Name: 마우스 배아 줄기 세포에서 유전자 간/유전자 내 인핸서 RNA 정량화를 위한 계산 파이프라인 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-28T14:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 2 s
Description: 배우세요 마우스 배아 줄기 세포에서 유전자 간 및 유전자 내 인핸서 RNA를 정량화하는 계산 파이프라인을 사용하는 방법을. 이 프로토콜은 염색질 접근성과 전사 데이터를 통합하여 정확한 인핸서 활성 분석을 가능하게 합니다.

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<ol><li>Bulger, M., Groudine, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+and+mechanistic+diversity+of+distal+transcription+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Functional and mechanistic diversity of distal transcription enhancers.</a> Cell. 144 (3), 327-339 (2011).</li>
<li>Smith, E., Shilatifard, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+biology+and+enhanceropathies%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Enhancer biology and enhanceropathies.</a> Nat Struct Mol Biol. 21 (3), 210-219 (2014).</li>
<li>Li, W., Notani, D., Rosenfeld, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancers+as+non-coding+RNA+transcription+units%3A+recent+insights+and+future+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Enhancers as non-coding RNA transcription units: recent insights and future perspectives.</a> Nat Rev Genet. 17 (4), 207-223 (2016).</li>
<li>Whyte, W. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((transcription+factors+and+mediator+establish+super-enhancers+at+key+cell+identity+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">transcription factors and mediator establish super-enhancers at key cell identity genes.</a> Cell. 153 (2), 307-319 (2013).</li>
<li>Plank, J. L., Dean, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+function%3A+mechanistic+and+genome-wide+insights+come+together%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Enhancer function: mechanistic and genome-wide insights come together.</a> Mol Cell. 55 (1), 5-14 (2014).</li>
<li>Alexander, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Brg1+modulates+enhancer+activation+in+mesoderm+lineage+commitment%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Brg1 modulates enhancer activation in mesoderm lineage commitment.</a> Development. 142 (8), 1418-1430 (2015).</li>
<li>Huang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+control+of+enhancer+repertoires+drives+lineage+and+stage-specific+transcription+during+hematopoiesis%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Dynamic control of enhancer repertoires drives lineage and stage-specific transcription during hematopoiesis.</a> Dev Cell. 36 (1), 9-23 (2016).</li>
<li>Xiong, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+identification+and+characterization+of+enhancers+across+10+human+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Genome-wide identification and characterization of enhancers across 10 human tissues.</a> Int J Biol Sci. 14 (10), 1321-1332 (2018).</li>
<li>Heintzman, N. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+modifications+at+human+enhancers+reflect+global+cell-type-specific+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression.</a> Nature. 459 (7243), 108-112 (2009).</li>
<li>Creyghton, M. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+H3K27ac+separates+active+from+poised+enhancers+and+predicts+developmental+state%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and predicts developmental state.</a> Proc Natl Acad Sci. 107 (50), 21931-21936 (2010).</li>
<li>Calo, E., Wysocka, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modification+of+enhancer+chromatin%3A+what%2C+how%2C+and+why%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Modification of enhancer chromatin: what, how, and why.</a> Mol Cell. 49 (5), 825-837 (2013).</li>
<li>Barakat, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+dissection+of+the+enhancer+repertoire+in+human+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Functional dissection of the enhancer repertoire in human embryonic stem cells.</a> Cell Stem Cell. 23 (2), 276-288 (2018).</li>
<li>Kim, T. -K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Widespread+transcription+at+neuronal+activity-regulated+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Widespread transcription at neuronal activity-regulated enhancers.</a> Nature. 465 (7295), 182-187 (2010).</li>
<li>Melgar, M. F., Collins, F. S., Sethupathy, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery+of+active+enhancers+through+bidirectional+expression+of+short+transcripts%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Discovery of active enhancers through bidirectional expression of short transcripts.</a> Genome Biol. 12 (11), R113(2011).</li>
