Name: EasyFiji: 피지에서 사용자 친화적인 형광 이미지 처리를 위한 그래픽 인터페이스 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-02-20T15:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 9 s
Description: 학습하세요 형광 이미지 처리를 위한 사용자 친화적인 그래픽 인터페이스인 EasyFiji를 사용하는 방법을 배우세요. 이 플러그인은 Fiji(ImageJ)의 기능을 강화하여 생명과학 연구자들의 데이터 분석 효율성을 높입니다.

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<ol><li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Rueden, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ImageJ2%3A+ImageJ+for+the+next+generation+of+scientific+image+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data.</a> BMC Bioinformatics. 18 (1), 529(2017).</li>
<li>Mutterer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Custom+toolbars+and+mini+applications+with+Action+Bar%5BTitle%5D)+AND+%22Figshare%22%5BJournal%5D)">Custom toolbars and mini applications with Action Bar.</a> Figshare. 10 (m9), (2017).</li>
<li>Levet, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developing+open-source+software+for+bioimage+analysis%3A+opportunities+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Res%22%5BJournal%5D)">Developing open-source software for bioimage analysis: opportunities and challenges.</a> F1000Res. 10, 302(2021).</li>
<li>Aaron, J. S., Taylor, A. B., Chew, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Image+co-localization-co-occurrence+versus+correlation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Sci%22%5BJournal%5D)">Image co-localization-co-occurrence versus correlation.</a> J Cell Sci. 131 (3), (2018).</li>
<li>Taylor, A. B., Ioannou, M. S., Watanabe, T., Hahn, K., Chew, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Perceptually+accurate+display+of+two+greyscale+images+as+a+single+colour+image%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">Perceptually accurate display of two greyscale images as a single colour image.</a> J Microsc. 268 (1), 73-83 (2017).</li>
<li>Mary, H., Brouhard, G. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMary%2C+H+%22KymographBuilder%22">KymographBuilder</a>. , https://imagej.net/plugins/kymograph-builder (2016).</li>
<li>Schanda, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchanda%2C+J+%22Colorimetry%3A+understanding+the+CIE+system%22">Colorimetry: understanding the CIE system</a>. , Wiley Interscience. Hoboken. (2007).</li>
<li>Dunn, K. W., Kamocka, M. M., McDonald, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+guide+to+evaluating+colocalization+in+biological+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">A practical guide to evaluating colocalization in biological microscopy.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 300 (4), C723-C742 (2011).</li>
<li>Miura, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bleach+correction+ImageJ+plugin+for+compensating+the+photobleaching+of+time-lapse+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Res%22%5BJournal%5D)">Bleach correction ImageJ plugin for compensating the photobleaching of time-lapse sequences.</a> F1000Res. 9, 1494(2020).</li>
<li>Reid, R. C. Jr, Shapley, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Brightness+induction+by+local+contrast+and+the+spatial+dependence+of+assimilation%5BTitle%5D)+AND+%22Vision+Res%22%5BJournal%5D)">Brightness induction by local contrast and the spatial dependence of assimilation.</a> Vision Res. 28 (1), 115-132 (1988).</li>
<li>Stauffer, W., Sheng, H., Lim, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EzColocalization%3A+an+ImageJ+plugin+for+visualizing+and+measuring+colocalization+in+cells+and+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">EzColocalization: an ImageJ plugin for visualizing and measuring colocalization in cells and organisms.</a> Sci Rep. 8 (1), 15764(2018).</li>
<li>Taylor, A. B., Ioannou, M. S., Aaron, J., Chew, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Model-free+quantification+and+visualization+of+colocalization+in+fluorescence+images%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">Model-free quantification and visualization of colocalization in fluorescence images.</a> Cytometry A. 93 (5), 504-516 (2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>EasyFiji GitHub 사이트</td><td>오픈 소스</td><td></td><td>https://github.com/stjude/EasyFiji</td></tr><tr><td>이지피지 Image.sc 포럼</td><td>오픈 소스</td><td></td><td>https://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617</td></tr><tr><td>이지피지 ImageJ.net 사이트</td><td>오픈 소스</td><td></td><td>https://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start</td></tr><tr><td>피지 소프트웨어</td><td>오픈 소스</td><td></td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td></tr><tr><td>VLC 미디어 플레이어</td><td>오픈 소스</td><td></td><td>https://www.videolan.org/vlc/</td></tr></tbody></table>

easyfiji: 피지에서 사용자 친화적인 형광 이미지 처리를 위한 그래픽 인터페이스

EasyFiji: A Graphical Interface for User-Friendly Fluorescence Image Processing in Fiji

EasyFiji: 피지에서 사용자 친화적인 형광 이미지 처리를 위한 그래픽 인터페이스

Fiji (Fiji Is Just ImageJ) is an extensive and extensible open-source image processing package widely employed by the bioimage analysis community. ...

easyfiji-graphical-interface-for-user-friendly-fluorescence-image

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

스트렙토마이세스는 세포의 생물학적 수단으로 연구하기 실험적으로 어려운 복잡한 생명 주기를 특징으로 합니다. 여기에서는 미세유체 장치에서 스트렙토마이세스 베네수엘라(Streptomyces venezuelae)를 성장시켜 전체 수명 주기의 형광 저속 현미경을 수행하는 프로토콜을 제시합니다.

