Figuur 1 toont een schematische voorstelling van de experimentele regeling van de spectrometer, ' glovebox ', ATR-accessoire, potentiostaat en gas-stroomsysteem gebruikt voor metingen van de PFIRE. Figuur 2 toont een vertegenwoordiger die tekening van de spectroelectrochemical-cel.
Figuur 3 toont extinctie spectra van drop-cast Hyd1 gemodificeerde deeltjes, met de experimentele buffer (een gemengde buffersysteem, zoals beschreven in 3.7, pH 6.0) stroomt door de spectroelectrochemical-cel. De oppervlakte dekking van Hyd1 is bijzonder hoog in het voorbeeld in Figuur 3, met een amide II band intensiteit van ~ 235 mO.D. en minimale 'bulk' water zoals blijkt uit de omvang van de O-H uitrekkende regio (~ 3.000-3.600 cm-1) ten opzichte van de band op ~ 1640 cm-1, oftewel een convolutie van het amide ik band van Hyd1 en de water H-O-H-bocht. Extra banden als gevolg van het eiwit kunnen worden gezien in de C-H uitrekkende regio (ca 2900 cm-1). De brede band gecentreerd rond 2100 cm-1 is een band van de combinatie van de H-O-H buigende trillingen met een set van lagere energie libratie banden, die beperkt rotaties van H2O moleculen als het gevolg van de waterstof binding netwerk in vloeibaar water zijn. De νCO band van de geoxideerde, inactief, Ni-B staat voor de actieve site is duidelijk op 1,943 cm-1, zelfs zonder de correctie van de basislijn, en νCN functies zijn duidelijk zichtbaar tussen 2,050-2.100 cm-1 . Bij hoge Hyd1 dekkingen, veel van de microporeuze structuur van de carbon zwart film57 door enzym wordt geblokkeerd en daarom de 'bulk' water concentratie tijdens de PFIRE metingen wordt verlaagd.
De spectra in Figuur 3 blijkt dat vóór activering, Hyd1 films bevatten Hyd1 in geoxideerde, inactieve staten. Activering overnachting op −0.8 V vs SCE onder een H2 atmosfeer leidt tot vorming van verminderd, catalytically actieve statussen, zoals aangetoond in Figuur 4 , waaruit een geactiveerde (lagere) minus (geoxideerd) verschil als voorbereid spectrum blijkt van Hyd1. Verschil spectra van Hyd1 kunnen duidelijk worden geïnterpreteerd met behulp van de νCO regio. Elke unieke status van de actieve site heeft slechts één CO band vergeleken met twee CN bands en is daarom de νCN regio intrinsiek meer ingewikkeld, met vele overlappende bands. Het spectrum van het verschil in Figuur 4 ziet u dat activering leidt tot verlies (negatieve absorptie banden) van geoxideerd, inactief Ni-B en een kleine hoeveelheid Ni-SI (de meest geoxideerde 'actief' staat) die aanwezig is in de film Hyd1-bereid was. Deze worden vervangen door 'actief' Staten van Hyd1; Ni-C, Ni-R en Ni-L. Merk op dat er twee vormen van zowel de Ni-R en valt bestuurlijk gezien onder Ni-L, zoals blijkt uit de twee νCO bands waargenomen voor deze soorten in Figuur 4. De observatie van meerdere toestanden van de Ni-R en Ni-L is in overleg met de hydrogenases van andere connectoren. 48 , 58 , 59
Een zeer belangrijke controle van de PFIRE-methode is dat de cyclische voltammograms vastgelegd van Hyd1 binnen de spectroelectrochemical stroom cel show vergelijkbare katalytische waveshapes die geregistreerd op een vlakke elektrode voor roterende schijf. 55 in de praktijk betekent dit dat de massatransport van substraat (H2) en product (H+) aan/uit geïmmobiliseerdet Hyd1 in de spectroelectrochemical-cel efficiënt in het debiet gebruikt tijdens de PFIRE metingen is. Het effect van debiet op de katalytische waveshape is afgebeeld in Figuur 5, waarin opeenvolgende voltammograms opgenomen onder een H2 atmosfeer (1 bar), zoals het debiet van de oplossing via de spectroelectrochemical-cel wordt verhoogd. In alle gevallen de overspanning voor H2 oxidatie door Hyd1 is identiek (rode grijze rechthoek), maar de mate van oxidatieve inactivering (hysteresis tussen de huidige tijdens de oxiderende en reducerende veegt op potentieel boven ca 0 V vs SCE) en de huidige maximale H2 oxidatie zijn afhankelijk van het debiet van de oplossing. Op debiet boven 52 mL/min (licht grijze voltammogram) de katalytische waveshape ongevoelig voor verdere is verhoogt debiet.
Figuur 6 vergelijkt de relatieve intensiteiten van de νCO band van de Ni-B staat na initiële activering en anaerobe re-oxidatie op 0 V vs SCE (onder een Ar-sfeer, zoals beschreven in 4.3) en anaerobe oxidatieve inactivatie onder een Ar sfeer op 0 V vs SCE na 48 hr continu experimenten (zoals beschreven in punt 5.1). Geen verlies van actieve site band intensiteit wordt waargenomen tijdens de meting, en alle monster van de Hyd1 reageert op de toegepaste mogelijkheden.
