$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
In de hieronder gedocumenteerde tests en vergelijkingen gebruikten we twee hESC-lijnen (H9 en HS429, respectievelijk van WiCell en het Karolinska Instituut) en twee hiPSC-lijnen (NCS001 en NCS002, beide gegenereerd door de Norwegian Core Facility for Human Pluripotent Stem Cells). De gegevens in de figuren en tabellen zijn afkomstig van de hESC-lijnen, maar van de hiPSC-lijnen zijn volledig vergelijkbare resultaten verkregen.
In onze handen resulteerde mechanisch oogsten erin dat de kolonies werden opgesplitst in ongeveer vijf tot zes klompen met een diameter van ~200-250 μm, terwijl met EDTA-geïnduceerde kkleefing gevolgd door trituratie, elke kolonie werd opgesplitst in ~10-20 klompen met een diameter van ~60 μm. We schatten dat het aantal cellen in elke door EDTA geoogste klomp ~20 is. Omdat het onpraktisch is om een kolonie met een scalpel in klonten van deze grootte te splitsen, is in dit opzicht EDTA-geïnduceerde klevende onthechting superieur, omdat het klonten genereert van een grootte die gunstiger is voor de overleving van koloniecellen10,11.
De hESC/hiPSC-kolonies die met EDTA werden geoogst, waren ook homogener in grootte en vorm in vergelijking met de kolonies die mechanisch werden geoogst (Figuur 1A-F). Dit komt omdat het snijden dat nodig is voor mechanisch oogsten ongelijke randen en verschillende klontgroottes genereert. Om dit kwantitatief te evalueren, beoordeelden we de cirkelvormigheid van de kolonie (als een maat voor hoe afgerond de kolonieranden waren; een waarde van 1 geeft een perfecte cirkel aan) 5 dagen na het passeren met behulp van het ImageJ-win64-protocol12. De cirkelmatigheid van de kolonie was significant lager in de kolonies die machinaal werden geoogst (mechanisch oogsten: 0,61 ± 0,10; Oogsten op basis van EDTA: 0,84 ± 0,01; n = 10, p < 0,001, Mann-Whitney U-test, U = 10).
De celdichtheid in de geoogste en opnieuw geplateerde kolonies, die een maat is voor de interacties tussen cellen na het oogsten tijdens de vorming van kolonies, was vergelijkbaar met op EDTA gebaseerde oogst en mechanisch oogsten (tabel 1 en figuur 1G,H). De mechanisch geoogste kolonies hadden een grotere neiging om necrose te ontwikkelen in hun centrale regio's (Figuur 1J). Dit was waarschijnlijk te wijten aan variabiliteit in de vorm en, in het bijzonder, de grootte van de mechanisch geïsoleerde celklonten, want wanneer deze klonten te groot zijn, kunnen ze gemakkelijk op zichzelf vouwen wanneer ze worden overgebracht naar nieuwe kweekschalen. Dit was niet het geval bij de kolonies die werden geoogst met behulp van EDTA, die uniform een doorschijnend uiterlijk vertoonden met duidelijke randen (figuur 1I).
Met behulp van EDTA-gebaseerde oogst waren we in staat om vrijwel alle kolonies die in een put waren gevestigd binnen 2-3 minuten te verzamelen. Met behulp van mechanisch oogsten zou het verzamelen van alle kolonies in een put vervelend en tijdrovend zijn. We slaagden er meestal in om slechts ~30%, of ~20-25 kolonies te verzamelen, met behulp van mechanisch oogsten, en dit duurde ~20 minuten. Evenzo was het met behulp van collagenase-vertering gevolgd door zacht schrapen meestal moeilijk om alle kolonies te oogsten, hoewel de totale procedure slechts een paar minuten duurde. Oogsten op basis van EDTA is dus net zo snel of sneller dan enzymatisch oogsten en efficiënter dan mechanisch of enzymatisch oogsten.
