Een abonnement op JoVE is vereist om deze inhoud te bekijken. Log in of start vandaag met uw gratis proefperiode.

Methodenartikel

Lentivirale CRISPR/Cas9-gemedieerde genoom bewerking voor de studie van hematopoietische cellen in ziekte modellen

11.6K weergaven

⸱

DOI:

10.3791/59977

⸱

3 oktober 2019

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Hematovascular Biology Center, Robert M. Berne Cardiovascular Research Center, University of Virginia School of Medicine

In dit artikel

Samenvatting

Beschreven zijn protocollen voor de zeer efficiënte genoom bewerking van muriene hematopoietische stam en voorlopercellen (HSPC) door het CRISPR/Cas9-systeem om snel muismodel systemen te ontwikkelen met hematopoietische systeemspecifieke genmodificaties.

Samenvatting

Het manipuleren van genen in hematopoietische stamcellen met conventionele Transgenese benaderingen kan tijdrovend, duur en uitdagend zijn. Met het voordeel van de vooruitgang in de genoom Editing technologie en lentivirusgemedieerde transgen toedieningssystemen, wordt hier een efficiënte en economische methode beschreven die muizen vastlegt waarin genen specifiek worden gemanipuleerd in hematopoietische stamcellen. Lentivirussen worden gebruikt om Cas9-uitverkorende Lineage-negatieve beenmergcellen te leiden met een RNA-gelei (gRNA) gericht op specifieke genen en een rood fluorescentie reporter-gen (RFP), waarna deze cellen worden getransplanteerd in dodelijk bestraalde C57BL/6 muizen. Muizen die worden getransplanteerd met lentivirus die niet-gerichte gRNA uitdrukken, worden gebruikt als besturingselementen. Engraftment van getransduceerde hematopoietische stamcellen wordt geëvalueerd door flowcytometrische analyse van RFP-positieve leukocyten van perifeer bloed. Met behulp van deze methode, ~ 90% transductie van myeloïde cellen en ~ 70% van lymfoïde cellen na 4 weken na transplantatie kan worden bereikt. Genomisch DNA is geïsoleerd van RFP-positieve bloedcellen, en delen van het doelwit van het DNA van de site worden versterkt door PCR om de genoom bewerking te valideren. Dit protocol biedt een evaluatie van de hoge doorvoer van Hematopoiesis-regelgevende genen en kan worden uitgebreid naar een verscheidenheid van muis ziekte modellen met hematopoietische celbetrokkenheid.

Inleiding

Veel studies in hematologie en immunologie vertrouwen op de beschikbaarheid van genetisch gemodificeerde muizen, met inbegrip van conventionele en voorwaardelijke transgene/knock-out muizen die gebruik maken van hematopoietische systeemspecifieke CRE drivers zoals Mxcre, vav-CRE, en anderen 1,2,3,4,5. Deze strategieën vereisen de oprichting van nieuwe muis stammen, die tijdrovend en financieel belastend kunnen zijn. Terwijl revolutionaire ontwikkelingen in de genoom Editing technologie het genereren van nieuwe muis stammen in slechts 3-4 maanden mogelijk hebben gemaakt met de juiste technische expertise6,7,8,9 , veel meer tijd is nodig om de muis kolonie te versterken voordat experimenten worden nagestreefd. Bovendien zijn deze procedures kostbaar. Bijvoorbeeld, Jackson laboratorium vermeldt de huidige prijs van knock-out mice generatie diensten op $16.845 per stam (vanaf december 2018). Daarom zijn methodes die zuiniger en efficiënter zijn dan conventionele Murine transgene benaderingen voordeliger.

Geclusterd regelmatig intergespreide korte palindroom herhalingen/CRISPR geassocieerde proteïne 9 (CRISPR/Cas9) technologie heeft geleid tot de ontwikkeling van nieuwe tools voor snelle en efficiënte RNA-gebaseerde, sequentie-specifieke genoom bewerking. Oorspronkelijk ontdekt als een bacteriële adaptieve immuun mechanisme om het binnenvallende pathogeen DNA te vernietigen, is het CRISPR/Cas9 systeem gebruikt als een instrument om de effectiviteit van genoom bewerking in eukaryote cellen en diermodellen te verhogen. Er zijn een aantal benaderingen toegepast om CRISPR/Cas9-machines te verzenden naar hematopoietische stamcellen (d.w.z. elektroporatie, nucleofectie, lipofectie, virale levering en andere).

