Methodenartikel

Micro arrays gebruiken om micro-milieueffecten te ondervragen op cellulaire fenotypes bij kanker

DOI:

10.3791/58957

21 mei 2019

In dit artikel

Samenvatting

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Het doel van de hier gepresenteerde methode is om te laten zien hoe micro Environment micro arrays (MEMA) kunnen worden gefabriceerd en gebruikt voor het ondervragen van de impact van duizenden eenvoudige combinatorische micro-omgevingen op het fenotype van gekweekte cellen.

Samenvatting

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Het begrijpen van de impact van de micro-omgeving op het fenotype van cellen is een moeilijk probleem vanwege het complexe mengsel van zowel oplosbare groeifactoren als matrix-geassocieerde eiwitten in de micro-omgeving in vivo. Bovendien, gemakkelijk beschikbare reagentia voor het modelleren van micro-omgevingen in vitro meestal gebruik maken van complexe mengsels van eiwitten die zijn niet volledig gedefinieerd en lijden aan batch variabiliteit. Het micro Environment Microarray-platform (MEMA) maakt het mogelijk om duizenden eenvoudige combinaties van micro-milieu proteïnen te beoordelen voor hun impact op cellulaire fenotypes in één enkele test. De mema's worden bereid in goed platen, die het mogelijk maakt de toevoeging van individuele liganden om putten met opgesteld extracellulaire matrix (ECM) eiwitten scheiden. De combinatie van de oplosbare ligand met elke gedrukte ECM vormt een unieke combinatie. Een typische MEMA-test bevat meer dan 2.500 unieke combinatorische micro-omgevingen waarin cellen worden blootgesteld aan een enkelvoudige test. Als test case werd de borstkanker cellijn MCF7 verguld op het MEMA-platform. Analyse van deze assay geïdentificeerd factoren die zowel verbeteren en remmen van de groei en de proliferatie van deze cellen. Het MEMA-platform is zeer flexibel en kan worden uitgebreid voor gebruik met andere biologische vragen buiten kankeronderzoek.

Inleiding

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Het kweken van kanker cellijnen op plastic in tweedimensionale (2D) monolagen blijft een van de belangrijkste werkpaarden voor kanker onderzoekers. Echter, de micro-omgeving wordt steeds meer erkend voor haar vermogen om cellulaire fenotypes beïnvloeden. Bij kanker, de tumor micro omgeving is bekend dat het beïnvloeden van meerdere cellulaire gedrag, met inbegrip van de groei, overleving, invasie, en reactie op therapie1,2. Traditionele monolaag celculturen hebben doorgaans geen invloed op de micro-omgeving, wat heeft geleid tot de ontwikkeling van complexere driedimensionale (3D) assays om cellen te kweken, inclusief in de handel verkrijgbare gezuiverde kelder membraan extracten. Echter, deze gezuiverde matrices zijn meestal ingewikkeld om te gebruiken en lijden aan technische problemen zoals batch variabiliteit3 en complexe composities3. Als gevolg hiervan kan het moeilijk zijn om functie toe te wijzen aan specifieke eiwitten die invloed kunnen hebben op cellulaire fenotypes3.

Om deze beperkingen aan te pakken, hebben we de micro Environment Microarray (MEMA) technologie ontwikkeld, die de micro-omgeving verlaagt tot eenvoudige combinaties van extracellulaire matrix (ECM) en oplosbare groeifactor eiwitten4,5 . Het MEMA-platform maakt identificatie mogelijk van dominante micro-omgevingsfactoren die van invloed zijn op het gedrag van cellen. Met behulp van een array-indeling, kunnen duizenden combinaties van micro-omgevingsfactoren worden getest in één experiment. De MEMA hier beschreven ondervraagt ~ 2.500 verschillende unieke micro voorwaarden. ECM-eiwitten gedrukt in goed platen vormen groei pads waarop cellen kunnen worden gekweekt. Oplosbare liganden worden toegevoegd aan individuele putten, waardoor unieke combinatorische micro-omgevingen (ECM + ligand) worden gemaakt op elke andere plek waar de cellen worden blootgesteld. Cellen worden meerdere dagen gecultiveerde, vervolgens vast, gekleurd en afbeelding gemaakt om cellulaire fenotypes te beoordelen als gevolg van blootstelling aan deze specifieke combinaties van micro omgevingen. Omdat de micro-omgevingen eenvoudige combinaties zijn, is het eenvoudig om eiwitten te identificeren die belangrijke fenotypische veranderingen in cellen stimuleren. Mema's zijn met succes gebruikt voor het identificeren van factoren die invloed hebben op meerdere cellulaire fenotypes, met inbegrip van die die de beslissingen van de cel van het lot stimuleren en de respons op therapie4,5,6,7. Deze antwoorden kunnen worden gevalideerd in eenvoudige 2D-experimenten en kunnen vervolgens worden beoordeeld onder omstandigheden die meer volledig even de complexiteit van de tumor-micro omgeving. Het MEMA-platform is zeer aanpasbaar aan een verscheidenheid aan celtypen en eindpunten, op voorwaarde dat er goede fenotypische biomarkers beschikbaar zijn.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Protocol

