Name: 디지털 공간 프로파일링을 위한 보존된 형태와 RNA를 이용한 석회화된 동맥 준비 및 처리 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-01-23T14:40:00.000+00:00
Duration: 9 min 12 s
Description: 배우세요 석회화된 동맥 조직의 보존 및 RNA 품질 유지를 위한 탈석회화 프로토콜과 공간 전사체학 분석 방법. 이 기술은 혈관 생물학 연구에 필수적인 도구를 제공합니다.

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<ol><li>Rao, A., Barkley, D., França, G. S., Yanai, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+tissue+architecture+using+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics.</a> Nature. 596 (7871), 211-220 (2021).</li>
<li>Dries, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+spatial+transcriptomic+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Advances in spatial transcriptomic data analysis.</a> Genome Res. 31 (10), 1706-1718 (2021).</li>
<li>Schmitd, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+and+transcriptomic+analysis+of+perineural+invasion+in+oral+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Spatial and transcriptomic analysis of perineural invasion in oral cancer.</a> Clin Cancer Res. 28 (16), 3557-3572 (2022).</li>
<li>Bassiouni, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomic+analysis+of+a+diverse+patient+cohort+reveals+a+conserved+architecture+in+triple-negative+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomic analysis of a diverse patient cohort reveals a conserved architecture in triple-negative breast cancer.</a> Cancer Res. 83 (1), 34-48 (2023).</li>
<li>Hirz, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dissecting+the+immune+suppressive+human+prostate+tumor+microenvironment+via+integrated+single-cell+and+spatial+transcriptomic+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Dissecting the immune suppressive human prostate tumor microenvironment via integrated single-cell and spatial transcriptomic analyses.</a> Nat Commun. 14 (1), 663(2023).</li>
<li>Wang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+and+spatial+transcriptome+analysis+reveals+the+cellular+heterogeneity+of+liver+metastatic+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Single-cell and spatial transcriptome analysis reveals the cellular heterogeneity of liver metastatic colorectal cancer.</a> Sci Adv. 9 (24), eadf5464(2023).</li>
<li>Eyers, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Digital+spatial+profiling+of+the+microenvironment+of+muscle+invasive+bladder+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Digital spatial profiling of the microenvironment of muscle invasive bladder cancer.</a> Commun Biol. 7 (1), 737(2024).</li>
<li>Del Rossi, N., Chen, J. G., Yuan, G. C., Dries, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+spatial+transcriptomics+data+using+giotto%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc%22%5BJournal%5D)">Analyzing spatial transcriptomics data using giotto.</a> Curr Protoc. 2 (4), e405(2022).</li>
<li>Sona, S., Bradley, M., Ting, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocols+for+single-cell+RNA-seq+and+spatial+gene+expression+integration+and+interactive+visualization%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocols for single-cell RNA-seq and spatial gene expression integration and interactive visualization.</a> STAR Protoc. 4 (1), 102047(2023).</li>
<li>Ibarra-Lopez, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+profiling+of+protein+and+rna+expression+in+tissue%3A+An+approach+to+fine-tune+virtual+microdissection%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Spatial profiling of protein and rna expression in tissue: An approach to fine-tune virtual microdissection.</a> J Vis Exp. (185), e62651(2022).</li>
<li>Mancinelli, L., Schoedel, K. E., Weiss, K. R., Intini, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+to+enable+spatial+transcriptomics+of+bone+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Methods to enable spatial transcriptomics of bone tissues.</a> J Vis Exp. (207), e66850(2024).</li>
<li>Sun, P., Li, M., Ye, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+to+decipher+complex+spatial+transcriptomics+data+using+stminer%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using stminer.</a> STAR Protoc. 6 (2), 103838(2025).</li>
<li>Luo, Z., Schmitz, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+preparing+fresh+frozen+soybean+tissues+for+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics.</a> STAR Protoc. 6 (2), 103790(2025).</li>