<li>Djebali, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Landscape+of+transcription+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Landscape of transcription in human cells.</a> Nature. 489 (7414), 101-108 (2012).</li>
<li>Gorbovytska, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+stimulate+Pol+II+pause+release+by+harnessing+multivalent+interactions+to+NELF%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs stimulate Pol II pause release by harnessing multivalent interactions to NELF.</a> Nat Commun. 13 (1), 2429(2022).</li>
<li>Mousavi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((eRNAs+promote+transcription+by+establishing+chromatin+accessibility+at+defined+genomic+loci%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">eRNAs promote transcription by establishing chromatin accessibility at defined genomic loci.</a> Mol Cell. 51 (5), 606-617 (2013).</li>
<li>Hsieh, C. -L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+participate+in+androgen+receptor-driven+looping+that+selectively+enhances+gene+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs participate in androgen receptor-driven looping that selectively enhances gene activation.</a> Proc Natl Acad Sci. 111 (20), 7319-7324 (2014).</li>
<li>Schaukowitch, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNA+facilitates+NELF+release+from+immediate+early+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNA facilitates NELF release from immediate early genes.</a> Mol Cell. 56 (1), 29-42 (2014).</li>
<li>Pnueli, L., Rudnizky, S., Yosefzon, Y., Melamed, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+transcribed+from+a+distal+enhancer+is+required+for+activating+the+chromatin+at+the+promoter+of+the+gonadotropin+%CE%B1-subunit+gene%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">RNA transcribed from a distal enhancer is required for activating the chromatin at the promoter of the gonadotropin α-subunit gene.</a> Proc Natl Acad Sci. 112 (14), 4369-4374 (2015).</li>
<li>Sabari, B. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coactivator+condensation+at+super-enhancers+links+phase+separation+and+gene+control%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Coactivator condensation at super-enhancers links phase separation and gene control.</a> Science. 361 (6400), eaar3958(2018).</li>
<li>Nair, S. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phase+separation+of+ligand-activated+enhancers+licenses+cooperative+chromosomal+enhancer+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Phase separation of ligand-activated enhancers licenses cooperative chromosomal enhancer assembly.</a> Nat Struct Mol Biol. 26 (3), 193-203 (2019).</li>
<li>Lee, J. -H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNA+m6A+methylation+facilitates+transcriptional+condensate+formation+and+gene+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNA m6A methylation facilitates transcriptional condensate formation and gene activation.</a> Mol Cell. 81 (16), 3368-3385 (2021).</li>
<li>Chen, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+RNAs+in+transcriptional+regulation%3A+recent+insights%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Enhancer RNAs in transcriptional regulation: recent insights.</a> Front Cell Dev Biol. 11, 1205540(2023).</li>
<li>Moon, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Embryonic+stem+cell-specific+intragenic+enhancer+RNA+essential+for+NSUN2-mediated+stem+cell+fate+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Macromol%22%5BJournal%5D)">Embryonic stem cell-specific intragenic enhancer RNA essential for NSUN2-mediated stem cell fate regulation.</a> Int J Biol Macromol. 245, 470(2025).</li>
<li>Tuvikene, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intronic+enhancer+region+governs+transcript-specific+Bdnf+expression+in+rodent+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Intronic enhancer region governs transcript-specific Bdnf expression in rodent neurons.</a> Elife. 10, e65161(2021).</li>
<li>Cheng, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intronic+enhancers+of+the+human+SNCA+gene+predominantly+regulate+its+expression+in+brain+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Intronic enhancers of the human SNCA gene predominantly regulate its expression in brain in vivo.</a> Sci Adv. 8 (47), eabq6324(2022).</li>
<li>Hobson, D. J., Wei, W., Steinmetz, L. M., Svejstrup, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+polymerase+II+collision+interrupts+convergent+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">RNA polymerase II collision interrupts convergent transcription.</a> Mol Cell. 48 (3), 365-374 (2012).</li>