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Opmerking: Een overzicht van het gehele MEMA-proces, inclusief de geschatte tijd, wordt beschreven in het stroomdiagram in Figuur 1. Dit protocol Details de fabricage van MEMAs in 8-well platen. Het protocol kan worden aangepast voor andere platen of dia's.

1. bereiding van eiwitten, verdunningsmiddelen en kleurings buffers

  1. Evenwichts flacons met ECMs, liganden en cytokines op kamertemperatuur (RT) en centrifugeer kort. Voeg het juiste volume van de juiste RT-buffer toe zoals aangegeven op het productgegevensblad. Volg de aanbeveling van de fabrikant voor voorraad concentraties.
    Opmerking: In tabel 1 en tabel 2vindt u een volledige lijst van de liganden en ecm's met hun voorraad en de uiteindelijke concentraties. Beide liganden en Ecm's worden meestal gebruikt bij de hoogste concentratie van het bereik dat door de fabrikant wordt aanbevolen en die een biologisch effect uitlokken in standaardcultuur testen van 2 dagen. Behandel eiwitten zachtjes en in bioveiligheidskasten onder laminaire stroming om verontreiniging te voorkomen.
  2. Inincuberen flesjes met zachte schommelen bij RT voor 1 uur. Vortex eiwitten niet, want dit kan leiden tot denatureren.
  3. Aliquot eiwitten voor lange termijn opslag, zodat alle aliquots alleen voor eenmalig gebruik zijn om afbraak met herhaalde vries/dooi cycli te voorkomen. Bewaar gelyofiliseerde eiwitten bij-80 °C (tenzij anders aangegeven) totdat het nodig is. Zorg voor het verzamelen van alle metadata voor toekomstig gebruik, zoals: (i) eiwit naam, (II) datum voorbereid, (III) partij/partijnummer, (IV) leverancier, (v) catalogus nummer, (VI) concentratie, (VII) volume, en (VIII) Voorbereider.
  4. Bereid een verdunnings vloeistof buffer met 20% (v/v) glycerol, 10 mM EDTA, 200 mM tris-HCl, pH 7,2 en filter steriliseren. Bewaar deze buffer steriel en bewaar deze bij RT.
  5. Bereid de kleurings buffer voor met 2% (w/v) BSA, 1 mM MgCl2en 0,02% Nan3 in fosfaatgebufferde zoutoplossing (PBS). Filter en bewaar bij 4 °C.

2. bereiding van een ECM-bron plaat

  1. Verwijder aliciteerde voorraden ECM-eiwitten die moeten worden gedrukt en ontdooien op ijs. Noteer alle lotnummers voor het bijhouden van metagegevens.
  2. Veeg buisjes van ontdooide eiwitten zachtjes om een goede resuspensie te garanderen en in een centrifuge te draaien.
  3. Maak ECM-print mengsels (Epm's) en een fluorescerende fiducial om te worden gebruikt door een vloeistof behandelings robot die de gerandomiseerde 384-well-bron platen zal maken.
    Opmerking:
    de 384-well bron platen worden gebruikt door een touch PIN array printer om de bedrukte arrays te maken in 8 well Plates.
    1. Label 1,5 mL micro centrifugebuizen voor elke EPM en de fiducial.
    2. Bereid elke EPM met een combinatie van 125 μL verdunningsmiddel buffer (zie stap 1,4) met het juiste volume ECM-voorraad en breng het mengsel tot een totaal volume van 250 μL met PBS. De uiteindelijke concentraties in elke EPM-buis zullen 1x ECM-eiwitten, 5 mM EDTA, 10% glycerol en 100 mM tris zijn.
    3. Maak een fluorescerende fiducial door het op te lossen in de door de fabrikant gespecificeerde juiste buffer en breng 250 μL over naar een gelabeld fiducial Tube.

