Name: K562 세포의 후성유전학적 공학: dCas9-DNMT3A 및 -HDAC1 융합 단백질을 사용한 안정적인 표적 DNA 메틸화를 위한 이중 벡터 에피솜 전략 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-31T14:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 56 s
Description: 배우세요 K562 세포에서 dCas9-DNMT3A 및 dCas9-HDAC1 융합 단백질을 이용한 이중 벡터 에피솜 전략으로 안정적인 표적 DNA 메틸화를 유도하는 후성유전학적 공학 방법을. 이 기술은 정밀한 후성유전학적 편집과 오프타겟 효과 감소를 가능하게 합니다.

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<ol><li>Firdaus, Z., Li, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+explorations+of+neurological+disorders%2C+the+identification+methods%2C+and+therapeutic+avenues%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Epigenetic explorations of neurological disorders, the identification methods, and therapeutic avenues.</a> Int J Mol Sci. 25 (21), 11658(2024).</li>
<li>Yu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+epigenetics%3A+from+laboratory+studies+and+clinical+trials+to+precision+medicine%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Discov%22%5BJournal%5D)">Cancer epigenetics: from laboratory studies and clinical trials to precision medicine.</a> Cell Death Discov. 10 (1), 1-12 (2024).</li>
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<li>Ptak, C., Petronis, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetics+and+complex+disease%3A+from+etiology+to+new+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Pharmacol+Toxicol%22%5BJournal%5D)">Epigenetics and complex disease: from etiology to new therapeutics.</a> Annu Rev Pharmacol Toxicol. 48 (1), 257-276 (2008).</li>
<li>Stepper, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+targeted+DNA+methylation+with+chimeric+dCas9-Dnmt3a-Dnmt3L+methyltransferase%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Efficient targeted DNA methylation with chimeric dCas9-Dnmt3a-Dnmt3L methyltransferase.</a> Nucleic Acids Res. 45 (4), 1703-1713 (2017).</li>
<li>Sapozhnikov, D. M., Szyf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unraveling+the+functional+role+of+DNA+demethylation+at+specific+promoters+by+targeted+steric+blockage+of+DNA+methyltransferase+with+CRISPR%2FdCas9%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Unraveling the functional role of DNA demethylation at specific promoters by targeted steric blockage of DNA methyltransferase with CRISPR/dCas9.</a> Nat Commun. 12 (1), 5711(2021).</li>
<li>Kwon, D. Y., Zhao, Y. -T., Lamonica, J. M., Zhou, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Locus-specific+histone+deacetylation+using+a+synthetic+CRISPR-Cas9-based+HDAC%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Locus-specific histone deacetylation using a synthetic CRISPR-Cas9-based HDAC.</a> Nat Commun. 8 (1), 15315(2017).</li>
<li>Vojta, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Repurposing+the+CRISPR-Cas9+system+for+targeted+DNA+methylation%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Repurposing the CRISPR-Cas9 system for targeted DNA methylation.</a> Nucleic Acids Res. 44 (12), 5615-5628 (2016).</li>
<li>Giehrl-Schwab, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Parkinson%27s+disease+motor+symptoms+rescue+by+CRISPRa-reprogramming+astrocytes+into+GABAergic+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Parkinson's disease motor symptoms rescue by CRISPRa-reprogramming astrocytes into GABAergic neurons.</a> EMBO Mol Med. 14 (5), e14797(2022).</li>
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<li>Sokka, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPR+activation+enables+high-fidelity+reprogramming+into+human+pluripotent+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Stem+Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">CRISPR activation enables high-fidelity reprogramming into human pluripotent stem cells.</a> Stem Cell Rep. 17 (2), 413-426 (2022).</li>
<li>Galonska, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+tracking+of+dCas9-methyltransferase+footprints%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Genome-wide tracking of dCas9-methyltransferase footprints.</a> Nat Commun. 9 (1), 1-9 (2018).</li>
<li>Lin, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+determination+of+on-target+and+off-target+characteristics+for+RNA-guided+DNA+methylation+by+dCas9+methyltransferases%5BTitle%5D)+AND+%22GigaScience%22%5BJournal%5D)">Genome-wide determination of on-target and off-target characteristics for RNA-guided DNA methylation by dCas9 methyltransferases.</a> GigaScience. 7 (3), 1-19 (2018).</li>
