분석 방법의 구조 검색 가능한 데이터베이스를 개발하기 위한 화학정보학 적용

우리는 EPA 과학자들이 분산된 리소스에서 분석 방법을 쉽게 찾을 수 있는 방법을 만들어 과학자들이 인터넷을 샅샅이 뒤지는 데 소요되는 시간을 줄이고 대신 선별된 리소스를 기존 화학 정보학 시스템에 통합할 수 있도록 하고자 합니다. 우리가 구축한 것은 본질적으로 이러한 문서를 추출된 화학 물질에 매핑하는 경량 문서 관리 시스템입니다. 결과적으로 다양한 화학 식별자를 사용하여 수천 가지 분석 방법을 검색하여 해당 화학 물질을 검출하는 데 이미 적용된 방법을 찾을 수 있습니다. 화학 물질에 대한 기존 참조 분석 방법 또는 특정 방법에 대한 좋은 시작 조건 세트를 얻기 위해 커뮤니티에서 검색할 수 있는 분석 방법에 대한 다른 무료 온라인 데이터베이스는 없습니다. 이 프로토콜은 독자에게 AMOS를 사용하여 분석법 개발 작업을 지원하는 유용한 데이터를 수집하는 방법을 알려줍니다. 우리는 분석 방법 데이터를 수집하고 데이터베이스와 애플리케이션에 통합하는 방법에 대해 많은 것을 배웠습니다. 이 수천 개의 문서를 집계하고 관련 화학 물질에 매핑함으로써 이제 이러한 문서의 사용을 탐색하고 과학자들이 쿼리할 수 있는 대규모 언어 AI 모델을 보강할 수 있는 훌륭한 데이터 세트를 갖게 되었습니다.

[해설자] 시작하려면 탐색 모음의 왼쪽 상단에 있는 텍스트 필드 또는 첫 페이지의 검색 필드로 이동하여 물질 이름, CAS 등록 번호, InChIKey 또는 DSSTox 물질 식별자를 입력합니다. Enter 키를 누르거나 검색을 클릭하여 검색을 실행합니다. 결과 테이블에서 행을 선택하여 페이지 오른쪽에 연결된 레코드를 표시합니다. 일괄 검색을 수행하려면 입력 데이터 필드에 DSSTox 물질 식별자 목록을 입력하고 한 줄에 하나의 식별자를 배치합니다. 검색 옵션 아래의 확인란을 사용하여 결과를 필터링하거나 레코드에 추가 정보를 추가합니다. 페이지 하단의 검색을 클릭하여 주어진 물질 목록과 관련된 데이터베이스의 모든 레코드에 대한 정보를 나열하는 스프레드시트 파일을 생성하고 다운로드합니다. 검색이 완료되면 추가 검색을 클릭한 다음 유사성 구조 검색을 클릭합니다. Substance Identifier를 입력하고 필터 최소 물질 유사성을 0.8로 설정한 다음 Search를 클릭하여 탭 테이블을 가져옵니다. 그런 다음 테이블에서 행을 선택하여 검색된 물질과 테이블에서 선택한 물질 간의 구조적 비교를 표시합니다. 분류자 검색을 수행하려면 페이지 맨 위에 있는 필드를 사용하여 첫 번째 분류 수준을 선택합니다. 그런 다음 필드 아래의 버튼을 클릭하여 다음 레벨에 대한 분류 목록을 표시합니다. 두 번째 및 세 번째 수준에 대해 이 프로세스를 반복하고 분류를 선택하고 버튼을 클릭하여 계속할 때마다 이 프로세스를 반복합니다. 네 번째 수준을 선택한 후 아래 버튼을 클릭하여 검색을 실행하고 분류기 분류의 선택한 4개 수준에 속하는 모든 물질을 나열합니다. 메서드 목록 및 팩트 시트 검색을 수행하여 데이터베이스에서 모든 팩트 시트 및 메서드를 검색합니다. 결과 테이블이 로드되면 각 열 상단의 입력 필드를 사용하여 특정 필드별로 데이터를 필터링합니다. 질량 스펙트럼 검색을 수행하려면 대상 물질의 질량 범위를 달튼 단위로 입력하고 오차 한계를 달튼 또는 백만분율로 입력합니다. 피크 유사도에 대한 창의 값을 0.05 Dalton으로 설정합니다. 가스 크로마토그래피-질량 분석법 또는 액체 크로마토그래피-질량 분석법 중 방법론을 선택합니다. 질량 스펙트럼을 질량 대 전하 및 강도 쌍의 목록으로 입력합니다. 모든 필드를 완료한 후 검색 버튼을 클릭하여 사용자가 제공한 스펙트럼을 기반으로 데이터베이스에서 질량 스펙트럼 일치 목록을 검색합니다. 결과 테이블에서 스펙트럼 표시에 대한 행을 선택합니다. 이제 기능 사용 분류를 시각화하려면 클래스 검색 필드를 사용하여 기능 사용 클래스 목록을 검색하십시오. 목록에서 클래스 이름 위로 마우스를 가져가면 그래프에서 해당 노드가 강조 표시됩니다. 그래프를 직접 탐색하는 경우 노드 위로 마우스를 가져가면 클래스에 대한 간단한 설명이 표시되고 해당 노드에 대한 직접 부모 또는 자식 클래스가 강조 표시됩니다. 점토, 양토 및 모래 비율을 기준으로 질감 유형을 분류하는 토양 삼원 플롯과 점토, 양토 및 사질 양토와 같은 레이블이 지정된 영역이 여기에 제시됩니다. 이 분류 도구를 통해 AMOS 사용자는 토양 질감 유형을 관련 팩트 시트, 분석 방법 및 실험 스펙트럼에 연결하여 구성 데이터에서 기능 분류를 기반으로 한 표적 물질 검색에 이르기까지 효율적인 작업 흐름을 촉진할 수 있습니다.