Name: 마우스 배아 줄기세포에서 증강제 RNA 안정성의 최적화된 정량적 평가 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-21T14:45:00.000+00:00
Duration: 3 min 34 s
Description: 배우세요 마우스 배아 줄기세포에서 증강제 RNA 안정성을 정량적으로 평가하는 방법을. 액티노마이신 D 처리, RT-qPCR 및 비선형 회귀 분석을 활용하여 eRNA 반감기와 감소 동역학을 정확히 측정합니다.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Bulger, M., Groudine, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+and+mechanistic+diversity+of+distal+transcription+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Functional and mechanistic diversity of distal transcription enhancers.</a> Cell. 144 (3), 327-339 (2011).</li>
<li>Gorbovytska, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+stimulate+Pol+II+pause+release+by+harnessing+multivalent+interactions+to+NELF%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs stimulate Pol II pause release by harnessing multivalent interactions to NELF.</a> Nat Commun. 13 (1), 2429(2022).</li>
<li>Joo, J. -Y., Schaukowitch, K., Farbiak, L., Kilaru, G., Kim, T. -K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stimulus-specific+combinatorial+functionality+of+neuronal+c-fos+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Stimulus-specific combinatorial functionality of neuronal c-fos enhancers.</a> Nat Neurosci. 19 (1), 75-83 (2016).</li>
<li>Levine, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptional+enhancers+in+animal+development+anfd+evolution%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">Transcriptional enhancers in animal development anfd evolution.</a> Curr Biol. 20 (17), R754-R763 (2010).</li>
<li>Nord, A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+and+pervasive+changes+in+genome-wide+enhancer+usage+during+mammalian+development%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Rapid and pervasive changes in genome-wide enhancer usage during mammalian development.</a> Cell. 155 (7), 1521-1531 (2013).</li>
<li>Schwalb, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TT-seq+maps+the+human+transient+transcriptome%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">TT-seq maps the human transient transcriptome.</a> Science. 352 (6290), 1225-1228 (2016).</li>
<li>De Santa, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+large+fraction+of+extragenic+RNA+pol+II+transcription+sites+overlap+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">A large fraction of extragenic RNA pol II transcription sites overlap enhancers.</a> PLoS Biol. 8 (5), e1000384(2010).</li>
<li>Kim, T. -K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Widespread+transcription+at+neuronal+activity-regulated+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Widespread transcription at neuronal activity-regulated enhancers.</a> Nature. 465 (7295), 182-187 (2010).</li>
<li>Songyue, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+roles+of+enhancer%2C+especially+super-enhancer-driven+genes+in+tumor+metabolism+and+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Macromol%22%5BJournal%5D)">The roles of enhancer, especially super-enhancer-driven genes in tumor metabolism and immunity.</a> Int J Biol Macromol. 308 (1), 142414(2025).</li>
<li>Kim, S. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+regulation+of+IFITM1+expression+in+lipopolysaccharide-stimulated+human+mesenchymal+stromal+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Stem+Cell+Res+Ther%22%5BJournal%5D)">Epigenetic regulation of IFITM1 expression in lipopolysaccharide-stimulated human mesenchymal stromal cells.</a> Stem Cell Res Ther. 11, 1-12 (2020).</li>
<li>Li, W., Notani, D., Rosenfeld, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancers+as+non-coding+RNA+transcription+units%3A+Recent+insights+and+future+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Enhancers as non-coding RNA transcription units: Recent insights and future perspectives.</a> Nat Rev Genet. 17 (4), 207-223 (2016).</li>
<li>Sartorelli, V., Lauberth, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+are+an+important+regulatory+layer+of+the+epigenome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs are an important regulatory layer of the epigenome.</a> Nat Struct Mol Biol. 27 (6), 521-528 (2020).</li>
