Amplicon Sequencing using the Long-Read Sequencing Technologies

Morwasehla Modjadji; Brendon Coenrad Mann; Johannes Loubser; Jennifer Williams; Janr&#233; Steyn; Elizabeth Maria Streicher; Melanie Grobbelaar; Robin Mark Warren

doi:10.3791/68370

Long-Read Sequencing Technologies를 사용한 Amplicon Sequencing

JoVE Journal
Biochemistry

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JoVE Journal Biochemistry

Amplicon Sequencing using the Long-Read Sequencing Technologies

Long-Read Sequencing Technologies를 사용한 Amplicon Sequencing

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08:57 min

August 29, 2025

DOI: 10.3791/68370-v

Morwasehla Modjadji¹, Brendon Coenrad Mann¹, Johannes Loubser¹, Jennifer Williams¹, Janré Steyn¹, Elizabeth Maria Streicher¹, Melanie Grobbelaar¹, Robin Mark Warren¹

¹Department of Science and Innovation - National Research Foundation Centre of Excellence for Biomedical Tuberculosis Research, South African Medical Research Council Centre for Tuberculosis Research, Division of Molecular Biology and Human Genetics, Faculty of Medicine and Health Sciences,Stellenbosch University

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

이 프로토콜은 긴 판독 시퀀싱 플랫폼을 사용하여 결핵균 의 18개 약물 내성 영역에 대한 표적 심층 시퀀싱에 최적화되었으며, 이어서 장기 판독 데이터용으로 설계된 결핵 특이적 생물정보학 파이프라인으로 분석했습니다.

저는 휴대용 롱리드 시퀀싱이 자원 제한 환경에서 결핵 내성 감수성 결과를 골드 스탠다드 방법과 유사한 정확도로 제공할 수 있는지 조사하여 접근성 높고 고품질 결핵 진단을 발전시킬 수 있는지 연구합니다. 생물정보학 전문 지식 없이 임상 샘플에서 직접 포괄적인 내성 프로파일을 제공함으로써 약물 내성 결핵의 진단 도구로서 표적 차세대 시퀀싱을 활용합니다. 장기 독기 시퀀싱을 활용한 프로토콜은 실시간 내성 검출보다 더 빠른 처리 시간과 간단한 워크플로우를 제공하고, 최소한의 인프라로 자원이 제한된 환경에서 결핵 진단을 포괄적으로 지원하고 발병 추적을 강화할 잠재력을 가지고 있습니다.

우선, 각 암플리콘 샘플의 농도를 기준으로 100나노그램을 계산하고, 필요한 부피를 깨끗한 PCR 튜브로 옮깁니다. 샘플 내 증폭자의 총 질량을 결정하려면 주어진 공식을 사용한다. 뉴클레아제가 없는 물을 사용해 각 샘플의 총 부피를 12.5 마이크로리터로 조절하세요.

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