Name: 췌장 관 세포주에서 pH 변화를 이용한 종양유전자 발현 분석 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-11T14:10:00.000+00:00
Duration: 6 min 24 s
Description: 학습하세요 췌장 관 세포에서 pH 변화가 종양유전자 발현에 미치는 영향을 RNA-seq 분석으로 밝히는 방법을. 산성 환경과 종양유전자 발현의 연관성을 확인하여 췌장암 연구에 새로운 통찰을 제공합니다.

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<ol><li>Franck, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%3A+Moving+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Advanced pancreatic ductal adenocarcinoma: Moving forward.</a> Cancers (Basel). 12 (7), 1955(2020).</li>
<li>Kong, X., Sun, T., Kong, F., Du, Y., Li, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis+and+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Gastrointest+Tumors%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis and pancreatic cancer.</a> Gastrointest Tumors. 1 (3), 123-134 (2014).</li>
<li>Jura, N., Archer, H., Bar-Sagi, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis%2C+pancreatic+adenocarcinoma+and+the+black+box+in-between%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis, pancreatic adenocarcinoma and the black box in-between.</a> Cell Res. 15 (1), 72-77 (2005).</li>
<li>Kloppel, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis%2C+pseudotumors+and+other+tumor-like+lesions%5BTitle%5D)+AND+%22Mod+Pathol%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis, pseudotumors and other tumor-like lesions.</a> Mod Pathol. 20 (Suppl 1), S113-S131 (2007).</li>
<li>Schneider, A., Whitcomb, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hereditary+pancreatitis%3A+a+model+for+inflammatory+diseases+of+the+pancreas%5BTitle%5D)+AND+%22Best+Pract+Res+Clin+Gastroenterol%22%5BJournal%5D)">Hereditary pancreatitis: a model for inflammatory diseases of the pancreas.</a> Best Pract Res Clin Gastroenterol. 16 (3), 347-363 (2002).</li>
<li>Boedtkjer, E., Pedersen, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+acidic+tumor+microenvironment+as+a+driver+of+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Physiol%22%5BJournal%5D)">The acidic tumor microenvironment as a driver of cancer.</a> Annu Rev Physiol. 82, 103-126 (2020).</li>
<li>Coussens, L. M., Werb, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Inflammation and cancer.</a> Nature. 420 (6917), 860-867 (2002).</li>
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<li>Clevers, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((At+the+crossroads+of+inflammation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">At the crossroads of inflammation and cancer.</a> Cell. 118 (6), 671-674 (2004).</li>
<li>Kato,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acidic+extracellular+microenvironment+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell+Int%22%5BJournal%5D)">Acidic extracellular microenvironment and cancer.</a> Cancer Cell Int. 13 (1), 89(2013).</li>
<li>Hegyi, P., Maléth, J., Venglovecz, V., Rakonczay, Z. Jr <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pancreatic+ductal+bicarbonate+secretion%3A+challenge+of+the+acinar+acid+load%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Physiol%22%5BJournal%5D)">Pancreatic ductal bicarbonate secretion: challenge of the acinar acid load.</a> Front Physiol. 2, 36(2011).</li>
<li>Ibrahim-Hashim, A., Estrella, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acidosis+and+cancer%3A+from+mechanism+to+neutralization%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Metastasis+Rev%22%5BJournal%5D)">Acidosis and cancer: from mechanism to neutralization.</a> Cancer Metastasis Rev. 38 (1-2), 149-155 (2019).</li>
<li>Vakkila, J., Lotze, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+necrosis+promote+tumour+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Inflammation and necrosis promote tumour growth.</a> Nat Rev Immunol. 4 (8), 641-648 (2004).</li>
<li>Zepecki, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+human+glioma+cell+migration%2C+tumor+growth%2C+and+stemness+gene+expression+using+a+Lck+targeted+inhibitor%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of human glioma cell migration, tumor growth, and stemness gene expression using a Lck targeted inhibitor.</a> Oncogene. 38 (10), 1734-1750 (2019).</li>
<li>Kim, R. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+lymphocyte-specific+protein+tyrosine+kinase+%28LCK%29+in+the+expansion+of+glioma-initiating+cells+by+fractionated+radiation%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">Role of lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) in the expansion of glioma-initiating cells by fractionated radiation.</a> Biochem Biophys Res Commun. 402 (4), 631-636 (2010).</li>