Figuur 7 ziet u de basislijn correctieprocedure werd ingeleid in dit werk gebruikt. Het absolute spectrum van het monster van de Hyd1 in de actieve site regio (Figuur 7een) bevat belangrijke kromming als gevolg van water. De verplichting tot het gebruik van water als oplosmiddel is echter een probleem voor de meeste toepassingen van IR spectroscopie in de biowetenschappen. De tweede afgeleide van het absolute spectrum (Figuur 7,b), berekend aan de hand van oorsprong software met Savitsky-Golay vloeiend maken over een 9 punt-venster, kan worden gebruikt om te identificeren scherpe banden van de Hyd1 actieve site tegen de gebogen achtergrond. De identificatie van geschatte piek posities met behulp van een tweede afgeleide spectrum kunt basislijn ankerpunten worden geplaatst in het absolute spectrum regio's die vrij van actieve site bands (cirkels in Figuur 7een zijn). Een kubieke spline functie is vervolgens via deze ankerpunten op een basislijn functie maakt die vervolgens kan worden afgetrokken van het absolute spectrum te geven van een basislijn-gecorrigeerde spectrum met alleen de pieken die voortvloeien uit de Hyd1 actieve site (Figuur 7 gemonteerd c).
Figuur 8 toont de resultaten van een meting van de PFIRE op Hyd1, onder zowel niet-omzet (Ar sfeer) omzet (H2 sfeer) op een scala van mogelijkheden. 36 de huidige-tijdweergave sporen (Figuur 8een) verslag over de katalytische stroom bij elk potentieel toegepast en blijven dicht bij nul huidige voorwaarden niet-omzet (Ar sfeer). De gedeeltelijke spectroelectrochemical redox titratie in Figuur 8b dus verslagen over het gedrag van de redox evenwicht van de actieve site, waarin de verdeling van Staten verwacht op elk potentieel in de afwezigheid van katalytische omzet. De spectra in Figuur 8c werden geregistreerd onder omzet voorwaarden (onder een H2 atmosfeer) en daarom vertegenwoordigen de verdeling van de stationaire toestand van actieve site staten aanwezig tijdens katalytische oxidatie van H-2 door Hyd1. Dat de steady-state omstandigheden zijn bereikt wordt bevestigd door het feit dat de katalytische H2 oxidatie huidige (Figuur 8een, H2) constant is als functie van de tijd op −0.199 V en −0.074 V vs ze blijft; het monotone verval in stroom bij +0.356 V vs , ze te wijten aan de bekende anaërobe oxidatieve inactivering van Hyd1 is. 55 de verdeling van de actieve site staten is duidelijk verschillend onder Ar en H2 op alle mogelijkheden waar Hyd1 presteert katalyse (Figuur 8b, spectra op −0.199, −0.074 en +0.356 V vs ze). De spectra opgenomen onder Ar en H2 zijn vrijwel identiek op −0.594 V vs zij, echter, en dit is een belangrijke test van experimentele consistentie; Hyd1 vermindert niet H+ met een aanzienlijke snelheid bij pH 6.0 (de huidige in Figuur 8een onder zowel de Ar en de H2 is dicht bij nul) en de spectra op −0.594 V wordt daarom verwacht dat hetzelfde.
Figuur 9 toont de anaërobe oxidatieve inactivering van Hyd1 via de vorming van Ni-B van Ni-SI tijdens H2 oxidatie op +0.356 V.36 Spectra werden opgenomen tijdens de grijze tijdsintervallen aangetekend op de huidige-tijdweergave trace in Figuur 9een. −0.074 V Hyd1 geen oxidatieve inactivatie ondergaan en de verdeling van de actieve site staten blijft constant gedurende de gehele potentiële stap. Dit is aangetoond door de spectra in Figuur 9bi, die rapporteert het absolute basislijn-gecorrigeerde spectrum aan het begin van de −0.074 mogelijke stap en Figuur 9bii die werd opgenomen in een later tijd tijdens de potentiële stap en wordt gerapporteerd als een spectrum van verschil ten opzichte van Figuur 9bik. De spectra in Figuur 9biii en biv zijn ook gemeld als verschil spectra ten opzichte van figuur 9biken geleidelijke omzetting van Ni-SI met Ni-B tijdens hoge potentiële weergeven inactivatie, consistent met de monotone daling in huidige vertoond op de V +0.356 in Figuur 9een.
Spectra opgenomen in een bereik van pH van de oplossing geven inzicht in de proton-overdracht stappen tijdens de katalytische Hyd1 cyclus. 43 Figuur 10 een toont PFIRE spectra opgenomen op dezelfde Hyd1 film bij pH 3.0 en pH 9.0, met behulp van oplossing stroom in de spectroelectrochemical-cel om te wisselen van de experimentele buffer. De relatieve concentraties van de Ni-C en Ni-L Staten zijn duidelijk verschillend in deze twee spectra. Door het variëren van de toegepaste potentieel onder niet-omzet voorwaarden stelt de potentiële afhankelijkheid van de netwerkkaart en Ni-L kan snel worden bepaald op een bereik van pH-waarden (Figuur 10b), en beide Staten blijken te zijn isopotential over een breed pH-bereik. (Merk op dat de piek verticaal absorptie in Figuur 10b toont alleen de Ni-C en Ni-L Staten voor de duidelijkheid, volledige redox titraties van Hyd1 zijn gemeld door Hidalgo et al.) 36 een pH titratie van de concentraties van Ni-C en Ni-L kan vervolgens worden geëxtraheerd, nemen de extinctie van de piek op potentieel waar de totale concentratie van Ni-C en Ni-L op zijn maximum bij elke pH (Figuur 10c). Op deze manier, en in combinatie met gegevens van de EPR, is een pH evenwicht tussen de Ni-C en valt bestuurlijk gezien onder Ni-L werd geïdentificeerd. 43