<li>Cinghu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intragenic+enhancers+attenuate+host+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Intragenic enhancers attenuate host gene expression.</a> Mol Cell. 68 (1), 104-117 (2017).</li>
<li>Bressin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-sensitive+nascent+transcript+sequencing+reveals+BRD4-specific+control+of+widespread+enhancer+and+target+gene+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">High-sensitive nascent transcript sequencing reveals BRD4-specific control of widespread enhancer and target gene transcription.</a> Nat Commun. 14 (1), 4971(2023).</li>
<li>Lee, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Introductory+analysis+and+validation+of+CUT%26RUN+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Introductory analysis and validation of CUT&RUN sequencing data.</a> J Vis Exp. (214), e67359(2024).</li>
<li>How to install Linux on Windows with WSL. , Microsoft. 
 <a target="_blank" href="https://learn.microsoft.com/en-us/windows/wsl/install">https://learn.microsoft.com/en-us/windows/wsl/install</a> (2025).</li>
<li>Terminal user guide. , Apple. 
 <a target="_blank" href="https://support.apple.com/guide/terminal/welcome/mac">https://support.apple.com/guide/terminal/welcome/mac</a> (2025).</li>
<li>How to open terminal in Linux. , GeeksforGeeks. 
 <a target="_blank" href="https://www.geeksforgeeks.org/linux-unix/how-to-open-terminal-in-linux/">https://www.geeksforgeeks.org/linux-unix/how-to-open-terminal-in-linux/</a> (2025).</li>
<li>Simon, A. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSimon%2C+A+%22FastQC%3A+a+quality+control+tool+for+high+throughput+sequence+data%22">FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data</a>. Version 0.10.1, (2010).</li>
<li>Krueger, F. Trim Galore!: a wrapper around Cutadapt and FastQC to consistently apply adapter and quality trimming to FastQ files, with extra functionality for RRBS data. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKrueger%2C+F+%22Babraham+Inst%22">Babraham Inst</a>. , (2015).</li>
<li>Martin, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cutadapt+removes+adapter+sequences+from+high-throughput+sequencing+reads%5BTitle%5D)+AND+%22EMBnet+J%22%5BJournal%5D)">Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads.</a> EMBnet J. 17 (1), 3(2011).</li>
<li>Langmead, B., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+gapped-read+alignment+with+Bowtie+2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.</a> Nat Methods. 9 (4), 357-359 (2012).</li>
<li>Li, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+sequence+alignment%2Fmap+format+and+SAMtools%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">The sequence alignment/map format and SAMtools.</a> Bioinformatics. 25 (16), 2078-2079 (2009).</li>
<li>Tarasov, A., Vilella, A. J., Cuppen, E., Nijman, I. J., Prins, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sambamba%3A+fast+processing+of+NGS+alignment+formats%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Sambamba: fast processing of NGS alignment formats.</a> Bioinformatics. 31 (12), 2032-2034 (2015).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Model-based+analysis+of+ChIP-Seq+%28MACS%29%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS).</a> Genome Biol. 9 (9), R137(2008).</li>
<li>Quinlan, A. R., Hall, I. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BEDTools%3A+a+flexible+suite+of+utilities+for+comparing+genomic+features%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features.</a> Bioinformatics. 26 (6), 841-842 (2010).</li>
<li>Heinz, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+combinations+of+lineage-determining+transcription+factors+prime+cis-regulatory+elements+required+for+macrophage+and+B+cell+identities%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Simple combinations of lineage-determining transcription factors prime cis-regulatory elements required for macrophage and B cell identities.</a> Mol Cell. 38 (4), 576-589 (2010).</li>
<li>Kent, W. J., Zweig, A. S., Barber, G., Hinrichs, A. S., Karolchik, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BigWig+and+BigBed%3A+enabling+browsing+of+large+distributed+datasets%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">BigWig and BigBed: enabling browsing of large distributed datasets.</a> Bioinformatics. 26 (17), 2204-2207 (2010).</li>
<li>Amemiya, H. M., Kundaje, A., Boyle, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ENCODE+blacklist%3A+identification+of+problematic+regions+of+the+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">The ENCODE blacklist: identification of problematic regions of the genome.</a> Sci Rep. 9 (1), 9354(2019).</li>