<li>Lam, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rev-Erbs+repress+macrophage+gene+expression+by+inhibiting+enhancer-directed+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Rev-Erbs repress macrophage gene expression by inhibiting enhancer-directed transcription.</a> Nature. 498 (7455), 511-515 (2013).</li>
<li>Li, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+roles+of+enhancer+RNAs+for+oestrogen-dependent+transcriptional+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Functional roles of enhancer RNAs for oestrogen-dependent transcriptional activation.</a> Nature. 498 (7455), 516-520 (2013).</li>
<li>Melo, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((eRNAs+are+required+for+p53-dependent+enhancer+activity+and+gene+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">eRNAs are required for p53-dependent enhancer activity and gene transcription.</a> Mol Cell. 49 (3), 524-535 (2013).</li>
<li>Mousavi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((eRNAs+promote+transcription+by+establishing+chromatin+accessibility+at+defined+genomic+loci%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">eRNAs promote transcription by establishing chromatin accessibility at defined genomic loci.</a> Mol Cell. 51 (5), 606-617 (2013).</li>
<li>Schaukowitch, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNA+facilitates+NELF+release+from+immediate+early+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNA facilitates NELF release from immediate early genes.</a> Mol Cell. 56 (1), 29-42 (2014).</li>
<li>Göttgens, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishing+the+transcriptional+programme+for+blood%3A+The+SCL+stem+cell+enhancer+is+regulated+by+a+multiprotein+complex+containing+Ets+and+GATA+factors%5BTitle%5D)+AND+%22The+EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Establishing the transcriptional programme for blood: The SCL stem cell enhancer is regulated by a multiprotein complex containing Ets and GATA factors.</a> The EMBO J. 21 (12), 3039-3050 (2002).</li>
<li>Wang, H. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Defining+essential+enhancers+for+pluripotent+stem+cells+using+a+features-oriented+CRISPR-Cas9+screen%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Defining essential enhancers for pluripotent stem cells using a features-oriented CRISPR-Cas9 screen.</a> Cell Rep. 33 (4), 108309(2020).</li>
<li>Cinghu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intragenic+enhancers+attenuate+host+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Intragenic enhancers attenuate host gene expression.</a> Mol Cell. 68 (1), 104-117.e106 (2017).</li>
<li>Hobson, D. J., Wei, W., Steinmetz, L. M., Svejstrup, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+polymerase+II+collision+interrupts+convergent+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">RNA polymerase II collision interrupts convergent transcription.</a> Mol Cell. 48 (3), 365-374 (2012).</li>
<li>Moon, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Embryonic+stem+cell-specific+intragenic+enhancer+RNA+essential+for+NSUN2-mediated+stem+cell+fate+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Macromol%22%5BJournal%5D)">Embryonic stem cell-specific intragenic enhancer RNA essential for NSUN2-mediated stem cell fate regulation.</a> Int J Biol Macromol. 319, 145470(2025).</li>
<li>Tata, P. R., Tata, N. R., Kühl, M., Sirbu, I. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+novel+epigenetic+regulatory+region+within+the+pluripotency+associated+microRNA+cluster%2C+EEmiRC%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Identification of a novel epigenetic regulatory region within the pluripotency associated microRNA cluster, EEmiRC.</a> Nucleic Acids Res. 39 (9), 3574-3581 (2011).</li>