<li>Hu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Requirement+of+Src+kinases+Lyn%2C+Hck+and+Fgr+for+BCR-ABL1-induced+B-lymphoblastic+leukemia+but+not+chronic+myeloid+leukemia%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Requirement of Src kinases Lyn, Hck and Fgr for BCR-ABL1-induced B-lymphoblastic leukemia but not chronic myeloid leukemia.</a> Nat Genet. 36 (5), 453-461 (2004).</li>
<li>Sharp, N. A., Luscombe, M. J., Clemens, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+c-fgr+proto-oncogene+expression+in+Burkitt%27s+lymphoma+cells%3A+effect+of+interferon+treatment+and+relationship+to+EBV+status+and+c-myc+mRNA+levels%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of c-fgr proto-oncogene expression in Burkitt's lymphoma cells: effect of interferon treatment and relationship to EBV status and c-myc mRNA levels.</a> Oncogene. 4 (8), 1043-1046 (1989).</li>
<li>Hui, A. B., Lo, K. W., Yin, X. L., Poon, W. S., Ng, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+multiple+gene+amplifications+in+glioblastoma+multiforme+using+array-based+comparative+genomic+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Detection of multiple gene amplifications in glioblastoma multiforme using array-based comparative genomic hybridization.</a> Lab Invest. 81 (5), 717-723 (2001).</li>
<li>Fang, Z. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+identification+and+functional+characterization+of+a+novel+ARF6+GTPase-activating+protein%2C+ACAP4%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic identification and functional characterization of a novel ARF6 GTPase-activating protein, ACAP4.</a> Mol Cell Proteomics. 5 (8), 1437-1449 (2006).</li>
<li>Okabe, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+development+and+differentiation+enhancing+factor-like+1+%28DDEFL1%29+as+a+drug+target+for+hepatocellular+carcinomas%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Oncol%22%5BJournal%5D)">Isolation of development and differentiation enhancing factor-like 1 (DDEFL1) as a drug target for hepatocellular carcinomas.</a> Int J Oncol. 24 (1), 43-48 (2004).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>15 mL 눈금이 매겨진 원심분리기 튜브(Falcon)&nbsp;</td><td>타슨스&nbsp;</td><td>500031</td><td>샘플 준비에 사용됩니다&nbsp;</td></tr><tr><td>50 mL 졸업 원심분리기 튜브 (Falcon)</td><td>타슨&nbsp;</td><td>500041</td><td>샘플 준비에 사용됩니다&nbsp;</td></tr><tr><td>Agilent 2100 Bioanalyzer 기기</td><td>RNA</td> 품질 평가를 위한 Agilent <td>Agilent G2938A</td><td>지침&nbsp;</td></tr><tr><td>항생제 항진균 용액 100x 액체</td><td>Himedia</td><td>A002-100 mL</td><td>오염 방지에 사용&nbsp;</td></tr><tr><td>회전 가능한 블레이드가 있는 셀 스크레이퍼</td><td>Himedia&nbsp;</td><td>TCP223</td><td>세포 긁어내기 및 수집</td></tr><tr><td>CO2 incubator&nbsp;</td><td>뉴 브런 즈윅</td><td>갤럭시 170 S</td><td>문화 배양에 사용&nbsp;</td></tr><tr><td>Dulbecco의 변형 독수리 배지(DMEM), 고포도당&nbsp;</td><td>세포 배양에 사용되는</td> <td>Himedia</td><td>AL007S-500 mL</td> 매체</tr><tr><td>Dulbecco's Phosphate Buffered saline 1x</td><td>Himedia</td><td>TL1006-500mL</td><td>cell</td></tr><tr><td>washing Galaxy&nbsp;</td><td>(https://usegalaxy.org)</td><td></td><td>NSG 데이터 처리를 위한 온라인 도구&nbsp;</td></tr><tr><td>HI FBS (원산지: 호주)</td><td>Gibco</td><td>10100-147</td><td>세포 성장에 사용됩니다&nbsp;</td></tr><tr><td>인간 췌관 상피 세포주(HPDEC/ H6C7)</td><td>Addex Bio</td><td>T0018001</td><td>췌관 세포주</td></tr><tr><td>이온 총 RNA-Seq 키트 v2</td><td>Thermo fisher scientific</td><td>4475936</td><td>RNA 샘플 준비 키트</td></tr><tr><td>층류</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Na2HPO4 Diabasic</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3264-250G</td><td>인산나트륨 완충액 준비&nbsp;</td></tr><tr><td>NaH2PO4 Monobasic</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3139-250G</td><td>소듐 포스페이트 버퍼 준비&nbsp;</td></tr><tr><td>NovaSeq 6000</td><td>Illumina</td><td>3376672</td><td>시퀀서&nbsp;</td></tr><tr><td>Nunclon Delta Surface (6-well plate)</td><td>Thermo Scientific</td><td>140675</td>세포 <td>배양&nbsp;</td></tr><tr><td>냉장 탁상용 원심분리기</td><td>Thermo Scientific&nbsp;</td><td>Sorvall ST 8R</td><td>원심분리</td></tr><tr><td>RiboMinus Eukaryote 시스템 v2</td><td>Thermo fisher scientific</td><td>A15026</td><td>rRNA 고갈 키트에 사용됨;</td></tr><tr><td>Rneasy 미니 키트&nbsp;</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>세포에서 Total RNA를 분리하기 위한 키트&nbsp;</td></tr><tr><td>Thermal cycler</td><td>Eppendorf</td><td>E950040025</td><td>PCR 반응&nbsp;</td></tr><tr><td>수조&nbsp;</td><td>Equitron</td><td>#8406M</td><td>시료 해동</td></tr></tbody></table>

