Name: 대규모 데이터 세트에 대한 사용자 친화적이고 강력한 R 분석 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-04T13:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 56 s
Description: 배우세요 RStudio에서 대규모 시계열 데이터를 분석하는 사용자 친화적인 방법을. 식물 생체리듬 및 활성산소 폭발 분석에 적합하며, ANOVA와 t-검정을 통한 강력한 통계 분석을 제공합니다.

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<ol><li>Yamazaki, S., Takahashi, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+luminescence+reporting+of+circadian+gene+expression+in+mammals%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Real-time luminescence reporting of circadian gene expression in mammals.</a> Methods Enzymol. 393 (10), 288-301 (2005).</li>
<li>McClung, C. R., Xie, Q. Measurement of luciferase rhythms in plant circadian networks. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMcClung%2C+CR+%22Circadian+Networks%22">Circadian Networks</a>. Staiger, D. , Springer. New York. 1-11 (2014).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22El+Temps%22">El Temps</a>. , Barcelona. (2020).</li>
<li>Abhilash, L., Sheeba, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RhythmicAlly%3A+Your+R+and+Shiny-based+open-source+ally+for+the+analysis+of+biological+rhythms%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Rhythms%22%5BJournal%5D)">RhythmicAlly: Your R and Shiny-based open-source ally for the analysis of biological rhythms.</a> J Biol Rhythms. 34 (5), 551-561 (2019).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22CAT%3A+Chronomics+Analysis+Toolkit%22">CAT: Chronomics Analysis Toolkit</a>. , University of Minnesota. (2013).</li>
<li>Geissmann, Q., Garcia Rodriguez, L., Beckwith, E. J., Gilestro, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rethomics%3A+An+R+framework+to+analyse+high-throughput+behavioural+data%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rethomics: An R framework to analyse high-throughput behavioural data.</a> PLoS One. 14 (1), e0209331(2019).</li>
<li>ShinyR-DAM. v.3. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22GNU+General+Public+License%22">GNU General Public License</a>. , (2007).</li>
<li>Zielinski, T., Moore, A. M., Troup, E., Halliday, K. J., Millar, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Strengths+and+limitations+of+period+estimation+methods+for+circadian+data%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Strengths and limitations of period estimation methods for circadian data.</a> PLoS One. 9 (5), e96462(2014).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22RStudio%3A+Integrated+Development+for+R%22">RStudio: Integrated Development for R</a>. , Boston, MA. (2020).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22R%3A+A+Language+and+Environment+for+Statistical+Computing.%C2%A0v.4.0.2%22">R: A Language and Environment for Statistical Computing. v.4.0.2</a>. , Vienna, Austria. (2020).</li>
<li>Wu, G., Anafi, R. C., Hughes, M. E., Kornacker, K., Hogenesch, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MetaCycle%3A+An+integrated+R+package+to+evaluate+periodicity+in+large+scale+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MetaCycle: An integrated R package to evaluate periodicity in large scale data.</a> Bioinformatics. 32 (21), 3351-3353 (2016).</li>
<li>Yang, R., Su, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+circadian+expression+data+by+harmonic+regression+based+on+autoregressive+spectral+estimation%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Analyzing circadian expression data by harmonic regression based on autoregressive spectral estimation.</a> Bioinformatics. 26 (12), i168-i174 (2010).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22ggplot2%3A+Elegant+Graphics+for+Data+Analysis%22">ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis</a>. , Springer-Verlag. New York. (2016).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22dplyr%3A+A+Grammar+of+Data+Manipulation%22">dplyr: A Grammar of Data Manipulation</a>. v.1.0.2, (2020).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22magrittr%3A+A+Forward-Pipe+Operator+for+R%22">magrittr: A Forward-Pipe Operator for R</a>. v.2.0.3, (2022).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22stringr%3A+Simple%2C+Consistent+Wrappers+for+Common+String+Operations%22">stringr: Simple, Consistent Wrappers for Common String Operations</a>. v.1.4.0, (2019).</li>
