Name: 애기장대 로제트를 이용한 잎 표면 및 아포플라스틱 RNA의 분리 및 분석에 대한 단계별 가이드 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-08T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 56 s
Description: 학습하세요 애기장대 잎 표면 및 아포플라스틱 RNA 분리 방법을 통해 식물-미생물 상호작용을 연구하는 기술을. 고해상도 전기영동과 Illumina 분석을 활용하여 생물적 스트레스에 반응하는 RNA 동태를 규명합니다.

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<ol><li>Vorholt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+life+in+the+phyllosphere%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial life in the phyllosphere.</a> Nat Rev Microbiol. 10 (12), 828-840 (2012).</li>
<li>Ritpitakphong, U., Falquet, L., Vimoltust, A., Berger, A., M'etraux, J., L'Haridon, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+microbiome+of+the+leaf+surface+of+Arabidopsis+protects+against+a+fungal+pathogen%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">The microbiome of the leaf surface of Arabidopsis protects against a fungal pathogen.</a> New Phytol. 210 (3), 1033-1043 (2016).</li>
<li>Chaudhry, V., Runge, P., Sengupta, P., Doehlemann, G., Parker, J. E., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shaping+the+leaf+microbiota%3A+plant-microbe-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Shaping the leaf microbiota: plant-microbe-microbe interactions.</a> J Exp Bot. 72 (1), 36-56 (2021).</li>
<li>Vacher, C., Hampe, A., Port'e, A. J., Sauer, U., Compant, S., Morris, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phyllosphere%3A+microbial+jungle+at+the+plant-climate+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Rev+Ecol+Evol+Syst%22%5BJournal%5D)">The phyllosphere: microbial jungle at the plant-climate interface.</a> Ann Rev Ecol Evol Syst. 47, 1-24 (2016).</li>
<li>Mahmoudi, M., Almario, J., Lutap, K., Nieselt, K., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+communities+living+inside+plant+leaves+or+on+the+leaf+surface+are+differently+shaped+by+environmental+cues%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+Commun%22%5BJournal%5D)">Microbial communities living inside plant leaves or on the leaf surface are differently shaped by environmental cues.</a> ISME Commun. 4 (1), ycae103(2024).</li>
<li>Borniego, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diverse+plant+RNAs+coat+Arabidopsis+leaves+and+are+distinct+from+apoplastic+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Diverse plant RNAs coat Arabidopsis leaves and are distinct from apoplastic RNAs.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 122 (1), e2409090121(2025).</li>
<li>Ren, B., Wang, X., Duan, J., Ma, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rhizobial+tRNA-derived+small+RNAs+are+signal+molecules+regulating+plant+nodulation%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Rhizobial tRNA-derived small RNAs are signal molecules regulating plant nodulation.</a> Science. 365 (6456), 919-922 (2019).</li>
<li>Chery, M., Drouard, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+tRNA+functions+beyond+their+major+role+in+translation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Plant tRNA functions beyond their major role in translation.</a> J Exp Bot. 74 (7), 2352-2363 (2022).</li>
<li>Panstruga, R., Spanu, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transfer+RNA+and+ribosomal+RNA+fragments-Emerging+players+in+plant-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Transfer RNA and ribosomal RNA fragments-Emerging players in plant-microbe interactions.</a> New Phytol. 241 (2), 567-577 (2024).</li>
<li>Baldrich, P., Rutter, B. D., Karimi, H. Z., Podicheti, R., Meyers, B. C., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+extracellular+vesicles+contain+diverse+small+RNA+species+and+are+enriched+in+10-+to+17-nucleotide+%26%2334%3BTiny%26%2334%3B+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Plant extracellular vesicles contain diverse small RNA species and are enriched in 10- to 17-nucleotide &#34;Tiny&#34; RNAs.</a> Plant Cell. 31 (2), 315-324 (2019).</li>
<li>Rutter, B. D., Rutter, K. L., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+quantification+of+plant+extracellular+vesicles%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">Isolation and quantification of plant extracellular vesicles.</a> Bio Protoc. 7 (17), e2533(2017).</li>
<li>Zhang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OsHSD1%2C+a+hydroxysteroid+dehydrogenase%2C+is+involved+in+cuticle+formation+and+lipid+homeostasis+in+rice%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">OsHSD1, a hydroxysteroid dehydrogenase, is involved in cuticle formation and lipid homeostasis in rice.</a> Plant Sci. 249, 35-45 (2016).</li>
