Name: 현장 분리 칩을 이용한 난치성 토양 박테리아의 분리 및 배양 (iChip) (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-06T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 7 s
Description: 배우세요 난치성 토양 박테리아를 현장 분리 칩(iChip)을 이용해 고처리량으로 분리 및 배양하는 방법을. 이 기술은 새로운 항균 화합물 발굴에 활용됩니다.

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<ol><li>Ekkers, D. M., Cretoiu, M. S., Kielak, A. M., Van Elsas, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+great+screen+anomaly-a+new+frontier+in+product+discovery+through+functional+metagenomics%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">The great screen anomaly-a new frontier in product discovery through functional metagenomics.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 93 (3), 1005-1020 (2012).</li>
<li>da Cunha, B. R., Fonseca, L. P., Calado, C. R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+discovery%3A+Where+have+we+come+from%2C+where+do+we+go%5BTitle%5D)+AND+%22Antibiotics%22%5BJournal%5D)">Antibiotic discovery: Where have we come from, where do we go.</a> Antibiotics. 8 (2), 8020045(2019).</li>
<li>Rafiq, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Challenges+and+approaches+of+culturing+the+unculturable+archaea%5BTitle%5D)+AND+%22Biology%22%5BJournal%5D)">Challenges and approaches of culturing the unculturable archaea.</a> Biology. 12 (12), 1499(2023).</li>
<li>Miethke, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+the+sustainable+discovery+and+development+of+new+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Chem%22%5BJournal%5D)">Towards the sustainable discovery and development of new antibiotics.</a> Nat Rev Chem. 5 (10), 726-749 (2021).</li>
<li>Liu, X., Wang, M., Nie, Y., Wu, X. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+chip+increases+culturable+bacterial+diversity+and+reduces+cultivation+bias%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation chip increases culturable bacterial diversity and reduces cultivation bias.</a> Curr Microbiol. 78 (5), 2025-2032 (2021).</li>
<li>Bollmann, A., Lewis, K., Epstein, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Incubation+of+environmental+samples+in+a+diffusion+chamber+increases+the+diversity+of+recovered+isolates%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Incubation of environmental samples in a diffusion chamber increases the diversity of recovered isolates.</a> Appl Environ Microbiol. 73 (20), 6386-6390 (2007).</li>
<li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+iChip+for+high-throughput+in+situ+cultivation+of+%26%2334%3Buncultivable%26%2334%3B+microbial+species%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of iChip for high-throughput in situ cultivation of &#34;uncultivable&#34; microbial species.</a> Appl Environ Microbiol. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li>
<li>Polrot, A., Kirby, J. R., Olorunniji, F. J., Birkett, J. W., Sharples, G. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((iChip+increases+the+success+of+cultivation+of+TBT-resistant+and+TBT-degrading+bacteria+from+estuarine+sediment%5BTitle%5D)+AND+%22World+J+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">iChip increases the success of cultivation of TBT-resistant and TBT-degrading bacteria from estuarine sediment.</a> World J Microbiol Biotechnol. 38 (10), (2022).</li>
<li>Jung, D., Liu, L., He, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+in+situ+cultivation+in+marine+microbial+resource+mining%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Life+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Application of in situ cultivation in marine microbial resource mining.</a> Mar Life Sci Technol. 3 (2), 148-161 (2021).</li>
<li>Zhao, J., Shakir, Y., Deng, Y., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+modified+iChip+for+the+cultivation+of+thermo-tolerant+microorganisms+from+the+hot+spring%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of modified iChip for the cultivation of thermo-tolerant microorganisms from the hot spring.</a> BMC Microbiol. 23 (1), (2023).</li>
<li>Piddock, L. J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Teixobactin%2C+the+first+of+a+new+class+of+antibiotics+discovered+by+ichip+technology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Antimicrob+Chemother%22%5BJournal%5D)">Teixobactin, the first of a new class of antibiotics discovered by ichip technology.</a> J Antimicrob Chemother. 70 (10), 2679-2680 (2015).</li>
<li>Lodhi, A. F., Zhang, Y., Adil, M., Deng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+discovery%3A+combining+isolation+chip+%28iChip%29+technology+and+co-culture+technique%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Antibiotic discovery: combining isolation chip (iChip) technology and co-culture technique.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 102 (17), 7333-7341 (2018).</li>
<li>Sessitsch, A., Gyamfi, S., Stralis-Pavese, N., Weilharter, A., Pfeifer, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+isolation+from+soil+for+bacterial+community+and+functional+analysis%3A+evaluation+of+different+extraction+and+soil+conservation+protocols%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">RNA isolation from soil for bacterial community and functional analysis: evaluation of different extraction and soil conservation protocols.</a> J Microbiol Methods. 51 (2), 171-179 (2002).</li>
<li>Enright, D. J., Quaal, R., Verabeehu, A., Nguyen, A., Maddox, J., Glassman, S. I. Evaluating Best Practices for Isolating Pyrophilous Bacteria and Fungi from Burned Soil. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aEnright%2C+DJ+%22bioRxiv%22">bioRxiv</a>. , (2024).</li>
<li>Nkanga, E. J., Hagedorn, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+antibiotic-producing+Streptomyces+inhabiting+forest+soils%5BTitle%5D)+AND+%22Antimicrob+Agents+Chemother%22%5BJournal%5D)">Detection of antibiotic-producing Streptomyces inhabiting forest soils.</a> Antimicrob Agents Chemother. 14, 51-59 (1978).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>3D 프린터</td><td>Protolabs, 미국</td><td>1631-833</td><td>3D 프린팅 서비스 제공업체</td></tr><tr><td>Agarose&nbsp;</td><td>Himedia, 인도</td><td>MB002</td><td>배지 성분</td></tr><tr><td>Casamino Acids</td><td>Sisco, India</td><td>68806</td><td>배지 성분</td></tr><tr><td>카제인 다이제스트&nbsp;</td><td>ASES, 인도</td><td>C5890</td><td>미디어 구성 요소</td></tr><tr><td>폴리카보네이트 멤브레인</td><td>Sterlitech, USA</td><td>PCT00347100</td><td>소모품</td></tr><tr><td>감자 전분</td><td>Himedia, 인도</td><td>GM403</td><td>미디어 구성 요소</td></tr><tr><td>PowerPoint Microsoft</td><td>, 미국</td><td>N/A</td><td>iChip 구성 요소 생성에 사용 예비 설계</td></tr><tr><td>PTC Creo</td><td>PTC, USA</td><td>N/A</td><td>3D 컴퓨터 지원에 사용 iChip 구성 요소 모델링</td></tr><tr><td>Tryptic Soy Broth</td><td>Himedia, India</td><td>M011</td><td>실험실 매체</td></tr><tr><td>What3Words</td><td>What3Words, UK</td><td>N/A</td><td>샘플링 위치의 좌표를 기록하는 데 사용</td></tr></tbody></table>