3. creatie van de bron plaat met behulp van een Liquid handler

  1. Ontwerp een 384-well plate layout die de posities van de ECMs willekeurig maakt en is geoptimaliseerd voor de array printer PIN Head die wordt gebruikt. Ontwerp de plaatsing van de fiducial zodat deze wordt afgedrukt in de rij 1, kolom 1 positie van elk goed om te helpen in de matrix oriëntatie.
    Opmerking: In totaal worden 14 − 15 replicaten van elke ECM gebruikt om robuuste gegevens te garanderen. Neem extra replicaten van collageen of een andere ECM op die een robuuste bevestiging oplevert voor de beoordeling van de uniformiteit van de binding. De lay-out moet mogelijk meerdere 384-put-platen gebruiken, afhankelijk van het aantal ECMs van belang.
  2. Breng EPM-buizen over naar een vloeistof behandelaar, houd tubes bij 4 °C met een gekoeld buisrek of met een vloeibare Handling robot die zich in een koude ruimte bevindt.
  3. Gebruik de software van de Liquid handler om een programma uit te voeren om 15 μL van elke EPM en de fiducial over te brengen naar de vooraf aangewezen putten binnen de 384-bron plaat (en).
  4. Pipet in alle ongebruikte putjes om de luchtvochtigheid te verhogen en te beschermen tegen uitdroging tijdens het drukproces.
    Opmerking: Zie afbeelding 2 voor een voorbeeld van een 384-bron plaat set die is geoptimaliseerd voor een 4 x 7-pins kop en bevat een collageen I-blok en PBS.
  5. Afdichtings plaat (en) en houd deze bij 4 °C tot u klaar bent om af te drukken.

4. Mema's printen met een array Printing robot

Opmerking: Het volgende deel van het protocol beschrijft specifiek de voorbereiding en het gebruik van MEMA om de impact van verschillende micro-milieu proteïnen op de groei en proliferatie van MCF7 cellen te onderzoeken. Het protocol kan echter gemakkelijk worden aangepast om verschillende liganden, Ecm's en cellen te gebruiken om andere cellijnen en eindpunten van belang te bestuderen.

  1. Met behulp van een touch PIN printer, afdrukken EPMs en fiducial spots in 8 put platen. Druk meerdere replicaten van elke ECM-voorwaarde af om de reproduceerbaarheid te garanderen.
    Opmerking:
    andere plaat formaten of-dia's kunnen worden gebruikt voor afdrukken, maar buffer optimalisatie kan nodig zijn om optimale spot vorming te bereiken.
    1. Print de ECMs voor de MEMA met behulp van 350 μm diameter pinnen gerangschikt in een 4 x 7 printkop configuratie. Print de arrays in de 8-well platen als 20 kolommen door 35 rijen, voor een totaal van ~ 700 vlekken. Grotere arrays zijn mogelijk in deze platen, maar komen met een trade-off van verhoogde randeffecten in zowel celbinding als kleuring.
  2. Na het printen, bewaar de platen in een exsiccator gedurende minimaal 3 dagen voorafgaand aan het gebruik.

5. creatie van ligand behandelings platen

  1. Ontwerp een 96-well plate layout inclusief liganden van belang. Om de behandeling van veel MEMA platen tegelijk te vergemakkelijken, ontwerpt u deze plaat met spatiëring die het mogelijk maakt om een meerkanaals pipet te gebruiken met 4 verdeelde tips om vloeistoffen over te brengen tussen de putjes van 8-well MEMAs en een 96-well plate.
    Opmerking: In dit protocol wordt de volledige set van liganden die worden vermeld in tabel 2 gebruikt.
  2. Liganden op ijs ontdooien. Knip en draai elke Tube kort.
  3. Verdun de liganden met de door de fabrikant aanbevolen buffer (meestal PBS) tot een 200x werkvoorraad.
  4. Pipet keer 10 μL van elke 200x ligand kolf in de overeenkomstige put binnen de 96-well plate.
  5. Afdichting en bewaar de platen bij-20 °C.
    Opmerking: Maak ligand-behandelings platen in batches, waarbij alle metagegevens voor downstream-analyse worden vastgelegd.