<li>Sohni, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+switching+of+active+promoter+and+enhancer+domains+regulates+Tet1+and+Tet2+expression+during+cell+state+transitions+between+pluripotency+and+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Dynamic switching of active promoter and enhancer domains regulates Tet1 and Tet2 expression during cell state transitions between pluripotency and differentiation.</a> Mol Cell Biol. 35 (6), 1026-1042 (2015).</li>
<li>Borsari, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancers+with+tissue-specific+activity+are+enriched+in+intronic+regions%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Enhancers with tissue-specific activity are enriched in intronic regions.</a> Genome Res. 31 (8), 1325-1336 (2021).</li>
<li>Bressin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-sensitive+nascent+transcript+sequencing+reveals+BRD4-specific+control+of+widespread+enhancer+and+target+gene+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">High-sensitive nascent transcript sequencing reveals BRD4-specific control of widespread enhancer and target gene transcription.</a> Nat Commun. 14 (1), 4971(2023).</li>
<li>Heintzman, N. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distinct+and+predictive+chromatin+signatures+of+transcriptional+promoters+and+enhancers+in+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Distinct and predictive chromatin signatures of transcriptional promoters and enhancers in the human genome.</a> Nat Genet. 39 (3), 311-318 (2007).</li>
<li>Pérez-Molina, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+intronic+Alu+element+attenuates+the+transcription+of+a+long+non-coding+RNA+in+human+cell+lines%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Genet%22%5BJournal%5D)">An intronic Alu element attenuates the transcription of a long non-coding RNA in human cell lines.</a> Front Genet. 11, 928(2020).</li>
<li>Djebali, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Landscape+of+transcription+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Landscape of transcription in human cells.</a> Nature. 489 (7414), 101-108 (2012).</li>
<li>Rada-Iglesias, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+unique+chromatin+signature+uncovers+early+developmental+enhancers+in+humans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A unique chromatin signature uncovers early developmental enhancers in humans.</a> Nature. 470 (7333), 279-283 (2011).</li>
<li>Atlasi, Y., Stunnenberg, H. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+interplay+of+epigenetic+marks+during+stem+cell+differentiation+and+development%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">The interplay of epigenetic marks during stem cell differentiation and development.</a> Nat Rev Genet. 18 (11), 643-658 (2017).</li>
<li>Young, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+the+embryonic+stem+cell+state%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Control of the embryonic stem cell state.</a> Cell. 144 (6), 940-954 (2011).</li>
<li>Ratnadiwakara, M., Änkö, M. -L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mRNA+stability+assay+using+transcription+inhibition+by+actinomycin+D+in+mouse+pluripotent+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">mRNA stability assay using transcription inhibition by actinomycin D in mouse pluripotent stem cells.</a> Bio Protoc. 8 (21), e3072-e3072 (2018).</li>
<li>Kim, S. -K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+coordination+of+BET+family+proteins+underlies+altered+transcription+associated+with+memory+impairment+in+fragile+X+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Functional coordination of BET family proteins underlies altered transcription associated with memory impairment in fragile X syndrome.</a> Sci Adv. 7 (21), eabf7346(2021).</li>
<li>Peterson, S. M., Freeman, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+Isolation+from+Embryonic+Zebrafish+and+cDNA+Synthesis+for+Gene+Expression+Analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis.</a> J Vis Exp. (30), e1470(2009).</li>
