A Computational Pipeline for Intergenic/Intragenic Enhancer RNA Quantification in Mouse Embryonic Stem Cells

Myunggeun Oh; Seunghwa Jeong; Seung-Kyoon Kim

doi:10.3791/69400

마우스 배아 줄기 세포에서 유전자 간/유전자 내 인핸서 RNA 정량화를 위한 계산 파이프라인

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Genetics

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A Computational Pipeline for Intergenic/Intragenic Enhancer RNA Quantification in Mouse Embryonic Stem Cells

마우스 배아 줄기 세포에서 유전자 간/유전자 내 인핸서 RNA 정량화를 위한 계산 파이프라인

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06:02 min

October 28, 2025

DOI: 10.3791/69400-v

Myunggeun Oh*¹, Seunghwa Jeong*¹, Seung-Kyoon Kim¹

¹Department of Convergent Bioscience and Informatics, and Graduate School of Biological Sciences,Chungnam National University (CNU)

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

이 프로토콜은 초기 인핸서 전사체를 정량화하기 위한 간소화된 계산 파이프라인을 제공합니다. 염색질 접근성, 염색질 특징 및 전사 데이터를 통합함으로써 복잡한 유전자 내 영역에서 인핸서 활성에 대한 정확한 검출 및 가닥 특이적 분석을 가능하게 하는 동시에 광범위한 생물정보학 교육 없이도 연구자가 접근할 수 있습니다.

우리 연구팀은 강화제 후생유전학과 후생전사체학을 연구하며, 강화제 RNA를 강화제 활성화 지표로서 정량화하는 정확한 방법 개발에 집중하고 있습니다. 유전자 내 증강제가 숙주 전사체와 함께 존재하기 때문에, 증강체 DER 신호를 구별하고 정량화하는 것은 도전적입니다. 시작하려면 터미널을 열고 인핸서 식별에 필요한 파일과 참조를 준비하는 명령을 입력하세요.

터미널에서 작업 디렉터리에 들어가는 명령어를 입력하세요. 그 다음 인핸서 식별 스크립트를 현재 디렉터리에 복사하는 명령을 실행하세요. 그 다음 해당 명령을 실행하여 gen code 주석을 사용해 프로모터 영역, 유전자체 및 단백질 코딩 유전자에 대한 BED 파일을 생성합니다.

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