Alle protocollen en procedures zijn goedgekeurd door de relevante autoriteiten van Nedersaksen, Duitsland, met vergunningsnummers AZ 33.19-42502-04-15/1828 en 33.19-42502-04-15/1990. Dit protocol is voor Mongoolse gerbils (M. unguiculatus) van beide geslachten. Jongvolwassene verwijst naar de leeftijd van 3-12 maanden, terwijl gerbils worden beschouwd als 36 maanden en ouder. Indien niet anders vermeld, kunnen buffers en oplossingen worden bereid en bewaard in de koelkast gedurende maximaal enkele maanden (4-8 °C). Zorg er voor gebruik voor dat de buffers en oplossingen niet zijn neergeslagen.
1. Fixatie en orgelcollectie
OPMERKING: Als alleen het slakkenhuis nodig is, wordt aanbevolen om de iets eenvoudigere procedure van fixatie door onderdompeling uit te voeren. Als er echter ook een goed bewaard brein nodig is, dan is transcardiale perfusie de enige optie. Het fixatief is in beide gevallen 4% paraformaldehyde (PFA) in fosfaat-gebufferde zoutoplossing (PBS). Dit moet vers worden gemaakt, maar kan bevroren worden bewaard tot gebruik. Gebruik aliquots van ~ 300 ml voor een transcardiële perfusie of ~ 50-100 ml per slakkenhuis voor fixatie door onderdompeling.
LET OP: PFA is een gevaarlijke stof; behandel het volgens algemene laboratoriumveiligheidsprocedures.
- Fixatie door transcardiale perfusie
- Spoel de perfusie-opstelling totdat de slang vrij is van luchtbellen. Vul de perfusieslang met PBS met heparine (0,2 ml in 100 ml PBS) om bloedstolling te voorkomen. Stop de stroom zodra de slang is gevuld met PBS en de vloeistofopslagfles net is geleegd; giet er 200 ml ontdooide PFA in.
OPMERKING: De opstelling is nu klaar voor het dier. De resterende PBS in de slang is voldoende om het bloed weg te spoelen en zal automatisch worden gevolgd door het fixatiemiddel zodra de stroom is hervat.
- Zorg ervoor dat er een afvalinzamelingssysteem is voor de uitstroom van PFA. Gebruik een verse canule (19 G) en heb een grote schaar, tang (met een afgeplatte punt), hemostaten, scalpel of scherpe canule en een rubberen mat met pinnen bij de hand.
- Euthanasie de gerbil met een intraperitoneale overdosis pentobarbital (160 mg / ml, 0,3 ml per dier, lichaamsgewichtbereik: 50-120 g). Zet het dier terug in zijn kooi. Wanneer de ademstilstand zodanig intreedt dat de ademhaling onregelmatig wordt met tussenpozen van 30 s of langer, plaatst u de gerbil op zijn rug op de rubberen mat en bevestigt u zowel de voorpoten als een achterpoot met pinnen (laat één achterpoot vrij om te bewegen voor een beter oordeel over het succes van de perfusie; zie opmerking na stap 1.1.7).
- Om de borstholte te openen, tilt u de huid boven het borstbeen op met een tang en snijdt u de huid ongeveer 0,5 cm onder het borstbeen met een schaar totdat de witgekleurde processus xiphoideus zichtbaar is. Houd het borstbeen met een tang bij de processus xiphoideus en snijd langs het middenrif om een goed zicht in de thoracale holte te krijgen. Snijd de ribben zijdelings aan beide zijden totdat er een goede toegang tot het hart is. Zorg ervoor dat de hoek van de schaar evenwijdig en vlak is ten opzichte van het lichaam van de gerbil om schade aan organen te voorkomen en zo een gesloten bloedsomloop te garanderen.
- Klem een hemostaat op het borstbeen, til de ribbenkast op en plaats de hemostaat over de schouder van de gerbil zonder de hemostaat op lichaamsdelen te laten rusten om te voorkomen dat de bloedstroom wordt geblokkeerd.
