Name: 세틸트리메틸암모늄 브로마이드 기법을 이용한 마이코박테리아 종에서 전체 게놈 디옥시리보핵산 추출 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-12-12T12:40:00.000+00:00
Duration: 6 min 46 s
Description: 배우세요 마이코박테리아에서 CTAB 기법을 이용한 고품질 전체 게놈 DNA 추출 방법을. 두꺼운 세포벽을 가진 미코박테리아에서 효율적인 유전자 특성 분석과 분자 연구를 위한 신뢰할 수 있는 프로토콜입니다.

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<ol><li>FBouso, J. M., Planet, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+non-tuberculous+mycobacteria+whole+genomes+using+an+optimized+DNA+extraction+protocol+for+long-read+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Complete non-tuberculous mycobacteria whole genomes using an optimized DNA extraction protocol for long-read sequencing.</a> BMC Genomics. 20 (1), 793(2019).</li>
<li>Daffé, M., Marrakchi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unraveling+the+structure+of+the+mycobacterial+envelope%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Spectr%22%5BJournal%5D)">Unraveling the structure of the mycobacterial envelope.</a> Microbiol Spectr. 7 (4), 7.4.1(2019).</li>
<li>Wayne, L. G., Sohaskey, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nonreplicating+persistence+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Nonreplicating persistence of Mycobacterium tuberculosis.</a> Annu Rev Microbiol. 55 (1), 139-163 (2001).</li>
<li>Mohammadi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimal+DNA+isolation+method+for+detection+of+non-tuberculous+mycobacteria+by+polymerase+chain+reaction%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Biomed+Res%22%5BJournal%5D)">Optimal DNA isolation method for detection of non-tuberculous mycobacteria by polymerase chain reaction.</a> Adv Biomed Res. 6 (1), 133(2017).</li>
<li>Van Soolingen, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Occurrence+and+stability+of+insertion+sequences+in+Mycobacterium+tuberculosis+complex+strains%3A+Evaluation+of+an+insertion+sequence-dependent+DNA+polymorphism+as+a+tool+in+the+epidemiology+of+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Occurrence and stability of insertion sequences in Mycobacterium tuberculosis complex strains: Evaluation of an insertion sequence-dependent DNA polymorphism as a tool in the epidemiology of tuberculosis.</a> J Clin Microbiol. 29 (11), 2578-2586 (1991).</li>
<li>Wilson, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparation+of+genomic+DNA+from+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Preparation of genomic DNA from bacteria.</a> Curr Protoc Mol Biol. 56 (1), 2.4.1-2.4.5 (2001).</li>
<li>Van Embden, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Strain+identification+of+Mycobacterium+tuberculosis+by+DNA+fingerprinting%3A+Recommendations+for+a+standardized+methodology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Strain identification of Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: Recommendations for a standardized methodology.</a> J Clin Microbiol. 31 (2), 406-409 (1993).</li>
<li>Wang, W. -F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+analysis+of+Mycobacterium+tuberculosis+isolates+and+construction+of+a+Beijing+lineage+reference+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol+Evol%22%5BJournal%5D)">Genomic analysis of Mycobacterium tuberculosis isolates and construction of a Beijing lineage reference genome.</a> Genome Biol Evol. 12 (2), 3890-3905 (2020).</li>
<li>Epperson, L. E., Strong, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+scalable%2C+efficient%2C+and+safe+method+to+prepare+high+quality+DNA+from+mycobacteria+and+other+challenging+cells%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Tuberc+Other+Mycobact+Dis%22%5BJournal%5D)">A scalable, efficient, and safe method to prepare high quality DNA from mycobacteria and other challenging cells.</a> J Clin Tuberc Other Mycobact Dis. 19, 100150(2020).</li>
<li>Warren, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Safe+Mycobacterium+tuberculosis+DNA+extraction+method+that+does+not+compromise+integrity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Safe Mycobacterium tuberculosis DNA extraction method that does not compromise integrity.</a> J Clin Microbiol. 44 (1), 254-256 (2006).</li>