<li>Li, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+gene+expression+of+human+coronary+arteries+revealed+the+molecular+features+of+diffuse+intimal+thickening+in+explanted+hearts%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Spatial gene expression of human coronary arteries revealed the molecular features of diffuse intimal thickening in explanted hearts.</a> Int J Mol Sci. 26 (5), 1949(2025).</li>
<li>Pelisek, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Swiss+vascular+biobank%3A+Evaluation+of+optimal+extraction+method+and+admission+solution+for+preserving+RNA+from+human+vascular+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Med%22%5BJournal%5D)">Swiss vascular biobank: Evaluation of optimal extraction method and admission solution for preserving RNA from human vascular tissue.</a> J Clin Med. 12 (15), 5109(2023).</li>
<li>Nam, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+fixation+and+storage+of+human+tissue+samples+on+nucleic+acid+preservation%5BTitle%5D)+AND+%22Korean+J+Pathol%22%5BJournal%5D)">Effects of fixation and storage of human tissue samples on nucleic acid preservation.</a> Korean J Pathol. 48 (1), 36(2014).</li>
<li>Juwayria,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microarray+integrated+spatial+transcriptomics+%28MIST%29+for+affordable+and+robust+digital+pathology%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Syst+Biol+Appl%22%5BJournal%5D)">Microarray integrated spatial transcriptomics (MIST) for affordable and robust digital pathology.</a> NPJ Syst Biol Appl. 10 (1), 142(2024).</li>
<li>Wang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+benchmarking+of+imaging+spatial+transcriptomics+platforms+in+ffpe+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in ffpe tissues.</a> bioRxiv. , (2023).</li>
<li>Smith, K. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rigor+and+reproducibility+of+spatial+transcriptomics+performed+on+clinically+sourced+human+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Rigor and reproducibility of spatial transcriptomics performed on clinically sourced human tissues.</a> Lab Invest. 104190, (2025).</li>
<li>Amancherla, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+responses+to+rejection+in+the+transplanted+human+heart+revealed+through+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Dynamic responses to rejection in the transplanted human heart revealed through spatial transcriptomics.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Bolen, M., Xue, Q. -S., Tansey, M. G. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBolen%2C+M+%22Ffpe+tissue+microarray+protocol%22">Ffpe tissue microarray protocol</a>. , (2024).</li>
<li>Wisner, L., Larsen, B., Maguire, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Manual+construction+of+a+tissue+microarray+using+the+tape+method+and+a+handheld+microarrayer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Manual construction of a tissue microarray using the tape method and a handheld microarrayer.</a> J Vis Exp. (184), e63086(2022).</li>
<li>Zhao, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+reveals+a+critical+role+of+novel+pro-inflammatory+endothelial+cells+in+mediating+adverse+remodeling+in+coronary+artery-on-a-chip%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq reveals a critical role of novel pro-inflammatory endothelial cells in mediating adverse remodeling in coronary artery-on-a-chip.</a> Sci Adv. 7 (34), eabg1694(2021).</li>
<li>Fu, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+of+coronary+perivascular+adipose+tissue+from+end-stage+heart+failure+patients+identifies+SPP1%2B+macrophage+subpopulation+as+a+target+for+alleviating+fibrosis%5BTitle%5D)+AND+%22Arterioscler+Thromb+Vasc+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing of coronary perivascular adipose tissue from end-stage heart failure patients identifies SPP1+ macrophage subpopulation as a target for alleviating fibrosis.</a> Arterioscler Thromb Vasc Biol. 43 (11), 2143-2164 (2023).</li>
<li>Mao, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+reveals+coronary+heterogeneity+and+identifies+CD133%2B+TRPV4high+endothelial+subpopulation+in+regulating+flow-induced+vascular+tone+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Arterioscler+Thromb+Vasc+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq reveals coronary heterogeneity and identifies CD133+ TRPV4high endothelial subpopulation in regulating flow-induced vascular tone in mice.</a> Arterioscler Thromb Vasc Biol. 44 (3), 653-665 (2024).</li>