<li>filesstrings: An R Package for File and String Manipulation. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22J+Open+Source+Softw%22">J Open Source Softw</a>. , (2017).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22R+package+%27circular%27%3A+Circular+Statistics%22">R package 'circular': Circular Statistics</a>. v.0.4-95, (2022).</li>
<li>Mazerolle, M. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMazerolle%2C+MJ+%22AICcmodavg%3A+Model+Selection+and+Multimodel+Inference+Based+on+%28Q%29AIC%28c%29%22">AICcmodavg: Model Selection and Multimodel Inference Based on (Q)AIC(c)</a>. , (2023).</li>
<li>broom: Convert Statistical Objects into Tidy Tibbles. , 
 <a target="_blank" href="https://CRAN.R-project.org/package=broom">https://CRAN.R-project.org/package=broom</a> (2023).</li>
<li>Gao, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circadian+regulation+of+the+GLYCINE-RICH+RNA-BINDING+PROTEIN+gene+by+the+master+clock+protein+CIRCADIAN+CLOCK-ASSOCIATED+1+is+important+for+plant+innate+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Circadian regulation of the GLYCINE-RICH RNA-BINDING PROTEIN gene by the master clock protein CIRCADIAN CLOCK-ASSOCIATED 1 is important for plant innate immunity.</a> J Exp Bot. 74 (3), 991-1003 (2023).</li>
<li>Gao, M., Zhang, C., Lu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coronatine+is+more+potent+than+jasmonates+in+regulating+clock%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Coronatine is more potent than jasmonates in regulating clock.</a> Sci Rep. 10 (1), 12862(2020).</li>
<li>Zhang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((LUX+ARRHYTHMO+mediates+crosstalk+between+the+circadian+clock+and+defense+in+Commun%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">LUX ARRHYTHMO mediates crosstalk between the circadian clock and defense in Commun.</a> Nat Commun. 10 (1), 2543(2019).</li>
<li>Straume, M., Frasier-Cadoret, S. G., Johnson, M. L. Least squares analysis of fluorescence data. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aStraume%2C+M+%22Topics+in+Fluorescence+Spectroscopy%22">Topics in Fluorescence Spectroscopy</a>. 2, Plenum. 117-240 (1991).</li>
<li>Cal-Kayitmazbatir, S., Francey, L. J., Lee, Y., Liu, A. C., Hogenesch, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PSMD11+modulates+circadian+clock+function+through+PER+and+CRY+nuclear+translocation%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">PSMD11 modulates circadian clock function through PER and CRY nuclear translocation.</a> PLoS One. 18 (3), e0283463(2023).</li>
<li>Zhang, E. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genome-wide+RNAi+screen+for+modifiers+of+the+circadian+clock+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A genome-wide RNAi screen for modifiers of the circadian clock in human cells.</a> Cell. 139 (1), 199-210 (2009).</li>
<li>Baggs, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+features+of+the+mammalian+circadian+clock%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">Network features of the mammalian circadian clock.</a> PLoS Biol. 7 (3), e52(2009).</li>
<li>Zipfel, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+disease+resistance+in+Arabidopsis+through+flagellin+perception%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Bacterial disease resistance in Arabidopsis through flagellin perception.</a> Nature. 428 (6984), 764-767 (2004).</li>
<li>Kunze, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+N+terminus+of+bacterial+elongation+factor+Tu+elicits+innate+immunity+in+Arabidopsis+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The N terminus of bacterial elongation factor Tu elicits innate immunity in Arabidopsis plants.</a> Plant Cell. 16 (12), 3496-3507 (2004).</li>
