Name: 톡소플라즈마 곤디의 변종 유형 분류를 위한 다중 좌위 시퀀싱 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-05-26T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 9 s
Description: 학습하세요 Toxoplasma gondii 분리주의 다중 좌위 유전자형 분석을 위한 나노포어 시퀀싱 방법론입니다. SAG2 및 SAG3 유전자 좌위를 표적으로 한 PCR 증폭과 실시간 염기서열 분석을 통해 SNP와 INDEL을 신뢰성 있게 검출할 수 있습니다.

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<ol><li>Uzelac, A., Djurkovic-Djakovic, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation%2C+genotyping+and+phenotyping+Toxoplasma+gondii+in+Europe+-+A+critical+perspective%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Waterborne+Parasitol%22%5BJournal%5D)">Isolation, genotyping and phenotyping Toxoplasma gondii in Europe - A critical perspective.</a> Food Waterborne Parasitol. 40, e00279(2025).</li>
<li>Yaman, Y., Bay, V., Kişi, Y. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery+of+host+genetic+factors+through+multi-locus+GWAS+against+toxoplasmosis+in+sheep%3A+addressing+one+health+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Veterinary+Research%22%5BJournal%5D)">Discovery of host genetic factors through multi-locus GWAS against toxoplasmosis in sheep: addressing one health perspectives.</a> BMC Veterinary Research. 21 (1), 263(2025).</li>
<li>Khedr, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+role+of+chitosan+and+curcumin-loaded+chitosan+nanoparticles+against+chronic+Toxoplasma+infection+in+experimental+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Exploring the role of chitosan and curcumin-loaded chitosan nanoparticles against chronic Toxoplasma infection in experimental mice.</a> Scientific Reports. 15 (1), 41765(2025).</li>
<li>Joeres, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genotyping+of+European+Toxoplasma+gondii+strains+by+a+new+high-resolution+next-generation+sequencing-based+method%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Clin+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Genotyping of European Toxoplasma gondii strains by a new high-resolution next-generation sequencing-based method.</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 43 (2), 355-371 (2024).</li>
<li>Gohar, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intra-strain+genetic+heterogeneity+in+Toxoplasma+gondii+ME49%3A+Oxford+Nanopore+long-read+sequencing+reveals+copy+number+variation+in+the+ROP8-ROP2A+locus%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Intra-strain genetic heterogeneity in Toxoplasma gondii ME49: Oxford Nanopore long-read sequencing reveals copy number variation in the ROP8-ROP2A locus.</a> BMC Genomics. 26 (1), 1094(2025).</li>
<li>Koutsogiannis, Z., Denny, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+genotyping+of+Toxoplasma+gondii+isolates+via+Nanopore-based+multi-locus+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22AMB+Express%22%5BJournal%5D)">Rapid genotyping of Toxoplasma gondii isolates via Nanopore-based multi-locus sequencing.</a> AMB Express. 14 (1), 68(2024).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22DNeasy+Blood+%26+Tissue+Kit+Handbook%22">DNeasy Blood & Tissue Kit Handbook</a>. , QIAGEN. (2023).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22User+manual+PCR+clean-up+and+Gel+extraction%22">User manual PCR clean-up and Gel extraction</a>. , MACHEREY-NAGEL. (2024).</li>
<li>Karst, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-accuracy+long-read+amplicon+sequences+using+unique+molecular+identifiers+with+Nanopore+or+PacBio+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencing.</a> Nature Methods. 18 (2), 165-169 (2021).</li>
<li>Yu, P. -L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Next-generation+fungal+identification+using+target+enrichment+and+Nanopore+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Next-generation fungal identification using target enrichment and Nanopore sequencing.</a> BMC Genomics. 24 (1), 581(2023).</li>
<li>Vilares, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+a+rapid+sequencing-based+molecular+surveillance+and+mosaicism+investigation+of+Toxoplasma+gondii%5BTitle%5D)+AND+%22Parasitology+Research%22%5BJournal%5D)">Towards a rapid sequencing-based molecular surveillance and mosaicism investigation of Toxoplasma gondii.</a> Parasitology Research. 119 (2), 587-599 (2020).</li>
<li>Fazaeli, A., Ebrahimzadeh, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+perspective+on+and+re-assessment+of+SAG2+locus+as+the+tool+for+genetic+analysis+of+Toxoplasma+gondii+isolates%5BTitle%5D)+AND+%22Parasitology+Research%22%5BJournal%5D)">A new perspective on and re-assessment of SAG2 locus as the tool for genetic analysis of Toxoplasma gondii isolates.</a> Parasitology Research. 101 (1), 99-104 (2007).</li>