<li>Kennedy, M. E., Cullen, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+CRISPR%2FCas+DNA+endonucleases%3A+a+revolutionary+technology+that+could+dramatically+impact+viral+research+and+treatment%5BTitle%5D)+AND+%22Virology%22%5BJournal%5D)">Bacterial CRISPR/Cas DNA endonucleases: a revolutionary technology that could dramatically impact viral research and treatment.</a> Virology. 479 - 480, 213-220 (2015).</li>
<li>Rothe, M., Modlich, U., Schambach, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biosafety+challenges+for+use+of+lentiviral+vectors+in+gene+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Gene+Ther%22%5BJournal%5D)">Biosafety challenges for use of lentiviral vectors in gene therapy.</a> Curr Gene Ther. 13 (6), 453-468 (2013).</li>
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<li>Hanzawa, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+DNA+demethylation+of+the+Fgf21+promoter+by+CRISPR%2FdCas9-mediated+epigenome+editing%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Targeted DNA demethylation of the Fgf21 promoter by CRISPR/dCas9-mediated epigenome editing.</a> Sci Rep. 10 (1), 1-14 (2020).</li>
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<li>Lazaris, V. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Non-viral+episomal+vector+mediates+efficient+gene+transfer+of+the+%CE%B2-globin+gene+into+K562+and+human+haematopoietic+progenitor+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Genes%22%5BJournal%5D)">Non-viral episomal vector mediates efficient gene transfer of the β-globin gene into K562 and human haematopoietic progenitor cells.</a> Genes. 14 (9), 1774(2023).</li>
<li>Mulia, G. E., Picanço-Castro, V., Stavrou, E. F., Athanassiadou, A., Figueiredo, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+the+development+and+the+applications+of+nonviral%2C+episomal+vectors+for+gene+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Hum+Gene+Ther%22%5BJournal%5D)">Advances in the development and the applications of nonviral, episomal vectors for gene therapy.</a> Hum Gene Ther. 32 (19-20), 1076-1095 (2021).</li>
<li>Piechaczek, C., Fetzer, C., Baiker, A., Bode, J., Lipps, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+vector+based+on+the+SV40+origin+of+replication+and+chromosomal+S%2FMARs+replicates+episomally+in+CHO+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">A vector based on the SV40 origin of replication and chromosomal S/MARs replicates episomally in CHO cells.</a> Nucleic Acids Res. 27 (2), 426-428 (1999).</li>
<li>Nuñez, J. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+programmable+transcriptional+memory+by+CRISPR-based+epigenome+editing%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Genome-wide programmable transcriptional memory by CRISPR-based epigenome editing.</a> Cell. 184 (9), 2503-2519.e17 (2021).</li>
<li>Doench, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+sgRNA+design+to+maximize+activity+and+minimize+off-target+effects+of+CRISPR-Cas9%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Optimized sgRNA design to maximize activity and minimize off-target effects of CRISPR-Cas9.</a> Nat Biotechnol. 34 (2), 184-191 (2016).</li>
<li>Brezgin, S., Kostyusheva, A., Kostyushev, D., Chulanov, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dead+Cas+systems%3A+types%2C+principles%2C+and+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Dead Cas systems: types, principles, and applications.</a> Int J Mol Sci. 20 (23), 6041(2019).</li>
<li>Holmes, D. S., Quigley, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+boiling+method+for+the+preparation+of+bacterial+plasmids%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">A rapid boiling method for the preparation of bacterial plasmids.</a> Anal Biochem. 114 (1), 193-197 (1981).</li>
<li>Harwood, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+rapid+boiling+method+for+small-scale+preparation+of+plasmid+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">The rapid boiling method for small-scale preparation of plasmid DNA.</a> Methods Mol Biol. 58, 265-367 (1996).</li>