<li>Li, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+of+the+carotid+artery+and+femoral+artery+of+rats+exposed+to+hindlimb+unloading%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing of the carotid artery and femoral artery of rats exposed to hindlimb unloading.</a> Cell Mol Life Sci. 82 (1), 50(2025).</li>
<li>Deroo, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+vein+wall+cell+atlas+of+murine+venous+thrombosis+determined+by+single-cell+RNA+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">A vein wall cell atlas of murine venous thrombosis determined by single-cell RNA sequencing.</a> Commun Biol. 6 (1), 130(2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>둘벡코 변형 독수리 미디엄(DMEM), 고포도당, 피루빈산&nbsp;</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>11995065</td><td></td></tr><tr><td>4-(2-하이드록시에틸)-1-피페라지네에탄술폰산(HEPES) 완충액, 1 M</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>15630080</td><td></td></tr><tr><td>페니실린-스트렙토마이신(P/S), 10,000 U/mL</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>15140122</td><td></td></tr><tr><td>10% 중성 완충 포르말린(NBF)</td><td>밀리포어 시그마</td><td>65346-M</td><td></td></tr><tr><td>에틸렌-디아민-테트라아세트산 (EDTA)</td><td>밀리포어 시그마</td><td>3620</td><td></td></tr><tr><td>RNAlater 안정화 솔루션</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>AM7024</td><td>RNA 안정화 솔루션(RSS)</td></tr><tr><td>과산화수소 (H2O2)</td><td>어드밴스드 셀 디그노스틱스 주식회사</td><td>322335</td><td></td></tr><tr><td>표적 회수 해법</td><td>어드밴스드 셀 디그노스틱스 주식회사</td><td>322001</td><td></td></tr><tr><td>프로테아제 플러스</td><td>어드밴스드 셀 디그노스틱스 주식회사</td><td>322331</td><td>소화 효소 보충제</td></tr><tr><td>DapB (음성 대조군)</td><td>어드밴스드 셀 디그노스틱스 주식회사</td><td>310043</td><td></td></tr><tr><td>RNAscope 워시 버퍼 (RNAscope 2.5 HD Red ISH 검사 키트)</td><td>어드밴스드 셀 디그노스틱스 주식회사</td><td>320058</td><td></td></tr><tr><td>AMP1</td><td>어드밴스드 셀 디그노스틱스 주식회사</td><td>324511</td><td></td></tr><tr><td>AMP2</td><td>어드밴스드 셀 디그노스틱스 주식회사</td><td>324512</td><td></td></tr><tr><td>AMP3</td><td>어드밴스드 셀 디그노스틱스 주식회사</td><td>324513</td><td></td></tr><tr><td>AMP4</td><td>어드밴스드 셀 디그노스틱스 주식회사</td><td>324514</td><td></td></tr><tr><td>AMP5 레드</td><td>어드밴스드 셀 디그노스틱스 주식회사</td><td>324515</td><td></td></tr><tr><td>AMP6 레드</td><td>어드밴스드 셀 디그노스틱스 주식회사</td><td>324516</td><td></td></tr><tr><td>패스트 레드 A</td><td>어드밴스드 셀 디그노스틱스 주식회사</td><td>324517</td><td></td></tr><tr><td>인간 PPIB</td><td>어드밴스드 셀 디그노스틱스 주식회사</td><td>313901</td><td></td></tr><tr><td>길' S 헤마톡실린</td><td>밀리포어 시그마</td><td>GHS132</td><td></td></tr><tr><td>항원 채취, Tris/EDTA pH 9</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>00-4956-58</td><td></td></tr><tr><td>프로테인나제 K</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>AM2546</td><td></td></tr><tr><td>하이브리다이제이션 솔루션-Hs WTA</td><td>나노스트링</td><td>121401102</td><td></td></tr><tr><td>하이브리스립</td><td></td><td></td><td>교종 슬립</td></tr><tr><td>하이브리다이제이션 용액-버퍼 R</td><td>나노스트링</td><td>121300313</td><td></td></tr><tr><td>래빗 항CD45&nbsp;</td><td>세포 신호 전달</td><td>1317</td><td></td></tr><tr><td>버퍼 W</td><td>나노스트링</td><td>121300313</td><td></td></tr><tr><td>염소 항토끼 IgG-AF647</td><td>잭슨 면역연구소</td><td>111-605-144</td><td></td></tr><tr><td>마우스 안티-SMA-AF488&nbsp;</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>53-9760</td><td></td></tr><tr><td>Syto83&nbsp;</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>S11364</td><td></td></tr><tr><td>수술용 칼날</td><td>BD 생명과학</td><td>371110</td><td></td></tr><tr><td>슈퍼프로스트&nbsp; 플러스 현미경 슬라이드</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>1255015</td><td></td></tr><tr><td>ImmEdge 펜</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>미세토름 블레이드</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>22-500-125</td><td></td></tr><tr><td>RNase 제거</td><td></td><td></td><td>RNase 불활성화 용액</td></tr><tr><td><스트롱>장비</스트롱></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>HybEZ 하이브리다이제이션 오븐 &nbsp;</td><td>어드밴스드 셀 디그노스틱스 주식회사</td><td>321710</td><td></td></tr><tr><td>GeoMx 디지털 공간 프로파일러</td><td>나노스트링&nbsp;</td><td>모델: GeoMx DSP 데이터 접근 플랫폼: GeoMx DSP 제어 센터 (버전 3.1.2.12)</td><td>채널 스캔 설정: FITC의 경우 폭발 시간은 300ms이며, 형광체는 AlexaFluro 488입니다; 채널 Cy3의 경우 노출 시간은 50 ms이며, 형광체는 Syto83입니다; 채널 Cy5의 경우 노출 시간은 300 ms이며, 형광 포어는 AlexaFluor 647입니다.</td></tr></tbody></table>

