Name: MALDI 접근법 을 통한 박테리아 단백질체학 프로파일링을 이용한 낙농장의 미생물 안전성 평가 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-07T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 31 s
Description: 배우세요 낙농 제품의 미생물 구성을 MALDI-TOF MS와 배양법을 결합하여 신속하게 평가하는 방법을. 이 프로토콜은 식품 안전 및 미생물학 연구에 중요한 응용 가능성을 제공합니다.

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<ol><li>Savage, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+three+bacterial+identification+systems+for+species+identification+of+bacteria+isolated+from+bovine+mastitis+and+bulk+tank+milk+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Foodborne+PathogDis%22%5BJournal%5D)">Evaluation of three bacterial identification systems for species identification of bacteria isolated from bovine mastitis and bulk tank milk samples.</a> Foodborne PathogDis. 14 (3), 177-187 (2017).</li>
<li>Holt, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aHolt%2C+JG+%22Bergey%27s+manual+of+determinative+bacteriology%22">Bergey's manual of determinative bacteriology</a>. , 9th ed, Lippincott Williams & Wilkins. Philadelphia, PA. (2000).</li>
<li>Franco-Duarte, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+chemical+and+biological+methods+to+identify+microorganisms-from+past+to+present%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Advances in chemical and biological methods to identify microorganisms-from past to present.</a> Microorganisms. 7 (5), 130(2019).</li>
<li>Czeszewska-Rosiak, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+usefulness+of+the+MALDI-TOF+MS+technique+in+the+determination+of+dairy+samples%27+microbial+composition%3A+Comparison+of+the+new+EXS+2600+system+with+MALDI+Biotyper+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Arch.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The usefulness of the MALDI-TOF MS technique in the determination of dairy samples' microbial composition: Comparison of the new EXS 2600 system with MALDI Biotyper platform.</a> Arch. Microbiol. 206, 172(2024).</li>
<li>Wilson, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Test+agreement+among+biochemical+methods%2C+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrometry%2C+and+16S+rRNA+sequencing+for+identification+of+microorganisms+isolated+from+bovine+milk%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Test agreement among biochemical methods, matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry, and 16S rRNA sequencing for identification of microorganisms isolated from bovine milk.</a> J Clin Microbiol. 57 (3), e01381-e01418 (2019).</li>
<li>Barreiro, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Short+communication%3A+Identification+of+subclinical+cow+mastitis+pathogens+in+milk+by+matrix-assisted+laser+desorption%2Fionization+time-of-flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Dairy+Sci%22%5BJournal%5D)">Short communication: Identification of subclinical cow mastitis pathogens in milk by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry.</a> J Dairy Sci. 93 (12), 5661-5667 (2010).</li>
<li>Vithanage, N. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Species-level+discrimination+of+psychrotrophic+pathogenic+and+spoilage+gram-negative+raw+milk+isolates+using+a+combined+MALDI-TOF+MS+proteomics-bioinformatics-based+approach%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Species-level discrimination of psychrotrophic pathogenic and spoilage gram-negative raw milk isolates using a combined MALDI-TOF MS proteomics-bioinformatics-based approach.</a> J Proteome Res. 16 (6), 2188-2203 (2017).</li>
<li>Ashfaq, M. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+MALDI-TOF+MS+for+identification+of+environmental+bacteria%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22J+Environ+Manage%22%5BJournal%5D)">Application of MALDI-TOF MS for identification of environmental bacteria: A review.</a> J Environ Manage. 305, 114359(2022).</li>
<li>Sugajski, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+sources+of+lactic+acid+bacteria+with+potential+antibacterial+properties%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Microbiol%22%5BJournal%5D)">New sources of lactic acid bacteria with potential antibacterial properties.</a> Arch Microbiol. 204 (349), 1-13 (2022).</li>
