Transcriptoom analyse C. elegans RNA Sequencing gegevens via de Tuxedo Suite op de Galaxy Project

Summary

Galaxy en David hebben zich ontwikkeld tot populaire tools die het mogelijk maken de onderzoekers zonder bioinformatica training te analyseren en RNA-Seq gegevens te interpreteren. We beschrijven een protocol voor C. elegans onderzoekers RNA-Seq experimenten toegang voeren en verwerken dataset behulp Galaxy en zinvolle biologische informatie uit het gen lijsten met behulp DAVID verkrijgen.

Abstract

Next generation sequencing (NGS) technologieën hebben de aard van de biologische onderzoek een revolutie. Daarvan heeft Sequencing RNA (RNA-Seq) naar voren gekomen als een krachtig hulpmiddel voor genexpressie analyse en transcriptoom mapping. Echter, de behandeling van RNA-Seq datasets vereist geavanceerde computational expertise en stelt inherente uitdagingen voor de biologie onderzoekers. Dit knelpunt is getemperd door het open access Galaxy project dat gebruikers in staat stelt zonder bioinformatica vaardigheden om RNA-Seq gegevens te analyseren, en de database voor annotatie, visualisatie, en Integrated Discovery (DAVID), een Gene Ontology (GO) term analyse suite dat helpt ontlenen biologische betekenis van grote datasets. Echter, voor de eerste keer gebruikers en amateurs bioinformatica, self-learning en kennismaking met deze platforms kan tijdrovend en ontmoedigend zijn. We beschrijven een eenvoudige workflow die u zullen helpen C. elegans onderzoekers worm RNA te isoleren, voeren een RNA-Seq experimenten analyseren van de gegevens met behulp Galaxy en DAVID platforms. Dit protocol geeft stapsgewijze instructies voor het gebruik van verschillende Galaxy modules voor toegang ruwe NGS data, kwaliteitscontroles, uitlijning en differentiële genexpressie-analyse, die de gebruiker de parameters bij elke stap een gen lijst die kunnen worden gescreend op verrijking van genereren genklassen of biologische processen waarbij DAVID. Over het algemeen verwachten we dat dit artikel informatie zal verstrekken aan C. elegans onderzoekers onderneming RNA-Seq-experimenten voor het eerst als frequente gebruikers die een klein aantal monsters.

Introduction

De eerste sequentiebepaling van het menselijk genoom, uitgevoerd met behulp van Fred Sanger dideoxynucleotide-sequencing methode, duurde 10 jaar en kostte naar schatting 3 miljard US $ ^{1, 2.} Echter, in iets meer dan een decennium sinds haar oprichting, Next-Generation Sequencing (NGS) technologie heeft het mogelijk gemaakt om het gehele menselijke genoom binnen twee weken en voor US $ 1.000. New NGS instrumenten die het mogelijk maken steeds grotere snelheid van verzamelen sequencing-data met een ongelooflijke efficiëntie, samen met scherpe verlaging van de kosten, zijn een revolutie in de moderne biologie in....

Protocol

1. RNA Isolation

1. Voorzorgsmaatregelen
   1. Wrijf het werkoppervlak, instrumenten en pipetten met een commercieel verkrijgbare RNase spuiten geven RNasen vernietigen;.
   2. Draag handschoenen te allen tijde, ze regelmatig te veranderen door nieuwe tijdens de verschillende stappen van het protocol.
   3. Gebruik alleen filter tips en houden alle monsters op het ijs zo veel mogelijk om RNA degradatie te voorkomen.
      LET OP: Met het oog op de beste gegevens van NGS platforms te verkrijgen, is het essentieel om te beginnen met een hoge kwaliteit RNA. RNA-isolatie en bereidingsmethoden variabel monster oorsprong Werkwijze seque....

Results

In C. elegans, verwijdering van de kiemlijn stamcellen (GSC) verlengt levensduur verbetert stressbestendigheid en verheft lichaamsvet ^{24, 28.} Verlies van GSC, hetzij veroorzaakt door laser-ablatie of door mutaties zoals glp-1, veroorzaakt levensduurverlenging door activering van een netwerk van transcriptiefactoren ^29. Eén zo'n factor, tCER-1, codeert de worm homoloog van het humane t.......

Discussion

Betekenis van de Galaxy Sequencing Platform in Modern Biology

De Galaxy Project is behulpzaam geweest bij het helpen van biologen zonder bioinformatica training te verwerken en te analyseren high-throughput sequencing data op een snelle en efficiënte manier te worden. Eens beschouwd als een enorme taak, dit openbaar beschikbare platform heeft gemaakt running complex bioinformatica algoritmes om NGS data analyseren van een eenvoudig, betrouwbaar en eenvoudig proces. Afgezien van het hosten van e.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
RNase spray	Fisher Scientific	21-402-178
Trizol	Ambion	15596026
Sonicator	Sonics Vibra Cell	VCX130
Centrifuge	Eppendorf	5415C
chloroform	Sigma Aldrich	288306
2-propanol	Fisher Scientific	A416P-4
Ethanol	Decon Labs	2705HC
RNase-free water	Fisher Scientific	BP561-1
Bioanalyzer	Agilent	G2940CA
Mac/PC