De celwand fabriek heeft een overvloed aan informatie binnen de verschillende onderdelen: lignine, cellulose, hemicellulose (xylan, glucuronoxylan, xyloglucan, arabinoxylan, gemengde koppeling glucaan, of glucomannaan), en pectine. Histologische technieken bieden belangrijke visuele aanwijzingen in het bestuderen van verschillen binnen de secundaire celwanden op organisatorisch en cellulair niveau. Verschillende histologische technieken werden ontwikkeld en is te vinden in de literatuur, maar deze technieken kan uitdagend en tijdrovend zijn voor beginners omdat zeer gedetailleerde protocollen met eenvoudige visuele instructies zijn zelden of nooit beschikbaar. Het doel van deze studie is om eenvoudige richtlijnen voor de histologische kleuring technieken bieden om beelden van hoge kwaliteit te verkrijgen.
Snijden de stengel is de eerste stap bij visualisatie van celwanden en celvormen. Hoewel met de hand gesneden secties zijn goedkoop en nemen minder tijd voor te bereiden, gebruik van een vibratome biedt consistentie enlevert beelden van hoge kwaliteit. Met een vibratome kan produceren betere kwaliteit van de gegevens door het genereren van gelijke delen met dezelfde dikte, die helpt om scherpe beelden te produceren en vermindert de kans op het produceren onnauwkeurige verschillen tussen de monsters die eenvoudig worden veroorzaakt door een slechte monstervoorbereiding. Harsen gebruiken om verse exemplaren vast te stellen kan een uitdaging voor beginners en kan nog steeds tijdrovend zijn, zelfs voor experts als een analyse moet snel worden gedaan. Bovendien wordt het onmogelijk om eventuele biologische activiteit te meten met het monster wanneer deze is ingebed in een hars. Een eenvoudige techniek die agarose en een zelfgemaakte mal werkzaam is nuttig voor het inbedden stam weefsels, en het kan ook worden gebruikt in andere toepassingen die dissectie van zacht weefsel. Vergeleken met inbedding specimens hars, heeft deze methode het voordeel dat de weefsels in leven en reducerende monsterbuffer manipulatie. Snijden weefsels via een vibratome is zeer nauwkeurig en genereert homogenlende secties, die, afhankelijk van het doel van de studie, dan kan worden gebruikt met verschillende kleuringen.
De eenvoudigste methoden om lignine en andere aromaten visualiseren in dienst ultraviolet (UV) licht. Excitatie van aromatische gebaseerde moleculen met UV licht is een oude techniek, maar het is nog steeds een van de snelste benaderingen voor visualisatie van lignine. Echter, UV-visualisatie is eigenlijk niet ideaal voor lignine detectie omdat UV-licht andere aromaten zal prikkelen. Lignine bestaat voornamelijk uit drie bouwstenen, de monolignols (hydroxycinnamyl alcoholen: coniferylalcohol, sinapyl alcohol, en p-coumaryl alcohol) 1-3. Phloroglucinol vlek kan aanwijzingen geven de mate van cinnamaldehydes aanwezig in het xyleem, vezels, weefsels en trachea 4. Floroglucinol is een goede indicator van de algemene cinnamaldehydes en kan onderscheid maken tussen cinnamaldehydes en andere aromaten. De sinapyl alcohol monomeren kan worden gedetecteerden gedifferentieerd door het gebruik Maule vlek. Toluïdineblauw O is een polychromatische kleurstof en derhalve is de mogelijkheid om verschillende onderdelen van de celwand vlekken in verschillende kleuren 5,6. Het primaire gebruik van toluïdineblauw O is aan pectine en lignine 5,6 detecteren. Het voordeel van toluïdineblauw O is dat veel elementen van de celwand kan worden gevisualiseerd in een enkele stap. Zowel calcofluor witte en congorood gemakkelijk in gebruik en kunnen worden gebruikt om cellulose te visualiseren. Calcofluor witte vlekken cellulose, callose, en andere niet-gesubstitueerde of gesubstitueerde zwak β-glucanen 6-9, terwijl Congo rood vlekken direct β-(1 → 4)-glucanen en in het bijzonder cellulose 10,11. Het doel van deze studie is om eenvoudige richtlijnen voorzien in het gebruik van de hiervoor genoemde kleuring technieken om beelden van hoge kwaliteit te verkrijgen van A. thaliana stengels.