<li>Targa, L. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toxoplasma+gondii+SAG2%2C+SAG3+and+GRA6+alleles+and+single+nucleotide+polymorphism+in+congenital+infections+with+known+parasite+load+and+clinical+outcome%5BTitle%5D)+AND+%22Rev+Inst+Med+Trop+Sao+Paulo%22%5BJournal%5D)">Toxoplasma gondii SAG2, SAG3 and GRA6 alleles and single nucleotide polymorphism in congenital infections with known parasite load and clinical outcome.</a> Rev Inst Med Trop Sao Paulo. 65, e8(2023).</li>
<li>Rico-Torres, C. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Can+cloning+and+sequencing+help+to+genotype+positive+Toxoplasma+gondii+clinical+samples%3F+Results+and+validation+using+SAG3+as+a+model%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Genet+Evol%22%5BJournal%5D)">Can cloning and sequencing help to genotype positive Toxoplasma gondii clinical samples? Results and validation using SAG3 as a model.</a> Infect Genet Evol. 101, 105283(2022).</li>
<li>Sanchez, S. G., Besteiro, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+pathogenicity+and+virulence+of+Toxoplasma+gondii%5BTitle%5D)+AND+%22Virulence%22%5BJournal%5D)">The pathogenicity and virulence of Toxoplasma gondii.</a> Virulence. 12 (1), 3095-3114 (2021).</li>
</ol>

```html
<table><tbody><tr><td>Agarose powder</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>16500100</td><td>Gel 전기영동용</td></tr><tr><td>Dulbecco&rsquo;s Modified Eagle Medium (DMEM)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11995065</td><td>세포 배양 배지</td></tr><tr><td>epi2me-labs/wf-amplicon Nextflow workflow (v1.2.1)</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>N/A</td><td>나노포어 앰플리콘 시퀀싱 데이터 처리 및 분석을 위한 Nextflow 워크플로우; 버전 1.2.1은 MinION 데이터의 재현 가능한 분석에 사용되었습니다.</td></tr><tr><td>epi2me-labs/wf-alignment Nextflow workflow (v1.2.3)</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>N/A</td><td>나노포어 시퀀싱 리드를 참조 서열에 정렬하고 IGV를 사용한 통합 시각화를 위한 Nextflow 워크플로우; 버전 1.2.3은 MinION 데이터의 재현 가능한 분석에 사용되었습니다.</td></tr><tr><td>Ethyl alcohol, pure</td><td>Merck Life Science</td><td>51976-500ML-F</td><td>비드 클린업용</td></tr><tr><td>Fetal bovine serum (FBS)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>MFCD00132239</td><td>세포 배양 보충제</td></tr><tr><td>Flow Cell Wash Kit</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>EXP-WSH004</td><td>플로우 셀 세척</td></tr><tr><td>GeneRuler 1 kb Plus DNA Ladder (10 kb)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>SM1331</td><td>크기 확인</td></tr><tr><td>HFF-1 human foreskin fibroblast cell line</td><td>American Type Culture Collection (ATCC)</td><td>SCRC-1041</td><td>신생아 포경에서 분리한 인간 진피 섬유아세포; 기생충 번식에 사용</td></tr><tr><td>MinION Flow Cell (R10.4.1)</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>FLO-MIN114</td><td>시퀀싱용 플로우 셀</td></tr><tr><td>MinION Mk1B Sequencing Device</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>MIN-101B</td><td>나노포어 시퀀서; 시퀀싱은 MinKNOW 소프트웨어(v25.09.16)를 사용하여 장치 제어 및 실시간 베이스 호출로 수행됨.</td></tr><tr><td>MinKNOW Software</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>N/A</td><td>MinION Mk1B 장치 제어, 실시간 시퀀싱 및 베이스 호출에 사용되는 소프트웨어; 버전 25.09.16.</td></tr><tr><td>Native Barcoding Kit 24 V14</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>SQK-NBD114.24</td><td>다중 샘플 바코딩</td></tr><tr><td>NEB Blunt/TA Ligase Master Mix</td><td>New England Biolabs</td><td>M0367</td><td>DNA 결합</td></tr><tr><td>NEBNext Quick Ligation Module</td><td>New England Biolabs</td><td>E6056</td><td>어댑터 결합</td></tr><tr><td>NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer (5×)</td><td>New England Biolabs</td><td>B6058</td><td>DNA 결합에 사용</td></tr><tr><td>NEBNext Ultra II End Repair/dA-Tailing Module</td><td>New England Biolabs</td><td>E7546</td><td>라이브러리 준비</td></tr><tr><td>Nuclease-free water</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>R0581</td><td>분자 생물학 등급</td></tr><tr><td>NucleoSpin Gel and PCR Clean-up Kit&nbsp;</td><td>Macherey-Nagel</td><td>740609.5</td><td>PCR 제품 정제</td></tr><tr><td>Penicillin&ndash;Streptomycin (1%)</td><td>Thermo Fisher Scientific (Gibco)</td><td>15140-122</td><td>항생제 혼합물</td></tr><tr><td>Phosphate-buffered saline (PBS)</td><td>Thermo Fisher Scientific (Gibco)</td><td>10010023</td><td>세척 버퍼</td></tr><tr><td>Q5 High-Fidelity 2× Master Mix</td><td>New England Biolabs</td><td>M0492S</td><td>고정밀도 폴리머라제</td></tr><tr><td>QIAamp DNA Blood Mini Kit</td><td>Qiagen</td><td>69504</td><td>DNA 추출</td></tr><tr><td>Quick T4 DNA Ligase</td><td>New England Biolabs</td><td>M2200</td><td>어댑터 결합 효소</td></tr><tr><td>SYBR Safe DNA Gel Stain</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>S33102</td><td>DNA 염색 염료</td></tr><tr><td>TriTrack DNA Loading Dye (6×)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>R1161</td><td>젤에 샘플 로드</td></tr><tr><td>Trypsin&ndash;EDTA (0.25%)</td><td>Thermo Fisher Scientific (Gibco)</td><td>25200056</td><td>HFF 전환용</td></tr><tr><td>1× TAE 또는 1× TBE 버퍼</td><td>&mdash;</td><td>&mdash;</td><td>실행 버퍼</td></tr><tr><td>2× PCR 프리믹스</td><td>&mdash;</td><td>&mdash;</td><td>PCR 준비 믹스</td></tr></tbody></table>
```

