$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
De antigene diversiteit van HIV-1 is al lang een obstakel voor vaccins design, en deze variabiliteit is vooral uitgesproken in de V3 lus van het oppervlak van het virus 'enveloppe glycoproteïne. We hebben eerder voorgesteld dat de kroon van de V3 lus, maar dynamische en volgorde variabele, is beperkt in de hele populatie van HIV-1 virussen naar een immunologisch relevante β-haarspeld tertiaire structuur. Belangrijk is, zijn er duizenden verschillende V3 lus kroon sequenties in circulerende HIV-1-virussen, het maken van 3D structurele karakterisering van ontwikkelingen in de diversiteit van virussen moeilijk of onmogelijk door de kristallografie en NMR. Onze eerdere succesvolle studies met vouwen van de V3 kroon 1, 2 gebruikte ab initio algoritme drie toegankelijk zijn in de ICM-Pro molecular modelling software pakket (Molsoft LLC, La Jolla, CA) en stelde voor dat de kroon van de V3 lus, in het bijzonder uit de posities 10 tot 22, voldoende voordelen van de flexibiliteit en de lengte van de flankerende stengels te gedragen voor een groot deel als ware het een ongedwongen peptide vrij te vouwen in oplossing. Als zodanig, snelle ab initio vouwen van alleen dit gedeelte van de V3 lus van een individuele stam van de 60.000 + circulerende HIV-1 stammen kunnen informatief zijn. Hier hebben we gevouwen de V3 lus van de R2 stam om inzicht te krijgen in de structurele basis van zijn unieke eigenschappen. R2 draagt een zeldzame V3 lus volgorde dacht verantwoordelijk te zijn voor de verfijnde gevoeligheid van deze stam tot een neutralisatie van de patiënt sera en monoklonale antilichamen 4, 5. De stam bemiddelt CD4-onafhankelijke infectie en lijkt op te wekken breed neutraliserende antilichamen. We zien hoe de evaluatie van de resultaten van het vouwen kan informatief zijn voor de inschakeling van waargenomen structuren in de vouwing van de immunologische activiteiten die worden waargenomen voor de R2.