Hier wordt een lentivirussysteem gebruikt om cellen te leiden als gevolg van zijn vermogen om de Cas9-uitzinnige muriene hematopoietische stamcellen effectief te infecteren en samen de RNA-expressie constructie, promoters, regelgevings sequenties en genen die coderen fluorescerende reporter eiwitten (d.w.z. GFP, RFP). Met behulp van deze methode is ex vivo genbewerking van hematopoietische stamcellen van de muis bereikt, gevolgd door een succesvolle reconstitutie van het beenmerg in dodelijk bestraalde muizen10. De lentivirus vector die voor deze studie wordt gebruikt, toont de Cas9 en GFP reporter genen van de common core EF1a Promoter met een interne ribosomale intrede site stroomopwaarts van het reporter gen. De gids RNA-sequentie wordt uitgedrukt uit een afzonderlijke U6-promotor. Dit systeem wordt vervolgens gebruikt voor het maken van inbrengen en verwijderen mutaties in de kandidaat klonale Hematopoiesis bestuurder genen Tet2 en Dnmt3a10. Echter, de transductie-efficiëntie door deze methode is relatief laag (~ 5%-10%) door het grote formaat van de vector insert (13 KBP) die de transductie-efficiëntie beperkt en de virus titer vermindert tijdens de productie.

In andere studies, het is aangetoond dat grotere virale RNA grootte negatief beïnvloedt zowel de virus productie en transductie efficiëntie. Bijvoorbeeld, een toename van 1 KB in wisselplaatgrootte wordt gerapporteerd aan de virus productie te verlagen door ~ 50%, en transductie-efficiëntie zal afnemen tot meer dan 50% in de muis hematopoietische stamcellen11. Het is dus voordelig om de grootte van de virale insert zoveel mogelijk te verminderen om de efficiëntie van het systeem te verbeteren.

Deze tekortkoming kan worden overwonnen door het gebruik van Cas9 transgene muizen, waarbij het Cas9-eiwit wordt uitgedrukt in een constitutieve of niet-industriële manier12. De constitutieve CRISPR/Cas9 knock-in muizen drukt Cas9 endonuclease en EGFP uit van de CAG-promotor op de Rosa26 locus op een alomtegenwoordige manier. Zo kan een constructie met sgRNA onder controle van de promotor en RFP reporter gene onder de controle van de core EF1a promotor worden geleverd met behulp van de lentivirus vector om genoom bewerking te bereiken. Met dit systeem, de genen van hematopoietische stamcellen zijn met succes bewerkt, tonen een ~ 90% transductie efficiëntie. Dit protocol biedt dus een snelle en effectieve methode om muizen te creëren waarin gerichte genmutaties in het hematopoietische systeem worden geïntroduceerd. Terwijl ons lab is voornamelijk met behulp van dit soort technologie te bestuderen van de rol van van klonen Hematopoiesis bij cardiovasculaire ziekteprocessen13,14,15, het is ook van toepassing op studies van hematologische maligniteiten16. Bovendien kan dit protocol worden uitgebreid tot de analyse van de invloed van DNA-mutaties in HSPC op andere ziekte-of ontwikkelingsprocessen in het hematopoietische systeem.

Om een robuust lentivirus vector systeem te vestigen, zijn hoge titer virale voorraden en geoptimaliseerde omstandigheden voor de transductie en transplantatie van hematopoietische cellen vereist. In het protocol worden instructies gegeven over de bereiding van een hoog titer-virale bestanddeel in rubriek 1, waarbij de cultuuromstandigheden van de erytrocyten hematopoietische stamcellen in rubriek 2, de methoden voor beenmergtransplantatie in rubriek 3, worden geëvalueerd en engraftment in rubriek 4.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Protocol

Alle procedures met betrekking tot dierproef personen zijn goedgekeurd door het institutioneel Dierenzorg-en gebruiks Comité (IACUC) aan de Universiteit van Virginia.

