Name: 펩타이드 배열과 천연 뉴클레오좀 풀다운을 통해 인간 스핀들린 가족 4(SPIN4)의 결합 기질로서 변형된 히스톤의 식별 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-03-27T14:40:00.000+00:00
Duration: 9 min 34 s
Description: 학습하세요 펩타이드 배열과 뉴클레오좀 풀다운을 통해 SPIN4의 히스톤 H3K4 메틸화 결합 기질을 식별하는 방법. 이 프로토콜은 후성유전학 리더 단백질의 기능을 연구하는 데 활용됩니다.

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<ol><li>Lui, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Loss-of-function+variant+in+SPIN4+causes+an+X-linked+overgrowth+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22JCI+Insight%22%5BJournal%5D)">Loss-of-function variant in SPIN4 causes an X-linked overgrowth syndrome.</a> JCI Insight. 8 (9), e167074(2023).</li>
<li>Chawla, N., Rajput, M., Shriyan, R., Bachani, S., Gupta, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clinical+observation+of+a+rare+Binder+phenotype+with+fetal+overgrowth+due+to+a+SPIN4+mutation%5BTitle%5D)+AND+%22Matern+Fetal+Med%22%5BJournal%5D)">Clinical observation of a rare Binder phenotype with fetal overgrowth due to a SPIN4 mutation.</a> Matern Fetal Med. 7 (1), e0030(2025).</li>
<li>Lu, R., Wang, G. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tudor%3A+a+versatile+family+of+histone+methylation+readers%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">Tudor: a versatile family of histone methylation readers.</a> Trends Biochem Sci. 38 (11), 546-555 (2013).</li>
<li>Ruthenburg, A. J., Li, H., Patel, D. J., Allis, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multivalent+engagement+of+chromatin+modifications+by+linked+binding+modules%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Multivalent engagement of chromatin modifications by linked binding modules.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 8 (12), 983-994 (2007).</li>
<li>Mauser, R., Jeltsch, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+modified+histone+peptide+arrays+in+chromatin+research%5BTitle%5D)+AND+%22Arch.+Biochem+Biophys%22%5BJournal%5D)">Application of modified histone peptide arrays in chromatin research.</a> Arch. Biochem Biophys. 661, 31-38 (2019).</li>
<li>Hsu, C. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Paraspeckle+protein+NONO+regulates+active+chromatin+by+allosterically+stimulating+NSD1%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Paraspeckle protein NONO regulates active chromatin by allosterically stimulating NSD1.</a> Cell Rep. 44 (1), 116247(2025).</li>
<li>Hsu, C. I., Yeh, E., Chen, C. C. L., Sahn, M., Yu, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+reconstituting+enzymatic+activities+for+ultra-large+histone+methyltransferases+NSD1+and+SETD2+using+a+baculovirus+expression+system%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for reconstituting enzymatic activities for ultra-large histone methyltransferases NSD1 and SETD2 using a baculovirus expression system.</a> STAR Protoc. 6 (1), 103963(2025).</li>
<li>Plazas-Mayorca, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((One-pot+shotgun+quantitative+mass+spectrometry+characterization+of+histones%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">One-pot shotgun quantitative mass spectrometry characterization of histones.</a> J Proteome Res. 8 (11), 5367-5374 (2009).</li>
<li>Fuhrmann, J., Thompson, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein+arginine+methylation+and+citrullination+in+epigenetic+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Protein arginine methylation and citrullination in epigenetic regulation.</a> ACS Chem Biol. 11, 654(2015).</li>
<li>Zhao, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+basis+for+histone+H3+%E2%80%9CK4me3-K9me3%2F2%E2%80%9D+methylation+pattern+readout+by+Spindlin1%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Molecular basis for histone H3 “K4me3-K9me3/2” methylation pattern readout by Spindlin1.</a> J Biol Chem. 295 (49), 16877(2021).</li>
<li>Padeken, J., Methot, S. P., Gasser, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+of+H3K9-methylated+heterochromatin+and+its+functions+in+tissue+differentiation+and+maintenance%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Establishment of H3K9-methylated heterochromatin and its functions in tissue differentiation and maintenance.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 23 (9), 623-640 (2022).</li>