<li>Zhou, L., Ni, E., Yang, J., Zhou, H., Liang, H., Li, J., Jiang, D., Wang, Z., Liu, Z., Zhuang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rice+OsGL1-6+is+involved+in+leaf+cuticular+wax+accumulation+and+drought+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rice OsGL1-6 is involved in leaf cuticular wax accumulation and drought resistance.</a> PLoS One. 8 (5), e65139(2013).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>14-30 nt ssRNA 사다리 마커</td><td>타카라</td><td>3416</td><td></td></tr><tr><td>1.5 mL 미세 원심분리기 튜브</td><td>VWR</td><td>20170-038</td><td></td></tr><tr><td>10mL 무바늘 주사기</td><td>BD</td><td>303347</td><td></td></tr><tr><td>15mL 팔콘 튜브</td><td>VWR</td><td>89039-668</td><td></td></tr><tr><td>15% Mini-PROTEAN TBE-Urea 젤, 10웰/12웰, 30 및 마이크로; L/20 & 마이크로; L</td><td>바이오 래드</td><td>4566053 / 4566055</td><td></td></tr><tr><td>36셀 트레이 인서트</td><td>트루 리프 마켓</td><td></td><td></td></tr><tr><td>40% 아크릴아미드 및 비스-아크릴아미드 용액, 37.5:1</td><td>바이오 래드</td><td>1610148</td><td></td></tr><tr><td>4인치 원형 화분</td><td>트루 리프 마켓</td><td></td><td></td></tr><tr><td>50mL 팔콘 튜브</td><td>VWR</td><td>89039-656</td><td></td></tr><tr><td>50mL 바늘 없는 주사기</td><td>BD</td><td>309653</td><td></td></tr><tr><td>96웰 플레이트 블랙 바닥</td><td>그르니어</td><td>655090</td><td></td></tr><tr><td>아크로디스크 0.22 & M 주사기 필터</td><td>폴</td><td>4192</td><td></td></tr><tr><td>아크로디스크 0.45 &mu; M 주사기 필터</td><td>폴</td><td>4454</td><td></td></tr><tr><td>과황산암모늄(APS)&nbsp;</td><td>시그마-알드리치</td><td>A3678</td><td></td></tr><tr><td>염화칼슘&nbsp;</td><td>시그마-알드리치</td><td>C1016</td><td></td></tr><tr><td>클로로포름(RNase 프리)</td><td>마크롱 정밀 화학</td><td>MK444110</td><td></td></tr><tr><td>투명 플라스틱 돔</td><td>허머트 인터내셔널</td><td>11 3348</td><td>모든 플라스틱 돔을 사용하여 식물을 덮고 습도를 유지할 수 있습니다</td></tr><tr><td>코튼 팁 스틱 의료용</td><td>유린</td><td>에스-21102</td><td></td></tr><tr><td>에탄올(Rnase 프리)</td><td>데콘 연구소, Inc.</td><td>2716GEA</td><td></td></tr><tr><td>프렌치 프레스 커피 메이커, 24 fl oz</td><td>스노우 피크</td><td>CS-111 시리즈</td><td></td></tr><tr><td>구멍이 없는 재배 트레이 10 x 20</td><td>트루 리프 마켓</td><td></td><td></td></tr><tr><td>얼음 양동이&nbsp;</td><td>Schuett-Biotech, 스폰지스</td><td>3-680 052</td><td></td></tr><tr><td>이소프로파놀</td><td>써모 사이언티픽</td><td>149320050</td><td></td></tr><tr><td>JA-14 고정각 로터</td><td>베크만 쿨터; 모델: JA-14</td><td>339247</td><td></td></tr><tr><td>킴와이프</td><td>KCWW, 킴벌리-클라크</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>저범위 ssRNA 라더</td><td>NEB</td><td>N0364S</td><td></td></tr><tr><td>MES 수화물</td><td>시그마-알드리치</td><td>M8250</td><td></td></tr><tr><td>마이크로플레이트 리더</td><td>바이오텍</td><td>&nbsp; 시너지 H1</td><td></td></tr><tr><td>미라클그로</td><td>미라클그로</td><td>24-8-16</td><td>다목적 식물성 식품입니다. 식물을 재배하는 데 사용되는 토양 공급원에 따라 적용을 조정할 수 있습니다.</td></tr><tr><td>Nalgene 센티퓨지 병 250 mL(캡 제외)</td><td>날진</td><td>3120</td><td></td></tr><tr><td>종이 타월</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>파라필름&nbsp; M 랩 필름</td><td>파라필름</td><td>S-25929</td><td></td></tr><tr><td>플라스틱 비커(500mL)</td><td>유린</td><td>S-21658</td><td></td></tr><tr><td>RNase가 없는 글리코겐(20mg/mL)</td><td>써모 사이언티픽</td><td>R0561</td><td></td></tr><tr><td>RootShield Plus WP 생물학적 살균제</td><td>바이오웍스</td><td>68539-9</td><td></td></tr><tr><td>가위</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>실웻 L-77</td><td>파이토테크 연구소</td><td>S7777</td><td>모든 브랜드의 Silwet L-77을 사용할 수 있습니다. 그러나 Silwet은 시간이 지남에 따라 효능을 잃습니다. 일년에 한 번 교체하는 것이 이상적입니다.</td></tr><tr><td>소금</td><td>시그마-알드리치</td><td>S7653</td><td></td></tr><tr><td>부드러운 나일론 헤어 페인트 브러시</td><td>우리. 미술품 공급</td><td>6번</td><td></td></tr><tr><td>스프레이 병</td><td>유린</td><td>에스-7272</td><td>모든 스프레이 병을 사용할 수 있지만 스프레이 설정은 샤워 중이어야 합니다.</td></tr><tr><td>성로 프로페셔널 재배 믹스</td><td>성로</td><td></td><td></td></tr><tr><td>성로 번식 믹스</td><td>성로</td><td></td><td></td></tr><tr><td>SYBR 골드 핵산 젤 염색 (DMSO 10,000x 농축액)</td><td>써모 사이언티픽</td><td>에스11494</td><td></td></tr><tr><td>테메드</td><td>써모 사이언티픽</td><td>17919</td><td></td></tr><tr><td>트리졸 시약</td><td>인비트로젠</td><td>15596026</td><td></td></tr><tr><td>초순수 Dnase/Rnase가 없는 물</td><td>인비트로젠</td><td>10977015</td><td></td></tr><tr><td>요소</td><td>시그마-알드리치</td><td>U5378</td><td></td></tr><tr><td>진공 챔버, 0.20 Cu. Ft.</td><td>SP Scienceware - Bel-Art 제품 - H-B Instrument</td><td>F42031-0000</td><td></td></tr><tr><td>진공 펌프, 3.5 CFM</td><td>이상적인 진공 제품</td><td>P101532</td><td></td></tr><tr><td>저울</td><td>에스칼리</td><td>WBB480535</td><td>이것은 단지 예일 뿐입니다. 모든 저울을 사용할 수 있습니다.</td></tr></tbody></table>