1. opwekking en zuivering van lentivirusdeeltjes

Opmerking: Lentivirusdeeltjes met de geoptimaliseerde handleiding RNA kunnen worden geproduceerd door de gedetailleerde protocollen die door Addgene: < https://media.addgene.org/cms/files/Zhang_lab_LentiCRISPR_library_protocol.pdf) >. De geoptimaliseerde methoden voor de bereiding en opslag van hoogtiter lentivirus worden elders besproken17,18. In het kort, linvirussen worden geproduceerd door co-transfectie van een lentivirus vector plasmide, psPAX2, en pMD2. G in HEK 293T cellen. Cultuur supernatant wordt verzameld op 48 h post-transfectie en geconcentreerd door ultracentrifugatie. Lentivirale titer wordt bepaald door een in de handel verkrijgbare test op basis van qPCR. Deze procedure moet worden uitgevoerd in een bioveiligheid-klasse II-kast.

  1. Bereid een 1:200-oplossing van collageen (0,0005%) in 1x PBS.
  2. Jas een 6 goed bord met collageen oplossing en incuberen bij 37 °C, 5% CO2 voor ~ 30 min.
  3. Zaad 293T cellen met een dichtheid van 1 x 106 cellen per put en incuberen bij 37 °c, 5% Co2 voor ~ 2 h.
  4. Om het mengsel van drie transfectie plasmiden voor een put voor te bereiden, combineer 0,9 μg lentivirusvector, 0,6 μg psPAX2 en 0,3 μg pMD2. G, dan een totaal volume van 10 μL te bereiken door toevoeging van gedeïoniseerd water. Pas de bedragen dienovereenkomstig aan, afhankelijk van het aantal putten. De hoeveelheid en de ratio van elk plasmide moet mogelijk verder worden geoptimaliseerd om aan de behoeften van de onderzoekers te voldoen.
  5. Voeg voorzichtig 50 μL van 1x PBS en 5 μL van de verdunde PEI MAX (1,0 mg/mL) toe aan het plasmide mengsel en incuberen gedurende 15 minuten bij kamertemperatuur (RT) (tabel 1).
  6. Voeg 1 mL DMEM toe aan het mengsel.
  7. Aspirate media uit de 6 goed plaat, voeg 1 mL plasmide mengsel, en incuberen bij 37 ° c, 5% CO2 voor ~ 3 h.
  8. Vervang de media door 2 ml verse DMEM en Incubeer bij 37 °c, 5% Co2 voor 24 uur.
  9. Voeg 1 mL verse DMEM toe en incuberen bij 37 °C, 5% CO2 voor een extra 24 uur (totale incubatietijd is 48 uur).
  10. Breng de kweek supernatant over naar een buis van 50 mL en centrifugeer bij 3.000 x g gedurende 15 minuten om vrije zwevende cellen te verwijderen.
  11. Filtreer de supernatant door een 0,45 μm filter.
  12. Breng het filtraat over in polypropyleen centrifugebuizen.
  13. Ultracentrifuge bij 4 °C en 72.100 x g bij rMax voor 3 uur.
  14. Zuig de supernatant voorzichtig op en laat de witte pellet achter.
  15. Respendeer de pellet met 100 μL serumvrij hematopoietische celuitbreidingsmedium zonder beluchting.
  16. Houd een aliquot van 10 μL om de virale titer te meten en bewaar alle overgebleven aliquots bij-80 °C tot dat nodig is.
  17. Titeer het virus met een qPCR-gebaseerde test volgens de instructies van de fabrikant met behulp van de 10 μL virale aliquot.

2. isolatie en transductie van Lineage-negatieve cellen uit het beenmerg van de muis (Figuur 1a)

Opmerking: om voldoende cellen te isoleren, worden paren van tibias, femurs en humeri van elke muis geoogst. Bekken-en spinale botten kunnen ook worden geoogst als een bron van Lineage-negatieve cellen.

