Name: 고래류 모니터링을 위한 고래 관찰 선박에서 채취한 환경 DNA 샘플 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-10T12:35:00.000+00:00
Duration: 8 min 7 s
Description: 배우세요 고래 관찰 선박에서 환경DNA를 채취하여 고래류를 비침습적으로 모니터링하는 방법을. 아이슬란드, 포르투갈, 이탈리아에서 표준화된 프로토콜로 연구자와 시민과학자 모두 활용 가능한 해양생물다양성 조사 기법입니다.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>대체 eDNA 필터: SterivexTM / Waterra</td><td>머크 밀리포어/워터라 펌프스 리미티드</td><td>SVHVL10RC/NA</td><td>0.45 & 마이크로; m의 기공 크기. eDNA 보존 버퍼를 필요로 하며;</td></tr><tr><td>AW1, AW2, AE 버퍼</td><td>키아겐&nbsp; 그리고 nbsp;</td><td>19081, 19072, 19077</td><td>추출 중 DNA 정제에 사용되는 완충액</td></tr><tr><td>표백제 용액 (1:10)</td><td>DM - Denk mit, Hygienereiniger</td><td>커스텀</td><td>표면 오염 제거. 실험실 과정의 모든 단계</td></tr><tr><td>양동이</td><td>보트 상점, 낚시 장비, 아마존</td><td></td><td>딱딱했다. 고무 또는 단단한 플라스틱(10L 이상)입니다. 샘플링 환경과 선내 물류에 따라 하나 이상이 필요합니다</td></tr><tr><td>정화 시약, 익스프레스 PCR&nbsp;</td><td>엑소삽-잇</td><td>75001.1.EA</td><td>생거 시퀀싱을 위한 PCR 산물 준비</td></tr><tr><td>냉각 상자</td><td>주거</td><td></td><td>단열 단열 용기 또는 냉각 백</td></tr><tr><td>일회용 장갑, 라지(L) 및 미디엄(M) 사이즈, 파우더 프리</td><td>킴벌리-클라크</td><td>43431, 55090</td><td>일회용 니트릴 또는 라텍스 장갑, 100단위 박스. 필요한 금액: 10회 - 15회 운행당 1상자</td></tr><tr><td>DNA 표준(3 & μ; L)&nbsp;</td><td>NA</td><td>커스텀</td><td>DNA 조직에서 유래한 연속 희석 (8점, 10 ng/&micro; L)는 혹등고래에서 유래했습니다. qPCR에서의 교정</td></tr><tr><td>DNA 안전 실험실복</td><td>팔라노, PP-전체</td><td>081-2900</td><td>모든 과정이 실험실 과정의 단계입니다.</td></tr><tr><td>eDNA 컨테이너</td><td>주택 또는 철물점</td><td>NA</td><td>뚜껑이 있고, 내구성이 좋으며, 투명함(&ge; 10L).nbsp;</td></tr><tr><td>용출판, 로드 커버, 세척판, 바인드 플레이트</td><td>치아겐</td><td>19581, 997004, 1031656, 302570</td><td>DNA 추출에 사용되는 플라스틱&nbsp;</td></tr><tr><td>에탄올 (8:10)</td><td>인내하세요, ACS ISO 전화</td><td>다양한</td><td>벤치 멸균. 모든 실험실 단계</td></tr><tr><td>현장 데이터 시트</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>형광 기반 고감도 분석</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>Q32851</td><td>큐비트 dsDNA 고감도 분석법 (Thermo Fisher Scientific, 월섬, 미국)</td></tr><tr><td>고속 원심분리기 (24,000 rpm)</td><td>헤티히 젠트리퓨겐&nbsp;</td><td></td><td>DNA가 포함된 상정액과 이물질을 분리합니다. DNA 용해</td></tr><tr><td>얼음찜질</td><td>주택 상점</td><td></td><td>운송용 컨테이너 내 샘플 냉각</td></tr><tr><td>IPC 전방 및 후진 프라이머</td><td>통합 DNA 기술</td><td>NA</td><td>표적 종 DNA 증폭을 위해 사용되는 맞춤형 제품</td></tr><tr><td>IPC 프라임타임 qPCR 프로브</td><td>통합 DNA 기술</td><td>NA</td><td>표적 종 DNA 증폭을 위해 사용되는 맞춤형 제품</td></tr><tr><td>층류 후드&nbsp;</td><td>켄드로 실험실 제품</td><td>VFS1206</td><td>qPCR 준비에서 시약 제제를 위한 무균 환경</td></tr><tr><td>라미네이티드 일러스트 필드 프로토콜 &nbsp;</td><td></td><td></td><td>커스텀</td></tr><tr><td>용해 완충기</td><td>치아겐</td><td>79216</td><td>DNeasy 용해 버퍼 AL. TES 버퍼 + 단백질나제 K 대체품</td></tr><tr><td>자기-비드와 대시; 기반 DNA 로봇</td><td>킹피셔 