EasyFiji: 피지에서 사용자 친화적인 형광 이미지 처리를 위한 그래픽 인터페이스

피지를 사용해본 적이 있다면, 얼마나 강력한지, 그리고 이런 메뉴와 설정에 얼마나 빨리 빠져들 수 있는지 알 것입니다. EasyFiji는 간단한 버튼, 슬라이더, 스마트 도구로 이미지 처리의 스트레스를 덜어줍니다. 피지지만 친근해.

EasyFiji를 설치하는 권장 방법은 피지 업데이트 사이트를 통해서입니다. 도움말, 업데이트, 업데이트 사이트 관리, 그리고 EasyFiji를 입력하면 됩니다. 이 버튼을 클릭하고 적용 후 닫으세요.

변경 사항을 적용한 후 EasyFiji를 재시작하세요. 고급 사용자는 GitHub 웹페이지에서 JAR 파일을 다운로드할 수도 있었습니다. 색상 채널 조정을 위해 다중 채널 이미지를 열고, 채널 색상 탭을 사용해 다양한 조회 테이블을 선택할 수 있습니다.

빨강, 초록, 파랑, 추가 채널을 선택할 수 있고, 특정 채널을 비활성화하기 위해 검은색을 선택할 수도 있습니다. 모든 채널을 사용해 모든 채널 색상을 표시하거나, 각 채널을 특정 채널만 표시할 수도 있습니다. 게인 슬라이더의 경우 이미지를 더 밝게 만들 수 있습니다.

이미지가 너무 어두우면 더 밝게 만들 수 있습니다. 그리고 오프셋 쪽에서는 이미지에 최소 강도를 설정할 수 있습니다. 그래서 모든 채널의 색상을 조절하거나 특정 채널만 조정할 수 있습니다.

채널 뷰를 위해 관심 있는 이미지를 열어보세요. 이 영상은 다중 채널 이미지입니다. 각 채널마다 강도와 위치가 다릅니다.

공동위치 버튼은 두 개의 채널을 사용해 RGB 이미지를 생성합니다. 두 채널이 비슷한 강도를 가진 영역은 노란색으로 표시하여 강조합니다. FFMerge 버튼도 두 채널을 RGB 디스플레이로 결합하지만 다른 방식으로 결합합니다.

여기서는 각 채널이 똑같이 보이도록 유지됩니다. 이로 인해 겹치는 영역을 해석하기 쉽게 채널 밸런스를 잃지 않습니다. FGMerge 버튼은 하나 이상의 채널을 녹색 스케일 채널에 겹쳐 놓습니다.

DIC나 EM 같은 녹색 스케일 이미지와 결합할 때 유용합니다. 채널은 녹색 스케일 채널 크기로 보존되어, 전체적인 대비가 훨씬 더 좋은 화질을 제공합니다. 여기 FGMerge를 사용한 또 다른 예시 이미지가 있습니다. 스택 뷰의 경우, EasyFiji 플러그인이 최대 강도 투영, 직교 슬라이스 뷰, 그리고 키모그래프 같은 기능을 제공합니다.

이미지 처리 탭. 이미지를 열고, 녹화 버튼을 눌러 녹화 시작 명령을 실행하세요. 부드러운 기능은 가우시안 블러를 적용하고, 노이즈 제거 기능은 중앙값 필터를 적용하며, 샤프닝 버튼은 2D 선명한 마스크를 적용하고, 피사체 배경은 롤링 볼 신호를 적용해 롤링 볼 알고리즘을 통해 배경을 제거합니다.

적용된 룩업 테이블은 디스플레이 패널에 지정된 게인과 오프셋을 변경합니다. 여기서는 이 처리 명령을 적용한 후 이미지 품질이 훨씬 좋아지는 것을 볼 수 있었습니다. 여기서는 Local Correction 버튼을 사용해 보정 계수를 적용하여 각 프레임의 중간 강도가 적합 곡선 값에 국소적으로 적용되는 예시를 보여드리겠습니다.

동일한 데이터셋에 국소 및 전역 보정을 순차적으로 적용할 수 있습니다. 여기서는 표백제 보정 전후의 강도 프로필을 보여줍니다. 신호가 수정된 것을 볼 수 있었습니다.

여기서는 다양한 저장 옵션을 보여줍니다. 저장 패널은 전문가가 아닌 사람도 자신이 사용할 올바른 파일 형식을 선택하는 데 적합하게 설계되어 있습니다. 이미지를 원본 데이터셋으로 저장할 수 있습니다.

이미지의 모든 정보가 담겨 있습니다. 프레젠테이션용으로 JPEG로 저장할 수도 있고, 이미지를 PNJ 형식으로 저장할 수도 있습니다. 또한 이미지 스택을 동영상으로 저장할 수도 있습니다.

이미지 정보 패널은 이 패널은 이렇게 획득한 이미지에 대해 공급업체별 메타데이터를 인간이 읽을 수 있도록 표시합니다. 이 영상을 보면 이 플러그인을 사용해 생의학 이미지를 시각화하고 처리하는 방법을 잘 이해하게 될 것입니다. EasyFiji를 개발하는 목적은 생명과학자들이 이미지 분석을 더 쉽고, 더 빠르며, 더 쉽게 접근할 수 있도록 만드는 것입니다.

대비를 차트로 만들거나, 필터를 적용하거나, 이미지 메타데이터를 탐색하든, EasyFiji는 피지와의 작업을 더 원활하고 즐겁게 만들어 드립니다.