6. culturing cellen op MEMAs

  1. Blok Mema's gedurende 20 minuten met 2 mL per put van een niet-fouling blokkerende buffer met 1% niet-fouling blokkerende middel (tabel met materialen) in dubbel gedestilleerd water (DDH2O).
  2. Aanzuig buffer en drievoudige spoel putten met PBS. Om uitdroging te voorkomen, laat u het laatste volume van PBS in putjes tot het celbeplating klaar is.
    Opmerking: Het is zeer nuttig om twee bench arbeiders voor celkweek stappen op MEMAs hebben. Een werkbank medewerker kan aspiratie stappen uitvoeren, terwijl de tweede de additie stappen uitvoert. Het wordt aanbevolen om een 1 mL multichannel pipet te gebruiken met tips die zijn gespatieerd om de 8-Wells plaat te passen voor pipetteren en een Y-Splitter met twee Pasteur-pipetten om meerdere putten tegelijk te aspireren.
  3. Zaad 2 x 105 MCF7 cellen per goed in 2 ml van dulbecco's gemodificeerde eagle's medium (DMEM) medium met 10% foetaal runderserum (FBS).
    Opmerking: Voorafgaand aan een volledig MEMA-experiment, voert u een celtitratie-experiment uit om celaantallen zodanig te optimaliseren dat MEMA-vlekken hoge celaantallen hebben (maar niet Confluent zijn) aan het einde van de gewenste experimentele duur.
  4. Na 2 − 18 h van adhesie, aspiraat medium en vervangen door 2 ml verlaagd groeimedium (DMEM met 0,1% FBS).
    Opmerking: Verlaagd serum (bijv. 0,1% FBS) of groeifactor-verarmd omstandigheden kunnen op dit moment worden gebruikt om de stimulerende impact van specifieke liganden te isoleren.
  5. Een ligand-behandelings plaat op ijs ontdooien. Centrifugeer de ontdooide plaat bij 200 x g gedurende 1 minuut.
  6. Breng 200 μL medium van elke put in de kweek plaat over naar de juiste put in de behandelings plaat. Pipet omhoog en omlaag om ligand volume te mengen met medium en breng dit mengsel terug naar de juiste put in de MEMA plaat.
  7. Licht rots met de hand en retourneer MEMA platen naar de incubator. Cultuur voor de duur van het experiment in aanwezigheid van de ligand/ECM combinatie bij 37 °C en 5% CO2.
    Opmerking: Een typische MEMA experiment loopt voor 72 h; experimenten met langere duur kunnen vervanging van medium en herbehandeling met ligand vereisen.
  8. Pulse MEMA Wells bij 71 h met 100x 5-ethynyl-2'-deoxyuridine (EdU) voor een uiteindelijke concentratie van 10 μM. inbroed in experimentele omstandigheden met EdU gedurende 1 uur bij 37 °C en 5% CO2.
    Opmerking: Andere Live Cell behandelingen kunnen ook op dit moment worden gebruikt.

