Name: 질량분석법을 이용한 후생유전학적 프로파일링을 위한 임상 표본에서 히스톤 추출 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-21T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 54 s
Description: 학습하세요 임상 표본에서 질량분석법을 이용한 히스톤 추출 및 후생유전학적 프로파일링 방법을. 1000개 세포에서 50개 히스톤 변형을 정량하여 암 바이오마커 발굴과 치료 표적 식별에 활용합니다.

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<table><tbody><tr><td><강>화학</강></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>조직학을 위한 Histolemon RS</td><td>카를로 에르바</td><td>454912</td><td>2.5L</td></tr><tr><td>아세토니트릴 (ACN)</td><td>카를로 에르바</td><td>412341</td><td>1L</td></tr><tr><td>탄산암모늄 (AmBic)</td><td>시그마 올드리치</td><td>A6141</td><td>500g</td></tr><tr><td>과황산암모늄(APS)</td><td>WDR</td><td>1.012.010.500</td><td>500g</td></tr><tr><td>아프로티닌 프로테아제 억제제</td><td>시그마 올드리치&nbsp;</td><td>A1153</td><td>5mg</td></tr><tr><td>벤조나제 뉴클레아제</td><td>메르크</td><td>E1014</td><td>25 KU</td></tr><tr><td>비사크릴아미드 30% 37.5 M</td><td>AppliChem</td><td>APA36261000</td><td>1 L</td></tr><tr><td>버퍼 A 0.1% 개미산 함유 dtH2O 내</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>10229884</td><td>500 mL &nbsp;</td></tr><tr><td>버퍼 B 0.1% 개산/80% 아세토니트릴, ddH2O</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>15431423</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>C18 수지</td><td>머 크</td><td>66883-U</td><td>직경 47 mm</td></tr><tr><td>쿠매시 인스턴트 블루</td><td>앱캠</td><td>AB119211</td><td>1 L</td></tr><tr><td>디티오트레이톨(DTT)&nbsp;</td><td>WDR</td><td>441496P</td><td>25g</td></tr><tr><td>에탄올</td><td>카를로 에르바</td><td>414608</td><td>2.5L</td></tr><tr><td>Leupeptin&nbsp; 프로테아제 억제제</td><td>시그마-올드리치 &nbsp;</td><td>L8511</td><td>5mg</td></tr><tr><td>N,N,N&prime;,N&prime;-테트라메틸 에틸렌디아민 (TEMED)</td><td>시그마 올드리치</td><td>1.107.320100</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>NuPAGE LDS 샘플 버퍼</td><td>인비트로젠</td><td>NP0007</td><td>4배</td></tr><tr><td>PBS - 인산염 완충 식염수 &nbsp;</td><td>마이크로젬</td><td>TL1006</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>페닐 이소시아네이트 (PIC)</td><td>시그마 올드리치</td><td>185353</td><td>100g</td></tr><tr><td>페닐메틸설포닐플루오라이드(PMSF) 프로테아제 억제제</td><td>시그마 올드리치&nbsp;</td><td>P7626</td><td>1 g</td></tr><tr><td>프로피온 무수물 (PRO)</td><td>시그마 올드리치</td><td>240311</td><td>50g</td></tr><tr><td>재조합 히스톤 H3.1 인간</td><td>뉴잉글랜드 바이오랩스</td><td>M2503</td><td>1 & 마이크로; g/&micro; L</td></tr><tr><td>시퀀싱 등급 트립신</td><td>프로메가</td><td>V5113</td><td>100 ug</td></tr><tr><td>부티르산나트륨(NaBut) 히스톤 탈아세틸라제 억제제</td><td>머 크</td><td>B5887</td><td>5g</td></tr><tr><td>도데실황산나트륨(SDS)</td><td>시그마 올드리치</td><td>L3771</td><td>100g</td></tr><tr><td>트리에틸암모늄 중탄산염</td><td>시그마 올드리치</td><td>T7408</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>트리플루오로아세트산 (TFA)</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>28904</td><td>1x10mL</td></tr><tr><td>트리스-HCl</td><td>시그마 올드리치</td><td>T3253</td><td>100g</td></tr><tr><td>트리톤 X-100 세제</td><td>시그마-올드리치 &nbsp;</td><td>X100RS</td><td>5g</td></tr><tr><td><강>키트/장비/소프트웨어</강></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>96웰 마이크로플레이트</td><td>코 닝</td><td>PCR-96-FS-C</td><td>비열성, RNASE/Dnase 없는 성분</td></tr><tr><td>저울</td><td>컨</td><td>19024</td><td></td></tr><tr><td>벤치탑 원심분리기</td><td>하레우스 바이오퓨지 연구소</td><td>피코, 23396</td><td></td></tr><tr><td>바이오럽터 초음파 장치</td><td>디아게노드</td><td></td><td></td></tr><tr><td>브랜슨 디지털 소니파이어 250</td><td>에머슨</td><td></td><td></td></tr><tr><td>셀 스트레너 100 및 마이크로; m</td><td>송골매</td><td>352360</td><td></td></tr><tr><td>컨센트레이터 플러스</td><td>에펜도르프</td><td>5305000509</td><td></td></tr><tr><td>Dounce 균질화 장치(예: g&nbsp; 도우스, 휘튼...)</td><td>도운스, 휘튼</td><td></td><td>1 mL 조직 분쇄기</td></tr><tr><td>EASY-nLC 1200 액체 크로마토그래피</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td></td><td></td></tr><tr><td>EASY-Spray HPLC C18 컬럼</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>ES902</td><td>2 & 마이크로; m, 100&nbsp; & Aring;, 75 &micro; m x 25cm</td></tr><tr><td>EpiProfile2.0 스크립트</td><td>https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family</td><td></td><td></td></tr><tr><td>피지 소프트웨어</td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MATLAB</td><td>https://www.mathworks.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>맥스콴트 검색 엔진</td><td>https://maxquant.net/maxquant/</td><td></td><td></td></tr><tr><td>페스텔 A (루스)</td><td>도운스, 휘튼</td><td></td><td></td></tr><tr><td>페스텔 B (타이트)</td><td>도운스, 휘튼</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Q Exactive Plus Orbitrap LC-MS/MS 시스템</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td></td><td></td></tr><tr><td>회전 바퀴</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>11496548</td><td></td></tr><tr><td>메스</td><td>키아토</td><td>13010</td><td></td></tr><tr><td>가위</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>15207266</td><td></td></tr><tr><td>실링 매트</td><td>코 닝</td><td>AM-96-PCR-RD</td><td>자동화 호환</td></tr><tr><td>스윙아웃 로터 원심분리기</td><td>벡만 쿨터</td><td>알레그라 X-15R</td><td></td></tr><tr><td>열믹서 콤팩트</td><td>에펜도르프</td><td>5350</td><td></td></tr><tr><td>소용돌이</td><td>PBI</td><td>바이브로믹스</td><td></td></tr><tr><td>엑스칼리버 소프트웨어</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>옵톤-30965</td><td></td></tr></tbody></table>

