Name: 인간 질병의 기저에 있는 숙주-마이크로바이옴 상호작용을 분석하기 위해 Galaxy Bioinformatics 플랫폼 내에서 구현된 임상 메타단백질체학 워크플로우 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-10T14:45:00.000+00:00
Duration: 9 min 52 s
Description: 배우세요 Galaxy Bioinformatics 플랫폼에서 임상 메타단백질체학 워크플로우를 활용하여 질병 관련 미생물 단백질을 분석하는 방법. 이 계산적 접근법은 낭포성 섬유증 및 COVID-19 공동감염 연구에 적용되어 미생물 활동이 질병 진행에 미치는 영향을 밝혀냈습니다.

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<meta charset="utf8"></head><body>Galaxy-Enabled Metaproteomics: 숙주-마이크로바이옴 상호 작용에 대한 통찰력

<table><tbody><tr><td>컬렉션 축소</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 5.1.1</td><td>데이터 세트 목록 컬렉션을 단일 파일(목록 순서대로)로 결합데이터</td></tr> <tr><td>세트 연결</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 0.1.1</td><td>파일 꼬리에서 머리</td></tr><tr><td>잘라내기</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 1.0.2</td><td>파일에서 지정된 열 잘라내기(선택)</td></tr><tr><td>FASTA 파일 병합 및 고유 시퀀스 필터링</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 1.2.0</td><td>FASTA 데이터베이스 파일을 함께 연결</td></tr><tr><td>FastaCLI</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 4.0.41+galaxy1</td><td>FASTA 파일에 미끼 시퀀스 추가</td></tr><tr><td>FASTA-to-Tablular</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 1.1.0</td><td>FASTA 형식의 시퀀스를 TAB 구분 형식으로 변환</td></tr><tr><td>Filter</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 1.1.1</td><td>간단한 표현식을 사용하여 열 필터링</td></tr><tr><td>필터 표 형식</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 3.3.0</td><td>라인 필터를 통해 표 형식 파일 필터링</td></tr><tr><td>Galaxy Europe (EU) 서버</td><td>GalaxyP</td><td></td><td>https://usegalaxy.eu/</td></tr> <tr><td>Group</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 2.1.4</td><td>특정 열로 파일 그룹화 및 집계 함수 수행</td></tr><tr><td>식별 매개 변수</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 4.0.41+galaxy1</td><td>SearchGUI/PeptideShaker Learning Pathway에 대한 식별 매개변수 설정</td></tr>: Galaxy GalaxyP <tr><td></td><td></td><td>https://training.galaxyproject.org/training-material/learning-pathways/clinical-metaproteomics.html</td>MaxQuant GalaxyP Galaxy 버전 2.0.3.0+galaxy0(Discovery 모듈)<td>내 임상 메타단백질체학 워크플로우</td></tr><tr><td></td><td></td><td>; Galaxy 버전 1.6.17.0+galaxy4 (정량화 모듈)</td><td>대규모 질량 분석 데이터 파일 분석을 위한 정량적 단백질체학 소프트웨어 패키지</td></tr><tr><td>MetaNovo</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 1.9.4+galaxy4</td><td>질량 분석 분석을 위한 표적 데이터베이스(일치하는 단백질)를 생성하기 위해 FASTA 데이터베이스(알려진 단백질)에 대해 MS/MS 데이터 검색</td></tr><tr><td></td><td>msconvert GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 3.0.20287.2</td><td>질량 분석 파일 변환 및/또는 필터링</td></tr>: <tr><td>MSstatsTMT</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 2.0.0+galaxy1</td><td>R 기반 패키지, 탠덤 질량 태그(TMT) 라벨링을 사용한 샷건 질량 분석 기반 단백질체 실험에서 차등적으로 풍부한 단백질 검출을 위한</td></tr><tr><td>패키지, PepQuery2</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 2.0.2+galaxy0</td><td>펩타이드 중심 검색 엔진, 관심 펩타이드 식별 및/또는 검증을 위한 펩타이드 중심 검색 엔진</td></tr><tr><td>PeptideShaker</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 2.0.33+galaxy1</td><td>단백질 식별을 위해 SearchGUI의 결과 해석</td></tr><tr><td>Protein Database Downloader</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 0.3.4</td><td>지정된 단백질 서열을 FASTA 파일로 다운로드</td></tr><tr><td>Query Tabular</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 3.3.0</td><td>Tabular Files into a&nbsp; SQLite 데이터베이스</td></tr><tr><td>시작</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 1.0.0</td><td>제거 파일에서 지정된 수의 (헤더) 줄</td></tr><tr><td>제거 SearchGUI</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 4.0.41+galaxy1</td><td>MGF 피크 목록에서 검색 엔진 실행 및 펩타이드 셰이커에 입력할 결과 준비</td></tr><tr><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 1.0.4</td><td>선택</td> Unipept <td></td></tr><tr><td></td><td>표현식과 일치하는 줄 선택GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 4.5.1</td><td>트립틱 펩타이드에 대한 UniProt 항목 및 분류 정보 검색</td></tr><tr><td>UniProt</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy 버전 2.3.0</td><td>UniProtKB에서 XML(UniProtXML) 또는 FASTA 파일로 프로테옴 다운로드</td></tr></tbody></table>

