Hydrofobe weefselontruimingsmethoden zijn eenvoudig instelbare, snelle en goedkope procedures die het mogelijk maken om een molecuul te bestuderen dat van belang is in ongewijzigde weefselmonsters. Traditionele immunolabelingprocedures vereisen het snijden van het monster in dunne secties, wat het vermogen om intacte structuren te labelen en te onderzoeken beperkt. Als hersenweefsel echter intact kan blijven tijdens de verwerking, kunnen structuren en circuits intact blijven voor de analyse. Eerder vastgestelde clearingmethoden nemen veel tijd in om het weefsel volledig te zuiveren en de agressieve chemicaliën kunnen vaak gevoelige antilichamen beschadigen. De iDISCO-methode zuivert snel en volledig weefsel, is compatibel met veel antilichamen en vereist geen speciale laboratoriumapparatuur. Deze techniek werd aanvankelijk gevalideerd voor het gebruik in muizenweefsel, maar het huidige protocol past deze methode aan beeldhelften van controle en transgene rattenhersenen aan. Daarnaast maakt het huidige protocol ook verschillende aanpassingen aan het reeds bestaande protocol om duidelijkere beelden te bieden met minder achtergrondkleuring. Antilichamen voor Iba-1 en tyrosinehydroxylase werden gevalideerd bij de HIV-1 transgene rat en bij F344/N-controleratten met behulp van de huidige hydrofobe weefselopruimingsmethode. De hersenen zijn een verweven netwerk, waar structuren vaker samenwerken dan afzonderlijk van elkaar. Het analyseren van de hersenen als een heel systeem in tegenstelling tot een combinatie van individuele stukken is het grootste voordeel van deze hele hersenontruimingsmethode.