췌장 관 세포주에서 ph 변화를 이용한 종양유전자 발현 분석

Oncogene Expression Analysis with Alterations in pH in a Pancreatic Ductal Cell Line

형태학적 변화 산성 매질에서 인간 췌관 세포의 배양은 세포의 형태를 변화시켰습니다. 합류하고 빽빽하게 채워진 세포 패턴으로 인해 산성 조건에서 세포가 분산되었으며 시간이 지남에 따라 세포 사멸이 두드러집니다. 정상적인 배지 함유 세포와 비교했을 때, 관 세포는 줄어들고 크기가 줄었습니다. 부화 6시간 후 사망률의 급격한 변화가 관찰되었습니다. 24시간 후, 세포 수가 감소하고 세포가 스트레스 상태에 있는 것처럼 보였습니다(그림 1, 그림 2 및 그림 3). 따라서, 추가 분석 전에 산성 매질에서 배양 기간을 6시간으로 연장했습니다.
RNA-seq 분석 전사체의 원시 파일은 DOI: 10.17632/kd994sftcs.1의 Mendeley Data(ht...

췌장 관 세포주에서 pH 변화를 이용한 종양유전자 발현 분석

The fourth leading cause of cancer-related death, pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), has a 12% five-year survival rate. This disease has a poor ...

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연구

JoVE Journal

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암 연구

췌장암 생물학의 개선 이해는 매우 췌장암을 치료하는 더 나은 치료 옵션의 개발을 가능하게하기 위해 필요합니다. 이러한 요구를 해결하기 위해, 우리는 사용하여 암 진행의 비 침습 모니터링을 허용 췌장암의 동소 모델을...

췌장암의 진행 발광 동소 모델

여기서, 우리는 중간 엽 세포의 분리에 초점 배아 신생아 및 성인 마우스 조직에서 췌장 미세 세포의 분리 방법을 설명한다. 이 방법은 췌장 개발, 기능 및 종양 형성을 조절하는 외부 신호를 명료하게하기 위하여 세포 유전자 발현 및 단백질 분비를 프로파일 링 할 수있다.

분리 및 유동 세포 계측법에 의해 췌장 중간 엽 세포 분석

주 포상 세포 격리, 단백질 식 또는 활동 변조, 문화, 및 다운 스트림 응용 프로그램은 전에 다량 유용한 vivo 연구 포상-ductal metaplasia (ADM), 췌장암의 개발에는 초기 이벤트.