에이펙스 96 PCR 헤드</td><td>5400910</td><td>소프트웨어: BindIx PC&nbsp;</td></tr><tr><td>핵산 결합을 위한 자기 입자 (30 & micro; L)</td><td>치아겐</td><td>67563</td><td>MagAttract 입자. DNA 추출 시 자기 구슬에 DNA가 결합하는 것을 촉진합니다</td></tr><tr><td>마스터 믹스 (5 & mu; L)</td><td>EMM, 라이프 테크놀로지스</td><td>4396838</td><td>TaqMan 환경 마스터 믹스 (2.0)</td></tr><tr><td>미니 플레이트 스피너 원심분리기 &nbsp;</td><td>랩넷</td><td>C1000</td><td>PCR과 마이크로플레이트에서 액체 방울과 응축물을 추출합니다</td></tr><tr><td>OneStep-96 PCR 억제제 제거 키트</td><td>자이모 연구</td><td>D6035</td><td>eDNA 추출물에서의 오염물질 정제 및 제거 및 nbsp;</td></tr><tr><td>PCR 플레이트</td><td>바이오-래드</td><td>HSP9601</td><td>하드쉘 96-웰</td></tr><tr><td>피펫 + 멸균 여과 팁</td><td>피펫: BIOHIT, 필터 팁: Biozym Safe&nbsp; 씰 팁&nbsp; 프로 경력</td><td>다양한</td><td>수동 또는 전자 피펫은 다양한 최대 용량으로 사용할 수 있습니다</td></tr><tr><td>판 스피너 원심분리기;</td><td>NA</td><td>NA</td><td>qPCR&nbsp 전에 기포를 제거함;</td></tr><tr><td>프로테인나제 K</td><td>아반토르 VWR</td><td>A4392.0010</td><td>용해 과정에서 DNA 방출을 돕기 위해 단백질을 소화합니다</td></tr><tr><td>정수수</td><td>밀리큐</td><td>NA</td><td>RNase 자유 물, 음성 대조군과 세척액에 사용됨 nbsp;</td></tr><tr><td>반응관 (2 mL)</td><td>에펜도르프</td><td>30120094</td><td>DNA 용해</td></tr><tr><td>실시간 정량 PCR 열사이클러</td><td>Analytikjena</td><td>NA</td><td>QTower 3G 플랫폼입니다. 실시간으로 DNA를 증폭하고 정량합니다</td></tr><tr><td>로프</td><td>보트 타기, 철물점, 어항</td><td>NA</td><td>튼튼한 재료(예: 폴리에틸렌 또는 브레이드 로프). 혈관 높이의 최소 두 배 이상의 길이</td></tr><tr><td>밀봉 필름, 접착제, 광학</td><td>바이오-래드</td><td>MSB1001</td><td>마이크로씰 'B'. PCR 전에 PRC 플레이트를 밀봉하세요</td></tr><tr><td>자기 보존 eDNA 필터</td><td>스미스-루트 &nbsp;</td><td>11579-25</td><td>1.2 & 마이크로; m의 기공 크기. 샘플링 캠페인당 양: 필요에 따라</td></tr><tr><td>컨테이너</td><td>실험실, 약국, 아마존</td><td>다양한</td><td>스티로폼 단열</td></tr><tr><td>생물학적 서열 정렬 및 분석을 위한 소프트웨어</td><td>약력 편집</td><td>버전 7</td><td>Windows 95/98/NT용 사용자 친화적인 생물학적 서열 정렬 편집기 및 분석 프로그램</td></tr><tr><td>짜는 병</td><td>실험실, 약국</td><td>다양한</td><td>가정용 표백제로 채워져 있다 (1:10)</td></tr><tr><td>통계 분석 소프트웨어</td><td>R 스튜디오 팀. (2023)</td><td>버전 4.2.1</td><td></td></tr><tr><td>멸균된 DNA 없는 장갑</td><td>Sempercare&nbsp; 판본</td><td>79712</td><td>실험실 과정의 모든 단계.&nbsp;</td></tr><tr><td>TES 버퍼</td><td></td><td></td><td>DNeasy 용해 버퍼와 동등한 맞춤형 제품</td></tr><tr><td>유독성 폐기물 컨테이너</td><td></td><td></td><td>유해 폐기물의 안전한 처리. 모든 단계가</td></tr><tr><td>UV 램프와 nbsp;</td><td>스테릴에어</td><td></td><td>qPCR 제제를 위한 후드 멸균</td></tr><tr><td>소용돌이 지니 2 소용돌이 믹서&nbsp;</td><td>써모피셔 사이언티브</td><td>50728002</td><td>시약을 균질화하고 혼합합니다. DNA 용해, 추출</td></tr><tr><td>폐기물 컨테이너</td><td>주택 상점</td><td></td><td>작고 단단한 용기</td></tr><tr><td>워터 펌프 (연동/진공)</td><td>아이켈캄프; 솔린스트/스미스-루트 &nbsp;</td><td>12.34.SB; 410/12099</td><td>휴대용 펌프</td></tr><tr><td>방수 마커</td><td>다양한</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