- Open de vloeistofstroom iets totdat ongeveer elke 2 s één druppel PBS uit de canule (19 G) stroomt. Houd het hart vast met een tang en draai het een beetje naar links zodat de linker ventrikel duidelijk te zien is. Steek de canule in de linker ventrikel onder een hoek die voorkomt dat het septum wordt binnengedrongen. Houd de naald met de hand of met een andere hemostat op zijn plaats.
OPMERKING: De linker- en rechterventrikels kunnen worden onderscheiden door hun verschillende kleurtinten; de linker ventrikel lijkt lichter van kleur dan de rest van het hartweefsel.
- Verhoog langzaam de druk van de vloeistofstroom en open het rechteratrium met een fijne schaar, een scalpel of een andere canule. Open de vloeistofstroom verder totdat ongeveer 2-3 druppels /s worden waargenomen in de druppelkamer, of stel een stroom van 4 ml / min in voor de pomp. Zodra de fixatie van het hart begint, moet u ervoor zorgen dat de perfusiecanule op zijn plaats blijft zonder verder te worden vastgehouden.
OPMERKING: Tekenen van succesvolle perfusie zijn langzame spiercontracties, verstijving van de nek en ledematen, de lever die bleek wordt en roze longen. Het teken van mislukte perfusie is het bleken van de longen, wat aangeeft dat de pulmonale circulatie wordt doordrenkt als gevolg van punctie van het septum.
- In geval van mislukte perfusie, probeer de canule verder omhoog te bewegen, in de aorta, en klem hem op zijn plaats met een hemostat.
- Onthoofd de gerbil. Verwijder de bullae en snijd en breek het bot af zoals beschreven in stap 1.2.2.
OPMERKING: Als het weefsel niet voldoende is gefixeerd, zal het sensorische epitheel tijdens de dissectie loskomen van het orgaan van Corti.
- Als de perfusie binnen 5-10 minuten geen tekenen van fixatie vertoont, breek deze dan af en volg onmiddellijk de onderstaande procedure voor fixatie door onderdompeling. Behandel daarvoor het slakkenhuis zoals in stap 1.2.2 en postfixeer het weefsel in ongeveer 50-80 ml 4% PFA in schroefdopcontainers gedurende 1-2 dagen op een 2D-shaker bij 8 °C.
OPMERKING: Omdat het moeilijk kan zijn om uiteindelijk de kwaliteit van de fixatie tijdens perfusie te beoordelen, wordt aanbevolen om het slakkenhuis routinematig te postfixeren zoals beschreven.
- Fixatie door weefselonderdompeling
- Euthanaseer de gerbils met een intraperitoneale overdosis pentobarbital (160 mg / ml, 0,3 ml per dier, lichaamsgewichtbereik: 50-120 g). Wanneer de gerbil is gestopt met ademen, onthoofdt u het dier.
- Verwijder de bullae en knip en breek het bot af met respectievelijk een schaar en een tang om het slakkenhuis te bereiken. Verwijder de maellus, incus en halfronde kanalen. Maak kleine gaatjes aan de top en in de basale draai door voorzichtig met een tang over het cochleaire bot te krabben. Breng de bullae onmiddellijk over in een teveel aan koude fixatiemiddelen (ten minste 50 ml) en fixeer het weefsel in de kou (4-8 ° C) onder zachte agitatie (2D-shaker [100 rpm]) gedurende 2 dagen.
OPMERKING: Na het fixeren van het weefsel kan het slakkenhuis onmiddellijk worden verwerkt of in PBS worden bewaard met 0,05% natriumazide. LET OP: Natriumazide is giftig. Merk op dat de lengte van de opslag de kwaliteit van de kleuring negatief kan beïnvloeden. Beperkte studies hebben gesuggereerd dat de immunostaining zwakker leek na 2 jaar van opslag van het weefsel in natriumazide.
