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	<li>Vogelstein, B., Gillespie, D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preparative+and+analytical+purification+of+DNA+from+agarose.">Preparative and analytical purification of DNA from agarose.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 76 (2), 615-619 (1979).</li><li>Boom, W. R., Adriaanse, H. M. A., Kievits, T., Lens, P. F. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Process+for+isolating+nucleic+acid.">Process for isolating nucleic acid.</a> US patent. , (1993).</li><li>Guerry, P., LeBlanc, D. J., Falkow, S. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=General+method+for+the+isolation+of+plasmid+deoxyribonucleic+acid.">General method for the isolation of plasmid deoxyribonucleic acid.</a> J Bacteriol. 116 (2), 1064-1066 (1973).</li><li>Borodina, T. A., Lehrach, H., Soldatov, A. V. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+purification+on+homemade+silica+spin-columns.">DNA purification on homemade silica spin-columns.</a> Anal Biochem. 321 (1), 135-137 (2003).</li><li>Liao, P. C., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+mitochondria+from+cells+and+tissues.">Isolation of mitochondria from cells and tissues.</a> Methods Cell Biol. 155, 3-31 (2020).</li><li>Terp, S. K., Pedersen, I. S., Stoico, M. P. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+cell-free+DNA:+evaluation+of+efficiency,+quantity,+and+quality.">Extraction of cell-free DNA: evaluation of efficiency, quantity, and quality.</a> J Mol Diagn. 26 (4), 310-319 (2024).</li><li>Wang, Q., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+and+application+of+an+efficient+plant+DNA+extraction+protocol+for+laboratory+and+field+testing.">Evaluation and application of an efficient plant DNA extraction protocol for laboratory and field testing.</a> J Zhejiang Univ Sci B. 22 (2), 99-111 (2021).</li><li>Espy, M. J., Patel, R., Paya, C. V., Smith, T. F. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+three+methods+for+extraction+of+viral+nucleic+acids+from+blood+cultures.">Comparison of three methods for extraction of viral nucleic acids from blood cultures.</a> J Clin Microbiol. 33 (1), 41-44 (1995).</li><li>Pueschel, L., Li, H., Hymes, M. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Streamlined+purification+of+plasmid+DNA+from+prokaryotic+cultures.">Streamlined purification of plasmid DNA from prokaryotic cultures.</a> J Vis Exp. (47), e2407 (2011).</li><li>. QIAvac accessories Available from: <a target="_blank" href="https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/lab-essentials/vacuum-manifolds-and-accessories/qiavac-accessories">https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/lab-essentials/vacuum-manifolds-and-accessories/qiavac-accessories</a> (2025)</li><li>Clark, P., Greenizen, K. E., Doyle, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multifunctional+vacuum+manifold.">Multifunctional vacuum manifold.</a> US patent. , (2009).</li><li>. QIAcube Connect DNA and RNA extraction instrument Available from: <a target="_blank" href="https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/dna-rna-purification/instruments-equipment/qiacube-connect">https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/dna-rna-purification/instruments-equipment/qiacube-connect</a> (2025)</li><li>. NucleoVac 24 vacuum manifold&#8212;vacuum processing of nucleic acid purification columns Available from: <a target="_blank" href="https://www.takarabio.com/products/nucleic-acid-purification/accessories-and-components/htp-accessories/nucleovac-24-vacuum-manifold">https://www.takarabio.com/products/nucleic-acid-purification/accessories-and-components/htp-accessories/nucleovac-24-vacuum-manifold</a> (2025)</li><li>. QIAquick 96 PCR purification kits Available from: <a target="_blank" href="https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/dna-rna-purification/dna-purification/dna-clean-up/qiaquick-96-pcr-purification-kits">https://www.qiagen.com/us/products/discovery-and-translational-research/dna-rna-purification/dna-purification/dna-clean-up/qiaquick-96-pcr-purification-kits</a> (2025)</li></ol>

```html
<table><tbody><tr><td>3D 프린터 필라멘트</td><td>NIT, 러시아</td><td>-</td><td>PETG 또는 PLA 권장</td></tr><tr><td>버퍼 N3</td><td>Qiagen, 네덜란드</td><td>19064</td><td></td></tr><tr><td>버퍼 P1</td><td>Qiagen, 네덜란드</td><td>19051</td><td></td></tr><tr><td>버퍼 P2</td><td>Qiagen, 네덜란드</td><td>19052</td><td></td></tr><tr><td>Creality Ender-3 S1 Pro</td><td>Creality, 중국</td><td></td><td></td></tr><tr><td>용출 버퍼&nbsp;</td><td>Qiagen, 네덜란드</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>Eppendorf 원심분리기 5702</td><td>Eppendorf, 독일</td><td>22626001</td><td>고정각 로터</td></tr><tr><td>Eppendorf 원심분리기 5804 R</td><td>Eppendorf, 독일</td><td>22625080</td><td>스윙 버킷 플레이트 로터</td></tr><tr><td>에티듐 브로마이드&nbsp;</td><td>Biolabmix, 러시아</td><td>EtBr-10</td><td></td></tr><tr><td>1000 &mu;L 필터 파이펫 팁</td><td>GenFollower, 중국</td><td>E-FTB1000</td><td>필터 칼럼의 일부&nbsp;</td></tr><tr><td>미니프레퍼 필터 배리어 스핀 칼럼</td><td>JVLAB, 중국</td><td>-</td><td>필터 칼럼의 일부&nbsp;</td></tr><tr><td>페놀 레드</td><td>Lenreactiv, 러시아</td><td>200125</td><td></td></tr><tr><td>PrusaSlicer</td><td>Prusa Research, 체코 공화국</td><td></td><td></td></tr><tr><td>QIAprep 2.0 스핀 미니프레퍼 칼럼</td><td>Qiagen, 네덜란드</td><td>27115</td><td></td></tr><tr><td>RNase A</td><td>Qiagen, 네덜란드</td><td>19101</td><td></td></tr><tr><td>워시 버퍼</td><td>Qiagen, 네덜란드</td><td>19065</td><td></td></tr></tbody></table>
```