<li>Ye, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Primer-BLAST%3A+A+tool+to+design+target-specific+primers+for+polymerase+chain+reaction%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Primer-BLAST: A tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction.</a> BMC Bioinformatics. 13 (1), 134(2012).</li>
<li>Kim, S. -K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SET7%2F9+methylation+of+the+pluripotency+factor+LIN28A+is+a+nucleolar+localization+mechanism+that+blocks+let-7+biogenesis+in+human+ESCs%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">SET7/9 methylation of the pluripotency factor LIN28A is a nucleolar localization mechanism that blocks let-7 biogenesis in human ESCs.</a> Cell Stem Cell. 15 (6), 735-749 (2014).</li>
<li>Lugowski, A., Nicholson, B., Rissland, O. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DRUID%3A+A+pipeline+for+transcriptome-wide+measurements+of+mRNA+stability%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">DRUID: A pipeline for transcriptome-wide measurements of mRNA stability.</a> RNA. 24 (5), 623-632 (2018).</li>
<li>Lugowski, A., Nicholson, B., Rissland, O. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determining+mRNA+half-lives+on+a+transcriptome-wide+scale%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Determining mRNA half-lives on a transcriptome-wide scale.</a> Methods. 137, 90-98 (2018).</li>
<li>Tsai, P. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+muscle-specific+enhancer+rna+mediates+cohesin+recruitment+and+regulates+transcription+in+trans%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">A muscle-specific enhancer rna mediates cohesin recruitment and regulates transcription in trans.</a> Mol Cell. 71 (1), 129-141.e128 (2018).</li>
<li>Woolley, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Full-length+mRNA+sequencing+resolves+novel+variation+in+5%27+UTR+length+for+genes+expressed+during+human+CD4+T-cell+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Immunogenetics%22%5BJournal%5D)">Full-length mRNA sequencing resolves novel variation in 5' UTR length for genes expressed during human CD4 T-cell activation.</a> Immunogenetics. 77 (1), 14(2025).</li>
<li>Zhang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Algorithm+for+optimized+mRNA+design+improves+stability+and+immunogenicity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Algorithm for optimized mRNA design improves stability and immunogenicity.</a> Nature. 621 (7978), 396-403 (2023).</li>
<li>Kim, T. -K., Shiekhattar, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Architectural+and+functional+commonalities+between+enhancers+and+promoters%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Architectural and functional commonalities between enhancers and promoters.</a> Cell. 162 (5), 948-959 (2015).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>2-머캅토에탄올</td><td>깁코</td><td>21985023</td><td></td></tr><tr><td>액티노마이신 D</td><td>시그마-올드리치</td><td>A9415</td><td></td></tr><tr><td>클로로포름</td><td>대정화학</td><td>2548-4105</td><td></td></tr><tr><td>DMSO</td><td>젠디포</td><td>D2680</td><td></td></tr><tr><td>태아 소 혈청(FBS)</td><td>시그마-올드리치</td><td>F0392</td><td></td></tr><tr><td>젤라틴</td><td>시그마-올드리치</td><td>G1890-100G</td><td></td></tr><tr><td>글래스고' 최소 필수 매체(GMEM)</td><td>깁코</td><td>11710035</td><td></td></tr><tr><td>그래프패드 프리즈 (버전 9)</td><td>그래프패드 소프트웨어</td><td></td><td></td></tr><tr><td>이소프로파놀</td><td>대정화학</td><td>5035-4105</td><td></td></tr><tr><td>녹아웃 혈청 대체 요법(KOSR)</td><td>깁코 & nbsp;</td><td>10828028</td><td></td></tr><tr><td>백혈병 억제인자(LIF)</td><td>머크</td><td>ESG1106</td><td></td></tr><tr><td>MEM 비필수 아미노산 용액(MnEA)</td><td>웰겐</td><td>LS005</td><td></td></tr><tr><td>M-MLV cDNA 합성 키트 &nbsp;</td><td>효소학</td><td>EZ006S</td><td></td></tr><tr><td>옵티젠 나노큐 플러스&nbsp;</td><td>클랩</td><td>01-QI685-M-16-C</td><td></td></tr><tr><td>페니실린-스트렙토마이신</td><td>웰겐</td><td>LS202-02</td><td></td></tr><tr><td>전원 SYBR-Green PCR 마스터 믹스&nbsp;</td><td>응용 생명 시스템</td><td>4368708</td><td></td></tr><tr><td>QuanStudio1 실시간 PCR 시스템&nbsp;</td><td>응용 생명 시스템</td><td>A40425</td><td></td></tr><tr><td>피루베이트나트륨</td><td>웰겐</td><td>LS013</td><td></td></tr><tr><td>트리졸&nbsp;</td><td>인비트로젠</td><td>15596018</td><td></td></tr></tbody></table>