<li>Amaro, A., Duarte, E., Amado, A., Ferronha, H., Botelho, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+three+DNA+extraction+methods+for+Mycobacterium+bovis%2C+Mycobacterium+tuberculosis+and+Mycobacterium+avium+subsp.+avium%5BTitle%5D)+AND+%22Lett+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of three DNA extraction methods for Mycobacterium bovis, Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium avium subsp. avium.</a> Lett Appl Microbiol. 47 (1), 8-11 (2008).</li>
<li>Arslan, N., Demiray-Gurbuz, E., Ozkutuk, N., Esen, N., Özkütük, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+four+different+DNA+isolation+methods+from+MGIT+culture+for+long-read+whole+genome+sequencing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Jundishapur+J+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of four different DNA isolation methods from MGIT culture for long-read whole genome sequencing of Mycobacterium tuberculosis.</a> Jundishapur J Microbiol. 17 (9), e148070(2024).</li>
<li>Opperman, C. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mycobacterium+avium+DNA+extraction%3A+Implications+for+NTM+identification+and+amplicon+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22South+Afr+J+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Mycobacterium avium DNA extraction: Implications for NTM identification and amplicon sequencing.</a> South Afr J Infect Dis. 40 (1), 5(2025).</li>
<li>Froenicke, L. Illumina and Aviti sample and library requirements. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aFroenicke%2C+L+%22DNA+Technol+Core%22">DNA Technol Core</a>. , https://dnatech.ucdavis.edu/illumina-aviti-sample-and-library-requirements (2015).</li>
<li>Froenicke, L. PacBio Revio and Sequel II library prep & sequencing. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aFroenicke%2C+L+%22DNA+Technol+Core%22">DNA Technol Core</a>. , https://dnatech.ucdavis.edu/pacbio-revio-and-sequel-ii-library-prep-sequencing (2016).</li>
<li>Dippenaar, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Droplet-based+whole+genome+amplification+for+sequencing+minute+amounts+of+purified+Mycobacterium+tuberculosis+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Droplet-based whole genome amplification for sequencing minute amounts of purified Mycobacterium tuberculosis DNA.</a> Sci Rep. 14, 9931(2024).</li>
<li>Doig, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+efficacy+of+the+heat-killing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">The efficacy of the heat-killing of Mycobacterium tuberculosis.</a> J Clin Pathol. 55 (10), 778-779 (2002).</li>
<li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+systematic+investigation+of+key+factors+of+nucleic+acid+precipitation+toward+optimized+DNA%2FRNA+isolation%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">A systematic investigation of key factors of nucleic acid precipitation toward optimized DNA/RNA isolation.</a> Biotechniques. 68 (4), 191-199 (2020).</li>
<li>Green, M. R., Sambrook, J., Sambrook, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGreen%2C+MR+%22Molecular+cloning%3A+A+laboratory+manual%22">Molecular cloning: A laboratory manual</a>. , Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor. N.Y. (2012).</li>
<li>Van Soolingen, D., Hermans, P. W., De Haas, P. E., Van Embden, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Insertion+element+IS1081-associated+restriction+fragment+length+polymorphisms+in+Mycobacterium+tuberculosis+complex+species%3A+A+reliable+tool+for+recognizing+Mycobacterium+bovis+BCG%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Insertion element IS1081-associated restriction fragment length polymorphisms in Mycobacterium tuberculosis complex species: A reliable tool for recognizing Mycobacterium bovis BCG.</a> J Clin Microbiol. 30 (7), 1772-1777 (1992).</li>
<li>Doig, C., Seagar, A. L., Watt, B., Forbes, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+efficacy+of+the+heat+killing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">The efficacy of the heat killing of Mycobacterium tuberculosis.</a> J Clin Pathol. 55 (10), 778-779 (2002).</li>