인간 질병의 기저에 있는 숙주-마이크로바이옴 상호작용을 분석하기 위해 galaxy bioinformatics 플랫폼 내에서 구현된 임상 메타단백질체학 워크플로우

A Clinical Metaproteomics Workflow Implemented within Galaxy Bioinformatics Platform to Analyze Host-Microbiome Interactions Underlying Human Disease

여기에 설명된 일반 프로토콜은 PTF 샘플(21)의 서브세트로부터 얻어진 MS/MS 파일에 대해 시연되었다. Do et al.21은 Boylan et al.29및 Afiuni-Zadel et al.30에 의해 기술된 절차에 따라 수집된 PTF 샘플에서 4개의 MS/MS 파일을 분석했습니다. 이 워크플로우는 미생물 단백질에 우선순위를 두지만 미생물 단백질과 병행하여 인간 단백질의 특성화를 위한 유연성을 제공합니다21. 이 워크플로우와 변형은 다른 연구에서도 구현되었다 6,20.
관련 종 목록을 선별하기 위해 Do 등은 경추-질 마이크로바이옴을 조사한 이전 연구에서 1...

인간 질병의 기저에 있는 숙주-마이크로바이옴 상호작용을 분석하기 위해 Galaxy Bioinformatics 플랫폼 내에서 구현된 임상 메타단백질체학 워크플로우

Clinical metaproteomics reveals host-microbiome interactions underlying diseases. However, challenges to this approach exist. In particular, the ...

a-clinical-metaproteomics-workflow-implemented-within-galaxy

Research

연구

JoVE Journal

Immunology and Infection

면역학 및 감염학

이 프로토콜은 바닷물에서 수집한 미생물 바이오매스에서 단백질과 DNA를 추출 및 농축한 후 탠덤 질량 분석 기반 단백질체 분석에 적합한 트립틱 펩타이드를 생성하기 위한 것입니다.

수생 미생물 Metaproteomics 워크 플로우 : 탠덤 질량 분석 기반 분석에 적합 트립신 펩티드로 세포

이 프로토콜 자연 유기 물질과 다른 생태계에서 미생물 단백질의 완전 한 쌍 특성에 culminating 보완 분석 및 omics 기술에 대 한 단일 처리량을 설명 합니다. 이 이렇게 강력한 비교 대사 경로 및 변환을 설명 하는 온실 가스 생산 및 환경 변화에 대 한 응답을 예측에 대 한 중요 한 식별 수 있습니다.

복잡 한 자연 유기 물질 혼합물을 특성화에 대 한 단일 처리량 보완 고해상도 분석 기법

OpenProt는 진 핵 게놈의 polycistronic 모델 적용 자유롭게 액세스할 수 있는 데이터베이스입니다. 질량 분석 데이터 집합을 심문 하는 때 여기, 선물이 OpenProt 데이터베이스의 사용에 대 한 프로토콜. OpenProt를 사용 하 여 proteomic 실험의 분석을 위해 데이터베이스 소설과 이전 탐지 단백질의 발견에 대 한 수 있습니다.