<li>Lagier, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+rebirth+of+culture+in+microbiology+through+the+example+of+culturomics+to+study+human+gut+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Microbiol+Rev%22%5BJournal%5D)">The rebirth of culture in microbiology through the example of culturomics to study human gut microbiota.</a> Clin Microbiol Rev. 28 (1), 237-264 (2015).</li>
<li>Złoch, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Culturomics+approach+to+identify+diabetic+foot+infection+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Culturomics approach to identify diabetic foot infection bacteria.</a> Int J Mol Sci. 22 (17), 9574(2021).</li>
<li>Bilen, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+contribution+of+culturomics+to+the+repertoire+of+isolated+human+bacterial+and+archaeal+species%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The contribution of culturomics to the repertoire of isolated human bacterial and archaeal species.</a> Microbiome. 6 (94), 1-11 (2018).</li>
<li>Bourassa, L., Butler-Wu, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MALDI-TOF+mass+spectrometry+for+microorganism+identification%5BTitle%5D)+AND+%22Method+Microbiol%22%5BJournal%5D)">MALDI-TOF mass spectrometry for microorganism identification.</a> Method Microbiol. 42, 37-85 (2015).</li>
<li>Janiszewska, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Implications+of+sample+preparation+methods+on+the+MALDI-TOF+MS+identification+of+spore-forming+bacillus+species+from+food+samples%3A+A+closer+look+at+Bacillus+licheniformis%2C+Peribacillus+simplex%2C+Lysinibacillus+fusiformis%2C+Bacillus+flexus%2C+and+Bacillus+marisflavi%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Omega%22%5BJournal%5D)">Implications of sample preparation methods on the MALDI-TOF MS identification of spore-forming bacillus species from food samples: A closer look at Bacillus licheniformis, Peribacillus simplex, Lysinibacillus fusiformis, Bacillus flexus, and Bacillus marisflavi.</a> ACS Omega. 8 (38), 34982-34994 (2023).</li>
<li>Valentine, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+culture+conditions+on+microorganism+identification+by+matrix-assisted+laser+desorption+ionization+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Effect of culture conditions on microorganism identification by matrix-assisted laser desorption ionization mass spectrometry.</a> Appl Environ Microbiol. 71 (1), 58-64 (2005).</li>
<li>Wragg, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+Biolog+GEN+III+MicroStation+semi-automated+bacterial+identification+system+with+matrix-assisted+laser+desorption+ionization-time+of+flight+mass+spectrometry+and+16S+ribosomal+RNA+gene+sequencing+for+the+identification+of+bacteria+of+veterinary+interest%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">Comparison of Biolog GEN III MicroStation semi-automated bacterial identification system with matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry and 16S ribosomal RNA gene sequencing for the identification of bacteria of veterinary interest.</a> J Microbiol Methods. 105, 16-21 (2014).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>70% 개미산</td><td>체임푸르</td><td>115676307</td><td></td></tr><tr><td>아세토니트릴</td><td>머크 KGaA</td><td>1.00014.1011</td><td></td></tr><tr><td>APT 한천</td><td>머크 KGaA</td><td>1.10453.0500</td><td></td></tr><tr><td>박테리아 검사 표준</td><td>브루커 달토닉 GmbH</td><td>8255343</td><td></td></tr><tr><td>CBL 아가르(차이나 블루 락토스 아가)</td><td>머크 KGaA</td><td>1.02348.0500</td><td></td></tr><tr><td>콜롬비아 블러드 아가르&nbsp;</td><td>옥소이드</td><td>CM0331B</td><td></td></tr><tr><td>M17 한천</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>밀크 플레이트 백작 백수 농가 (MPCA)</td><td>옥소이드</td><td>CM0681</td><td></td></tr><tr><td>MRS 한천 (드 만, 로고사, 샤프 아가르)</td><td>머크 KGaA</td><td>1.10660.0500</td><td></td></tr><tr><td>MSP 96은 연마 강 BC를 목표로 합니다</td><td>브루커 달토닉 GmbH</td><td>8280800</td><td></td></tr><tr><td>펩톤 워터</td><td>시그마-올드리치</td><td>70179</td><td></td></tr><tr><td>스헤드러 한천</td><td>시그마-올드리치</td><td>91019</td><td></td></tr><tr><td>양 피</td><td>바이오맥시마</td><td>SL0160-100</td><td></td></tr><tr><td>트리플루오로아세트산</td><td>시그마-올드리치</td><td>T6508</td><td></td></tr><tr><td>트립틱 대두 아가르(TSA)</td><td>시그마-올드리치</td><td>22091</td><td></td></tr><tr><td>물</td><td>머크 KGaA</td><td>1.15333.2500</td><td></td></tr><tr><td>&알파;-시아노-4-하이드록시신나믹산</td><td>브루커 달토닉 GmbH</td><td>8201344</td><td></td></tr></tbody></table>