톡소플라즈마 곤디의 변종 유형 분류를 위한 다중 좌위 시퀀싱

Multi-Locus Sequencing for Strain Typing of Toxoplasma gondii

Toxoplasma gondii is a globally distributed apicomplexan parasite characterized by substantial genetic diversity, necessitating accurate molecular ...

multi-locus-sequencing-for-strain-typing-of-toxoplasma-gondii

Research

연구

JoVE Journal

Genetics

유전학

의 DNA 지문<emleprae> Mycobacterium</em단편 길이 분석 (FLA) - 가변 번호 탄뎀 반복 (VNTR)를 사용하기> 레인스

우리는 살모넬라균 enterica serovars Enteritidis, 해더, 하이 델베르크, 그리고 Typhimurium의 급속한 탐지를위한 멀티 플렉스 PCR을 설명합니다. 특정 살모넬라균의 serovars는 유전자와 주어진 serovar의 O - 항원 생합성 클러스터 및 flagellin 고유의 시퀀스로 PCR 다중을 대상으로 확인할 수 있습니다. Serovar는 대상 allele에 해당하는 특정 크기 amplicons (PCR 제품)의 모양에 따라 분리 살모넬라균에 다음 할당됩니다.

확인을 위해 Allelotyping PCR 살모넬라 enterica serovars Enteritidis, 해더, 하이 델베르크, 그리고 Typhimurium

여기에서 우리는 유형 I 및 유형 II를 사용하는...

유전 조작<em&gt; Δku80</em의 기능 게놈 분석을위한&gt; 균주<em&gt; 톡소 포자충</em

질량 분석 기반 phyloproteomics (MSPP)는 캄 필로 박터 jejuni와 SSP의 모음을 입력하는 데 사용되었다. doylei는 multilocus 시퀀스 입력 (MLST)에 비해 변형 수준에서 분리합니다.