2. Weefselvoorbereiding en immunolabeling
- Los ethyleendiaminetetra-azijnzuur (EDTA) poeder op in PBS om een 0,5 M oplossing bij pH 8 te produceren. Plaats hiervoor een bekerglas op een magneetroerder, vul het met ongeveer de helft van de totale hoeveelheid PBS en voeg de juiste hoeveelheid EDTA-poeder toe, wat resulteert in een zure suspensie. Voeg voorzichtig geconcentreerde natriumhydroxideoplossing (NaOH) toe terwijl u de pH bewaakt met een pH-meter. Vul PBS tot het gewenste eindvolume en filter de oplossing om microbiële besmetting te voorkomen.
OPMERKING: Het EDTA-poeder lost pas volledig op als de suspensie een neutrale pH-waarde heeft bereikt.
- Breng voor ontkalking het slakkenhuis over op 80 ml 0,5 M EDTA in PBS. Incubeer het weefsel in de kou (4-8 °C) onder zachte agitatie op de 2D-shaker (100 rpm) gedurende 2 dagen.
OPMERKING: Na de ontkalkingsstap kan het weefsel enkele dagen tot 3 weken in PBS worden opgeslagen voordat de resterende verwerkingsstappen worden voortgezet. Voor antilichamen die de stria vascularis labelen, is het raadzaam om het slakkenhuis op dit punt (d.w.z. voorafgaand aan immunostaining) in tweeën te snijden langs de modiolaire as om een uniforme toegang van antilichamen tot hun respectieve doelen te garanderen. Dit is antilichaamafhankelijk en is niet van toepassing op de antilichamen die hier worden gebruikt om synaptische structuren en IHC's te labelen. Gebruik een stuk breekbaar scheermesje en een meshouder (zoals beschreven in stap 4.2) voor het snijden.
- Voer de volgende stappen uit (tot stap 3.2) in 2 ml veilige afdichtingsreactiebuizen. Als het weefselstuk te groot is om in de buis te passen, knip dan het overtollige weefsel bij met een schaar. Om de penetratie van de antilichamen te verbeteren, permeabiliseer het weefsel eerst in 1 ml van 1% triton (Triton X-100) in PBS op de 2D-shaker (100 rpm) bij kamertemperatuur gedurende 1 uur. Was de tissue 3x met 1 ml 0,2% triton (Triton X-100) in PBS op de 2D-shaker (100 rpm) op kamertemperatuur gedurende 5 min elk.
- Om niet-specifieke antigenen te blokkeren, incubeer het slakkenhuis in 1 ml blokkerende oplossing (3% runderserumalbumine [BSA], 0,2% triton, in PBS) op de 2D-shaker (100 rpm) bij kamertemperatuur gedurende 1 uur.
OPMERKING: De blokkeringsoplossing kan van tevoren worden bereid, maar mag niet ouder zijn dan ~ 10 dagen.
- Verdun de volgende primaire antilichamen vers in dezelfde aliquot van blokkerende oplossing: anti-myoVIIa (myosine VIIa) om IHC's (IgG polyklonaal konijn) te labelen, verdund 1:400; anti-CtBP2 (C-terminal binding protein 2) om presynaptische linten te labelen (IgG1 monoklonale muis), verdund 1:400; en anti-GluA2 om postsynaptische receptorpleisters te labelen (IgG2a monoklonale muis), verdund 1:200. Zorg ervoor dat de slakkenhuizen volledig bedekt zijn met de antilichaamoplossing (meestal 0,4 ml) en incubeer ze bij 37 °C gedurende 24 uur.
- Was vervolgens het weefsel 5x met 0,2% triton in PBS op de 2D-shaker (100 rpm) op kamertemperatuur gedurende 5 minuten per stuk. Kies secundaire antilichamen om overeen te komen met de gastheersoort van hun primaire tegenhangers en verdun ze opnieuw vers in 3% BSA, 0,2% triton, in PBS: geitenantimuis (IgG1) -Alexa fluorofoor (AF) 488, verdund 1: 1.000; geiten anti-muis (IgG2a)-AF568, verdund 1:500; en ezel anti-konijn-AF647 (IgG), verdund 1:1.000. Wikkel de buis in aluminiumfolie om bleken van de fluorescentie te voorkomen. Incubeer het slakkenhuis in 0,4 ml secundaire antilichaamoplossing bij 37 °C gedurende 24 uur.