Om het effect van de verschillende oogstmethoden op stamheid en pluripotentie te beoordelen, onderwierpen we eerst de kolonies verkregen na 20 passages met behulp van EDTA-gebaseerde of mechanische oogst aan qPCR-analyse (Figuur 2) en immunocytochemische kleuring (Figuur 3 en Figuur 4) voor stamheidsmarkers. De kolonies die met beide methoden werden verkregen, vertoonden een stabiele expressie van stammarkers, zowel op mRNA- als op eiwitniveau. Vervolgens beoordeelden we de pluripotentie door differentiatie naar de drie kiemlagen in embryoïde lichamen (Figuur 5 en Figuur 6). De embryoïde lichamen die werden gegenereerd uit de hESC's of hiPSC's die na 20 passages met behulp van beide methoden werden verkregen, bevatten een mengsel van cellen die algemeen beoordeelde markers voor ectoderm, mesoderm en endoderm tot expressie brachten.
Ten slotte beoordeelden we de incidentie van genomische afwijkingen in hESC's en hiPSC's die door elke methode werden gepasseerd met behulp van qPCR-gebaseerde genetische analyse (zie de materiaaltabel). De kolonies die na 20 passages met behulp van een van beide oogstmethoden werden verkregen, vertoonden enkele voorbeelden van een bescheiden afwijking van een referentie diploïde chromosomaal patroon (de beoordeelde afwijkingen waren die welke gewoonlijk geassocieerd werden met de herprogrammering van hiPSC's, maar kunnen ook worden verkregen in hESC's) (Figuur 7). Het patroon van deze afwijkingen was echter in wezen hetzelfde in de kolonies die na een van beide oogstmethoden werden verkregen, wat erop wijst dat zij geen verband hielden met de oogstmethode.

Figuur 1: Morfologie van de kolonie en celdichtheid na EDTA-gebaseerde of mechanische oogst. (A-F) Representatieve helderveldbeelden van H9 hESC-kolonies die gedurende 5 dagen na 20 passages in voedervrije cultuur zijn gevestigd met behulp van (A-C) EDTA-gebaseerde of (DF) mechanische oogst. (G,H) Representatieve fluorescentiebeelden van de celdichtheid in H9 hESC-kolonies die na 20 passages zijn vastgesteld met behulp van (G) EDTA-gebaseerde of (H) mechanische oogst. De celkernen zijn gekleurd met DAPI. (I,J) Representatieve helderveldbeelden van H9 hESC-kolonies die na 20 passages zijn vastgesteld met behulp van (I) EDTA-gebaseerde of (J) mechanische oogst. Let op het necrotische centrale gebied in de kolonie dat mechanisch wordt geoogst (pijl in J). Alle beelden werden 5 dagen na de 20e passage verkregen. Schaalbalken = 100 μm. Afkortingen: hESC = humane embryonale stamcel; EDTA = ethyleendiaminetetra-azijnzuur; DAPI = 4',6-diamidino-2-fenylindol. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 2: Expressie van stamness marker mRNA in twee hESC-lijnen (H9 en HS429) gegenereerd na EDTA-gebaseerde of mechanische oogst. Kwantitatieve real-time polymerasekettingreactie van de aangegeven markers in H9 (bovenste paneel) en HS429 (onderste paneel) hESC's na een enkele passage met behulp van mechanisch oogsten, na 20 passages met mechanisch oogsten en na 20 passages met behulp van op EDTA gebaseerd oogsten (1:5 verdunning). Het expressieniveau is relatief ten opzichte van dat van het huishoudgen ACTB (bèta-actine). De foutbalken geven de standaarddeviatie aan. Afkortingen: hESC = humane embryonale stamcel; EDTA = ethyleendiaminetetra-azijnzuur. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 3: Expressie van stamness marker eiwitten in de H9 hESC-lijn na verschillende oogstomstandigheden. Representatieve immunofluorescentiekleuring van H9 hESC-kolonies die mechanisch zijn geoogst (A-E) vóór verdere passing, (F-J) na 20 passages met behulp van mechanisch oogsten en (K-O) na 20 passages met behulp van op EDTA gebaseerde oogst. Schaalbalken = 100 μm. Afkortingen: hESC = humane embryonale stamcel; EDTA = ethyleendiaminetetra-azijnzuur; DAPI = 4',6-diamidino-2-fenylindol. