Hier presenteren we een protocol om de biomarker en Survival voorspeller van borstkanker te verkennen op basis van de uitgebreide analyse van gebundelde klinische datasets afgeleid van een verscheidenheid van openbaar toegankelijke databases, met behulp van de strategie van meningsuiting, correlatie en overlevings analyse stap voor stap.
Een abonnement op JoVE is vereist om deze inhoud te bekijken. Log in of start vandaag met uw gratis proefperiode.
Methodenartikel
Het uitvoeren van data mining en integratieve analyse van biomarker in borstkanker met behulp van meerdere openbaar toegankelijke databases
In dit artikel
Samenvatting
Samenvatting
In de afgelopen jaren, opkomende databases werden ontworpen om de belemmeringen voor het benaderen van de ingewikkelde kanker genomic datasets, waardoor het vergemakkelijken van onderzoekers te analyseren en te interpreteren genen, monsters en klinische gegevens over verschillende vormen van kanker te verlagen. Hierin beschrijven we een praktische operatieprocedure, waarbij ID1 (remmer van DNA-bindende eiwitten 1) als een voorbeeld, om de expressie patronen van biomarker en overleving voorspellers van borstkanker te karakteriseren op basis van gebundelde klinische datasets afgeleid van Online toegankelijke databases, waaronder ONCOMINE, bcGenExMiner v 4.0 (borstkanker gen-Expression Miner v 4.0), GOBO (genexpressie-based uitkomst voor borstkanker online), HPA (de menselijke proteïne Atlas), en Kaplan-Meier plotter. De analyse begon met het bevragen van het uitdrukkingspatroon van het gen van belang (b.v., ID1) in kanker monsters versus normale steekproeven. Vervolgens werd de correlatieanalyse tussen ID1 en clinicopathological kenmerken bij borstkanker uitgevoerd. Vervolgens werd de expressieprofielen van ID1 gelaagd volgens verschillende subgroepen. Tot slot werd de associatie tussen ID1 expressie en overlevings uitkomst geanalyseerd. De operatieprocedure vereenvoudigt het concept om multidimensionale data types te integreren op het gen niveau van verschillende databases en test hypothesen met betrekking tot herhaling en genomische context van gen wijziging gebeurtenissen in borstkanker. Deze methode kan de geloofwaardigheid en de representativiteit van de conclusies verbeteren, daardoor, huidig informatief perspectief op een gen van belang.
Inleiding
Borstkanker is een heterogene ziekte met diverse prognose-en behandelingsstrategieën in verschillende moleculaire subtypen, waarbij de pathogenese en de ontwikkeling waarschijnlijk geassocieerd worden met uiteenlopende moleculaire mechanismen1,2 , 3. echter, het identificeren van een therapeutisch doelwit duurt meestal jaren, of zelfs decennia, van de eerste ontdekking in fundamenteel onderzoek naar klinisch gebruik4. Genoom brede toepassing van high-throughput sequencing technologie voor kanker genoom is sterk gevorderd het proces van het zoeken naar ....
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Protocol
1. expressiepatroon analyse
- Ga naar de ONCOMINE web interface26.
- Verkrijg de relatieve expressie niveaus van Gene id1 in verschillende soorten maligniteiten door id1 te typen in het zoekvak.
- Selecteer analyse type in het menu primaire filters . Dan, selecteer kanker versus normale analyse, borstkanker versus normale analyse.
- Selecteer Gene samenvattingsweergave in het menu andere weergaven . Stel de drempel van P-waarde op 0,01. Download de cijfers.
O....
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Resultaten
Een representatief resultaat van data mining en integratieve analyse van borstkanker biomarker werd uitgevoerd met behulp van ID1, een van de remmers van DNA-bindende familieleden, die zijn gemeld in de vorige studie 25.
Zoals aangetoond in Figuur 2, werden de verschillen van id1 mRNA uitdrukking tussen tumor en normale weefsels in veelvoudige types van kanker geanalyseerd ge.......
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Discussie
Uitgebreide analyse van openbare databases kan wijzen op de onderliggende functie van het gen van belang en onthullen het potentiële verband tussen dit gen en clinicopathological parameters in specifieke kanker27,31. De exploratie en analyse op basis van een enkele database kan bieden beperkte of geïsoleerde perspectieven als gevolg van de potentiële selectie bias, of in zekere mate, mogelijk te wijten aan de verscheidenheid van de kwaliteit van gegevens, met inb.......
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Openbaarmakingen
De auteurs hebben niets te onthullen
Dankbetuigingen
Dit werk werd gedeeltelijk gesteund door de Stichting van de natuurwetenschappen van de provincie van Guangdong, China (nr. 2018A030313562), het onderwijs hervormings project van het klinische onderwijs van Guangdong basis (nr. 2016JDB092), National Natural Science Foundation van China (81600358), en de jeugd innovatieve talent project van hogescholen en universiteiten in de provincie Guangdong, China (NO. 2017KQNCX073)
....Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Materialen
| Naam | Bedrijf | Catalogusnummer | Opmerkingen |
|---|---|---|---|
| Een personal computer of computerapparaat met een internetbrowser met Javascript ingeschakeld | Microsoft | 051690762553 | We ondersteunen en testen de volgende browsers: Google Chrome, Firefox 3.0 en hoger, Safari en Internet Explorer 9.0 en hoger |
| Adobe Flash player | Adobe Systems Inc. | Deze kan vrij gedownload worden van http://get.adobe.com/flashplayer/. | Deze browser plug-in is nodig voor het visualiseren van netwerken op het netwerk analyse tabblad. |
| Chrome Browser | Google Inc. | Deze kan vrij gedownload worden van https://www.google.cn/chrome/ | Dit is noodzakelijk voor het bekijken van PDF-bestanden inclusief de Pathologie Rapporten en veel van de downloadbare bestanden. |
| Java Runtime Environment | Oracle Corporation | Deze kan gedownload worden van http://www.java.com/getjava/. | |
| Office 365 ProPlus voor Faculteit | Microsoft | 2003BFFD8117EA68 | Dit is noodzakelijk voor het bekijken van de Pathologie Rapporten en voor het bekijken van veel van de downloadbare bestanden. |
| Vectr Online | Vectr Labs Inc. | Deze kan vrij gebruikt worden vanaf https://vectr.com/new | Dit is noodzakelijk voor het visualiseren en bewerken van veel van de downloadbare bestanden en afbeeldingen. |
Referenties
- van 't Veer, L. J., et al. Gene expression profiling predicts clinical outcome of breast cancer. Nature. 415 (6871), 530-536 (2002).
- Loi, S., et al. Definition of clinically distinct molecular subtyp....
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Herprints en machtigingen