OPMERKING: Beperkte studies hebben aangetoond dat incubatie van cochleair weefsel bij 37 °C gedurende 24 uur met primaire en secundaire antilichamen resulteerde in helderdere immunostaining dan het volgen van de meer gebruikelijke incubatieprocedure met lagere temperaturen en kortere duur.
- Was het slakkenhuis 2x met 1 ml 0,2% triton in PBS gedurende 5 minuten elk en 3x met PBS gedurende 5 minuten elk op de 2D-shaker (100 rpm) bij kamertemperatuur.
OPMERKING: Na deze wasstappen kan het slakkenhuis enkele dagen in PBS in de koelkast blijven bij ~ 4 ° C.
3. Behandeling met autofluorescentie quencher (optioneel)
OPMERKING: Slakkenhuis van gerbils van middelbare leeftijd en leeftijd vertonen uitgebreide achtergrondautofluorescentie. In jongvolwassen weefsel is behandeling met een autofluorescentie quencher niet nodig. Het is in principe mogelijk om de autofluorescentie quencher toe te passen vóór de immunostainingprocedure, die vervolgens elke onbedoelde vermindering van de gewenste antilichaamfluorescentie voorkomt. Volgens de datasheet van de fabrikant is het gebruik van detergentia (zoals Triton X-100 in het huidige protocol) echter niet langer mogelijk omdat ze de quencher uit het weefsel verwijderen.
- Snijd het slakkenhuis doormidden onder een stereomicroscoop, zoals beschreven in stap 4.2.
- Meng de autofluorescentie quencher met 70% ethanol om een 5% oplossing te verkrijgen en incubeer het slakkenhuis in deze oplossing op de 2D-shaker bij kamertemperatuur gedurende 1 min. Was het slakkenhuis 3x met 1 ml PBS op de 2D-shaker op kamertemperatuur gedurende 5 minuten per stuk.
LET OP: De autofluorescentie quencher is gevaarlijk en schadelijk. Draag handschoenen bij het hanteren van deze stof.
4. Uiteindelijke fijndissectie
- Ontleed het slakkenhuis onder een stereomicroscoop. Vul een polystyrol petrischaal en het deksel met PBS en houd twee fijne tangen, Vannas veerschaar, een meshouder en een breekbaar scheermesje bij de hand. Breek stukjes van het scheermesje om een snijoppervlak van ~2-4 mm te verkrijgen, afhankelijk van de snijstap. Bereid een microscoopglaasje voor door drie druppels montagemedium op een rij te plaatsen.
OPMERKING: Het snijoppervlak van het scheermesje slijt snel. Het blad moet na het ontleden en monteren ongeveer om de twee stukken van het slakkenhuis worden vervangen.
- Als dit nog niet is gedaan in stap 3.1, snijdt u eerst het slakkenhuis doormidden langs de modiolus onder een stereomicroscoop. Plaats hiervoor een stuk van een scheermesje dat langer is dan de opgerolde lengte van het slakkenhuis in een meshouder. Leg het slakkenhuis in de petrischaal en snijd overtollig weefsel weg met het stukje scheermesje. Houd het slakkenhuis op zijn plaats met een fijne tang en snijd het doormidden langs de modiolus.
- Begin met de ene helft, maar laat de andere helft ook in de petrischaal zitten. Fixeer de cochleaire helft zorgvuldig met een tang, zodat de snijkant naar boven is gericht. Gebruik een fijne veerschaar om het bot van het slakkenhuis boven het helicotrema weg te snijden, dat de top bedekt.
- Om de scheiding van de cochleaire stukken te beginnen, isoleert u de middelste draai door met een schaar door de modiolus en gehoorzenuw te snijden, boven (scala vestibuli) en onder (scala tympani).
- Snijd door het cochleaire bot dat de stria vascularis in het cochleaire kanaal bedekt. Maak twee sneden aan beide zijden van het cochleaire bot boven het orgaan van Corti en langs de stria vascularis en gebruik het scheermesje om uiteindelijk de cochleaire stukken te scheiden.