<li>Dippenaar, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+potential+of+Oxford+Nanopore+Technologies+sequencing+for+Mycobacterium+tuberculosis+sequencing%3A+An+assessment+of+R10+flowcells+and+V14+chemistry%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+ONE%22%5BJournal%5D)">Exploring the potential of Oxford Nanopore Technologies sequencing for Mycobacterium tuberculosis sequencing: An assessment of R10 flowcells and V14 chemistry.</a> PLOS ONE. 19 (6), e0303938(2024).</li>
<li>Chang, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+DNA+sequencing+to+quantify+Mycobacterium+tuberculosis+DNA+and+diagnose+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Metagenomic DNA sequencing to quantify Mycobacterium tuberculosis DNA and diagnose tuberculosis.</a> Sci Rep. 12, 16972(2022).</li>
<li>Forbes, J. D., Knox, N. C., Ronholm, J., Pagotto, F., Reimer, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomics%3A+The+next+culture-independent+game+changer%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Metagenomics: The next culture-independent game changer.</a> Front Microbiol. 8, 1069(2017).</li>
<li>Marshall, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+of+isolation+and+identification+of+non-tuberculous+mycobacteria+from+environmental+samples%3A+A+scoping+review%5BTitle%5D)+AND+%22Tuberculosis%22%5BJournal%5D)">Methods of isolation and identification of non-tuberculous mycobacteria from environmental samples: A scoping review.</a> Tuberculosis. 138, 102291(2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1 mL 피펫 팁</td><td>어떤 공급업체든</td><td></td><td></td></tr><tr><td>10 & 마이크로; L 피펫 팁</td><td>어떤 공급업체든</td><td></td><td></td></tr><tr><td>10% 도데실 설페이트 나트륨 (SDS)</td><td>머크 (시그마-알드리치)</td><td>71736-100 ML</td><td></td></tr><tr><td>15 mL 폴리프로필렌 튜브</td><td>어떤 공급업체든</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2ml 튜브와 1.5ml 튜브</td><td>어떤 공급업체든</td><td></td><td></td></tr><tr><td>200 & 마이크로; L 피펫 팁</td><td>어떤 공급업체든</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2-프로판올, 분자 B&</td><td>머크 (시그마-알드리치)</td><td>I9516-1L&nbsp;</td><td>-20 & deg에 저장; C</td></tr><tr><td>37&deg; C 인큐베이터</td><td>어떤 공급업체든</td><td></td><td></td></tr><tr><td>5 M NaCl</td><td>머크 (시그마-알드리치)</td><td>S6546 - 100 ML</td><td></td></tr><tr><td>65&deg; C 인큐베이터</td><td>어떤 공급업체든</td><td></td><td></td></tr><tr><td>아가로스 젤</td><td>머크 (시그마-알드리치)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>바이오-래드 UV 젤 문서 시스템,</td><td>바이오래드</td><td></td><td></td></tr><tr><td>원심분리기(15ml 튜브 50ml용)와 마이크로퓨지(2ml 튜브용)</td><td>어떤 공급업체든</td><td></td><td></td></tr><tr><td>분석을 위한 클로로포름 EMPARTA&REG; ACS</td><td>머크 (시그마-알드리치)</td><td>1070242500</td><td></td></tr><tr><td>클로로포름/이소아밀 알코올 (24:1)</td><td></td><td></td><td>훈풍 후드에서 클로로포름 384ml와 아이소아밀 알코올 16ml를 혼합합니다</td></tr><tr><td>CTAB/NaCl 솔루션</td><td>머크 (시그마-알드리치)</td><td>52370-100 G</td><td>4.1g NaCl을 80ml 증류수에 녹입니다. 저을 때 CTAB 10g을 넣습니다. 65도의 열용액; C 인큐베이터. 증류수를 넣어 부피를 100ml로 조절하세요. 상온에서 최대 6개월간 보관하세요.</td></tr><tr><td>DNA 1 Kb 사다리</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td></td><td></td></tr><tr><td>에틸 알코올, 순도, 200도, MO&</td><td>머크 (시그마-알드리치)</td><td>E7023-500ML</td><td>절대 에탄올 75ml와 증류수 25ml를 섞으세요</td></tr><tr><td>라이소자임 (10 mg/ml)</td><td>머크 (시그마-알드리치)</td><td>10837059001</td><td>상온에 담긴 동온 라이소자임을 증류수로 10 mg/ml로 재구성합니다</td></tr><tr><td>미들브룩 7H9 미디어</td><td>머크 (시그마-알드리치)</td><td>M0178</td><td>액체 매체 준비 시 제조사의 지침을 따르세요</td></tr><tr><td>미들브룩 OADC 농축 6 x 100 ML F&nbsp;</td><td>BD</td><td>212240</td><td></td></tr><tr><td>마이코박테리아 성장 지표관(MGIT) 배지</td><td>BD</td><td>245122</td><td></td></tr><tr><td>나노드롭 시스템</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td></td><td></td></tr><tr><td>P10 피펫</td><td>어떤 공급업체든</td><td></td><td></td></tr><tr><td>P1000 피펫</td><td>어떤 공급업체든</td><td></td><td></td></tr><tr><td>P200 피펫</td><td>어떤 공급업체든</td><td></td><td></td></tr><tr><td>단백질분해효소 K, 재조합, PCR grd 2x250mg&nbsp;</td><td>머크 (시그마-알드리치)</td><td>3115801001</td><td>동화 단백질분해효소 K 바이알을 증류수와 함께 10 mg/ml로 재구성합니다. 알리코트를 2ml 튜브에 -20 & 도에서 냉동하세요; C</td></tr><tr><td>SYBR-세이프</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tris/EDTA (TE) 완충 pH 8.0</td><td>머크 (시그마-알드리치)</td><td>8890-OP 또는 382499997</td><td></td></tr><tr><td>소용돌이</td><td>어떤 공급업체든</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

