Name: CUT and RUN을 이용한 신경내분비 소세포폐암 세포주에서 히스톤 변형 및 전사인자 결합 부위의 전면 지도 작성 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-03T12:30:00.000+00:00
Duration: 11 min 50 s
Description: 배우세요 CUT&RUN-seq를 이용해 신경내분비 소세포폐암 세포주에서 히스톤 변형과 전사인자 결합 부위를 전면 지도 작성하는 방법. 이 기술은 저입력 샘플에서도 강력한 크로마틴 프로파일링을 제공합니다.

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<ol><li>Kimura, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+modifications+for+human+epigenome+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Hum+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone modifications for human epigenome analysis.</a> J Hum Genet. 58 (7), 439-445 (2013).</li>
<li>Millan-Zambrano, G., Burton, A., Bannister, A. J., Schneider, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+post-translational+modifications-cause+and+consequence+of+genome+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone post-translational modifications-cause and consequence of genome function.</a> Nat Rev Genet. 23 (9), 563-580 (2022).</li>
<li>Seligson, D. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+histone+modification+patterns+predict+risk+of+prostate+cancer+recurrence%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Global histone modification patterns predict risk of prostate cancer recurrence.</a> Nature. 435 (7046), 1262-1266 (2005).</li>
<li>Wang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((STAT3+facilitates+super+enhancer+formation+to+promote+fibroblast-to-myofibroblast+differentiation+by+the+analysis+of+ATAC-seq%2C+RNA-seq+and+ChIP-seq%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">STAT3 facilitates super enhancer formation to promote fibroblast-to-myofibroblast differentiation by the analysis of ATAC-seq, RNA-seq and ChIP-seq.</a> J Cell Mol Med. 29 (11), e70639(2025).</li>
<li>Zhao, Z., Shilatifard, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+modifications+of+histones+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Epigenetic modifications of histones in cancer.</a> Genome Biol. 20 (1), 245(2019).</li>
<li>Takumida, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+epigenome+and+transcriptome+analyses+reveal+transcriptional+programs+differentially+regulated+by+ASCL1+and+NEUROD1+in+small+cell+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Integrative epigenome and transcriptome analyses reveal transcriptional programs differentially regulated by ASCL1 and NEUROD1 in small cell lung cancer.</a> Oncogene. 44 (34), 3113-3125 (2025).</li>
<li>Sivakumar, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+analysis+of+a+large+real-world+cohort+of+small+cell+lung+cancer+identifies+distinct+genetic+subtypes+and+insights+into+histologic+transformation%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Integrative analysis of a large real-world cohort of small cell lung cancer identifies distinct genetic subtypes and insights into histologic transformation.</a> Cancer Discov. 13 (7), 1572-1591 (2023).</li>
<li>Rudin, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Author+correction%3A+Molecular+subtypes+of+small+cell+lung+cancer%3A+A+synthesis+of+human+and+mouse+model+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Cancer%22%5BJournal%5D)">Author correction: Molecular subtypes of small cell lung cancer: A synthesis of human and mouse model data.</a> Nat Rev Cancer. 19 (7), 415(2019).</li>
<li>Rhee, H. S., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+genome-wide+protein-DNA+interactions+detected+at+single-nucleotide+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Comprehensive genome-wide protein-DNA interactions detected at single-nucleotide resolution.</a> Cell. 147 (6), 1408-1419 (2011).</li>