LET OP: De stria vascularis is goed zichtbaar als een donkere streep. Door langs de stria vascularis te snijden blijft het orgaan van Corti intact.
- Optioneel: Om de stria vascularis te verzamelen, snijdt u voorzichtig tussen het orgaan van Corti en de stria vascularis om de twee te scheiden. Laat de stria vascularis verbonden met het spiraalvormige ligament (bevestigd aan het bot dat het buitenoppervlak van het slakkenhuis bedekt) en verwijder het ontkalkte bot met behulp van een tang. Plaats het stuk met de stria-kant omhoog op de microscoopglaasje in een druppel montagemedium.
OPMERKING: Als het verzamelde stuk te sterk gebogen is, kan het nodig zijn om het in kleinere stukken te verdelen zodat het vlak genoeg is om op de dia te worden gemonteerd.
- Breng de cochleaire stukken over op het met PBS gevulde deksel van de polystyrol petrischaal en zorg ervoor dat de cochleaire hele steunen zo plat mogelijk op de glijbaan liggen. Verwijder overtollig weefsel, zoals delen van het spiraalvormige ligament aan de abnorale kant en delen van de spiraalvormige limbus aan de neurale kant. Verwijder voorzichtig het tectoriale membraan met een superfijne tang.
- Plaats de cochleaire stukken op de schuif in een druppel montagemedium. Plaats de cochleaire hele mounts met het orgaan van Corti naar boven gericht op de dia om te voorkomen dat de IC's in het optische pad voor beeldvorming worden verduisterd. Zoek naar invaginatie van de spiraalvormige limbus in de nabijheid van de IHC's, die zichtbaar is door het cochleaire stuk in het sagittale vlak te verschuiven om de kant naar boven te identificeren.
OPMERKING: Om het volledige slakkenhuis digitaal te reconstrueren uit zijn individuele stukken tijdens verdere verwerking, wordt het sterk aanbevolen om schetsen van de stukken te documenteren en oriëntatiepunten te noteren. Bovendien moeten de stukken idealiter in de juiste volgorde op de dia worden gerangschikt.
- Herhaal stap 4.3 tot en met 4.8 totdat het hele slakkenhuis op de microscoopglaas is overgebracht. Voeg indien nodig meer bevestigingsmedium toe, bedekt de dia en sluit de coverslip op zijn plaats met zwarte nagellak die rond de randen is geverfd. Laat het drogen in het donker bij kamertemperatuur en bewaar de glijbaan vervolgens in het donker bij 4 °C.
OPMERKING: Zelfs als delen van het sensorische epitheel zelf per ongeluk verloren gaan, is het belangrijk om toch te monteren wat er nog over is van het cochleaire stuk voor een juiste schatting van de lengte.
5. Cochleaire lengtemeting
- Meet de lengte van het slakkenhuis uit brightfield-afbeeldingen van zijn stukken met behulp van een epifluorescentiemicroscoopsysteem en bijbehorende software. Sla afbeeldingen met een lage vergroting (4x lens) op van elk cochleair stuk en gebruik de lasso-meettool van de microscoopsoftware om een lijn te tekenen langs de rij IHC's in elk van de afbeeldingen. Bereken de totale lengte door de lengtes van alle stukken op te tellen.
OPMERKING: Wanneer delen van het sensorische epitheel ontbreken in een cochleair stuk, interpoleer dan de lijn.
- Om de cochleaire locaties te definiëren die in een individueel slakkenhuis moeten worden geanalyseerd, berekent u hun overeenkomstige afstanden tot de top met behulp van de vergelijking gegeven door Müller25. Markeer deze locaties bijvoorbeeld op een afdruk van de cochleaire stukken.
6. Beeldacquisitie met een confocale microscoop
- Gebruik een confocale microscoop met een olie-immersie 40x objectief (numeriek diafragma 1.3) en de juiste olie voor hoge resolutie beeldvorming.