현장 분리 칩을 이용한 난치성 토양 박테리아의 분리 및 배양 (ichip)

In Situ Isolation and Culturing of Recalcitrant Soil Bacteria using an Isolation Chip (iChip)

이 프로토콜에 사용된 iChip은 그림 1과 같이 설계, 3D 프린팅 및 조립되었습니다. 설명된 프로토콜의 개요는 그림 2에 나와 있습니다. 실험에 사용된 토양 샘플은 인도 라자스탄에 있는 IIT 조드푸르 캠퍼스에서 수집되었습니다. 그 장소의 독특한 세 단어 주소는 'communicate.supervising.recurrence'였습니다. 선택한 장소는 샘플링 당일 기온이 40°C인 반건조 지역이었습니다. 토양 샘플은 한여름에 수집되었습니다. 샘플은 표면 아래 온도가 35°C인 6-7인치 깊이에서 멸균 폴리스티렌 상자에 무균 상태로 수집되었으며 수집 후 24시간 이내에 처리하기 위해 실험실로 가져갔습니다. 그런 다음 적절한 희석액을 추정하기 위해 순차적으로 희석하고 트립틱 대두 한천에 도금했습니다. 토양의 배양 가능한 미생물 밀도는 토양 g당 8 × 106 CFU였습니다. 토양 현탁액의 10-3...

현장 분리 칩을 이용한 난치성 토양 박테리아의 분리 및 배양 (iChip)

Ecosystems harbor millions of environmental microbes, some of them capable of producing biotechnologically relevant products such as enzymes, vitamins, ...

in-situ-isolation-culturing-recalcitrant-soil-bacteria-using-an

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

출처: Petersen, C. 외, 모델 선충 Caenorhabditis elegans의 자연 미생물군 분리 및 특성화. J. Vis. 경험 (2022)이 영상은 Caenorhabditis elegans와 관련된 박테리아 종의 분리와 배양 과정을 보여줍니다. 구슬 기반 C. elegans 용해와 선택적 배양을 통해 다양한 미생물 균주를 분리하여 추가 분석을 할 수 있습니다.

카에노르합디티스 엘레간스 관련 박테리아의 분리 및 배양

라벨 플라스틱 필름은 "생분해 성"뿌리 덮개로 농업 사용을 위해 상업적으로 사용할 수 있습니다. 경작 매력적인 처리 방법을 나타냅니다 있지만, 현장 조건에서 분해가 제대로 이해된다. 본 연구의 목적은 현장 매장 한 후 플라스틱 뿌리 덮개 필름을 식민지 기본 토양 곰팡이와 박테리아를 분리하는 방법을 개발하는 것이 었습니다.