디지털 공간 프로파일링을 위한 보존된 형태와 rna를 이용한 석회화된 동맥 준비 및 처리

Calcified Artery Preparation and Processing with Preserved Morphology and RNA for Digital Spatial Profiling

디지털 공간 프로파일링을 위한 보존된 형태와 RNA를 이용한 석회화된 동맥 준비 및 처리

Spatial transcriptomics maps whole-transcriptome profiles directly onto tissue sections, correlating between cellular neighborhoods and gene expression ...

calcified-artery-preparation-processing-with-preserved-morphology-rna

Research

연구

JoVE Journal

Medicine

의학

이 비디오는 수단 IV 염색을 사용하여 적출된 쥐 대동맥궁의 지방 침전물을 염색하여 죽상경화성 플라크를 시각화하고 죽상동맥경화증의 정도를 결정하는 절차를 보여줍니다.

수단 IV 염색: 수확된 마우스 대동맥궁에서 지질이 함유된 죽상경화성 플라크를 염색하는 절차

이 원고에서는 광물화된 조직의 동결된 절편에 대한 여러 차례의 형광 이미징에서 여러 차례의 반응 측정의 정렬된 복합 이미지를 생성하기 위해 고처리량 반자동 극저온 조직학 플랫폼을 제시합니다.

높은 처리량, 광물 조직의 멀티 이미지 Cryohistology

면역과 (조골 세포에 특정) 2.3Col1a1-GFP 하나 하나 (뼈 세포에 특정) : 우리는 두 / Cre 호텔이 마우스를 (특히 연골 세포에서 발현) (보편적으로 모든 세포에서 발현) Rosa26의 tdtomato의 조합을 추적 세트를 개발했다. 데이터는 골 연골 세포로의 직접적인 변환을 보여준다.

셀 리니지 마커의 공동 현지화와 토마토 신호

우리 세포 단계의 murine 동맥 경 화성 병 변 포함 하 여 동물 해 부, 조직 포함, 단면, 얼룩, 및 brachiocephalic 동맥의 분석의 체계적인 방법을 구성 하는 표준화 된 프로토콜을 제안 atheroprone에서 부드러운 근육 세포 계보 추적 마우스.

부드러운 근육 세포 계보 추적 마우스의 고급 동맥 경 화성 병 변에서 세포 성분의 정량 분석

죽상 동맥 경화증의 뮤린 모형은 분자 수준에 병원성 통로를 조사하기 위하여 유용한 공구입니다, 그러나 병변 발달의 표준화한 정량화가 요구됩니다. 이 프로토콜은 대동맥 근, 대동맥 아치 및 brachiocephalic 동맥을 포함하여 주요 동맥 혈관에 있는 병변 크기를 결정하기 위하여 최적화된 방법을 기술합니다.

마우스에서 동맥 경화증의 정량화

여기에서는 갓 얻은 뼈 조직의 석회질을 제거하고 고품질 RNA를 보존할 수 있는 방법을 설명합니다. 또한 새로운 조직을 구할 수 없거나 채취할 수 없는 경우 우수한 품질의 결과를 얻기 위해 비탈염된 뼈의 FFPE(Formalin Fixed Paraffin Embedded) 샘플을 절편하는 방법이 예시되어 있습니다.

뼈 조직의 공간 전사체학(spatial transcriptomics)을 가능하게 하는 방법

여기에서는 쥐 대동맥을 3차원(3D)으로 이미지화하기 위해 최적화된 조직 제거 프로토콜을 제시합니다. 우리는 면역 염색, 광학 제거 및 이미징에 대한 최첨단 절차를 설명하며, 죽상 경화성 플라크가 있는 말초 신경계의 해부학적 근접성과 죽상 경화증의 외막을 정의하기 위해 설명합니다.

죽상동맥경화증에서 대동맥 조직의 3차원 이미징

관상동맥 내막 절제술 조직 샘플은 최적화된 해리 프로토콜을 사용하여 단일 핵을 분리하기 위해 처리되었습니다. 분리된 핵의 무결성은 세 가지 보완적 접근법을 통해 검증되었습니다: 막 무결성 평가를 위한 트리판 블루 배제 염색, 핵 형태를 확인하기 위한 DAPI 기반 공초점 현미경, 핵수율과 순도를 정량화하는 유세포 측정법.

관상동맥 우회 이식 환자의 관상동맥 내적출술 조직에서 단일 핵 분리

지방 패드의 열망은 조직의 아밀로이드증 진단 아밀로이드를 감지하는 다른 방법에 비해 선호, 법으로서, 낮은 비용 접근 방식입니다. 이 동영상이 문서에서는 최적의 진단 결과에 대한 표본의 적절한 처리와 함께 지방 패드 열망을 수행하기위한 절차 개요를 보여줍니다.

아밀로이드에 대한 앞쪽에 지방 패드의 FNA 공연 및 처리

중간 대뇌 동맥의 폐색 Filamentous은 생쥐에서 허혈성 뇌졸중 공부를위한 일반적인 모델입니다.

마우스의 모델링 스트로크 - 필라멘트 모델 중간 대뇌 동맥 폐색

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