질량분석법을 이용한 후생유전학적 프로파일링을 위한 임상 표본에서 히스톤 추출

Extraction of Histones from Clinical Specimens for Epigenetic Profiling by Mass Spectrometry

Extensive experimental evidence supports the role of epigenetic mechanisms in cancer onset, progression, and recurrence. Among these, histone variants and ...

extraction-histones-from-clinical-specimens-for-epigenetic-profiling

Research

연구

JoVE Journal

Cancer Research

암 연구

기본 결합 및 고해상도 질량 분석과 크로 마틴 면역 가교으로 ChroP 접근 방식은 히스톤 수정, 변형 및 기능적으로 구별 염색질 영역에서 시너지 효과가 아닌 histonic 단백질의 복합 단백체 구조를 해부 할 수 있습니다.

ChroP 접근은 염색질의 궤적 특정 프로테오믹스 풍경을 해부하는 칩 및 질량 분석을 결합

이 프로토콜은 질량 분석기 (MS)를 사용하여 히스톤 번역 후 변형을 특성화하기위한 완벽하게 통합 된 워크 플로우를 설명합니다. 워크 플로는 나노 흐름 액체 크로마토 그래피 및 데이터 분석을위한 지침을 사용하여 세포 배양 또는 조직, 히스톤 유도체 및 소화, MS 분석에서 히스톤 정화를 포함한다. 삼일 -이 프로토콜은 2 내에 완성을 위해 설계되었습니다.