애기장대 로제트를 이용한 잎 표면 및 아포플라스틱 rna의 분리 및 분석에 대한 단계별 가이드

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The surface of plant leaves and intercellular space within leaves (the apoplast) serve as key interfaces for molecular exchange between plants and their ...

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Research

연구

JoVE Journal

Immunology and Infection

면역학 및 감염학

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여기, 우리는 Arabidopsis thaliana 엽초 엽 원형체에 적용된 상호 작용 캡처 프로토콜을 제시한다. 이 방법은 생체 내 UV 가교 결합에 비판적으로 의존하며 생리 환경으로부터 식물 mRNA 결합 단백질의 분리 및 동정을 허용합니다.

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여기, 우리는 식물 성장 행동과 특히 고기를 공부 하 고 재현 가능한 방식에 대 한 프로토콜을 제시. 우리는 변수와 같은 시간 안정적인 조명 조건에서 제공 하는 방법을 보여줍니다. 적절 한 분석은 충분 한 샘플 번호 및 유효한 통계 평가에 따라 달라 집니다.

다른 빛 자질에 애기 thaliana 성장 행동의 분석

여기서, 우리는 식물 병원체에서 RNA 침묵 억제제를 신속하게 스크리닝하는 데 광범위하게 사용될 수 있는 변형된 스크리닝 방법을 제시한다.

식물 병원균의 분비 이펙터에서 RNA 침묵 억제제의 스크리닝 및 식별

리보솜 친화도 정제(TRAP)를 번역하면 장기와 조직의 최소한의 처리로 개발 프로그램을 해부할 수 있습니다. 이 프로토콜은 녹색 형광 단백질(GFP)으로 표적화된 세포로부터 고품질의 RNA를 산출합니다. qRT-PCR 또는 RNA-seq와 같은 다운스트림 분석 도구는 조직 및 세포 유형별 발현 프로파일을 밝힙습니다.

세포 유형 별 척도에서 애기장대 뿌리 개발을 조사하기 위해 리보솜 친화성 정제 (TRAP) 번역

고처리량 scRNA-seq 분석법의 실현 가능성과 효과는 식물 연구에서 단일 세포 시대를 예고합니다. 여기에 제시된 것은 특정 Arabidopsis thaliana 뿌리 세포 유형을 분리하고 후속 전사체 라이브러리 구성 및 분석을 위한 강력하고 완전한 절차입니다.

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