마우스 배아 줄기세포에서 증강제 rna 안정성의 최적화된 정량적 평가

Optimized Quantitative Assessment of Enhancer RNA Stability in Mouse Embryonic Stem Cells

마우스 배아 줄기세포에서 증강제 RNA 안정성의 최적화된 정량적 평가

Enhancer RNAs (eRNAs) are non-coding transcripts produced from transcriptionally active enhancer regions and are increasingly recognized as key regulators ...

optimized-quantitative-assessment-enhancer-rna-stability-mouse

Research

연구

JoVE Journal

Biochemistry

생화학

우리는 신속하게 식별하고 마우스 배아 줄기 세포 유지 및 자기 갱신을 조절 유전자를 특성화하기 위해 형광 기자 분석을 설명합니다.

마우스 배아 줄기 세포 유지 보수 및 자체 갱신을 조절 유전자를 공부하는 Oct4GiP 리포터 분석

단일 세포 유전자 발현 분석은 줄기 세포 이질성을 이해하는데 필요하다.

정량적 RT-PCR에 의해 개별 인간 배아 줄기 세포를 프로파일 링

인핸서 활성의 실험적 검증은 기능 손실 분석으로 접근하는 것이 가장 좋습니다. 여기에 제시된 효율적인 프로토콜은 CRISPR/Cas9 매개 결실을 사용하여 하이브리드 게놈(Mus musculus129 x Mus castaneus)을 포함하는 F1 ES 세포에서 유전자 전사의 대립유전자 특이적 조절을 연구합니다.

생성 CRISPR은 / Cas9 중재 Monoallelic 삭제할 경우는 마우스 배아 줄기 세포의 증강 기능을 연구하는

이 프로토콜은 마우스 착상 전 배아 계통 명세서를 연구하는 단백질 발현의 정량적 분석 시츄, 단일 셀을 수행하는 방법을 제시한다. 포배의 수집에 필요한 절차, 단백질의 면역 검출을 전체 마운트, 공 초점 현미경, 핵 세분화 및 이미지 분석에 샘플 영상은 설명한다.

단백질 발현의 정량 분석​​은 마우스 착상 전의 배아에서 리니지 사양을 공부하기

이 작업에서는 활성 인핸서를 식별하고 실험적으로 검증하는 방법에 대한 실험적 워크플로를 제공합니다.

예측 및 유전자 규제 요소의 검증은 레티노 산 유도 배아 동안 활성화 된 세포 분화 줄기

단백질은 종종 다른 세포 기능을 발휘할 수있는 여러 도메인을 포함한다. 유전자 녹아웃 (KO)이 기능의 다양성을 고려하지 않는다. 여기, 우리는 다양한 기능 영역 또는 단백질의 변이의 분자 해부를 허용 KO 배아 줄기 세포에서 재조합 중재 카세트 교환 (RMCE) 기반 구조 - 기능 접근 방식을보고합니다.

재조합 효소 매개 카세트 교환을 사용하여 마우스 배아 줄기 세포의 구조 - 기능 연구

이 프로토콜 설계 및 다중화 비활성화 융해 단백질 SID4X-dCas9-리아로 알려진 또한 증강 간섭 (증강 인자-i)와 강화의 대상으로 수행 하는 데 필요한 단계를 설명 합니다. 이 프로토콜 유전자 발현을 조절 하는 강화의 식별을 가능 하 게 일반적인 대상 유전자 규제 강화 간의 관계의 해 부를 촉진 한다.

증강 기능 다중 CRISPR 기반 증강 간섭 셀 라인에서의 해 부

우리는 배아 줄기 세포에서 생성된 배아 체에서 높은 처리량 시퀀싱에 이어 정량적 염색체 형성 캡처의 적용을 보고합니다. 이 기술은 배아 줄기 세포 분화 동안 주어진 유전자의 putative 강화제와 프로모터 영역 사이의 접촉을 식별하고 정량화할 수 있습니다.

정량적 염색체 형성(4C)에 의한 배아체에서 증강-프로모터 접촉 식별

이 프로토콜은 새로운 rAAV 기반 과도 인핸서-리포터 분석을 설명합니다. 이 분석은 마우스 뇌 에서 생체내에서 인핸서 구동 발현을 유도하는데 사용될 수 있다.

마우스 뇌 에서 생체 내 인핸서 기반 발현 구조체의 AAV 배포

이 프로토콜은 초기 인핸서 전사체를 정량화하기 위한 간소화된 계산 파이프라인을 제공합니다. 염색질 접근성, 염색질 특징 및 전사 데이터를 통합함으로써 복잡한 유전자 내 영역에서 인핸서 활성에 대한 정확한 검출 및 가닥 특이적 분석을 가능하게 하는 동시에 광범위한 생물정보학 교육 없이도 연구자가 접근할 수 있습니다.

마우스 배아 줄기 세포에서 유전자 간/유전자 내 인핸서 RNA 정량화를 위한 계산 파이프라인

배우세요 마우스 배아 줄기세포에서 증강제 RNA 안정성을 정량적으로 평가하는 방법을. 액티노마이신 D 처리, RT-qPCR 및 비선형 회귀 분석을 활용하여 eRNA 반감기와 감소 동역학을 정확히 측정합니다.

마우스 배아 줄기세포에서 증강제 RNA 안정성의 최적화된 정량적 평가

더 많은 동영상 탐색