maldi 접근법 을 통한 박테리아 단백질체학 프로파일링을 이용한 낙농장의 미생물 안전성 평가

Evaluation of Microbial Safety of Dairies using Bacterial Proteomic Profiling via MALDI Approach

MALDI 접근법 을 통한 박테리아 단백질체학 프로파일링을 이용한 낙농장의 미생물 안전성 평가

We present a protocol using the matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS, hereinafter referred to as ...

evaluation-microbial-safety-dairies-using-bacterial-proteomic

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

대식세포는 숙주 병원성에 관여하는 핵심 세포입니다. 대식세포는 단백질체 분석으로 분석하고 검출할 수 있는 표현형 및 기능적 다양성을 나타냅니다. 이 문서에서는 M1 또는 M2 표현형으로 분화된 인간 대식세포의 1차 배양에 대해 2D 전기영동을 수행하는 방법을 설명합니다.

2D 전기 영동에 의한 대 식세포의 프로테옴 프로파일 링

이 프로토콜은 바닷물에서 수집한 미생물 바이오매스에서 단백질과 DNA를 추출 및 농축한 후 탠덤 질량 분석 기반 단백질체 분석에 적합한 트립틱 펩타이드를 생성하기 위한 것입니다.

수생 미생물 Metaproteomics 워크 플로우 : 탠덤 질량 분석 기반 분석에 적합 트립신 펩티드로 세포

매트릭스 보조 레이저 탈착/이온화 비행 시간 질량 분석법(MALDI-TOF MS) 및 분자 기술(16S rRNA 유전자 염기서열 분석)을 통해 일상적인 진단에서 희귀 박테리아 병원체를 식별할 수 있습니다. 이 프로토콜의 목표는 보다 정확하고 신뢰할 수 있는 데이터를 제공하는 두 기술의 조합에 있습니다.

16S rRNA의 유전자 시퀀싱과 MALDI-TOF MS에 의해 희귀 세균성 병원체의 식별

질량 분석 기반 phyloproteomics (MSPP)는 캄 필로 박터 jejuni와 SSP의 모음을 입력하는 데 사용되었다. doylei는 multilocus 시퀀스 입력 (MLST)에 비해 변형 수준에서 분리합니다.

의 하위 유형<em&gt; 캄 필로 박터 jejuni와</em&gt; SSP.<em&gt; doylei</em&gt;은 질량 분석 기반 PhyloProteomics를 사용하여 분리 (MSPP)

박테리오신은 다양한 생태 학적 틈새에서 미생물 다양성을 정의하는 데 중요한 역할을한다고 여겨집니다. 여기서 우리는 박테리오신이 동물 모델에서 장내 미생물 구성에 어떻게 영향을 미치는지 평가하는 효율적인 절차를 설명합니다.

마우스의 장내 미생물에 대한 박테리오신 효과 평가 방법

반자동된 워크플로 인간 우유와 다른 낮은 바이오 매스 샘플 종류에서 16S rRNA의 타겟된 시퀀싱에 대 한 제공 됩니다.

인간의 우유 샘플의 타겟된 16S 시퀀싱 하는 방법

IDBac는 박테리아 식민지에서 긁어낸 세포 물질에 수집된 손상되지 않은 단백질과 특수 대사 산물 스펙트럼의 데이터를 통합하는 오픈 소스 질량 분석 기반 생물 정보학 파이프라인입니다. 이 파이프라인을 통해 연구원들은 수백 에서 수천 개의 세균 식민지를 분류학 그룹으로 신속하게 구성하고 전문 대사 산물 생산을 기반으로 이를 더욱 차별화 할 수 있습니다.

미생물 단백질 및 특수 대사 산물 데이터 분석을 위한 오픈 소스 MALDI TOF-MS IDBac 파이프라인 사용

이 프로토콜은 고급 특징 추출 및 생물정보학 분석 소프트웨어와 결합된 액체 크로마토그래피 질량분석법을 사용하여 펩티도글리칸 조성에 대한 자세한 분석을 다룹니다.

액체 크로마토그래피, 질량 분석법 및 생물정보학에 의한 펩티도글리칸의 반정량 분석

여기서, 우리는 단백질 소화, 펩타이드 정제 및 데이터 독립적 인 수집 분석과 같은 상세한 정보와 함께 최적화 된 필터 소화 프로토콜을 제시합니다. 이 전략은 발현 된 전립선 분비 소변 샘플의 분석에 적용되며 높은 프로테아메 커버리지와 오줌 프로테오메의 낮은 누락 된 값 라벨 프리 프로파일링을 허용합니다.

FASP 소화 및 데이터 독립적 분석을 통한 EPS-소변의 프로테오믹 프로파일

여기서 우리는 MALDI-TOF-TOF 탠덤 질량 분광법 및 하향식 프로테오믹 분석을 사용하여 사내에서 개발된 단백질을 신속히 서열화한 병원성 박테리아에 의해 생성되는 단백질의 신속한 식별을 위한 프로토콜을 제시합니다. 메타안정 단백질 이온 단편 때문에 아파르트산 효과 및 이러한 특이성은 단백질 식별을 위해 이용된다.

MALDI-TOF-TOF-MS/MS 및 하향식 프로테오믹 분석을 사용하여 대장균에 있는 항균 면역 단백질의 식별

임상 메타단백질체학(Clinical metaproteomics)은 인간 마이크로바이옴과 질병에 대한 기여에 대한 통찰력을 제공합니다. 당사는 Galaxy 플랫폼의 컴퓨팅 파워를 활용하여 복잡한 질량 분석 기반 메타단백질체 분석 및 질병 연구와 관련된 다양한 임상 샘플 유형의 특성화를 용이하게 하는 모듈식 생물정보학 워크플로우를 개발했습니다.

인간 질병의 기저에 있는 숙주-마이크로바이옴 상호작용을 분석하기 위해 Galaxy Bioinformatics 플랫폼 내에서 구현된 임상 메타단백질체학 워크플로우

배우세요 낙농 제품의 미생물 구성을 MALDI-TOF MS와 배양법을 결합하여 신속하게 평가하는 방법을. 이 프로토콜은 식품 안전 및 미생물학 연구에 중요한 응용 가능성을 제공합니다.

MALDI 접근법 을 통한 박테리아 단백질체학 프로파일링을 이용한 낙농장의 미생물 안전성 평가

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