OPMERKING: Als de confocale microscoop een omgekeerd lichtpad heeft, moet de dia ondersteboven worden geplaatst. Geef het monster in dit geval ongeveer 30 minuten om te zinken en rust stabiel op de deklip voordat u met de laatste scan begint. U kunt ook een montagemedium gebruiken dat vloeibaar is gedurende de hele duur van de dissectie, maar later stolt en tegelijkertijd de fluorescentie behoudt.
- Activeer de juiste lasers: twee optisch gepompte halfgeleiderlasers met golflengten van λ = 488 nm en λ = 522 nm, en een diodelaser met een golflengte van λ = 638 nm worden in dit protocol gebruikt. Kies het emissiebereik van de fluorescentietags (AF488: 499-542 nm, AF568: 582-621 nm, AF647: 666-776 nm). Terwijl een hybride detector de vrijgekomen fotonen telt, plaatst u de laserlijn op ten minste 10 nm afstand van de emissiecurve.
OPMERKING: Het is belangrijk om voorlopige controles uit te voeren met weefsel met één label om ervoor te zorgen dat de gekozen detectorbandbreedtes de kleurkanalen netjes scheiden (d.w.z. niet leiden tot kanaaloverspraak). Radiogolven interfereren met de hybride detector, wat resulteert in een maximaal aantal fotonen, en veroorzaken zo artefactuele strepen in de stapel. Vermijd daarom het gebruik van een mobiele telefoon in de buurt van de microscoop.
- Zoom in op het weefsel totdat het beeld 10 IC's beslaat. Kies de resolutie van de afbeelding volgens Nyquist-sampling, die meestal ~ 40-60 nm / pixel is. Stel de stapgrootte in de z-richting in op 0,3 μm en de beeldsnelheid op 400-700 Hz.
OPMERKING: Beide instellingen (stapgrootte en beeldsnelheid) zijn compromissen tussen het gebruik van optimale beeldparameters en het besparen van scantijd.
- Voer bidirectionele bemonstering uit om de beeldvormingstijd te verkorten. Accumiseer het frame voor het 488 nm en 638 nm kanaal 3x en voor het 522 nm kanaal 6x; bovendien, gemiddelde van de lijnen 3x voor elk kanaal. Kies het begin en het einde van de stapel in de z-dimensie.
- Stel de versterking in op 100 bij gebruik van de hybride detector (telmodus) om een verminderde signaal-ruisverhouding te voorkomen. Stel het laservermogen zo in dat er geen pixel verzadigd is in het interessegebied, maar de structuren meestal het volledige 8-bits bereik bestrijken. Begin met een laag laservermogen van 0,5% en verhoog dit totdat structuren zichtbaar zijn.
OPMERKING: Goede kleuring heeft meestal een laservermogen tussen 0,1% en 5% nodig.
- Gebruik deconvolutiesoftware voor post-hocverwerking van de beeldstapels om de vervagende halo rond kleine fluorescerende structuren te verwijderen met behulp van een theoretische point-spread-functie. Gebruik dezelfde instellingen voor elke stapel binnen een experiment. Sla de gedeconvolvede afbeeldingen op als .tif of .ics.
OPMERKING: Het myoVIIa-label (IHC's) heeft geen baat bij deconvolutie en kan worden weggelaten om tijd te besparen. De software maakt gebruik van metagegevens van de afbeeldingsbestanden; verschillende parameters, zoals het lichtpad, het insluitmedium of het onderdompelingsmedium, moeten echter worden gespecificeerd.
7. Synapse kwantificering
- Open een kopie van de gedeconvolved stacks in de vrij toegankelijke software ImageJ met de extra Biovoxxel-plugin, die ook beschikbaar is op hun website.
- Pas de kleuren van afzonderlijke kanalen aan door de kanalen te splitsen (afbeelding | Kleur | Kanalen splitsen) en samenvoegen (afbeelding | Kleur | Kanalen samenvoegen) ze opnieuw, waarbij verschillende kleuren worden toegewezen. Converteer de afbeelding naar een RGB-stack (afbeelding | Kleur | Stapel op RGB) en pas de helderheid en het contrast aan (afbeelding | | aanpassen Helderheid/contrast | auto of schuifregelaar met betrekking tot het maximum), indien nodig, zodat de pre- en postsynaptische structuren en het IHC-label aangenaam van de achtergrond verschillen.