<li>Liao, Y., Smyth, G. K., Shi, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((featureCounts%3A+an+efficient+general+purpose+program+for+assigning+sequence+reads+to+genomic+features%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">featureCounts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features.</a> Bioinformatics. 30 (7), 923-930 (2014).</li>
<li>Ramírez, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((deepTools2%3A+a+next+generation+web+server+for+deep-sequencing+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">deepTools2: a next generation web server for deep-sequencing data analysis.</a> Nucleic Acids Res. 44, W160(2016).</li>
<li>Wickham, H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aWickham%2C+H+%22ggplot2%3A+elegant+graphics+for+data+analysis%22">ggplot2: elegant graphics for data analysis</a>. , Springer. 189-201 (2016).</li>
<li>Wilke, C. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((cowplot%3A+streamlined+plot+theme+and+plot+annotations+for+ggplot2%5BTitle%5D)+AND+%22CRAN+Contrib.+Packages%22%5BJournal%5D)">cowplot: streamlined plot theme and plot annotations for ggplot2.</a> CRAN Contrib. Packages. , (2015).</li>
<li>Andersson, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+atlas+of+active+enhancers+across+human+cell+types+and+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An atlas of active enhancers across human cell types and tissues.</a> Nature. 507 (7493), 455-461 (2014).</li>
<li>Spicuglia, S., Vanhille, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+signatures+of+active+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleus%22%5BJournal%5D)">Chromatin signatures of active enhancers.</a> Nucleus. 3 (2), 126-131 (2012).</li>
<li>Zentner, G. E., Tesar, P. J., Scacheri, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+signatures+distinguish+multiple+classes+of+enhancers+with+distinct+cellular+functions%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Epigenetic signatures distinguish multiple classes of enhancers with distinct cellular functions.</a> Genome Res. 21 (8), 1273-1283 (2011).</li>
<li>Blinka, S., Reimer, M. H., Pulakanti, K., Rao, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-enhancers+at+the+Nanog+locus+differentially+regulate+neighboring+pluripotency-associated+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Super-enhancers at the Nanog locus differentially regulate neighboring pluripotency-associated genes.</a> Cell Rep. 17 (1), 19-28 (2016).</li>
<li>Zhao, S., Ye, Z., Stanton, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Misuse+of+RPKM+or+TPM+normalization+when+comparing+across+samples+and+sequencing+protocols%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Misuse of RPKM or TPM normalization when comparing across samples and sequencing protocols.</a> RNA. 26 (8), 903-909 (2020).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>침대 도구</td><td>퀸란 연구소, 유타 대학교 &nbsp;</td><td>v2.31.1</td><td>BED 파일 편집을 위한 유틸리티</td></tr><tr><td>나우타이2</td><td>랭미드 연구소, 존스 홉킨스 대학교</td><td>v2.5.4</td><td>참조 게놈에 리드를 매핑하는 다중 스레드 정렬기</td></tr><tr><td>카우플롯</td><td>윌크 연구소, 텍사스 대학교</td><td>v1.2.0</td><td>ggplot2 기반 도표를 결합하고 정렬하는 도구</td></tr><tr><td>컷 적응</td><td>스톡홀름 대학교 생명을 위한 과학 연구소</td><td>v5.1</td><td>어댑터 및 폴리-A/G 테일 트리머</td></tr><tr><td>딥툴</td><td>막스 플랑크 연구소 생물정보학 시설</td><td>v3.5.6</td><td>정의된 유전체 영역에서 리드를 정량화하는 리드 카운팅 도구</td></tr><tr><td>FASTQC</td><td>바브라함 생물정보학, 바브라함 연구소</td><td>v0.12.1</td><td>시퀀싱 리드의 품질 관리</td></tr><tr><td>featureCounts (서브리드)</td><td>모나시 대학교 시 연구소</td><td>v2.1.1</td><td>지정된 유전체 영역에 대한 원시 읽기 카운팅 도구</td></tr><tr><td>호머</td><td>캘리포니아 대학교 샌디에이고 캠퍼스(UCSD) 베너 연구소</td><td>v5.1</td><td>ChIP-seq, ATAC-seq, 초기 RNA 분석을 위한 툴킷; 태그 디렉터리 생성 및 신호 프로파일링 포함</td></tr><tr><td>맥스3</td><td>찬 저커버그 이니셔티브</td><td>v3.0.3</td><td>ChIP-seq 및 ATAC-seq 데이터셋의 피크 호출</td></tr><tr><td>피그즈</td><td>.</td><td>v2.8</td><td>gzip 압축 파일을 생성하기 위한 다중 스레드 압축 도구</td></tr><tr><td>삼밤바</td><td>페테르부르크 국립대학교</td><td>v1.0.1</td><td>다중 스레드 SAM/BAM 파일 처리 도구 키트</td></tr><tr><td>샘툴</td><td>웰컴 트러스트 생거 연구소</td><td>v1.22.1</td><td>SAM/BAM 파일 처리 및 조작을 위한 도구</td></tr><tr><td>SRA-툴</td><td>국립생명공학정보센터(NCBI)</td><td>v3.2.0</td><td>NCBI SRA 데이터베이스에서 SRR 파일을 다운로드하기 위해</td></tr><tr><td>타이디버스</td><td>포지트 PBC</td><td>v2.0.0</td><td>데이터 조작 및 시각화를 위한 R 패키지 모음</td></tr><tr><td>트림-갤러(트림-갤러)</td><td>알토스 연구소, 케임브리지 과학 연구소</td><td>v0.6.10</td><td>어댑터와 다중 스레딩을 이용한 저품질 베이스 트리밍</td></tr><tr><td>Ubuntu 20.04</td><td></td><td></td><td>파이프라인 개발 및 테스트</td></tr><tr><td>UCSC-bedBlogtobigwig&nbsp;</td><td>캘리포니아 대학교 산타크루즈 캠퍼스 켄트 연구소</td><td>V482</td><td>bigWig 신호 트랙을 생성하는 도구</td></tr></tbody></table>

