$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
We demonstreren een protocol voor de isolatie van gluteale en abdominale adipocyt-afgeleide EV's uit celkweeksupernatanten en bepalen hun grootte en concentratie aan de hand van NTA 7,14,15. We tonen aan dat gekweekte menselijke vetcellen EV's produceren en afgeven aan de celkweekmedia, die vervolgens kunnen worden geïsoleerd met behulp van filtratie en ultracentrifugatie. We bepaalden de grootte en het concentratieprofiel van geïsoleerde adipocyt-afgeleide EV's en tonen aan dat ultracentrifugatie waarschijnlijk contaminanten uit de celkweekmedia heeft geïsoleerd en dat het wassen van de geïsoleerde EV-pellets in PBS hun concentratie significant verlaagt in een tweede NTA-meting. We bepaalden verder de zuiverheid van de geïsoleerde gluteale en abdominale afgeleide EV's door western blotting voor TSG101, een EV-marker. Gluteale en abdominale afgeleide EV-preparaten waren positief voor TSG101, maar, belangrijker nog, dit was afwezig in controlemedia die niet werden blootgesteld aan cellen. De gepresenteerde experimenten gebruikten menselijke vetcellen als de oudercel die EV's genereerde, maar de beschreven methode is geschikt voor andere celtypen, waaronder endotheelcellen, vasculaire gladde spieren, skeletspieren, immuuncellen en voor de isolatie van EV's uit bloedplaatjesarm plasma of serum van de patiënt.
Van adipocyten afgeleide EV's zijn verhoogd bij stofwisselingsziekten en het bepalen van veranderingen in de grootte en het aantal adipocyt-EV's in vivo is complex omdat biologische vloeistoffen zoals bloed EV's bevatten uit een aantal celbronnen die ook betrokken zijn bij de pathogenese van stofwisselingsziekten, waaronder EV's van endotheelcellen, skeletspieren, erytrocyten en immuuncellen. De hier beschreven methode maakt het mogelijk om EV's van menselijke adipocyten te bepalen, wat een nuttig model kan bieden voor mechanistische studies naar de factoren die leiden tot EV-biogenese in adipocyten, die momenteel onbekend is. Belangrijk is dat het bepalen van de biogenese van adipocyten EV en hoe het laden van bepaalde RNA's, eiwitten en metabolieten wordt georkestreerd in adipocyt EV's, nieuwe therapeutische mogelijkheden kan onthullen om pathogene adipocyten EV-signalering bij metabole disfunctie te verstoren. Gedetailleerde studies zullen een beter begrip geven van hoe EV-grootte, aantal, biogeneseroute en EV-lading (RNA, eiwitten en metabolieten) worden veranderd als reactie op ziekte of stimuli zoals verstoringen in zuurstof, glucose, lipiden en insuline. Informatie over de rol van omgevingsfactoren op de signalering van adipocyten EV bij stofwisselingsziekten en hoe van adipocyten afgeleide EV's bijdragen aan ontsteking van vetweefsel, kan nieuwe therapeutische doelen bij stofwisselingsziekten aan het licht brengen.
Beperkingen
In vitro generatie van adipocyten afgeleide EV's
Het gebruik van humane preadipocyten in vitro biedt een modelsysteem om de afgifte en generatie van adipocyten-afgeleide EV's te bestuderen na in vitro adipocytendifferentiatie, maar er zijn een aantal beperkingen. In het bijzonder verschillen in vitro afgeleide adipocyt-EV's waarschijnlijk van van vet afgeleide EV's die worden gewonnen uit biovloeistoffen, zoals plasma14 in hun grootte, concentratie, EV-eiwit, -RNA, -metabolieten en functie. Deze EV-verschillen kunnen worden beïnvloed door andere niet-adipocytcellen die in vivo in vetweefsel aanwezig zijn, zoals van vetweefsel afgeleide stamcellen, endotheelcellen en macrofagen, die nauw verbonden zijn met de fysiologie van vetweefsel en een rol hebben gespeeld in de pathologie van vetweefsel, waaronder vetweefselontsteking.
Opgemerkt moet worden dat het hier beschreven in-vitrodifferentiatieprotocol van 2 weken mogelijk niet voldoende is om volledig rijpe vetcellen te genereren die gelijkwaardig zijn aan die in vivo; in vitro gedifferentieerde vetcellen die in een tweedimensionaal (2D) formaat worden gekweekt, vertonen een andere morfologie dan in vivo cellen en ontwikkelen geen uniloculaire lipidedruppeltjes. Bovendien worden de preadipocyten die in dit protocol worden beschreven, verkregen uit de stromalevasculaire fractie van vet en hebben we de bijdrage aan de EV-pool van andere celtypen die niet volledig werden geëlimineerd tijdens de celisolatie niet beoordeeld.