세틸트리메틸암모늄 브로마이드 기법을 이용한 마이코박테리아 종에서 전체 게놈 디옥시리보핵산 추출

Whole-Genome Deoxyribonucleic Acid Extraction from Mycobacterium Species via the Cetyltrimethylammonium Bromide Technique

Efficient and reliable DNA extraction is a fundamental step in molecular biology, providing high-quality genetic material for downstream applications such ...

whole-genome-deoxyribonucleic-acid-extraction-from-mycobacterium

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

우리는 정화를 위해 세슘 염화물 밀도 기울기 원심 분리 다음 0.22 μm의 Sterivex 필터에 집중 planktonic의 바이오 매스에서 높은 분자량의 게놈의 DNA의 추출을위한 방법을 설명합니다.

0.22 μm의 Sterivex 필터 및 세슘 클로라이드 밀​​도 기울기 원심 분리 장치에서 DNA 추출

토양 미생물 커뮤니티의 높은 분자량과 높은 품질의 게놈 DNA를 분리하는 방법이 설명되어 있습니다.

소일스 및 세디먼츠에서 높은 분자량의 게놈의 DNA의 추출

이 동영상은 포르말린 고정 파라핀 - - 임베디드 물질로부터 DNA 추출을위한 프로토콜을 보여줍니다. 이것은 조직 섹션 크실렌과 deparaffinized하는 멀티 일 절차, 에탄올과 rehydrated 이후 유전자의 특정 또는 게놈 차원의 분석을 위해 DNA를 정화하고 분리 proteinase K로 처리됩니다.

