에서 자란 변형된 iChip에서 분리된 박테리아의 대표적인 결과.<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig04large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
변형된 iChip에서 콜로니를 기존 한천 플레이트로 분리하는 능력도 실험의 성공을 결정합니다. 변형된 iChip에서 자라는 모든 콜로니가 기존 플레이트로의 이동에서 살아남는 것은 아닙니다. iChip에서 군체는 성장 인자와 토양 영양분에 노출되어 재배 가능성을 높입니다. 일부 미생물의 경우, 가축화 기간만으로는 기존 조건에서 배양할 수 없습니다. iChip에서 플레이트로의 콜로니 회수율은 실험마다 다르지만, 이 방법은 쉽게 배양할 수 있는 미생물도 배양할 수 있으므로 일부는 플레이트에서 성장해야 합니다. 예를 들어, 그림 2 의 변형된 iChip에는 총 28개의 콜로니가 포함되어 있으며, 하위배양 후 한천 플레이트에서 자란 콜로니의 수는 16개인 반면 12개는 이전에서 살아남지 못했습니다. 그림 4와 같이 전체 크기의 한천 플레이트에서 배양된 후 분리물을 식별하여 추가 연구에 사용할 수 있습니다.
성공적인 변형 iChip 실험은 종 수준에서 알려진 미생물과 다른 미생물을 분리하는 결과를 가져와야 합니다. 알려진 미생물에 대한 각 분리물의 유사성 정도는 분리된 DNA를 알려진 미생물의 게놈과 비교하여 발견됩니다. 각 분리물에 가장 가까운 관련 미생물의 테트라 Z 점수는 유사성 백분율을 설명합니다. 그림 5 는 분리된 12개의 박테리아 중 4개는 새로운 종 이상이고, 2개는 새로운 균주일 가능성이 있으며, 6개는 알려진 미생물임을 보여줍니다. 몇 가지 새로운 종 또는 균주의 회수는 이전에 발표된 iChip 실험과 일치하며, 이는 이러한 변형된 iChip 구조가 새로운 종11의 회수 증가를 방해하지 않음을 나타냅니다.
<img alt="분류학적 참신성 분석 원형 차트; ichip 분리주에서 알려진 6종, 가능한 2종, 4종의 새로운 종." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig05.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 5"> 
그림 5: iChip 실험에서 회수된 분리물의 분류학적 분류 수준. 유사성 비율은 테트라 Z 점수를 기반으로 결정되었으며, 이는 알려진 박테리아에 대한 분리 유사성을 설명하며, &gt;99.9% 유사성은 종 일치를 나타내고, 98.9%-99.9% 유사성은 가능한 새로운 종을 나타내고, &lt;98.9% 유사성은 새로운 종 이상을 나타냅니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig05large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>

iChip 기술을 사용한 토양 미생물 분리

The iChip isolation technique uses an in-situ isolation device that increases the cultivability of previously unculturable microorganisms. Microorganisms ...

isolation-of-soil-microorganisms-using-ichip-technology

Research

연구

JoVE Journal

Biochemistry

생화학

Isotachophoresis (ITP)는 독소 검출에서 샘플 준비에 이르기까지 다양한 애플 리케이션과 강력한 계면 분리 및 preconcentration 기술입니다. 분리와 작은 분자 및 세포 배양 lysate로부터 핵산 정화의 검출 : 우리는 ITP의 물리적 원리와 두 구체적인 예를 들어 응용 프로그램에이 기법을 적용하는 방법론을 검토합니다.

이온의 분리 및 핵산의 정화를위한 온칩 Isotachophoresis

라벨 플라스틱 필름은 "생분해 성"뿌리 덮개로 농업 사용을 위해 상업적으로 사용할 수 있습니다. 경작 매력적인 처리 방법을 나타냅니다 있지만, 현장 조건에서 분해가 제대로 이해된다. 본 연구의 목적은 현장 매장 한 후 플라스틱 뿌리 덮개 필름을 식민지 기본 토양 곰팡이와 박테리아를 분리하는 방법을 개발하는 것이 었습니다.

