Name: 해안 습지에서 메탄 순환 미생물 역학 시각화 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-31T14:30:00.000+00:00
Duration: 7 min 26 s
Description: 탐색하세요 남부 텍사스 해안 습지에서 메탄 순환 미생물 유전자의 공간적·계절적 분포를 PCR 및 GIS 시각화 기법으로 분석하는 방법을 배우세요. 환경 요인이 미생물 역학에 미치는 영향을 이해할 수 있습니다.

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<table><tbody><tr><td>0.2 mL PCR 튜브</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0620</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AB0620?SID=srch-srp-AB0620</td></tr><tr><td>0.5 mL PCR 튜브</td><td>Promega</td><td>E4941</td><td>https://www.promega.com/products/biochemicals-and-labware/tips-and-accessories/0_5ml-pcr-tubes/?catNum=E4941</td></tr><tr><td>10 & mu; L 팁</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-187</td><td>Fisherbrand SureGrip 피펫 팁 랙 또는 리로드 시스템 팁 자연스러우; 10&mu; 엘; | Fisher Scientific</td></tr><tr><td>15 mL 원심분리기 튜브</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>14-959-53A</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/falcon-15ml-conical-centrifuge-tubes-5/p-193301</td></tr><tr><td>200 &mu; L 팁</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-190</td><td>Fisherbrand SureGrip 피펫 팁 랙 또는 리로드 시스템 팁 Natural; 200&mu; 엘; | 피셔 사이언티픽</td></tr><tr><td>1000 &mu; L 팁</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-707-402</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sureone-micropoint-pipette-tips-specific-standard-fit/02707402?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kUsQ9Lu0YIq5i4vWege 17qPdtxIYZyvmJH1cDo ARuwereO1V4GLz9UaA lDREALw_wcB& ef_id=C j0KCQiApNW6BhD5ARI sACmEbkUsQ9Lu0YIq5i 4vWege17qPdtxIYZyvmJ H1cDoARuwereO1V4GLz 9UaAlDREALw_wcB:G:s & ppc_id=PLA_goog_2175 7693617_171052169911_02 707402__715434303113_1555 377385658230343& ev_chn=sh op& s_kwcid=AL!4428!3!71543430 3113!! 지!2366517300713!& gad_source=1</td></tr><tr><td>어플라이드 바이오시스템 파워 SYBR 그린 마스터 믹스&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>4368577</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/4368577</td></tr><tr><td>ArcGIS Pro&nbsp;</td><td>Esri</td><td></td><td>https://www.esri.com/en-us/arcgis/products/arcgis-pro/overview?srsltid=AfmBOopatJ4 JvHJfscHRcAaDx0Jz5_Jrl8l5 vYkkBvfOqE-uNSsMghN1</td></tr><tr><td>CFX Duet Real-Time PCR 시스템&nbsp;</td><td>Bio-Rad</td><td>12016265</td><td></td></tr><tr><td>https://www.bio-rad.com/en-us/product/cfx-duet-real-time-pcr-system?ID=97722926-9ed9-16a4-1d83-c92f587e427a Corning Lambda 플러스 단일 채널 피펫터 부피 0.5-10 &mu; L</td><td>시그마-알드리치</td><td>CLS4071-1EA</td><td></td></tr><tr><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4071 코닝&nbsp; 람다&nbsp; 플러스 단일 채널 피펫터 볼륨 100-1000&nbsp; &무; L</td><td>시그마-알드리치</td><td>CLS4075-1EA</td><td></td></tr><tr><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4075 코닝&nbsp; 람다&nbsp; 플러스 단일 채널 피펫터 볼륨 20-200&NBSP; &무; L</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CLS4074-1</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4074</td>EA</tr> 토<tr><td>양 MP</td><td>Biomedical</td><td>116560200-CF</td><td>https://www.mpbio.com/us/116560000-fastdna-spin-kit-for-soil-samp-cf?srsltid=AfmBOoqOxxGilzY3IHNIZR ajegGTr9MoX1oMZUh 3dcbJqe0UvvukY128</td></tr><tr><td>유전자 복사&nbsp; 계산기</td><td>과학 입문서</td><td></td><td>https://scienceprimer.com/copy-number-calculator-for-realtime-pcr&nbsp;.</td></tr><tr><td>고속 탁상용 원심분리기</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>75004241</td><td>https://newlifescientific.com/products/thermo-scientific-sorvall-st16-high-speed-benchtop-centrifuge-75004241?gad_source=1&gclid=Cj0KCQiApN W6BhD5ARIsACmEbkVC_-cCIN9j 20TvYq8iDsBlUR5cPK_1_wN OBEcjMdv-CYVoGCfeOLYaAv enEALw_wcB</td></tr><tr><td>고속 미세 원심분리기</td><td>VWR</td><td>75838-336</td><td>https://us.vwr.com/store/product/20546590/null</td></tr><tr><td>용해 매트릭스 E 튜브&nbsp;</td><td></td><td></td><td>유리 구슬/세라믹 구체 함유 튜브</td></tr><tr><td>마이크로 원심분리기 튜브</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-681-320</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/fisherbrand-low-retention-microcentrifuge-tubes-8/02681320?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACm EbkWbG4_o3oUiGk HJPU-_31-CuexDwQ fmWPnfyhBOf2BHXsy K3fFW1toaAgJbEALw_ wcB& ef_id=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kWbG4_o3oUiGkHJPU- _31-CuexDwQfmWPnfy hBOf2BHXsyK3fFW1toa AgJbEALw_wcB:G:s& ppc _id=PLA_goog_21757693 617_171052169911_0268 1320__715434303113_10 349826094968484711& ev _chn=shop& s_kwcid=AL!4 428!3!715434303113!!! 지!23 66517300713!& gad_source=1</td></tr><tr><td>PCR 마스터 믹스&nbsp;</td><td>Promega</td><td>M7502</td><td>https://www.promega.com/products/pcr/taq-polymerase/master-mix-pcr/?catNum=M7502</td></tr><tr><td>Quantiflour ONE dsDNA 시스템&nbsp;</td><td>프오메가</td><td>E4871</td><td>https://www.promega.com/products/rna-analysis/dna-and-rna-quantitation/quantifluor-one-dsdna-system/?gad_source=1&gbraid=0AAAAAD _rg189yJTY3cxeVqMdu8RPx10 Ma& gclid=CjwKCAjwxNW2BhAk EiwA24Cm9FUgViPNyWq7UfZL VeeoroLAZ5JIP6w07RGK_4D0w oZgAqf-G1XTmxoCxm8QAvD_B wE& catNum=E4871</td></tr><tr><td>퀀투스 형광계&nbsp;</td><td>Promega</td><td>E6150</td><td>https://www.promega.com/products/microplate-readers-fluorometers-luminometers/fluorometers/quantus-fluorometer/?catNum=E6150</td></tr><tr><td>YSI Pro 2030</td><td>YSI 자일렘 브랜드</td><td>603174</td><td>https://www.ysi.com/product/id-p2030/pro2030-kits</td></tr></tbody></table>