24웰 랙을 이용한 중간 처리량 컬럼 dna 추출

Medium-Throughput Column DNA Extraction Using 24-Well Racks

24웰 랙을 이용한 중간 처리량 컬럼 DNA 추출

Silica-membrane spin column extraction is the standard for high-quality DNA purification but is labor-intensive and difficult to scale manually beyond ...

본 연구는 수동 방식과 자동화 방식의 가교 역할을 하는, 병렬 스핀 컬럼 DNA 및 RNA 추출용 3D 프린팅 랙에 초점을 맞추고 있습니다. 이 장치는 최대 116개의 DNA 또는 RNA 샘플을 동시에 처리할 수 있게 함으로써, 노동 집약적인 수동 스핀 컬럼 방식의 한계점을 해결합니다. 먼저, 0.4 millimeter 노즐이 장착된 FDM(fused filament) 3D 프린터를 사용하여 랙을 출력하십시오.100% 채우기(infill) 설정의 일반 폴리락타이드(PLA), 폴리에틸렌 테레프탈레이트 글리콜(PETG) 또는 아크릴로니트릴 부타디엔 스티렌(ABS) 필라멘트를 사용하십시오. 레이어 높이를 0.1 millimeter로 설정하고 표면 다듬기(surface smoothing) 기능을 활성화하십시오. 수밀성과 기계적 안정성이 확보되도록 출력 설정을 조정하십시오.랙을 처음 사용하기 전에 방수 상태를 테스트하십시오. 사용 전 테스트를 위해 프린트된 저장조에 70% ethanol을 채웁니다. 원심분리를 점진적으로 시간을 늘려가며 수행하여 누수나 구조적 손상이 없는지 확인하십시오.접착제를 이용한 테스트를 성공적으로 마친 후, 베이스 저장조 구성 요소들을 결합하여 밀폐된 유닛을 형성합니다. 적절한 항생제가 포함된 3~5 mL의 lysogeny broth 또는 LB 배지에 escherichia coli 또는 E.Coli 형질전환체를 접종합니다. 배양액을 37 °C에서 12~16시간 동안 흔들어 배양합니다.2000 G에서 10분 동안 원심분리하여 세포를 회수합니다. 상층액을 제거합니다. 펠렛에 250 microliters의 재현탁 버퍼를 추가합니다.그리고 볼텍싱이나 피펫팅을 통해 펠렛을 완전히 재현탁합니다. 용해 버퍼 250 µL를 첨가합니다. 그런 다음 튜브를 4~6회 반전시키거나 24-웰 플레이트를 흔들어 부드럽게 혼합합니다.중화 버퍼 350 µL를 첨가하고 혼합합니다. 흰색 침전물이 형성되는 것을 관찰하여 중화가 성공적으로 이루어졌는지 확인합니다. 이산화티타늄 분말이 들어 있는 튜브에 용해 버퍼를 첨가합니다.부피 대 질량 비율을 2:1로 첨가합니다. 이산화티타늄 현탁액 250 µL를 용해물에 추가합니다. 그리고 튜브를 흔들어 혼합합니다.중화 버퍼 350 µL를 첨가하고 충분히 혼합한다. 2000 G에서 10분 동안 원심분리한다. 이산화티타늄의 존재 하에 세포 펠렛이 완전히 침전되고 상층액이 완전히 투명해진 것을 관찰한다.이산화티타늄이 없는 경우, 상층액에 잔류 침전물이 존재하는지 확인하십시오. 침전물을 건드리지 않고 상층액을 수집하여 결합 컬럼으로 옮깁니다. DNA 결합 컬럼을 랙의 컬럼 홀더 층에 배치하십시오.원심분리 중 컬럼 덮개가 고정될 수 있도록 지정된 슬롯에 배치합니다. 정제 또는 필터 컬럼을 결합 컬럼 바로 위의 필터 컬럼 층에 배치합니다. 