<li>Fabian, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+flowering+time+regulator+FLK+controls+pathogen+defense+in+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">The flowering time regulator FLK controls pathogen defense in Arabidopsis thaliana.</a> Plant Physiol. 191 (4), 2461-2474 (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>R</td><td>R 프로젝트</td><td><a href="https://www.r-project.org/">https://www.r-project.org/&nbsp; </a></td><td>온라인에서 다운로드할 수 있는 무료 오픈소스 플랫폼으로, 특히 통계 작성에 활용할 수 있습니다.</td></tr><tr><td>Rstudio</td><td>포싯 소프트웨어</td><td><a href="https://posit.co/download/rstudio-desktop/">https://posit.co/download/rstudio-desktop/&nbsp; </a></td><td>R에 더 사용자 친화적인 접근을 위해 온라인에서 다운로드할 수 있는 무료 소프트웨어입니다.</td></tr><tr><td>메타사이클</td><td>강우, 자비에 리, 매튜 칼루치, 론 아나피, 마이클 휴즈, 칼 코르나커, 존 호게네쉬</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/MetaCycle/vignettes/implementation.html">https://cran.r-project.org/web/packages/MetaCycle/vignettes/implementation.html&nbsp; </a></td><td>MetaCycle 패키지의 ARSER 알고리즘은 클럭 매개변수, 주기, 위상 및 진폭을 평가하는 데 사용됩니다.&nbsp;</td></tr><tr><td>GGPLOT2</td><td>포싯 소프트웨어</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/index.html&nbsp; </a></td><td>특히 통계 그래픽을 위한 데이터 시각화를 생성합니다.</td></tr><tr><td>DPLYR</td><td>포싯 소프트웨어</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/dplyr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/dplyr/index.html&nbsp; </a></td><td>효율적인 데이터 조작을 위한 기본 R 라이브러리입니다.</td></tr><tr><td>마그리트르</td><td>포싯 소프트웨어</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/magrittr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/magrittr/index.html&nbsp; </a></td><td>코드 가독성을 높이고 데이터 연산의 보다 자연스러운 흐름을 촉진하는 연산자 세트를 제공합니다.</td></tr><tr><td>스트링어</td><td>포싯 소프트웨어</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/stringr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/stringr/index.html&nbsp; </a></td><td>문자열 작업을 위한 일관되고 단순하며 사용하기 쉬운 기능 집합을 제공합니다.</td></tr><tr><td>파일스트링</td><td>로리 놀란과 세르지 파딜라-파라</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/filesstrings/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/filesstrings/index.html&nbsp; </a></td><td>특히 파일 이름과 경로와 관련된 파일과 문자열을 조작하는 편리한 기능을 제공합니다.</td></tr><tr><td>원형</td><td>울릭 룬드, 클라우디오 아고스티넬리, 아라이 히로요시, 알레산도 가글리아르디, 에두아르도 가르치&아쿠테; 포르투구어와 고리; 디미트리 준치, 장-올리비에 아이리송, 매튜 포체르니히, 페데리코 로톨로</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/circular/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/circular/index.html&nbsp; </a></td><td>순환 데이터의 통계 분석 및 그래픽 표현을 제공합니다.</td></tr><tr><td>AICcmodavg</td><td>마크 J. 마제롤</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/AICcmodavg/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/AICcmodavg/index.html&nbsp; </a></td><td>아카이케 정보 기준(AIC) 및 관련 정보를 기반으로 모델 선택 테이블을 생성합니다.&nbsp;</td></tr><tr><td>빗자루</td><td>포싯 소프트웨어</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/broom/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/broom/index.html&nbsp; </a></td><td>다양한 통계 모델과 객체의 출력을 '정리된' 티블(현대 데이터 프레임 형식)로 변환하여 모델 결과를 더 쉽게 다루고, 분석하며, 시각화할 수 있게 합니다.</td></tr><tr><td>오토클레이브 기계</td><td>스테리스 암스코 이글 센추리 SG120 사이언티픽, Inc.</td><td>8901400012</td><td>오토클레이브 매체</td></tr><tr><td>화학 훈제 후드</td><td>실험실 설계 및 공급&nbsp;</td><td></td><td>씨앗을 멸균하세요</td></tr><tr><td>오메가 루미네센스 리더&nbsp;</td><td>BMG 랩테크, 주식회사</td><td></td><td>번호판 인식기</td></tr><tr><td>층류 캐비닛</td><td>누에어 누-408FM-400</td><td>클래스 II/타입A&nbsp;</td><td>묘목을 96웰 플레이트로 옮기기</td></tr><tr><td>96웰 마이크로플레이트</td><td>퍼킨-엘머</td><td>옵티플레이트-96&nbsp;</td><td>루시퍼레이스 분석용 묘목 재배</td></tr><tr><td>FLG22</td><td>젠스크립트 주식회사</td><td>RP19986</td><td>박테리아 편모에서 추출한 추출자.nbsp;</td></tr><tr><td>엘프26</td><td>알파 진단 국제회사</td><td>2427</td><td>박테리아 번역 Elongation Factor-Tu에서 추출한 엘리시터입니다.</td></tr><tr><td>D-루시페린 반딧불이, 칼륨 소금</td><td>바이오합성 화학 및 생물학</td><td>L-8220</td><td>루시퍼레이스 기질</td></tr><tr><td>L-012 (루미놀)</td><td>피셔 사이언티브</td><td>NC0733364</td><td>ROS 분석 시약</td></tr></tbody></table>