유전과 Epigenetic 분석을위한 파라핀 임베디드 재료에서 DNA 추출

우리는 hypersaline 미생물 매트에서 높은 분자량의 DNA를 추출하기위한 개선된 프로토콜을 제공합니다. 미생물 세포는 DNA 추출 및 정화하기 전에 매트 매트릭스에서 분리됩니다. 이것은 농도, 품질 및 DNA의 크기를 향상시킵니다. 프로토콜은 다른 내화물 샘플에 사용할 수 있습니다.

미생물 매트에서 높은 분자량의 DNA의 추출

의 샘플 준비<em&gt; Mycobacterium 결핵</em핵 자기 공명 Metabolomic의 연구&gt; 압축을 풉니 다

여기 우리는 이중 가닥 DNA 게놈으로 식물 바이러스를 식별 하는 새로운 접근 방식을 제시. 감염 된 잎에서 DNA와 RNA를 추출 하 고 다음-세대 시퀀싱을 수행 표준 방법을 사용 합니다. Bioinformatic 도구 contigs로 시퀀스를 조립 하 고 contigs 바이러스 게놈을 나타내는 식별 분류학 그룹에 게놈을 할당 합니다.

새로운 바이러스 게놈을 발견 감염 된 잎에서 RNA 분석 원유 Virion 추출에 DNA의 결합 분석

여기에 설명된 DNA 추출 프로토콜은 모기에서 고품질의 DNA 추출을 생성하기 위하여 자기 구슬을 사용하여 입니다. 이러한 추출은 다운스트림 차세대 시퀀싱 접근 방식에 적합합니다.

차세대 시퀀싱을 위한 자기 비드 기반 모기 DNA 추출 프로토콜

우리는 수생 서식지에서 탄화수소 분해 박테리아를 분리, 번식 및 특성화하는 과정을 제시합니다. 이 프로토콜은 박테리아 분리, 16S rRNA 방법에 의한 식별 및 탄화수소 분해 가능성 테스트에 대해 설명합니다. 이 기사는 연구자들이 환경 샘플에서 미생물 생물 다양성을 특성화하고 특히 생물학적 정화 가능성이 있는 미생물을 선별하는 데 도움이 될 것입니다.

Isolation, Propagation, and Identification of Bacterial Species with Hydrocarbon Metabolizing Properties from Aquatic Habitats(수생 서식지에서 탄화수소 대사 특성을 가진 박테리아 종의 분리, 번식 및 식별)

이 프로토콜은 DNA 캡처 비드 정제와 결합된 비드 박팅이 Mycobacterium tuberculosis 샘플에서 DNA를 추출하기 위한 빠르고 일관된 방법을 제공하여 차세대 염기서열분석 응용 분야에 효과적인 선택임을 보여줍니다.

맞춤형 버퍼에서 비드 박동을 사용한 Mycobacterial DNA 추출 후 NGS 워크플로우

Mycobacterium tuberculosis의 다운스트림 표적 차세대 염기서열분석을 위해 마그네틱 비드 정제와 결합된 매트릭스 기반 추출 방법을 사용하여 오염이 제거된 객담에서 DNA를 추출하기 위한 최적화된 방법을 제시합니다.

오염이 제거된 객담 샘플에 대한 표적 차세대 염기서열분석을 위한 매트릭스 기반 DNA 추출

여기에서는 Mycobacterium 종을 식별하기 위한 DNA 마이크로어레이 칩 방법을 제시하며, 이는 임상적 사용을 위한 관련 질병의 진단 정확도와 효율성을 향상시킬 것입니다.

DNA Microarray Chip Method에 의한 Mycobacterium 종 동정

배우세요 마이코박테리아에서 CTAB 기법을 이용한 고품질 전체 게놈 DNA 추출 방법을. 두꺼운 세포벽을 가진 미코박테리아에서 효율적인 유전자 특성 분석과 분자 연구를 위한 신뢰할 수 있는 프로토콜입니다.

세틸트리메틸암모늄 브로마이드 기법을 이용한 마이코박테리아 종에서 전체 게놈 디옥시리보핵산 추출

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