Het vergemakkelijken van de Analyse van de immunologische gegevens met Visual analytische technieken

Summary

Visuele analyses (VA) is een nieuwe benadering van het analyseren van gegevens interactief. In deze video bespreken we de data overload probleem veroorzaakt door high-throughput biologische experimenten, en stellen VA als een oplossing voor dergelijke problemen. De video toont analyse binnen en tussen de immunologische datasets met behulp van een tool genaamd VA Tableau.

Abstract

Visuele analyses (VA) is ontstaan ​​als een nieuwe manier om grote dataset te analyseren door middel van interactieve visuele weergave. We hebben laten zien het nut en de flexibiliteit van een VA aanpak in de analyse van biologische datasets. Voorbeelden van deze datasets in de immunologie zijn flowcytometrie, Luminex gegevens, en genotypering (bv, single nucleotide polymorfisme) gegevens. In tegenstelling tot de traditionele informatie visualisatie aanpak, VA herstelt de analyse macht in de handen van analist doordat de analist om deel te nemen in real-time data exploratie verwerken. We hebben gekozen voor de VA software genaamd Tableau na evaluatie van verschillende VA tools. Twee soorten analyses taken analyse binnen en tussen de datasets werden aangetoond in de video-presentatie met behulp van een aanpak genaamd gekoppeld analyse. Gepaarde analyse, zoals gedefinieerd in VA, is een analyse benadering waarbij een VA hulpmiddel expert side-by-side werkt met een domein expert tijdens de analyse. Het domein expert is degene die begrijpt de betekenis van de gegevens, en verzoekt de vragen die de verzamelde gegevens zou kunnen pakken. De tool expert maakt vervolgens visualisaties te helpen bij het vinden van patronen in de gegevens die zouden kunnen deze vragen beantwoorden. De korte lag-tijd tussen de hypothese generatie en de snelle visuele weergave van de gegevens is het belangrijkste voordeel van een VA aanpak.

Protocol

1. Verkenning op basis van analyse over Tableau

1. Je hebt een dataset en u wilt de verschillende relaties tussen de kolommen in de gegevens te verkennen.
   1. (Figuur 1) Importeer de dataset door te klikken op 'Verbinding maken met gegevens'. Kies de gegevensbron type en volg de instructies om uw dataset te importeren.
   2. (Figuur 1) Zorg ervoor dat de afmetingen plank categorische kolommen bevat, terwijl de maatregelen die plank bevat numerieke kolommen van uw dataset. Soms is een dimensie kolom, zoals onderwerp identifier mag worden vermeld als te meten als het genummerde. Verander het naar dimensies door met de rechtermuisknop op te klik....

Discussion

De komst van high-throughput technologie in moderne biomedisch onderzoek leidde tot een explosie van het onderzoek gegevens die een meer efficiënte manier van analyse vereist. Visuele analyses (VA) is de wetenschap van het analytisch denken vergemakkelijkt door interactieve visuele interfaces (1). De VA aanpak herstelt de analytische macht in de handen van de menselijke analist, in tegenstelling tot de traditionele aanpak om patronen te ontdekken via de computer. Visuele analyses is toegepast voor onderzoek op verschill.......