<li>Rio, D. C., Ares, M., Hannon, G. J., Nilsen, T. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Purification+of+RNA+using+TRIzol+%28TRI+reagent%29%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harb+Protoc%22%5BJournal%5D)">Purification of RNA using TRIzol (TRI reagent).</a> Cold Spring Harb Protoc. 2010 (6), (2010).</li>
<li>Labuhn, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Refined+sgRNA+efficacy+prediction+improves+large-+and+small-scale+CRISPR-Cas9+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Refined sgRNA efficacy prediction improves large- and small-scale CRISPR-Cas9 applications.</a> Nucleic Acids Res. 46 (3), 1375-1385 (2018).</li>
<li>Hofacker, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Engineering+of+effector+domains+for+targeted+DNA+methylation+with+reduced+off-target+effects%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Engineering of effector domains for targeted DNA methylation with reduced off-target effects.</a> Int J Mol Sci. 21 (2), 502(2020).</li>
<li>Yang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EpiCas-DL%3A+predicting+sgRNA+activity+for+CRISPR-mediated+epigenome+editing+by+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">EpiCas-DL: predicting sgRNA activity for CRISPR-mediated epigenome editing by deep learning.</a> Comput Struct Biotechnol J. 21, 202-211 (2023).</li>
<li>Mu, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Machine+learning+methods+for+predicting+guide+RNA+effects+in+CRISPR+epigenome+editing+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Machine learning methods for predicting guide RNA effects in CRISPR epigenome editing experiments.</a> bioRxiv. , (2024).</li>
<li>Batra, S. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Predicting+the+effect+of+CRISPR-Cas9-based+epigenome+editing%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Predicting the effect of CRISPR-Cas9-based epigenome editing.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Stavrou, E. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Episomal+vectors+based+on+S%2FMAR+and+the+%CE%B2-globin+replicator%2C+encoding+a+synthetic+transcriptional+activator%2C+mediate+efficient+%CE%B3-globin+activation+in+haematopoietic+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Episomal vectors based on S/MAR and the β-globin replicator, encoding a synthetic transcriptional activator, mediate efficient γ-globin activation in haematopoietic cells.</a> Sci Rep. 9 (1), 19765(2019).</li>
<li>Stavrou, E. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+%CE%B2-globin+replicator+greatly+enhances+the+potential+of+S%2FMAR+based+episomal+vectors+for+gene+transfer+into+human+haematopoietic+progenitor+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">The β-globin replicator greatly enhances the potential of S/MAR based episomal vectors for gene transfer into human haematopoietic progenitor cells.</a> Sci Rep. 7 (1), 40673(2017).</li>
<li>Hagedorn, C., Antoniou, M. N., Lipps, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+cis-acting+sequences+improve+expression+and+establishment+of+a+nonviral+vector%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ther+Nucleic+Acids%22%5BJournal%5D)">Genomic cis-acting sequences improve expression and establishment of a nonviral vector.</a> Mol Ther Nucleic Acids. 2 (8), e118(2013).</li>
<li>Stehle, I. M., Rupprecht, S., Cremer, T., Jackson, D. A., Lipps, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+and+mitotic+stability+of+an+extra-chromosomal+mammalian+replicon%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Establishment and mitotic stability of an extra-chromosomal mammalian replicon.</a> BMC Cell Biol. 8, 33(2007).</li>
<li>Lufino, M. M. P., Manservigi, R., Wade-Martins, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+S%2FMAR-based+infectious+episomal+genomic+DNA+expression+vector+provides+long-term+regulated+functional+complementation+of+LDLR+deficiency%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">An S/MAR-based infectious episomal genomic DNA expression vector provides long-term regulated functional complementation of LDLR deficiency.</a> Nucleic Acids Res. 35 (15), e98(2007).</li>