Het verlies van belangrijke cel-tot-cel interacties van vetcellen met andere niet-vetcellen in vetweefsel kan van invloed zijn op de aanmaak en afgifte van vetcyten door EV, EV-eiwit en EV-RNA uit vetcellen en van vetweefsel afgeleide stamcellen16. Een beoordeling van hoe in vitro afgeleide adipocyt-EV's verschillen van in vivo geproduceerde EV's is echter niet uitputtend uitgevoerd.
Primaire weefselbiopten bevatten bloed en daarom kunnen de afgeleide celculturen erytrocyten en van erytrocyten afgeleide EV's bevatten, ongeacht de meerdere wasbeurten en mediaveranderingen die in ons protocol worden benadrukt. Een extra lysisstap van rode bloedcellen na isolatie van de stromale-vasculaire fractie kan nodig zijn om de effecten van erytrocyten op vetcellen te elimineren. Dit is belangrijk omdat van erytrocyten afgeleide EV's de cellulaire functie van andere cellen kunnen beïnvloeden17 en van erytrocyten afgeleide EV's verhoogd zijn in aanwezigheid van oxidatieve stress18 en bij patiënten met metabool syndroom19,20. Daarom kan vetweefsel afkomstig van patiënten met stofwisselingsziekten verhoogde niveaus van van erytrocyten afgeleide EV's bevatten, wat het in vitro fenotype van adipocyten kan beïnvloeden.
Eliminatie van FBS
Het beschreven protocol maakte gebruik van FBS in de groeimedia tijdens adipogene differentiatie, maar vervolgens werden de vetcellen onderworpen aan meerdere mediaveranderingen vóór de definitieve mediaverzameling voor de isolatie van van adipocyten afgeleide EV's. Daarom gingen we ervan uit dat het algehele risico op besmetting van FBS-afgeleide EV's in de EV-preparaten laag was en bevestigden we vervolgens dat er geen resterende EV's aanwezig waren in de celkweekmedia door westerse blotting voor TSG101. De isolatie van celgekweekte EV's uit celbronnen die FBS vereisen, moet EV-verarmde FBS gebruiken of runder-EV's uitputten door middel van ultracentrifugatie om te voorkomen dat runder-EV's de adipocyt-EV-concentraties verstoren en analyse van adipocyt-EV-lading. Het is bekend dat depletie van serum uit adipocyten hun cellulaire respons verandert21 en daarom moet onderzoek ervoor zorgen dat serumdepletie of EV-depletie uit serum hun adipocytenculturen echt representatief maakt voor de biologie van adipocyten.
Technische beperking van EV-isolatie met behulp van filtratie en ultracentrifugatie
We beschrijven een methode van ultracentrifugatie met plastic buizen voor eenmalig gebruik die voorafgaand aan ultracentrifugatie moeten worden afgedicht voor EV-isolaties. We erkennen dat deze verzegelde buizen voor eenmalig gebruik voor veel mensen misschien geen economische optie zijn en stellen voor om soortgelijke buizen te onderzoeken, die geen afdichting vereisen en herbruikbaar zijn. Onderzoekers moeten er echter voor zorgen dat het wassen van herbruikbare tubes adequaat is en niet leidt tot progressieve accumulatie van eiwit-, lipide- en RNA-verontreinigingen in de loop van de tijd, wat van invloed kan zijn op stroomafwaartse onderzoeken van EV-geassocieerde lading of op cellulaire functiestudies.
Het hier beschreven filtratie- en ultracentrifugatieprotocol wordt al vele jaren gebruikt en meerdere onderzoeken hebben de tekortkomingen van deze methode benadrukt, waaronder de niet-specifieke isolaties van verontreinigende cellulaire componenten zoals cellulaire mitochondriën, de aanwezigheid van nucleaire fragmenten en bestanddelen van het celmembraan. Bovendien zal de hier beschreven methode lipoproteïnen co-isoleren die aanwezig zijn in EV-verarmd FBS. De methode hier kan verder worden ontwikkeld door het gebruik van dichtheidsultracentrifugatie en grootte-uitsluitingschromatografie (SEC) om verontreinigende oplosbare eiwitten en sommige lipoproteïnen te elimineren. In combinatie met PBS-wassing van de geïsoleerde EV's en SEC kunnen de co-geïsoleerde verontreinigingen worden beperkt, maar niet volledig worden geëlimineerd. Daarom moeten gebruikers ervoor zorgen dat passende controles worden opgenomen, waaronder een schijnmedium dat niet in contact is geweest met cellen om rekening te houden met oplosbare eiwitten en lipoproteïnen in de kweekmedia en een EV-verarmde supernatanscontrole om de succesvolle isolatie van EV's aan te tonen van geconditioneerde media die nog steeds oplosbare eiwitten en lipoproteïnen bevatten.