고래류 모니터링을 위한 고래 관찰 선박에서 채취한 환경 dna 샘플

Environmental DNA Sampling from Whale-Watching Vessels for Cetacean Monitoring

고래류 모니터링을 위한 고래 관찰 선박에서 채취한 환경 DNA 샘플

Environmental DNA (eDNA) offers a non-invasive approach for monitoring cetaceans, yet its widespread application from operational platforms requires ...

이 프로토콜은 고래 관찰 크루즈 중 고래 eDNA 샘플링에 대한 표준화된 접근법을 제공합니다. 다양한 eDNA 샘플링 방법이 존재합니다. 이는 비교 데이터 분석을 방해합니다.저희 프로토콜은 환경 조건에 최적화되어 오염 방지 장치를 갖추고 있습니다. eDNA 라디오 연구소의 지원을 받아, 이 프로토콜은 비전문가와 시민 과학자들이 고래 관찰 활동 중뿐만 아니라 전 세계적으로 수행할 수 있습니다. 우선, 현장 데이터 시트와 라미네이트 처리된 고래류 환경 DNA 샘플링 단계별 현장 프로토콜 등 현장 문서 자료를 준비하세요.방수 마커, 플루크프린트당 두 개의 eDNA 필터, 충분한 장갑, 그리고 전용 폐기물 용기를 상자에 넣으세요. 선박 유형과 선상 구성에 적합한 1개 이상의 강성 버킷, 2차 환경 DNA 용기, 휴대용 연동 또는 진공 워터 펌프를 준비하세요. 모든 장비를 다룰 때는 장갑을 착용하고, 작업 중에는 장갑을 교체하세요.장비를 멸균하려면 희석된 가정용 표백제 용액을 양동이, 뚜껑, 용기, 펌프 튜브의 모든 표면에 고르게 튀기세요. 수돗물로 세 번 깨끗이 헹구세요. 승객이 도착하기 전에 모든 물품을 탑승하여 지정된 청결 구역에 보관하세요.선박 선원과 함께 샘플링 시간, 선박 위치 조정. 고래의 잠수를 예상하기 위해 수면 위 패턴을 관찰하세요. 고래가 잠수한 후 최대 10분 이상 지연되지 않도록 플루크 프린트에서 가능한 한 빨리 20리터의 바닷물을 채취하세요.각 위치와 선박 유형에 맞는 맞춤형 물류 조건을 사용하여 다양한 지역에서 샘플을 채취합니다. 필요 시 수집된 물을 선상의 지정된 여과 스테이션으로 운반하여 유출을 방지하세요. 데이터 시트에 종 정체, 지리 위치 시스템 좌표, 시간, 샘플 복제 식별을 기록하세요.여과 전에 장갑을 갈아야 합니다. 필터 백을 열고 필터를 출구 근처에서만 만지세요. 흡입구를 스노클에 삽입한 후 펌프 튜빙을 출구에 연결하세요.스노클을 필터 하우징을 잠기지 않고 물 샘플에 담그고, 펌프를 빠르고 안정적인 유량으로 설정하세요. 10리터를 지속적으로 여과하면서 유량 안정성을 모니터링하세요. 다음으로, 필터를 뒤집고 펌프를 30초에서 60초 정도 돌려 잔여물을 제거합니다.현장 조건에 맞게 필터링 펌프 구성을 맞춤화하세요. 펌프를 끄고 튜빙을 분리하세요. 필터를 원래 봉지에 넣고 즉시 라벨을 붙이세요.장갑을 교체하고 두 번째 복제를 위한 필터링 준비를 하세요. 자기 보존 환경 DNA 필터는 안전하고 건조한 용기에 그늘진 주변 온도실에 보관하세요. 주변 온도가 20도 이상일 경우 필터를 냉장 보관하고 3개월 이내에 배송하세요.