<li>Hsu, P. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+targeting+specificity+of+RNA-guided+Cas9+nucleases%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">DNA targeting specificity of RNA-guided Cas9 nucleases.</a> Nat Biotechnol. 31 (9), 827-832 (2013).</li>
<li>Fu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-frequency+off-target+mutagenesis+induced+by+CRISPR-Cas+nucleases+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">High-frequency off-target mutagenesis induced by CRISPR-Cas nucleases in human cells.</a> Nat Biotechnol. 31 (9), 822-826 (2013).</li>
<li>Ewaisha, R., Anderson, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immunogenicity+of+CRISPR+therapeutics-critical+considerations+for+clinical+translation%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Bioeng+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Immunogenicity of CRISPR therapeutics-critical considerations for clinical translation.</a> Front Bioeng Biotechnol. 11, 1138596(2023).</li>
<li>Raghavan, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rational+engineering+of+minimally+immunogenic+nucleases+for+gene+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Rational engineering of minimally immunogenic nucleases for gene therapy.</a> Nat Commun. 16 (1), 105(2025).</li>
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<table><tbody><tr><td>Absolute Q DNA 디지털 PCR 마스터 믹스 (5배)</td><td>응용 생명 시스템</td><td>A52490</td><td></td></tr><tr><td>AgeI-HF&nbsp;</td><td>NEB</td><td>R3552</td><td></td></tr><tr><td>ASCI</td><td>NEB</td><td>R0558</td><td></td></tr><tr><td>아세르</td><td>NEB</td><td>R0526</td><td></td></tr><tr><td>밤히-HF</td><td>NEB</td><td>R3136</td><td></td></tr><tr><td>BD FACS 멜로디 셀 분류기</td><td>BD</td><td></td><td></td></tr><tr><td>블글</td><td>NEB</td><td>R0144</td><td></td></tr><tr><td>BSPEEI</td><td>NEB</td><td>R0540</td><td></td></tr><tr><td>디옥시뉴클레오타이드(dNTP) 용액 혼합물 (각각 10 mM)</td><td>NEB</td><td>N0447</td><td></td></tr><tr><td>DMEM 고혈당 및 안정 글루타민, 피루브산 나트륨 미디엄 함께.</td><td>바이오웨스트</td><td>L0103</td><td></td></tr><tr><td>DNA 중합효소 I, 대형 (클레노우) 단편</td><td>NEB</td><td>M0210</td><td></td></tr><tr><td>DNMT3A (CD), HDAC1 서열</td><td>IDT</td><td></td><td></td></tr><tr><td>드림택 DNA 중합효소&nbsp;</td><td>써모 사이언티픽</td><td>EP0712</td><td></td></tr><tr><td>에픽텍트</td><td>치아겐</td><td>59104</td><td>비아황산 변환 키트 &nbsp;</td></tr><tr><td>에피텍트 비아황산 키트</td><td>치아겐</td><td>59104</td><td></td></tr><tr><td>ESP3I</td><td>NEB</td><td>R0734</td><td></td></tr><tr><td>태아 소 혈청</td><td>깁코</td><td>A5256701</td><td></td></tr><tr><td>제네티신 선택적 항생제(G418 황산염)</td><td>깁코</td><td>11811031</td><td></td></tr><tr><td>리포펙타민 3000 형질염색 키트</td><td>인비트로젠</td><td>L3000015</td><td></td></tr><tr><td>NEB&reg; 그리고 nbsp; 5-알파 유능함&nbsp; 대장균 &nbsp; (고효율)</td><td>NEB</td><td>C2987I</td><td></td></tr><tr><td>NEB&reg; 그리고 nbsp; 5-알파 F'Iq&nbsp; 유능함&nbsp; 대장균&nbsp; (고효율)</td><td>NEB</td><td>C2992H</td><td></td></tr><tr><td>핵스핀 조직 및 nbsp;</td><td>마셰레이-나겔</td><td>740952.50</td><td></td></tr><tr><td>PBS, 10배 용액 pH 7.4</td><td>론자</td><td>BE17-517Q</td><td></td></tr><tr><td>페니실린-스트렙토마이신 용액 100배</td><td>바이오웨스트</td><td>L0022</td><td></td></tr><tr><td>pGuide 벡터</td><td>오리진 테크놀로지</td><td>GE100042</td><td></td></tr><tr><td>페놀:클로로포름:이소아밀 알코올 25:24:1 10 mM Tris에 포화, pH 8.0, 1 mM EDTA</td><td>시그마-올드리치</td><td>P2069</td><td></td></tr><tr><td>프라이머, sgRNAs와 nbsp;</td><td>유로핀</td><td></td><td></td></tr><tr><td>파이로마크 분석 설계 &nbsp;</td><td>치아겐</td><td>버전 2.0</td><td>비아황산염 프라이머 설계 도구 &nbsp;</td></tr><tr><td>파이로마크 골드 Q24 시약</td><td>치아겐</td><td>970802</td><td></td></tr><tr><td>PyroMark PCR 키트 &nbsp;</td><td>치아겐</td><td>978703</td><td></td></tr><tr><td>파이로마크 Q24 MDx</td><td>치아겐</td><td></td><td>파이로시퀀싱 워크스테이션 & nbsp;</td></tr><tr><td>파이로마크 Q24 소프트웨어 &nbsp;</td><td>치아겐</td><td>v2.0.8</td><td>파이로시퀀싱 소프트웨어 &nbsp;</td></tr><tr><td>Q5&reg; 고충실도 DNA 중합효소</td><td>NEB</td><td>M0491</td><td></td></tr><tr><td>퀀티텍 역전사 키트</td><td>치아겐</td><td>205311</td><td></td></tr><tr><td>QuantStudio Absolute Q MAP16 플레이트 키트</td><td>응용 생명 시스템</td><td>A52865</td><td>디지털 PCR 시스템&nbsp;</td></tr><tr><td>SYBR 그린 I 핵산 젤 스테인, DMSO 10,000배 농축액</td><td>인비트로젠</td><td>S7563</td><td></td></tr><tr><td>T4 DNA 리가제</td><td>NEB</td><td>M0202</td><td></td></tr><tr><td>T4 폴리뉴클레오타이드 키나제</td><td>NEB</td><td>M0201</td><td></td></tr><tr><td>트리졸 시약</td><td>인비트로젠</td><td>15596026</td><td></td></tr></tbody></table>