해안 습지에서 메탄 순환 미생물 역학 시각화

Visualizing Methane-Cycling Microbial Dynamics in Coastal Wetlands

남부 텍사스의 해안 습지에서 CH4 사이클링 관련 유전자(mcrA, pmoA1, pmoA2 및 mmoX)의 분포와 풍부함을 이해하기 위해 각 샘플에서 추출한 eDNA를 cPCR 및 qPCR로 분석했습니다. 각 바이오마커에 대한 범용 프라이머를 선택하여 이전 연구(표 1)22,34,35,36,37에서 cPCR을 실행하고 샘플 특성 및 환경 조건에 따라 어닐링 온도 및 농도를 최적화하기 위해 수정했습니다. 예를 들어, 16S rRNA, pmoA1 및 pmoA2는 대부분이 표준 어닐링 온도보다 훨씬 낮...

Coastal wetlands are the largest biotic source of methane, where methanogens convert organic matter into methane and methanotrophs oxidize methane, thus ...

visualizing-methane-cycling-microbial-dynamics-in-coastal-wetlands

Research

연구

JoVE Journal

Environment

환경

흐름 cytometric 분석은 순수 문화 조사 및 미생물 지역 사회 역학을 모니터링 귀중 한 입증 했다. 우리는 순수한 문화 및 도전 행렬에서 명확한 매체 뿐만 아니라 복잡 한 사회에 대 한 데이터 분석, 샘플링에서 세 개의 포괄적인 워크플로 각각 제시.

특성화 미생물 역학-Cytometry 워크플로 순수 문화에서 자연 커뮤니티를 기반으로

이 프로토콜 자연 유기 물질과 다른 생태계에서 미생물 단백질의 완전 한 쌍 특성에 culminating 보완 분석 및 omics 기술에 대 한 단일 처리량을 설명 합니다. 이 이렇게 강력한 비교 대사 경로 및 변환을 설명 하는 온실 가스 생산 및 환경 변화에 대 한 응답을 예측에 대 한 중요 한 식별 수 있습니다.