<li>Greschik, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+histone+code+reader+Spin1+controls+skeletal+muscle+development%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Dis%22%5BJournal%5D)">The histone code reader Spin1 controls skeletal muscle development.</a> Cell Death Dis. 8 (11), e3173(2017).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1.5 mL 마이크로 원심분리관</td><td>사르스테트</td><td>72.690.001</td><td>일반 실험</td></tr><tr><td>15cm 조직배양 접시</td><td>사르스테트</td><td>83.3903.300</td><td>일반 실험</td></tr><tr><td>15 mL 원뿔형 원심분리기 튜브</td><td>사르스테트</td><td>62.554.101</td><td>일반 실험</td></tr><tr><td>50 mL 원뿔형 원심분리기 튜브</td><td>사르스테트</td><td>62.548.004</td><td>일반 실험</td></tr><tr><td>500 mL 에를렌마이어 플라스크</td><td>스텔라 사이언티브</td><td>CT229809</td><td>Sf9 세포 배양</td></tr><tr><td>Amersham ImageQuant 800 CCD 이미저</td><td>시티바</td><td>IMQ800</td><td>CCD 영상 시스템</td></tr><tr><td>안티-FLAG M2 친화력 젤</td><td>시그마-올드리치</td><td>A2220</td><td>생화학적 풀다운</td></tr><tr><td>안티-FLAG M2 항체</td><td>시그마-올드리치</td><td>F1804</td><td>서부 블롯</td></tr><tr><td>아프로티닌</td><td>메드켐익스프레스</td><td>HY-P0017</td><td>프로테아제 억제제</td></tr><tr><td>Array Analyze Sofrware</td><td>액티브 모티프</td><td>https://www.activemotif.com/documents/Array_Analyze_Software_v16.1.zip</td><td>MODified 펩타이드 배열 데이터 분석</td></tr><tr><td>ASI 아가로즈 법</td><td>알칼리 사이언티픽</td><td>A7700</td><td>DNA 겔</td></tr><tr><td>Bac-to-Bac 바큘로바이러스 발현 시스템</td><td>써모 사이언티픽</td><td>10359016</td><td>바큘로바이러스 발현</td></tr><tr><td>벤자미딘 염산염</td><td>메드켐익스프레스</td><td>하이-W018781</td><td>프로테아제 억제제</td></tr><tr><td>소 혈청 알부민 (BSA)</td><td>시그마-올드리치</td><td>A9647</td><td>단백질 정량화 표준</td></tr><tr><td>브로모페놀 블루</td><td>써모 사이언티픽</td><td>A18469.08</td><td>람멜리 버퍼</td></tr><tr><td>쿠매시 브릴리언트 블루 R-250</td><td>써모 사이언티픽</td><td>20278</td><td>프로티엔 젤 염색</td></tr><tr><td>디티오트레이톨 (DTT)</td><td>시그마-올드리치 &nbsp;</td><td>D5545</td><td>용해 완충기</td></tr><tr><td>EDTA</td><td>RPI 연구 산출물</td><td>E58100</td><td>용해 완충기</td></tr><tr><td>향상된 화학발광(ECL) 기판</td><td>시티바</td><td>RPN2232</td><td>서부 블롯</td></tr><tr><td>ESF 921 곤충 세포 배양 배양지</td><td>표현 시스템</td><td>96-001</td><td>Sf9 세포 배양</td></tr><tr><td>에탄올 (200 프루프)</td><td>스펙트럼 케미컬</td><td>ET107</td><td>DNA 침전</td></tr><tr><td>EVOS M5000 영상 시스템</td><td>인비트로젠</td><td>M5000</td><td>일반 영상</td></tr><tr><td>FLAG 펩타이드</td><td>메드켐익스프레스</td><td>HY-P7006</td><td>풀다운 용출</td></tr><tr><td>글리세롤</td><td>시그마-올드리치 &nbsp;</td><td>G77893</td><td>저장 버퍼</td></tr><tr><td>H3K4me1 항체&nbsp;</td><td>액티브 모티프</td><td>39300</td><td>서부 블롯</td></tr><tr><td>H3K4me2 항체&nbsp;</td><td>세포 신호 전달</td><td>9725T</td><td>서부 블롯</td></tr><tr><td>H3K4me3 항체&nbsp;</td><td>세포 신호 전달</td><td>9751T</td><td>서부 블롯</td></tr><tr><td>HEK293FT 세포</td><td>써모 사이언티픽</td><td>R70007</td><td>인간 배아 신장 섬유아세포주</td></tr><tr><td>젠장</td><td>시그마-올드리치 &nbsp;</td><td>H3375</td><td>용해 완충기</td></tr><tr><td>이미지J</td><td>국립보건원(NIH)</td><td>https://imagej.net/ij/download.html</td><td>그리고 nbsp; Java 기반 이미지 처리 프로그램</td></tr><tr><td>류펩틴 헤미설페이트</td><td>메드켐익스프레스</td><td>HY-18234A</td><td>프로테아제 억제제</td></tr><tr><td>미세코클레아제 (MNase)</td><td>NEB&nbsp;</td><td>M0247S</td><td>크로마틴 소화를 위한 엔도뉴클레아제</td></tr><tr><td>모델 120 소닉 디스멤브레이터</td><td>피셔 사이언티브</td><td>FB120110</td><td>초음파 처리</td></tr><tr><td>개조된 히스톤 펩타이드 배열</td><td>액티브 모티프</td><td>13005</td><td>단백질 결합 분석</td></tr><tr><td>펩스타틴 A</td><td>메드켐익스프레스</td><td>HY-P0018</td><td>프로테아제 억제제</td></tr><tr><td>과산화효소 IgG 단클론 염소 항쥐 IgG, 경쇄 특이적</td><td>잭슨 면역연구소</td><td>115-035-174</td><td>서부 블롯</td></tr><tr><td>pFastBac1-플래그-스핀4</td><td>써모 사이언티픽</td><td>10360014</td><td>바큘로바이러스 발현 벡터</td></tr><tr><td>pFastBac1-Flag-SPIN4-D82H</td><td>써모 사이언티픽</td><td>10360014</td><td>바큘로바이러스 발현 벡터</td></tr><tr><td>페놀:클로로포름:아이소아밀 알코올 (25:24:1)</td><td>시그마-올드리치</td><td>P2069</td><td>DNA 정제</td></tr><tr><td>피어스 래피드 골드 BCA 단백질 분석 키트</td><td>써모 사이언티픽</td><td>PIA53226</td><td>단백질 정량 카이톤</td></tr><tr><td>피어스 실버 스테인 키트</td><td>써모 사이언티픽</td><td>24612</td><td>단백질 검출</td></tr><tr><td>PMSF 프로테아제 억제제</td><td>써모 사이언티픽</td><td>36978</td><td>프로테아제 억제제</td></tr><tr><td>폴리아크릴아마이드 젤</td><td>자체 제작</td><td>해당 없음</td><td>단백질 젤</td></tr><tr><td>Sf9 곤충 세포</td><td>ATCC</td><td>CRL-1711</td><td>바큘로바이러스 발현을 위한 곤충 세포주</td></tr><tr><td>슬라이드-A-라이저 MINI 투석 장치, 10K MWCO</td><td>써모 사이언티픽</td><td>69572</td><td>단백질 투석</td></tr><tr><td>아세테이트 나트륨</td><td>시그마-올드리치</td><td>S8750</td><td>DNA 침전</td></tr><tr><td>염화나트륨 &nbsp;</td><td>피셔&nbsp;</td><td>BP358-1</td><td>일반 버퍼</td></tr><tr><td>도데실 설페이트 나트륨 (SDS)</td><td>시그마-올드리치 &nbsp;</td><td>L3771</td><td>일반 버퍼</td></tr><tr><td>트리판 블루 솔루션 (0.4%)</td><td>써모 사이언티픽</td><td>15250061</td><td>핵 염색</td></tr></tbody></table>