의 하위 유형<em&gt; 캄 필로 박터 jejuni와</em&gt; SSP.<em&gt; doylei</em&gt;은 질량 분석 기반 PhyloProteomics를 사용하여 분리 (MSPP)

Toxoplasma gondii 에서 약물 내성 유전자를 확인하는 데 유전지도를 기반으로하는 QTL 매핑을 사용하는 방법과 게놈 타겟을 효율적으로 편집하는 CRISPR / Cas9 시스템으로 어떻게 검증 할 수 있는지에 대한 세부 정보가 제공됩니다. 약물 내성 유전자.

약물 저항 유전자를 확인하기위한 QTL 매핑 및 CRISPR / Cas9 편집<em&gt; Toxoplasma gondii</em

여기에 제시된 다중 궤적 가변 수 탠덤 반복 분석(MLVA) 분석은 어류 병원성 박테리아 Yersinia ruckeri의저렴하고 견고하며 휴대용 고해상도 유전자 형질 분석이 가능합니다. 순수 한 배양에서 시작, 분석 은 다운 스트림 응용 프로그램에 대한 10 층 MLVA 프로파일을 생산하기 위해 멀티 플렉스 PCR 및 모세관 전기 영동을 사용합니다.

멀티 록스 PCR 및 모세관 전기 영동에 의한 어류 병원성 박테리아 Yersinia ruckeri의 다중 궤적 가변 수 탠덤 반복 분석

이 분석 전산 플랫폼은 박테리아 집단 유전체학에 관심이있는 미생물 학자, 생태 학자 및 역학자에게 실질적인 지침을 제공합니다. 구체적으로, 여기에 제시된 연구는 수행 방법을 보여주었습니다 : i) 계층 적 유전자형의 계통 유도 매핑; ii) 유전자형의 빈도 기반 분석; iii) 친족관계 및 클론성 분석; iv) 혈통 차별화 액세서리 유전자좌의 확인.

박테리아 집단에서 계층적 유전자형과 부속 게놈 유전자형의 휴리스틱 마이닝

이 프로토콜은 7 일 이내에 대규모 토양 샘플 세트에서 효모와 곰팡이 Aspergillus fumigatus를 배양하는 효과적이고 신속한 방법입니다. 이 방법은 실험에 필요한 다양한 인큐베이션 배지 및 온도를 수용하도록 쉽게 변형 될 수 있습니다.

곰팡이 개체군 구조를 조사하기 위해 토양에서 배양 가능한 효모와 곰팡이를 분리합니다.

벤치탑 기기를 사용한 전체 게놈 시퀀싱(WGS) 전략의 실현 가능성은 실험실 환경에서 공중 보건과 관련된 모든 미생물의 게놈 조사를 단순화했습니다. 박테리아 WGS에 대한 워크 플로우의 방법 론적 적응이 설명되고 분석을위한 생물 정보학 파이프 라인도 제시됩니다.

전체 게놈 시퀀싱을 사용하는 Oreochromis spp. 농장에서 파생된 병원성 대장균 균주의 특성 분석

여기에서는 표적 농축을 사용하여 임상 샘플에서 박테리아 성병 감염의 전체 게놈 시퀀싱을 가능하게 하는 프로토콜을 제시합니다. 이 새로운 증후군 패널 기반 방법은 풍부한 인간 DNA와 낮은 박테리아 부하의 문제를 극복하여 클라미디아 트라코마티스, 임질균, 팔리듐 트레포네마 및 마이코플라스마 제니탈리움에 대한 게놈 감시를 용이하게 합니다.

표적 농축 워크플로우를 사용하여 임상 샘플에서 전체 박테리아 게놈 생성

학습하세요 Toxoplasma gondii 분리주의 다중 좌위 유전자형 분석을 위한 나노포어 시퀀싱 방법론입니다. SAG2 및 SAG3 유전자 좌위를 표적으로 한 PCR 증폭과 실시간 염기서열 분석을 통해 SNP와 INDEL을 신뢰성 있게 검출할 수 있습니다.

톡소플라즈마 곤디의 변종 유형 분류를 위한 다중 좌위 시퀀싱

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