7. fixatie en kleuring van de Mema's

  1. Na 72 h en eventuele Live-cel behandelingen, aspiraat Wells. Fixeer Mema's in 2 mL per put van 2% Paraformaldehyde (PFA) gedurende 15 min bij RT.
  2. Aspirate PFA. Permeabilize met 2 ml per put van 0,1% nietionogene oppervlakteactieve stof gedurende 15 min.
  3. Aspireren de nonionische oppervlakteactieve stof en wassen met 2 mL per put van PBS. De aspirate PBS. Was met 2 mL PBS met 0,05% Polysorbaat 20 (PBS-T).
    Opmerking: Het MEMA-oppervlak is hydrofoob en het niet wassen met PBS-T vóór de incubatie van vlekken en antilichamen zal resulteren in de vorming van holtes in putten tijdens incubatie stappen en aanleiding geven tot kleurings artefacten.
  4. Aspirate PBS-T. Voeg EdU-detectie reactie reagentia toe. Incuberen voor 1 uur op RT, schommelen en beschermd tegen licht. Na 1 uur incubatie, dorst lessen-reactie met de meegeleverde commerciële dorst lessen-buffer.
    Opmerking: EdU detectie en vlekken/antilichaam stappen kunnen worden uitgevoerd in 1,5 mL per goed om de kosten te verlagen.
  5. Zuig de dorst lessen-buffer op en was met PBS-T voordat u met vlekken of antilichamen inbroed.
  6. Inincuberen MEMA putten met antilichamen tegen Histon H3K9me3 (1:1000) en fibrillarin (1:400) in kleurings buffer met 2% (w/v) boviene serumalbumine (BSA), 1 mM MgCl2 en 0,02% Nan3 's nachts bij 4 °c.
    Opmerking: Voer antilichaamtitraties uit om optimale concentraties te bepalen voordat u ze op een volledige MEMA-set gebruikt.
  7. Na primair antilichaam of vlek incubatie, was Wells 2x met PBS en één keer met PBS-T.
  8. Voeg secundaire antilichamen toe (Donkey anti-muis IgG en Donkey anti-konijn IgG, beide 1:300) en 0,5 μg/mL 4 ′ 6 ‐ diamidino ‐ 2 ‐ phenylindole (DAPI). Inincuberen voor 1 uur bij RT in het donker.
  9. Was Wells 2x met 2 mL per putje van PBS en laat ze in de laatste 2 mL PBS.
  10. Ga verder naar Imaging of bewaar gekleurd MEMAs voor latere beeldvorming in PBS bij 4 °C beschermd tegen licht.

8. beeldvorming van Mema's

  1. Afbeelding MEMA op een geautomatiseerd beeldvormings systeem met geschikte fluorescerende detectie kanalen.
  2. Uitvoer resulterende afbeeldingsgegevens naar een beeldbeheersysteem. Segmenteer cellen en bereken intensiteitsniveaus met CellProfiler8.

9. gegevensanalyse

Opmerking: Gegevensanalyse bestaat uit normalisatie, variatie correctie en samenvatting van de onbewerkte CellProfiler afgeleide gegevens. In dit geval wordt de R-omgeving met aangepaste code gebruikt om alle stappen uit te voeren. Echter, elke statistische omgeving of softwareprogramma kan worden gebruikt om de equivalente acties uit te voeren. Een voorbeeld van de open source aangepaste code voor de R-omgeving voor analyse is beschikbaar op: https://www.Synapse.org/#!Synapse:syn2862345/wiki/72486.

  1. De gesegmenteerde afbeeldingsgegevens vooraf verwerken en normaliseren.
  2. Bepaal het aantal steun cellen met behulp van de DAPI gebeitste kernen.
  3. Auto-Gate EdU-intensiteit om cellen te labelen als EdU+. Meet de proliferatie met behulp van het aandeel van EdU+ -cellen op elke plek.
  4. Mediaan vat cytoplasmische vlekken en nucleaire morfologie metingen op het niveau van de spot.
  5. Voer verwijdering van ongewenste variatie (RUV) normalisering op de gegevens om gegevenskwaliteit9te verbeteren.
    Opmerking: Deze aanpak wordt toegepast op elke intensiteit en morfologie signaal onafhankelijk als een matrix met matrices met behulp van de rijen en vlekken als de kolommen zoals eerder beschreven9.
  6. Bivariate löss normalisering toepassen op de RUV genormaliseerde restanten met behulp van de array rij en array kolom als de onafhankelijke variabelen om te corrigeren voor ruimtelijke of intensiteit gerelateerde effecten.
  7. Zodra de normalisatie is voltooid, de mediaan vat de replicaten voor elke micro-omgeving voorwaarde voor rapportage en verdere analyse.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Resultaten

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Om de micro-milieueffecten op celgroei en proliferatie te vereenvoudigen en om voorwaarden te identificeren die de celgroei en-proliferatie bevorderen of remmen, werd de borstkanker cellijn MCF7 op een set van acht 8-goed-Mema's, zoals beschreven in het Protocol, gesebeerd. Deze test blootgestelde de cellen aan 48 verschillende ECMs en 57 verschillende liganden, voor een totaal van 2736 combinatorische micromilieuvoor waarden. Na 71 h in de cultuur werden cellen gepulseerd met EdU, vast, doordrongen en gekleurd met DAPI,...