펩타이드 배열과 천연 뉴클레오좀 풀다운을 통해 인간 스핀들린 가족 4(spin4)의 결합 기질로서 변형된 히스톤의 식별

Identification of Modified Histones as Binding Substrates of Human Spindlin Family Member 4 (SPIN4) by Peptide Arrays and Native Nucleosome Pulldown

펩타이드 배열과 천연 뉴클레오좀 풀다운을 통해 인간 스핀들린 가족 4(SPIN4)의 결합 기질로서 변형된 히스톤의 식별

Human Spindlin Family Member 4 (SPIN4) has just emerged as a novel regulator of bone growth. Loss-of-function variants in SPIN4 were identified in ...

identification-modified-histones-as-binding-substrates-human-spindlin

Research

연구

JoVE Journal

Biochemistry

생화학

질량 분광법의 발전은 조직의 호스트에 단백질 표현 및 수정의 높은 처리량 분석을 허용하고 있습니다. subcellular 분류 및 질병 모델, 분광 및 생물 정보학은 생물 시스템에 새로운 속성을 표시 할 수 있습니다 양적 질량과 결합. 여기에 설명 된 방법은 심장 질환의 설정에 염색질 - 관련 단백질을 분석하고 다른 사람에게 쉽게 적용 할 수...

질병의 염색질 Proteomes의 정량 분석

기본 결합 및 고해상도 질량 분석과 크로 마틴 면역 가교으로 ChroP 접근 방식은 히스톤 수정, 변형 및 기능적으로 구별 염색질 영역에서 시너지 효과가 아닌 histonic 단백질의 복합 단백체 구조를 해부 할 수 있습니다.

