De hier beschreven protocollen meten detectie van T-cellen geïnfecteerd met GFP-gelabelde HIV-1-virussen die alleen verschillen in hun vermogen om Vpu drukken, zoals beschreven in onze recent rapport 18. Deze werkwijzen kunnen gemakkelijk worden gewijzigd om detectie van ongelabelde virussen en virussen ontbreekt andere virale genen die kan moduleren aangeboren sensing bestuderen. Als de virussen die niet hebben GFP expressie, het percentage geïnfecteerde doelcellen worden bepaald op andere wijze vóór co-cultuur, zoals p24 (capside) intracellulaire kleuring en flowcytometrie of p24 ELISA. Bovendien kunnen deze protocollen worden gebruikt met verschillende voorwerp T-cellen, waaronder diverse beschikbare cellijnen en primaire cellen.
De in dit manuscript beschreven werkwijzen hebben een aantal voordelen ten opzichte van vroege methoden voor HIV-1 detectie bestuderen. Eerst en vooral is opgericht door een aantal groepen die celvrij HIV-1 partikelen zijn slechte inductoren van type I IFN 2,13,14. De vroegtijdige studies aangevoerde oudere IFNa ELISA-gebaseerde methoden om de hoeveelheid type I-IFN geproduceerde kwantificeren. Een beperking van deze detectietechniek is dat de meeste oudere IFNa ELISA kits meten slechts één type IFNa, met uitzicht op het andere typen IFNa en IFNβ. Het gebruik van de beschreven reporter cellijnen overwint deze beperking als de concentratie van biologisch actieve vormen van humaan type I-IFN's kan worden gemeten in een keer. De techniek is zeer gevoelig, goedkoper dan de nieuwe generatie van IFN ELISA kit en vele donors grote hoeveelheden type I IFN kan gemakkelijk worden opgespoord. Desalniettemin kan dit protocol gemakkelijk worden aangepast voor gebruik met andere type I IFN uitlezing methoden zoals ELISA.
Kritische stappen: Het is belangrijk dat de kwaliteit van cellulaire componenten (zowel targets en effectors) strak gecontroleerd. Mogelijke besmetting, zelfs wanneer asymptisch, moet worden bewaakt en gecontroleerd. Zoals wij eerder vermeld, antibiotica gecontroleerde asymptomatische bacteriële besmetting en eventueel andere intracellulaire pathogenen zoals mycoplasma, kan dit immuunresponsen met die waargenomen na HIV-1-infectie, namelijk de productie van type I IFN genereren. Bovendien moeten alle reagentia vrij van LPS of andere potentiële endotoxinen zijn. Ook monitoring van PBMC en pDCs is ook belangrijk omdat de menselijke monsters vaak kan worden gevuld door onderliggende aanhoudende infecties, die normaal sensing kunnen beïnvloeden. We raden altijd inclusief de voorgestelde negatieve controles, zoals afwezigheid van doelcellen evenals co-culturen met de mock-geïnfecteerde cellen. Levensvatbaarheid van geïnfecteerde cellen is eveneens belangrijk voor een goede pDC detectie omdat type I IFN niet geproduceerd na co-kweek met apoptotische cellen 2,14.
Een belangrijke beperking van de techniek is de behoefte aan vers geïsoleerde primaire cellen. Deze procedure nietgetest met behulp van PBMC of pDCs die ofwel voorheen zijn bevroren of in cultuur gehouden. De isolatie van PBMC is arbeidsintensief en deze cellen hebben een zeer beperkte levensduur. Bovendien moet standaard protocollen voor het beschermen tegen via bloed overdraagbare pathogenen worden gebruikt tijdens het werken met menselijk bloed. Er zijn vaak meerdere bronnen van variabiliteit in verband met werkzaamheden die vers geïsoleerde menselijke cellen. Onder hen zijn de verschillende procedures uitgevoerd om deze cellen te isoleren en de erfelijke variabiliteit ondervonden van donor tot donor. Hoewel het onmogelijk is om variatie tussen donor te vermijden, het gebruik van de voorgestelde positieve controles, zoals het meten van reactie op bekende agonisten van TLR7 en TLR9 wegen, zou een belangrijke interne controle voor deze experimenten geven. We vonden dat een robuuste reactie op agonisten van de TLR9 pathway kan worden gecorreleerd met een gezonde pDC reactie, terwijl een responsieve TLR7 route is voor het goede respons tegen HIV-1 3.
Op basis van de opmerkingen van ons en anderen 2, verrijking van pDCs uit PBMCs is vaak niet nodig. Indien proefopzet vereist (bijvoorbeeld in de context waarin depletie specifieke pDC oppervlakmerkers vereist) negatieve selectie voorkeur boven positieve selectie, zoals cellen vrij blijven van antilichamen na de selectieprocedure. Geïsoleerde pDCs ondergaan snelle apoptose in cultuur. Voor experimenten die deze cellen vereisen gekweekt gedurende langere tijd, kan kweekmedium aangevuld met IL-3. Deze cytokine induceert pDC proliferatie en remt de apoptose 16. Echter, IL-3 gebruik moet goed worden gecontroleerd, omdat het kan leiden tot pDC rijping of differentiatie.
De hier beschreven methode combineert doel HIV-1 geïnfecteerde cellen met vers geïsoleerde PBMCs of pDCs om de eerste stappen betrokken bij aangeboren detectie opnieuw. Deze methode zal ongetwijfeld nuttig zijn om explor zijne vroege aangeboren immuunsysteem geassocieerd met een HIV-infectie. Hoewel de bijbehorende protocollen gericht op het meten van type I IFN, kunnen zij gemakkelijk worden aangepast aan andere biologisch actieve moleculen vrijgemaakt uit pDCs bij herkenning van geïnfecteerde cellen te meten. Deze kunnen omvatten: het type III-IFN (IFN-λ), pro-inflammatoire cytokinen (zoals TNF-α en IL-6) en chemokines CXCL10, CCl4 en CCL5 17.