Figuur 1: Schema van de regeling van IR-spectrometer, anaërobe glovebox, ATR accessoire, MCT detector, gas-stroomsysteem en potentiostaat gebruikt voor metingen van PFIRE. Klik hier voor een grotere versie van dit cijfer.

Figuur 2: Schematisch diagram van de cel van de spectroelectrochemical die wordt gebruikt voor metingen van de PFIRE, waaruit blijkt dat de regeling van de elektroden oplossing inlaat/uitlaat verbindingen. De cel- en basisplaat zijn gefreesd uit polyether ether keton (PEEK), met schroefgaten voor een carbon staaf werken elektrode verbinding, Pt draad teller elektrode, verzadigde kalomel referentie-elektrode, en oplossing inlaat en uitlaat. De verzadigde kalomel referentie elektrode bouw is zoals eerder gemeld. 36 Klik hier voor een grotere versie van dit cijfer.

Figuur 3: absorptie spectrum van Hyd1 gemodificeerde roet deeltjes, gestort op het IRE en gerehydrateerd met buffer. De posities van de amide die ik band, amide II band en Hyd1 actieve site regio worden weergegeven, samen met extra functies als gevolg van C-H uitrekkende trillingen en oplosmiddel water. De inzet toont een vergrote weergave van de actieve site-regio, met de vCO en vCN bands label. 'Als voorbereid' deeltjes bevatten Hyd1 voornamelijk in de geoxideerde, inactief Ni-B staat. Klik hier voor een grotere versie van dit cijfer.

Figuur 4 : Activering van de Hyd1 op −0.8 V vs SCE onder een H2 atmosfeer, gepresenteerd als een verminderde minus geoxideerde verschil spectrum. Bij lage potentiële activering geoxideerd, converteert inactieve Ni-B (en een kleine concentratie van Ni-SI) naar meer verminderd, actieve Staten Ni-C, Ni-R en Ni-L. Merk op dat Hyd1 twee verschillende sub Staten Ni-L en Ni-R. heeft Klik hier voor een grotere versie van dit cijfer.