전체의 형광 시간 경과 영상<em&gt; S. venezuelae</em미세 유체 장치를 사용&gt; 수명주기

광시트 형광 현미경은 배아 발달을 이미징하기 위한 훌륭한 도구입니다. 이를 통해 생리학적 조건에 가까운 살아있는 배아의 장시간 타임랩스 동영상을 녹화할 수 있습니다. 우리는 넓은 시공간 규모에 걸쳐 제브라피시 눈 발달을 이미징하기 위한 응용 프로그램을 시연하고 다중 보기 데이터 세트의 융합 및 디콘볼루션을 위한 파이프라인을 제시합니다.

이미지 Zebrafish의 눈 개발에 가벼운 시트 형광 현미경을 사용하여

광 시트 계 형광 현미경으로 곤충 배아의 형태 형성을 묘화하는 것은 당 업계의 상태가되었다. 이 프로토콜의 외곽선 Tribolium castaneum 배아 적합한 세 실장 기술을 비교, 실시간 이미징에 매우 적합 개의 신규 주문품 트랜스 제닉 라인들을 도입, 필수적인 품질 관리를 다루고 있으며, 현재 실험적인 한계를 나타낸다.

라이트 시트 기반의 형광 생활의 현미경 또는 고정 및 스테인드<em&gt; Tribolium castaneum</em&gt; 배아

여기에 우리가 두 개의 샘플 처리 기술, 냉동 고압을 결합에 대 한 프로토콜을 현재 그리고 전자 레인지를 이용한 샘플 처리, 집중 된 이온 빔 스캐닝 전자 현미경 (SEM 거짓말)와 데이터 획득에 대 한 포함 하는 최소한의 수 지. 이 마우스 tibial 신경 샘플와 꼬마 선 충을 사용 하 여 보여 줍니다.

고압 냉동, 전자 레인지를 이용한 콘트라스트 향상, 그리고 볼륨 이미지에 대 한 포함 하는 최소한의 수 지에 의해 생물학 견본 준비

여기, 우리는 확산 계수, 형광 현미경 검사 법에 의해 감지 하는 단일 입자의 모션 및 클러스터 크기의 종류의 정량적 인 평가 허용 하는 이미지 분석을 추적 하는 단일 입자에 대 한 프로토콜을 제시.

확산의 분석 및 형광 현미경 검사 법에 의해 수용 체 막의 클러스터 크기에 대 한 프로토콜을 처리 하는 이미지

프로토콜의 전반적인 목표는 세포 없는 단백질 합성에 사용될 수 있는 1cm2 평면 기판에 1백만 개 이상의 주문, 균일, 안정 및 생체 호환 펨토리터 물방울을 준비하는 것입니다.

단일 DNA 분자에서 대규모 병렬 단백질 합성을 위한 펨토리터 물방울 배열

우리는 형광 현미경 이미지의 특정 세포 구획에서 세포 체의 신속한 탐사와 정확한 분석을 위해 구축 된 자유롭게 사용할 수있는 워크플로우를 제시합니다. 이 사용자 친화적인 워크플로우는 오픈 소스 소프트웨어 Icy에서 설계되었으며 ImageJ 기능을 사용합니다. 파이프라인은 이미지 분석에 대한 지식없이 저렴합니다.

하위 구조 분석기: 형광 현미경 이미지에서 세포 체의 신속한 탐색 및 정확한 분석을 위한 사용자 친화적인 워크플로우

옥수수 잎 primordia는 깊숙이 찢어지고 구겨져 연구하기가 어렵습니다. 여기에서 우리는 형광 및 공초점 이미징을 위해 옥수수 잎 원시의 횡단면과 펼쳐진 전체 마운트를 준비하는 방법을 제시합니다.

형광 및 공초점 이미징을 위해 횡단면을 준비하고 옥수수 잎 원시의 전체 마운트를 펼치기 위한 개선된 방법

이 방법은 인간 T 림프구에서 다양한 핵 조직 패턴을 가진 단백질 분포를 평가하기 위한 면역형광 프로토콜 및 정량화 파이프라인을 설명합니다. 이 프로토콜은 시료 전처리부터 시작하여 피지에서 반자동 분석을 실행하는 단계별 지침을 제공하며, Google Colab 노트북을 통한 데이터 처리로 마무리됩니다.

다양한 세포 유형에서 핵체의 동적 변화를 분석하기 위한 다목적 파이프라인

IBEX(Iterative-bleaching-extends-multiplexity)와 상용 뉴클레오티드 표지 분석(Click-iT EdU)의 조합은 고정된 냉동 쥐 조직 절편에서 매우 역동적인 과정에서 분열하는 세포 유형을 검출하고 분류할 수 있습니다. 또한 새로운 오픈 소스 이미지 처리 파이프라인은 처리량이 많은 이미지 획득 및 분석을 제공합니다.

조직 샘플의 피부 세포 표현형 및 증식 상태를 평가하기 위한 고처리량 이미징 및 분석 워크플로우

학습하세요 형광 이미지 처리를 위한 사용자 친화적인 그래픽 인터페이스인 EasyFiji를 사용하는 방법을 배우세요. 이 플러그인은 Fiji(ImageJ)의 기능을 강화하여 생명과학 연구자들의 데이터 분석 효율성을 높입니다.

EasyFiji: 피지에서 사용자 친화적인 형광 이미지 처리를 위한 그래픽 인터페이스

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