  1. Isolatie van beenmergcellen
    1. Euthanize 8-10 week oude mannelijke crispr/Cas9 knock-in muizen door 5% Isofluraan gevolgd door cervicale dislocatie, desinfecteren hun huid met 70% ethanol.
    2. Met behulp van ontleden schaar, maak een dwarse incisie in de huid net onder de ribbenkast en schil de huid in beide richtingen in een distale richting om de benen en armen bloot te leggen.
    3. Scheid de onderste ledematen voorzichtig van het heupbeen door het heupgewricht te ontlokaliseren. Snijd langs de dijbeen kop om het dijbeen volledig uit de heup te verwijderen. Ontwer de knie en snijd op het gewricht om het dijbeen en de Tibia te scheiden, terwijl het bot Epifyse intact blijft. Ontwer het enkelgewricht en Pel de voet en extra spieren weg.
    4. Met behulp van ontleden schaar, over de schouder te snijden om de bovenste ledematen los te maken. Ontwer de schouder en snijd vervolgens op het ellebooggewricht om het opperarmbeen-bot te oogsten.
    5. Gebruik cellulose-Fiber doekjes om de spieren van de femurs, tibias en humeri voorzichtig te verwijderen. Neem extra voorzorgsmaatregelen om ervoor te zorgen dat de botten niet breken tijdens dit proces.
    6. Plaats de geïsoleerde botten in een conische buis van 50 mL die RPMI bevat en plaats op ijs.
      Opmerking: de volgende stappen moeten worden uitgevoerd in een bioveiligheid-klasse II-kast.
    7. Breng de botten over in een steriel, 100 mm kweekbakje.
    8. Pak het bot met stompe Tang en gebruik de ontleed schaar en snijd beide epifyses zorgvuldig.
      Opmerking: een ontoereikende snede zal leiden tot een onvolledige spoeling van beenmerg, terwijl overmatig agressief snijden zal resulteren in celverlies.
    9. Vul een injectiespuit van 10 mL met ijskoude RPMI en gebruik een naald van 22 G om het beenmerg van de as in een nieuw kweekbakje van 100 mm te spoelen.
      Opmerking: botten worden wit en doorschijnend als de botschacht goed is gespoeld. Zo niet, dan wordt het uiteinde van het bot opnieuw afgesneden en weer verzonken.
    10. Nadat al het beenmerg is verzameld, maak een eencellige suspensie door het beenmerg meerdere malen door te geven door middel van een 10 mL spuit met een 18 G naald. Herhaal 10x om een eencellige suspensie te garanderen.
    11. Filter celsuspensie door een 70 μm celzeef in een conische buis van 50 mL.
    12. Centrifugeer bij 310 x g gedurende 10 minuten bij 4 °c.
    13. Zuig de supernatant op en hervat de celpellets in een geschikt volume van geoptimaliseerde scheidings buffer voor het volgende celscheidings proces.
  2. Isolatie en lentivirustransductie van Lineage-negatieve cellen
    Opmerking: muis Lineage-negatieve cellen worden geïsoleerd uit het beenmerg van Cas9 transgene muizen3, of andere stammen van muizen, met behulp van een lineage depletie-Kit volgens de instructies van de fabrikant. Typisch, lineage-negatieve cellen rekening voor 2%-5% van de gehele beenmerg nucleated cellen, en de zuiverheid is meestal groter dan 90% na isolatie. De geïsoleerde Lineage-negatieve cellen zijn gekweekt in serum-vrij hematopoietische celuitbreidingsmedium aangevuld met 20 ng/mL recombinant Murine TPO en 50 ng/mL recombinant Murine SCF, vervolgens getransduceerde met de lentivirus vector voor 16 h bij een veelheid van infectie (MOI) = 100.
    1. Om Lineage-negatieve cellen te isoleren, gebruikt u de Lineage Cell depletie Kit volgens de instructies van de fabrikant.
    2. Na isolatie respendeert de Lineage-negatieve cellen in 1 mL serumvrij hematopoietische celuitbreidingsmedium.
    3. Zaai de cellen in een 6-put plaat met een dichtheid van 1,5 x 106 cellen/ml (5 x 105 Lineage-negatieve cellen/muis.)
    4. Voeg recombinant Murine TPO en SCF toe aan putjes in de uiteindelijke concentraties van respectievelijk 20 ng/mL en 50 ng/mL.
    5. Pre-Incubate cellen bij 37 °C in 5% CO2 voor ~ 2 h.
    6. Voeg lentivirus toe aan MOI = 100, 4 μg/mL poly Brene, en penicillaire/streptomycine in de putjes en inincuberen bij 37 °C, 5% CO2 voor 16-20 u (Figuur 1b).
    7. Verzamel de volgende dag de lentivirus getransduceerde cellen in een conische buis van 15 mL en Centrifugeer gedurende 10 minuten bij 300 g.
    8. Zuig de supernatant voorzichtig op en breng de pellet in 200 μL RPMI per muis. Houd de cellen op RT tot transplantatie in muizen (rubriek 3).