- Kies vijf IHC's en label ze met de teksttool (IHC1-IHC5) door op de gewenste locatie in de stapel te klikken. Open de ROI-manager (analyseer | Gereedschap | ROI Manager); activeer het selectievakje Labels om de punten met een nummer te labelen. Zoom in op de IHC van belang.
- Gebruik de point/multipoint-tool in de multipoint-modus (klik met de rechtermuisknop op de tool om te kiezen tussen de point- of multipoint-modus). Klik op een functionele lintsynapse (d.w.z. een presynaptisch lint in nauwe juxtapositie met een postsynaptische glutamaatpleister) terwijl u door de z-dimensie scrolt.
OPMERKING: Afhankelijk van de hoeveelheid overlap en de kleur die voor elk kanaal is gekozen, worden de gedeelde pixels in gemengde kleuren weergegeven. Meestal is het onderscheid tussen individuele functionele synapsen eenvoudig omdat ze voldoende ver van elkaar verwijderd zijn.
- Wanneer alle interessante structuren zijn aangevinkt, klikt u op Toevoegen op de grafische gebruikersinterface van de ROI-manager. Klik op de willekeurige naam en kies Naam wijzigen.
OPMERKING: De puntlabels blijven nog steeds door alle vlakken van de stapel wanneer het selectievakje Alles weergeven is ingeschakeld in het optiemenu van het gereedschap Punt (dubbelklik op het pictogram van het gereedschap Punt ), waardoor u kunt voorkomen dat dezelfde lintsynaps meerdere keren wordt geteld.
- Wanneer u de volgende IHC kiest om te tellen, vermijd dan onbedoeld het toevoegen van tellingen door de afbeelding aan te passen om de volgende IHC volledig weer te geven met het handgereedschap. Verander van multipoint tool naar point tool om te voorkomen dat er meer puncta wordt toegevoegd aan de eerder opgeslagen data. Klik op een interessante structuur in de volgende IHC en ga terug naar multipoint tool. Herhaal stap 7.4 tot en met 7.5 totdat alle IHC's van belang zijn geëvalueerd.
- Om gegevens op te slaan, klikt u op een dataset in de ROI-manager en vervolgens op meten. Wacht tot er een nieuw venster verschijnt met de gemeten gegevenspunten. Sla deze lijst op als spreadsheetbestand (| Opslaan als). Sla de afbeelding op door Alles weergeven te activeren in de ROI-manager. Klik op Afvlakken om de aanwijslabels permanent aan de stapel toe te voegen. Ga er bij het sluiten van de afbeeldingsstapel mee akkoord om de wijzigingen op te slaan.
8. Analyse van synapsvolume en positie op de haarcel
OPMERKING: De auteurs gebruikten een op maat geprogrammeerde procedure op basis van Matlab. Aangezien het niet openbaar beschikbaar is, wordt het hier slechts in grote lijnen beschreven (zie ook7). Neem contact op met de corresponderende auteur als u geïnteresseerd bent in het gebruik ervan. De procedure verwacht een triple-labeled (IHC's, pre- en postsynaptische) beeldstapel in TIFF-formaat als invoer, begeleidt de gebruiker door de verschillende analysestappen via een grafische interface en biedt uitgebreide uitvoer van de resultaten in spreadsheetformaat.
- Normaliseer de positie van de synaptische structuren naar een 3D-coördinatensysteem dat wordt gedefinieerd door de omvang van de individuele IHC op de pijler-modiolaire as en de cochleaire apicale-basale as en de bovenste (cuticulaire plaat) tot de onderste (synaptische pool) as van de IHC.
OPMERKING: De volumes van synaptische elementen (zowel pre- als postsynaptisch, en het gecombineerde volume van functionele synapsen) worden geleverd in μm3 en genormaliseerd naar de respectieve mediaanwaarde3.