히스톤 추출에서 데이터 분석에 : 상향식 질량 분석 사용 히스톤 번역 후 변형 분석을위한 완벽한 워크 플로우

이 문서의 목적은 acetylated 히스톤 잔류물의 정량화와 H3 및 H4 히스톤의 효율적인 정화를 종합적이 고 체계적인 가이드를 제공 하는 것입니다.

H3 및 H4 히스톤 단백질 및 세포와 뇌 조직 Acetylated 히스톤 부호의 부 량의 정화

이 프로토콜은 엔지니어링 가뭄 내성 작물을 돕기 위해 잠재적 후성 유전학 마커역할을 할 수 있는 번역 후 변형 후 프로파일링을 위해 사탕수잎 재료로부터 손상되지 않은 히스톤을 효과적으로 추출하기 위해 개발되었습니다.

잠재적 인 후성 유전학 마커의 하향 식 질량 분광프로파일링을위한 수줌 잎 조직에서 히스톤의 격리

이 프로토콜은 입체 세포 배양 시스템이 거의 생리적 인 상태에서 염색질 변형을 모델링, 치료 및 분석하는 데 어떻게 사용될 수 있는지 설명합니다.

간 조직의 3D 세포 배양 모델에서 히스톤 번역 후 변형의 글로벌 수준 정량화

액체 크로마토그래피, 포획 이온 이동도 분광법 및 비행 시간 질량 분석법(LC-TIMS-ToF MS/MS)을 기반으로 하는 분석 워크플로우는 주요 매개변수(머무름 시간[RT], 충돌 단면[CCS] 및 정확한 질량 대 전하[m/z] 비율)를 기반으로 히스톤 변형 및 식별에 대한 높은 신뢰도와 재현성 있는 "상향식" 분석을 제공합니다.

액체 크로마토그래피, Trapped Ion Mobility Spectrometry 및 Time-Of-Flight Mass Spectrometry를 사용한 Histone Modification Screening

이 방법은 히스톤 단백질형 특성화 및 조사를 위한 간단하고 빠른 전략을 설명합니다.

2D-TAU 젤 전기영동을 이용한 히스톤 프로테오폼 공개

여기서는 동위원소 2-플렉스 표지 전략과 ArgC 소화를 사용하여 단일 세포 히스톤 번역 후 변형 후 분석을 자동화하는 프로토콜을 제시합니다. 이 워크플로우는 단일 세포 해상도에서 염색질 이질성과 후생유전학적 반응을 정량적이고 재현 가능하며 고민도로 프로파일링할 수 있게 합니다.

단일 세포 히스톤 번역 변형(sc-hPTM2)의 다중화 분석을 위한 자동 샘플 준비

여기, 우리는 2 차원 젤 전기 이동 법 (2DE) 질량 분석 (MS) 분리 하 고 좋고 재현할 2DE 패턴 선물 인간의 뇌 adenoma 조직 프로테옴 식별과 함께 제시. 많은 단백질은 고감도 석사의 사용과 복잡 한 암 프로테옴을 분석할 때 각 2DE 자리에 관찰 됩니다.

2 차원 젤 전기 이동 법 질량 분석 방법으로 인간의 뇌 Adenoma 조직 프로테옴의 분석에 대 한 결합

종양 조직에서 높은-품질 게놈 DNA를 얻는 유전 변경 다음 세대 시퀀싱을 사용 하 여 분석 하기 위한 필수적인 첫 번째 단계입니다. 이 문서에서는, 우리는 종양 세포를 풍부 하 게 하 고 그대로 DNA 터치에서 인쇄물 세포학 표본 하는 간단 하 고 빠른 방법을 제시.

터치 인쇄물 세포학을 사용 하 여 병 적인 임상 표본에서 높은-품질 종양 DNA를 간단 하 고 빠른 방법

학습하세요 임상 표본에서 질량분석법을 이용한 히스톤 추출 및 후생유전학적 프로파일링 방법을. 1000개 세포에서 50개 히스톤 변형을 정량하여 암 바이오마커 발굴과 치료 표적 식별에 활용합니다.

질량분석법을 이용한 후생유전학적 프로파일링을 위한 임상 표본에서 히스톤 추출

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