k562 세포의 후성유전학적 공학: dcas9-dnmt3a 및 -hdac1 융합 단백질을 사용한 안정적인 표적 dna 메틸화를 위한 이중 벡터 에피솜 전략

Epigenetic Engineering of K562 Cells: Dual-Vector Episomal Strategy for Stable Targeted DNA Methylation using dCas9-DNMT3A and -HDAC1 Fusion Proteins

K562 세포의 후성유전학적 공학: dCas9-DNMT3A 및 -HDAC1 융합 단백질을 사용한 안정적인 표적 DNA 메틸화를 위한 이중 벡터 에피솜 전략

Investigating the precise role of DNA methylation in gene transcriptional regulation and developing therapies targeting specific gene methylation patterns ...

epigenetic-engineering-k562-cells-dual-vector-episomal-strategy-for

Research

연구

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Bioengineering

생명공학

여기에서는 에피솜 기반 재프로그래밍 전략과 히스톤 탈아세틸화효소 억제제를 사용하여 말초 혈액에서 인간 유도 만능 줄기 세포를 생성하는 프로토콜에 대해 설명합니다.

에피 솜과 HDAC 억제제를 사용하여 혈액에서 효율적인 유도 만능 줄기 세포 생성

우리는 마우스 배아 줄기 세포 배양에 대 한 두 개의 화학 기반 프로토콜 자세히 설명 합니다. 이 새로운 메서드 (비타민 C)에 의해 Tet 중재 산화를 촉진 하 고 DNA hypomethylation 마우스 배아 줄기 세포의 pluripotency를 유지 하기 위해 5-methylcytosine (PD0325901)에 의해의 de novo 종합 억압의 시너지 메커니즘을 활용 합니다.

MEK 억제제 PD0325901와 비타민 C를 사용 하 여 마우스 배아 줄기 세포의 게놈 Hypomethylation 유지 하는 대안 문화 방법

자세한 프로토콜 설계 분할-TET2 효소 (사이 다) 화학 유도할 수 있는 DNA hydroxymethylation 및 후 리 모델링 포유류 세포에 도입 되 게 됩니다.

화학을 유도할 수 있는 DNA Hydroxymethylation 및 후 리 모델링 설계 분할-TET2 효소

Chromatin 환경 규칙은 적절 한 유전자 발현에 필요한 필수적인 과정 이다. 우리가 chromatin 수정의 채용을 통해 유전자 발현을 제어 하기 위한 메서드를 설명 하는 여기, 유전자 및 가역 방식 기계.