대규모 데이터 세트에 대한 사용자 친화적이고 강력한 r 분석

A User-friendly and Powerful R Analysis of Large-scale Datasets

대규모 데이터 세트에 대한 사용자 친화적이고 강력한 R 분석

Large datasets are increasingly common in the scientific field. It is important to develop user-friendly tools to allow researchers to analyze these large ...

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Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

영상 분석 (VA)는 대화식으로 데이터를 분석하는 새로운 접근 방식입니다. 이 비디오에서는, 우리는 높은 처리량 생물학 실험에 의해 가져온 데이터 과부하 문제를 논의하고, 그러한 문제에 대한 솔루션으로 VA를 만나볼 수 있습니다. 비디오 이내에 테이블오라는 VA 도구를 사용하여 면역 데이터 세트 사이의 분석을 보여줍니다.

비주얼 분석 기법과 면역 데이터 분석을 촉진

경로 협회 연구 도구 (과거)를 실행 하 여, 빛나는 응용 프로그램을 통해 또는 R 콘솔을 통해, 연구원은 그들의 게놈 전체 협회 연구의 생물학적 의미의 깊은 이해를 얻을 수 있습니다 (GWAS) 관련 된 신진 대사 경로 조사 하 여 결과.

신진 대사 경로 정보의 GWAS 분석을 위한 통로 협회 연구 도구

DiCoExpress는 품질 관리에서 공동 발현에 이르기까지 RNA-Seq 분석을 수행하기 위해 R로 구현 된 스크립트 기반 도구입니다. DiCoExpress는 최대 2개의 생물학적 요인까지 완전하고 불균형한 설계를 처리합니다. 이 비디오 자습서는 DiCoExpress의 다양한 기능을 통해 사용자를 안내합니다.

DiCoExpress를 이용한 다인자 RNA-Seq 실험 분석

이 분석 전산 플랫폼은 박테리아 집단 유전체학에 관심이있는 미생물 학자, 생태 학자 및 역학자에게 실질적인 지침을 제공합니다. 구체적으로, 여기에 제시된 연구는 수행 방법을 보여주었습니다 : i) 계층 적 유전자형의 계통 유도 매핑; ii) 유전자형의 빈도 기반 분석; iii) 친족관계 및 클론성 분석; iv) 혈통 차별화 액세서리 유전자좌의 확인.

박테리아 집단에서 계층적 유전자형과 부속 게놈 유전자형의 휴리스틱 마이닝

mtDNA 합성 및 분포를 검출하고 정량화하기 위해 다중 웰 플레이트 형식 및 자동화된 면역형광 이미징을 사용하여 세포에서 미토콘드리아 DNA(mtDNA) 대사의 역학을 연구하는 절차가 설명되어 있습니다. 이것은 mtDNA 대사에 대한 다양한 억제제, 세포 스트레스 및 유전자 침묵의 효과를 조사하는 데 추가로 사용될 수 있습니다.

미토콘드리아 DNA 합성 및 분포의 고처리량 이미지 기반 정량화

이 프로토콜은 사용자가 CUT&amp;RUN 염기서열분석 데이터의 초기 분석 및 검증을 완료할 수 있도록 하는 입문용 CUT&amp;RUN 분석 파이프라인을 통해 생물정보학 초보자를 안내합니다. 여기에 설명된 분석 단계를 다운스트림 피크 주석과 함께 완료하면 사용자는 크로마틴 조절에 대한 기계론적 통찰력을 얻을 수 있습니다.

CUT&#38;RUN 염기서열분석 데이터의 입문 분석 및 검증

다차원 현미경 데이터를 정확하게 분석하려면 복잡한 워크플로가 필요합니다. 이 문서에서는 소프트웨어 Cell-ACDC를 사용하는 방법을 보여줍니다. 현미경 데이터의 세분화, 추적, 세포 혈통 분석 및 정량화를 위해 최첨단 AI 기반 모델을 활용합니다. 결정적으로, 모델 출력의 반자동 수정을 위한 혁신적인 프레임워크로 이러한 모델을 보완합니다.

Cell-ACDC를 사용한 다차원 현미경 데이터 분석

이 프로토콜은 생물정보학 경험이 제한된 습식 실험실 생물학자를 위한 RNA-seq 실험에 대한 초기 품질 관리를 허용합니다.

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