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Discussie

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Het belang van "dimensionaliteit" en context is een motiverende factor geweest in de ontwikkeling van in-vitro cultuur systemen als hulpmiddelen bij de karakterisering van kankercellen door hun interactie met de micro-omgeving11, en het vermogen van in vitro cultuur systemen die de in vivo-omgeving nabootsen, zijn een drijvende kracht achter de zoektocht naar verbetering van die cultuur systemen. In-vitro systemen blijven echter belangrijke instrumenten voor kankeronderzoek, juist vanwege hun verm...

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Openbaarmakingen

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

De auteurs hebben niets te onthullen.

Dankbetuigingen

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Dit werk werd ondersteund door de NIH common Fund Library van Network Cellular signaturen (LINCS) Grant HG008100 (J.W.G., L.M.H. en J. E. K).

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Materialen

Lijst van materialen gebruikt in dit artikel
NaamBedrijfCatalogusnummerOpmerkingen
Aushon 2470Aushon BioSystemsArrayer robotsysteem dat in het protocol wordt gebruikt
Nikon HCANikonHigh Content Imaging systeem ontworpen rond Nikon Eclipse Ti Inverted Microscope
BioTek Precision XS liquid HandlerBioTekRobot voor vloeistofverwerking die in het protocol wordt gebruikt
Trizma hydrochloride bufferoplossingSigmaT2069
EDTAInvitrogen15575-038
GlycerolSigmaG5516
Triton X100SigmaT9284
Tween 20SigmaP7949
Kolliphor P338BASF50424591
384-well microarray plaat, cilindrische putThermo Fisherab1055
Nunc 8-well dishThermo Fisher267062
Paraformaldehyde 16% oplossingElectron Microscopy Science15710
BSAFisherBP-1600
Sodium AzideSigmaS2002
Cell MaskMolecular ProbesH32713
Click-iTEdU Alexa FluorMolecular ProbesC10357
DAPIPromo KinePK-CA70740043
ALCAMR & D Systems656-ALECM
Cadherin-20 (CDH20)R & D Systems5604-CAECM
Cadherin-6 (CDH6)R & D Systems2715-CAECM
Cadherin-8 (CDH8)R & D Systems188-C8ECM
CD44R & D Systems3660-CDECM
CEACAM6R & D Systems3934-CMECM
Collagen ICultrex3442-050-01ECM
Collagen Type IIMilliporeCC052ECM
Collagen Type IIIMilliporeCC054ECM
Collagen Type IVSigmaC5533ECM
Collagen Type VMilliporeCC077ECM
COL23A1R & D Systems4165-CLECM
Desmoglein 2R & D Systems947-DMECM
E-cadherin (CDH1)R & D Systems648-ECECM
ECM1R & D Systems3937-ECECM
FibronectinR & D Systems1918-FNECM
GAP43Abcamab114188ECM
HyA-500KR & D SystemsGLR002ECM
HyA-50KR & D SystemsGLR001ECM
ICAM-1R & D Systems720-ICECM
LamininSigmaL6274ECM
Laminin-5Abcamab42326ECM
LumicanR & D Systems2846-LUECM
M-Cad (CDH15)R & D Systems4096-MCECM
Nidogen-1R & D Systems2570-NDECM
Osteoadherin/OSADR & D Systems2884-ADECM
Osteopontin (SPP)R & D Systems1433-OPECM
P-Cadherin (CDH3)R & D Systems861-PCECM
PECAM1R & D SystemsADP6ECM
Tenascin CR & D Systems3358-TCECM
VCAM1R & D SystemsADP5ECM
VitronectinR & D Systems2308-VNECM
BiglycanR & D Systems2667-CMECM
DecorinR & D Systems143-DEECM
PeriostinR & D Systems3548-F2ECM
SPARC/osteonectinR & D Systems941-SPECM
Thrombospondin-1/2R & D Systems3074-THECM
BrevicanR & D Systems4009-BCECM
ElastinBioMatrix5052ECM
FibrillinLynn Sakai Lab OHSUN/AECM
ANGPT2RnD_Systems_Own623-AN-025Ligand
IL1BRnD_Systems_Own201-LB-005Ligand
CXCL8RnD_Systems_Own208-IL-010Ligand
IGF1RnD_Systems_Own291-G1-200Ligand
TNFRSF11BRnD_Systems_Own185-OSLigand
BMP6RnD_Systems_Own507-BP-020Ligand
FLT3LGRnD_Systems_Own308-FK-005Ligand
CXCL1RnD_Systems_Own275-GR-010Ligand
DLL4RnD_Systems_Own1506-D4-050Ligand
HGFRnD_Systems_Own294-HGN-005Ligand
Wnt5aRnD_Systems_Own645-WN-010Ligand
CTGFLife_Technologies_OwnPHG0286Ligand
LEPRnD_Systems_Own398-LP-01MLigand
FGF2Sigma_Aldrich_OwnSRP4037-50UGLigand
FGF6RnD_Systems_Own238-F6Ligand
IL7RnD_Systems_Own207-IL-005Ligand
TGFB1RnD_Systems_Own246-LP-025