3. transplantatie van getransduceerde cellen in dodelijk bestraalde muizen

  1. Plaats de ontvangende muizen op de dag van beenmergtransplantatie in een cirkel kooi met acht segmenten en stel ze bloot aan twee doses van hele lichaams bestraling (550 rad/dosis, totale dosis = 1100 RAD), met ongeveer 4 uur tussen elke bestraling.
  2. Injecteer na de tweede bestraling, met behulp van een insulinespuit (figuur 1c), de getransiteerde Lineage-negatieve cellen naar elke ontvanger van de verdoofd Mouse via de retroorbitale ader plexus (in totaal 200 μL).
  3. Na bestraling moeten muizen in gesteriliseerde kooien worden ondergebracht en voorzien van een zachte voeding en drinkwater, aangevuld met antibiotica voor 14 d.
  4. Bij 3-4 weken na beenmergtransplantatie, analyseren van perifeer bloed om te controleren op de engraftment van getransduceerde donor cellen (rubriek 4).

4. evaluatie van het chimerisme van perifeer bloed

  1. Anesthetiseer muizen met 5% Isofluraan en verkrijgen een bloedmonster uit een retro-orbitale ader met behulp van capillaire buizen, en verzamelen het in K2EDTA-buizen (het volume in één capillaire buis volstaat voor de volgende bepaling).
  2. Breng 20 μL bloed uit de K2EDTA buisjes in de ronde onderste polystyreen buisjes van 5 mL en zet op ijs.
  3. Voeg 1,5 mL RBC lysisbuffer toe aan lyse rode bloedcellen. Inbroed voor 5 min op ijs.
  4. Om de lysisbuffer te neutraliseren, moet u samples met FACS buffer (1,5 mL/sample) wassen.
  5. Centrifugeer op 609 x g bij rMax gedurende 5 minuten bij 4 °c. Gooi het supernatant weg.
  6. Incuberen de cellen met een cocktail van monoklonale antilichamen (verdund in 100 μL FACS buffer/sample) bij RT gedurende 20 minuten in het donker. Een volledige lijst van antilichamen wordt gegeven in de sectie materialen hierboven.
  7. Was de cellen eenmaal met FACS buffer (2 mL/sample). Centrifugeer op 609 x g bij rMax (1.800 rpm) gedurende 5 minuten bij 4 °c. Gooi het supernatant volledig weg.
  8. Fixeer de cellen met Paraformaldehyde bevattende fixatie buffer (100 μL/buis) gedurende 10 min bij 4 °C.
  9. Was de cellen eenmaal met een FACS buffer (3 mL/sample). Centrifugeer op 609 x g bij rMax (1.800 rpm) gedurende 5 minuten bij 4 °c. Gooi het supernatant volledig weg.
  10. Suspendeer de pellet in 400 μL FACS buffer.
  11. Houd de monsters bij 4 °C tot analyse doorstroming cytometrie.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Resultaten

Met behulp van het hierboven beschreven protocol zijn ongeveer 0,8-1,0 x 108 beenmergcellen per muis verkregen. Het aantal Lineage-negatieve cellen die we verkrijgen is ongeveer 3 x 106 cellen per muis. Typisch, de opbrengst van beenmerg Lineage-negatieve cellen is 4%-5% van die van totale beenmerg kern cellen.