생분해 성 플라스틱 뿌리 덮개 필름을 부셔 가능성이있는 기본 토양 미생물의 분리가 농업에 사용

박테리아는 그들의 이웃들 미생물의 생리학에 영향을 미칠 가능성이 분비되는 화합물을 생성. 여기에서 우리는 고체 미디어의 바실러스 서브 틸리 스 (Bacillus subtilis)의 형광 전사 기자 균주와 토양 미생물을 혼합하여 화학적으로 매개 종간의 상호 작용을 검출 할 수있는 공 배양 화면을 설명합니다.

화학적 매개 종간의 상호 작용을 검출하는 공 배양을 사용하여

현장 미생물 농축 또는 제자리에서 재배 기술을 낮은 바이오 매스 geochemically 극단적인 환경에서 특히 어려운 문화 미생물 taxa의 절연 용이 하 게 수 있습니다. 여기, extracellular 전자 전송 (동유럽 표준시) 수 있는 미생물 긴장을 풍부 하 게 하는 외부 전원 공급 장치를 사용 하지 않고 전기 설정을 설명 합니다.

현장 양극 다 박테리아를 풍부 하 게 각자 서 있는 전기 설정

엔토모병원성 진균 콜로니는 테네브리오 미끼, 갤러리아 미끼 및 선택적 인공 배지, 즉 클로람페니콜, 티아벤다졸 및 시클로헥시미드(CTC 배지)로 보충된 효모 추출물이 풍부한 감자 덱스트로스 한천을 사용하여 열대 토양 샘플로부터 분리된다.

토양 샘플에서 엔토모병원성 곰팡이를 분리하는 방법의 비교

이 프로토콜은 7 일 이내에 대규모 토양 샘플 세트에서 효모와 곰팡이 Aspergillus fumigatus를 배양하는 효과적이고 신속한 방법입니다. 이 방법은 실험에 필요한 다양한 인큐베이션 배지 및 온도를 수용하도록 쉽게 변형 될 수 있습니다.

곰팡이 개체군 구조를 조사하기 위해 토양에서 배양 가능한 효모와 곰팡이를 분리합니다.

여기에서, 우리는 재석회화 물질의 분해에 관여하는 곰팡이 균주를 찾기 위해 토양 생물 다양성을 스크리닝하기위한 프로토콜을 제시합니다. 첫째, 휴믹산 또는 리그노셀룰로오스 상에서 성장할 수 있는 곰팡이 균주가 분리된다. 그들의 활성은 효소 분석과 탄화수소 및 플라스틱과 같은 오염 물질에 대해 테스트됩니다.

석회화 물질의 분해에 관여하는 곰팡이에 대한 토양 생물 다양성으로부터의 분리 및 스크리닝

이 프로토콜은 식물 뿌리에 토양 매개 미생물을 접종하는 전략에 대한 자세한 요약을 제공합니다. 진균 Verticillium longisporum 및 Verticillium dahliae에 대해 예시된 세 가지 상이한 뿌리 감염 시스템이 기술된다. 잠재적 응용 분야와 가능한 다운스트림 분석이 강조되고 각 시스템에 대한 장단점이 논의됩니다.

식물 뿌리를 토양 매개 미생물로 감염시키는 접종 전략

이 논문의 초점은 환경에서 획득한 까다로운 혐기성 미생물을 위한 배지를 만들기 위한 모범 사례를 자세히 설명하는 것입니다. 이러한 방법은 혐기성 배양을 관리하는 데 도움이 되며 찾기 어려운 배양되지 않은 미생물인 "미생물 암흑 물질"의 성장을 지원하는 데 적용할 수 있습니다.

환경적으로 획득한 혐기성 미생물을 배양하기 위한 In Situ Informed Simulated Medium 형식 세트

iChip 기술은 토양에서 새로운 미생물 발견 속도를 높이는 저렴하고 간단한 현장 격리 장치를 사용합니다. 새로운 미생물은 다른 응용 분야 중에서도 토양 미생물 군집 또는 천연 제품 발견과 관련된 추가 연구에 사용할 수 있습니다.

iChip 기술을 사용한 토양 미생물 분리

배우세요 난치성 토양 박테리아를 현장 분리 칩(iChip)을 이용해 고처리량으로 분리 및 배양하는 방법을. 이 기술은 새로운 항균 화합물 발굴에 활용됩니다.

현장 분리 칩을 이용한 난치성 토양 박테리아의 분리 및 배양 (iChip)

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