<li>Teytelman, L., Thurtle, D. M., Rine, J., van Oudenaarden, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+expressed+loci+are+vulnerable+to+misleading+ChIP+localization+of+multiple+unrelated+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Highly expressed loci are vulnerable to misleading ChIP localization of multiple unrelated proteins.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (46), 18602-18607 (2013).</li>
<li>Skene, P. J., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+efficient+targeted+nuclease+strategy+for+high-resolution+mapping+of+DNA+binding+sites%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites.</a> Elife. 6, e21856(2017).</li>
<li>Skene, P. J., Henikoff, J. G., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+in+situ+genome-wide+profiling+with+high+efficiency+for+low+cell+numbers%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Targeted in situ genome-wide profiling with high efficiency for low cell numbers.</a> Nat Protoc. 13 (5), 1006-1019 (2018).</li>
<li>Meers, M. P., Bryson, T. D., Henikoff, J. G., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+CUT%26RUN+chromatin+profiling+tools%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Improved CUT&RUN chromatin profiling tools.</a> Elife. 8, e46314(2019).</li>
<li>Custers, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cleavage+under+targets+%26+release+using+nuclease+%28CUT%26RUN%29+protocols+for+the+study+of+genetic+and+epigenetic+regulation+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Cleavage under targets & release using nuclease (CUT&RUN) protocols for the study of genetic and epigenetic regulation in cancer.</a> Methods Mol Biol. 2944, 207-225 (2025).</li>
<li>Hainer, S. J., Boskovic, A., McCannell, K. N., Rando, O. J., Fazzio, T. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+of+pluripotency+factors+in+single+cells+and+early+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Profiling of pluripotency factors in single cells and early embryos.</a> Cell. 177 (5), 1319-1329.e11 (2019).</li>
<li>Marroquin-Rivera, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immune-related+transcriptomic+and+epigenetic+reconfiguration+in+BV2+cells+after+lipopolysaccharide+exposure%3A+An+in+vitro+omics+integrative+study%5BTitle%5D)+AND+%22Inflamm+Res%22%5BJournal%5D)">Immune-related transcriptomic and epigenetic reconfiguration in BV2 cells after lipopolysaccharide exposure: An in vitro omics integrative study.</a> Inflamm Res. 73 (2), 211-225 (2024).</li>
<li>Huang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deciphering+the+role+of+histone+modifications+in+memory+and+exhausted+CD8+T+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Deciphering the role of histone modifications in memory and exhausted CD8 T cells.</a> Sci Rep. 15 (1), 17359(2025).</li>
<li>De Sarkar, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nucleosome+patterns+in+circulating+tumor+DNA+reveal+transcriptional+regulation+of+advanced+prostate+cancer+phenotypes%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Nucleosome patterns in circulating tumor DNA reveal transcriptional regulation of advanced prostate cancer phenotypes.</a> Cancer Discov. 13 (3), 632-653 (2023).</li>
<li>Roberti, A., Fraga, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenomic+profiling+of+histone+posttranslational+modifications+in+frozen+cancer+tissue+using+CUT%26RUN%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Epigenomic profiling of histone posttranslational modifications in frozen cancer tissue using CUT&RUN.</a> Methods Mol Biol. 2930, 229-243 (2025).</li>
<li>Black, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Master+regulators+and+cofactors+of+human+neuronal+cell+fate+specification+identified+by+CRISPR+gene+activation+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Master regulators and cofactors of human neuronal cell fate specification identified by CRISPR gene activation screens.</a> Cell Rep. 33 (9), 108460(2020).</li>