모든 실험실 시술은 적절한 환기가 필요한 전용 자외선 멸균실에서 수행하십시오. DNA가 없는 장갑과 보호복을 착용한 후에는 작업대를 철저히 청소하세요. DNA 없는 겸자를 사용해 필터 막을 삼각형으로 접어 끝이 아래로 향한 2밀리리터 반응관으로 옮깁니다.각 반응관에 380마이크로리터 TES 완충액과 20마이크로리터 단백질나제 K로 구성된 400마이크로리터 용해 완충제를 첨가합니다. 잠시 소용돌이로 56도 섭씨에서 최소 3시간 이상 교란하며 부화합니다. 필터를 바닥에 천공된 플라스틱 입구에 넣고, 실온에서 18,626G의 원심분리기를 10분간 가열하여 용해 버퍼와 필터를 분리하세요.피펫 추출 시약을 세척판과 용출판에 넣습니다. 총 용해물 부피가 300마이크로리터를 초과할 경우 여러 개의 결합판을 사용하세요. 와류 자기 입자를 사용하고, 첫 번째 결합판에 우물당 30마이크로리터를 추가합니다.두 개의 결합판에 대한 예비 DNA 채취 프로그램을 실행하고, 이후 DNA 추출 프로그램을 로봇에서 실행하세요. 모든 QPCR 반응을 3회로 실행하려면 필요한 마스터 믹스를 전용 작업 공간에서 준비하고 각 웰에 분산 배치하세요. 각 웰에 표적 DNA 표준 또는 eDNA 추출물을 3마이크로리터 추가하세요.준비된 PCR 플레이트를 밀봉한 후, 3, 500G에서 10초간 원심분리한 후 플레이트를 실시간 정량 PCR 열사이클러에 넣습니다. 마지막으로, 최적화된 사이클 조건에서 분석을 실행하세요. 아이슬란드 스칼판디 만과 아조레스 제도에서 247개의 환경 DNA 또는 eDNA 샘플이 수집되었으며, 각 플루크프린트당 두 개의 자기 보존 eDNA 필터를 사용해 최대 10리터의 바닷물을 수집했습니다.혹등고래 eDNA를 분석한 44개의 eDNA 필터 중 20개는 증폭 신호를 제공했고, 24개는 증폭 신호가 없었습니다. 추출 블랭크, 현장 대조군, 정량적 PCR 대조 검사에서 증폭 현상이 검출되지 않아 오염이 없음을 나타냈습니다. 양성 반응 중 9개의 eDNA 필터는 검출 한계보다 최소 한 단계 낮은 사이클 임계값을 기록했으며, 신뢰할 수 있는 검출로 분류되었습니다.나머지 11개의 EDNA 필터는 검출 한계를 초과하는 사이클 임계값을 생성하여 그럴듯한 검출을 나타냈습니다. 아조레스 eDNA 필터의 평균 주기 임계값은 약 34.7로 약간 낮았으며, 아이슬란드 필터의 약 36.9에 비해 높았습니다. 아조레스와 아이슬란드 eDNA 필터 간 사이클 임계값 차이는 통계적으로 유의미하지 않았습니다.이 프로토콜은 향후 해양 생물다양성 또는 고래 개체군 유전학을 조사하는 대규모 eDNA 샘플링 캠페인에 활용될 수 있습니다. 이 프로토콜은 고래 관찰 선박에서 채취한 플루크 프린트에 포함된 eDNA를 통해 고래류 및 동재 분류군을 비침습적으로 검출하고 모니터링할 수 있게 합니다.

environmental-dna-sampling-from-whale-watching-vessels-for-cetacean

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

이 동영상은 문서 해안 해양 물 샘플을 수집 및 바이오 매스 농도, 핵산 정화, 세포 풍부, 영양 및 추적 가스 분석 등 다양한 어플 리케이션을위한 스트림을 처리하는 방법을.