복잡 한 자연 유기 물질 혼합물을 특성화에 대 한 단일 처리량 보완 고해상도 분석 기법

미세 유체 및 밀리유체 설정 내에서 광용해로 동적 화학 적 경관의 생성을위한 프로토콜이 제시된다. 이 방법론은 운동성 행동, 영양소 섭취 또는 미생물의 화학 물질에 대한 적응을 포함한 다양한 생물학적 과정을 단일 세포 및 집단 수준에서 연구하는 데 적합합니다.

미생물 행동을 연구하기 위한 제어된 동적 화학 적 경관 생성

여기서는 질소 질량 균형 모델을 기반으로 로드 아일랜드주 내러갠섯 베이(Narragansett Bay)의 생물학적 생산성 구역을 시각화하는 것을 목표로 합니다. 결과는 저산소증과 부영양화를 줄이기 위해 해안 지역의 영양소 관리에 정보를 제공할 것입니다.

Visualization of Productivity Zones Based on Nitrogen Mass Balance Model in Narragansett Bay, Rhode Island

이 연구는 폐쇄 루프의 주입 챔버에 연결된 휴대용 광학 분석기를 사용하여 수성 샘플의 메탄 가스 농도를 측정하는 방법을 보여줍니다. 그 결과는 기존 기체 크로마토그래피와 유사하며, 특히 원격 현장 연구에 적합한 실용적이고 저렴한 대안을 제시합니다.

광학 분광학 가스 분석기를 사용한 수생 생태계의 용존 메탄 측정

호기성 메탄 산화 박테리아의 자연 서식지에서 발견되는 메탄-산소 카운터 구배를 재현하는 간단한 모델 생태계를 준비하기 위한 프로토콜이 설명되어 있으며, 이를 통해 공간적으로 해결된 맥락에서 박테리아의 생리학을 연구할 수 있습니다. 아가로스 기반 모델 에코시스템과 함께 사용하기 위한 일반적인 생화학 분석에 대한 수정 사항도 설명되어 있습니다.

메탄-산소 카운터 그래디언트에서 메탄영양생물을 배양하기 위한 아가로스 기반 모델 생태계

여기에서는 성장 구조의 전반적인 평가를 위해 나무 표본을 샘플링하는 방법을 설명하는 프로토콜을 제시합니다. 잘 복제되고 해상도가 높은 목재 해부학 및 수목 생태학적 데이터 세트를 생성하는 데 필요한 거시적 및 미시적 준비 및 시각화 기술에 대해 설명합니다.

현대 나이테 연구에서 기술적 인 관점 - Dendroecological 및 목재 해부학 적 도전을 극복하는 방법

이 원고는 차세대 염기서열분석을 위해 DNA 단편을 정제하기 위한 자동화된 겔 크기 선택 접근법을 설명합니다. Ranger Technology는 아가로스 겔 로딩, 전기영동 분석 및 표적 DNA 단편 회수의 전체 프로세스를 완전히 자동화하여 고처리량 및 고품질 차세대 염기서열분석 라이브러리를 가능하게 합니다.

자동 젤 사이즈 선택은 환경 물 샘플에서 준비 차세대 시퀀싱 라이브러리의 질을 향상시키기 위해

실시간 PCR을 통해 해안 퇴적물의 박테리아 16S rRNA 유전자 및 전사체를 정량화하는 프로토콜이 제공됩니다. 이 방법론에는 DNA와 RNA의 공동 추출이 포함됩니다. DNA가 없는 RNA의 제조; 및 표준 곡선 구조를 포함한 RT-q-PCR을 통한 16S rRNA 유전자 및 전사체 정량화.

실시간 PCR에 의한 연안 퇴적물 및 정량 16S의 rRNA의 유전자 및 성적 증명서에서 동시 DNA-RNA 추출

인지질의 지방산 토양 미생물 커뮤니티의 구조에 대한 정보를 제공한다. 우리는 단상 클로로포름 혼합물을 고체상 추출 칼럼을 사용하여 추출한 지질의 분류 및 모세관 가스 크로마토 그래피로 분석 지방산 메틸 에스테르를 생성하기 위해 메탄과 토양 시료로부터 추출하기위한 방법을 제시한다.

추출 및 토양의 미생물 인지질 지방산의 분석

탐색하세요 남부 텍사스 해안 습지에서 메탄 순환 미생물 유전자의 공간적·계절적 분포를 PCR 및 GIS 시각화 기법으로 분석하는 방법을 배우세요. 환경 요인이 미생물 역학에 미치는 영향을 이해할 수 있습니다.

해안 습지에서 메탄 순환 미생물 역학 시각화

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