마우스 배아 줄기 세포에서 유전자 간/유전자 내 인핸서 rna 정량화를 위한 계산 파이프라인

A Computational Pipeline for Intergenic/Intragenic Enhancer RNA Quantification in Mouse Embryonic Stem Cells

인핸서 전사체 정량화 파이프라인을 위한 개략적인 워크플로우 공개적으로 사용 가능한 ChIP-seq(H3K27ac, H3K4me1), ATAC-seq 및 GRO-seq 데이터 세트(표 1)는 주로 검증을 위해 설계된 표준화된 파이프라인으로 처리되었습니다. 어댑터 트리밍 및 품질 필터링은 Trim Galore 및 Cutadapt를 사용하여 수행한 다음 Bowtie2를 사용하여 mm10 참조 게놈에 정렬했습니다(프로토콜 6단계에서 자세히 설명됨). ChIP-seq 및 ATAC-seq의 경우 MACS3로 피크를 식별하고 다운스트림 시각화 및 정량 분석을 위해 HOMER 및 ucsc-bedgraphtobigwig를 사용하여 신호 강도 트랙(bigWig 파일)을 생성했습니다(그림 1A). 이러한 일관된 전처리는 데이터 호환성을 보장하고 분석별 편향을 최소화하며 다...

마우스 배아 줄기 세포에서 유전자 간/유전자 내 인핸서 RNA 정량화를 위한 계산 파이프라인

Core cis-regulatory elements known as enhancers play a central role in enabling precise transcriptional regulation of target genes that control diverse ...

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Research

연구

JoVE Journal

Genetics

유전학

우리는 신속하게 식별하고 마우스 배아 줄기 세포 유지 및 자기 갱신을 조절 유전자를 특성화하기 위해 형광 기자 분석을 설명합니다.

마우스 배아 줄기 세포 유지 보수 및 자체 갱신을 조절 유전자를 공부하는 Oct4GiP 리포터 분석

단일 세포 유전자 발현 분석은 줄기 세포 이질성을 이해하는데 필요하다.

정량적 RT-PCR에 의해 개별 인간 배아 줄기 세포를 프로파일 링

이 프로토콜은 마우스 착상 전 배아 계통 명세서를 연구하는 단백질 발현의 정량적 분석 시츄, 단일 셀을 수행하는 방법을 제시한다. 포배의 수집에 필요한 절차, 단백질의 면역 검출을 전체 마운트, 공 초점 현미경, 핵 세분화 및 이미지 분석에 샘플 영상은 설명한다.