Het chimerisme van getransduceerde cellen (RFP-positief) wordt geëvalueerd door Flowcytometrie va...

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Discussie

Het voordeel van dit protocol is de creatie van diermodellen die specifieke mutaties in hematopoietische cellen in een snelle en zeer kosteneffectieve manier verteren in vergelijking met conventionele muis transgene benaderingen. Bleek dat deze methodologie maakt het genereren van muizen met hematopoietische cel gen-manipulaties binnen 1 maand. Er zijn verschillende kritieke stappen in dit protocol die verder moeten worden overwogen.

Screening van de gRNA-sequentie

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Openbaarmakingen

De auteurs hebben niets te onthullen.

Dankbetuigingen

S. S. werd gesteund door een Amerikaanse hart vereniging Postdoctoral Fellowship 17POST33670076. K. W. werd ondersteund door NIH subsidies R01 HL138014, R01 HL141256, en R01 HL139819.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Materialen

Lijst van materialen gebruikt in dit artikel
NaamBedrijfCatalogusnummerOpmerkingen
RPMI Medium 1640 (1X)Gibco11875-093Medium
Sulfamethoxazole and Trimethoprim injectionTEVA0703-9526-01
1/2 cc LO-DOSE INSULIN SYRINGEEXELINT26028algemeen benodigd
293T cellsATCCCRL-3216--Cell line
APC-anti-mouse Ly6C (Clone AL-21)BD Biosciences560599Antilichamen
APC-Cy7-anti-muis CD45R (RA3-6B2)BD Biosciences552094Antilichamen
BD Luer-Lok wegwerpspuiten, 10 mlBD309604algemeen benodigd
BD Microtainer bloedafnamebuisjes, K2EDTA toegevoegdBD Bioscience365974algemeen benodigd
BD Precisionglide naald, 18 GBD305195algemeen benodigd
BD Precisionglide naald, 22 GBD305155algemeen benodigd
BV510-anti-muis CD8a (Clone 53-6.7)Biolegend100752Antilichamen
BV711-anti-muis CD3e (Clone 145-2C11)Biolegend100349Antilichamen
KalfshuidcollenSigma-Aldrich9007-34-5algemeen benodigd
Corning Costar Ultra-Low Attachment Multiple Well Plate, 6 wellMillipore SigmaCLS3471algemeen benodigd
CRISPR/Cas9 knock-in muizenThe Jackson Laboratory028555muis
DietGel 76AClear H2O70-01-5022algemeen benodigd
Dulbecco’s Modified Eagle’s Medium (DMEM) - hoge glucoseSigma AldrichD6429Medium
eBioscience 1X RBC Lysis BufferThermo fisher Scientific00-4333-57Oplossing
Falcon 100 mm TC-behandelde celkwekerLife Sciences353003algemeen benodigd
Falcon 5 mL ronde bodem polystyreen testbuisLife Sciences352054algemeen benodigd
Falcon 50 mL KegelcentrifugebuizenFisher Scientific352098algemeen benodigd
Falcon 6 Well Clear Flat Bodem TC-behandelde Multiwell Celkweker PlateLife Science353046algemeen benodigd
Fisherbrand microhematocrit capillaire buisjesThermo Fisher Scientific22-362566algemeen benodigd
Fisherbrand steriele celstrainers, 70 μmFisher Scientific22363548algemeen benodigd
FITC-anti-muis CD4 (Clone RM4-5)Invitrogen11-0042-85Antilichamen
Fixatie BufferBD Bioscience554655Oplossing
Guide-it Compete sgRNA Screening SystemsClontech632636Kit
Isothesia (Isoflurane) oplossingHenry Schein29404Oplossing
Lenti-X qRT-PCR Titratie KitTakara631235Kit
Lineage Cell Depletion Kit, muisMiltenyi Biotec130-090-858Kit
Millex-HV Spuitfilter Unit, 0.45 mmMillipore SigmaSLHV004SLalgemeen benodigd
PBS pH7.4 (1X)Gibco10010023Oplossing
PE-Cy7-anti-muis CD115 (Clone AFS98)eBioscience25-1152-82Antilichamen
PEI MAXPolysciences24765-1Oplossing
Penicillin-Streptomycin MixtuurLonza17-602FOplossing
PerCP-Cy5.5-anti-muis Ly6G (Clone 1A8)BD Biosciences560602Antilichamen
pLKO5.sgRNA.EFS.tRFPAddgene57823Plasmid
pMG2DAddgene12259Plasmid
Polybrene Infectie/TransfectiereagensSigma AldrichTR-1003-GOplossing
Polypropyleen CentrifugebuizenBECKMAN COULTER326823algemeen benodigd
psPAX2Addgene12260Plasmid
RadDisk – Muis Irradiator DiskBraintree ScientificIRD-P Malgemeen benodigd
Recombinant Muur SCFPeprotech250-03Oplossing
Recombinant Muur TPOPeprotech315-14Oplossing
StemSpan SFEMSTEMCELL Technologies09600Oplossing
TOPO TA cloning kit voor sequencing met One Shot TOP10 Chemisch Competente E.coliThermo fisher ScientificK457501Kit
Zombie Aqua Fixable Viability KitBioLegend423102Oplossing