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 4: Expressie van stamness marker eiwitten in de HS429 hESC-lijn na verschillende oogstomstandigheden. Representatieve immunofluorescentiekleuring van HS429 hESC-kolonies die mechanisch zijn geoogst (A-E) vóór verdere passing, (F-J) na 20 passages met behulp van mechanisch oogsten en (K-O) na 20 passages met behulp van EDTA-gebaseerde oogst. Schaalbalken = 100 μm. Afkortingen: hESC = humane embryonale stamcel; EDTA = ethyleendiaminetetra-azijnzuur; DAPI = 4',6-diamidino-2-fenylindol. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 5: Expressie van merkers voor de drie kiemlagen in embryoïde lichamen gegenereerd uit de H9 hESC-lijn na mechanisch of EDTA-gebaseerd oogsten. Representatieve immunofluorescentiekleuring van markers voor (A- en D-rijen) ectoderm (ECTO, TUJI), (B- en E-rijen) endoderm (ENDO, AFP) en (C- en F-rijen) mesoderm (MESO, SMA). EB's gegenereerd (A-C) na 20 passages mechanisch oogsten of (D-F) na 20 passages van EDTA-gebaseerde oogst. Schaalbalken = 40 μm. Afkortingen: hESC = humane embryonale stamcel; EDTA = ethyleendiaminetetra-azijnzuur; EB's = embryoïde lichamen. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 6: Expressie van merkers voor de drie kiemlagen in embryoïde lichamen gegenereerd uit de HS429 hESC-lijn na mechanisch of EDTA-gebaseerd oogsten. Representatieve immunofluorescentiekleuring van markers voor (A- en D-rijen) ectoderm (ECTO, TUJI), (B- en E-rijen) endoderm (ENDO, AFP) en (C- en F-rijen) mesoderm (MESO, SMA). EB's gegenereerd (A-C) na 20 passages mechanisch oogsten (A-C) of (D-F) na 20 passages van EDTA-gebaseerde oogst. Schaalbalken = 40 μm. Afkortingen: hESC = humane embryonale stamcel; EDTA = ethyleendiaminetetra-azijnzuur; EB's = embryoïde lichamen. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 7: qPCR-gebaseerde genetische analyse van veel voorkomende genomische afwijkingen in de HS9- en HS429 ESC-lijnen en de NCS002 iPSC-lijn na 20 passages met behulp van mechanische of EDTA-gebaseerde oogst. De basislijn op waarde 2 vertegenwoordigt normale diploïdie op alle chromosomale markers. Een waarde van 1 of 3 zou respectievelijk een verlies of winst van de aangegeven chromosomale marker in alle cellen vertegenwoordigen. Tussenliggende waarden tussen 1 en 2 of tussen 2 en 3 duiden op de aanwezigheid van een verlies of winst van de aangegeven marker in een fractie van de cellen. Merk op dat het patroon van aberraties vergelijkbaar is in de twee oogstomstandigheden. Afkortingen: ESC = embryonale stamcel; EDTA = ethyleendiaminetetra-azijnzuur; iPSC = geïnduceerde pluripotente stamcel. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
| Celdichtheid (cellen/mm2) | | |
| H9 | bedoelen | stdev |
| Mechanische oogst voor verdere doorgifte | 3918 | 263.3 |
| Mechanische oogst 20 keer | 3868 | 197.7 |
| EDTA-oogst 20 keer | 4080 | 127.8 |
| HS429 | bedoelen | stdev |
| Mechanische oogst voor verdere doorgifte | 5249 | 565.4 |
| Mechanische oogst 20 keer | 5247 | 726.3 |
| EDTA-oogst 20 keer | 4963 | 448.8 |
Tabel 1: Vergelijking van de celdichtheden in de kolonies van de twee hESC-lijnen (H9 en HS429) gegenereerd na EDTA-gebaseerde of mechanische oogst. De celdichtheden werden beoordeeld na een enkele passage met behulp van mechanisch oogsten, na 20 passages met mechanisch oogsten of na 20 passages met behulp van op EDTA gebaseerde oogst (bij verdunning van 1:5). In alle gevallen geldt n = 5 kolonies.