해수 샘플링 및 수집

저희는 미국 피카에 표시 효율적으로 어려운 작은 포유류에서 머리카락 샘플을 수집하는 비침 투 샘플링 방법을 제시한다. 우리는 샘플 머리카락에서 DNA를 추출하여 일반적으로 야생 동물의 생태와 보존 연구에 사용된 분자 마커의 여러 유형을 확장하여이 방법의 유틸리티를 보여줍니다.

엘루시브 작은 포유류의 고품질 DNA를 얻기 위해 비침 투 헤어 샘플링 기법

필터 카트리지로 물을 여과하고 필터를 제거하기 위해 하우징을 절단하지 않고도 환경 DNA(eDNA)를 추출하는 프로토콜을 설명합니다. 이 프로토콜은 어류의 eDNA를 메타바코딩하기 위해 개발되었지만 다른 유기체의 eDNA에도 적용할 수 있습니다.

여과 물 샘플 및 환경 DNA의 추출을위한 필터 카트리지의 사용

바다 표면에 microplastics 샘플링, 입자의 microplastic 화학적 식별의 분리 : 프로토콜은 아래의 방법을 설명합니다. 이 프로토콜은 해양 쓰레기에 MSFD 기술 하위 그룹에 의해 출판 microplastics 모니터링을위한 권고와 일치한다.

바다 표면 및 샘플 분석에 Microplastics 샘플링을위한 프로토콜

날짜 대부분의 microplastic 연구는 일시 중단 된 솔리드 레벨은 상대적으로 낮은 해양 시스템에서 발생 했습니다. 포커스는 지금 높은 앙금 짐 그리고 부동 파편 기능이 있습니다 담 수 시스템을 이동 하 고. 이 프로토콜을 수집 하 고 높은 정지 고체 부하를 포함 하는 수 중 환경에서 microplastic 샘플 분석 해결 합니다.

샘플링, 정렬, 및 높은 정지 퇴적 부하와 큰 부동 파편 수생 환경에서 Microplastics

환경 DNA 분석법은 현장 데이터 수집이 시작되기 전에 엄격한 설계, 테스트, 최적화 및 검증이 필요합니다. 여기서, 우리는 환경 샘플에서 표적 종 DNA의 검출 및 정량화를 위한 종별, 프로브 기반 qPCR 분석의 각 단계를 통해 사용자를 취할 프로토콜을 제시한다.

환경 DNA 응용을 위한 종별 정량PCR 분석의 개발 및 시험

여기에서는 잔류 알 파편의 현장 수집을 기반으로 한 나비 개체군의 비침습적 유전자 샘플링을 위한 간단한 프로토콜을 제시합니다. 종의 정체성을 확인하고 유전 적 변이를 정량화하는 데 사용할 수 있습니다. 이 프로토콜은 커뮤니티 과학 참여를 위해 더 광범위한 그룹에 쉽게 적용할 수 있습니다.

희귀 나비 개체군의 비파괴 유전자 샘플링을 수행하기 위해 지역 사회 과학자 배치

여기에서는 운항 중인 페리 및 기타 상업용 선박에서 해수 샘플을 수집하고 여과하여 해양 eDNA를 검색하는 새로운 프로토콜을 제시합니다.

부유식 연구실: 환경 DNA 분석을 위해 운영 중인 페리에서 해수 샘플을 수집하고 필터링하기 위한 표준 운영 절차

이 프로토콜은 남부 텍사스 해안 습지에서 주요 메탄 순환 유전자를 검출하고 공간 분포를 시각화하여 이러한 역동적인 생태계에서 메탄 조절과 메탄 조절이 환경에 미치는 영향에 대한 이해를 높입니다.

해안 습지에서 메탄 순환 미생물 역학 시각화

여기에서는 시아노파지(및 그 숙주)를 분리하기 위해 해양 및 담수 생태계의 유쾌한 영역에서 샘플링하는 방법과 단일 유전자형을 풍부하게 하고 바이러스-숙주 상호 작용 역학을 특성화하는 사후 샘플링 프로세스에 대해 설명합니다.

광합성 미생물 및 바이러스의 환경 샘플링: 현장에서 실험실까지

배우세요 고래 관찰 선박에서 환경DNA를 채취하여 고래류를 비침습적으로 모니터링하는 방법을. 아이슬란드, 포르투갈, 이탈리아에서 표준화된 프로토콜로 연구자와 시민과학자 모두 활용 가능한 해양생물다양성 조사 기법입니다.

고래류 모니터링을 위한 고래 관찰 선박에서 채취한 환경 DNA 샘플

더 많은 동영상 탐색