흉내 낸 고 3 차원 세포 배양에서 췌 장 Acinar-Ductal Metaplasia 조작

이 프로토콜은 프로브 기반 실시간 중합효소 연쇄 반응(PCR), 설포호다민 B(SRB) 분석, 3' 번역되지 않은 영역(3' UTR) 클로닝 및 루시퍼라제 분석제를 사용하여 관심 있는 miRNA의 표적 유전자를 확인하고 miRNA의 기능을 이해합니다.

종양 세포에서 MicroRNA 수준, 기능 및 관련 표적 유전자를 평가하기 위한 시험관 내 프로토콜

이 문서에서는 주어진 환자에게서 다른 견본 중 클론 및 subclonal 변경을 확인하는 방법을 설명합니다. 여기에서 기술된 실험은 특정 종양 모형에 집중하더라도, 접근은 그밖 고형 종양에 광범위하게 적용가능하다.

표적 시퀀싱 접근법을 통한 비교 병변 분석

여기서 우리는 종양의 게놈 메이크업에 기초하여 선택된 표적 치료의 효능을 시험하기 위한 프로토콜을 제시한다. 프로토콜은 구조적인 DNA 재배열의 확인 그리고 검증, 마우스로 환자의 종양의 이식 및 해당 약에 대한 반응을 시험하는 것을 기술합니다.

구조적 DNA 변경 분석 및 환자 유래 제노이식을 사용하여 암에 있는 표적으로 한 치료 시험

췌장액은 인간 췌장암에 대한 바이오마커의 귀중한 공급원입니다. 여기서는 수술 중 수집 절차 방법을 설명합니다. 쥐 모델에서 이 절차를 채택하는 문제를 극복하기 위해 대체 샘플인 종양 간질액을 제안하고 여기에서 분리를 위한 두 가지 프로토콜을 설명합니다.

췌장 선암의 종양 미세 환경을 조사하기위한 근위액 분리

췌장 메타 플라스틱 세포는 췌장 종양을 일으키는 악성 세포의 전구체입니다. 그러나 온전한 생존 가능한 췌장 세포를 분리하는 것은 어렵습니다. 여기에서는 췌장 조직 해리를 위한 효율적인 방법을 제시합니다. 그런 다음 세포를 단일 세포 RNA 염기서열분석(scRNA-seq) 또는 2차원 또는 3차원 공동 배양에 사용할 수 있습니다.

생존 가능한 단일 세포를 분리하기 위한 췌장 조직 해부

이 프로토콜의 목표는 LC3 면역형광 및 LC3 도트 정량화를 통해 췌장암 및 췌장 전초 세포의 자가포식 수준을 결정하는 것입니다.

LC3 면역형광법을 사용하여 두 가지 다른 췌장 세포 모델에서 자가포식 수준 평가

본 프로토콜은 췌관 선암종(PDAC)과 정상 췌관 상피세포를 유도만능줄기세포(iPSC)로 재프로그래밍하는 방법을 설명합니다. 당사는 렌티바이러스 준비부터 안정적인 iPSC 라인 구축에 이르기까지 최적화되고 상세한 단계별 절차를 제공합니다.

췌관 선암을 다능성으로 재프로그래밍

췌장암은 여전히 치료하기 가장 어려운 암 중 하나입니다. 따라서 치료 효능을 평가하는 전임상 모델은 재현 가능하고 임상적으로 관련성이 있어야 합니다. 이 프로토콜은 재현 가능하고 임상적으로 유의미한 탈형성 스페로이드를 생성하기 위한 간단한 공동 배양 절차를 설명합니다.

공동 배양에서 Desmoplastic Three-dimensional Pancreatic Cancer Spheroids 성장

학습하세요 췌장 관 세포에서 pH 변화가 종양유전자 발현에 미치는 영향을 RNA-seq 분석으로 밝히는 방법을. 산성 환경과 종양유전자 발현의 연관성을 확인하여 췌장암 연구에 새로운 통찰을 제공합니다.

췌장 관 세포주에서 pH 변화를 이용한 종양유전자 발현 분석

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