단백질 발현의 정량 분석​​은 마우스 착상 전의 배아에서 리니지 사양을 공부하기

이 작업에서는 활성 인핸서를 식별하고 실험적으로 검증하는 방법에 대한 실험적 워크플로를 제공합니다.

예측 및 유전자 규제 요소의 검증은 레티노 산 유도 배아 동안 활성화 된 세포 분화 줄기

이 프로토콜 설계 및 다중화 비활성화 융해 단백질 SID4X-dCas9-리아로 알려진 또한 증강 간섭 (증강 인자-i)와 강화의 대상으로 수행 하는 데 필요한 단계를 설명 합니다. 이 프로토콜 유전자 발현을 조절 하는 강화의 식별을 가능 하 게 일반적인 대상 유전자 규제 강화 간의 관계의 해 부를 촉진 한다.

증강 기능 다중 CRISPR 기반 증강 간섭 셀 라인에서의 해 부

여기에서 우리는 마우스 배아 조직에서 유전자 발현을 프로파일링하는 다중단일 세포 mRNA 염기서열 분석방법을 제시했다. 멀티플렉싱 전략과 결합된 액적 기반 단일 세포 mRNA 염기서열 분석(scRNA-Seq) 방법은 여러 샘플에서 단일 세포를 동시에 프로파일링할 수 있어 시약 비용을 크게 줄이고 실험 배치 효과를 최소화합니다.

마우스 배아 세포의 다중화 단세포 mRNA 염기서열 분석

우리는 배아 줄기 세포에서 생성된 배아 체에서 높은 처리량 시퀀싱에 이어 정량적 염색체 형성 캡처의 적용을 보고합니다. 이 기술은 배아 줄기 세포 분화 동안 주어진 유전자의 putative 강화제와 프로모터 영역 사이의 접촉을 식별하고 정량화할 수 있습니다.

정량적 염색체 형성(4C)에 의한 배아체에서 증강-프로모터 접촉 식별

이 프로토콜은 위상 연관 도메인(TAD)의 경계 및 조절 및 기타 DNA 서열 요소 간의 장거리 염색질 상호 작용을 포함하여 고해상도에서 메가 기반 크기의 표적 게놈 영역의 3D 조직을 특성화하는 데 사용되는 Capture Hi-C 방법을 설명합니다.

Capture Hi-C를 통한 고분해능 3D 염색질 조직 해독

본 프로토콜은 2i 및 LIF 배지를 사용한 배양 중 마우스 배아 줄기 세포의 역 다중-transfection 방법을 설명합니다. 이 방법은 기존의 forward transfection 프로토콜보다 더 높은 생존력과 효율성을 제공하는 동시에 plasmid 비율의 one-pot 최적화를 가능하게 합니다.

핵산 비율의 신속한 탐색을 위해 최적화된 마우스 배아 줄기 세포 기반 역 Poly-transfection 기술

이 논문은 단일 세포 및 핵의 염기서열 분석을 위한 gastrulating mouse embryos의 고품질 single-cell 및 nuclei suspensions를 위한 파이프라인을 설정합니다.

돌연변이 전체 마우스 배아의 단일 세포 RNA 염기서열 분석: epiblast에서 gastrulation 말기까지

이 프로토콜은 악티노마이신 D 처리, RT-qPCR, 비선형 회귀분석을 사용하여 마우스 배아 줄기세포 내 유전자 간 및 유전자 내 강화자 RNA의 안정성과 반감기를 정량적으로 측정합니다. 위치별 정규화 전략이 eRNA 붕괴 역학을 맥락 의존적으로 정확하게 모델링하기 위해 도입됩니다.

마우스 배아 줄기세포에서 증강제 RNA 안정성의 최적화된 정량적 평가

배우세요 마우스 배아 줄기 세포에서 유전자 간 및 유전자 내 인핸서 RNA를 정량화하는 계산 파이프라인을 사용하는 방법을. 이 프로토콜은 염색질 접근성과 전사 데이터를 통합하여 정확한 인핸서 활성 분석을 가능하게 합니다.

마우스 배아 줄기 세포에서 유전자 간/유전자 내 인핸서 RNA 정량화를 위한 계산 파이프라인

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