Het doel van dit protocol is om de specifieke isolatie van levensvatbare en zeldzame aerobe en facultatieve anaerobe microben uit het oculaire bindvlies te verbeteren om het oculaire microbioom te karakteriseren. Uitgebreide studies hebben commensale mucosale gemeenschappen geprofileerd op de huid, darmen, luchtwegen en geslachtsorganen en tonen aan dat deze gemeenschappen de ontwikkeling van het immuunsysteem en de respons1,2,3beïnvloeden . Van oculaire commensale gemeenschappen is aangetoond dat ze veranderen tijdens bepaalde ziektepathologieën, zoals droge ogenziekte4,syndroom van Sjogren5 en diabetes6. Toch wordt het vermogen om een typische oculaire oppervlaktecommensale gemeenschap te definiëren belemmerd door hun relatief lage overvloed in vergelijking met de andere mucosale sites6,7,8. Dit leidt tot een controverse over de vraag of er een ingezeten oculaire microbioom is en of het bestaat, of het verschilt van het huidmicrobioom en bijgevolg het lokale effect ervan op de ontwikkeling en reactie van het aangeboren immuunsysteem. Dit protocol kan helpen deze vraag op te lossen.
Over het algemeen zijn benaderingen om de oculaire commensale niche te definiëren gebaseerd op sequencing en op cultuur gebaseerde technieken4,7,9. S rDNA-sequencing en BRISK-analyse7 vertonen een bredere diversiteit dan op cultuur gebaseerde technieken, maar kunnen geen onderscheid maken tussen levende en dode microben. Omdat het oculaire oppervlak vijandig is voor veel microben als gevolg van de antimicrobiële eigenschappen van traanfilm4 die een grote reeks DNA-fragmenten genereren, zullen DNA-gebaseerde benaderingen deze artefacten detecteren die de gegevens kunnen scheeftrekken in de richting van identificatie van dode bacteriën als ingezeten commensalen in plaats van verontreinigingen. Dit resulteert in afwijkende commensale identificatie en karakterisering van de oculaire ruimte als hoger in microbenrijkdom en diversiteit10. Dit maakt het moeilijk om het ingezeten oculaire microbioom te definiëren via DNA-gebaseerde methoden. Overwegende dat standaard kweekgebaseerde technieken geen commensalen kunnen detecteren omdat de belasting te laag is11. Onze methode verbetert de standaardpraktijken door een dun wattenstaafje te gebruiken dat zich op het bindvlies kan richten, waardoor besmetting van de naburige huid wordt vermeden, evenals het concept dat levensvatbare organismen kunnen worden verrijkt door een korte cultuur in voedingsrijke media met als doel levensvatbare maar niet-cultureerbare, evenals verrijking voor zeldzame levensvatbare microben te reanimeren.
De resultaten, relatieve overvloed aan oculaire commensalen per oogdoekje, karakteriseren het conjunctiva resident microbioom en zijn belangrijk voor vergelijkende doeleinden. Onze gegevens tonen aan dat er een verschil is tussen huid en conjunctivale microbiota, evenals een grotere diversiteit met verhoogde leeftijd en een geslachtsspecifiek verschil in overvloed. Bovendien heeft deze aanpak reproduceerbaar commensale verschillen gevonden in knock-out muizen12. Dit protocol kan worden toegepast om het oculaire microbioom te beschrijven dat kan variëren als gevolg van kooipraktijken, geografie of ziektetoestand, evenals de lokale effecten van commensale metabolieten en producten op de ontwikkeling en respons van het immuunsysteem.