De isolatie van EV's met behulp van filtratie en ultracentrifugatie berust op de operator die ervoor zorgt dat er geen onnodige druk wordt uitgeoefend op de celkweeksupernatanten terwijl deze door de boring van het filter of de boring van de naald/spuit wordt geleid. Toepassing van ongepaste kracht tijdens deze fase van het beschreven protocol kan EV's scheuren, de uiteindelijke EV-concentraties beïnvloeden en vrij RNA, eiwitten en metabolieten genereren, die ooit in EV's waren ingekapseld. We hebben hier een methode beschreven, waarvoor geen spuitcilinder nodig is en dus geen kracht hoeft te worden uitgeoefend op de EV's in geconditioneerde media wanneer ze door het filter of de naald in hun opvangreservoirs en ultracentrifugatiebuizen gaan. Desalniettemin moet verdere voorzichtigheid worden betracht bij het resuspenderen van de EV-pellet in PBS. Er mag slechts een korte vortex worden gebruikt, omdat krachtige vortex de EV-membranen kan verstoren.
Na ultracentrifugatie moeten operators voorzichtig zijn met de ultracentrifugatiebuizen om de EV-pellet niet te verstoren. Dit kan worden bereikt door de buizen voorzichtig te hanteren en ze langzaam te verplaatsen tussen de ultracentrifugatierotor en het buizenrek. Verdere voorzichtigheid is geboden bij het doorboren van een gat in de bovenkant van de ultracentrifugatiebuis om de EV-verarmde supernatanten op te zuigen. Door de naald in de bovenkant van de buis te steken en de supernatanten snel op te zuigen, ontstaat er een vacuüm in de spuitcilinder, waardoor het bovenstaande met geweld terug in de ultracentrifugatiebuis kan worden gedwongen en de EV-pellet kan worden verstoord. Na het afsnijden van de ultracentrifugatiebuis om het resterende supernatant af te gieten, moet voorzichtig worden omgegaan, omdat de EV-pellet los kan raken en door het gieten de EV-pellet wordt weggegooid. Als alternatief kunnen een spuit en naald worden gebruikt om het resterende bovenstaande middel langzaam te verwijderen zonder de buis te gieten of om te keren.
Filtratie en ultracentrifugatie van supernatanten voor de isolatie van EV's is een nuttige en efficiënte methode. Maar het is vatbaar voor de co-isolatie van lipoproteïnen en oplosbare eiwitten. Deze kunnen worden verzacht door de EV's te wassen met PBS (zoals beschreven), maar dit zal niet alle verontreinigingen elimineren. Oplosbare eiwitten kunnen uit de EV-fractie worden geëlueerd door gebruik te maken van SEC, maar deze methode maakt geen onderscheid tussen lipoproteïnen en EV's. SEC-eluties die EV's bevatten, kunnen worden gecombineerd met ultracentrifugatie om EV's te pelleteren. Filtratie en differentiële ultracentrifugatie is een voorkeursmethode voor EV-isolatie boven precipitatietechnieken, waarbij polyethyleenglycol wordt gebruikt, omdat deze precipitatiemethoden grote hoeveelheden oplosbare eiwitten en lipoproteïnen co-isoleren in celkweeksupernatanten en andere biologische vloeistoffen. Ultracentrifugatie zal voor velen waarschijnlijk de meest toegankelijke vorm van EV-isolatie blijven, omdat de meeste laboratoria zijn uitgerust met een ultracentrifuge, waardoor de initiële opstartkosten worden beperkt. Maar voor velen wordt ultracentrifugatie voor EV-isolatie gehinderd door het volume van ultracentrifugatiebuizen en het startvolume van het materiaal. Er kunnen enkele honderden milliliters kweeksupernatanten nodig zijn om voldoende EV-hoeveelheden te produceren voor stroomafwaartse proteomics of RNA-sequencing. Het is echter waarschijnlijk dat ultra-centrifugatietechnieken voor EV-isolatie gepaard zullen gaan met andere technieken zoals SEC en immunoaffiniteitsopname met behulp van tetraspanines CD9, CD63 en CD81 om de zuiverheid van geïsoleerde EV's te verbeteren. Andere technieken, zoals in de handel verkrijgbare precipitatieoplossingen en flowcytometrie, kunnen van enig nut zijn in specifieke onderzoeken.
Zuiverheid van EV-preparaten
We bevestigden de isolatie van van adipocyten afgeleide EV's door westerse blotting voor TSG101, maar deze enkele westerse vlek voldoet niet aan de richtlijnen die zijn gepubliceerd door de internationale vereniging voor extracellulaire blaasjes (ISEV). Verdere karakterisering van deze van adipocyten afgeleide EV's zou ideaal zijn met behulp van tetraspaninen CD9, CD63 en CD81 om exosomen en markers van cellulaire besmetting zoals histon H3, albumine en apolipoproteïne A1 te identificeren.
Het hier gepresenteerde protocol maakt het mogelijk om EV's te isoleren uit celkweeksupernatanten uit een reeks celbronnen, waaronder adipocyten, voor het bepalen van de EV-grootte, concentratie, EV-markers door western blot en bruikbaarheid in op omics gebaseerde technologieën zoals proteomics en RNA-sequencing.