<li>Augert, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small+cell+lung+cancer+exhibits+frequent+inactivating+mutations+in+the+histone+methyltransferase+KMT2D%2FMLL2%3A+CALGB+151111+%28Alliance%29%5BTitle%5D)+AND+%22J+Thorac+Oncol%22%5BJournal%5D)">Small cell lung cancer exhibits frequent inactivating mutations in the histone methyltransferase KMT2D/MLL2: CALGB 151111 (Alliance).</a> J Thorac Oncol. 12 (4), 704-713 (2017).</li>
<li>Kaya-Okur, H. S., Janssens, D. H., Henikoff, J. G., Ahmad, K., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+low-cost+chromatin+profiling+with+CUT%26Tag%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Efficient low-cost chromatin profiling with CUT&Tag.</a> Nat Protoc. 15 (10), 3264-3283 (2020).</li>
<li>Yang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((H3K9me3+involved+in+FOXL2+regulation+of+SerpinE2+expression+to+affect+steroid+hormone+synthesis+in+follicular+granulosa+cells%5BTitle%5D)+AND+%22FASEB+J%22%5BJournal%5D)">H3K9me3 involved in FOXL2 regulation of SerpinE2 expression to affect steroid hormone synthesis in follicular granulosa cells.</a> FASEB J. 39 (12), e70730(2025).</li>
<li>Panday, A., Elango, R., Willis, N. A., Scully, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+modified+CUT%26RUN-seq+technique+for+qPCR+analysis+of+chromatin-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">A modified CUT&RUN-seq technique for qPCR analysis of chromatin-protein interactions.</a> STAR Protoc. 3 (3), 101529(2022).</li>
<li>Lardo, S. M., Hainer, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+factor+localization+on+chromatin+using+ultra-low+input+cleavage+under+targets+and+release+using+nuclease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Single-cell factor localization on chromatin using ultra-low input cleavage under targets and release using nuclease.</a> J Vis Exp. (180), e63536(2022).</li>
<li>Hsieh, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Resolving+the+3D+landscape+of+transcription-linked+mammalian+chromatin+folding%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Resolving the 3D landscape of transcription-linked mammalian chromatin folding.</a> Mol Cell. 78 (3), 539-553.e8 (2020).</li>
<li>Mumbach, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HiChIP%3A+Efficient+and+sensitive+analysis+of+protein-directed+genome+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">HiChIP: Efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture.</a> Nat Methods. 13 (11), 919-922 (2016).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td><스트롱>시약</스트롱></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RPMI-1640 미디어 &nbsp;</td><td>깁코 써모피셔 사이언티브</td><td>11875093</td><td>세포 배양 배지</td></tr><tr><td>태아 소 혈청 (FBS)</td><td>신경역학</td><td>FBS002-HI</td><td>세포 배양 배지의 구성 요소</td></tr><tr><td>1% 페니실린-스트렙토마이신&nbsp;</td><td>깁코 써모피셔 사이언티브</td><td>15140122</td><td>항생제, 세포 배양의 박테리아 오염을 방지하기 위한</td></tr><tr><td>트리판 블루 솔루션, 0.4%</td><td>깁코 써모피셔 사이언티브</td><td>15250061</td><td>트라이판 블루 염색을 사용해 자동 세포 계수기를 이용해 투과성을 평가하였다.&nbsp;</td></tr><tr><td>로슈 컴플레트, EDTA 프리 프로이즈 억제제 칵테일</td><td>로슈</td><td>11873580001</td><td>프로테아제 억제제. 워시 버퍼 컴포엔트</td></tr><tr><td>5% 디지토닌&nbsp;</td><td>에피사이퍼</td><td>21-1004</td><td>버퍼 구성 요소 &nbsp; 버퍼 레시피는 버퍼 시트에서 확인할 수 있습니다</td></tr><tr><td>비즈 활성화 버퍼</td><td>에피사이퍼</td><td>21-1001</td><td>버퍼 구성 요소 &nbsp; 버퍼 레시피는 버퍼 시트에서 확인할 수 있습니다</td></tr><tr><td>콘카나발린 A(ConA) 비즈</td><td>에피사이퍼</td><td>21-1401</td><td>ConA 공액 준자성 미세구는 지질막 결합을 가능하게 하는 렉틴 코팅된 자기 구슬입니다</td></tr><tr><td>컷& RUN 키트&nbsp;</td><td>CUTANA ChIC 에피사이퍼</td><td>14-1048</td><td>Reagents for CUT&amp; RUN DNA 생성</td></tr><tr><td>DNA 정화 키트</td><td>CUTANA&nbsp; 에피사이퍼</td><td>14-0050</td><td>반응 이온에서 상부 내에서 방출된 표적 DNA 조각에서 DNA를 추출합니다</td></tr><tr><td>컷& RUN 도서관 준비 키트</td><td>CUTANA 에피사이퍼</td><td>14-001</td><td>CUT&를 생성하세요. RUN 