ChroP 접근은 염색질의 궤적 특정 프로테오믹스 풍경을 해부하는 칩 및 질량 분석을 결합

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포유 동물 세포에서 초기 DNA에 바인딩 단백질의 시험 BrdU의 칩 슬롯 서양 기술을 사용하여

이 프로토콜은 질량 분석기 (MS)를 사용하여 히스톤 번역 후 변형을 특성화하기위한 완벽하게 통합 된 워크 플로우를 설명합니다. 워크 플로는 나노 흐름 액체 크로마토 그래피 및 데이터 분석을위한 지침을 사용하여 세포 배양 또는 조직, 히스톤 유도체 및 소화, MS 분석에서 히스톤 정화를 포함한다. 삼일 -이 프로토콜은 2 내에 완성을 위해 설계되었습니다.

히스톤 추출에서 데이터 분석에 : 상향식 질량 분석 사용 히스톤 번역 후 변형 분석을위한 완벽한 워크 플로우

이 프로토콜은 차등 동위 원소 표지 자매 히스톤를 포함하는 뉴 클레오의 재구성에 대해 설명합니다. 동시에, 비대칭 번역 후 개질은 뉴 클레오 히스톤 premodified 복사를 사용한 후 발생 될 수있다. 이러한 제제는 즉시 고해상도 NMR 분광법을 이용하여 두 자매 히스톤 동시에, 수정 누화 메커니즘을 연구하는데 사용될 수있다.

된 유의 동위 원소 표지 자매 히스톤과 뉴 클레오의 재구성

이 원고는 히스톤 및 그 번역 후 변형을 인식하는 항체의 특이성 프로파일 링에 펩타이드 마이크로 어레이 기술을 적용하는 방법을 설명합니다.

펩티드 Microarrays를 가진 Histone 항체 특이성의 분석

여기, 우리는 신진 효 모 Saccharomyces cerevisiae에서 수정 된 히스톤의 염색 질 immunoprecipitation에 대 한 프로토콜을 설명합니다. Immunoprecipitated DNA가 풍부 하 고 지역화의 게놈을 통해 히스톤 포스트 번역 상 수정 양이 많은 PCR 이후에 사용 됩니다.

히스톤 수정 Saccharomyces cerevisiae 에서 chromatin Immunoprecipitation (칩)

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체외 분석, 풀다운 및 샤프롱 분석을 사용한 히스톤 샤페론의 특성 분석

액체 크로마토그래피, 포획 이온 이동도 분광법 및 비행 시간 질량 분석법(LC-TIMS-ToF MS/MS)을 기반으로 하는 분석 워크플로우는 주요 매개변수(머무름 시간[RT], 충돌 단면[CCS] 및 정확한 질량 대 전하[m/z] 비율)를 기반으로 히스톤 변형 및 식별에 대한 높은 신뢰도와 재현성 있는 "상향식" 분석을 제공합니다.

액체 크로마토그래피, Trapped Ion Mobility Spectrometry 및 Time-Of-Flight Mass Spectrometry를 사용한 Histone Modification Screening

이 기사에서는 단일 분자 상관력 및 형광 현미경을 위해 뉴클레오솜 함유 DNA 테더를 재구성하는 자세한 실험 절차를 제시합니다. 또한 염색질 상호 작용 단백질의 결합 거동을 시각화하고 뉴클레오솜의 물리적 특성 변화를 분석하기 위해 수행할 수 있는 여러 다운스트림 실험에 대해 설명합니다.

In Situ Nucleosome Assembly for Single-Molecule Correlative Force and Fluorescence Microscopy

단백질 관련 신생 DNA의 풍부화 및 시퀀싱(eSPAN)은 두 개의 복제 DNA 가닥에서 염색질 관련 단백질의 상대적 풍부도를 검출하기 위해 개발되었으며, 이를 통해 염색질 복제와 그 결합 과정에 대한 분자적 통찰을 밝혀냈습니다. 이 프로토콜은 효모 및 마우스 배아 줄기(ES) 세포에서의 eSPAN 절차를 설명합니다.

단백질 관련 신생 DNA 농축 및 시퀀싱을 통한 DNA 복제 가닥 단백질의 가닥 특이적 분석

학습하세요 펩타이드 배열과 뉴클레오좀 풀다운을 통해 SPIN4의 히스톤 H3K4 메틸화 결합 기질을 식별하는 방법. 이 프로토콜은 후성유전학 리더 단백질의 기능을 연구하는 데 활용됩니다.

펩타이드 배열과 천연 뉴클레오좀 풀다운을 통해 인간 스핀들린 가족 4(SPIN4)의 결합 기질로서 변형된 히스톤의 식별

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