Figuur 5 : Het effect van het debiet van de oplossing op de waveshape van katalytische cyclische voltammograms vastgelegd in de cel spectroelectrochemical. Voltammograms werden opgenomen in de toenemende stroomsnelheid van H2-verzadigd buffer zoals aangegeven. Een snelheid van 20 mL/min (rood) toont de voltammogram aanzienlijke inactivatie boven 0 V vs ze op de voorwaartse scan. Op debiet boven 52 mL/min is de omvang van de inactivatie enorm lager en de huidige is onafhankelijk van debiet op alle mogelijkheden. Andere parameters: 1 bar H2, 10 mV/s scanfrequentie. Klik hier voor een grotere versie van dit cijfer.

Figuur 6 : Basislijn gecorrigeerd IR spectra in de actieve site νCO regio van geoxideerd, inactief Ni-B staat op 0 V vs SCE. Er is geen meetbare verlies van actieve site intensiteit gedurende 48 uur continumetingen van de PFIRE, en daarom de Hyd1 krachtig op de roet deeltjes is geadsorbeerd. Klik hier voor een grotere versie van dit cijfer.

Figuur 7: Details van de basislijn correctie methoden voor gegevensverwerking. Basislijn ankerpunten worden geplaatst op het spectrum van de absolute absorptie in de actieve site regio (een), verzorgen om te voorkomen dat eventuele νCO en νCN pieken geïdentificeerd door een tweede afgeleide analyse (b). Het resulterende gecorrigeerde spectrum van de basislijn wordt weergegeven in (c). Klik hier voor een grotere versie van dit cijfer.

Figuur 8: PFIRE metingen op Hyd1 onder niet-omzet (Ar) omzet (H2). (een) huidige-tijdweergave sporen van Hyd1 in de cel van de spectroelectrochemical in Ar-verzadigd (grijs) en H2-verzadigde (zwart) buffer; (b), (c) PFIRE-spectra tonen de νCO regio op elk potentieel onder Ar (b) en H2 (c). Potentieel geciteerd in V vs ze. Overgenomen met toestemming van Hidalgo et al. 35 Klik hier voor een grotere versie van dit cijfer.

Figuur 9: Anaërobe inactivatie van Hyd1 via vorming van Ni-B van Ni-SI. (een) huidige-tijdweergave trace onder een H2 atmosfeer, met een stabiele electrocatalytic op −0.074 V en langzame anaërobe inactivatie (monotone afname in huidige) +0.356 V vs ze. (b) Spectra opgenomen tijdens de grijze gearceerde gebieden gemarkeerd (a). Spectrum bik is een basislijn gecorrigeerde spectrum opgenomen aan het begin van de −0.074 V potentiële stap. Spectrum bii, opgenomen op een later tijdstip tijdens de −0.074 V stap, is gerapporteerd als een spectrum van verschil ten opzichte van bik en laat zien dat geen verandering in de verdeling van de actieve site staten optreedt, consistent met de stabiliteit van het potentieel op −0.074 V. Spectra biii biv worden ook gemeld als verschil spectra ten opzichte van bik en geleidelijke omzetting van Ni-SI met Ni-B tijdens anaërobe inactivatie Toon op +0.356 V vs ze. Overgenomen met toestemming van Hidalgo et al. 35 Klik hier voor een grotere versie van dit cijfer.

Figuur 10 : Spectra opgenomen in een bereik van pH van de oplossing geven inzicht in de proton-overdracht stappen tijdens de katalytische cyclus van Hyd1. (een) IR spectra tonen de νCO regio van Hyd1, opgenomen in pH 3.0 (-54 mV vs ze) en pH 9.0 (-334 mV vs ze). (b) Spectroelectrochemical titraties werden uitgevoerd om te bepalen van het potentieel waartegen de Ni-C en Ni-L concentraties maximaal op een bereik van de waarden van de pH van de oplossing zijn. Alleen de Ni-C en Ni-L concentraties worden weergegeven voor de duidelijkheid, voor een volledige spectroelectrochemical titratie van Hyd1 Zie Hidalgo et al. 36 (c) de afhankelijkheid van de pH van de relatieve concentratie van Ni-C en Ni-L, zoals bepaald door een reeks experimenten zoals die worden weergegeven in (b). Spectra werden geregistreerd bij 20 ° C. Aangepast met toestemming van Murphy et al. 42 Klik hier voor een grotere versie van dit cijfer.