차세대 시퀀싱(NGS) 라이브러리</td></tr><tr><td>그리고 nbsp; DNA 정제 자기 구슬</td><td>아장쿠르 AMPure XP 벡만 쿨터</td><td>A63880</td><td>PCR 프로듀트 정화 및 크기 선택 (예: 어댑터 다이머 및 프라이머 제거)</td></tr><tr><td>대장균 스파이크인 DNA</td><td>에피사이퍼</td><td>18-1401</td><td>일련의 샘플에서 시퀀싱 판독을 보정하기 위한 외부 스파이크인으로 사용됨; 예를 들어, 치료된 상태와 치료되지 않은 상태의 차이</td></tr><tr><td>pAG-MNase</td><td>에피사이퍼</td><td>그리고 nbsp; 15-1016</td><td>1차 항체에 결합한 효소는 칼슘에 의해 활성화되어 결합 단백질 양쪽의 표적 DNA 조각을 절단합니다</td></tr><tr><td>PBS PH7.4 1회</td><td>깁코 (써모피셔 사이언티픽)</td><td>10010-049</td><td>세척 셀</td></tr><tr><td>프리워시 버퍼</td><td>에피사이퍼</td><td>21-1002</td><td>버퍼 구성 요소 &nbsp; 버퍼 레시피는 버퍼 시트에서 확인할 수 있습니다</td></tr><tr><td>dsDNA 고민도&nbsp; 분석 키트</td><td>큐빗TM 써모 피셔 사이언티브</td><td>Q32854</td><td>컷& RUN DNA 정량</td></tr><tr><td>정지 버퍼</td><td>에피사이퍼</td><td>21-1003</td><td>버퍼 구성 요소 &nbsp; 버퍼 레시피는 버퍼 시트에서 확인할 수 있습니다</td></tr><tr><td>고감도 DNA 키트 &nbsp;</td><td>애질런트 테크놀리지</td><td>5067-4626</td><td>컷& RUN DNA 및 NGS 리브레이, 쿼티피화 및 조각 크기 분포 분석</td></tr><tr><td><강>물질</강></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>8스트립 0.2 mL PCR 튜브</td><td>에피사이퍼</td><td>10-0009k</td><td>CUT&S 0.2ml 튜브와 호환되는 RUN 반응 자기 분리 랙</td></tr><tr><td>LUNA 8채널 슬라이드</td><td>로고스 바이오시스템즈 INC</td><td>L72001</td><td>세포 세기용 슬라이드, 그리고 nbsp; 세포 생존 가능성 및 무결성 검사</td></tr><tr><td>다중 채널 시약 저장소</td><td>피셔 사이언티브</td><td>14-387-072</td><td>세척 완충 용기</td></tr><tr><td>DynaMagTM-2 (자기 분리 랙), 1.5 mL 튜브</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>12321D</td><td>ConA 비드는 자기 분리 랙을 통해 저장 버퍼에서 분리한 후, 1.5 mL 마이크로 원심분리관 내 활성화 버퍼 내 재현탁으로 활성화되었습니다.</td></tr><tr><td>자기 분리 랙, 0.2 mL 튜브</td><td>에피사이퍼</td><td>10-0008</td><td>분리 상태로 서라고; 구슬 결합 세포, 항체, 반응 및 세척 완충제에서 얻은 pAG/MNase</td></tr><tr><td>Eppendor Research와 8채널 피펫, 0.5-10 uL&nbsp;</td><td>에펜도르프</td><td>3125000010</td><td>흡기 8스트립 튜브 샘플 &nbsp; 워크플로우를 가속화하기 위해, 비교 가능한 다중 채널 피펫터</td></tr><tr><td>에펜도르프 리프렌스 2 8채널 피펫, 30-300 uL</td><td>에펜도르프</td><td>4926000050</td><td>흡입 및 세척 단계로 작업 흐름을 가속화하는 기능, 유사한 다중 채널 피페터</td></tr><tr><td><스트롱>장비</스트롱></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>사이언티픽 인더스트리 보텍스-제니 2 믹서, 가변 속도, 120V</td><td>피셔 사이언티브</td><td>50-728-002</td><td>미니 원심분리기와 스핀</td></tr><tr><td>루나 FX7 자동 셀 카운터</td><td>로고스 바이오시스템즈 INC</td><td>L70001</td><td>셀 카운터</td></tr><tr><td>튜테이팅 믹서</td><td>VWR</td><td>82007-202</td><td>비즈 배화 단계(야간 항체 배양, pAG-MNase 소화 반응).</td></tr><tr><td>Eppendorf 6331 넥서스 그라디언트 마스터사이클러 열 사이클러</td><td>에펜도르프</td><td>6331</td><td>컷& RUN 차세대 도서관 건설</td></tr><tr><td>큐비트 4 형광도계</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>Q33226</td><td>DNA 정량화.</td></tr><tr><td>애질런트 2100 바이오분석기</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>G2939A</td><td>CUT&를 위한 조각 크기, 농도 분석 DNA와 CUT& RUN 라이브러리, 그리고 nbsp; 유사한 모세관 전기영동 기기(예: Agilent TapeStation)</td></tr><tr><td>애질런트 테이프스테이션</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>G2992AA</td><td>CUT&를 위한 조각 크기, 농도 분석 DNA와 CUT& RUN 라이브러리</td></tr><tr><td>일루미나 노바세퀀스 6000 시스템</td><td>그리고 nbsp; 일루미나, 캘리포니아주 샌디에이고</td><td></td><td>CUT&의 풀 시퀀싱 RUN libraries&nbsp;</td></tr></tbody></table>

cut&amp;run을 이용한 신경내분비 소세포폐암 세포주에서 히스톤 변형 및 전사인자 결합 부위의 전면 지도 작성

Genome-Wide Mapping of Histone Modifications and Transcription Factor Binding Sites in Neuroendocrine Small Cell Lung Cancer Cell Lines Using CUT&amp;RUN

CUT&amp;RUN을 이용한 신경내분비 소세포폐암 세포주에서 히스톤 변형 및 전사인자 결합 부위의 전면 지도 작성

Chromatin remodeling proteins and transcription factors (TFs) play critical roles in the tumor biology of small cell lung cancer (SCLC). Genome-wide ...

genome-wide-mapping-histone-modifications-transcription-factor

Research

연구

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DNA 시퀀스 데이터와는 달리 epigenomic 데이터 쉽게 텍스트 기반 검색을 복종 하지는. 업그레이드 된 버전의 GeNemo, 웹 기반 생물 정보학 도구를 사용 하 여 유사성 백과 사전의 DNA 요소를 포함 하 여 사용할 수 있는 온라인 데이터베이스를 비교 하는 epigenomic 데이터에 대 한 패턴 기반 검색을 수행 하는 절차는 여기에 제시 된 사용자의 데이터입니다.

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