준비된 중화 용해물을 여과 컬럼으로 옮깁니다.조립된 랙을 스윙 버킷 플레이트 로터에 넣습니다. 실온에서 2000 G로 1분 동안 원심분리합니다. 원심분리기로부터 랙을 꺼낸 후, 필터 컬럼 층을 제거하여 폐기합니다.저장조에서 흘러나온 여액을 폐기물 용기에 버립니다. 결합 컬럼을 사용하여 랙을 다시 조립합니다. 각 결합 컬럼에 500 내지 700 µL의 세척 버퍼를 추가합니다.2000 G에서 1분 동안 원심분리합니다. 리저버의 통과액을 버리고, 앞서 시연한 바와 같이 세척 단계를 반복합니다. 랙에서 결합 컬럼을 꺼내 2 mL 수집 튜브로 옮깁니다.멤브레인을 건조시키기 위해 10,000 G 이상의 속도로 1분 동안 원심분리합니다. 컬럼을 깨끗한 1.5 milliliter 튜브로 옮깁니다. 멤브레인에 50 microliters의 용출 버퍼 또는 물을 직접 가하고 실온에서 1분 동안 배양합니다.DNA를 용출시키기 위해 10,000 G 이상의 속도로 1분 동안 원심분리합니다. 총 플라스미드 수율은 기존 방법과 랙 구성(rack configurations)을 이용한 추출 방법 사이에 유의미한 차이가 없었습니다. 플라스미드 확인 결과, 이완형(relaxed), 선형(linearized) 및 초나선형(super coiled) 형태가 유사한 분포를 보여 보존된 것으로 나타났습니다.염료 분포는 충진된 컬럼 바로 아래의 폐기물 영역으로 제한되었으며, 인접한 웰이나 주변 컬럼 팁에서는 가시적인 신호가 검출되지 않았습니다. 이는 랙 설계가 튀김 현상과 컬럼 간 교차 오염의 가능성을 낮춘다는 것을 나타냅니다. 증폭은 앰플리콘이 첨가된 컬럼의 용출액에서만 검출되었습니다. 이 입자를 통해 연구자는 클로닝, 시퀀싱 및 PCR 분석을 포함한 하위 응용 분야를 위해 고품질의 플라스미드 DNA를 얻을 수 있습니다.본 프로토콜을 수행할 때 가장 중요한 고려 사항은 수밀성이 유지되고 넘침이 없는 3D 프린팅 리저버를 유지하여 교차 오염을 방지하는 것입니다. 또한, 이 절차를 거친 랙은 모든 컬럼 기반 핵산 추출 분석에 사용할 수 있습니다.

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Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

우리는 정화를 위해 세슘 염화물 밀도 기울기 원심 분리 다음 0.22 μm의 Sterivex 필터에 집중 planktonic의 바이오 매스에서 높은 분자량의 게놈의 DNA의 추출을위한 방법을 설명합니다.

0.22 μm의 Sterivex 필터 및 세슘 클로라이드 밀​​도 기울기 원심 분리 장치에서 DNA 추출

우리는 hypersaline 미생물 매트에서 높은 분자량의 DNA를 추출하기위한 개선된 프로토콜을 제공합니다. 미생물 세포는 DNA 추출 및 정화하기 전에 매트 매트릭스에서 분리됩니다. 이것은 농도, 품질 및 DNA의 크기를 향상시킵니다. 프로토콜은 다른 내화물 샘플에 사용할 수 있습니다.

미생물 매트에서 높은 분자량의 DNA의 추출

TruTip은 다공성, 모 놀리 식 바인딩 행렬 피펫 팁에 삽입 그것에 간단한 핵산 추출 기술입니다. 따라서, 샘플 준비 형식은 대부분의 액체 취급 장비와 호환되며, 높은 처리량 임상 응용 및 샘플 유형에 여러 매체에 사용할 수 있습니다.