Referenties

  1. Sasaki, Y., et al. Defective immune responses in mice lacking LUBAC-mediated linear ubiquitination in B cells. EMBO Journal. 32, 2463-2476 (2013).
  2. Ogilvy, S., et al. Transcriptional regulation of vav, a gene expressed throughout the hematopoietic compartment. Blood. 91, 419-430 (1998).
  3. Meyer, S. E., et al. DNMT3A Haploinsufficiency Transforms FLT3ITD Myeloproliferative Disease into a Rapid, Spontaneous, and Fully Penetrant Acute Myeloid Leukemia. Cancer Discovery. 6, 501-515 (2016).
  4. Kuhn, R., Schwenk, F., Aguet, M., Rajewsky, K. Inducible gene targeting in mice. Science. 269, 1427-1429 (1995).
  5. Cole, C. B., et al. PML-RARA requires DNA methyltransferase 3A to initiate acute promyelocytic leukemia. Journal of Clinical Investigation. 126, 85-98 (2016).
  6. Yang, H., et al. One-step generation of mice carrying reporter and conditional alleles by CRISPR/Cas-mediated genome engineering. Cell. 154, 1370-1379 (2013).
  7. Wang, H., et al. One-step generation of mice carrying mutations in multiple genes by CRISPR/Cas-mediated genome engineering. Cell. 153, 910-918 (2013).
  8. Quadros, R. M., et al. Easi-CRISPR: a robust method for one-step generation of mice carrying conditional and insertion alleles using long ssDNA donors and CRISPR ribonucleoproteins. Genome Biology. 18, 92(2017).
  9. Miura, H., Quadros, R. M., Gurumurthy, C. B., Ohtsuka, M. Easi-CRISPR for creating knock-in and conditional knock-out mouse models using long ssDNA donors. Nature Protocols. 13, 195-215 (2018).
  10. Sano, S., et al. CRISPR-Mediated Gene Editing to Assess the Roles of Tet2 and Dnmt3a in Clonal Hematopoiesis and Cardiovascular Disease. Circulation Research. 123, 335-341 (2018).
  11. Cante-Barrett, K., et al. Lentiviral gene transfer into human and murine hematopoietic stem cells: size matters. BMC Research Notes. 9 (312), (2016).
  12. Chu, V. T., et al. Efficient CRISPR-mediated mutagenesis in primary immune cells using CrispRGold and a C57BL/6 Cas9 transgenic mouse line. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113, 12514-12519 (2016).
  13. Fuster, J. J., et al. Clonal hematopoiesis associated with TET2 deficiency accelerates atherosclerosis development in mice. Science. 355, 842-847 (2017).
  14. Sano, S., et al. Tet2-Mediated Clonal Hematopoiesis Accelerates Heart Failure Through a Mechanism Involving the IL-1beta/NLRP3 Inflammasome. Journal of the American College of Cardiology. 71, 875-886 (2018).
  15. Sano, S., Wang, Y., Walsh, K. Clonal Hematopoiesis and Its Impact on Cardiovascular Disease. Circulatory Journal. 71, 875-886 (2018).
  16. Heckl, D., et al. Generation of mouse models of myeloid malignancy with combinatorial genetic lesions using CRISPR-Cas9 genome editing. Nature Biotechnology. 32, 941-946 (2014).