세포질 기계 화학 Epigenetic 한정자를 리디렉션하여 억압 유전자 전사

타겟 DNA epigenome 나타냅니다 편집 강력한 치료 접근. 이 프로토콜에 설명 합니다 생산, 정화, 그리고 모든-에-하나의 lentiviral 벡터 인간 유도 만능 줄기 세포 (hiPSC)에서 epigenome 편집 응용 프로그램에 대 한 CRISPR-dCas9-DNMT3A transgene 은닉의 농도-신경 파생.

인간으로 Epigenome 편집 도구의 효율적인 배달 lentiviral 벡터 플랫폼 유도 만능 줄기 세포 유래 질병 모델

여기서는 화학적 후성유전학적 소거와 메카노센싱 관련 단서를 결합하여 유전자 형질감염이나 레트로바이러스 벡터가 필요 없이 포유동물 다능성 세포를 효율적으로 생성하는 방법을 제시한다. 따라서이 전략은 번역 의학에 유망하며 줄기 세포 오가노이드 기술의 주목할만한 발전을 나타냅니다.

후성유전학적 변형과 생체역학적 단서를 결합하여 포유류 다능성 세포를 생성하는 두 단계 전략

여기에서는 높고, 장기적이며, 안정적이며, 표적 침묵 효율이 높고 게놈 전체, 표적 외 활성이 낮은 조작된 전사 억제제(ETR)의 시험관 내 선택을 위한 프로토콜을 제시합니다. 이 워크플로우를 통해 후보 ETR의 초기 복잡한 레퍼토리를 짧은 목록으로 줄일 수 있으며, 이는 치료적으로 관련된 환경에서 추가 평가에 적합합니다.

In Vitro (시험관 ) 표적 후성유전학적 침묵을 위한 엔지니어링된 전사 억제제 선택

조혈 줄기 및 전구 세포 (HSPC)의 체세포 돌연변이를 충실하게 모델링하는 새로운 전략은 조혈 줄기 세포 생물학 및 혈액 악성 종양을 더 잘 연구하는 데 필요합니다. 여기에서는 CRISPR/Cas9의 사용과 이중 rAAV 공여체 형질도입을 결합하여 HSPC에서 이형접합체 기능 획득 돌연변이를 모델링하는 프로토콜이 설명됩니다.

인간 조혈 줄기 및 전구 세포에서 발암성 이형접합체 기능 획득 돌연변이 공학

이 프로토콜은 플라스미드 DNA 형질주입 및 mRNA 핵 박션을 사용하여 인간 세포주에서 CRISPR(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) 기반 후성유전체 편집 방법을 설명합니다.

Plasmid DNA Transfection 및 mRNA Nucleofection Delivery를 사용한 인간 세포의 CRISPR 에피게놈 편집

CRISPR/Cas9 기술을 사용하여 homology-mediated end joining (HMEJ) DNA repair pathway를 통해 1차 인간 T 세포에서 큰 multicistronic 구조체의 고효율 표적 knock-in을 달성하기 위한 자세한 프로토콜이 제공됩니다. 이 cGMP 적응 프로토콜로 조작된 T 세포는 우수한 세포 증식, 세포 독성 및 사이토카인 생산을 유지합니다.

대형 DNA 주형의 상동성 매개 말단 결합을 통한 일차 인간 T 세포의 비바이러스 공학

배우세요 K562 세포에서 dCas9-DNMT3A 및 dCas9-HDAC1 융합 단백질을 이용한 이중 벡터 에피솜 전략으로 안정적인 표적 DNA 메틸화를 유도하는 후성유전학적 공학 방법을. 이 기술은 정밀한 후성유전학적 편집과 오프타겟 효과 감소를 가능하게 합니다.

K562 세포의 후성유전학적 공학: dCas9-DNMT3A 및 -HDAC1 융합 단백질을 사용한 안정적인 표적 DNA 메틸화를 위한 이중 벡터 에피솜 전략

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