Referenties

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Hanahan, D., Coussens, L. M. Accessories to the crime: functions of cells recruited to the tumor microenvironment. Cancer Cell. 21 (3), 309-322 (2012).
  2. Quail, D. F., Joyce, J. A. Microenvironmental regulation of tumor progression and metastasis. Nature Medicine. 19 (11), 1423-1437 (2013).
  3. Hughes, C. S., Postovit, L. M., Lajoie, G. A. Matrigel: a complex protein mixture required for optimal growth of cell culture. Proteomics. 10 (9), 1886-1890 (2010).
  4. LaBarge, M. A., et al. Human mammary progenitor cell fate decisions are products of interactions with combinatorial microenvironments. Integrative Biology (Cambridge). 1 (1), 70-79 (2009).
  5. Watson, S. S., et al. Microenvironment-Mediated Mechanisms of Resistance to HER2 Inhibitors Differ between HER2+ Breast Cancer Subtypes. Cell Systems. 6 (3), 329-342 (2018).
  6. Ranga, A., et al. 3D niche microarrays for systems-level analyses of cell fate. Nature Communications. 5, 4324(2014).
  7. Malta, D. F. B., et al. Extracellular matrix microarrays to study inductive signaling for endoderm specification. Acta Biomater. 34, 30-40 (2016).
  8. Kamentsky, L., et al. Improved structure, function and compatibility for CellProfiler: modular high-throughput image analysis software. Bioinformatics. 27 (8), 1179-1180 (2011).
  9. Gagnon-Bartsch, J. A., Jacob, L., Speed, T. P. Removing Unwanted Variation from High Dimensional Data with Negative Controls. University of California, Berkeley, Department of Statistics, University of California, Berkeley. , Report No. 820 (2013).
  10. Allan, C., et al. OMERO: flexible, model-driven data management for experimental biology. Nature Methods. 9 (3), 245-253 (2012).
  11. Simian, M., Bissell, M. J. Organoids: A historical perspective of thinking in three dimensions. Journal of Cell Biology. 216 (1), 31-40 (2017).
  12. Bissell, M. J. The differentiated state of normal and malignant cells or how to define a "normal" cell in culture. International Review of Cytology. 70, 27-100 (1981).
  13. Serban, M. A., Prestwich, G. D. Modular extracellular matrices: solutions for the puzzle. Methods. 45 (1), 93-98 (2008).
  14. Kaylan, K. B., et al. Mapping lung tumor cell drug responses as a function of matrix context and genotype using cell microarrays. Integrative Biology (Cambridge). 8 (12), 1221-1231 (2016).
  15. Lin, C. H., Jokela, T., Gray, J., LaBarge, M. A. Combinatorial Microenvironments Impose a Continuum of Cellular Responses to a Single Pathway-Targeted Anti-cancer Compound. Cell Reports. 21 (2), 533-545 (2017).
  16. Gjorevski, N., et al. Designer matrices for intestinal stem cell and organoid culture. Nature. 539 (7630), 560-564 (2016).

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Herprints en machtigingen

Toestemming aanvragen om de tekst of afbeeldingen van dit JoVE-artikel te hergebruiken

Toestemming aanvragen

Trefwoorden

Microenvironment MicroarrayExtracellular Matrix ProteinsLigand TreatmentCell Proliferation AssayFluorescent ImagingCellProfiler AnalysisEdU IncorporationBreast Cancer CellsMicroenvironmental FactorsAutomated Imaging

Gerelateerde artikelen