  17. Jiang, W., et al. An optimized method for high-titer lentivirus preparations without ultracentrifugation. Scientific Reports. 5, 13875(2015).
  18. Cribbs, A. P., Kennedy, A., Gregory, B., Brennan, F. M. Simplified production and concentration of lentiviral vectors to achieve high transduction in primary human T cells. BMC Biotechnology. 13, 98(2013).
  19. Brinkman, E. K., Chen, T., Amendola, M., van Steensel, B. Easy quantitative assessment of genome editing by sequence trace decomposition. Nucleic Acids Research. 42, e168(2014).
  20. Sentmanat, M. F., Peters, S. T., Florian, C. P., Connelly, J. P., Pruett-Miller, S. M. A Survey of Validation Strategies for CRISPR-Cas9 Editing. Scientific Reports. 8, 888(2018).
  21. Akcakaya, P., et al. In vivo CRISPR editing with no detectable genome-wide off-target mutations. Nature. 561, 416-419 (2018).
  22. Bae, S., Park, J., Kim, J. S. Cas-OFFinder: a fast and versatile algorithm that searches for potential off-target sites of Cas9 RNA-guided endonucleases. Bioinformatics. 30, 1473-1475 (2014).
  23. Kosicki, M., Tomberg, K., Bradley, A. Repair of double-strand breaks induced by CRISPR-Cas9 leads to large deletions and complex rearrangements. Nature Biotechnology. 36, 765-771 (2018).
  24. El-Brolosy, M. A., et al. Genetic compensation triggered by mutant mRNA degradation. Nature. 568, 193-197 (2019).
  25. Ma, Z., et al. PTC-bearing mRNA elicits a genetic compensation response via Upf3a and COMPASS components. Nature. 568, 259-263 (2019).
  26. Gilbert, L. A., et al. CRISPR-mediated modular RNA-guided regulation of transcription in eukaryotes. Cell. 154, 442-451 (2013).
  27. Qi, L. S., et al. Repurposing CRISPR as an RNA-guided platform for sequence-specific control of gene expression. Cell. 152, 1173-1183 (2013).
  28. Zhou, H., et al. In vivo simultaneous transcriptional activation of multiple genes in the brain using CRISPR-dCas9-activator transgenic mice. Nature Neuroscience. 21, 440-446 (2018).
  29. Fuster, J. J., Walsh, K. Somatic Mutations and Clonal Hematopoiesis: Unexpected Potential New Drivers of Age-Related Cardiovascular Disease. Circulatory Research. 122, 523-532 (2018).
  30. Kahn, J. D., et al. PPM1D truncating mutations confer resistance to chemotherapy and sensitivity to PPM1D inhibition in hematopoietic cells. Blood. , (2018).

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Herprints en machtigingen

Tags

Hematopoëtische stamcellenflowcytometriebeenmergtransplantatielineage-negatieve cellenRFP-reportergenvirale tittermetinganalyse van perifeer bloedgenomische DNA PCR
Lentivirale CRISPR/Cas9-gemedieerde genoom bewerking voor de studie van hematopoietische cellen in ziekte modellen
Neem contact met ons op
Aanbevelen aan de bibliotheek

Privacy

Gebruiksvoorwaarden

Beleidsoverzicht

Copyright © 2026 MyJoVE Corporation. Alle rechten voorbehouden.