생분해 성 플라스틱 뿌리 덮개 필름을 부셔 가능성이있는 기본 토양 미생물의 분리가 농업에 사용

박테리아는 그들의 이웃들 미생물의 생리학에 영향을 미칠 가능성이 분비되는 화합물을 생성. 여기에서 우리는 고체 미디어의 바실러스 서브 틸리 스 (Bacillus subtilis)의 형광 전사 기자 균주와 토양 미생물을 혼합하여 화학적으로 매개 종간의 상호 작용을 검출 할 수있는 공 배양 화면을 설명합니다.

화학적 매개 종간의 상호 작용을 검출하는 공 배양을 사용하여

엔토모병원성 진균 콜로니는 테네브리오 미끼, 갤러리아 미끼 및 선택적 인공 배지, 즉 클로람페니콜, 티아벤다졸 및 시클로헥시미드(CTC 배지)로 보충된 효모 추출물이 풍부한 감자 덱스트로스 한천을 사용하여 열대 토양 샘플로부터 분리된다.

토양 샘플에서 엔토모병원성 곰팡이를 분리하는 방법의 비교

이 프로토콜은 7 일 이내에 대규모 토양 샘플 세트에서 효모와 곰팡이 Aspergillus fumigatus를 배양하는 효과적이고 신속한 방법입니다. 이 방법은 실험에 필요한 다양한 인큐베이션 배지 및 온도를 수용하도록 쉽게 변형 될 수 있습니다.

곰팡이 개체군 구조를 조사하기 위해 토양에서 배양 가능한 효모와 곰팡이를 분리합니다.

여기에서, 우리는 재석회화 물질의 분해에 관여하는 곰팡이 균주를 찾기 위해 토양 생물 다양성을 스크리닝하기위한 프로토콜을 제시합니다. 첫째, 휴믹산 또는 리그노셀룰로오스 상에서 성장할 수 있는 곰팡이 균주가 분리된다. 그들의 활성은 효소 분석과 탄화수소 및 플라스틱과 같은 오염 물질에 대해 테스트됩니다.

석회화 물질의 분해에 관여하는 곰팡이에 대한 토양 생물 다양성으로부터의 분리 및 스크리닝

이 프로토콜은 자연 환경에서 난치성 토양 미생물의 현장 배양을 위한 격리 칩(iChip)의 설계 및 사용을 설명합니다. 또한 항균제를 생산하는 토양 박테리아의 현장 재배에 대해서도 설명합니다. 이 프로토콜은 다른 바람직한 특성을 가진 다양한 틈새에서 박테리아를 회수하도록 조정될 수 있습니다.

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이 원고는 특정 올리고뉴클레오티드 유도 농축을 통해 진핵 세포에서 형성된 동족 RNP를 선별하는 방법을 설명합니다. DHX9/RNA 헬리카제 A로 구성된 레트로바이러스 5' 미번역 영역에 결합된 동족 RNP를 분리하여 이 접근법의 적용 가능성을 입증합니다.

올리고 뉴클레오티드 지시 용출을 사용하여 세포에서 동족 RNA 단백질 단지의 분리

미토 콘 드리 아 식물 세포의 단지 작은 백분율은, 그들은 연구의 범위에 대 한 정화 될 필요가 있다. 미토 콘 드리 아 균질, 매우 순화 된 미토 콘 드리 아 분수를 차동 및 밀도 그라데이션 원심 분리 뒤 다양 한 식물 기관에서에서 격리할 수 있습니다.

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여기, 우리는 프로토콜 3 색 smFRET 데이터 및 3D 앙상블 숨겨진 마르코프 모델의 분석을 제시. 이 방법을 과학자 들은 복잡 한 단백질 시스템, cooperativity 또는 서로 상호 작용을 포함 하 여에서 운동 정보를 추출할 수 있습니다.

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배우세요 iChip 기술을 사용하여 토양에서 배양 불가능한 미생물을 분리하는 방법을. 이 기법은 새로운 생물농약 후보 물질을 발견하고 지속 가능한 농업을 위한 합성 살균제 대안을 개발하는 데 활용됩니다.

iChip 기술을 사용한 토양 미생물 분리

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