일반적인 액체 취급 로봇에 TruTip 기술을 사용하여 임상 샘플에서 DNA와 RNA의 높은 처리량, 자동 추출

이 원고는 차세대 염기서열분석을 위해 DNA 단편을 정제하기 위한 자동화된 겔 크기 선택 접근법을 설명합니다. Ranger Technology는 아가로스 겔 로딩, 전기영동 분석 및 표적 DNA 단편 회수의 전체 프로세스를 완전히 자동화하여 고처리량 및 고품질 차세대 염기서열분석 라이브러리를 가능하게 합니다.

자동 젤 사이즈 선택은 환경 물 샘플에서 준비 차세대 시퀀싱 라이브러리의 질을 향상시키기 위해

이 수정 추출 프로토콜은 조직 병리학 적 조직 블록에 대한 관심이 더 정확하게 대상 지역의 RNA 및 DNA 수율을 향상시킨다.

RNA 및 DNA 추출 모두 포르말린 고정 파라핀 - 임베디드 조직 코어의 제조

2 가지 plant organellar DNA 농축 방법의 비교 및 ​​최적화가 제시됩니다 : 전통적인 차동 원심 분리 및 메틸화 상태에 기초한 총 gDNA 분획. 우리는 결과로 나오는 DNA 양과 품질을 평가하고, 짧은 읽기 차세대 시퀀싱에서의 성능을 시연하며, 장시간 읽기 단일 분자 시퀀싱에서의 사용 가능성에 대해 논의합니다.

차세대 시퀀싱에 적합한 식물성 세포질 DNA 농축 방법의 최적화 및 비교 분석

긴 읽기 시퀀스는 크게 복잡 한 유전자 및 구조 변화의 특성의 어셈블리를 촉진 한다. 연속 nanopore 기반 플랫폼으로 매우 긴 시퀀스를 생성 하는 방법을 설명 합니다. 접근은 최적화 된 DNA 추출이 수정된 라이브러리 준비 인간 세포에서 kilobase 읽기 적당 한 보도 수백을 생성 하 여 다음을 채택 한다.

전체 게놈 DNA 분석을 위한 매우 긴 읽기 시퀀싱

이 프로토콜은 음향 액적 배출 기술을 사용하여 384 웰 플레이트에서 포유류 세포의 고처리량 플라스미드 형질 감염을 설명합니다. 시간이 많이 소요되고 오류가 발생하기 쉬운 DNA 디스펜싱과 트랜스펙션 시약 디스펜싱은 나노 에스터디터 장치에 의해 소프트웨어 구동 및 수행됩니다. 세포는 다음 이 미리 채워진 우물에서 파종됩니다.

음향 나노 디스펜싱 기술을 사용한 고처리량 DNA 플라스미드 멀티플렉싱 및 트랜스펙션

키나아제 억제제의 스크리닝을 위한 자가 조립된 인간 단백질 마이크로어레이의 생성을 위한 상세한 프로토콜이 제시된다.

자체 조립된 인간 단백질 마이크로어레이에서 키나제 억제제 스크리닝

DNA 추출을 위한 96웰 플레이트를 적재하는 현재의 방법은 오염되기 쉽습니다. 우리는 우물 중 교차 오염의 위험을 감소 96 웰 플레이트를로드하기위한 새로운 방법을 자세히 설명합니다. 우리의 방법은 다른 연구자들이 고처리량 DNA 추출 기술의 효율성을 활용하고 오염 위험을 최소화하는 데 도움이 될 것입니다.

고처리량 DNA 추출 플레이트의 로딩을 위한 수정된 방법은 오염 가능성을 감소시니다.

이 프로토콜은 인간 곰팡이 병원균 칸 디다 알비칸스에서 뉴클레아제(CUT&amp;RUN)를 사용하여 표적 하에서의 절단 및 방출을 위한 실험 방법 및 데이터 분석 워크플로우를 기술한다.

칸디다 알비칸스에서의 전사 인자-DNA 결합 상호작용의 게놈 전체 프로파일링: 포괄적인 CUT&amp;RUN 방법 및 데이터 분석 워크플로우

99 조회수.  Research Institute of Systems Biology and Medicine of Rospotrebnadzor. 우리의 연구는 평행 스핀 칼럼, DNA 및 RNA 추출을 위한 3D 프린트된 트랙에 중점을 두고 있으며, 수동 및 자동화 방법을 연결합니다. 이 입자는 116개의 DNA 또는 RNA 샘플을 동시에 처리할 수 있도록 하여 수동 스핀 칼럼 방법의 노동 집약적인 한계를 해결합니다. 시작하려면 0.4mm 노즐이 있는 용융 필라멘트 3D 프린터를 사용하여 랙을 인쇄합니다.일반적인 폴리락타이드 또는...

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