질량 분석 기반 Proteomics 분석 소설 단백질을 공개할 OpenProt 데이터베이스를 사용 하 여 비 정식 열려있는 독서 프레임에서 번역

여기에 설명된 16S rRNA 메타게놈 시퀀싱 및 자유롭게 사용할 수 있는 도구를 사용하여 분석하는 미생물군유전체 프로파일링을 위한 간소화된 표준 작동 절차입니다. 이 프로토콜은 미생물군유전체 분야를 새로운 연구자뿐만 아니라 더 높은 해상도에서 박테리아 프로파일링을 달성하기 위한 방법에 대한 업데이트를 요구하는 연구자들에게 도움이 될 것입니다.

2단계 PCR 및 차세대 16S rRNA 유전자 시퀀싱을 사용한 미생물 분석

여기서, 우리는 질량 분광계 기지를 둔 proteomics에 의하여 감염 도중 호스트와 병원체 사이 상호 작용을 프로파일기 위하여 프로토콜을 제시합니다. 이 프로토콜은 단일 실험에서 호스트(예를 들어, 대식세포)와 병원체(예를 들어, Cryptococcus neoformans)의단백질 풍부도의 변화를 측정하기 위해 라벨이 없는 정량화를 사용합니다.

발견 중심의 숙주-병원균 상호 작용을 위한 라벨 프리 정량적 프로테오믹스 워크플로우

여기에 제시된 프로토콜은 고급 통계 분석 접근법에 품질 관리 및 전처리 단계를 포함하여 원시 읽기에서 기능 분석에 RNA-시퀀싱 전사 데이터를 분석하는 완전한 파이프라인을 설명합니다.

호스트-병원체 상호 작용을 조사하기 위한 고처리량 전사 분석

<em&gt; 체외에서</em공부하기&gt; 공동 감염 모델<em&gt; Plasmodium falciparum</em인간의 기본 단핵구 파생 면역 세포에서&gt; - HIV-1 상호 작용

바이러스 또는 세포외 소포체는 표면 항원을 인식하는 항체에 결합된 15nm 자성 나노입자로 면역포획되었습니다. 포획된 비리온 또는 소포는 다른 표면 항원에 대한 형광 항체로 표지되었습니다. 그 결과로 생성된 복합체는 높은 자기장에서 분리되고 형광에 트리거된 기존 유세포 분석기로 분석되었습니다.

비리의 항원 스펙트럼과 세포 외 소포를 분석하는 Virometry 흐름

이 문서에서는 식별하고 세포 내 염색에 의해 쥐의 신장, 대동맥 림프절 내에 존재하는 기능 T 림프구의 하위 집합을 정량화 및 유동 세포 계측법하는 자세한 방법을 제공합니다. 안지오텐신 II 유발 된 고혈압의 모델은 설명 단계별, 절차 및 유동 세포 계측법의 기본 원리 및 세포 내 염색하기 위해 선택되었다.

세포 내 염색 및 유동 세포 계측법은 고혈압의 모델에 쥐 대동맥, 신장 및 림프절에서 림프구 하위 집합을 식별하는

인간의 조직 비보 전 인간 면역 결핍 바이러스 (HIV)의 감염 바이러스 병의 귀중 한 3D 모델을 제공합니다. 여기, 우리는 프로토콜 처리 및 조직 표본에서 인간의 편도 에이즈-1 여성 생식 기 거칠어 감염과 액체 공기 인터페이스에 문화에서 그들을 유지 하는 것을 설명 합니다.

전 비보 인간 면역 결핍 바이러스 1와 Histoculture 인간 림프 조직 및 여성 생식 기 점 막의 감염

배우세요 Galaxy Bioinformatics 플랫폼에서 임상 메타단백질체학 워크플로우를 활용하여 질병 관련 미생물 단백질을 분석하는 방법. 이 계산적 접근법은 낭포성 섬유증 및 COVID-19 공동감염 연구에 적용되어 미생물 활동이 질병 진행에 미치는 영향을 밝혀냈습니다.

인간 질병의 기저에 있는 숙주-마이크로바이옴 상호작용을 분석하기 위해 Galaxy Bioinformatics 플랫폼 내에서 구현된 임상 메타단백질체학 워크플로우

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